Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pendahuluan: Indonesia menduduki peringkat kedua negara dengan kasus tuberkulosis (TB) terbanyak di dunia dan termasuk dalam lima negara dengan kasus Multidrug resistance tuberculosis (TB MDR) tertinggi. Tes cepat yang digunakan di Indonesia adalah geneXpert® MTB/RIF, tetapi geneXpert® MTB/RIF hanya dapat mendeteksi resistensi terhadap rifampisin masih merupakan produk luar negeri, harganya mahal dan memiliki keterbatasan dalam pendistribusian. Prüfen® GB101 merupakan tes cepat yang dapat digunakan untuk mendeteksi Mycobacterium tuberculosis (MTB) dan menentukan kepekaannya terhadap rifampisin dan isoniazid, dapat menggunakan kit uji yang merupakan teknologi dalam negeri (TKDN). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kesesuaian hasil pemeriksaan sputum antara Prüfen® GB101 dan geneXpert® MTB/RIF. Metode: Penelitian ini menggunakan desain penelitian potong lintang pada sputum yang diambil dari pasien terduga tuberkulosis di Rumah Sakit Universitas Indonesia (RSUI) Depok pada bulan Mei hingga September 2023. Pemeriksaan sputum dilakukan dengan pemeriksaan mikroskopis basil tahan asam (BTA), PRÜFEN® GB101, dan geneXpert® MTB/RIF. Hasil: Terdapat 81 dahak yang dianalisis dalam penelitian ini. Kesesuaian hasil deteksi MTB menggunakan Prüfen® GB101 dengan geneXpert® MTB/RIF pada dahak langsung memberikan nilai kappa 0,7 (p <0,001). Kesesuaian hasil uji sensitivitas MTB terhadap rifampisin menggunakan Prüfen® GB101 dengan gen Xpert® MTB/RIF pada sputum langsung memberikan nilai kappa sebesar 1 (p <0,001). Kesimpulan: Prüfen® GB101 memiliki kesesuaian yang kuat dengan gen Xpert® MTB/RIF dalam mendeteksi MTB pada sputum langsung, sehingga Prüfen® GB101 merupakan assay yang memiliki performa yang sesuai dengan gen Xpert® MTB/RIF dalam mendeteksi MTB pada sputum langsung. Prüfen® GB101 memiliki kesesuaian yang sangat kuat dengan gen Xpert® MTB/RIF dalam menentukan kepekaan terhadap rifampisin, sehingga Prüfen® GB101 merupakan uji yang memiliki performa yang sama dengan gen Xpert® MTB/RIF dalam mendeteksi MTB pada sputum langsung.

---

Introduction: Indonesia is the second country with the most tuberculosis (TB) cases in the world and is among the five countries with the highest cases of multidrug resistant tuberculosis (MDR TB). The rapid test used in Indonesia is geneXpert® MTB/RIF, but geneXpert® MTB/RIF can only detect resistance to rifampicin, an import product that is expensive and has limitations in distribution. Prüfen® GB101 is a rapid test that can be used to detect Mycobacterium tuberculosis (MTB) and determine the susceptibility of MTB to rifampicin and isoniazid. Prüfen® GB101 can use kits that are available in domestic technology. This study aims to determine the suitability of sputum examination results between Prüfen® GB101 and geneXpert® MTB/RIF. Methods: A cross-sectional study was conducted on sputum taken from suspected tuberculosis patients at Universitas Indonesia Hospital Depok from May to September 2023. Sputum was examined microscopically for acid fast bacilli (AFB), PRÜFEN® GB101, and geneXpert® MTB/RIF. Results: Eighty-one sputum were analyzed in this study. The concordance of MTB detection results using Prüfen® GB101 with geneXpert® MTB/RIF in direct sputum gave a kappa value of 0.7 (p <0.001). The concordance of MTB sensitivity test results to rifampicin using Prüfen® GB101 with geneXpert® MTB/RIF in direct sputum gave a kappa value of 1 (p <0.001). Conclusion: Prüfen® GB101 has a strong concordance with the Xpert® MTB/RIF gene in detecting MTB in direct sputum Prüfen® GB101 has equal performance with the Xpert® MTB/RIF gene in detecting MTB on direct sputum. Prüfen® GB101 has a very strong agreement with gene Xpert® MTB/RIF in determining susceptibility to rifampicin Prüfen® has the same performance as gene Xpert® MTB/RIF in detecting MTB on direct sputum."

"Tuberkulosis merupakan penyakit yang masih menjadi masalah utama kesehatan bagi masyarakat di Indonesia. Berdasarkan Global TB Report 2021, Asia Tenggara merupakan wilayah dengan beban Tb paling tinggi dan Indonesia menyumbang sekitar 8% dari keseluruhan beban Tb didunia. Namun pasien Tb yang berhasil ditemukan, diobati dan dilaporkan kedalam sistem informasi nasional hanya sekitar 48%. Tb yang resisten terhadap obat terus menjadi ancaman kesehatan manusia. Resistensi terhadap obat anti tuberkulosis bisa terjadi akibat infeksi primer dengan bakteri Tb resisten atau bisa disebabkan oleh pengobatan yang tidak adekuat, sehingga muncul strain yang resisten akibat adanya perubahan atau mutasi pada gen-gen tertentu dalam genom Mycobacterium tuberculosis. Saat ini sudah banyak teknologi dan metode yang digunakan untuk mendeteksi resistensi terhadap obat anti tuberculosis. Salah satunya adalah Next Generation Sequencing. Next Generation Sequencing merupakan teknologi sekuensing akurat, hemat biaya dan throughput tinggi yang memungkinkan penyelidikan genom termasuk Whole Genome Sequencing untuk studi epidemiologi dan untuk mendeteksi penanda resistensi obat dan keragaman strain. Analisis Whole Genome Sequencing dapat digunakan untuk mendeteksi resistensi terhadap obat anti tuberkulosis lini pertama y a n g sangat menjanjikan sebagai pengganti uji kepekaan obat konvensional. Hasil dari analisis Whole Genome Sequencing pada Mycobacterium tuberculosis yang resisten rifampisin menunjukkan adanya mutasi-mutasi yang ada pada wilayah operon Rpo terutama pada gen RpoB dan RpoC. Mutasi yang paling dominan pada gen RpoB adalah perubahan S450L (36,45%) dan pada gen RpoC adalah G594E (30,95%). Dan analisis whole genome sequencing juga menunjukkan adanya mutasi baru yang berbeda dengan mutasi-mutasi yang ada berdasarkan penelitian sebelumnya.

---

Tuberculosis is a disease that is still a major health problem for people in Indonesia. Based on the Global TB Report 2021, Southeast Asia is the region with the highest burden of TB and Indonesia produces around 8% of the total burden of TB in the world. However, only about 48% of TB patients who have been found, treated and reported to the national information system. Drugresistant TB continues to be a threat to human health. Resistance to anti-tuberculosis drugs can occur as a result of primary infection with resistant TB bacteria or can be caused by inadequate treatment, resulting in the emergence of resistant strains due to the presence or mutations in certain genes in the genome of Mycobacterium tuberculosis. Currently there are many technologies and methods used to detect resistance to anti-tuberculosis drugs. One of them is Next Generation Sequencing. Next Generation Sequencing is an accurate, cost-effective and highthroughput sequencing technology that enables genomic investigations including Whole Genome Sequencing to study epidemiology and to detect markers of drug resistance and strain diversity. Whole Genome Sequencing analysis can be used to detect resistance to first-line anti-tuberculosis drugs which are very promising as a substitute for conventional drug sensitivity tests. The results of Whole Genome Sequencing analysis on rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis showed that there were mutations in the Rpo operon region, especially in the RpoB and RpoC genes. The most dominant mutation in the RpoB gene was the change in S450L (36.45%) and in the RpoC gene was G594E (30.95%)."

"Pendahuluan: Tuberkulosis (TB) adalah masalah kesehatan global dan merupakan penyebab utama morbiditas dan mortalitas di banyak negara berkembang. Indonesia menempati peringkat ke – 2 pasien TB terbanyak di dunia dengan jumlah 969.000 kasus per tahun dan cakupan diagnosis terkonfirmasi pemeriksaan bakteriologis hanya 55% dari seluruh kasus TB ternotifikasi. Penegakan diagnosis TB dengan metode kultur bakteri membutuhkan waktu lama sehingga diperlukan metode baru yang dapat mempersingkat waktu identifikasi TB yaitu dengan tes cepat molekuler. Metode: Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi akurasi diagnostik tes cepat molekuler Prufen Gb101 dalam identifikasi M. tuberculosis pada pasien terduga TB paru menggunakan spesimen sputum dengan kultur Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) sebagai baku emas. Hasil: M. tuberculosis terdeteksi pada 46 dari 81 subjek penelitian berdasarkan pemeriksaan Prufen Gb101 dengan sensitivitas 100% (95% CI, 99,0 – 100), spesifisitas 76,09% (95% CI, 61,2 – 87,4), PPV 76.09% (95% CI, 65,5% – 84,2) dan NPV 100% (95% CI , 90,0 – 100). Sensitivitas yang tinggi menunjukkan tes ini dapat mengidentifikasi dengan baik infeksi TB pada pasien terduga TB paru. Kesimpulan: Prufen Gb101 dapat memberikan tambahan penilaian dalam menegakkan diagnosis pada pasien dan memenuhi kriteria WHO sebagai uji penapis pada diagnosis TB paru.

---

Introduction: Tuberculosis (TB) is a global health problem and a major cause of morbidity and mortality in many developing countries. Indonesia has the second highest number of TB patients in the world with 969,000 cases per year and the coverage of confirmed diagnosis by bacteriological examination is only 55% of all notified TB cases. Confirmation of TB diagnosis by bacterial culture method takes a long time, so a new method that can shorten TB identification time is needed, namely molecular rapid tests.

Methods: This study aimed to evaluate the diagnostic accuracy of the Prufen Gb101 molecular rapid test in identification of M. tuberculosis in patients with suspected pulmonary TB using sputum specimens with Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) culture as the gold standard.

Results: M. tuberculosis was detected in 46 of 81 study subjects based on the Prufen Gb101 assay with a sensitivity of 100% (95% CI, 99.0 - 100), specificity of 76.09% (95% CI, 61.2 - 87.4), PPV of 76.09% (95% CI, 65.5% - 84.2) and NPV of 100% (95% CI, 90.0 - 100). The high sensitivity indicates that the test can correctly identify TB infection in patients with suspected pulmonary TB.

Conclusion: Prufen Gb101 can provide additional assessment in establishing a diagnosis in patients and meets WHO criteria as a screening test in the diagnosis of pulmonary TB."

"ABSTRAKN-acetyl-L-cysteine-sodium hydroxide NALC-NaOH dan Modified Petroff merupakan dua metode dekontaminasi yang cukup sering digunakan untuk kultur TB. Pada penelitian berdesain cross sectional ini, dilakukan perbandingan proporsi kultur terkontaminasi dan hasil kultur positif antara kelompok sampel yang diproses dengan NALC-NaOH dan Modified Petroff. Analisis bivariat menunjukan bahwa proporsi kultur terkontaminasi pada sampel yang diproses dengan teknik NALC-NaOH 38,2 secara signifikan p=0,034 lebih tinggi dibanding dengan teknik Modified Petroff 18,2 . Akan tetapi, tidak terdapat perbedaan yang signifikan p=1,000 antara proporsi hasil kultur positif pada kelompok sampel yang diproses dengan teknik NALC-NaOH 73,5 dan Modified Petroff 73,3 . Hasil yang diperoleh pada penelitian ini berbeda dengan hasil penelitian yang sebelumnya telah membandingkan antara teknik NALC-NaOH dan Modified Petroff.

---

ABSTRACTN acetyl L cysteine sodium hydroxide NALC NaOH and Modified Petroff are two decontamination methods that are widely used for TB culture. This cross sectional study compares the proportion of contaminated culture and positive culture result between samples treated with NALC NaOH and Modified Petroff. Bivariate analysis of the data showed that the proportion of contaminated culture was significantly p 0,034 higher in samples treated with NALC NaOH 38,2 than in those treated with Modified Petroff 18,2 . However, significant difference in the proportion of positive culture result between samples treated with NALC NaOH 73,5 and Modified Petroff 73,3 was not shown p 1,000 . The result of this study differs from that of previous study that compared NALC NaOH and Modified Petroff."

"ABSTRAKLatar belakang : Tuberkulosis TB merupakan masalah kesehatan dunia dan di Indonesia. Data Global Tuberculosis Report 2015 menyatakan hanya 3 juta 58 dari 5,2 juta kasus TB paru di dunia pada tahun 2014 dikonfirmasi secara bakteriologis menggunakan pemeriksaan apusan dahak basil tahan asam BTA , biakan Mycobacterium tuberculosis M. tb atau Xpert MTB/RIF. Kasus TB dengan hasil apusan dahak BTA negatif dilaporkan sebanyak 36 dari total kasus TB di dunia dan sebanyak 104.866 kasus 32 dari total kasus TB di Indonesia. Pemeriksaan Xpert MTB/RIF adalah pemeriksaan molekuler yang mendeteksi M. tb dalam dua jam. Belum banyak data mengenai peran pemeriksaan Xpert MTB/RIF dibandingkan dengan pemeriksaan biakan M.tb sebagai pemeriksaan baku emas di negara-negara berkembang, khususnya di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui akurasi pemeriksaan Xpert MTB/RIF dalam mendeteksi M.tb dibandingkan dengan biakan M.tb sebagai baku emas pada pasien TB paru klinis kasus baru.Metode : Penelitian ini menggunakan desain uji diagnostik dan sampel dikumpulkan secara consecutive sampling terhadap 71 pasien TB paru klinis kasus baru dengan hasil apusan dahak BTA 3 kali negatif di Rumah Sakit Umum Pusat Persahabatan Jakarta mulai bulan Januari hingga Agustus 2016. Dilakukan pemeriksaan dahak Xpert MTB/RIF, dahak biakan M.tb dengan media Lowenstein-Jensen dan pengambilan data gambaran foto toraks dalam 1 bulan terakhir.Hasil : Terdapat 71 sampel penelitian yaitu pasien TB paru klinis kasus baru dengan hasil apusan dahak BTA negatif di RSUP Persahabatan Jakarta dari bulan Januari ndash; Agustus 2016. Karakteristik pasien terbanyak adalah laki-laki 62 , usia 40-59 tahun 47,9 , IMT 18,5-24,99 60,6 , tidak pernah merokok 49,3 , IB ringan 69 , tidak terdapat kontak TB 80,3 , penyakit komorbid tumor paru 12,7 , keluhan batuk ge;2 minggu 74,6 dan gambaran foto toraks curiga TB berupa lesi luas 76,1 . Berdasarkan total 71 pasien, hasil pemeriksaan dahak Xpert MTB/RIF hanya positif M. tb terdeteksi pada 10 pasien dengan sebanyak 5 pasien dari jumlah tersebut memiliki hasil pemeriksaan dahak biakan M.tb positif. Sebaliknya, ditemukan hasil pemeriksaan dahak biakan M.tb positif dan hasil pemeriksaan dahak Xpert MTB/RIF negatif M. tb tidak terdeteksi pada 1 pasien.Kesimpulan : Pemeriksaan dahak Xpert MTB/RIF dibandingkan dengan dahak biakan M.tb dengan media Lowenstein-Jensen sebagai baku emas memiliki sensitivitas 83,33 , spesifisitas 92,3 , nilai duga positif 50 , nilai duga negatif 98,36 , rasio kemungkinan positif 10,81 dan rasio kemungkinan negatif 0,18 pada pasien TB paru klinis kasus baru.

---

ABSTRACTBackground Tuberculosis TB is one of the health problems in the world and in Indonesia. Global Tuberculosis Report 2015 states that only 3 million 58 of the estimated 5.2 million pulmonary TB in 2014 were bacteriologically confirmed using acid fast bacilli AFB assay, Mycobacterium tuberculosis M. tb culture or Xpert MTB RIF. Smear negative TB cases are reported as many as 36 of all TB cases in the world and 104.866 cases 32 of all TB cases in Indonesia. Xpert MTB RIF assay is a rapid molecular test which can detect M. tb within two hours. There has been lack of datas about the role of Xpert MTB RIF assay compared to M. tb culture as gold standard in developing countries, especially Indonesia. This study aims to evaluate the accuracy of Xpert MTB RIF assay for M. tb detection compared to M.tb culture as gold standard in clinically diagnosed tuberculosis new case patients.Methods This study used diagnostic test design study and all samples collected using consecutive sampling of the 71 clinically diagnosed tuberculosis new case patients with three times AFB negative sputum results in Persahabatan Hospital, Jakarta from Januari to August 2016. Xpert MTB RIF assay, M. tb culture with Lowenstein Jensen medium and chest radiograph in last 1 month were done.Results There are 71 samples which are clinically diagnosed tuberculosis new case patients with acid fast bacilli negative in Persahabatan Hospital, Jakarta from Januari ndash August 2016. Patient characteristics with the highest result are male 62 , 40 59 year old 47.9 , BMI 18,5 24,99 60.6 , non smoker 49.3 , IB mild 69 , no TB contacts 80.3 , lung tumors as comorbid disease 12.7 , symptom cough ge 2 weeks 74.6 and chest radiograph with far advanced lesion 76.1 . Based on total 71 patients, Xpert MTB RIF is only positive M. tb detected in 10 patients with 5 of them have positive M. tb culture. On the other hand, there is 1 patient with positive M. tb culture and negative Xpert MTB RIF M. tb not detected . Conclusion The Xpert MTB RIF compared to M.tb culture with Lowenstein Jensen medium as gold standard has sensitivity 83.33 , specificity 92.3 , positive predictive value 50 , negative predictive value 98.36 , positive likehood ratio 10.81 and negative likehood ratio 0.18 in clinically diagnosed tuberculosis new case patients. "

"Latar Belakang: Kusta atau Morbus Hansen (MH) merupakan penyakit kronik yang disebabkan oleh infeksi Mycobacterium leprae dan masih menjadi masalah kesehatan di dunia. Penelitian ini mengkaji beberapa faktor risiko yang berkontribusi pada kekambuhan kusta pada pasien di RS dr. Sitanala periode Juni-Desember 2020, disertai dengan analisis kepekaan M. leprae terhadap obat anti kusta rifampisin, dapson dan ofloksasin. Tujuan: Mengetahui kepekaan M.leprae terhadap rifampisin, dapson dan ofloksasin menggunakan metode molekular dan faktor risiko yang berkonstribusi yaitu putus obat, indeks bakteri yang tinggi, riwayat penggunaan kortikosteroid dan kontak erat pada pasien kusta kambuh. Metode: Seratus delapan puluh pasien dengan lesi multibasiler dan terapi kurang dari 2 bulan diikutkan dalam penelitian ini. Pemeriksaan PCR konvensional dilakukan untuk identifikasi M. leprae dan amplifikasi gen rpoB, folP dan gyrA terhadap 50 sampel kerokan kulit yang menunjukkan indeks bakteri >2+ melalui pemeriksaan mikroskopik BTA dengan pewarnaan Zeihl Neelsen. Perunutan gen resistansi dilakukan dengan metode sekuensing dan dilanjutkan dengan analisis sekuen menggunakan software sequence scanner v1.0 software Applied Biosystems dan BioEdit Sequence Alignment. Data faktor risiko pasien diperoleh dari hasil wawancara. Hasil: Faktor risiko pada 180 pasien lepra yang berhubungan dengan kekambuhannya adalah lepra tipe LL, pengunaan kortikosteroid, kontak erat, riwayat putus obat dan indeks bakteri yang tinggi. Lima puluh sampel teridentifikasi sebagai M.leprae dengan metode PCR. Analisis sekuensing gen rpoB, folP dan gyrA dari 24 sampel tidak menunjukkan adanya mutasi, yang mengindikasikan M. leprae masih peka terhadap rifampisin, dapson, dan ofloksasin. Kesimpulan: Dengan profil M. leprae yang peka berdasarkan analisis molekuler, kekambuhan leprae pada pasien lebih berkorelasi dengan faktor risiko.

---

Background: Leprosy or Morbus Hansen (MH) is a chronic disease caused by Mycobacterium leprae infection and is still a health problem in the world. This study examines several risk factors that contribute to the recurrence of leprosy in patients at dr. Sitanala for the period June-December 2020, accompanied by an analysis the susceptibility of M. leprae to anti-leprosy drugs rifampin, dapsone and ofloxacin.

Objective: To determine the susceptibility of M. leprae to rifampin, dapsone and ofloxacin using molecular methods and the risk factors that contribute to, default, high bacterial index, history of corticosteroid use and close contacts in relapsed leprosy patients.

Methods: One hundred and eighty patients with multibacillary lesions and less than 2 months of therapy were included in this study. Conventional PCR was performed for the identification of M. leprae and amplification of the rpoB, folP and gyrA genes on 50 skin scraping samples showing a bacterial index >2+ by microscopic examination of AFB with Zeihl Neelsen staining. Sequencing of resistance genes was carried out using the sequencing method and continued with sequence analysis using the software sequence scanner v1.0 software Applied Biosystems and BioEdit Sequence Alignment. Patient risk factor data obtained from interviews.

Results: The risk factors in 180 leprosy patients associated with recurrence were type LL leprosy, use of corticosteroids, close contacts, default and high bacterial index. Fifty samples were identified as M. leprae by PCR method. Sequencing analysis of the rpoB, folP and gyrA genes from 24 samples showed no mutations, which indicated that M. leprae was still sensitive to rifampin, dapsone, and ofloxacin.

Conclusion: Recurrence in leprosy patients is associated with several risk factors and does not occur due to mutations in the rpoB, folP, gyrA genes."

"Tuberkulosis (TBC) masih menjadi penyebab utama kematian akibat penyakit menular oleh adanya infeksi. Rifampisin dan isoniazid adalah obat lini pertama yang paling efektif melawan infeksi Mycobacterium tuberculosis. Deteksi resistansi OAT yang tepat, akurat, dan komprehensif, serta pemilihan sampel diperlukan untuk memastikan diagnosis penyakit tuberkulosis pasien. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan hasil targeted drug sequencing dari hasil dekontaminasi sputum dengan isolat Mycobacterium tuberculosis dan mengetahui kesesuaian DST fenotipik MGIT, genotipik GeneXpert dalam mendeteksi resistansi rifampisin dan isoniazid. Sampel penelitian ini adalah sampel sputum yang sudah ada hasil GeneXpert positif dan isolate kultur dengan hasil DST MGIT. Hasil dekontaminasi sputum langsung dan kultur positif dari sampel yang sama dilakukan targeted drug sequencing dengan Oxford Nanopore technology menggunakan flowcell MinION Mk1B. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada target gen rpoB pada 5 dari 6 sampel isolat kultur memberikan hasil gen resistan rpoB dan 1 undetermined. Pada sebagian besar dekontaminasi sputum yaitu 5 dari 6 sampel juga memberikan hasil resistan terhadap rpoB dan 1 dekontaminasi sputum yang undetermined. Hasil resistansi obat isoniazid didapatkan pada target gen inhA sebanyak 5 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif pada inhA dan 1 isolat undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum 4 dari 6 sampel memberikan hasil sensitif pada inhA dan 2 undetermined. Lalu, pada target gen katG terdapat 3 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif, 2 isolat resistan, dan 1 undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum memberikan 2 hasil sensitif, 2 hasil resistan, dan 2 hasil undetermined. Metode targeted drug sequencing dapat dilakukan dari sampel hasil dekontaminasi sputum dan isolat. Keberhasilan banyak didapatkan dari hasil kultur dibandingkan dekontaminasi sputum. Pemeriksaan dengan targeted drug sequencing memberikan hasil yang sesuai dengan hasil DST MGIT dan GeneXpert untuk deteksi gen resisten Rifampisin (rpoB) dan Isoniazid (inhA dan katG).

---

Tuberculosis (TBC) is still the main cause of death due to infectious diseases. Rifampicin and isoniazid are the most effective first-line drugs against Mycobacterium tuberculosis infection. Precise, accurate and comprehensive detection of OAT resistance, as well as sample selection are needed to confirm the patient's diagnosis of tuberculosis. This study aims to compare the results of targeted drug sequencing from sputum decontamination results with Mycobacterium tuberculosis isolates and determine the suitability of MGIT phenotypic and GeneXpert genotypic DST in detecting rifampicin and isoniazid resistance. The samples for this study were sputum samples that had positive GeneXpert results and culture isolates with DST MGIT results. The results of direct sputum decontamination and positive culture from the same sample were subjected to targeted drug sequencing with Oxford Nanopore technology using a MinION Mk1B flowcell. The results showed that for the rpoB gene target, the majority of culture isolates from 5 of the 6 culture isolate samples gave rpoB resistance gene results and 1 was undetermined. In the majority of sputum decontamination, 5 out of 6 samples also gave resistance to rpoB and 1 sputum decontamination was undetermined. Isoniazid drug resistance results were obtained for the inhA gene target, 5 of the 6 culture isolates gave sensitive results for inhA and 1 isolate was undetermined. Meanwhile, in sputum decontamination, 4 of the 6 samples gave sensitive results for inhA and 2 were undetermined. Then, for the katG gene target, 3 of the 6 culture isolates gave sensitive results, 2 isolates were resistant, and 1 was undetermined. Meanwhile, sputum decontamination gave 2 sensitive results, 2 resistant results, and 2 undetermined results. The targeted drug sequencing method can be carried out from samples resulting from decontamination of sputum and isolates. Much success comes from culture results rather than sputum decontamination. Examination with targeted drug sequencing provided results that were in accordance with the results of DST MGIT and GeneXpert for the detection of Rifampicin (rpoB) and Isoniazid (inhA, and katG) resistance genes."

"Latar belakang: Pasien tuberkulosis (TB) paru rentan mengalami infeksi oportunistik, termasuk oleh Aspergillus (aspergilosis paru). Keberadaan Aspergillus dikonfirmasi dengan uji kultur. Uji kepekaan Aspergillus terhadap obat anti-jamur (OAJ) dilakukan untuk mengetahui pilihan OAJ yang tepat. Itrakonazol merupakan salah satu OAJ pilihan untuk aspergilosis paru. Resistensi OAJ dapat disertai gejala klinis yang luas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik klinis pasien dikaitkan dengan hasil uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol.Metode: Penelitian potong-lintang ini dilakukan pada Juli-November 2021 dan merupakan bagian dari penelitian sebelumnya. Isolasi Aspergillus dari sputum pasien TB paru dilakukan menggunakan medium agar Sabouraud. Karakteristik klinis yang diteliti meliputi usia, jenis kelamin, indeks massa tubuh (IMT), dan gejala. Adapun uji kepekaan jamur dilakukan dengan metode cakram sesuai protokol.Hasil: Penelitian ini menyertakan 28 isolat Aspergillus sp. yang berasal dari sputum 28 pasien TB paru. Jumlah pasien laki-laki lebih dominan (24 orang). Rerata usia 50 ± 15,1 tahun, dengan kelompok usia terbanyak < 60 tahun (21 pasien). Sebanyak 12 pasien (42,9%) memiliki IMT rendah. Gejala klinis yang didapatkan meliputi: batuk (42,9%), batuk darah (35,7%), sesak (39,3%), nyeri dada (14,3%), dan rasa lelah (35,7%). Kultur sputum menunjukkan pertumbuhan 28 isolat Aspergillus, terdiri atas: 14 isolat Aspergillus fumigatus, 6 isolat Aspergillus flavus, dan 8 isolat Aspergillus niger. Uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol menunjukkan 23 isolat sensitif, 3 isolat intermediat, dan 2 isolat resisten. Analisis statistik menunjukkan tidak terdapat hubungan bermakna antara karakteristik klinis pasien dengan hasil uji kepekaan jamur.Kesimpulan: Tidak terdapat hubungan bermakna antara karakteristik klinis pasien dengan hasil uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol dalam penelitian ini.

---

Introduction: Pulmonary tuberculosis (TB) patients are susceptible to opportunistic infections, including Aspergillus infections (aspergillosis). The presence of Aspergillus was confirmed by a culture test, followed by its susceptibility study to antifungal. Antifungal resistance is generally accompanied by serious symptoms, so clinical observations are important for better clinical awareness. This study aims to determine the relationship between clinical characteristics and susceptibility study of Aspergillus to itraconazole.

Method: This cross-sectional study was carried out from July-November 2021, as part of the previous study on aspergillosis in TB patients. Aspergillus was isolated from the sputum of pulmonary TB patients using Saboraud's agar dextrose medium. Clinical characteristics obtained through patient’s history including age, gender, body mass index, and symptoms The fungal susceptibility test was carried out by disc diffusion method according to the protocol after treatment.

Result: This study included 28 isolates of Aspergillus from the sputum of 28 pulmonary TB patients. The number of males were dominant (24 from 28 patients) than females. The mean age was 50 ± 15.1 years, with the commonest age group < 60 years (21 patients). Total of 12 patients (42.9%) had a low body mass index. Clinical symptoms included: cough (42.9%), hemoptysis (35.7%), dyspnea (39.3%), chest pain (14.3%), and fatigue (35.7%). %). The sputum culture showed 14 Aspergillus fumigatus isolates, 6 Aspergillus flavus isolates, and 8 Aspergillus niger. The susceptibility test of Aspergillus to itraconazole revealed 23 sensitive isolates, 3 intermediate isolates, and 2 resistant isolates. Statistical analysis showed that there was no relationship between the patient’s clinical characteristics and the antifungal susceptibility test of itraconazole.

Conclusion: There was no significant correlation between the patient’s clinical characteristics and the antifungal susceptibility test to itraconazole in this study"

"Provinsi DKI Jakarta umumnya mengandalkan tangki septik di perumahan dan IPAL permukiman di kawasan tertentu sebagai tempat pembuangan tinja setempat serta membuang cairan efluennya ke saluran drainase, tetapi penelitian mengenai kinerja penyisihan unsur AMR-nya masih minim. IPAL permukiman sebagai salah satu sistem pengolahan tinja setempat menciptakan kondisi yang kondusif bagi terjadinya akuisisi resistensi antarinang via transfer gen horizontal (HGT) berdasarkan kelimpahan nutrisi, kelimpahan mobile genetic elements (MGE) yang memfasilitasi HGT, proses pengolahan, kandungan logam berat sebagai tekanan selektif, dan variabel lain-lain. Dengan demikian, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis prevalensi ARG dan MGE dengan metode High-Throughput Quantitative Polymerase Chain Reaction (HT-qPCR), tingkat reduksi atau peningkatan ARG dan MGE, serta hubungan antara logam berat dan MGE dengan ARG di IPAL permukiman. Sebanyak 8 dari 65 gen target masih terdeteksi di semua sampel unit final (n = 8). Salah satunya adalah crAss56 yang mengindikasikan bahwa efluen cairan IPAL permukiman menjadi potensial sumber diseminasi AMR di hilir. IPAL permukiman tidak menunjukkan kemampuan reduksi kelimpahan absolut gen 16S rRNA, MGE, ARG yang konsisten, bahkan salah satunya (ST4) mengamplifikasi semua gen-gen tersebut. Terlihat pola kelimpahan ARG berbeda antara IPAL permukiman terindikasi terbengkalai dengan yang beroperasional yang menyiratkan mekanisme pengolahan tertentu, seperti pengolahan biologis (aerobik, anaerobik, kombinasi) dan klorinasi, dapat berkontribusi dalam proliferasi ARG. Analisis korelasi Spearman menunjukkan korelasi signifikan secara statistik (p-value < 0.05) dengan arah positif antara mangan (Mn) vs. ARG (qacE∆1_3 > aph3-ib > ereA), seng (Zn) vs. ARG (aph3-ib > vanA > ereA > blaSHV11 > intl3 > qnrS2), serta MGE (intl3) vs. ARG (ereA > vanA > aph3-ib > blaSHV11 > qacE∆1_3 > qnrS2). Maka, korelasi tersebut menandakan intl3 memiliki potensial tinggi sebagai fasilitator HGT. Logam berat juga mungkin menginduksi HGT dan/atau menyeleksi dengan antibiotik secara bersamaan terhadap ARB. Maka, penemuan penelitian ini menyorotkan pentingnya diadakannya pemantauan AMR di berbagai sistem air limbah, khususnya black water.

---

The DKI Jakarta Province generally relies on septic tanks in residential areas and tenement wastewater treatment plants in certain areas as on-site feces disposal sites along with discharging their effluent water into drainage channels, but research on their AMR element removal performance is still limited. Tenement WWTPs as one of the on-site feces treatment systems create conditions that are conducive to the acquisition of resistance between hosts via horizontal gene transfer (HGT) based on the abundance of nutrients, the abundance of mobile genetic elements (MGE) which facilitate HGT, treatment processes, heavy metal content as selective pressure, and other variables. Thus, this research was conducted to analyze the prevalence of ARG and MGE using the High-Throughput Quantitative Polymerase Chain Reaction (HT-qPCR) method, the level of reduction or increase in ARG and MGE, as well as the relationship between heavy metals and MGE and ARG in tenement WWTPs. A total of 8 of the 65 target genes were still detected in all final unit samples (n = 8). One of them was crAss56 which indicated that tenement WWTP effluent water is a potential source of downstream AMR dissemination. Tenement WWTPs did not show a consistent ability to reduce the absolute abundance of 16S rRNA, MGE, ARG genes, in fact one of them (ST4) amplified all of these genes. It can be seen that the pattern of ARG abundance is different between tenement WWTP indicated to be abandoned and those that are operational, which implies that certain treatment mechanisms, such as biological treatment (aerobic, anaerobic, combined) and chlorination, can contribute to the proliferation of ARGs. Spearman correlation analysis showed a statistically significant correlation (p-value < 0.05) in the positive direction between manganese (Mn) vs. ARGs (qacE∆1_3 > aph3-ib > ereA), zinc (Zn) vs. ARGs (aph3-ib > vanA > ereA > blaSHV11 > intl3 > qnrS2), as well as MGEs (intl3) vs. ARGs (ereA > vanA > aph3-ib > blaSHV11 > qacE∆1_3 > qnrS2). Therefore, this correlation indicates that intl3 has high potential as a facilitator of HGT. Heavy metals may also induce HGT and/or co-select against ARBs with antibiotics. Thus, the findings of this study highlight the importance of monitoring AMR in various wastewater systems, especially black water."

"Berbagai penelitian memperlihatkan angka resistensi kuman patogen meningkat dengan tajam, sehingga angka morbiditas dan mortalitas akibat infeksi nosokomial makin meningkat pula. Penyebab resistensi utama pada kuman Gram negatif antara lain adalah extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) pada Klebsiella pneumoniae dan Escherichia coli. Dalam pemilihan pengobatan empirik untuk infeksi nosokomial, klinisi perlu mempertimbangkan pola resistensi setempat.Frekuensi kuman patogen dan pola resistensi dapat sangat berbeda antara satu negara dengan negara lain dan juga antar rumah sakit dalam suatu negara. Oleh karena itu surveilans setempat perlu dilakukan agar dapat menjadi pedoman pemberian terapi empirik dan tindakan-tindakan pengendalian infeksi.Pada penelitian ini uji resistensi dilakukan terhadap Klebsiella pneumoniae penghasil ESBL dan Escherichia colt penghasil ESBL dengan menggunakan metode Kirby-Bauer. Sejumlah 37 isolat Klebsiella pneumoniae penghasil ESBL dan 35 isolat Escherichia coif penghasil ESBL diperoleh sejak bulan September 2003 sampai dengan Mel 2004 dari 3 laboratroium di Jakarta dan Karawaci.Prevalensi Klebsiella pneumoniae penghasil ESBL adalah sebesar 33,03% dan Escherichia coli penghasil ESBL 20,11% Sensitivitas Kiebsiella pneumoniae penghasil ESBL terhadap meropenem, siprofloksasin, levofloksasin, piperasilinltazobaktam, sefoperazonlsulbaktam dan sefepim berturut-turut adalah 100%, 45,95%, 51,95%, 78,38%, 62,16% dan 72,97%. Dan sensitivitas Escherichia coli penghasil ESBL terhadap meropenem, siprofloksasin, levofloksasin, piperasilinltazobaktarn, sefoperazonlsulbaktam dan sefepim berturut-turut adalah 100%, 37,14%, 28,57%, 97,14%, 82,86% dan 60%.

---

Multiple surveillance studies have demonstrated that resistance among prevalent pathogen is increasing at an alarming rate, leading to greater patient morbidity and mortality from nosocomial infection. Important causes of Gram-negative resistance include extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coll. In selecting an empiric treatment for a nosocomial infection, one should consider the prevalent resistance patterns.

Pathogen frequency and resistance patterns may vary significantly from country to country and also in different hospitals within a country. Thus regional surveillance programs are essential to guide empirical therapy and infection control measures.

In this study antimicrobial susceptibility testing was performed using the Kirby-Bauer method against the ESBL producing K. pneumoniae and E. coli A total of 37 ESBL producing K. pneumoniae isolates and 35 ESBI producing E coil isolates were obtained from September, 2003 to May, 2004 from 3 laboratories in Jakarta and Karawaci.

The prevalence of ESBL producing K. pneumoniae was 33,03% and ESBL producing E. coil 20,11%. Susceptibility of ESBL producing K. pneumoniae isolates to meropenem, ciprofloxacin, levofloxacin, piperacillin/tazobactam, cefoperazonfsulbactam and cefepime was 100%, 45,95%, 51,95%, 78,38%, 62,16% and 72,97% respectively. And susceptibility of ESBL producing E. coil isolates to meropenem, ciprofloxacin, levofloxacin, piperacillinltazobactam, cefoperazonlsulbactam and cefepime was 100%, 37,14%, 28,57%, 97,14%, 82,86% and 60% respectively."