Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan spesies endemik Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, Indonesia, dengan status konservasi kritis (critically endangered and Possibly Extinct in the Wild). Upaya reintroduksi kura-kura tersebut sudah dilakukan, tetapi keberadaan individu C. mccordi tetap tidak terdeteksi di alam. Pendekatan environmental DNA (eDNA) menjadi metode nonivasit alternatif untuk pendeteksian dan pemantauan spesies tersebut. Pengembangan metode pendeteksian eDNA C. mccordi memerlukan markah (primer) spesies spesifik agar dapat mengidentifikasi dengan akurat keberadaan DNA target pada sampel. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan primer spesies spesifik untuk markah gen Cytochrome b (Cyt b) dalam pendeteksian eDNA C. mccordi. Primer dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen Cyt b dari C. mccordi dengan spesies Chelodina lain. Pengujian primer dilakukan menggunakan sampel air yang mengandung DNA target untuk mengevaluasi spesifitas dan sensitivitas primer. Sampel air yang sudah terekstrak kemudian diproses dengan teknik Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dan High Resolution Melting (HRM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer desain (UI_Cm_Cytb) berhasil mengidentifikasi keberadaan C. mccordi dalam sampel. Nilai sensitivitas dan spesifitas primer tergolong tinggi, yaitu 87,5% dan 100%, serta primer tersebut dapat digunakan dalam pendeteksian eDNA C. mccordi dari sampel air. Primer perlu dilakukan optimasi lebih lanjut terkait pendeteksian kelimpahan individu.

---

The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an Indonesia endemic species with critically endangered and Possibly Extinct in the Wild status. Attempts to reintroduce this turtle have been conducted, however the tracking of C. mccordi individuals in their natural habitat has not been observed. The environmental DNA (eDNA) is an alternative non-invasive method for detection and monitoring of this species. The development of an eDNA method for detection of C. mccordi requires species-specific markers in order to accurately identify the presence of target DNA in the sample. This study aims to develop species-specific primers using the Cytochrome b (Cyt b) as molecular marker for the detection of eDNA from C. mccordi. The specificity and sensitivity of the primers were evaluated using water samples containing C. mccordi and their related species. The extracted eDNA from water samples are then processed using Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and High-Resolution Melting (HRM) techniques. The results showed that the design primer (UI_Cm_Cytb) was successful for detection the presence of C. mccordi from the samples. The sensitivity and specificity values of the primers are relatively high, namely 87.5% and 100%. Futhermore, the primer needs to be optimized and tested regarding the individual abundance in sample."

"Badak sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) merupakan salah satu mamalia yang terancam kritis menurut IUCN. Upaya pelestarian spesies langka tersebut dapat dilakukan dengan kegiatan pemantauan populasi. Akan tetapi, perilaku yang elusif dan soliter menyebabkan pemantauan konvensional menjadi kurang efektif. Metode pemantauan menggunakan environmental DNA dari sampel sedimen kubangan memungkinkan untuk digunakan sebagai metode noninvasif. Penelitian bertujuan untuk merancang primer yang spesifik bagi cytochrome b (cytb) badak sumatera, menganalisis eDNA dari sedimen kubangan badak menggunakan teknik qPCR, serta menganalisis pengaruh waktu dan faktor lingkungan (suhu, pH, sinar UV, dan turbiditas) terhadap konsentrasi DNA pada kubangan aktif dan nonaktif. Pengujian primer spesifik dilakukan dengan mengamplifikasi eDNA dari 44 sampel sedimen pada kubangan aktif dan nonaktif di Taman Nasional Way Kambas (TNWK). Hasil penelitian menunjukkan primer eDS mampu mengamplifikasi 150 pb cytb secara spesifik. Hasil qPCR juga mampu mendeteksi 54,54% sampel eDNA dari kubangan aktif dan nonaktif. Faktor waktu dan lingkungan juga tidak berhubungan atau berpengaruh secara signifikan terhadap variasi konsentrasi DNA badak sumatera. Akan tetapi, sedimen kubangan dapat digunakan sebagai sampel noninvasif dalam pemantauan populasi badak di alam meskipun perlu dilakukan optimasi lebih lanjut.

---

Sumatran rhinoceros (Dicerorhinus sumatrensis) is a critically endangered mammal according to IUCN. Efforts to preserve this endangered species could be conducted by monitoring the population. However, its elusive and solitary behaviour makes conventional monitoring less effective. The monitoring effort using environmental DNA from sedimentary wallow samples should be considered as noninvasive method. Aims of this study were to design specific primers for sumatran rhino’s cytochrome b (cytb), analyze eDNA from sumatran rhino’s sedimentary wallows using qPCR technique, and analyze time and environmental factors’ (temperature, pH, UV light, and turbidity) effect on DNA concentrations in both active and inactive wallows. The specificity of primers was applied by amplifying eDNA from 44 sediment samples in active and inactive wallows in WKNP. The results showed that eDS primers were able to specifically amplify 150 bp of cytb. The qPCR results were also able to detect 54.54% of eDNA samples from active and inactive wallows. External factors (time and environmental factors) were also not related or had significant effects on DNA concentrations. However, wallow sediment can be used as a noninvasive sample in monitoring rhino populations in the wild, although further optimization is needed."

"Harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) adalah subspesies harimau dengan status konservasi kritis (Crtically Endangered) yang diakibatkan oleh perdagangan ilegal. Identifikasi molekular dengan menggunakan teknik Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) dibutuhkan. Penggunaan teknik FINS memanfaatkan daerah tertentu pada DNA mitokondria (mtDNA) sebagai markah, seperti Cytochrome b. Penelitian bertujuan untuk merancang primer spesifik harimau sumatra menggunakan gen Cyt b dan membandingkannya dengan penggunaan primer universal harimau (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R dalam mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Studi ini perlu dilakukan untuk membantu proses identifikasi terkait informasi asal usul populasi sampel barang sitaan, sebagai langkah untuk mendukung upaya konservasi dan penegakan hukum atas kejahatan terhadap harimau sumatra melalui aplikasi forensik molekuler. Sebanyak 15 sampel dari asal lokasi yang berbeda diamplifikasi dan dianalisis dengan menggunakan primer yang dirancang dalam studi ini (Pts_Cytb) dan Tig. Hasil analisis menunjukkan bahwa primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk identifikasi harimau sumatra. Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon filogenetik dan analisis haplotipe, primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Sebanyak empat haplotipe ditemukan tersebar pada wilayah asal sampel. Jumlah sampel yang terbatas menyebabkan persebaran haplotipe harimau sumatra secara keseluruhan belum dapat digambarkan.

---

Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) is a subspecies of tiger with critical conservation status (Crtically Endangered) resulting from illegal trade. Molecular identification using Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) techniques is required. The use of the FINS technique utilizes certain regions of mitochondrial DNA (mtDNA) as markers, such as Cytochrome b. The aim of this study was to design a specific primer for sumatran tigers using the Cyt b gene and to compare it with the use of a universal primer for tiger (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R in detecting haplotype variations for sumatran tigers. This study needs to be carried out to assist the identification process regarding information on the origin of the population of confiscated samples, as a step to support conservation and law enforcement efforts for crimes against sumatran tigers through the application of molecular forensics. A total of 15 samples from different locations were amplified and analyzed using the primer designed in this study (Pts_Cytb) and Tig. The results of the analysis show that the Pts_Cytb primer can be used to identify the sumatran tiger. Based on the results of phylogenetic tree reconstruction and haplotype analysis, the Pts_Cytb primer can be used to detect sumatran tiger haplotype variations. A total of four haplotypes were found scattered in the area of origin of the samples. The limited number of samples meant that the overall distribution of Sumatran tiger haplotypes could not be described."

"Hiu biru merupakan hewan yang berstatus hampir terancam (near threatened) menurut IUCN. Hiu biru sering dijadikan tangkapan sampingan dan diperdagangkan secara global. Hampir seluruh tubuhnya dapat dijual, salah satunya daging dalam bentuk utuh atau olahan. Konsumsi daging hiu biru dalam jangka panjang dapat berbahaya bagi kesehatan. Produk olahan filet ikan tanpa label terdeteksi mengandung spesies hiu biru. Identifikasi produk olahan filet tersebut dilakukan dengan metode molekular dengan penanda inti ataupun mitokondria. Identifikasi dengan metode molekular dapat digunakan juga untuk kegiatan konservasi seperti deteksi populasi suatu organisme. Penelitian ini bertujuan untuk deteksi asal-usul keberadaan populasi hiu menggunakan penanda sitokrom b dan daerah kontrol dari daging filet yang diproduksi toko ritel. 112 sampel diambil secara acak dari toko ritel Jabodetabek kemudian metode yang dilakukan yaitu proses PCR dengan penanda daerah kontrol (CR) dan sitokrom b (Cyt b), hasil amplifikasi akan divisualisasikan ke dalam jaring haplotipe dan mencocokannya dengan data haplotipe dari GenBank. Berhasil teramplifikasi 26 sampel dengan kedua penanda dan 3 di antaranya merupakan sampel yang mislabeling. Jaring haplotipe berhasil terbentuk dengan 8 haplotipe pada penanda Cyt b dengan 7 situs nukleotida polimorfisme dan 14 haplotipe pada penanda CR dengan 12 situs nukleotida polimorfisme. Dua sampel memiliki sekuen yang mirip dengan sekuen referensi yang berasal dari Samudra Hindia, 10 berasal dari Samudra Pasifik, dan 14 sampel mirip dengan sekuen yang berasal dari Samudra Atlantik.

---

The blue shark is an animal that is near threatened according to the IUCN. Blue sharks are often used as bycatch and traded globally. Almost all of his body can be sold, one of which is meat in whole or processed form. Long-term consumption of blue shark meat can be harmful to health. Unlabeled processed fish fillets were detected to contain blue shark species. The identification of the processed filet products was carried out by molecular methods with nucleus or mitochondrial markers. Identification by molecular methods can also be used for conservation activities such as detection of the population of an organism. This study aims to detect the origin of the shark population using cytochrome b markers and control areas of fillet meat produced by retail stores. 112 samples were taken randomly from Jabodetabek retail stores, then the method used was the PCR process with control area markers (CR) and cytochrome b (Cyt b), the amplification results were visualized into a haplotype net and matched with haplotype data from GenBank. 26 samples were successfully amplified with both markers and 3 of them were mislabeling samples. The haplotype net was successfully formed with 8 haplotypes on the Cyt b marker with 7 polymorphism nucleotide sites and 14 haplotypes on the CR marker with 12 polymorphic nucleotide sites. Two of the samples had sequences similar to the reference sequence originating from the Indian Ocean, 10 from the Pacific Ocean, and 14 samples similar to the sequence originating from the Atlantic Ocean."