Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pemisahan campuran propana/propilena (C3H8/C3H6) merupakan salah satu proses penting tetapi menantang dalam industri petrokimia akibat konsumsi energi yang besar. Metode pemisahan dengan menggunakan membran berbasis kerangka metal-organik merupakan teknik modern yang dapat mengurangi kebutuhan energi dibandingkan metode separasi konvensional. Penelitian baru-baru ini, (Wang, dkk., Advanced Materials, 2023, 35, 2207955) menemukan kerangka metal-organik Zn2(BDC(CF3)2)2(DABCO) untuk pemisahan campuran propana/propilena. Membran tersebut mampu menghasilkan produk propilena dengan tingkat puritas 99.99% dengan selektivitas hingga 2.18 pada kondisi tekanan 1 bar dan temperatur 298 K. Dalam penelitian ini, simulasi dinamika molekuler digunakan untuk mendapat nilai selektivitas adsorpsi dan difusi serta membandingkannya dengan kerangka metal organik Zn2(BDC(CF3)2)2(Pirazina) karena memiliki berat yang lebih ringan dan meningkatkan luas permukaan adsorpsi dalam berat yang sama. Pada tekanan 1 bar dan 298 K, selektivitas adsorpsi untuk Zn2(BDC(CF3)2)2(DABCO) dan Zn2(BDC(CF3)2)2(Pirazina) adalah sebesar 5,91 dan 2,36. Selektivitas difusi pada temperatur 298 K juga diperoleh dengan besaran nilai 1,965 dan 3,182.

---

The separation of propane/propylene (C3H8/C3H6) mixtures is a crucial yet challenging process in the petrochemical industry due to its high energy consumption. Separation methods using metal-organic framework (MOF) membranes are modern techniques that can reduce energy requirements compared to conventional separation methods. Recent research (Wang et al., Advanced Materials, 2023, 35, 2207955) discovered the metal-organic framework Zn2(BDC(CF3)2)2(DABCO) for the separation of propane/propylene mixtures. This membrane is capable of producing propylene with a purity level of 99.99% and a selectivity of up to 2.18 under conditions of 1 bar pressure and 298 K temperature. In this study, molecular dynamics simulations is used to obtain adsorption and diffusion selectivity values and compare them with the metal-organic framework Zn2(BDC(CF3)2)2(Pirazina) because it has a lighter weight and increases the surface area for adsorption in the same weight. At a pressure of 1 bar and 298 K, the adsorption selectivity for Zn2(BDC(CF3)2)2(DABCO) and Zn2(BDC(CF3)2)2(Pirazina) is 5.91 and 2.36, respectively. Diffusion selectivity at 298 K was also obtained, with values of 1.965 and 3.182, respectively.

"

"Thermoplasma acidophilum adalah jenis arkaea yang mampu beradaptasi di lingkungan ekstrim, yaitu pH 1- 4 dan temperatur antara 39oC dan 59oC (Freisleben et al., 1994). Karena organisme ini tidak memiliki dinding sel, maka membran sel ini harus tahan dan stabil untuk melindungi sitoplasma terhadap pengaruh lingkungan. Cincin siklopentana dan eter berkontribusi sebagai stabilitas struktural tetraether lipid (TEL) dalam konstituen membran.Pada studi ini, membran TEL yang berdimensi 4x1x1 Å dimodelkan dengan menggunakan model pelarut implisit GBSW. Selain itu diberikan pengaruh temperatur (312 dan 332 K), pH (1 dan 4), dan jumlah cincin siklopentana (no l , tiga, dan lima NCC dilambangkan, TCC, LCC, masing- masing) yang kemudian disimulasikan se lama 100 ps.Hasilnya, dianalisis berdasarkan pada struktur, energi interaksi, dan RMSD dari se luruh atom di dalamnya. Berdasarkan ketiga variasi yang digunakan, maka membran dengan kandungan cincin s iklopentana disimulasikan denga n empat keadaan: keadaan A (pH 4;T=312K), B (pH 4;T=332K), C (pH 1,5;T=312K), dan D (pH 1,5;T=332K). Jarak antara gugus kepala (bagian hidrofobik) merupakan ketebalan dari struktur membran, berada pada 21- 23A (konsisten dengan Stern et al., 1992) dengan nilai terpanjang dimiliki oleh membrane NCC dan terpendek LCC. Sedangkan berdasarkan perhitungan energi interaksi, energi ikatan terendah dan RMSD dari se luruh atom paling kecil dimiliki oleh membran LCC di keadaan D (81,03 kkal/mol dan 8,13 Å). Nilai tersebut sesuai dengan kondisi kultur pertumbuhannya (pH 1,5 dan 59oC) dan beberapa hasil eksperimen (Ernst et al., 1998, Shimada et al., 2008, dan N icolas, 2005) yang menunjukkan bahwa secara biologis dan model membran TEL stabil dalam kondisi ekstrim dengan temperatur tinggi dan pH rendah.

---

Thermoplasma acidophilum is an archaeon able to grow in extreme conditions of pH 1- 4 and temperatures between 39 and 59oC (Freisleben et al., 1994). Since the organism lacks a cell wall, the cell membrane must be resistant and stable to protect the cytoplasm from life- threatening environmental influences. Pentacycles and ether bonds contribute to the structural stability of tetraether lipids (TEL) as membrane constituents.In this work, molecular dynamic simulations of TEL membrane with 4x1x1 dimension is used as an implicit solvent GBSW model .The influence of temperature (312 and 332 K), pH (1 and 4), and the number of pentacycles ( none, three, and five denoted NCC, TCC, LCC, respectively ) is simulated at 100 ps.Analysis is based on the structure, interaction energy, and RMSD of all atoms and with these three variations, a model with four membrane states is established for each number of pentacycles: State A (pH 4; T =312K), state B (pH 4 ;T =332K), state C (pH 1.5;T =312K), and state D (pH 1.5 ; T =332K). The distance between the polar head groups denoting the thickness of the hydrophobic membrane moiety of all different structures is obtained between 21-23Å (consistent with Stern et al., 1992). NCC exerts the longest and LCC the shortest distance. Based on interaction energy calculations, the lowest bond energy and RMSD of all atoms is obtained for LCC at state D (81.03 kcal/mol and 8.13 Å).This result is consistent with culture growth conditions at pH 1.5 and 59oC and experimental studies, which show the stability of biological and model TEL membranes in extre m e conditions of high temperature and low pH (Ernst et al., 1998, Shimada et al., 2008, and N icolas, 2005)."

"ABSTRAKHidrogen merupakan salah satu unsur yang melimpah dimuka bumi, hidrogen ditemukan bersenyawa dengan atom lain sehingga banyak terdapat di udara (seperti H2 dan NH2) maupun air (H2O), ketersediannya di kerak bumi sebesar 15,4%. Karena ketersediannya yang melimpah dan kemampuan menghasilkan sumber energi tanpa menghasilkan polusi udara dan air, maka hidrogen diproyeksikan sebagai sumber energi masa depan. Namun pemilihan material untuk alat penyimpanan hidrogen sangat penting karena hidrogen dalam fasa gas merupakan molekul yang reaktif sehingga membutuhkan penyimpanan dengan material yang tepat. Selain dari faktor keamanan, efektivitas adsorpsi hidrogen ke permukaan material juga menjadi fokusan utama. Oleh karena itu dipilihlah Grafena oksida, Grafena oksida adalah lembaran yang terbentuk dari lapisan tunggal Grafit oksida yang mudah untuk disintetis yang memiliki sifat elektoronik dan optik yang baik. Kelebihan menggunakan material Grafena oksida adalah harganya yang lebih murah dibanding Grafena murni dan tersedia dengan jumlah yang banyak. Gas yang dapat diserap material ini antara lain H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, dan SO2. Riset yang dilakukan secara simulasi ini memungkinkan untuk menguji efektivitas adsorpsi dengan variasi temperatur dan tekanan yang lebih luas dan menggunakan biaya yang relatif lebih rendah dibandingkan dengan riset eksperimental. Maka riset yang dilakukan penulis menggunakan metode Simulasi Dinamika Molekuler. Variasi temperatur yang digunakan adalah 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295K dan tekanan memiliki variasi 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar dan 80 bar pada sistem yang dibuat konstan. Hasil yang didapat akan dibandingkan dengan literatur hasil riset secara ekperimental.

---

ABSTRACT

Hydrogen is one of the abundant elements on earth, hydrogen is found in compound with other atoms so that there are many in the air (such as H2 and NH2) and water (H2O), its availability in the earth's crust is 15.4%. Due to its abundant availability and ability to produce energy sources without producing air and water pollution, hydrogen is projected as a future energy source. But the selection of materials for hydrogen storage devices is very important because hydrogen in the gas phase is a reactive molecule that requires storage with the right material. Aside from safety factors, the effectiveness of hydrogen adsorption onto the surface of the material is also the main focus. Therefore graphene oxide was chosen, graphene oxide is a sheet formed from a single layer of graphite oxide which is easy to synthesize which has good electric and optical properties. The advantage of using graphene oxide material is that the price is cheaper than pure graphene and is available in large quantities. The gases that can be absorbed by this material include H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, and SO2. Research conducted in this simulation makes it possible to test the effectiveness of adsorption with a wider variety of temperatures and pressures and uses a relatively lower cost compared to experimental research. Then the research conducted by the author uses the Molecular Dynamics Simulation method. The temperature variations used are 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295 K, the pressure has a variation of 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar and 80 bar in a constant system. The results obtained will be compared with the research results experimentally."

"

Gas Hidrogen memiliki potensial yang cukup baik untuk digunakan sebagai sumber energi yang bersih pada masa depan. Gas hidrogen yang digunakan sebagai energi saat ini masih memiliki kendala, dimana dalam sistem penyimpanan gas hirdrogen itu sendiri. Ada salah satu cara untuk mengatasinya dimana dengan menggunakan metode yang dinamakan adsorpsi. Material Grafit merupakan adalah material yang memiliki potensial yang digunakan sebagai material penyimpanan gas hidrogen. Pada riset secara eksperimental memerlukan biaya yang sangat tinggi. Sehingga, dibutuhkan metode riset lain yang melakukan riset tersebut. Pada riset yang dilakukan, penulis menggunakan metode simulasi salah satunya adalah metode Simulasi Dinamika Molekuler. Pada riset simulasi yang dilakukan adanya variasi temperatur adalah 77 K, 100 K, 150 K, 200 K, 273 K, dan 296 K dan variasi tekanan pada temperatur adalah pada 1 atm, 8 atm, 10 atm ,14 atm ,18 atm,  dan 20 atm. Kemudian hasil simulasi dibandingkan dengan hasil riset eksperimental yang telah dilakukan oleh peneliti sebelumnya.

 

 

---

Hydrogen gas has good potential to be used as a clean energy source in the future. Hydrogen gas that is used as energy at this time still has an administration, whereas in the hydrogen storage system itself. There is one way to overcome it where by using a method called adsorption. Graphite is a material that has the potential to be used as a hydrogen gas storage material. In this study, the cost of experiments is very high. Required, other research methods are needed that conduct the research. In the research conducted, the author uses simulation methods, one of which is the Molecular Dynamics Simulation method. In the simulation research conducted there are variations in temperature namely 77 K, 100 K, 150 K, 200 K, 273 K, and 296 K and variations in pressure at temperatures are 1 atm, 8 atm, 10 atm, 14 atm, 18 atm, and 20 atm. Then the results of the experiment are compared with the results of experimental studies that have been done by previous researchers.

"

"Saat ini energi dianggap sebagai kebutuhan utama di dunia. Sayangnya, energi dari bahan bakar fosil menghasilkan karbon dioksida dalam jumlah besar sehingga meningkatkan efek rumah kaca di dunia ini. Untuk mengatasi masalah ini, banyak negara berkembang telah mengkonversi bahan bakar fosil ke gas alam. Selanjutnya, gas alam masih mengandung zat pengotor, sehingga pemurnian gas alam dari zat pengotor sangat penting. Penelitian ini akan membangun simulasi pemurnian yang dicapai dengan dua simulasi yang berbeda. Pada simulasi pertama komponen akan terdiri dari metana, nitrogen dan karbon dioksida dengan persentase komposisi 80% metana dan 10% dari karbon dioksida dan nitrogen masing-masing. Simulasi kedua akan terjadi tanpa nitrogen dan dengan persentase 80% metana dan 20% dari karbon dioksida. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karbon dioksida dapat terserap awal 50%. Di sisi lain metana tidak dapat dimurnikan dengan baik ketika ada nitrogen ada dalam proses adsorpsi.

---

Nowadays energy is considered as primary requirement in the world. Unfortunately, the energy from fossil fuel emits large number of carbon dioxide increasing the greenhouse effect in this world. In order to overcome this problem, many develop countries are converting fossil fuel into natural gas. Furthermore, natural gas is still occupied with impurities, therefore purification of Natural gas from impurities are very important.

This study observed the purification simulation process which attained with two different run. The first run components were consists of methane, nitrogen and carbon dioxide with percentage composition 80% of methane and 10% of carbon dioxide and 10 % nitrogen respectively. The second run occurred without nitrogen and with percentage 80% of methane and 20% of carbon dioxide. Result show that carbon dioxide can be adsorbed nearly 50 %. On the other hand methane cannot be well purified when there is nitrogen exist in the adsorption process."

"Kelangkaan bahan bakar fosil dan pemanasan global langsung mengarahkan perhatian pada pencarian bahan bakar alternatif. Bahan bakar alternatif secara luas diharapakan bahwa penggunaan karbon bebas pembawa energi dapat membalikkan fenomena rumah kaca. Hidrogen dianggap sebagai bahan bakar alternatif ideal untuk banyak pengubah energi karena memiliki pembakaran alami yang bersih dan sebagai pembawa energi yang efisien mengurangi dampak terhadap lingkungan. Meskipun hidrogen memiliki keuntungan yang signifikan, hidrogen pun memiliki kekurangan dalam pemanfaatannya. Masalahnya adalah biaya produksi dan kakteristik penyimpanan. Karateristik penyerapan hidrogen khusus oleh CNT (Carbon Nanotubes) membuat CNT sedikit lebih cocok sebagai tempat penyimpanan hidrogen. Tulisan ini membuat sebuah kasus simulasi molekular adsorpsi hidrogen pada CNT. Simulasi ini mengidentifikasi pengaruh variasi panjang CNT terhadap kuantitas jumlah hidrogen yang masuk ke dalam CNT.

---

The scarcity of fossil fuels and global warming have directed attention towards the search of alternative fuels. It is widely hoped that the use of carbon-free energy carriers could reverse the greenhouse phenomenon. Hidrogen is considered as an ideal alternative fuel for many energy converters because of its clean-burning nature and efficient energy carrier with a significantly reduced impact on the enviro nment. Although hidrogen possesses significant advantages, it also exhibits major drawbacks in its utilization. The probems are production costs and storage characteristics. The special hidrogen adsorbing characteristics of carbon nanomaterials make them rather suited as hidrogen storage devices. This paper make a case that molecular simulation of hidrogen adsorbtion with variation of CNT length. It is identify the influence of CNT length to number quantity of hidrogen inside to CNT."

"Virus Zika adalah penyakit neurologis yang penyebarannya disebabkan oleh nyamuk Aedes aegypti. Ciri khas dari penyakit neurologis dibandingkan penyakit yang lain adalah kerusakannya bersifat permanen. Virus Zika tidak memberikan gejala pada orang yang terinfeksi. Akan tetapi, virus ini dapat diturunkan kepada bayi sehingga menghasilkan potensi keturunan yang cacat secara fisik dan kognitif dengan cara meninhibisi pembelahan sel saraf pada bayi. Virus Zika merupakan suatu permasalahan global dimana belum ada obat yang telah paten untuk mengobati atau inhibisi kerja Virus Zika. Walaupun demikian, terdapat peptida yang disintesis dari sel epitel mamalia, yaitu human cathelicidin LL-37, dan telah terbukti untuk menunjukkan aktivitas inhibisi dari berbagai jenis virus termasuk Virus Zika. Di sini akan dilakukan penelitian secara In Silico untuk menjelaskan bagaimana human cathelicidin LL-37 berinteraksi dengan Virus Zika secara molekuler. Penelitian kali ini akan menggunakan satu protein struktural, yaitu envelope, dan satu protein nonstruktural, yaitu Non-struktural 1. Penelitian ini memiliki tiga tahap utama, yaitu melengkapi struktur menggunakan AVOGADRO dan MODELLER, penambatan molekuler menggunakan HDOCK, serta dinamika molekuler menggunakan GROMACS. Hasil dari dinamika molekuler ini adalah peptida LL-37 yang terbukti baik untuk menginhibisi protein pada Virus Zika, tetapi D-LL-37 lebih unggul karena membuat protein bergerak lebih banyak. Akan tetapi, pergerakan protein ini juga membuat struktur D-LL-37 menjadi lebih mudah hancur.

---

The Zika Virus is a neurological disease that is spread by the Aedes aegypti mosquito. The distinctive feature of neurological diseases compared to other diseases is that the damage is permanent. The Zika virus does not cause symptoms in infected people. However, this virus can be passed on to babies, resulting in potential offspring who are physically and cognitively disabled by inhibiting nerve cell division in babies. The Zika virus is a global problem where there is no patented drug to treat or inhibit the action of the Zika virus. However, there is a peptide synthesized from mammalian epithelial cells, namely human cathelicidin LL-37, and has been proven to exhibit inhibitory activity against various types of viruses including the Zika Virus. Here, In Silico research will be carried out to explain how human cathelicidin LL-37 interacts with the Zika Virus molecularly. This study will use one structural protein, namely the envelope, and one non-structural protein, namely Non-structural 1. This research has three main stages, namely completing the structure using AVOGADRO and MODELLER, molecular docking using HDOCK, and molecular dynamics using GROMACS. The result of these molecular dynamics was the LL-37 peptide which proved to be good at inhibiting proteins in the Zika Virus, but D-LL-37 is superior because it makes the protein move more. However, this protein movement also makes the structure of D-LL-37 more easily destroyed."

"Liposom adalah teknologi pengiriman obat untuk meningkatkan kemanjuran dan keamanan obat. Liposom adalah vesikel amphiphilic yang memiliki bagian kutub dan non-kutub. Ini memungkinkan liposom untuk membawa obat-obatan hidrofilik dan hidrofobik. Kafein adalah zat psikoaktif yang disebut xanthine alkaloid yang memiliki sifat penetrasi kulit yang buruk. Ini karena kafein memiliki sifat hidrofilik. Jadi untuk meningkatkan konsentrasi kafein di lapisan kulit yang lebih dalam, diperlukan vesikel seperti liposom. Proses pembuatan liposom konvensional membutuhkan waktu lama, rumit dan dapat menghasilkan racun dari residu pelarut organik yang digunakan. Simulasi dinamika molekul dapat mengatasi keterbatasan pembuatan liposom konvensional dengan memvisualisasikan ikatan molekul dan menganalisis sifat-sifat liposom berdasarkan interaksi antar ikatan. Molekul kafein akan dikombinasikan dengan molekul kolesterol dan fosfolipid DPPC (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine). Simulasi dinamika molekul dilakukan pada Kafein dan liposom dengan komposisi Kolesterol - DPPC (1: 1; 1: 2; 1: 4) yang dipanaskan oleh 323 K dalam kotak virtual 100 Å dan diproduksi pada 125 ns. Sistem akan diproses menggunakan kuning. Visualisasi menghasilkan ikatan antar molekul untuk membentuk koleksi padat, ikatan tidak sempurna antar molekul dalam bentuk bola berlubang. Ini karena keterbatasan komputer dan kebutuhan untuk pelarut yang cocok. Sedangkan hasil analisis yang diperoleh dari ketiga liposom di atas stabil pada 323 K dan Kolesterol-DPPC (1: 4) memiliki ikatan paling padat dan volume terkecil adalah 44,7 Å X 43,4 Å X 58,8 Å (X, Y, Z). Energi potensial dari ketiga liposom akan berkurang yang menunjukkan keseimbangan energi di semua liposom.

---

Liposomes are a drug delivery technology to improve the efficacy and safety of drugs. Liposomes are amphiphilic vesicles that have polar and non-polar sections. This allows the liposome to carry hydrophilic and hydrophobic drugs. Caffeine is a psychoactive substance called xanthine alkaloid which has poor skin penetration properties. This is because caffeine has hydrophilic properties. So to increase the concentration of caffeine in the deeper layers of the skin, vesicles such as liposomes are needed. The process of making conventional liposomes takes a long time, is complicated and can produce toxins from the residues of organic solvents used. Molecular dynamics simulations can overcome the limitations of making conventional liposomes by visualizing molecular bonds and analyzing the properties of liposomes based on interactions between bonds. Caffeine molecules will be combined with cholesterol molecules and DPPC phospholipids (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine). Molecular dynamics simulations were carried out on Caffeine and liposomes with Cholesterol-DPPC composition (1: 1; 1: 2; 1: 4) heated by 323 K in a 100 Å virtual box and produced at 125 ns. The system will be processed using yellow. Visualization produces bonds between molecules to form solid collections, imperfect bonds between molecules in the shape of a hollow ball. This is due to computer limitations and the need for suitable solvents. While the analysis results obtained from the three liposomes above are stable at 323 K and Cholesterol - DPPC (1: 4) has the densest bond and the smallest volume is 44.7 Å X 43.4 Å X 58.8 Å (X, Y, Z). The potential energy of all three liposomes will decrease which shows the energy balance in all liposomes."

"ABSTRAKDesalinasi dengan menggunakan membran memberikan potensi yang besar dalam menghasilkan air bersih dengan penggunaan energi yang efisien. Penemuan terbaru menunjukkan bahwa carbon nanotube (CNT) dan lembaran graphene memiliki potensi yang sangat besar dalam menyaring garam pada air laut. Kami memodelkan membran yang tersusun dari CNT, lembaran graphene dan graphitic ? based triazine serta pengaplikasian densitas muatan permukaan pada dinding membran. Performa penyaringan garam, pemisahan ion garam dan laju aliran molekul air dari variasi konfigurasi membran diteliti dengan menggunakan simulasi dinamika molekul. Kami menemukan bahwa pengaplikasian densitas muatan permukaan pada daerah tertentu pada membran dan variasi besar densitas muatan memberikan hasil yang berbeda pada performa penyaringan untuk setiap konfigurasi membran yang berbeda.

---

ABSTRACT

Desalination that utilize membrane provide great potential in producing fresh water with efficient energy consumption. Recent research found that cabon nanotube (CNT) and graphene sheet have great potential in filtering salt ion from sea water. We modeled a membrane that made from CNT, graphene sheet and graphitic - based triazine, also applying surface chage density to covers membrane walls. Membrane performance in filtering salt, separating salt ions and water molecules flow from various configuration of membranes are investigated using molecular dynamic simulation. We found that applying surface charge density to certain wall of membrane and the magnitude of the charge give various results to the filtering performance for each different membrane configuration."