Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kontaminasi bakteri Escherichia coli (E. coli) di perairan pantai menimbulkan risiko kesehatan bagi masyarakat yang melakukan aktivitas rekreasi. Untuk mengidentifikasi sumber kontaminasi secara lebih akurat, diperlukan analisis terhadap keberadaan gen penanda yang spesifik terhadap sumber fekal tertentu. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keberadaan gen penanda E. coli di air rekreasi Pantai Ancol menggunakan pendekatan Microbial Source Tracking (MST) dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), serta menelusuri jalur transmisi kontaminasi dari berbagai sumber ke air rekreasi dan potensi paparannya terhadap manusia. Pengambilan sampel dilakukan secara temporal pada beberapa titik di kawasan pantai untuk mengevaluasi variasi distribusi sumber pencemar antara hari kerja dan akhir pekan. Deteksi gen penanda fekal spesifik untuk manusia (H8 dan H12), ayam (Ch7, Ch9, Ch12, dan Ch13), sapi (Co2 dan Co3), dan air limbah (W_nqrC dan W_clsA) dilakukan terhadap total 30 isolat. Hasil menunjukkan bahwa seluruh gen penanda terdeteksi pada 100% isolat, baik pada hari kerja maupun akhir pekan, serta di seluruh titik pengambilan sampel. Hal ini mengindikasikan bahwa kontaminasi fekal dari berbagai sumber, yaitu aktivitas domestik, manusia, peternakan, dan pengolahan pangan berbasis unggas dan sapi terdistribusi secara merata dan konsisten di wilayah pantai. Kondisi ini menunjukkan bahwa kontaminasi bersifat kontinu dan tidak bergantung pada waktu, didorong oleh aliran limbah domestik yang terus-menerus, limpasan dari Sungai Ciliwung, serta aktivitas lokal di kawasan wisata. Penyebaran kontaminan diperluas oleh dinamika arus laut yang membawa limbah dari muara ke area rekreasi. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa pendekatan MST dengan metode PCR terbukti dapat mengidentifikasi sumber kontaminasi fekal di perairan pantai, serta pentingnya pemahaman terhadap jalur transmisi pencemaran sebagai dasar perencanaan pengelolaan limbah untuk menjaga kesehatan masyarakat dan kualitas lingkungan pesisir.

---

Fecal contamination by Escherichia coli (E. coli) in coastal waters poses a health risk to the public engaging in recreational activities. Accurate detection of specific genetic markers is essential to effectively identify the sources of contamination. This study aims to analyze the presence of E. coli marker genes in the recreational waters of Ancol Beach using a Microbial Source Tracking with the Polymerase Chain Reaction method and to analyze the transmission pathways of contamination from various sources to recreational waters and human exposure. Samples were collected temporally at multiple points along the coastline to assess differences in pollutant distribution between weekdays and weekends. Fecal marker genes specific to humans (H8 and H12), chickens (Ch7, Ch9, Ch12, and Ch13), cattle (Co2 and Co3), and wastewater (W_nqrC and W_clsA) were tested in a total of 30 isolates. The results showed that all marker genes were detected in 100% of the isolates, regardless of sampling time or location. This indicates that fecal contamination from various sources including domestic waste, human activity, livestock, and food processing was evenly and consistently distributed across the beach area. These findings suggest that contamination is continuous and not influenced by time, largely driven by uninterrupted domestic wastewater discharge, runoff from the Ciliwung River, and local activities within the tourism area. The spread of contaminants is further facilitated by coastal currents that transport pollutants from the river mouth to recreational zones. This study concludes that the MST approach using PCR is effective in identifying fecal contamination sources in coastal waters and underscores the importance of understanding transmission pathways as a basis for improving wastewater management and protecting both public health and coastal environmental quality."

"Antimicrobial Resistance (AMR) merupakan ancaman besar terhadap kesehatan masyarakat dan isu global. Extended-Spectrum Beta-Lactamase Producing Escherichia coli (ESBL-Ec) adalah salah satu AMR yang sering ditemukan di lingkungan perairan, khususnya air tanah. Air tanah yang tercemar berpotensi menyebabkan dampak kesehatan serius bagi manusia yang terpapar, mengingat air tanah merupakan salah satu sumber air bersih yang banyak digunakan. Pelacakan sumber pencemar perlu dilakukan untuk mengidentifikasi pola distribusi dan sumber kontaminasi ESBL-Ec dalam air tanah secara lebih spesifik. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis keberadaan gen penanda ESBL-Ec di air tanah dan menganalisis jalur transmisinya dari berbagai sumber pencemar menuju air tanah serta paparannya terhadap manusia. Penelitian ini dilakukan pada isolat ESBL-Ec yang diambil dari air tanah di beberapa titik di DKI Jakarta dan sekitar TPA Cipayung yang menggunakan pendekatan Microbial Source Tracking (MST) dengan meotde Polymerase Chain Reaction (PCR). MST dilakukan untuk mengidentifikasi berbagai gen penanda dari empat sumber pencemar, yaitu manusia (H8, H12), sapi (Co2, Co3), ayam (Ch7, Ch9, Ch12, Ch13), dan air limbah (W_nqrC, W_clsA_2). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen penanda air limbah paling dan ayam yang menunjukkan deteksi positif pada seluruh isolat yang diuji (n=44), diikuti gen penanda manusia yang terdeteksi 43 dari 44 isolat, dan gen penanda sapi terdeteksi positif pada 42 dari 44 isolat. Sumber kontaminasi utama ESBL-Ec di air tanah dipengaruhi oleh limbah domestik dari berbagai aktivitas manusia dan limbah peternakan yang langsung dibuang ke badan air tanpa dilakukan pengolahan yang tepat. Limbah ini dapat mencemari air tanah melalui infiltrasi dari air permukaan hingga ke sistem akuifer.

---

Antimicrobial Resistance (AMR) is a major threat to public health and a global issue. Extended-Spectrum Beta-Lactamase Producing Escherichia coli (ESBL-Ec) is one type of AMR frequently found in aquatic environments, particularly in groundwater. Contaminated groundwater poses a serious health risk to humans, as it is widely used as a source of clean water. Source tracking is necessary to identify the distribution patterns and specific origins of ESBL-Ec contamination in groundwater. The aim of this study is to analyze the presence of ESBL-Ec marker genes in groundwater and to investigate the transmission pathways from various pollution sources to groundwater, as well as the potential exposure to humans. This research was conducted using ESBL-Ec isolates collected from groundwater at several locations in DKI Jakarta and the vicinity of the Cipayung landfill, employing a Microbial Source Tracking (MST) approach using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method. MST was used to identify specific marker genes from four pollution sources: human (H8, H12), cattle (Co2, Co3), chicken (Ch7, Ch9, Ch12, Ch13), and wastewater (W_nqrC, W_clsA_2). The results show that the wastewater and chicken marker genes were detected in all isolates tested (n = 44), followed by the human marker genes detected in 43 out of 44 isolates, and the cattle marker genes detected in 42 out of 44 isolates. The main sources of ESBL-Ec contamination in groundwater are influenced by domestic waste from various human activities and livestock waste that is discharged directly into water bodies without proper treatment. These pollutants can contaminate groundwater through infiltration from surface water into the aquifer system."

"Antimicrobial Resistance (AMR) menjadi isu global akibat meningkatnya kegagalan pengobatan dan penyebaran Extended-Spectrum Beta-Lactamase Producing Escherichia coli (ESBL-Ec) yang banyak ditemukan di lingkungan perairan seperti sungai. Sungai menjadi jalur utama bagi masuknya berbagai limbah, yang dapat membawa ESBL-Ec ke lingkungan. Untuk itu, analisis gen penanda spesifik diperlukan untuk mengidentifikasi sumber kontaminasi ESBL-Ec dan memahami jalur kontaminasi di perairan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keberadaan gen penanda ESBL-Ec di air sungai serta jalur kontaminasinya menuju lingkungan dan potensi paparannya terhadap manusia. Studi dilakukan di dua lokasi, yakni Sungai Ciliwung (DKI Jakarta dan Jawa Barat) dan Sungai Brangbiji (Kabupaten Sumbawa, NTB), menggunakan pendekatan Microbial Source Tracking (MST) berbasis metode Polymerase Chain Reaction (PCR) terhadap empat kelompok gen penanda sumber pencemar, yaitu manusia (H8, H12), sapi (Co2, Co3), ayam (Ch7, Ch9, Ch12, Ch13), dan air limbah (W_nqrC, W_clsA_2). Hasil penelitian menunjukkan bahwa di Sungai Ciliwung, keberadaan gen penanda tertinggi adalah air limbah dan ayam, ditunjukkan oleh seluruh isolat (n = 80) yang terdeteksi pada kedua kelompok gen tersebut. Gen penanda manusia dan sapi juga menunjukkan deteksi tinggi, dengan 79 dari 80 isolat menunjukkan keberadaan kedua kelompok gen ini. Di Sungai Brangbiji, seluruh isolat (n = 6) terdeteksi terhadap keempat kelompok gen penanda. Jalur kontaminasi utama di kedua sungai umumnya berasal dari pembuangan limbah domestik dan peternakan yang tidak melalui pengolahan, serta kontribusi dari efluen IPAL. Limbah ini masuk ke badan sungai melalui drainase terbuka, aliran permukaan, atau aktivitas langsung di sekitar bantaran sungai. Temuan ini menunjukkan bahwa sanitasi yang buruk dan pengelolaan limbah yang tidak memadai dapat meningkatkan risiko paparan ESBL- Ec terhadap manusia, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui lingkungan. Berdasarkan hasil tersebut, metode MST berbasis PCR terbukti dapat memberikan gambaran mengenai kemungkinan sumber kontaminasi di perairan serta memetakan jalur kontaminasi ESBL-Ec yang berkaitan dengan aktivitas manusia dan hewan di lingkungan sekitar.

---

Antimicrobial Resistance (AMR) has become a global concern due to the increasing incidence of treatment failure and the spread of Extended-Spectrum Beta- Lactamase Producing Escherichia coli (ESBL-Ec), which is commonly found in aquatic environments such as rivers. Rivers serve as major pathways for the entry of various waste streams into the environment, potentially carrying ESBL-Ec. Therefore, the analysis of specific marker genes is necessary to identify the sources of ESBL-Ec contamination and to understand its contamination pathways in aquatic systems. This study aims to analyze the presence of ESBL-Ec marker genes in river water, trace their contamination pathways into the environment, and assess the potential exposure risk to humans. The study was conducted in two locations, namely the Ciliwung River (Jakarta and West Java) and the Brangbiji River (Sumbawa Regency, West Nusa Tenggara), using a Microbial Source Tracking (MST) approach based on Polymerase Chain Reaction (PCR) targeting four groups of specific marker genes including human (H8, H12), cattle (Co2, Co3), chicken (Ch7, Ch9, Ch12, Ch13), and human wastewater (W_nqrC, W_clsA_2). The results showed that in the Ciliwung River, the highest prevalence of marker genes was observed for wastewater and chicken, with both gene groups detected in all isolates (n = 80). Human and cattle markers were also highly prevalent, found in 79 out of 80 isolates. In the Brangbiji River, marker genes from all four source categories were detected in all isolates (n = 6).The main contamination pathways in both rivers generally originated from unprocessed domestic and livestock waste discharges, along with contributions from wastewater treatment plant effluents. These wastes entered the river bodies through open drains, surface runoff, or direct activities near the riverbanks. These findings indicate that poor sanitation and inadequate waste management can elevate the risk of human exposure to ESBL-Ec, either directly or indirectly through environmental contact. Based on these results, the PCR-based MST approach demonstrates its capability to provide an overview of potential contamination sources in aquatic environments and to map the contamination pathways of ESBL-Ec linked to human and animal activities in the surrounding area."

"Antimicrobial Resistance (AMR) menyebabkan penurunan efektivitas pengobatan dan dapat dideteksi dengan keberadaan Antibiotik Resistance Genes (ARG) seperti bla_CTX-M yang paling banyak ditemukan dan memberikan resistansi terhadap antibiotik sefotaksim. Hingga saat ini, belum ada penelitian yang bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen bla_CTX-M pada Sungai Bekasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis konsentrasi bakteri Escherichia coli non-selektif dan resistan pada hilir Sungai Bekasi, menganalisis keberadaan ARG bla_CTX-M pada bakteri E. coli tersebut, serta memberikan rekomendasi lokasi sampling bakteri E. coli untuk mendeteksi AMR. Metode Polymerase Chain Reaction pada penelitian ini digunakan untuk mengamplifikasi DNA dan dilanjutkan dengan elektroforesis untuk pembacaan ukuran DNA. Berdasarkan hasil penelitian, hilir Sungai Bekasi memiliki rata-rata konsentrasi bakteri E. coli non-selektif sebesar 261 CFU/mL dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan sebesar 207 CFU/mL dengan titik sampling di pinggir sungai. Sedangkan, rata-rata konsentrasi bakteri E. coli resistansi antibiotik sefotaksim sebesar 26 CFU/mL dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan sebesar 20 CFU/mL dengan titik sampling di pinggir sungai. Rasio perbandingan bakteri E. coli resisten antibiotik dengan bakteri E. coli non-selektif adalah 9,78% dengan titik sampling 1/3 dari pinggir sungai dan 9,27% dengan titik sampling di pinggir sungai. Hasil penelitian mendapatkan bahwa adanya keberadaan gen resistansi antibiotik bla_CTX-M pada hilir Sungai Bekasi sebanyak 80% dari sampel yang diambil. Dimana gen yang mendominasi adalah CTX-M grup 1 yang beranggotakan gen CTX-M-1, CTX-M-3, dan CTX-M-15. Hasil penelitian juga menunjukan bahwa sampel dari pinggir sungai memiliki hasil yang lebih homogen dan lebih mudah untuk dilakukan.

---

Antimicrobial Resistance (AMR) causes a decrease in the effectiveness of treatment and can be detected by the presence of Antibiotic Resistance Genes (ARG) such as bla_CTX-M which is the most commonly found and provides resistance to the antibiotic cefotaxime. Until now, there has been no research aimed at detecting the presence of the bla_CTX-M gene in the Bekasi River. This study aims to analyze the concentration of non-selective and resistant Escherichia coli bacteria at downstream of the Bekasi River, analyze the presence of ARG bla_CTX-M in the E. coli bacteria, and provide recommendations for sampling locations for E. coli bacteria to detect AMR. The Polymerase Chain Reaction method in this study was used to amplify DNA and was followed by electrophoresis to read the size of the DNA. Based on the research results, the downstream Bekasi River has an average concentration of non-selective E. coli bacteria of 261 CFU/mL with a sampling point 1/3 from the riverbank and 207 CFU/mL with a sampling point on the riverbank. Meanwhile, the average concentration of cefotaxime-resistant E. coli bacteria was 26 CFU/mL with a sampling point of 1/3 from the riverbank and 20 CFU/mL with a sampling point on the riverbank. The ratio of antibiotic resistant E. coli bacteria to non-selective E. coli bacteria was 9.78% with a sampling point of 1/3 from the riverbank and 9.27% with a sampling point on the riverbank. The results of the study found that the presence of the bla_CTX-M antibiotic resistance gene in the downstream of the Bekasi River was as much as 80% of the samples taken. Where the dominant gene was CTX-M group 1 consisting of the CTX-M-1, CTX-M-3, and CTX-M-15. The results of the study also shown that samples from the riverbank have more homogeneous results and are easier to carry out."

"Gen resistensi antibiotik (ARGs) dapat ditransfer antar bakteri melalui elemen genetik bergerak (MGEs) dengan transfer gen horizontal (HGT), yang berkontribusi signifikan terhadap penyebaran bakteri yang resisten terhadap berbagai obat di lingkungan. Air limbah yang tidak terolah, terutama di daerah dengan sanitasi yang kurang memadai, berfungsi sebagai reservoir bagi resistensi antibiotik. Namun, penelitian mengenai konsentrasi ARGs pada air limbah tidak terolah masih terbatas. Penelitian ini berfokus pada keberadaan ARGs dalam air limbah tidak terolah yang berasal dari air drainase pada pemukiman di DKI Jakarta dan mengkaji hubungan antara logam berat, MGEs, dan kelimpahan ARGs. Metode pengujian yang digunakan adalah High- Throughput qPCR untuk menguji ARGs dan Spektrometri UV-Vis DR 2000 untuk logam berat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa MGEs dan ARGs, khususnya gen intl3 dan aadA2_3, sangat melimpah dalam air limbah tidak terolah. Tidak terdapatnya perbedaan konsentrasi ARGs pada air drainase yang berasal dari kelompok menengah atas dan menengah dapat terjadi akibat sampel yang kurang representatif. Uji korelasi Spearman menunjukkan adanya korelasi cukup positif yang signifikan secara statistik antara kadar logam mangan dan seng dengan MGEs dan beberapa ARGs, serta korelasi yang sangat kuat antara MGEs dan semua ARGs. Temuan ini mendukung adanya hubungan antara logam berat, MGEs, dan kelimpahan ARGs.

---

Antibiotic resistance genes (ARGs) can be transferred between bacteria through mobile genetic elements (MGEs) via horizontal gene transfer (HGT), significantly contributing to the spread of bacteria resistant to various drugs in the environment. Untreated wastewater, especially in areas with inadequate sanitation, serves as a reservoir for antibiotic resistance. However, research on ARG concentrations in untreated wastewater is still limited. This study focuses on the presence of ARGs in untreated wastewater from drainage in residential areas of Jakarta and examines the relationship between heavy metals, MGEs, and ARG abundance. Testing methods used were High- Throughput qPCR for ARGs and UV-Vis DR 2000 Spectrometry for heavy metals. The research results indicate that MGEs and ARGs, particularly the intl3 and aadA2_3 genes, are highly abundant in untreated wastewater. The lack of difference in ARG concentrations in drainage water from upper-middle and middle-class groups may be due to non-representative sampling. Spearman correlation tests show a statistically significant positive correlation between manganese and zinc levels with MGEs and some ARGs, as well as a very strong correlation between MGEs and all ARGs. These findings support the relationship between heavy metals, MGEs, and ARG abundance."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Polymerase Chain Reaction (PCR) telah digunakan untuk mendeteksi Salmonella dalam sampel makanan dan minuman. Primer yang digunakan didesain berdasarkan gen invA spesifik Salmonella untuk amplifikasi. Dua puluh satu sampel dikoleksi dari pedagang kaki lima di Jalan Margonda Raya Pondok Cina Depok dari bulan Maret 2008 hingga pertengahan April 2008. Persiapan sampel sebelum PCR, meliputi langkah prapengayaan dalam Buffered Peptone Water dan diikuti ekstraksi DNA menggunakan metode boiling. Dari hasil ekstraksi DNA, fragmen berukuran 244 pb diamplifikasi dengan PCR. Sampel juga diuji menggunakan metode kultur standar untuk mengkonfirmasi hasil pengujian sampel dengan metode PCR. Batas uji deteksi metode PCR dalam penelitian ini adalah 2,85 x 106 CFU/ml. Sebanyak empat dari dua puluh satu sampel terdeteksi mengandung Salmonella dengan metode PCR, tiga diantaranya tidak terdeteksi dengan metode kultur standar dan satu sampel lainnya terdeteksi dengan metode kultur standar yang dilanjutkan metode PCR. Diharapkan penelitian ini dapat bermanfaat untuk pengembangan metode deteksi Salmonella yang mudah, cepat dan dapat dipercaya pada sampel makanan dan minuman."

"Polimorfisme gen penyandi Angiotensin-Converting Enzyme (ACE) diketahui berasosiasi dengan penyakit hipertensi yang merupakan salah satu masalah global penyebab utama kematian di seluruh dunia, termasuk Indonesia. Salah satu cara mengidentifikasi polimorfisme gen adalah dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Pada penelitian ini bertujuan melakukan perancangan protokol identifikasi polimorfisme dengan PCR dari berbagai literatur, kemudian melakukan identifikasi polimorfisme I/D pada sejumlah sampel relawan, dan menganalisis hasil identifikasi polimorfisme gen ACE terhadap alel insersi (I) maupun delesi (D). Prosedur yang dilakukan pada penelitian ini yaitu melakukan ekstraksi DNA, mengamplifikasi fragmen gen ACE menggunakan PCR, dan memvisualisasi hasil PCR berupa fragmen amplikon menggunakan elektroforesis gel agarosa. Hasil menunjukkan bahwa protokol untuk identifikasi polimorfisme dengan PCR sudah terancang dengan baik. Selain itu, hasil identifikasi polimorfisme gen ACE dari sejumlah sampel menunjukkan bahwa kedua alel I dan D terkonfirmasi alel polimorfisme. Hasil analisis statistik dari jumlah sampel yang diterapkan dalam penelitian ini menunjukkan bahwa tidak ada perbedaan signifikan antara genotipe dengan hipertensi dan non-hipertensi, serta pada alel dengan hipertensi dan non-hipertensi.

---

Polymorphism of the gene encoding Angiotensin-Converting Enzyme (ACE) is known to be associated with hypertension, which is one of the main global problems causing death worldwide, including Indonesia. One way to identify gene polymorphisms is using Polymerase Chain Reaction (PCR). This study aims to design a protocol for identifying I/D polymorphism with PCR from various literatures, then identify I/D polymorphisms in a number of volunteer samples, and analyze the results of the identification of ACE gene polymorphisms for both the insertion (I) and deletion (D) alleles. The procedures carried out in this study were DNA extraction, amplification of the ACE gene fragment using PCR, and visualizing the PCR results in the form of amplicon fragments using agarose gel electrophoresis. The results showed that the protocol for identifying polymorphisms by PCR was well designed. In addition, the identification of ACE gene polymorphisms from several samples showed that both I and D alleles were confirmed as polymorphism alleles. The statistical analysis results from the number of samples applied in this study showed no significant difference between the genotypes with hypertension and non-hypertension, as well as in the alleles with hypertension and non-hypertension."

"Gelatin merupakan bahan utama penyusun cangkang kapsul. Salah satu cara untuk mengetahui adanya kandungan gelatin porsin dalam campuran gelatin adalah dengan deteksi molekuler terhadap sekuens sitokrom b cyt b pada DNA dari gelatin. Penelitian ini dilakukan untuk mengoptimasi kondisi metode PCR-RFLP dalam mendeteksi kandungan porsin dan bovin dari cangkang kapsul dalam campurannya sehingga diperoleh metode yang sensitif dan efisien, karena rendahnya jumlah DNA trace setelah proses pembentukan gelatin dan pengolahannya menjadi kapsul. Optimasi dilakukan pada ekstraksi DNA, kondisi PCR, dan sensitivitas metode PCR-RFLP. Ekstraksi dioptimasi agar diperoleh jumlah DNA yang cukup dan dapat teramati pada gel agarosa. Kondisi optimum untuk PCR DNA reference dan kapsul diperoleh dengan pemilihan DNA polimerase yang memberikan hasil terbaik. Hasil amplifikasi DNA reference campuran bovin-porsin didigesti menggunakan enzim restriksi BsaJI. Enzim restriksi BsaJI memotong gen sitokrom b porsin menjadi dua fragmen, yaitu 228 bp dan 131 bp. Optimasi sensitivitas metode PCR-RFLP menunjukkan metode mampu mendeteksi hingga konsentrasi 0,01 porsin dalam campurannya dengan bovin, dianalisis dengan kuantifikasi berbasis software dan pengamatan visual. Hasil tersebut menunjukkan bahwa metode PCR-RFLP dapat digunakan sebagai metode deteksi awal dan sensitif dalam mendeteksi porsin dengan konsentrasi rendah dalam campuran gelatin.

---

Detection of porcine, as one of gelatin sources, can be done by molecular detection of cytochrome b sequence in DNA. This study was aimed to optimize the PCR RFLP method in detecting porcine in capsule shell and porcine in mixtures with bovine in gelatin to obtain a sensitive and efficient method. Optimization was carried out for DNA extraction, PCR conditions, and the sensitivity of PCR RFLP method. Due to very low DNA trace in gelatin after various manufacturing process, the extraction was optimized to obtain sufficient DNA yield which was visible on the agarose gel. The optimum condition for DNA amplification was obtained by selecting the most suitable DNA polymerase. Amplified various concentrations of porcine bovine DNA mixtures and capsule shell DNA were digested using BsaJI restriction enzyme. BsaJI restriction enzyme was able to cleave porcine cytochrome b gene into two fragments of 228 bp and 131 bp. The optimization of the sensitivity of PCR RFLP method showed that method is able to detect up to 0.01 porcine in mixtures with bovine analyzed using software based quantification and visual observation. Result demonstrated that the PCR RFLP method is sensitive and suitable for early detection of porcine DNA in gelatin mixtures."

"Kuantitasi DNA mitokondria antarjaringan memerlukan suatu metodeyang memiliki tingkat akurasi yang tinggi. Polymerase chain reaction (PCR)adalah suatu metode enzimatis yang dilakukan untuk memperbanyakfragmen DNA yang diinginkan. PCR dapat dimanfaatkan untuk kuantitasiDNA dan disebut teknik PCR kuantitatif. Ada dua macam metode dalamteknik PCR kuantitatif yang sering digunakan, yaitu metode regresi linier danmetode koampi ifikasi kompetitif.Pada penelitian mi telah direkayasa plasmid yang mengandungfragmen DNA mitokondria termutasi yang berasal dari penderita Leber'shereditary optic neuropathy (LHON) dan plasmid yang mengandung fragmenDNA mitokondnia normal. Plasmid-plasmid tersebut masing-masing disebutplasmid kompetitor dan plasmid target, serta dapat dipergunakan sebagaiDNA kompetitor dan DNA target pada teknik PCR kuantitatif metodekoamplifikasi kompetitif, sedangkan metode regresi tinier hanyamembutuhkan plasmid target. Dengan plasmid tersebut telah diuji tingkatakurasi antara metode regresi tinier dengan metode koamplifikasi kompetitif.Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode koamplifikasi kompetitif memiliki tingkat akurasi yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode regresi tinier."