"Indonesia sejak tahun 1984 melakukan reformasi perpajakan, salah satunya adalah berlakunya Undang-undang PPN. Sedangkan konsep PPN yang dianut adalah The Substractive Indirect Method/ Invoice Method/Credit Method. Dikatakan substractive indirect method karena penghitungannya tidak lagi berdasarkan pembukuan atau catatan melainkan berdasarkan Faktur, sehingga disebut juga invoice method.
Jadi setiap transaksi ekonomis baik atas barang kena pajak maupun jasa kena pajak yang dilakukan oleh Pengusaha Kena Pajak, berdasarkan pasal 13 ayat (1) Undang-undang No. 8 Tahun 1983 sebagaimana terakhir diubah dengan Undang-undang No. 18 Tahun 2000 tentang Pajak Pertambahan Nilai Barang dan Jasa dan Pajak Penjualan Barang Mewah diwajibkan membuat Faktur Pajak untuk setiap penyerahan tersebut. Faktur Pajak disini sebagai bukti pungut pajak, hal ini juga berfungsi sebagai salah satu alat pendukung transaksi.
Sengketa pajak disebabkan ada pengujian secara fisik atas kondisi Faktur Pajak, apakah sudah sesuai dengan yang dipersyaratkan pada pasal 13 ayat (5) Undang-undang Pajak Pertambahan Nilai. Sehingga bagi pembeli yang menerima Faktur Pajak, dimana kondisinya tidak sesuai dengan pasal 13 ayat (5) Undang-undang PPN akan menerima akibatnya. Persengketaan pajak tersebut yang lebih dikenal atau sering disebut dengan istilah Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat.
Pokok permasalahan dalam tesis ini antara lain pertama : mencari pengertian apa yang dimaksud dengan Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat, kedua : Wewenang dan tindakan yuridis apa yang dapat dilakukan oleh pihak fiskus dalam menghadapi Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat yang diterbitkan oleh penjual, ketiga: Wewenang dan tindakan yuridis apa yang dapat dilakukan oleh pihak fiskus dalam menghadapi Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat yang dikreditkan oleh pembeli, keempat: apa yang bisa dilakukan wajib pajak atau pengusaha kena pajak untuk mencegah terjadinya koreksi balk oleh penjual maupun oleh pembeli, kelima: Upaya hukum apa yang bisa dilakukan wajib pajak, apabila dilakukan koreksi terhadap Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat tersebut diatas.
Tujuan penulisan ini adalah kajian terhadap Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat yang tidak sesuai dengan ketentuan yang diatur dalam Undangundang PPN, dan metode yang dipergunakan analisis diskriptif.
Persengketaan akibat dari Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat mulai dari pemeriksaan sampai dengan putusan banding mengalami beberapa perbedaan pendapat dalam melaksanakan perundang-undangan perpajakan. Sehingga apa yang telah dilakukan pemeriksa tidak menunjukkan efisiensi kerja. Karena dalam menanggapi permasalahan Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat masing-masing beda dalam menetapkan atau memutuskan, sedangkan undang-undang perpajakan dan peraturan pendukung sama. Sehingga hal tersebut perlu dilakukan suatu pengkajian ilmiah.
Dengan meninjau putusan Badan Peradilan Pajak, maka permasalahan Faktur Pajak tidak lengkap atau cacat perlu dilakukan peninjauan terhadap peniaian atau pengartiannya. Yaitu dalam penerapan sanksi bagi pembeli tidak hanya dilihat dari segi formal saja, tetapi juga dilihat dari segi materi.
Sedangkan sarannya adalah dalam penerapan aturan berkaitan dengan persyaratan Faktur Pajak dapat dipertahankan, tetapi dalam sanksi bagi pembeli perlu dilakukan peninjauan. Karena sanksi yang diterima pembeli lebih besar dibanding dengan penjual/penerbit Faktur Pajak. Atau dengan kata lain perlakuan administrasi dan sanksi terhadap penerbit tetap dipertahankan. Dan perlu juga dilakukan tindakan atau aturan untuk mengantisipasi atau menghadapi Faktur Pajak bermasalah."
Depok: Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Indonesia, 2004
