Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 163949 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Muthia Shofi Arrassyi
"Sejak akhir tahun 2019, pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) telah menyebar ke seluruh dunia dan mempengaruhi kehidupan manusia dalam berbagai aspek. Beberapa penelitian melaporkan bahwa SARS-CoV-2, yang menyebabkan penyakit COVID-19, terdeteksi pada sampel tinja dan air limbah. Hal tersebut menjadi bukti pentingnya pemahaman potensi rute transmisi selain melalui droplet dan/atau kontak langsung, yang berfungsi untuk menghindari kluster baru dan mengurangi kejadian COVID-19. Penelitian ini menggunakan metode literature review untuk memperoleh gambaran mengenai eksistensi dari SARS-CoV-2 pada air limbah dan saluran pembuangan air limbah. Terdapat 20 studi yang dibahas dalam penelitian ini yang membahas mengenai rute transmisi, metode deteksi, karakteristik, dampak, dan metode disinfeksi SARS-CoV-2 pada air limbah. Hasil menunjukkan telah terbukti adanya RNA SARS-CoV-2 pada tinja dan air limbah, namun hingga kini belum ada kasus COVID-19 yang terbukti menular melalui fecal-oral atau kontak dengan air limbah. Pada umumnya, metode deteksi yang digunakan untuk menguji keberadaan virus di air limbah adalah uji deteksi asam nukleat. Virus RNA dipengaruhi oleh temperatur, konsentrasi padatan tersuspensi, pH, dan disinfektan yang digunakan. Adapun disinfektan yang dapat digunakan, yaitu penyinaran UV, ozonisasi, dan klorinasi. Data SARS-CoV-2 pada air limbah yang diperoleh dapat digunakan untuk melakukan Wastewater-Based Surveillance sebagai peringatan dini akan terjadinya pandemi.

Since the end of 2019, Coronavirus Diesase 2019 COVID-19 pandemic has spread rapidly across the globe and affected millions of human lives in several aspects. Recent studies reported that SARS-CoV-2, the virus causing COVID-19, has been detected in the stool samples and wastewater. These evidences signifies an importance to understand wastewater as a potential route of COVID-19 transmission, besides the main transmission routes of SARS-CoV-2 (via droplet or close contact), that useful to avoid the possibility of COVID-19 new clusters and reduce the number of COVID-19 cases. Using literature review method, this review aims to comprehensively summarize current available studies related to SARS-CoV-2 existence in sewage and wastewater. There are 20 studies included in this study, which discuss about transmission route, detection method, characteristics, impact, and disinfection method of wastewater-related SARS-CoV-2. Result shows that RNA SARS-CoV-2 presence in wastewater has proved, but there is no evidence for fecal-oral transmission nor contact to wastewater. Generally, detection method that used to testing virus presence in wastewater is nucleic acid detection assay. RNA depends to temperature, suspended solids concentration, pH, dan disinfectant used. The disinfectants that can be used are UV irradiation, ozonation, and chlorination. Then, obtained SARS-CoV-2 data can be used to conduct Wastewater-Based Surveillance as an early warning of a pandemic."
Depok: Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia, 2021
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nabiel Muhammad Haykal
"Latar Belakang
Sejak awal pandemi, dinamika mutasi pada domain RBD pada protein S-glycoprotein SARS-CoV-2 telah mengubah patogenisitas varian yang beredar di Indonesia. Penelitian ini akan menganalisis tren mutasi pada berbagai sampel domain RBD di Indonesia yang telah dipublikasikan di Genomic Database dengan menggunakan genomic profilling Metode
Pasien yang terinfeksi COVID-19 di Indonesia yang sampelnya telah dipublikasikan di database genomik dipilih untuk penelitian. Data berikut akan menjalani beberapa protokol bioinformatika, divisualisasikan ke dalam pohon filogenetik, rendering 3D, dan penilaian dampak mutasi untuk dianalisis.
Hasil
Terdapat 25 clade unik dan 318 RBD unik di Indonesia, mulai dari sampel paling awal hingga tahun 2022. T478K merupakan mutasi RBD yang paling sering, sedangkan 22B merupakan clade yang paling banyak diamati di Indonesia. Varian omicron menunjukkan skor docking yang lebih rendah dan destabilisasi protein yang lebih tinggi serta Kd yang lebih tinggi daripada galur tipe delta dan liar.
Kesimpulan
Hasil dari penelitian tersebut menunjukkan tren penurunan patogenisitas virus kemungkinan sebagai pertukaran untuk peningkatan penularan karena mutasi pada RBD selama bertahun-tahun.

Introduction
Since the beginning of the outbreak, the dynamic mutations on the RBD domain in the SARS-CoV-2 spike protein have altered the pathogenicity of variants circulating in Indonesia. This research analyzed the mutation trend on the various sample RBD domains in Indonesia published in Genomic Databases using genomic profiling.
Method
Patients infected with COVID-19 in Indonesia with samples published in genomic databases are selected for the research. The following data underwent several bioinformatics protocols, visualized into phylogenetic trees, 3D rendering, and assessment of mutational impact for analysis.
Results
There are 25 unique clades and 318 unique RBD in Indonesia, ranging from the earliest sample to 2022. T478K was the most frequent RBD mutation, while 22B was the most abundant clade observed in Indonesia. The omicron variant showed a lower docking score, higher protein destabilization, and higher Kd than the delta and wild-type strains. Conclusion
The results from the study suggested a decreasing trend in the virus pathogenicity as a potential trade-off to increased transmissibility due to the mutations in RBD throughout the years.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Andrianto Soeprapto
"Latar Belakang: Coronavirus disease 2019 (COVID-2019) disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) dan menjadi tantangan karena menyebar luas secara cepat. Jumlah virus SARS-CoV-2 ditemukan tinggi pada awal infeksi di rongga mulut dan saluran pernapasan bagian atas. Tindakan bedah di rongga mulut memiliki potensi tinggi untuk transmisi SARS-CoV-2. American Dental Association (ADA) dan Centers for Disease Control and Prevention (CDC) merekomendasikan berkumur hidrogen peroksida 1,5% atau iodin povidon 0,2% sebelum tindakan medis. Mengurangi jumlah virus di saluran pernapasan bagian atas pada awal infeksi menurunkan keparahan perkembangan penyakit dan risiko transmisi. Nilai cycle threshold (CT) dari hasil pemeriksaan real time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) merepresentasikan secara semikuantitatif viral load. Tujuan Penelitian: Menganalisis pengaruh berkumur iodin povidon 1% dan hidrogen peroksida 3% terhadap nilai CT RT-PCR SARS-CoV-2. Metode Penelitian: 45 subjek penelitian diambil dari pasien Rumah Sakit Umum Pusat Persahabatan yang terinfeksi SARS-CoV-2 sesuai kriteria inklusi dan ekslusi. Subjek penelitian dibagi ke dalam kelompok iodin povidon 1%, kelompok hidrogen peroksida 3%, dan kelompok kontrol. Subjek penelitian berkumur 30 detik di rongga mulut dan 30 detik di tenggorokan belakang dengan 15 ml sebanyak 3 kali sehari selama 5 hari. Analisis nilai CT dilakukan melalui pemeriksaan RT-PCR pada hari ke-1, hari ke-3, dan hari ke-5 setelah berkumur. Hasil: Didapatkan perbedaan bermakna pada hasil uji Friedman dan tampak peningkatan nilai CT RT-PCR mulai dari awal, hari ke-1, hari ke-3, dan hari ke- 5 pada keseluruhan kelompok dan masing-masing kelompok perlakuan. Hasil uji Post- Hoc dengan Wilcoxon menunjukkan perbedaan bermakna pada keseluruhan kelompok hari nilai CT RT-PCR dari keseluruhan kelompok dan kelompok iodin povidon 1%. Perbedaan bermakna sebagian besar kelompok hari nilai CT RT-PCR ditemukan dari hasil uji Post-Hoc dengan Wilcoxon pada kelompok hidrogen peroksida 3% dan kelompok kontrol, kecuali antara hari ke-1 dengan hari ke-3 dan antara hari ke-3 dengan hari ke-5 pada kelompok hidrogen peroksida 3% dan antara hari ke-3 dengan hari ke-5 pada kelompok kontrol. Peningkatan tertinggi nilai CT RT-PCR awal hingga hari ke-1 ditemukan pada kelompok hidrogen peroksida 3%, sedangkan antara hari ke-1 hingga ke-3 dan hari ke-3 hingga hari ke-5 ditemukan pada kelompok iodin povidon 1%. Usia dan jenis kelamin ditemukan tidak memiliki hubungan yang bermakna terhadap perubahan nilai CT RT-PCR. Kesimpulan: Berkumur iodin povidon 1% dan hidrogen peroksida 3% berpengaruh terhadap peningkatan nilai CT RT-PCR SARS-CoV-2. Peningkatan tertinggi nilai CT RT-PCR awal hingga hari ke-1 ditemukan pada kelompok hidrogen peroksida 3%, sedangkan antara hari ke-1 hingga ke-3 dan hari ke-3 hingga hari ke-5 ditemukan pada kelompok iodin povidon 1%.

Background: Coronavirus disease 2019 (COVID-2019) is caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and poses a challenge because it can spread rapidly. The number of SARS-CoV-2 was found to be high at the beginning of infection in the oral cavity and upper respiratory tract. Surgery in the oral cavity poses high transmission risk of SARS-CoV-2. The American Dental Association (ADA) and the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) recommend the use of mouthrinse either 1.5% hydrogen peroxide or 0.2% povidone iodine before commencing any surgical treatment. Reducing the viral load in the upper respiratory tract at the early of infection may decrease the severity of disease progression and the risk of transmission. The cycle threshold (CT) value from the real time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) examination semi-quantitatively represents the viral load. Objective: To analyze the effect of mouthrinsing and gargling with 1% povidone iodine and 3% hydrogen peroxide on the CT value of SARS-CoV-2. Methods: 45 subjects were patients recruited from Persahabatan General Hospital infected with SARS-CoV-2 according to the inclusion and exclusion criteria. The subjects were divided into 1% povidone iodine group, the 3% hydrogen peroxide group, and the control group. The subjects were instructed to rinse their mouths for 30 seconds and gargle for 30 seconds at the back of the throat with 15 mL of the mouthrinse 3 times a day for 5 days. Analysis of CT values were carried out using RT-PCR on day 1, day 3 and day 5 after mouthrinsing and gargling. Results: Significant differences were found in the results of the Friedman test, and the CT value demonstrated increases from the initial, day 1, day 3 and day 5 in the whole group and each group. The results of the Post-Hoc test with Wilcoxon showed significant differences in the whole day group of the CT value of the whole group and the 1% povidone iodine group. Significant differences in most of the day group were found from the results of the Post-Hoc test with Wilcoxon in the 3% hydrogen peroxide group and the control group, except between day 1 and day 3 and between day 3 and day 5 in the 3% hydrogen peroxide group and between day 3 and day 5 in the control group. The highest increase in the initial CT value until day 1 was found in the 3% hydrogen peroxide group, while the increase between days 1 to 3 and day 3 to day 5 was found in the 1% povidone iodine group. Age and gender showed no significant correlation with changes in CT values. Conclusion: Mouthrinsing and gargling with 1% povidone iodine and 3% hydrogen peroxide were found to increase the CT value of SARS-CoV-2. The highest increase in the initial CT value until day 1 was found in the 3% hydrogen peroxide group, while between days 1 to 3 and day 3 to day 5 was found in the 1% povidone iodine group."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia, 2021
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Sofina Izzah
"Coronavirus disease atau COVID-19 merupakan pandemi global yang mudah menular melalui droplet dan populasi yang paling berisiko adalah lansia dengan tingkat kematian akibat COVID-19 di Indonesia per 27 Juni 2020 adalah sebanyak 42,9%. Hal tersebut dapat menimbulkan kecemasan tersendiri bagi lansia, terlebih lagi secara psikologis lansia lebih mudah cemas daripada populasi lain. Kecemasan diketahui merupakan salah satu faktor penting penyebab kerentanan terinfeksi Coronavirus. Maka dari itu penulisan ini dibuat untuk menemukan gambaran ansietas pada 10 lansia sebelum tindakan swab PCR SARS CoV-2 di RSUI. Data yang dipakai adalah data umum, data skrining COVID-19, riwayat penyakit dalam, riwayat merokok, dan kuesioner kecemasan menggunakan Geriatric Anxiety Inventory Short Form (GAI-SF). Berdasarkan data yang didapatkan, terdapat banyak faktor yang mungkin mempengaruhi munculnya ansietas pada lansia seperti kecemasan terhadap hasil swab PCR. Hasil pengkajian GAI-SF juga menyatakan bahwa semua lansia mengalami ansietas dengan dua diantaranya memiliki gejala GAD. Antar pasien juga memiliki beberapa kesamaan terkait COVID-19 dan hubungannya dengan kecemasan. Sebagai kesimpulan, masalah ansietas pada lansia terkait COVID-19 sebelum tindakan swab PCR memiliki nilai yang tinggi disebabkan karena beberapa faktor sehingga perlu diberikan rekomendasi khusus. Penulis merekomendasikan penyediaan kursi prioritas untuk lansia, bilik swab khusus lansia dengan aromaterapi dan musik relaksasi jika memungkinkan, dan edukasi terkait COVID-19 oleh perawat melalui selebaran maupun follow up secara daring.

Coronavirus disease or called COVID-19 is a global pandemic that is easily transmitted through droplets and the population with higher risk of it are the elderly within death rate in Indonesia per June 27, 2020 is 42.9%. This problem can cause anxiety in the elderly even more as psychologically the elderly are more vulnerable to feel anxious than other populations. Whereas anxiety is one of the important factors causing decreased immunity which makes the elderly more susceptible to Coronavirus. Therefore, this paper was made to find an overview of anxiety in 10 elderly people before the swab polymerase chain reaction severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or swab PCR SARS CoV-2 procedure at RSUI. The data used are general data, COVID-19 screening data, history disease, smoking history, and anxiety questionnaires using Geriatric Anxiety Inventory Short Form (GAI-SF). Based on the data obtained, there are many factors that might influence the emergence of anxiety in the elderly such as anxiety about the swab PCR results. The results of the GAI-SF also stated that all respondents were experiencing anxiety with two of them were having general anxiety disorder symptoms. Furthermore, inter-patients also have some similarities related to COVID-19 and anxiety. In conclusion, the anxiety problem among elderly related to COVID-19 before the swab PCR procedure has a high value due to several factors so that special recommendations for the elderly should be given. The recommendation are using priority seats for the elderly, special swab PCR’s room with aromatheraphy and music of relaxation if possible, and nurses could give COVID-19 educations through flyer or follow up them within online educations"
Depok: Fakultas Ilmu Keperawatan Universitas Indonesia , 2020
PR-Pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Chesira Rizki Agreatia
"COVID-19 merupakan penyakit yang sangat cepat menular, disebabkan oleh virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Pada awal tahun 2020 dunia dikejutkan dengan keberadaan virus baru yang berasal dari Tiongkok ini. Virus ini diduga pertama kali menular melalui kelelawar yang dijual di pasar tradisional di Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok. Namun sampai saat ini belum diketahui perantara yang bertanggung jawab atas penularan dari hewan ke manusia. Walaupun belum diketahui perantara penularan dari hewan ke manusia, kini virus tersebut menular dengan cepat dari manusia ke manusia dan membuat lumpuh sebagian besar negara di dunia. Seperti namanya, virus ini menyerang saluran pernafasan terutama paru-paru. Tidak hanya paru-paru, virus ini juga dapat menargetkan organ lain yang memiliki ACE2, seperti ginjal. Di ginjal, banyak ditemukan ACE2 terutama pada bagian tubulus. Tujuan penulisan ini adalah untuk mengulas sejumlah pustaka mengenai virus SARS-CoV-2 dan kaitannya dengan penurunan fungsi ginjal. Sumber pustaka dicari dengan kata kunci COVID-19 SARS-CoV-2, COVID-19 and kidney, COVID-19 and ACE2, ACE2 and kidney, serta SARS-CoV-2 and kidney. Sumber pustaka yang digunakan adalah yang sumber dengan Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris. Beberapa data dari rumah sakit menunjukkan penurunnan fungsi ginjal pada beberapa pasien COVID-19 dan dapat berpengaruh pada kematian pasien. Salah satu hasil penelitian tersebut melampirkan hasil analisis imunohistokimia, menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 dapat menyebabkan nekrosis pada tubulus. "
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Mila Meilani Putri
"Virus SARS-CoV-2 atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 adalah virus yang telah menyebabkan penyakit COVID-19. Sampai saat ini tindakan untuk kasus COVID-19 masih dilakukan dengan diagnosis cepat secara kualitatif untuk menilai adanya virus SARS-CoV-2 pada pasien yang ditujukan untuk mencegah penyebaran penyakit tersebut, sehingga dibutuhkan perkembangan diagnosis secara kuantitatif untuk mengetahui jumlah virus SARS-CoV-2 yang dapat bermanfaat untuk menilai respons terapi pada pasien COVID-19 maupun untuk studi penemuan obat antivirus SARS-CoV-2. Pada penelitian ini dikembangkan metode kuantifikasi virus SARS-CoV-2 dengan menggunakan in vitro transcribed RNA SARS-CoV-2 dengan target gen N menggunakan primer N158 yang diketahui dapat mendeteksi varian alpha, beta, delta dan omicron sekuens isolat Indonesia. Metode yang dilakukan yaitu plasmid p-Bluescript yang mengandung gen N158 ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21(DE3), kemudian sel transforman diperbanyak di dalam media pertumbuhan dan dipurifikasi untuk diambil plasmid yang mengandung gen N. Plasmid kemudian dilinearisasi, ditranskripsi dan dipurifikasi untuk memperoleh RNA standar. RNA standar yang diperoleh kemudian dihitung konsentrasinya menggunakan Spektrofotometer UV-Vis NanoDrop untuk memperoleh nilai copy number/μL dan dilakukan pengenceran serta one-step RT-qPCR untuk memperoleh nilai Ct pada tiap konsentrasi pengenceran. Nilai-nilai tersebut kemudian digunakan untuk membuat kurva standar nilai Ct vs log copy number. Kurva standar RNA diperoleh dengan persamaan y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) dan efisiensi PCR sebesar 101,2%. Kurva standar RNA yang dibuat telah memenuhi syarat akseptabilitas kurva standar PCR

SARS-CoV-2 or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 is a virus that causing COVID-19 disease. Until now, the action for COVID-19 cases are being carried by qualitative rapid diagnosis to assess the presence of SARS-CoV-2 virus in patients that lead to prevent the spread of COVID-19 disease, therefore the development of diagnosis is needed to determine the viral load of SARS-CoV-2 which can be useful for assessing response of therapy in COVID-19 patients and for drug screening of antiviral for SARS-CoV-2 studies. This study developed a quantification method for SARS-CoV-2 virus using in vitro transcribed SARS-CoV-2 RNA targeting N gene with N158 primer that known can detect alpha, beta, delta and omicron varian from sequences of Indonesian isolates. The method using pBluescript plasmid that contain N158 gene is transformed to E. coli BL21(DE3) cells, then transformans cell is amplified in growth medium and purified to get the plasmid containing N gene, the plasmid then linearized, transcribed and purified to get standard RNA. Using a Spectrophotometer UV-Vis NanoDrop, the concentration of standard RNA is obtained and the copy number/ μL can be calculated. The RNA standard is diluted and quantified by one-step RT-qPCR to know the Ct value at different concentrations. Ct value vs log copy number standard curve is constructed and the equation of RNA standard curve y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) is obtained with percentage of PCR efficiency 101,2%. Thus, the RNA standard curve is qualified PCR standard curve."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Chaerani Ayu Nur Rizqi
"COVID-19 atau Corona Virus Disease 2019 adalah penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 masuk melalui saluran pernapasan dan menginfeksi paru-paru. Pada penelitian ini metode sensor elektrokimia menggunakan S-protein sebagai biomarker untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dikembangkan dengan menggunakan dua jenis senyawa pengenal yang berbeda, yaitu umifenovir dan N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir dan Neu5Ac merupakan senyawa elektroakif yang mampu berikatan dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Studi elektrokimia dengan metode voltametri siklik menunjukkan puncak arus oksidasi umifenovir pada elektroda screen-printed boron-doped diamond (SPE-BDD) pada potensial +0,29 V. Penambahan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 pada larutan umifenovir menyebabkan penurunan puncak arus oksidasi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan puncak arus oksidasi ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S2 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dan limit deteksi (LOD) 18,98 ng/mL dan limit kuantifikasi (LOQ) 63,27 ng/mL dapat dicapai. Sementara itu, keberadaan senyawa Neu5Ac tidak menunjukkan respon pada elektroda SPE-BDD. Namun, pada elektroda screen-printed gold (SPGE) Neu5Ac dapat diidentifikasi dengan meningkatnya puncak arus reduksi Au pada potensial +0,23 V. Penambahan spike glikoprotein S1 SARS-CoV-2 pada larutan Neu5Ac menyebabkan penurunan puncak arus reduksi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dengan nilai LOD dan LOQ masing-masing 21,80 ng/mL dan 72,69 ng/mL. Kedua jenis sensor memiliki keberulangan yang baik dengan % RSD kurang dari 5% pada 10 kali pengukuran. Sensor ini juga memiliki selektivitas yang baik dan tidak dipengaruhi keberadaan hemaglutinin H1N1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL yang ditambahkan pada pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV-2.

COVID-19 or Corona Virus Disease 2019 is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters through the respiratory tract and infects the lungs. In this study an electrochemical sensor method using S-protein as a biomarker to detect SARS-CoV-2 was developed using two different types of identifier compounds, namely umifenovir and N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir and Neu5Ac are electroactive compounds that are able to bind to the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. An electrochemical study using the cyclic voltammetry method showed the peak of the oxidation current of umifenovir at a screen-printed electrode boron-doped diamond (SPE-BDD) at a potential of +0.29 V. The addition of spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 to the umifenovir solution caused a decrease in the peak of the oxidation current with an optimum contact time of 10 minutes. This decrease in the peak of the oxidation current was linear with increasing concentrations of the spike glycoprotein S2 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL and a detection limit (LOD) of 18.98 ng/mL and a quantification limit (LOQ) of 63.27 ng/mL could be achieved. Meanwhile, the presence of the Neu5Ac compound did not show a response to the SPE-BDD electrode. However, on the screen-printed gold electrode (SPGE) Neu5Ac can be identified by increasing the peak reduction current of Au at a potential of +0.23 V. The addition of spike glycoprotein S1 SARS-CoV-2 to Neu5Ac solution causes a decrease in the peak of the reduction current with an optimum contact time of 10 minute. This decrease was linear with increasing concentrations of spike glycoprotein S1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL with LOD and LOQ values of 21.80 ng/mL and 72.69 ng/mL, respectively. Both types of sensors have good repeatability with % RSD less than 5% for 10 measurements. This sensor also has good selectivity and is not affected by the presence of hemagglutinin H1N1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL added to the measurement of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Alya Azzahra
"Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) merupakan agen penyebab Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) yang telah menginfeksi hampir dua ratus juta orang dan menyebabkan hampir empat juta kematian di dunia. Saat ini, belum ada obat yang spesifik ditemukan untuk virus ini. Drug repurposing merupakan salah satu alternatif strategi pengembangan obat di masa pandemi. Pada penelitian ini, non-structural protein 3 (NSP3) dan non-structural protein 13 (NSP13) SARS-CoV-2, yang mengkode papain-like protease dan helikase, terpilih sebagai target potensial yang berperan penting dalam replikasi virus. Drug repurposing berbasis pemodelan farmakofor dilakukan menggunakan program LigandScout. Ligan kokristal NSP3 dan NSP13 SARS-CoV-2 dari Protein Data Bank dipilih sebagai training set. Sebelumnya, sekuens protein disejajarkan dengan Clustal Omega dan interaksi protein-ligan diidentifikasi dengan Protein-Ligand Interaction Profiler. Model farmakofor divalidasi menggunakan test set yang terdiri dari ligan terpilih sebagai senyawa aktif dan decoy dari A Database of Useful Decoys-Enhanced sebagai senyawa inaktif. Model farmakofor NSP3 pada akhirnya tidak terbentuk karena sedikitnya ligan yang tersedia. Model farmakofor NSP13 yang memiliki satu cincin aromatik (AR), satu daerah hidrofobik (H), satu akseptor ikatan hidrogen (HBA), dan satu donor ikatan hidrogen (HBD) dengan penambahan feature tolerance sebesar 0,15 Å dan feature weight sebesar 0,1 pada fitur AR, H, dan HBA menghasilkan nilai AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivitas, dan spesifisitas sebesar 0,83; 21,2; 8,8; 0,792; dan 0,790. Model ini digunakan sebagai kueri penapisan terhadap obat yang telah disetujui FDA dari The Binding Database. Ticarcillin, sulfisoxazole, lacosamide, sulfathiazole, cefaclor, penicillin G, cephalexin, carbenicillin, atenolol, dan tolazoline diperoleh sebagai senyawa kandidat dengan pharmacophore-fit score tertinggi.

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), causal agent of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), has infected almost two hundred millions of people and caused nearly four millions of deaths worldwide. Currently, no treatment has been identified to be effective against the virus. In the outbreak, drug repurposing emerges as a promising strategy to develop efficient therapeutics. This study selected SARS-CoV-2 non-structural protein 3 (NSP3) and non-structural protein 13 (NSP13), that encodes papain-like protease and helicase, respectively, as potential targets based on their crucial role in virus replication. Drug repurposing was carried out by LigandScout pharmacophore modeling using SARS-CoV-2 NSP3 and NSP13 co-crystallized ligands from Protein Data Bank as training set. Prior to that, crystal structures were aligned by Clustal Omega and analyzed by Protein-Ligand Interaction Profiler for interaction profiling. Generated pharmacophore model was validated by a test set consisting of above-mentioned ligands as actives and A Database of Useful Decoys-Enhanced decoys as inactives. Unfortunately, NSP3 model cannot be generated due to insufficient ligands. NSP13 model that has one aromatic ring (AR), one hydrophobic area (H), one hydrogen bond acceptor (HBA), and one hydrogen bond donor (HBD) features with 0,15 Å feature tolerance and 0,1 feature weight additions on AR, H, and HBA resulted AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivity, and specificity of 0,83; 21,2; 8,8; 0,792; and 0,790. This model was chosen for screening against FDA-approved drugs from The Binding Database. Ticarcillin, sulfisoxazole, lacosamide, sulfathiazole, cefaclor, penicillin G, cephalexin, carbenicillin, atenolol, and tolazoline were obtained as hits with the highest pharmacophore-fit score."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2021
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Putri Hawa Syaifie
"COVID-19 adalah penyakit yang disebabkan oleh Severe acute respiratory syndrom corona virus 2 (SARS CoV-2) yang menyerang sistem pernapasan manusia. Untuk menurunkan tingkat penyebaran virus yang tinggi, deteksi virus SARS CoV-2 yang cepat dan tepat sangat diperlukan. Pada penelitian ini pengembangan sensor deteksi SARS CoV-2 berbasis elektrokimia dengan agen pengenal N-acetyl neuraminic acid (Neu5Ac) telah dilakukan. Screen printed carbon electrode (SPCE) termodifikasi Au digunakan untuk mendeteksi keberadaan virus SARS CoV-2 melalui reaksi inhibisinya terhadap agen pengenal Neu5Ac. Neu5Ac membentuk interaksi yang stabil dengan S1 Glikoprotein pada pH7,6 suhu 300 K dengan nilai energi bebas gibss -6,4880 kkal/mol. Elektrodeposisi Au pada permukaan SPCE berhasil dilakukan dengan rata-rata ukuran Au terdeposisi sebesar 44-120 nm dan menutupi 23,2% permukaan elektroda karbon pada SPCE. Keberadaan Neu5Ac dalam larutan PBS pH7,6 dapat dideteksi dengan elektroda Au dan Au-SPCE dengan LOD masing-masing 27,27µM dan 35,7755 µM secara cyclic voltammetry. Pada konsentrasi Neu5Ac 160 µM, S1 Glikoprotein menunjukkan respon arus yang linier pada rentang konsentrasi 0 µg/ml sampai 0,01µg/ml selama waktu inhibisi 30menit dengan batas deteksi pada arus katoda (reduksi) : LOD = 0,0007 µg/ml LOQ = 0,0023 µg/ml dan pada arus Anoda (oksidasi) : LOD = 0,0014 µg/ml LOQ = 0,0045 µg/ml. Interferensi Hemaglutinin H1N1 tidak signifikan mempengaruhi sensor deteksi S1 glikoprotein.

COVID-19 is a disease caused by Severe acute respiratory syndrome corona virus 2 (SARS CoV-2) which attacks the human respiratory system. To reduce the high rate of virus spread, a precise detection of the SARS CoV-2 virus is needed. In this study, the development of an electrochemical-based SARS CoV-2 detection sensor with the bioreceptor agent N-acetyl neuraminic acid (Neu5Ac) was carried out. Au-modified screen printed carbon electrode (SPCE) was used to detect the presence of the SARS CoV-2 virus through its inhibitory reaction against the bioreceptor agent Neu5Ac. Neu5Ac forms a stable interaction with S1 Glycoprotein at pH7.6 300 K with a gibss free energy value of -6.4880 kcal/mol. Au electrodeposition on the SPCE surface was successfully carried out with an average size of Au deposited at 44-120 nm and covered 23.2% of the carbon electrode surface on the SPCE. The presence of Neu5Ac in PBS solution pH7.6 can be detected with Au and Au-SPCE electrodes with LOD of 27.27µM and 35.7755 M by cyclic voltammetry, respectively. At a concentration of 160 M Neu5Ac, S1 Glycoprotein showed a linear current response in the concentration range of 0 g/ml to 0.01 g/ml during inhibition time of 30 minutes with a detection limit at the cathode current (reduction): LOD = 0.0007 g/ml LOQ = 0.0023 g/ml and at Anode current (oxidation): LOD = 0.0014 g/ml LOQ = 0.0045 g/ml. Hemagglutinin H1N1 interference did not significantly affect the S1 glycoprotein detection sensor."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2021
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Artetha Mutiara Pujiantana
"Latar belakang: COVID-19 yang disebabkan oleh infeksi SARS-CoV-2 telah menginfeksi ribuan orang di Indonesia dan memberikan manifestasi klinis yang luas mulai dari gejala ringan hingga berat yang dapat menyebabkan kematian. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik dasar, laboratoris, terapi, komplikasi, dan luaran pada pasien kritis dalam pemantauan (PDP) ataupun terkonfirmasi COVID-19.
Metode: Studi ini merupakan studi deskriptif potong lintang yang dilakukan di ICU RS Cipto Mangunkusumo (RSCM) dan RS Universitas Indonesia (RSUI) selama Maret 2020 hingga September 2020. Sebanyak 259 subjek yang sesuai kriteria inklusi diambil dari data rekam medis. Dilakukan pengambilan data berupa data demografik, karakteristik dasar, parameter respirasi, data laboratoris, terapi, komplikasi, dan luaran pasien. Data yang terkumpul dijabarkan dalam bentuk tabel frekuensi dan persentase, serta histogram. Data yang terdistribusi normal disajikan dalam rerata dan data yang terdistribusi tidak normal disajikan dalam median.
Hasil: Karakteristik dasar pasien adalah jenis kelamin laki-laki, usia 52 tahun, penyakit penyerta paling banyak hipertensi dan diabetes mellitus. Gejala yang paling sering dikeluhkan oleh pasien adalah sesak napas, batuk, dan demam. Suhu tertinggi selama perawatan adalah 37.20C. Awitan muncul gejala hingga pasien masuk rumah sakit adalah tiga hari, dan awitan muncul gejala hingga pasien masuk rawat ICU adalah enam hari. Metode diagnosis yang paling sering adalah adanya infiltrat bilateral pada pemeriksaan foto polos toraks, dan pemeriksaan PCR swab. Support pernapasan pada saat pasien masuk ICU paling banyak menggunakan ventilator invasif dan masker oksigen. PEEP tertinggi pasien pada 8 cmH2O, PEEP terendah 5 cmH2O. Rasio PF tertinggi adalah 299,75, dan terendah 136,1. PCO2 tertinggi pasien 47,9 mmHg, dan terendah 27,45 mmHg. Tekanan darah sistolik pasien tertinggi 151,88 mmHg, dosis norepinefrin tertinggi 1 mcg/kgBB/menit, dan dosis dobutamin tertinggi 10 mcg/kgBB/menit. Parameter laboratoris menunjukkan nilai leukosit 11.150 103/μL, neutrofil 84%, Limfosit 8,4%, monosit 5,84%, NLCR 10,11, Hb 11,61 g/dL, trombosit 284000 103/μL, D-dimer tertinggi 6730 μg/L, D-dimer terendah 1590 μg/L, ferritin tertinggi 1815,59 ng/mL, ferritin terendah 859,03 ng/mL, albumin 3,01 g/dL, ureum 45 mg/dL, kreatinin 0,94 mg/dL, SGOT 41 U/L, SGPT 34 U/L, bilirubin total 0,7 mg/dL, kadar laktat tertinggi 5,1 mmol/L, laktat terendah 1,7 mmol/L, natrium tertinggi 143 mEq/L, natrium terendah 132 mEq/L, kalium tertinggi 4,9 mEq/L, kalium terendah 3,4 mEq/L, klorida tertinggi 108 mEq/L, klorida terendah mEq/L, troponin I 49,35 pg/mL, CRP tertinggi 178,7 mg/L, CRP terendah 41,2 mg/L, PCT 1,53 ng/mL. Bakteri yang paling banyak ditemukan pada biakan sputum adalah Acinetobacter sp, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, dan infeksi jamur.Terapi diberikan pada pasien mencakup pemberian antibiotik, antiviral, steroid, vitamin C, dan terapi pengganti ginjal (hemodialisa dan CRRT). Komplikasi yang paling sering terjadi adalah ARDS, Syok sepsis, dan AKI. Luaran pasien yang pindah dari ICU dalam keadaan hidup sebesar 146 pasien (56,4%), dan meninggal sebesar 41,7% pasien.
Simpulan: Karakteristik dasar pasien kritis terinfeksi SARS-CoV-2 adalah lakilaki, usia lebih tua dengan komorbid, parameter laboratorium yang menonjol adalah limfopenia, peningkatan D-dimer, ferritin, CRP, dan PCT. Komplikasi yang paling banyak terjadi adalah ARDS dan syok sepsis. Mortalitas pada pasien kritis terinfeksi SARS-CoV-2 sebesar 41,7%.

Background: COVID-19 caused by SARS-CoV-2 infection has a very broad clinical spectrum ranges from mild to critically ill cases. We aimed to describe the clinical course, laboratory findings, therapy, complication, and outcomes of critically ill patients with SARS-CoV-2 infection.
Method: In this multi-centered, retrospective, observational study we enrolled 259 critically ill adult patients with SARS-CoV-2 infection who were admitted to the ICU of RSCM and RSUI between March 2020, and September 2020. Demographic data, sympthom, comorbidities, diagnostic method, respiratory parameters, laboratory values, treatments, complications, and clinical outcomes were all collected. The data is described in the form of a frequency and percentage table, as well as a histogram. We express descriptive data as mean (SD) or median (minmax) for continuous variables and number (%) for categorical variables.
Results: Characterictic of the patients were male, age 52 years, most common comotbidities were hypertension and diabetes mellitus. Symptoms most often complained are shortness of breath, cough, and fever. The highest temperature during treatment was 37,20C. The onset of symptoms until the patients was admitted to ICU was 6 days. The most common diagnostic method were the presence of bilateral infiltrates on plain chest radiographs and PCR swabs. Respiratory support when patients admitted to ICU mostly using invasive ventilators and oxygen masks. The patient’s hightest PEEP was 8 cmH2O, the lowest was 5 cmH2O. The highest PF ratio was 299,75 and the lowest was 136,1. The highest PCO2 was 47,9 mmHg, and the lowest was 27,45 mmHg. The patient’s highest systolic blood pressure was 151.88 mmHg. The highest dose of norepinephrine was 1 mcg/kg/minute, and the higest dose of dobutamine was 10 mcg/kg/minute. Laboratory parameters showed the value of leucocytes 11.150 103/μL, neutrophils 84%, lymphocytes 8,4%, monocytes 5,84%, NLCR 10,11, Hb 11,61 g/dL, platelets 284000 103/μL, highest D-dimer 6730 μg/L, lowest D-dimer 1590 μg/L, highest ferritin 1815,59 ng/mL, lowest ferritin 859,03 ng/mL, albumin 3,01 g/dL, urea 45 mg/dL, creatinine 0,94 mg/dL, AST 41 U/L, ALT 34 U/L, total bilirubin 0,7 mg/dL, highest lactate level 5,1 mmol/L, lowest laktate level 1,7 mmol/L, highest sodium 143 mEq/L, lowest sodium 132 mEq/L, highest potassium 4,9 mEq/L, lowest potassium 3,4 mEq/L, highest chloride 108 mEq/L, lowest chloride mEq/L, troponin I 49,35 pg/mL, highest CRP 178,7 mg/L, lowest CRP 41,2 mg/L, PCT 1,53 ng/mL. The most common bacteria found in sputum are Acinetobacter sp, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, and fungal infection. Therapy given to patients are antibiotics, antivirals, steroids, vitamin C, and renal replacement therapy. The most common complications are ARDS, septic shock and AKI. ICU.
Conclusion. The baseline characteristics of the critically infected SARS-CoV-2 patients were male, older age with comorbid hypertension and diabetes mellitus. Laboratory parameters showed lymphopenia, elevated D-dimer, ferritin, lactate, CRP, and PCT. The most common complications are ARDS and septic shock. Mortality in critically patients with SARS-CoV-2 was 41,7%.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>