Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sistem CRISPR yang semula merupakan mekanisme pertahanan bakteri dapat digunakan sebagai alat rekayasa genetika yang spesifik dan relatif modular, salah satunya adalah CRISPR-dCas9 yang memanfaatkan protein Cas9 dari Streptococcus pyogenes dengan mutasi D10A dan H840A untuk secara spesifik menempel pada sekuens DNA tertentu sehingga menginterferensi ekspresi gen tersebut. Untuk meningkatkan jangkauan aplikasi, diteliti suatu protein dCas9 yang tahan suhu tinggi atau termostabil dari bakteri termofilik Geobacillus kaustophilus, dengan rentang suhu operasi hingga 70 °C, serta ditambatkan protein YebF untuk meningkatkan sekresi ekstraseluler dCas9. Penelitian secara in silico dilakukan dengan Molecular Docking untuk melihat interaksi antara YebF-dCas9 dengan beberapa variasi panjang spacer, repeat, dan tracr sgRNA. Melalui analisis afinitas pengikatan, didapatkan konfigurasi sgRNA optimal adalah dengan panjang spacer 10 nukleotida, repeat 36 nukleotida, dan tracr 63 nukleotida. Uji in vitro dilakukan dengan menganalisis kemampuan YebF-dCas9 menempel pada sekuens gen β-lactamase yang memberikan resistensi ampisilin pada bakteri. Gen penyusun YebF-dCas9 Geobacillus termophilus ditransformasikan ke dalam bakteri E. coli BL21 melalui plasmid rekombinan pET-15b termodifikasi. Hasil protein YebF-dCas9 didapatkan setelah bakteri dikultur dan purifikasi menggunakan Fast Protein Liquid Chromatography. Uji Lowry dilakukan untuk menentukan konsentrasi YebF-dCas9 dalam larutan, sedangkan uji SDS PAGE dilakukan untuk validasi hasil YebF-dCas9 yang diproduksi. Setelah ditransformasikan ke dalam bakteri, struktur YebF-dCas9-gRNA mampu menginhibisi resistensi ampisilin bakteri, menyebabkan menurunnya koloni bakteri yang hidup hingga 98,5%. Digunakan berbagai variasi medium untuk menganalisis pengaruh berbagai ion logam terhadap aktivitas, dengan variasi medium SOC, medium Buffer Taq Polymerase, dan medium air panas Cisolong. Medium transformasi optimal untuk aktivitas YebF-dCas9 adalah medium SOC dengan kadar ion magnesium 486,1 mg/L, kalium 97,74 mg/L, dan natrium 229,89 mg/L.

---

CRISPR system that originated from bacterial defense mechanism can be used as a specific and modular genetic engineering tool, one of which is the CRISPR-dCas9 that utilizes Cas9 protein from Streptococcus pyogenes with D10A and H840A mutation which specifically adheres to certain DNA sequence to interfere the gene expression. To broaden the application scope, a thermostable dCas9 in temperature as high as 70 °C from thermophilic bacteria Geobacillus kaustophilus is isolated, appended with YebF to improve extracellular secretion, and tested. The in silico experiment is done using Molecular Docking to analyze the interaction between YebF-dCas9 and sgRNA with varying spacer, repeat, and tracr length. Using binding affinity analysis, it is found that the optimal configuration for sgRNA to interact with YebF-dCas9 is with 10 nucleotides spacer, 36 nucleotides repeat, and 63 nucleotides tracr. For the in vitro experiment, the ability of YebF-dCas9 is tested, especially the ability to bind with the β-lactamase gene sequence that allows bacteria to have ampicillin resistance. The YebF-dCas9 gene from Geobacillus kaustophilus is transformed into E. coli BL21 bacteria using modified recombinant plasmid pET-15b. Concentrated YebF-dCas9 enzyme is produced after bacterial replication in a liquid culture and protein purification using Fast Protein Liquid Chromatography. Lowry test is performed to determine the YebF0dCas9 concentration, while the SDS PAGE test is performed to validate the produced YebF-dCas9. After transformation to the bacteria, the YebF-dCas9-gRNA structure has the ability to inhibit the ampicillin resistance in bacteria, exhibited by the decrease ini living bacteria colony by up to 98,5%. Various medium are used to study the effect of various metal ions on the activity of YebF-dCas9, using three medium variations of SOC medium, Taq Polymerase Buffer medium, and Cisolong medium. The optimal transformation medium for YebF-dCas9 activity is the SOC medium with magnesium ion concentration of 486.1 mg/L, potassium ion concentration of 97.74 mg/L, and sodium ion concentration of 229.89 mg/L."

"Rekayasa genetika adalah proses yang melibatkan perubahan struktur genetik suatu organisme dengan menghilangkan, memasukkan, atau memodifikasi materi genetik yang terdapat pada objek yang dituju. Salah satu teknik rekayasa genetika adalah pengeditan gen. Metode pengeditan gen yang paling populer saat ini adalah CRISPR-Cas9 yang merupakan singkatan dari clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. Penelitian ini mengkaji aktivitas Cas9 dengan sgRNA dari bakteri Geobacillus kaustophilus secara in silico dan in vitro. Pada percobaan in silico digunakan metode molecular docking untuk mengkaji interaksi biomolekuler dengan variasi sgRNA yaitu spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; dan tracrRNA 63, 98, 140 nt. Didapatkan hasil bahwa perubahan panjang spacer, repeat, dan tracrRNA dapat mempengaruhi tingkat besar afinitas pengikatan yang terbentuk dalam kompleks YebF-Cas9-sgRNA dari Geobacillus kaustophilus. Panjang optimal dari hasil molecular docking secara afinitas dan posisi yaitu pada variasi spacer 30 nt dengan repeat 16 nt dan tracrRNA 98 nt serta besar afinitas pengikatan –419,24 kkal/mol. Sedangkan pada percobaan in vitro, enzim Cas9 rekombinan dilakukan fusi enzim pembawa YebF dan diuji aktivitasnya menggunakan metode gel elektroforesis dengan variasi suhu inkubasi pada 30°C dan 50°C serta variasi konsentrasi enzim yaitu 9,4 μM dan 20,1 μM. Dari hasil gel elektroforesis, belum dapat hasil yang signifikan baik dalam uji aktivitas, pengaruh variasi suhu, maupun pengaruh variasi konsentrasi enzim.

---

Genetic engineering is a process that involves changing the genetic structure of an organism by removing, inserting, or modifying genetic material contained in the target object. One of the genetic engineering techniques is gene editing. The most popular gene editing method today is CRISPR-Cas9 which stands for clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. This study examines the activity of Cas9 with sgRNA from the bacteria Geobacillus kaustophilus in in silico and in vitro way. In the in silico experiment, the molecular docking method was used to study biomolecular interactions with variations in sgRNA, namely spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; and tracrRNA 63, 98, 140 nt. The results showed that changes in the length of the spacer, repeat, and tracrRNA can affect the level of binding affinity formed in the YebF-Cas9-sgRNA complex from Geobacillus kaustophilus. The optimal length of the molecular docking results in terms of affinity and position is in the variation of 30 nt spacer with 16 nt repeat and 98 nt tracrRNA and the binding affinity is –419.24 kcal/mol. While in the in vitro experiment, the recombinant Cas9 enzyme was fused with the YebF carrier enzyme and its activity was tested using the gel electrophoresis method with variations in incubation temperature at 30°C and 50°C and variations in enzyme concentration (9.4 μM and 20.1 μM). From the results of gel electrophoresis, there are no significant results were obtained in the activity test, the effect of temperature variations, or the effect of enzyme concentration variations."

"Lisat bakteri telah menarik perhatian dan pemanfaatannya dalam bidang kesehatan semakin meningkat, beberapa contohnya adalah lisat Streptococcus pyogenes sebagai imunomodulator pada pasien ekserbasi akut penyakit paru obstruktif kronis dan lisat Bifidobacterium longum untuk mengobati alergi dan menghambat penuaan pada kulit. Penelitian terdahulu telah berhasil mengekstraksi dan menguji bakteriosin yang dihasilkan oleh Weissella confusa MBF8-1. Plasmid pengkode bakteriosin dari bakteri tersebut, pWcMBF8-1, bahkan telah diidentifikasi. Namun, produksi dan pemanfaatan lisat dari bakteri Weissella confusa belum pernah dilaporkan sebelumnya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh kondisi optimum produksi lisat yang dihasilkan oleh Weissella confusa MBF8-1 dalam medium modifikasi, yaitu MRS Medium de Man, Rogosa, and Sharpe Vegitone menggunakan metode permukaan respon RSM serta membandingkan hasil optimasi yang diperoleh dengan hasil dalam medium MRS standar. Faktor variabel yang diuji adalah konsentrasi proteose peptone vegetable, konsentrasi dekstrosa, dan lama fermentasi, sedangkan respon yang diamati adalah aktivitas BLIS Bacteriocin-Like Inhibitory Substance dan pH lisat. Hasil menunjukkan bahwa berdasarkan RSM, kondisi optimum produksi lisat dalam medium MRS Vegitone adalah konsentrasi dekstrosa 1,50 ; konsentrasi proteose peptone vegetable 0,75 ; serta lama fermentasi 11,75 jam, menghasilkan diameter zona hambat 7,41 mm dan pH lisat 7,36. pH lisat dipengaruhi secara signifikan oleh lama fermentasi p = 0,0216, sedangkan aktivitas BLIS tidak dipengaruhi secara signifikan oleh ketiga faktor yang diuji. Lisat yang dihasilkan dalam medium MRS standar pada kondisi optimumnya konsentrasi dekstrosa 2 ; konsentrasi pepton 1 ; lama fermentasi 8 jam menghasilkan aktivitas BLIS lebih tinggi dan pH lisat lebih rendah dengan diameter zona hambat 7,85 mm dan pH lisat 7,26. Meskipun hasil dalam medium MRS standar pada kondisi optimumnya lebih baik dibandingkan hasil optimasi dalam medium modifikasi, medium MRS Vegitone dapat dijadikan sebagai medium alternatif untuk produksi lisat bakteri Weissella confusa.

---

Bacterial lysate have gained an increasing interest recently, mostly for its uses in medical practice, for examples Streptococcus pyogenes lysate as immunomodulator for acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease COPD and Bifidobacterium longum lysate for anti aging and reactive skin treatment. The extraction and activity assay of bacteriocin from Weissella confusa MBF8 1 have been done, even bacteriocin encoding plasmid from these bacteria, pWcMBF8 1, has been identified in previous study. However, lysate production from Weissella confusa and its uses has never been reported yet. The study aims to obtain optimum condition of lysate production from Weissella confusa MBF8 1 in modified MRS medium, MRS Vegitone using Response Surface Methodology RSM and compare their results with standard MRS medium. Variables that used in this study were as follows, i.e. proteose peptone vegetable concentration, dextrose concentration, and fermentation time. While responses observed were BLIS Bacteriocin Like Inhibitory Substance activity and lysate pH. Result showed that based on RSM, the optimum condition for lysate production in MRS Vegitone medium was 1.50 dextrose, 0.75 proteose peptone vegetable, and 11.75 hours fermentation, with 7.41 mm zone of inhibition and 7.36 lysate pH. Lysate pH was significantly affected by fermentation time p 0.0216, but BLIS activity was not significantly affected by all variables. Lysate produced in MRS medium on its optimum condition 2 dextrose, 1 peptone, and 8 hours fermentation showed higher BLIS activity 7,85 mm zone of inhibition and had lower pH 7,26. Although the result in standard MRS medium was better than in modified medium, MRS Vegitone may be used as an alternative medium for lysate production from Weissella confusa."

"Penyakit infeksi masih menjadi masalah kesehatan di Indonesia, dimana salah satu bakteri penyebabnya adalah Streptococcus pyogenes. Bakteri ini dapat menyebabkan penyakit-penyakit penting mulai dari infeksi kulit hingga penyakit yang dapat membahayakan nyawa seperti glomerulonephritis. Hingga saat ini, penyembuhan untuk bakteri Streptococcus pyogenes masih bergantung dengan antibiotik jenis penicillin maupun ciprofloxacin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah ekstrak biji pepaya (Carica papaya L) memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri Streptococcus pyogenes dengan melihat konsentrasi hambat minimum (KHM) dan konsentrasi bunuh minimum (KBM). Penelitian ini dilakukan menggunakan uji in-vitro dengan cara mikrodilusi tabung. Ekstrak biji pepaya digunakan dengan variasi konsentrasi 16.5%, 11%, 8.25%, dan 5.5%. KHM ekstrak biji pepaya ditemukan pada konsentrasi 16.5% ditandai dengan larutan yang bening pada tabung dengan konsentrasi ekstrak sebesar 16.5%. Dilain pihak, KBM ekstrak biji pepaya ditemukan pada konsentrasi 5.5%, yang ditandai dengan tidak adanya pertumbuhan koloni bakteri pada agar darah. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa ekstrak biji pepaya berpotensi sebagai agen antibakteri untuk melawan bakteri Streptococcus pyogenes

---

Nowadays, infection is still a major problem in Indonesian health management. Streptococcus pyogenes is an example of a bacteria that needs more attention since it can cause a mild infection on skin untill a deadly infection such as glomerulonephritis. In Indonesia, treatment for Streptococcus pyogenes infection is still heavily dependent on the use of penicillin or ciprofloxacin. This reasearch’s objective is to discover if papaya’s seed (Carica papaya L) has an antibacterial activity for Streptococcus pyogenes by measuring the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) and Minimum Bactericidal Concentration (MBC). This reasearch was done by in vitro test using a microdilution tube. Papaya’s seed extracted in varied concentration which is 16.5%, 11%, 8.25%, and 5.5%. The results showed that Minimum Inhibition Concentration (MIC) of papaya’s seed extract concentration is 16.5% shown by a clean solution in tube. On the other hand, Minimum Bactericidal Concentration (MBC) of papaya’s seed extract is 5.5% with no colony growth found in the blood agar specimen. In conclusion, papaya’s seed extract has a good potential to be an antibacterial to treat Sptretococcus pyogenes."