Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Propoxur (2-isopropoksifenil-N-metilkarbamat) merupakan insektisida yang berpotensi merusak lingkungan. Kecepatan degradasi propoksur di lingkungan diduga disebabkan peningkatan aktivitas bakteri tanah pendegradasi pestisida. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh, mengidentifikasi, dan menguji kemampuan bakteri pendegradasi propoksur. Isolasi dan seleksi dilakukan dengan metode kultur diperkaya. Identifikasi dilakukan dengan analisis filogenetik gen 16S rDNAdibandikan dengan karakter morfologi dan fisiologi. Kemampuan bakteri mendegredasi propoksur diukur pada medium yang mengandung propoksur sebagai sumber karbon pada konsentrasi yang bervariasi. Penurunan konsentrasi propoksur pada medium dianalisis dengan metode spektrofotometri diazotisasi-2-aminopiridina dan KCKT. Pertumbuhan dan kemampuan mendegradasi propoksur juga diukur pada medium dengan pH bervariasi. Aktivitas enzim diukur dengan metode sel istirahat. Enam isolat diperoleh mampu tumbuh dalam propoxur sebagai konsorsium. Satu isolat potensial memiliki kemampuan mendegradasi dan menggunakan propoksur sebagai sumber karbon sebagai kultur tunggal yakni isolat IE. Hasil analisis filogenetik gen 16S rDNA, serta karakter morfologi dan fisiologi menunjukkan isolat IE adalah Rhodococcus pyridinivorans. Bakteri tumbuh dan mendegradasi propoksur menjadi 2-isopropoksifenol dan metilamina dan menggunakan 2- isopropoksifenol sebagai sumber karbon, optimum pada pH 8. Propoxur (2-isopropoxyphenyl-N-methylcarbamate) was an insecticide that has potential environmental impact. Enhanced degradation propoxur in environment is presumably the result of an increase of activities of soil pesticidedegrading bacteria. This research aims to obtain, to identify, and to test the ability of bacteria degrading propoxur. Isolation and selection was done by enrichment culture method. Identification was done by phylogenetic analysis of 16S rDNA gene compared with morphological and physiological character. The ability of the bacteria to degrade propoxur was measured on medium contain propoxur as sole carbon source in variation concentration. Propoxur in medium was analyzed by diazotized-2-aminopyridine spectrophotometry and HPLC. The ability to growth and to degrade the propoxur was measured on medium with variation of pH. Enzyme activity was measured by resting cell method. Six isolates was obtain growth in propoxur as consortium. One potential isolate has the ability degrading and using propoxur as sole carbon source as a single culture designated as isolate IE. Result of phylogenetic analysis of 16S rDNA gene, morphological and physiological character showed isolate IE is Rhodococcus pyridinivorans. The bacterium grows and degrades propoxur into 2-isopropoxyphenol and methylamine utilized 2-isopropoxyphenol as sole source of carbon, optimum at pH 8.

Abstrak :
Penelitian ini berfokus pada keanekaragaman taksonomi Class Ktedonobacteria, kemampuannya sebagai penghasil enzim, deskripsi takson baru, dan analisis whole genome. Tujuh belas isolat diperoleh dari sampel tanah di hutan dekat geyser, kawasan geotermal Cisolok, Jawa Barat. Sequence gen 16S rRNA dari semua isolat dibandingkan dengan spesies terdekat pada database EzBioCloud. Seluruh isolat memiliki nilai homologi yang rendah terhadap Dictyobacter aurantiacus S-27T (97,82-98,18%). Penapisan kemampuan enzimatik menunjukkan bahwa sebagian besar isolat (88,23%) menghasilkan amilase dan selulase. Komposisi bakteri dari enam sampel dianalisis dengan metode metabarcoding gen 16S rRNA pada daerah V1-V3 menggunakan Illumina Mi-Seq Next Generation Sequencing. Ktedonobacteria merupakan kelas yang paling mendominasi dalam Phylum Chloroflexota (17,74-89,49%) pada lima sampel; Namun, kelas tersebut tidak terdeteksi pada satu sampel (tanah di bawah batu besar). Empat puluh tujuh amplikon gen 16S rRNA dari taksa terdekat Ktedonobacteria berhasil diperoleh dari enam sampel yang mewakili garis keturunan baru pada tingkat takson yang tinggi. Strain S3.2.2.5 diisolasi dari tanah di dalam serasah batang bambu. Karakter fenotipik, genotipik, dan filogenetik menunjukkan bahwa strain tersebut mewakili spesies berbeda dari Genus Dictyobacter; sehingga diusulkan spesies baru Dictyobacter halimunensis sp. nov. ......This study focuses on the taxonomic diversity of the class Ktedonobacteria, their ability as enzyme producers, description of novel taxon, and whole genome analysis. Seventeen isolates were obtained from soil samples in the forest near geyser, Cisolok geothermal area, West Java. The 16S rRNA gene sequence of all isolates was compared with all related species in the EzBioCloud database. All isolates had low similarity values to Dictyobacter aurantiacus S-27T (97.82-98.18%). Primary screening of enzymatic abilities showed that most isolates (88.23%) were amylase- and cellulase-producing Ktedonobacteria. Bacterial composition analyses from six samples were performed based on the V1-V3 of 16S rRNA gene metabarcoding using Illumina Mi-Seq Next Generation Sequencing. Ktedonobacteria was the most dominating class within the phylum Chloroflexota (17.74-89.49%) in five samples; however, it was not detected in one sample (the soil under a big rock). Forty-seven 16S rRNA gene amplicons of Ktedonobacteria-related taxa were generated from six samples and represented the putative new lineages in high taxonomic rank. A strain S3.2.2.5 was isolated from soil inside a decayed bamboo stem. The phenotypic, genotypic, and phylogenetic data suggest this strain represents a distinct species of the Dictyobacter genera; hence, a new species, Dictyobacter halimunensis sp. nov. is proposed.

Abstrak :
ABSTRAK
Latar belakang: C. albicans merupakan jamur yang dominan pada infeksi endodontik persisten yang berperan dalam kegagalan perawatan saluran akar. Pembentukan biofilm merupakan salah satu faktor virulensi C. albicans yang dapat meningkatkan resistensi terhadap agen antijamur. Klorheksidin 2% sebagai larutan irigasi yang efektif dalam mengeliminasi biofilm C. albicans telah terbukti bersifat toksik terhadap sel-sel sehat sehingga diperlukan alternatif larutan irigasi yang efektif dan aman, yaitu berasal dari bahan alami. Temulawak (Curcuma xanthorrhiza Robx.) mengandung xanthorrhizol yang terbukti bersifat antijamur. Namun, belum terdapat penelitian yang menganalisis konsentrasi optimum xanthorrhizol dalam mengeliminasi biofilm C. albicans ATCC 10231. Tujuan: Menganalisis efek antijamur xanthorrhizol 0,25%, xanthorrhizol 0,5%, xanthorrhizol 0,75%, xanthorrhizol 1%, xanthorrhizol 1,25%, dan klorheksidin 2% terhadap biofilm C. albicans ATCC 10231. Metode: Pemaparan xanthorrhizol terhadap biofilm C. albicans ATCC 10231 dilakukan selama 15 menit, kemudian diuji dengan metode MTT assay dan hitung koloni. Hasil: Tidak terdapat perbedaan bermakna secara statistik antara persentase eradikasi dan hasil hitung jumlah koloni pasca pemaparan xanthorrhizol 1%, xanthorrhizol 1,25%, dan CHX 2% pada biofilm C. albicans ATCC 10231. Simpulan: Xanthorrhizol 1% dan xanthorrhizol 1,25% memiliki efek antijamur terhadap biofilm C. albicans ATCC 10231 yang setara dengan klorheksidin 2%.

---

ABSTRACT
Background: C. albicans is the most dominant fungal species in persistent endodontic infection that has been associated with failure of endodontic treatment. An ability to form biofilm is one of the C. albicans virulence factor that increase resistance towards antifungal agent. In endodontic, 2% chlorhexidine as an effective irrigation solution against C. albicans biofilm has been proven to be toxic to healthly cells so that an effective and safe alternative irrigation solution is needed, which is derived from natural ingredients. Java turmeric (Curcuma xanthorrhiza Robx.) contains xanthorrhizol which has an antifungal effect. However, no studies have analyzed the optimum concentration of xanthorrhizol in eradicating bioflm of C. albicans ATCC 10231. Aims: To analyze antifungal effect of 0,25% xanthorrhizol, 0,5% xanthorrhizol, 0,75% xanthorrhizol, 1% xanthorrhizol, 1,25% xanthorrhizol and 2% chlorhexidine against biofilm of C. albicans ATCC 10231. Methods: fifteen minutes exposure of xanthorrhizol to biofilm of C. albicans ATCC 10231, then antifungal effect tested by MTT assay and total plate count method. Results: There was no statistically significant difference between percentage of biofilm eradication and TPC results after exposure to 1% xanthorrhizol, 1,25% xanthorrhizol, and 2% chlorhexidine in biofilm of C. albicans ATCC 10231. Conclusion: 1% xanthorrhizol and 1,25% xanthorrhizol have an antifungal effect against biofilm of C. albicans ATCC 10231 which is equivalent to 2% chlorhexidine.