Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 93623 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Larasati Paundrianagari Ratusinkaya
"Penyakit influenza A(H1N1)/09 atau flu babi adalah infeksi pernapasan akut pada manusia yang disebabkan oleh virus influenza A(H1N1) yang berasal dari babi. Penyakit ini menular antar manusia dengan gejala yang mirip dengan flu musiman lainnya. Skripsi ini membahas penyebaran influenza A(H1N1)/09 dengan menggunakan model matematika, yaitu model epidemi SEIR. Model ini dikonstruksi dengan pendekatan sistem persamaan diferensial fraksional nonlinier dengan menggunakan turunan Caputo-Fabrizio dan terdiri dari empat kompartemen populasi manusia. Analisis analitik dilakukan terhadap model yang dikonstruksi, termasuk perhitungan titik-titik kesetimbangan dan bilangan reproduksi dasar, serta analisis stabilitas titik kesetimbangan bebas penyakit. Eksistensi solusi untuk model ini dibuktikan dengan menggunakan teori titik tetap Banach. Solusi aproksimasi untuk model ini diperoleh dengan skema Three-Step Adams Bashforth. Pada bagian numerik, simulasi disajikan untuk menganalisis sistem dengan menghitung titik-titik kesetimbangannya serta perilaku fungsi yang dihasilkan pada titik-titik kesetimbangan tersebut dianalisis. Hasil model untuk berbagai orde fraksional dihitung untuk memeriksa pengaruh orde turunan terhadap perilaku fungsi yang dihasilkan dan nilai numerik yang diperoleh. Model dengan orde bilangan bulat juga disimulasikan dan dianalisis perbedaannya dengan orde fraksional.

The A(H1N1)/09 influenza or swine flu, is an acute respiratory infection in humans caused by the A(H1N1) influenza virus originating from pigs. This disease spreads among humans with symptoms similar to other seasonal flu viruses. This undergraduate thesis discusses the spread of A(H1N1)/09 influenza using a mathematical model, specifically the SEIR epidemiological model. This model is constructed using a nonlinear fractional differential equation system approach with the Caputo-Fabrizio derivative and consists of four compartments of the human population. Analytical analysis is conducted on the constructed model, including the calculation of equilibrium points and the basic reproduction number, as well as the analysis of the stability of the disease-free equilibrium point. The existence of a solution for this model is proven using Banach’s fixed-point theory. An approximate solution for this model is obtained using the Three-Step Adams Bashforth scheme. In the numerical section, simulations are presented to analyze the system by calculating the equilibrium points and examining the behavior of the resulting functions at these equilibrium points. The results of the model for various fractional orders are
calculated to examine the effect of the derivative order on the behavior of the resulting functions and the obtained numerical values. The integer-order model is also simulated and its differences from the fractional-order model are analyzed. 
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Marpaung, Jeremi Okto Ricardo
"Cacar monyet merupakan jenis penyakit yang ditimbulkan oleh infeksi virus MPOX yang berasal dari monyet kra pemakan kepiting (Macaca fascicularis). Penelitian terkini menunjukkan bahwa virus MPOX memiliki 2 jenis kelas, yaitu Klad I dan Klad II. Klad II memiliki dua subkelas, yaitu Klad IIa dan Klad IIb. Seluruh jenis virus MPOX tidak hanya menyerang hewan primata, tetapi juga hewan pengerat dan manusia. Model epidemi cacar monyet dikonstruksi dengan mempertimbangkan infeksi terhadap manusia dan hewan pengerat. Model dibentuk dengan pendekatan persamaan diferensial fraksional nonlinier berdimensi delapan yang menerapkan orde Atangana-Baleanu. Model terhadap populasi manusia rentan (susceptible), populasi manusia terpapar (exposed), populasi manusia terinfeksi tetapi tidak menimbulkan gejala (asymptomatic), populasi manusia terinfeksi dan menimbulkan gejala (infectious), dan populasi sembuh dan bebas dari cacar monyet (recovered). Di sisi lain, model terhadap populasi hewan pengerat rentan (susceptible), populasi hewan pengerat terpapar (exposed), dan populasi hewan pengerat terinfeksi (infected). Hal penting yang diperhatikan pada model ini adalah proses konstruksi, kepositifan dan keterbatasan solusi, eksistensi and analisis kestabilan solusi, dan simulasi numerik. Model memiliki titik kesetimbangan bebas dan endemik yang stabil secara asimtotik. Estimasi parameter dilakukan dengan studi literatur terhadap model epidemi cacar monyet pada manusia dan hewan pengerat. Simulasi numerik menunjukkan hasil dari masing-masing variabel dengan nilai orde (α = 0,85; 0,9; 0,95; 0,97). Oleh karena itu, aplikasi model fraksional kalkulus dapat menjadi sebuah pandangan baru dalam mengontrol dan menanggulangi dampak negatif dan penyakit cacar monyet.

Monkey pox is a type of disease caused by infection of the MPOX virus from crab-eating kra monkeys (Macaca fascicularis). Recent research shows that the MPOX virus has 2 types of classes, Clad I and Clad II. Clad II has two subclasses, Clad IIa and Clad IIb. All classes of MPOX viruses affect not only primates, but also rodents and humans. Monkey pox epidemic model is constructed by considering human and rodent infections. The model is formed by an eight-dimensional nonlinear fractional differential equation by applying the Atangana-Baleanu order. Population of model is containing susceptible human population, exposed human population, infected but asymptomatic human population, infected and symptomatic human population, and recovered and free from monkey pox. On the other hand, model the susceptible rodent population, exposed rodent population, and infected rodent population. Important study in this model are the model construction process, positivity and boundedness of solution, existence and stability analysis of solution, and numerical simulation. The model has asymptotically stable free and endemic equilibrium points. Parameter estimation is determined by literature study on the monkey pox epidemic model in humans and rodents. Numerical simulation shows the result of each variable with an order value (α = 0.85, 0.9, 0.95, 0.97). Therefore, fractional calculus model is a further application in controlling and mitigating the disease and its negative impact of monkey pox."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Noval Amri
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
S30733
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Hauwla Husnulkhotimah
"ABSTRAK
Influenza merupakan penyakit menular yang dapat mengancam nyawa kelompok orang dengan resiko tinggi terkena komplikasi. Karena vaksin merupakan cara ampuh mencegah suatu penyakit termasuk influenza, maka pada skripsi ini dibahas model SVIRS yang merupakan model penyebaran penyakit influenza yang mempertimbangkan vaksinasi dan penjagaan jarak sosial. Populasi manusia dibagi menjadi empat subpopulasi, yaitu manusia rentan terhadap penyakit influenza, manusia yang telah diberi vaksin influenza, manusia terinfeksi influenza, serta manusia yang sembuh dari influenza. Subpopulasi manusia yang telah diberi vaksin dan manusia yang sembuh dari influenza diasumsikan dapat kembali rentan karena efektivitas vaksin tidak sempurna. Karena kami berasumsi bahwa daya tahan tubuh tidak bertahan untuk waktu yang panjang, maka ada kemungkinan individu yang sembuh dapat terinfeksi kembali. Kajian analitik mengenai proses nondimensionalisasi, eksistensi dan kestabilan titik keseimbangan juga dilakukan terhadap model. Berdasarkan kajian analitik yang dilakukan, (R0) dapat menjadi penentu strategi terbaik untuk mencegah penyebaran influenza pada populasi. Terakhir, beberapa simulasi numerik dilakukan untuk beberapa skenario vaksinasi dan strategi penjagaan jarak sosial.

ABSTRACT
Influenza is an infectious disease that can threaten the lives of a group of people at high risk of complications. Since vaccines are a powerful way of preventing disease including influenza, then this research discusses the SVIRS model which is a model of the spread of influenza disease which consider vaccination and social distancing. The human population is divided into four subpopulations, namely humans susceptible to influenza, humans who have been given influenza vaccines, humans infected with influenza, and humans who recover from influenza. Subpopulations of people who have been given the vaccine are assumed can be infected by influenza because of the imperfect vaccine effectiveness. Since we assume that the immunity is not for long-life, then there is a possibility that recovered individual may get re-infected. Analytical studies of the nondimensionalization process, the existence and stability of the equilibrium points are carried out on the model. Based on the analytical studies, (R0) give an insight to determine the best strategies to prevent the spread of influenza among the population. At last, some numerical simulations were carried out using for several scenarios of vaccination and social distancing strategy."
2020
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Udut Damero
"ABSTRAK
Model epidemik SIS (Susceptible Infected Susceptible) diaplikasikan dalam
pembuatan model matematis penyebaran penyakit influenza. Model penyebaran
penyakit flu dibuat dengan pendekatan stokastik. Model stokastik yang digunakan
dalam skripsi ini adalah model Continuous Time Markov Chain (CTMC). Pada
model CTMC, dikonstruksi probabilitas transisi, ekspektasi, dan limit distribusi
dari banyaknya individu yang terinfeksi penyakit flu dengan asumsi banyaknya
individu terinfeksi hanya dapat bertambah satu, berkurang satu atau tetap dalam
interval waktu yang sangat pendek (t 􀀀 0). Ekspektasi dari banyaknya individu
yang terinfeksi flu tidak dapat diselesaikan secara langsung, tetapi dapat diketahui
bahwa rata- rata pada model stokastik lebih kecil dibandingkan dengan solusi
deterministik. Dari kajian tentang limit distribusi, didapatkan bahwa probabilitas
tidak ada individu terinfeksi adalah satu saat t 􀀀 ª. Simulasi numerik pada
penyebaran penyakit flu diberikan sebagai pendukung untuk interpretasi model

ABSTRACT
Mathematical model for the spread of influenza using SIS (Susceptible Infected
Susceptible) Epidemic Model for constant total human population size is discussed
in this undergraduate thesis. These influenza model was made with stochastic
approach. Stochastic model that used in this thesis is Continuous Time Markov
Chain (CTMC). Transition probability, expectation, and limiting distribution for
the number of infected people were constructed in CTMC with assumption that the
number of infected people might change by increasing one, decreasing one, or still
in the time interval that tends to zero (t 􀀀 0). The expectation for the number of
infected people cannot be solved directly, but we will know that the mean of the
stochastic SIS epidemic model is less than the deterministic solution. From
limiting distribution analyses, probability that there are no infected people at
t 􀀀 ª is one. Some numerical simulation for the spread of influenza is given to
give a better interpretation and a better understanding about the model
interpretation"
Depok: Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2016
S64597
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Yonaniko Dephinto
"Virus influenza A/(H1N1) dapat menyebabkan infeksi akut pada sistem pernapasan manusia. Peran penting neuraminidase dalam replikasi virus dan tingginya conserved pada sisi aktif, membuat neuraminidase menjadi target utama dalam perancangan obat antiviral virus influenza. Namun perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral mulai mengalami resistensi terhadap virus tersebut. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena peptide memiliki aktifitas dan selektifitas yang baik. Pembentukan siklisasi disulfida pada perancangan ligan peptida bertujuan untuk meningkatkan kestabilan dari peptida tersebut.
Dari perancangan ligan didapatkan 5096 heksapeptida siklis sebagai kandidat obat. Simulasi molecular docking dilakukan untuk menapis ligan yang memiliki nilai ΔG dan interaksi antara ligan dan enzim dan molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi intra dan intermolekuler, mencakup perubahan bentuk ikatan antara atom akibat adanya tekukan, uluran atau rotasi. Kedua simulasi dilakukan dengan menggunakan software MOE2008.10.
Berdasarkan pada hasil simulasi molecular docking dan drug scan menunjukan terdapat dua ligan yang memiliki interaksi terhadap residu target dan sifat yang baik. Ligan tersebut adalah CRMYPC dan CRNFPC. Kedua ligan ini memiliki nilai ΔGbinding -31,7402 kkal/mol dan -31,0144 kkal/mol. Dan kedua ligan ini tidak bersifat mutagenik dan karsinogenik, dan bioavabilitas oral yang baik. Ligan CRMYPC memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi aktif neuraminidase pada simulasi molecular dynamics. Hasil diatas menunjukan bahwa ligan CRMYPC dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtibe H1N1.

Influenza A virus/ (H1N1) can cause severe infection in human respiratory system. Neuraminidase has important role in viral replication, which makes neuraminidase be a major target in drug design. However, the influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. Peptides are preferable for designing inhibitor because of its high activity and specificity.
Cyclization of peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. We have designed 5096 hexapeptide cyclic as drug candidates. We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation.
Based on the results of molecular docking simulations and drug scan showed there are two ligands that have good residual interaction of the target and properties. They are CRMYPC and CRNFPC, that have ΔGbinding -31,7402 kcal/mol and -31,0144 kcal/mol. Both of these ligands are not mutagenic and carcinogenic, and good oral bioavailability. The molecular dynamics simulation was performed ligand CRMYPC have hydrogen bonding interactions with residues active side of neuraminidase. Based on docking and dynamics simulation result, ligand CRMYPC could be proposed as a potential inhibitor of neuraminidase.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2012
T30296
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Johannes Salim
"Virus influenza A subtipe H1N1 menjadi perhatian kesehatan global karena memiliki patogenisitas yang tinggi disebabkan gen penyusunnya berupa RNA yang mudah mengalami mutasi. Pengobatan dengan antiviral (oseltamivir dan zanamivir) adalah salah satu upaya untuk mencegah pandemik influenza, namun terjadi resistansi terhadap obat antiviral tersebut. Resistansi ini sudah diatasi dengan penemuan laninamivir. Laninamivir terbukti mampu menginhibisi aktivitas neuraminidase virus influenza A dan B, termasuk subtipe N1 sampai N9 dan virus yang resistan terhadap oseltamivir. Penelitian ini akan dilakukan drug design berbasis laninamivir, hal ini disebabkan laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase secara efektif, sehingga hasil modifikasi dari laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase lebih efektif daripada laninamivir itu sendiri. Proses molecular docking dilakukan untuk mendapatkan 3 ligan terbaik dari 336 ligan modifikasi. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa AM3G1, CA3G1 dan F1G2 memiliki energi bebas ikatan dan interaksi yang lebih baik daripada standar. Selanjutnya dari hasil analisis toxicological properties secara keseluruhan ligan AM3G1, CA3G1, dan F1G2 tidak bersifat carcinogen dan mutagen.

Influenza A virus subtype H1N1 becomes a global concern because it has high pathogenicity, due to the constituent genes of the virus is RNA. Treatment with antiviral (oseltamivir and zanamivir) is the way to prevent pandemic influenza, but influenza virus resistance to antiviral drugs. This resistance has been overcome by laninamivir. Laninamivir proved able to inhibit neuraminidase activity of influenza A and B viruses, including subtypes N1 to N9 and viruses resistant to oseltamivir. This research was conducted to modify laninamivir-based
drug design, so that results of modified laninamivir can inhibit neuraminidase more effective than laninamivir itself. Molecular docking was conducted to get 3 best ligand modifications from 336 modifications. Results of molecular docking indicated that AM3G1, CA3G1 and F1G2 have interaction and free binding energy better than standards. Furthermore, the analysis of toxicological properties of the ligand AM3G1, CA3G1, and F1G2 shown that the ligands have noncarcinogen and non-mutagen.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2011
S147
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Rizki Hutami
"ABSTRAK
Antibodi poliklonal matriks 1 Virus Influenza A H1N1 dapat dimanfaatkan untuk pendeteksian antigen matriks 1 dalam pengembangan sistem diagnostik maupun pengembangan vaksin virus influenza A. Antibodi poliklonal antara lain dapat diperoleh dengan imunisasi kelinci menggunakan antigen rekombinan M1. Protein rekombinan M1 yang digunakan sebagai antigen diekspresikan pada EscherichiacoliBL21 dan dipurifikasi menggunakan resin Ni¬NTA, kemudian digunakan dalam imunisasi 1 ekor kelinci betina, Oryctalogouscuniculus,galur NewZealandWhite. Respon antibodi spesifik M1 diuji dengan ELISA dan westernblot. Hasil uji ELISA yang dinilai pada panjang gelombang 450 nm, menunjukkan titer antibodi yang tinggi pada serum paska imunisasi terhadap antigen M1 rekombinan (0,544) dibandingkan dengan serum pra imunisasi (0,102).Hasil uji westernblotmenunjukkan adanya reaktivitas serum kelinci paska imunisasi dengan pita protein berukuran ~27 kDa, yang diartikan sebagai adanya respon antibodi spesifik terhadap antigen M1, sedangkan serum kelinci pra imunisasi tidak memperlihatkan reaksi dengan pita protein berukuran 27 kDa tersebut. Terlihat pula adanya reaksi non spesifik yang relatif lemah terhadap pita protein lainnya, baik pada serum paska imunisasi maupun pra imunisasi yang menunjukkan adanya residu protein EscherichiacoliBL21 pada sediaan antigen M1 hasil purifikasi. Antibodi poliklonal yang diperoleh dapat digunakan untuk mendeteksi antigen M1 baik untuk pengembangan uji diagnostik maupun vaksin influenza A H1N1.

ABSTRACT
Polyclonal antibody against influenza A H1N1 matrix 1 protein can be utilized for detection of matrix 1 antigen in the development of Influenza A diagnostic system and vaccine. Polyclonal antibody can be obtained by rabbit immunization using M1 recombinant antigen. M1 recombinant proteins that will be used as antigen was expressed in EscherichiacoliBL21 and purified using Ni-NTA resin. This recombinant antigen was used for immunization of female rabbit, Oryctalogouscuniculus,NewZealandWhitestrain. M1-specific antibody responses were tested by ELISA and westernblot. ELISA test results at a wavelength of 450 nm, showed a high antibody titer in the post-immunization serum against the recombinant antigen M1 (0,544) compared with the preimmunization serum (0,102). Westernblottest results showed reactivity of post-immunized serum against a band of ~ 27 kDa protein, which indicate the presence of specific antibody response against M1 antigen, whereas preimmunization rabbit serum showed no reaction with the 27 kDa protein band. The existence of non-specific reactions that are relatively weak against other protein bands was also observed , both in the post-immunization and pre-immunization sera, indicating the presence of residual E.coliprotein in the purified M1 antigen preparation. The Polyclonal antibody obtained in this study can be used to detect M1 antigen, for development of H1N1 Influenza A diagnostic test and vaccine."
Universitas Indonesia, 2011
S672
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Riski Imaniastuti
"Resistensi oseltamivir sebagai inhibitor neuraminidase virus influenza A subtype H1N1 telah dilaporkan oleh Cheng, et al pada tahun 2009. Sebagai salah satu upaya mengatasi pemasalahan ini, beberapa penelitian yang menggunakan metode simulasi molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptide siklis yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial neuraminidase H1N1 sehingga dapat menghambat replikasi virus tersebut.
Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada temperatur yang berbeda. Simulasi dilakukan terhadap tiga inhibitor peptida siklis disulfida yaitu DNY, LRL, NNY dan oseltamivir, zanamivir sebagai ligan standar. Hasil penelitian menunjukkan pergerakan dinamis yang dimiliki oleh kelima kompleks enzim-ligan dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim.
Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan DNY memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Arg 293, ligan LRL dengan Arg 118, Arg 293, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 425 dan Arg 293. Pada temperatur 312 K, ligan DNY tidak memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim. Ligan LRL memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Glu 425, Tyr 402, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 278 dan Arg 293. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. Konformasi yang berubah akibat perilaku dinamis kompleks enzim-ligan juga dapat terlihat dalam plot kurva RMSD.

Resistence of oseltamivir as an inhibitor of neuraminidase influenza A virus subtype H1N1 has been reported by Cheng, et al in 2009. To solve this problem, several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for neuraminidase H1N1 to inhibit the replication of this virus.
This research was studied and evaluated the interaction of ligands toward enzyme in the hydrated state using molecular dynamics simulation at two different temperatures. Simulations performed on three disulfide cyclic peptide inhibitors namely DNY, LRL, NNT along with oseltamivir, zanamivir as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of five proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues.
In the end of simulation, two of three disulfide cyclic peptide inhibitors have good interaction with catalytic site of the enzyme. At the end of simulation temperature of 300 K, DNY formed hydrogen bond with catalytic site Asp 151, Arg 293, LRL with Arg 118, Arg 293, NNY with Asp 151, Glu 425 and Arg 293. Then at the end of simulation temperature of 312 K, DNY could not form hydrogen bond with catalytic site of enzyme. LRL formed hydrogen bond with Asp 151, Glu 425, Tyr 402, NNY with Asp 151, Glu 278, and Arg 293. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor. The changing of enzymes conformation as the result of dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor also could be seen in RMSD curve.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2011
S105
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Rizky Arcinthya Rachmania
"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.

The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
T29021
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>