Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Kanker kolorektal tetap menjadi ancaman kesehatan dunia dengan menyumbang sekitar 1-2 juta kasus baru dan 600.000 kasus kematian per tahun. Jalur pensinyalan Hedgehog Hh memiliki peran penting dalam mekanisme dan pembentukan kanker kolorektal. Protein Sonic Hedgehog Shh adalah protein Hh yang paling banyak dipelajari karena diekspresikan oleh beberapa jaringan dan secara umum dapat diaplikasikan pada homolog Hh lainnya. Dalam penelitian ini, sebanyak 56.336 senyawa terpenoid diseleksi melalui berbagai metode komputasi menggunakan metode virtual screening berbasis farmakofor, simulasi molecular docking, dan simulasi molecular dynamic untuk menentukan potensi inhibisi terhadap protein Shh. Dari hasil simulasi molecular docking, sepuluh ligan telah dipilih berdasarkan energi ikat bebas Gibbs Gbinding dan interaksi molekuler yang terbentuk selama pembentukan kompleks terpenoid-Shh. Tiga senyawa terpenoid, yaitu arganine J, asiaticoside A, dan clinoposide A, menunjukkan afinitas pengikatan yang sangat tinggi terhadap protein Shh karena senyawa tersebut memiliki ?Gbinding yang lebih rendah dari ligan standar robotnikinin. Selain itu, hasil ADME-Tox, bioaktivitas, bioavailabilitas, dan hasil uji farmakologi yang diperoleh pada senyawa ini memiliki aktivitas biologis dan farmakologi yang lebih baik daripada senyawa terpenoid lainnya. Kemudian, setelah dilakukan simulasi molecular dynamic, diketahui bahwa senyawa terbaik Clinoposide A bersifat stabil terhadap perubahan pelarut, temperatur, dan interaksi protein-ligan.

---

ABSTRACT
Colorectal cancer remains as the global health burden, which accounts for roughly 1 2 million new cases and 600,000 deaths per year. Hedgehog Hh signaling pathway has an imperative role in the mechanism and formation of colorectal cancer. Sonic hedgehog Shh protein is the most studied Hh protein because it is expressed by several tissues and experiments with Shh protein are generally applicable to other Hh homologs. In the present study, about 56,336 terpenoid compounds were screened through various computational methods using pharmacophore based virtual screening and molecular docking simulation to determine their inhibitory potency against Shh protein. From molecular docking simulation results, about ten ligands have been selected according to their Gibbs free binding energies Gbinding and the molecular interactions that formed during the formation of the terpenoid compound Shh complex. Three terpenoid compounds, namely arganine J, asiaticoside A, and clinoposide A, shown a very high binding affinity toward Shh protein due to their lower Gbinding than robotnikinin, the standard ligand. Moreover, ADME Tox, bioactivity, bioavailability, and pharmacology test results revealed that these compounds have better biological and pharmacological activity than the other terpenoid compounds. After a molecular dynamic simulation, it is known that the best compound Clinoposide A is stable against changes in solvent, temperature, and protein ligand interaction.

Abstrak :
Kanker kolorektal adalah kanker yang terletak pada rektum atau kolon dengan sel-sel yang berkembang dengan tidak terkendali. Obat kanker untuk kanker kolorektal memiliki beberapa kelemahan seperti kurangnya spesifitas dan dapat terjadinya resistensi, sehingga perlu dikembangkan terapi target untuk mengurangi kelemahan tersebut. Berbagai penelitian dilakukan untuk merancang obat yang dapat mentarget protein yang berkaitan dengan perkembangan kanker kolorektal, salah satunya adalah Matrix Metalloproteinase-9. Penghambatan dari protein tersebut memungkinkan untuk menghambat penyebaran kanker, sehingga pencarian senyawa penghambat Matrix Metalloproteinase-9 menarik untuk dilakukan. Penelitian dapat dilakukan dengan memanfaatkan metode penapisan virtual. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan 10 senyawa kandidat dengan potensi menjadi inhibitor Matrix Metalloproteinase-9. Penapisan virtual dapat digunakan untuk melakukan pencarian senyawa kandidat inhibitor dari basis data HerbalDB. Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik berdasarkan energi ikatan bebas dan pose pengikatan yaitu Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Sikloartokarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-kumarat (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnosida (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahidroksiflavanon 7-alfa-l-arabinofuranosil-(1-6)-glukosida (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Sianidin 3-arabinosida (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehidropipernonalin (-10,1 kkal/mol). Hasil tersebut menunjukkan senyawa memiliki potensi untuk menghambat Matrix Metalloproteinase-9 ......Colorectal Cancer is located on the colon or the rectum of the patient with uncontrolled cell growth. Cancer drugs for colorectal cancer have several weaknesses such as lack of specificity, so it is necessary to develop targeted therapies to reduce these weaknesses. Various research were done to design a drug with purpose of targeting the protein in which is related to the growth of colorectal cancer, one of them being Matrix Metalloproteinase-9. Inhibition of Matrix Metalloproteinase-9 possibly inhibits the spread of colorectal cancer, therefore a research to find candidates is appealing. Research can be done by using the virtual screening method. The purpose of this study is to obtain 10 candidate compounds with the potential to inhibit Matrix Metalloproteinase-9. Virtual screening method is used to search for candidate compounds from HerbalDB database. Based on the screening results, the best compound rankings based on the free bond energy and binding pose were obtained, namely Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Cycloartocarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-coumarate (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnoside (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahydroxyflavanone 7-alpha-l-arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Cyanidin 3-arabinoside (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehydropipernonaline (-10,1 kkal/mol). The results indicate potential candidates to inhibit Matrix Metalloproteinase-9.

Abstrak :
Latar Belakang: Kanker kolorektal adalah kanker keempat paling umum serta penyebab kematian akibat kanker kelima di Indonesia. Terapi kanker kolorektal sekarang yang tersedia sudah cukup banyak, namun banyak memberikan efek samping dan memerlukan biaya yang tinggi sehingga perlu dikembangkan terapi alternatif. Biji kapulaga jawa (Amomum compactum) berpotensi sebagai antioksidan dan antikanker dari senyawa fitokimianya sehingga dapat dikembangkan sebagai terapi alternatif. Metode: Serbuk kering biji kapulaga jawa diekstraksi melalui metode maserasi bertingkat sebanyak dua kali menggunakan pelarut n-heksana, etil asetat dan etanol secara berurutan menghasilkan tiga jenis ekstrak. Uji fitokimia dan kromatografi lapis tipis (KLT) dilakukan untuk mengetahui kandungan fitokimia pada ketiga ekstrak. Uji aktivitas antioksidan dilakukan dengan metode DPPH dan uji aktivitas sitotoksik terhadap sel HT-29 melalui metode MTT. Hasil: Uji fitokimia menunjukkan biji kapulaga jawa mengandung golongan fitokimia alkaloid, flavonoid, tannin dan triterpenoid. Ekstrak etanol biji kapulaga jawa menunjukan aktivitas antioksidan kuat (IC50 83,52 µg/ml), sedangkan ekstrak etil asetat dan n-heksana memiliki aktivitas antioksidan sedang (IC50=160,06 µg/ml dan 216,08 µg/ml). Aktivitas sitotoksik ekstrak etanol biji kapulaga jawa terhadap sel HT-29 termasuk kategori moderat (IC50=94,46 µg/ml). Adapun aktivitas sitotoksik dari ekstrak etil asetat dan n-heksana termasuk dalam kategori lemah (IC50 = 276,26 µg/ml dan 282,65 µg/ml). Kesimpulan: Senyawa fitokimia yang terkandung ekstrak biji kapulaga jawa menunjukkan aktivitas antioksidan terhadap DPPH, serta aktivitas sitotoksik terhadap sel kanker HT-29. ......Introduction: Colorectal cancer is the fourth most common cancer and the fifth cause of cancer death in Indonesia. There are a lot of colorectal cancer therapies currently available, but they have many side effects and require high costs, so we need alternative therapies. Javanese cardamom seeds (Amomum compactum) have potential as antioxidants and anticancer from the phytochemical compound so they can be developed as an alternative therapy. Method: Dry powder of Javanese cardamom seeds extracted using multistage maceration method twice using n-hexane, ethyl acetate and ethanol solvents sequentially to produce three types of extracts. Phytochemical tests and thin layer chromatography (TLC) were carried to determine phytochemical content of extracts. Antioxidant activity was determined using DPPH method and the cytotoxic activity test against HT-29 cancer cells was determined using MTT method. Results: Phytochemical tests show that Javanese cardamom seeds contain alkaloid, flavonoid, tannin and triterpenoid phytochemical groups. The ethanol extract of Javanese cardamom seeds showed strong antioxidant activity (IC50= 83.52 µg/ml), while the ethyl acetate and n-hexane extracts had moderate antioxidant activity (IC50=160.06 µg/ml and 216.08 µg/ml). The cytotoxic activity of ethanol extract of Javanese cardamom seeds against HT-29 cells is moderate category (IC50= 94.46 µg/ml). The cytotoxic activity of ethyl acetate and n-hexane extracts are in weak category (IC50 276.25 µg/ml and 282.65 µg/ml). Conclusion: The phytochemical components contained in Javanese cardamom seed extract show antioxidant activity against DPPH, as well as cytotoxic activity against HT-29 cancer cells.

Abstrak :
Kanker kolorektal adalah jenis kanker pada kolon dan rektum usus besar yang disebabkan oleh pertumbuhan abnormal. Kasus kanker kolorektal di Indonesia merupakan kasus kanker tertinggi urutan ketiga dan mengalami peningkatan setiap tahunnya. Oleh karena itu, deteksi kanker kolorektal diperlukan untuk diagnosis dan prognosis kanker kolorektal. Salah satu metode deteksi yang digunakan adalah deteksi ekspresi RNA untuk mengetahui gen yang diekspresikan secara berlebih atau sebaliknya pada jalur perkembangan kanker kolorektal yang terpengaruh. Ekspresi heparanase (HPSE) diketahui menginduksi perkembangan kanker kolorektal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat ekspresi HPSE pada jaringan normal dan kanker kolorektal. Penelitian ini menggunakan sepuluh sampel untuk masing-masing jaringan normal dan kanker kolorektal dari pasien kanker kolorektal. Nilai ekspresi HPSE diukur dengan reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Selanjutnya, analisis statistik dilakukan menggunakan aplikasi SPSS. Hasil RT-qPCR menunjukkan bahwa ekspresi HPSE RNA pada jaringan kanker 6,912 kali lebih tinggi dibandingkan pada jaringan normal. Berdasarkan nilai perbandingan ekspresi gen relatif yang diatur dengan nilai 1. Ekspresi HPSE untuk setiap individu pasien dikelompokkan menjadi ekspresi meningkat (>1) dan menurun (<1). Berdasarkan hasil qPCR, ekspresi HPSE tidak terdeteksi pada tiga sampel pasien yang ditunjukkan dengan tidak terjadinya amplifikasi. Hasil ini diduga disebabkan oleh template RNA yang digunakan mengalami degradasi. Analisis statistik menunjukkan ekspresi HPSE pada jaringan kanker kolorektal tidak memiliki perbedaan secara signifikan dengan jaringan normal berdasarkan nilai p > 0,05. ......Colorectal cancer is a type of cancer of the colon and rectum of the large intestine caused by abnormal growth. Colorectal cancer cases in Indonesia are the third highest cancer cases and are increasing every year. Therefore, detection of colorectal cancer is needed for the diagnosis and prognosis of colorectal cancer. One of the detection methods used is RNA expression detection to determine which genes are overexpressed or otherwise in the affected colorectal cancer development pathway. The expression of heparanase (HPSE) is known to induce the development of colorectal cancer. This study aims to determine the level of HPSE expression in normal tissue and colorectal cancer. This study used ten samples for each of normal and colorectal cancer tissue from colorectal cancer patients. Relative expression value HPSE measured by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Furthermore, statistical analysis was performed using the SPSS application. RT-qPCR results showed that HPSE expression in cancer tissue was 6,912 higher than in normal tissue. Based on the comparative value of relative gene expression, which was set to a value of 1. The HPSE expression for each individual patient was grouped into increased (>1) and decreased (<1) expressions. Based on the results of RT-qPCR, HPSE expression was not detected in three patient samples as indicated by the absence of amplification. This result was thought to be caused by the degradation of the template RNA. HPSE in colorectal cancer tissue did not differ significantly from normal tissue based on p > 0.05.