Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Diketahuinya karakterisasi minyak bumi dengan baik dapat digunakanuntuk mengembangkan serta memaksimalkan pengeskplorasian minyakbumiSkripsi ini berjudul studi karakterisasi minyak bumi di Indonesia bagianbarat. Judul ini dipilih karena sampai saat ini Indonesia belum memiliki datakarakter biomarker dalam minyak bumi Perconto diambil secara acakdengan metode grab sampling karena sifat minyak bumi yang relativehomogeny dalam setiap cekunganAnalisis yang digunakan meliputi, analisis GC dan GC-MS. Padaanalisis GC peroonto minyak, dianalisis tanpa terlebih dahulu difraksinasi(metoda who/e oil) sedangkan analisis GC-MS perconto terlebih dahuludifraksionasi dan hanya fraksi lingkar dan siklo dari saturat yang dianalisis.Minyak bumi dari Indonesia bagian Barat, diperkirakan berasaldari tiga kelompok besar lingkungan pengendapan antara lain, Danau, Deltadan lingkungan pengendapan lautan berdasarkan dari perbedaan komposisidan kehadiran biomarker yang beragam. Dari ketiga kelompok besar ini,masin dapat dibagi menjadi beberapa sub-kelompok masing-masing: danauair payau, delta danau untuk lingkungan danau, rawa dan darat untuklingkungan delta serta laut dangkal untuk lingkungan lautan."

"Tumpanan minyak yang seringkali terjadi di jalur perairan Laut Jawaterkadang sulit diketahui sumbernya Untuk mengetahui sumber pencemarantersebut, pada penelitian ini dilakukan studi korelasi antara sampel minyaktumpahan (oil spill) dengan minyak bumi yang diproduksi di sekitar perairanSelat Malaka, Laut Jawa dan sungai-sungai yang bermuara di Iaut tersebut(oil reference). Dalam studi ini digunakan 2 (dua) parameter, yaitu sidikjariGC dan sidikjari biomarker. Keunggulan biomarker adalan menyediakaninformasi Iebih banyak mengenai sumber dan sulit terbiodegradasi kecualidalam kondisi yang ekstrim. Preparasi analisis sidikjari biomarker diawalidengan melakukan fraksionasi sampel minyak bumi, yang selanjutnyadianalisis menggunakan GCMS untuk melihat kelimpahan biomarker. Rasio-rasio dari beberapa biomarker ini Ialu diplot dalam beberapa diagram untukmelinat kecenderungan korelasi antara oil spill dengan oil reference. Untukmembuat kesimpulan aknir korelasi digunakan data gabungan dari nasilanalisis sidikjari GC dan GCIMS. Dari kedua hasil analisis tersebut dapatdisimpulkan banwa sampel OS-A memiliki korelasi positif dengan OR-6, OS-B dengan OR-9, sampel OS-C dan OS-D dengan OR-7."

"ABSTRAK

Pada penelitian ini diterapkan algoritma FABIAS (Factor Analysis for Bicluster Acquisition: Sparseness Projection) untuk mendeteksi biomarker penyakit Alzheimer pada dataset berupa 54675 data microarray ekspresi gen penyakit Alzheimer dari 161 sampel. Penelitian ini terdiri dari ekstraksi data dan seleksi gen, ekstraksi bicluster, interpretasi biologis untuk setiap bicluster, dan pendeteksian biomarker penyakit Alzheimer pada dataset yang diteliti. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini ditemukan pada 3 daerah otak yakni daerah HIP, daerah PC, dan daerah VCX. Gen-gen biomarker penyakit Alzheimer tersebut antara lain gen BIN1, SORL1, dan CLU. Penemuan tiga gen biomarker penyakit Alzheimer dari beberapa bicluster yang dihasilkan dari penerapan algoritma FABIAS ini membuka kemungkinan adanya gen biomarker penyakit Alzheimer yang baru dari bicluster lain dengan sampel berkondisi sakit.

---

ABSTRACT

---

In this research, FABIAS algorithm (Factor Analysis for Bicluster Acquisition: Sparseness Projection) was applied to detect biomarkers of Alzheimer`s Disease in a dataset of 54.675 gene expression microarray data from 161 samples. This study consisted of data extraction and gene selection, bicluster extraction, biological interpretation of each bicluster, and biomarker detection of Alzheimer`s disease in the dataset. The results obtained from this study were found in 3 brain regions namely the HIP area, PC area, and VCX area. The biomarker of Alzheimer`s disease include BIN1, SORL1, and CLU genes. The discovery of three biomarker genes from some biclusters resulting from implementation of the FABIAS algorithm opens up the possibility of finding new Alzheimer`s disease biomarker gene from other bicluster with sick condition samples.

"

"This handbook provides an all-inclusive insight into biomarkers assessing the impact of nutrition on human health. The reader will gain insight into the area of circulating body fluid biomarkers, from cardiovascular related markers to liver functional tests. Various biomarkers related to the intake of micronutrient and macronutrients are presented, and the effects of different diets, pesticide exposure and dietary supplements are discussed, so are changes of genetic, cellular and histological variables. This systematic handbook is a must have for biomedical researchers as well as clinicians and pharmacologists, who wish to gain extensive understanding on the analysis of effects of various nutritional and dietary effects on human health, ageing and longevity"

"ABSTRAKLatar Belakang. Biomarker dapat digunakan untuk memprediksi derajat keparahan trauma kepala.Tujuan. Mengetahui hubungan antara kadar S100B dengan derajat keparahan trauma kepala dan kelainan CT scan kepala.Metode Penelitian. Penelitian potong lintang di IGD RSUPN Cipto Mangunkusumo, RSUP Fatmawati, dan RS Permata Cibubur selama Juli-Desember 2015. Subjek adalah anak usia 1-18 tahun yang mengalami trauma kepala dengan onset <24 jam. Setiap subjek dilakukan pemeriksaan skor Skala Koma Glasgow Pediatrik, pemeriksaan CT scan kepala bila terdapat indikasi, serta pemeriksaan kadar S100B dari serum.Hasil Penelitian. Subjek penelitian terdiri atas 20 subjek trauma kepala ringan dan 18 subjek trauma kepala sedang. Hasil penelitian menunjukkan terdapat perbedaan bermakna kadar S100B kelompok trauma trauma kepala sedang dan kepala ringan; median (rentang) 0,173 (0,054-0,812) μg/L dibandingkan 0,067 (0,039-0,084) μg/L, p<0,001. Selain itu juga terdapat perbedaan bermakna antara kelompok yang terdapat kelainan CT scan kepala dibandingkan dengan yang tidak ada kelainan; 0,124 (0,051-0,812) μg/L dan 0,067 (0,039-0,084) μg/L, p=0,001. Berdasarkan analisis ROC, kadar S100B serum sangat kuat untuk memprediksi trauma kepala sedang (AUC 0,818, p=0,001 dan IK95% 0,668-0,969) dengan nilai cut-off 0,083 μg/L.Simpulan. Kadar S100B serum pada trauma kepala sedang secara bermakna lebih tinggi dari trauma kepala ringan serta memiliki kemampuan diskriminasi sangat baik untuk memprediksi derajat keparahannya.

---

ABSTRACT

Background. Biomarker has ability to predict the severity of TBI and abnormal CT scan.

Objectives. To determine the association between S100B level with the severity of pediatric TBI and intracranial injury.

Methods. A cross-sectional study at Emergency Department of RSUPN Cipto Mangunkusumo, RSUP Fatmawati, and Permata Cibubur Hospital on July- December 2015. Subjects were 1-18 year-old children with TBI, onset within 24 hours before admission. We measured Pediatric GCS score, serum S100B level, and performed cranial CT scan if indicated.

Results. Twenty subjects had mild TBI and 18 subjects had moderate TBI were included. S100B levels were higher in children with moderate TBI as compared to children with mild TBI; 0,173 (0,054-0,812) μg/L vs 0,067 (0,039-0,084) μg/L, p<0,001. S100B levels were significantly elevated in children following TBI with abnormal cranial CT scan as compared to children with a normal CT scan (0,124 (0,051-0,812) μg/L vs 0,067 (0,039-0,084) μg/L, p=0,001). AUC for S100B was also significant (0,818, p=0,001, CI95% 0,668-0,969) as prediction of moderate TBI with cut-off point 0,083 μg/L.

Conclusions. Children with moderate TBI had significantly higher S100B levels as compared to children with mild TBI. Cut-off point S100B level at 0,083 μg/L has good ability to predict the severity of TBI."

"Indonesia merupakan pemain besar dalam industri sepatu di dunia, yaitu terbesar kelima setelah Cina, India, Vietnam dan Brasil. Perakitan sepatu menggunakan perekat atau lem yang mengandung senyawa organik volatil (diantaranya benzena, toluen, dan xylen)dengan kandungan benzena di dalam lem diketahui mencapai 2%. Benzena dapat masuk secara tidak sempurna dengan cepat ke tubuh manusia dan hewan melalui pajanan. pernafasanpajanan benzena pada manusia terbukti berhubungan dengan berbagai penyakit akut dan parah termasuk kanker dan anemia aplastik. Selain itu benzena dan metabolitnya juga terbukti dalam peningkatan stres oksidatif yang terlihat dari peningkatan malondialdehid (MDA) dan penurunan antioksidan dalam tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk mengindentifikasi konsentrasi benzena di udara tempat kerja dan hubungan antara benzena di dalam tubuh melalui pengukuran biomarker SPhenylmercapturic Acid (S-PMA) terhadap stres oksidatif melalui pengukuran kadar plasma MDA pekerja bengkel sandal/sepatu. Penelitian ini menggunakan studi crosssectional pada sepuluh bengkel sandal/sepatu di Desa Sukajaya, Kecamatan Tamansari, Kabupaten Bogor pada Maret-Mei 2018. Jumlah sampel sebanyak 64 pekerja diambil dengan metode total sampling. Hasil penelitian menunjukkan rata-rata konsentrasi benzena di udara empat kerja masih dibawah NAB yang ditentukan oleh Peraturan Menteri Tenaga Kerja No. 13 Tahun 2011 yaitu 0,002066 ppm dan tidak ada hubungan yang signifikan antara konsentrasi S-PMA dalam urin terhadap kadar MDA plasma darah. Sementara itu ada hubungan yang signifikan antara variabel kebiasaan olahraga terhadap kadar MDA plasma darah namun tidak ada hubungan yang signifikan antara variabel konsentrasi status merokok, konsumsi kopi, dan IMT pekerja dengan kadar MDA plasma darah pekerja. Konsentrasi benzena masih dalam batas aman namun tetap harus diminimalisasi karena benzena merupakan zat karsinogenik yang dapat terakumulasi dalam tubuh sehingga diperlukan pencegahan seperti perbaikan ventilasi,pengaturan jam kerja, dan pelarangan merokok saat bekerja.

---

Indonesia is the fifth largest country with shoe industri in the world, the biggest after China, India, Vietnam and Brazil. Shoe assembly using adhesives or glue that contain volatile organic compounds (such as benzene, toluene and xylen) with benzene content in the glue is known to reach 2%. Benzene can enter imperfectly rapidly into the human body and animals through inhalation exposure, human benzene exposure is shown to be associated with various acute and severe diseases including cancer and aplastic anemia. In addition, benzene and its metabolites are also proven in increased oxidative stress seen from increased malondialdehyde (MDA) and decreased antioxidants in the body.

This study aims to identify benzene concentrations in the air of the workplace and the relationship between benzene in the body through measurement of S-Phenylmercapturic Acid (S-PMA) biomarkers against oxidative stress through measurement of MDA plasma level of sandal / shoe workers.

This study used cross-sectional study on ten shoe workshops in Desa Sukajaya , Kecamatan Tamansari, Kabupaten Bogor from March to May 2018. The number of samples as much as 64 workers taken by total sampling method.

The results showed an average concentration of benzene in the air of the workplace is still under the treshold value which determined by Peraturan Menteri Tenaga Kerja No. 13 Year 2011 (0.002066 ppm) and there are no significant relationship between concentrations of S-PMA in urine against the levels of MDA blood plasma. Meanwhile, there is a significant relationship between exercise habit variables against blood plasma MDA level but no significant relationship between variable length of work, smoking status, coffee consumption, and BMI of workers againist blood plasma MDA levels of workers.The concentration of benzene is still below the treshold limit but should be minimized because benzene is a carcinogenic substance that can accumulate in the body so that the preventive action such as improvement of ventilation, regulation of working hours, and a prohibition on smoking at work should be applied."

"Kanker payudara merupakan tipe kanker yang paling banyak terjadi didunia dan menjadi penyebab kematian terbanyak pada negara berkembang. Subtipe kanker payudara saat ini dapat diklasifikasikan berdasarkan profil ekspresi gennya dengan immunohistokimia (IHK) menjadi subtipe Luminal A, Luminal B, HER2+, dan TNBC. Namun, IHK memiliki beberapa keterbatasan yang dapat menyebabkan kesalahan klasifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan integrasi data multi-omik (genomik, epigenomik, dan transkriptomik) serta penggunaan machine learning dalam penentuan biomarker subtipe kanker payudara.Metode Isolat DNA dari pasien kanker payudara yang menjalani pengobatan di RSUPN Cipto Mangunkusumo dan RS Kanker Dharmais Jakarta sebanyak 48 subjek digunakan dalam penelitian ini. Untuk mengidentifikasi mutasi dan metilasi DNA, digunakan kit Illumina Infinium Asian Screening Array dan Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 yang kemudian dilakukan pembacaan dengan Illumina iScan. Biomarker mutasi dan metilasi DNA kemudian dianalisis dengan machine learning untuk mendapatkan biomarker subtipe kanker payudara. Pendekatan transkriptomik dengan analisis DEG (Differentially Expressed Genes) dilakukan dengan menggunakan dataset yang berada pada basis data GEO (Gene Expression Omnibus), yaitu dataset GSE33447 dan GSE20685. Studi translasional untuk identifikasi biomarker metilasi DNA, dilakukan dengan metode MSP (methylated specific PCR).Hasil Didapatkan biomarker mutasi dan metilasi DNA yang signifikan berasosiasi dengan masing-masing subtipe kanker payudara serta berkaitan dengan ekspresi gennya, yaitu Luminal A (rs2355062 dan cg14397888), Luminal B (rs36087647 dan cg14397888), HER2+ (rs4925108 dan cg25910261), TNBC (rs137966431, rs886040223 dan cg26371957). Adanya mutasi pada BRCA2 (rs886040223) pada pasien TNBC, diprediksi akan memberikan respon yang sensitif terhadap pemberian terapi inhibitor PARP. Kit diagnostik berbasis biomarker omik dengan metode methylation-specific PCR (MSP) dapat menentukan status metilasi DNA pada biomarker cg14397888 untuk subtipe Luminal A dan Luminal B dengan akurasi 75% dan 76%.Kesimpulan Pendekatan biomarker multiomik pada pasien kanker payudara dapat digunakan sebagai pilihan untuk melakukan klasifikasi subtipe kanker payudara dan memprediksi pilihan terapi yang tepat.

---

Introduction

Breast cancer is the predominant form of cancer globally and is the primary cause of mortality in emerging nations. Currently, breast cancer subtypes can be classified using immunohistochemistry (IHC) into four subtypes: Luminal A, Luminal B, HER2+, and TNBC. Nevertheless, the IHC possesses various constraints that may result in misclassification. The objective of this study is to combine multiple types of biological data (genomic, epigenomic, and transcriptomic) and apply machine learning techniques to identify biomarkers for different subtypes of breast cancer.

Method

DNA isolates obtained from 48 breast cancer patients who were receiving therapy at RSUPN Cipto Mangunkusumo and Dharmais Cancer Hospital Jakarta. The Illumina Infinium Asian Screening Array and Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 kits were employed to detect mutations and DNA methylation which were then read using Illumina iScan. Machine learning was used to examine DNA mutation and methylation biomarkers in order to identify biomarkers specific to different subtypes of breast cancer. The transcriptomics approach was employed to analyze differentially expressed genes (DEGs) utilizing datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO) database, namely the GSE33447 and GSE20685 datasets. The MSP approach was employed to conduct translational research to identify DNA methylation biomarkers.

Results

Significant DNA mutations and methylation biomarkers were discovered to be linked to each subtype of breast cancer and were found to be associated with gene expression, namely, Luminal A (rs2355062 and cg14397888), Luminal B (rs36087647 and cg14397888), HER2+ (rs4925108 and cg25910261), and TNBC (rs137966431, rs886040223 and cg26371957). Predictions suggest that the presence of mutations in the BRCA2 gene (rs886040223) in TNBC patients will likely result in a highly responsive reaction to PARP inhibitor treatment. A diagnostic kit utilizing the methylation-specific PCR (MSP) approach can accurately assess the DNA methylation status of the cg14397888 biomarker for Luminal A and Luminal B subtypes with an accuracy of 75% and 76%, respectively.

Conclusion

The utilization of the multiomics biomarker strategy in breast cancer patients offers a viable method for categorizing breast cancer subtypes and forecasting suitable therapy interventions.                                                                                                                                                                    "

"Sinamaldehid merupakan senyawa kimia yang banyak digunakan dalam bidang industri dan mudah ditemukan dalam kehidupan sehari-hari. Menurut strukturnya, sinamaldehid merupakan senyawa tak jenuh, yang dapat memicu produksi ROS dalam tubuh. ROS ini dapat bereaksi dengan DNA atau protein dan membentuk DNA Adduct. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis terbentuknya DNA Adduct 8-OHdG akibat kerusakan oksidatif DNA yang disebabkan oleh paparan sinamaldehid. Studi in vitro dilakukan dengan mereaksikan 2`-deoksiguanosin dengan sinamaldehid melalui reaksi Fenton-like. Reaksi dilakukan pada pH 7,4 dan 8,4, pada suhu 37 °C serta waktu inkubasi 7 dan 12 jam. Studi in vivo dilakukan dengan menggunakan kelompok tikus putih (Rattus norvegicus) yang dikenai paparan sinamaldehid (200 mg/kg BB) dan CuSO4 (10 mg/kg BB) selama 28 hari. Sampel urine diambil setiap minggunya. Analisis pembentukan 8-OHdG dilakukan menggunakan instrumen LC-MS/MS dengan kromatografi fase terbalik. Fasa gerak yang digunakan adalah campuran ammonium asetat 20 mM pH 4 dan asetonitril dengan gradien elusi. Hasil studi in vivo menunjukkan bahwa paparan sinamaldehid, Cu(II), dan H2O2 dapat menyebabkan pembentukan 8-OHdG, dengan produk terbanyak pada pH 7,4 dan waktu inkubasi 12 jam. Hasil studi in vivo menunjukkan bahwa paparan sinamaldehid dan Cu(II) dapat menyebabkan pembentukan 8-OHdG. Waktu pemaparan yang lebih lama menunjukkan peningkatan kadar sinamaldehid dalam urine tikus.

---

Cinnamaldehyde is a chemical compound that is widely used in industrial fields and is easily found in everyday life. According to the structure, cinnamaldehyde is an unsaturated compound, which can trigger the production of ROS in the body. This ROS can react with DNA or proteins and form DNA adducts. This study aims to analyze the formation of 8-OHdG DNA Adduct due to oxidative DNA damage caused by exposure to cinnamaldehyde. In vitro studies were carried out by reacting 2`-deoxiguanosine with cinnamaldehyde, Cu(II), and H2O2 through a fenton-like reaction. The reaction was carried out at pH 7.4 and 8.4, at 37 °C and incubation times of 7 and 12 hours. In vivo studies were carried out using a group of white mice (Rattus norvegicus) which were exposed to cinnamaldehyde (200 mg/kg BW) and CuSO4 (10 mg/kg BW) for 28 days. Urine samples are taken every week. Analysis of the formation of 8-OHdG using an LC-MS/MS instrument with reverse phase chromatography. The mobile phase used was a mixture of 20 mM ammonium acetate pH 4 and acetonitrile with elution gradient. The results of in vivo studies showed that exposure to cinnamaldehyde, Cu(II), and H2O2 can cause the formation of 8-OHdG, with the most products at pH 7.4 and 12 hours incubation time. The results of in vivo studies indicate that exposure to cinnamaldehyde and Cu(II) can cause the formation of 8-OHdG. Longer exposure times showed increased levels of cinnamaldehyde in rat urine."

"Pada penelitian ini telah dilakukan analisis pembentukan senyawa 8-hidroksi-2’-deoksiguanosin (8-OHdG) sebagai penanda kerusakan oksidatif DNA yang diakibatkan oleh paparan senyawa akrilamida dan logam kromium heksavalen (Cr(VI)). Studi in vitro dilakukan melalui reaksi senyawa 2’-deoksiguanosin dengan akrilamida, logam Cr(VI), asam askorbat, dan H₂O₂ berdasarkan prinsip reaksi Fenton-like pada variasi pH inkubasi 7,4 dan 8,4, suhu inkubasi 37 dan 60 °C, serta waktu inkubasi 7 dan 12 jam. Analisis senyawa 8-OHdG dilakukan menggunakan UHPLC fasa terbalik dengan fasa gerak berupa campuran penyangga natrium fosfat pH 6,7 : metanol (85:15). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa paparan akrilamida dan Cr(VI) secara in vitro menyebabkan pembentukan 8-OHdG dengan konsentrasi rendah, serta penambahan asam askorbat mampu meningkatkan pembentukan 8-OHdG. Konsentrasi 8-OHdG tertinggi pada sampel tanpa asam askorbat diperoleh dengan kondisi suhu inkubasi 60 °C, serta pada sampel dengan asam askorbat diperoleh dengan kondisi pH inkubasi 7,4, suhu inkubasi 37 °C, dan waktu inkubasi 7 jam.

---

This research aims to investigate 8-hydroxy-2’-deoxyguanosine (8-OHdG) formation as a biomarker of DNA oxidative damage following acrylamide and hexavalent chromium (Cr(VI)) exposure. In vitro study was carried out through reactions between 2’-deoxyguanosine, acrylamide, Cr(VI),  and reducing agent with respect to Fenton-like principles. Samples at pH 7.4 and 8.4 were incubated for 7 and 12 hours under 37 and 60ºC to find the correlation between 8-OHdG concentration over several pH, time, and temperature conditions. Analysis was performed by reversed-phase UHPLC using sodium phosphate buffer pH 6.7 : methanol (85:15) as mobile phase. Results show that low concentration of 8-OHdG could be linked to acrylamide and Cr(VI) exposure, and ascorbic acid might have a role in increasing 8-OHdG to higher concentration. The highest concentration of 8-OHdG was obtained at 60°C in samples without the presence of ascorbic acid, and at pH 7.4, 37 °C, and 7 hours of incubation in samples with the presence of ascorbic acid."