Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Tuberkulosis (TBC) masih menjadi penyebab utama kematian akibat penyakit menular oleh adanya infeksi. Rifampisin dan isoniazid adalah obat lini pertama yang paling efektif melawan infeksi Mycobacterium tuberculosis. Deteksi resistansi OAT yang tepat, akurat, dan komprehensif, serta pemilihan sampel diperlukan untuk memastikan diagnosis penyakit tuberkulosis pasien. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan hasil targeted drug sequencing dari hasil dekontaminasi sputum dengan isolat Mycobacterium tuberculosis dan mengetahui kesesuaian DST fenotipik MGIT, genotipik GeneXpert dalam mendeteksi resistansi rifampisin dan isoniazid. Sampel penelitian ini adalah sampel sputum yang sudah ada hasil GeneXpert positif dan isolate kultur dengan hasil DST MGIT. Hasil dekontaminasi sputum langsung dan kultur positif dari sampel yang sama dilakukan targeted drug sequencing dengan Oxford Nanopore technology menggunakan flowcell MinION Mk1B. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada target gen rpoB pada 5 dari 6 sampel isolat kultur memberikan hasil gen resistan rpoB dan 1 undetermined. Pada sebagian besar dekontaminasi sputum yaitu 5 dari 6 sampel juga memberikan hasil resistan terhadap rpoB dan 1 dekontaminasi sputum yang undetermined. Hasil resistansi obat isoniazid didapatkan pada target gen inhA sebanyak 5 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif pada inhA dan 1 isolat undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum 4 dari 6 sampel memberikan hasil sensitif pada inhA dan 2 undetermined. Lalu, pada target gen katG terdapat 3 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif, 2 isolat resistan, dan 1 undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum memberikan 2 hasil sensitif, 2 hasil resistan, dan 2 hasil undetermined. Metode targeted drug sequencing dapat dilakukan dari sampel hasil dekontaminasi sputum dan isolat. Keberhasilan banyak didapatkan dari hasil kultur dibandingkan dekontaminasi sputum. Pemeriksaan dengan targeted drug sequencing memberikan hasil yang sesuai dengan hasil DST MGIT dan GeneXpert untuk deteksi gen resisten Rifampisin (rpoB) dan Isoniazid (inhA dan katG).

---

Tuberculosis (TBC) is still the main cause of death due to infectious diseases. Rifampicin and isoniazid are the most effective first-line drugs against Mycobacterium tuberculosis infection. Precise, accurate and comprehensive detection of OAT resistance, as well as sample selection are needed to confirm the patient's diagnosis of tuberculosis. This study aims to compare the results of targeted drug sequencing from sputum decontamination results with Mycobacterium tuberculosis isolates and determine the suitability of MGIT phenotypic and GeneXpert genotypic DST in detecting rifampicin and isoniazid resistance. The samples for this study were sputum samples that had positive GeneXpert results and culture isolates with DST MGIT results. The results of direct sputum decontamination and positive culture from the same sample were subjected to targeted drug sequencing with Oxford Nanopore technology using a MinION Mk1B flowcell. The results showed that for the rpoB gene target, the majority of culture isolates from 5 of the 6 culture isolate samples gave rpoB resistance gene results and 1 was undetermined. In the majority of sputum decontamination, 5 out of 6 samples also gave resistance to rpoB and 1 sputum decontamination was undetermined. Isoniazid drug resistance results were obtained for the inhA gene target, 5 of the 6 culture isolates gave sensitive results for inhA and 1 isolate was undetermined. Meanwhile, in sputum decontamination, 4 of the 6 samples gave sensitive results for inhA and 2 were undetermined. Then, for the katG gene target, 3 of the 6 culture isolates gave sensitive results, 2 isolates were resistant, and 1 was undetermined. Meanwhile, sputum decontamination gave 2 sensitive results, 2 resistant results, and 2 undetermined results. The targeted drug sequencing method can be carried out from samples resulting from decontamination of sputum and isolates. Much success comes from culture results rather than sputum decontamination. Examination with targeted drug sequencing provided results that were in accordance with the results of DST MGIT and GeneXpert for the detection of Rifampicin (rpoB) and Isoniazid (inhA, and katG) resistance genes."

"Tuberkulosis merupakan salah satu penyebab kematian utama di dunia dan di Indonesia yang diakibatkan oleh infeksi bakteri Mycobacterium tuberculosis. Pengobatan tuberkulosis merupakan pengobatan jangka panjang dengan memberikan obat dalam bentuk kombinasi dari beberapa jenis obat antibiotik. Salah satu obat yang paling umum digunakan adalah Isoniazid. Sediaan Isoniazid yang beredar secara komersial umumnya tersedia dalam bentuk tablet. Pasien pediatri umumnya mengalami masalah dari segi farmakoterapi obat yaitu kesulitan dalam menelan obat, terutama obat sediaan padat. Peracikan obat dalam bentuk serbuk menjadi solusi utama dalam mengatasi hal tersebut, namun obat racikan serbuk menimbulkan permasalahan di praktik kefarmasian. Sediaan racikan extemporaneous dibuat untuk menggantikan obat racikan serbuk karena dinilai memiliki stabilitas yang lebih baik dan dapat menutupi rasa pahit dari obat dalam bentuk racikan serbuk sehingga cocok untuk pasien pediatri. Dalam review artikel ini akan dibahas mengenai stabilitas isoniazid dalam sediaan oral cair extemporaneous untuk pasien pediatri, dan faktor yang mempengaruhi stabilitas sediaan extemporaneous.

---

Tuberculosis is one of the major causes of death in the world and in Indonesia that comes from an infection by Mycobacterium tuberculosis. The treatment for curing Tuberculosis is a long-term treatment by giving drugs in combination of several types of antibiotic. One of the most commonly Tuberculosis drugs is Isoniazid. Isoniazid commercially available in tablet form. Some patients, especially the pediatric have problems in swallowing drugs that were formulated in solid or tablet form.

Compounded drug in powder form becomes the main solution to resolve this problem, however the powder concoction drugs has some problems in pharmaceutical practice. Those problems made the pharmacists began to formulate extemporaneous preparation to replace the powder concoction because extemporaneous formulation considered to have better stability and could mask the bitter aftertaste of drugs in powder concoction, making its suitable for pediatric.

This article review highlights the stability of isoniazid in extemporaneous oral liquid preparations for pediatric, also the main factors of the stability in extemporaneous preparations."

"Tuberkulosis merupakan penyakit yang masih menjadi masalah utama kesehatan bagi masyarakat di Indonesia. Berdasarkan Global TB Report 2021, Asia Tenggara merupakan wilayah dengan beban Tb paling tinggi dan Indonesia menyumbang sekitar 8% dari keseluruhan beban Tb didunia. Namun pasien Tb yang berhasil ditemukan, diobati dan dilaporkan kedalam sistem informasi nasional hanya sekitar 48%. Tb yang resisten terhadap obat terus menjadi ancaman kesehatan manusia. Resistensi terhadap obat anti tuberkulosis bisa terjadi akibat infeksi primer dengan bakteri Tb resisten atau bisa disebabkan oleh pengobatan yang tidak adekuat, sehingga muncul strain yang resisten akibat adanya perubahan atau mutasi pada gen-gen tertentu dalam genom Mycobacterium tuberculosis. Saat ini sudah banyak teknologi dan metode yang digunakan untuk mendeteksi resistensi terhadap obat anti tuberculosis. Salah satunya adalah Next Generation Sequencing. Next Generation Sequencing merupakan teknologi sekuensing akurat, hemat biaya dan throughput tinggi yang memungkinkan penyelidikan genom termasuk Whole Genome Sequencing untuk studi epidemiologi dan untuk mendeteksi penanda resistensi obat dan keragaman strain. Analisis Whole Genome Sequencing dapat digunakan untuk mendeteksi resistensi terhadap obat anti tuberkulosis lini pertama y a n g sangat menjanjikan sebagai pengganti uji kepekaan obat konvensional. Hasil dari analisis Whole Genome Sequencing pada Mycobacterium tuberculosis yang resisten rifampisin menunjukkan adanya mutasi-mutasi yang ada pada wilayah operon Rpo terutama pada gen RpoB dan RpoC. Mutasi yang paling dominan pada gen RpoB adalah perubahan S450L (36,45%) dan pada gen RpoC adalah G594E (30,95%). Dan analisis whole genome sequencing juga menunjukkan adanya mutasi baru yang berbeda dengan mutasi-mutasi yang ada berdasarkan penelitian sebelumnya.

---

Tuberculosis is a disease that is still a major health problem for people in Indonesia. Based on the Global TB Report 2021, Southeast Asia is the region with the highest burden of TB and Indonesia produces around 8% of the total burden of TB in the world. However, only about 48% of TB patients who have been found, treated and reported to the national information system. Drugresistant TB continues to be a threat to human health. Resistance to anti-tuberculosis drugs can occur as a result of primary infection with resistant TB bacteria or can be caused by inadequate treatment, resulting in the emergence of resistant strains due to the presence or mutations in certain genes in the genome of Mycobacterium tuberculosis. Currently there are many technologies and methods used to detect resistance to anti-tuberculosis drugs. One of them is Next Generation Sequencing. Next Generation Sequencing is an accurate, cost-effective and highthroughput sequencing technology that enables genomic investigations including Whole Genome Sequencing to study epidemiology and to detect markers of drug resistance and strain diversity. Whole Genome Sequencing analysis can be used to detect resistance to first-line anti-tuberculosis drugs which are very promising as a substitute for conventional drug sensitivity tests. The results of Whole Genome Sequencing analysis on rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis showed that there were mutations in the Rpo operon region, especially in the RpoB and RpoC genes. The most dominant mutation in the RpoB gene was the change in S450L (36.45%) and in the RpoC gene was G594E (30.95%)."

"Kultur sampai saat ini masih merupakan standar emas pemeriksaan diagnosis tuberkulosis. Metode yang sering dilakukan adalah menggunakan Medium Lowenstein-Jensen dan BACTEC MGIT 960, namun kontaminasi oleh bakteri lain maupun jamur dapat terjadi dan dapat mengganggu hasil interpretasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbandingan tingkat kontaminasi kultur Mycobacterium tuberculosis pada Medium Lowenstein-Jensen dan BACTEC MGIT 960. Penelitian ini menggunakan desain studi potong lintang dengan 204 sampel dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI-RSCM yang memenuhi kriteria penelitian. Data dianalisis menggunakan uji McNemar untuk data komparatif kategorik berpasangan. Dari 204 subjek, mayoritas berada pada rentang usia 26-35 tahun 34,3 dan merupakan laki-laki 62,8. Dari hasil uji McNemar, didapatkan tidak adanya perbedaan yang signifikan antara tingkat kontaminasi pada medium LJ dan BACTEC MGIT 960 p=1.000. Proporsi hasil kultur positif pada medium LJ dan BACTEC MGIT 960 juga tidak menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan p=1.000. Tidak ada perbedaan proporsi tingkat kontaminasi pada medium LJ dan BACTEC MGIT 960. Kata kunci: tingkat kontaminasi, Mycobacterium tuberculosis, Lowenstein-Jensen, BACTEC MGIT 960.

---

Culture is remaining a gold standard for tuberculosis diagnostic test. Lowenstein Jensen and BACTEC MGIT 960 are two mediums that are recently used, however, contamination by other bacteria or fungal may interfere the result rsquo s interpretation. This study aims to find out the contamination rate comparison between Lowenstein Jensen media and BACTEC MGIT 960. This is a cross sectional study with 204 samples from Clinical Microbiology Laboratory of FKUI RSCM which meet the research criteria. Data were analyzed using McNemar test for paired proportion data. Out of the 204 subjects, the majority are male 62,8 between the age group of 26 35 years 34,3. Based on McNemar test, there is no significant difference of contamination rate between LJ media and BACTEC MGIT 960 p 1.000. Significant difference in the proportion of positive culture result between samples cultivated with LJ media and BACTEC MGIT 960 was not shown either p 1.000. In conclusion, there is no significant difference of contamination rate between LJ media and BACTEC MGIT 960. Keywords contamination rate, Mycobacterium tuberculosis, Lowenstein Jensen, BACTEC MGIT 960"

"Insiden tuberkulosis (TB) di Indonesia merupakan salah satu yang tertinggi di dunia. Penegakan diagnosis secara tepat merupakan salah satu upaya untuk mengendalikan TB. Modalitas uji diagnostik laboratorium TB yang tersedia yaitu pemeriksaan mikroskopis Basil Tahan Asam (BTA) dan pemeriksaan biakan memiliki beberapa keterbatasan. Secara global, terjadi peningkatan dalam penggunaan Tes Cepat Molekuler (TCM) sebagai uji diagnostik laboratorium TB. Salah satu TCM yang telah direkomendasikan oleh World Health Organization (WHO) yaitu loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengevaluasi metode LAMP, sehingga metode tersebut dapat diterapkan secara rutin di Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK-FKUI) terhadap 100 orang pasien terduga TB paru. Setiap pasien menyerahkan dua sputum langsung, yaitu sputum sewaktu dan sputum pagi/sewaktu. Terhadap setiap sputum langsung kemudian dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA. Dua sediaan sputum langsung dari setiap pasien kemudian digabung untuk menghasilkan mixed sputum. Terhadap setiap mixed sputum dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA, biakan Lowenstein-Jensen (LJ) dan pemeriksaan TB-LAMP. Biakan yang tumbuh diidentifikasi menggunakan tes MPT64. Hasil penelitian menunjukkan nilai kapa (κ) pemeriksaan mikroskopis BTA antara sputum langsung dan mixed sputum sebesar 0,88; p < 0,001 (95% CI 0,78-0,97). Persentase hasil LAMP (+) pada sputum langsung dengan hasil BTA (-) sebesar 28,07%, sedangkan persentase hasil LAMP (+) pada mixed sputum dengan hasil BTA (-) sebesar 32,78%. Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas sebesar 100% (95% CI 89,56-100%) dan spesifisitas sebesar 69,64% (95% CI 55,74-80,84%). Nilai duga positif TB-LAMP sebesar 71,19% (95% CI 57,73-81,86%), sedangkan nilai duga negatif TB-LAMP sebesar 100% (95% CI 88,83-100%). Pada hasil mikroskopis BTA yang sesuai (concordant) dengan biakan TB, nilai sensitivitas dan spesifisitas TB-LAMP berturut-turut sebesar 100% (95% CI 89,09-100%) dan 73,58% (95% CI 59,42-84,32). Adapun nilai sensitivitas TB-LAMP pada hasil mikroskopis BTA yang tidak sesuai (discordant) dengan biakan TB, yaitu sebesar 100% (95% CI 19,79-100%). Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas dan nilai duga negatif yang tinggi. Untuk menegakkan diagnosis TB paru secara tepat, metode TB-LAMP harus dikombinasikan dengan gejala dan tanda yang terdapat pada pasien.

---

The incidence of tuberculosis (TB) in Indonesia is one of the highest in the world. Appropriate diagnosis is an effort to control TB. Existing TB laboratory diagnostic test modalities, which are Acid-Fast Bacilli (AFB) smear and culture examination have several limitations. Globally, there has been an increase in the use of the molecular rapid test as a TB laboratory diagnostic test. One of the molecular rapid tests recommended by the World Health Organization (WHO) is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Therefore, research is needed to evaluate the LAMP method, so that the method can be applied routinely in Indonesia. The study was conducted at the Clinical Microbiology Laboratory of the Faculty of Medicine, Universitas Indonesia for 100 patients suspected of pulmonary TB. Each patient handed over two direct sputums, which are the spot sputum and morning/spot sputum. Against each direct sputum, an AFB smear was carried out. Two direct sputum preparations from each patient were then combined to produce mixed sputum. For each mixed sputum, AFB smear, Lowenstein-Jensen (LJ) culture and TB-LAMP examination were carried out. Cultures that were grown were identified using MPT64 tests. The results of the study showed that the kappa (κ) value of AFB smear between direct sputum and mixed sputum was 0.88; p < 0.001 (95% CI 0.78-0.97). The percentage of LAMP (+) in direct sputum with AFB (-) was 28.07%, while the percentage of LAMP (+) in mixed sputum with AFB (-) was 32.78%. The TB-LAMP method had a sensitivity value of 100% (95% CI 89.56-100%) and a specificity of 69.64% (95% CI 55.74-80.84%). Positive predictive value of TB-LAMP was 71.19% (95% CI 57.73-81.86%), while the negative predictive value of TB-LAMP was 100% (95% CI 88.83-100%). In concordant AFB smear results with TB culture, the TB-LAMP sensitivity and specificity values were 100% (95% CI 89.09-100%) and 73.58% (95% CI 59.42-84,32), respectively. The sensitivity value of TB-LAMP on AFB smear results which were discordant with TB culture was 100% (95% CI 19.79-100%). The TB-LAMP method had a high sensitivity value and negative predictive value. To properly diagnose pulmonary TB, the TB-LAMP method must be combined with the symptoms and signs that the patient has."

"Indonesia termasuk ke dalam kriteria negara 'high-burden' dengan insidensi TB yang masih tinggi. Indonesia masuk kedalam kriteria ini karena tingginya data epidemiologis kasus TB-HIV dan TB-MDR. Spesimen klinis terbanyak yang diolah untuk kultur TB adalah sputum, yang mengandung banyak kontaminan dari flora normal tenggorok. Salah satu metode kultur TB yang ideal adalah dengan mengembangkan larutan yang mudah didapat serta efektif tanpa banyak membunuh basil TB. Bleach adalah larutan yang murah dan diketahui secara luas sebagai disinfektan yang baik sehingga dapat dijadikan alternatif. Penelitian dilaksanakan di laboratorium TB LMK FK UI RSCM menggunakan 35 sampel dengan BTA positif. Setiap sampel dibagi dalam 4 kelompok dengan metode dekontaminasi yang berbeda. Keempat metode tersebut menggunakan 4 NaOH, 2 NALC-NaOH, 5 asam oksalat dan 1 bleach. Larutan 1 bleach disiapkan dari larutan pemutih komersial yang ada di pasaran. Setiap kelompok perlakuan dihitung proprsi kontaminasi dan kultur positif. Kultur positif divalidasi menggunakan MPT 64. Hasil penelitian menunjukkan subyek dengan BTA 1 sebanyak 46, BTA 2 37 dan BTA 3 sebanyak 17. Bleach merupakan kelompok dengan proporsi kontaminasi terbaik sebesar 2.8 dibanding 4 NaOH sebesar 5.7, dengan perbedaan proporsi kontaminasi yang signifikan p=0.000. Terdapat perbedaan signifikan antar kelompok dalam proporsi kultur positif p=0.006, tetapi pada uji post hoc tidak ada perbedaan bermakna antara 1 bleach, 4 NaOH dan 2 NALC-NaOH. Kesimpulan penelitian ini, 1 bleach dapat digunakan untuk dekontaminan pada kultur TB dengan harga yang lebih murah, terutama pada sampel BTA 2 keatas serta terkontaminasi berat.

---

Indonesia remains one of 22 high burden countries with highly tuberculosis TB incidence according to WHO. There are a lot of numbers of TB HIV and TB ndash MDR in Indonesia. As most processed clinical specimen for TB culture, sputum is contaminated by normal flora from oropharyngeal tract.

The best method to establish appropriate culture from sputum is establishing a safe solution for the laboratory worker without kills numerous TB bacilli, preferred economic and easy prepared solution. Bleach is well known as cheap and good disinfectant that could use as an alternative. The research was aimed to compare the capability as bleach as decontaminat solution to other solution.

The study was conducted at TB laboratory of FMUI, by using 35 samples sputum with positive AFS, 3 5 ml. Each sample was divided into 4 groups which was decontaminated by different methods. The methods are 4 NaOH, 2 NALC NaOH, 5 oxalic acid and 1 bleach. 1 Bleach was prepared from commercially bleach. Each group was assessed for contamination and culture positive rate. The positive culture was validated using MPT 64.

The number of positive AFS were 1 46, 2 37 and 3 17. Bleach had the best contamination rate which was 2.8 compared to 4 NaOH 5.7, and significant difference among 4 groups p 0.000. There was also significant difference among 4 groups in positive culture proportion p 0.006, but there wasn rsquo t signficant different between 1 bleach, 4 NaOH and 2 NALC NaOH.

Conclusion of this study is, 1 bleach can be used as an alternative solution for decontamination of TB culture from highly contaminated sputum with AFB higher than 2."

"Tuberkulosis adalah penyakit yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan merupakan suatu penyakit global yang menjadi perhatian di dunia karena kemudahan transmisi ke orang lain. Isoniazid merupakan salah satu OAT lini pertama yang menjadi dasar obat tuberculosis dan terjadinya resistensi terhadap isoniazid menjadi salah satu kendala pemberantasan TB di Indonesia. Tuberkulosis ekstrapulmonal merupakan suatu komplikasi dari Mycobacterium tuberculosis di luar dari paru. Tuberkulosis ekstrapulmonal memiliki angka insidensi yang cukup tinggi dalam kejadian tuberkulosis. Diagnosis tuberkulosis ekstrapulmonal ditegakkan dengan pemeriksaan BTA dari isolat ekstrapulmonal seperti pus dan cairan sendi.Penelitian ini bertujuan menentukan pola resistensi M. tuberculosis terhadap isoniazid serta mengetahui perbandingan angka kejadian resistensi pada spesimen pus dan spesimen sputum. Penelitian ini dilakukan dengan menganalisis data sekunder sebanyak 676 sampel dengan kultur positif dari Departemen Mikrobiologi FKUI pada September 2005 sampai Desember 2007 dan telah menjalani pemeriksaan resistensi sesuai dengan panduan WHO/IUATLD. Dari hasil analisis didapatkan bahwa pola resistensi terhadap isoniazid sebanyak 13.5%. dan terdapat perbedaan angka resistensi sebesar 19.49 %, di mana spesimen pus lebih tinggi.

---

Tuberculosis is a disease caused by Mycobacterium tuberculosis and becomes very dangerous because its transmission potency to infect other people. Isoniazid is one of the first line tuberculosis? drugs and its resistance will be the obstacle of reducing Tuberculosis cases in Indonesia. Extrapulmonary tuberculosis is one of complication from Mycobacterium tuberculosis in everywhere instead of lung. Extrapulmonary tuberculosis has quite high incidence rate in tuberculosis case. Diagnosis of extrapulmonary tuberculosis is decided by BTA test from extrapulmonal isolate such as pus and synovial liquid.This research aimed to determine the resistance of isoniazid and also determine the ratio of resistant in pus specimen and sputum specimen. This research was done by collecting and analyzing 676 secondary samples which culture results are positive from Microbiology Department Medical Faculty University of Indonesia in September 2005 until December 2007 and had undergone resistance tests based on WHO/IUATLD guidelines. The results of the analysis was obtained that resistance of isoniazid was 13.5%. and there are 19.49 % difference of resistance, where pus specimen is higher."

"Latar belakang: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) menyebabkan TBC paru dan TBC ekstraparu (TBEP) yang infeksinya dapat menunjukkan angka morbiditas dan mortalitas yang signifikan. Real-time polymerase chain reaction(RT-PCR) adalah metode molekuler yang digunakan dalam diagnosis dengan durasi pengerjaan yang singkat dan sensitivitas yang tinggi. RT-PCR dapat mempersingkat waktu diagnosis, inisiasi tata laksana pengobatan, dan upaya pengendalian transmisi TBC. Pada studi ini, dilakukan analisis prevalensi TBEP positif dengan diagnosis RT-PCR di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) pada tahun 2020-2021.Metode: Penelitian ini bersifat cross-sectional menggunakan data rekam medis yang terdaftar di LMK FKUI pada tahun 2020-2021 secara consecutive sampling. Populasi penelitian merupakan spesimen klinis dengan permintaan pemeriksaan MTBC secara RT-PCR. Spesimen penelitian adalah spesimen dengan hasil positif MTBC beserta informasi usia dan jenis kelamin. Data disajikan dalam bentuk grafik dan dianalisis secara deskriptif, meliputi positivity rate TBEP dan persentase jenis spesimen klinis.Hasil: Sebanyak 108 spesimen pemeriksaan TBEP pada tahun 2020, 33 diantaranya menunjukkan hasil positif MTBC (30,56% positivity rate) sementara di tahun 2021, terdapat 593 spesimen pemeriksaan TBEP dengan 42 diantaranya positif MTBC (7,08% positivity rate). Informasi usia dan jenis kelamin dari spesimen tidak dapat dianalis karena keterbatasan data. Spesimen jaringan dan LCS menduduki peringkat tertinggi TBEP positif pada tahun 2020 dan 2021. Kesimpulan: Terjadi penurunan positivity rate TBEP positif sebesar 76,83 % dari tahun 2020 ke tahun 2021 dengan jenis sampel dominan jaringan dan LCS. Terjadi peningkatan jumlah sampel yang diterima LMK FKUI sebesar 449,074% (485 data) pada tahun 2021.

---

Background: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) causes pulmonary TB and extrapulmonary TB (EPTB) whose infection can show significant morbidity and mortality rates. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) is a molecular method used in diagnosis with a short duration and high sensitivity. RT-PCR can shorten the time for diagnosis, initiation of treatment, and efforts to control TB transmission. In this study, an analysis of the prevalence of positive EPTB with RT-PCR diagnosis was carried out at the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, University of Indonesia (LMK FKUI) in 2020-2021.

Method: This research is cross-sectional using medical record data registered at LMK FKUI in 2020-2021 using consecutive sampling. The study population was clinical specimens with requests for MTBC examination using RT-PCR. Research specimens are specimens with positive MTBC results along with information on age and gender. Data are presented in graphical form and analyzed descriptively, including the EPTB positivity rate and percentage of clinical specimen types.

Results: A total of 108 EP TB examination specimens in 2020, 33 showed positive MTBC results (30.56% positivity rate) while in 2021, 42 showed MTBC positive out of 593 EPTB examination specimens (7.08% positivity rate). Age and gender information from the specimens could not be analyzed due to data limitations. Tissue and CSF specimens ranked highest in positive EPTB in 2020 and 2021.

Conclusion: There was a decrease in the positive TBEP positivity rate by 76.83% from 2020 to 2021 with the dominant sample types are tissue and CSF. There has been an increase in the number of samples received by LMK FKUI by 449.074% (485 data) in 2021."

"ABSTRAKTuberkulosis (TB) masih menjadi masalah kesehatan utama di Indonesia. Salah satupenyebab tingginya kasus TB disebabkan adanya resistensi Mycobacteriumtuberculosis (Mtb) terhadap obat anti tuberkulosis. Isoniazid (INH) yang merupakansalah satu obat lini pertama dalam pengobatan TB adalah pro-drug yang akan diubahmenjadi bentuk aktifnya melalui aktivitas protein KatG Mtb. Mutasi pada gen katGyang mengkode protein KatG kemungkinan mempengaruhi aktivitas katalase danperoksidase protein sehingga menyebabkan resistensi Mtb terhadap INH. Dalamstudi ini, dilakukan kontruksi plasmid rekombinan protein KatG tipe liar dan proteinKatG dengan mutasi baru pada residu N330D dan H400Y, serta mutasi yang umumdijumpai pada residu S315T dan S315N. Ekspresi protein KatG rekombinandilakukan menggunakan host E. coli. Over ekspresi kelima protein rekombinan KatGterjadi setelah induksi IPTG. Purifikasi protein KatG rekombinan dilakukanberdasarkan prinsip kromatografi afinitas menggunakan Nikel sepharose. Setelahpurifikasi diperoleh protein KatG yang murni. Aktivitas katalase dan peroksidaseprotein rekombinan KatG diukur pada berbagai konsentrasi substrat yang diperlukandalam pengukuran efisiensi katalitik kedua aktivitas protein KatG. Hasilnyamenunjukkan bahwa mutan protein KatG memiliki efisiensi katalitik yang lebihrendah dari protein KatG tipe liar. Penurunan efisiensi katalitik aktivitas katalasemutan N330D dan H400Y sebesar 31% dan 37% dan untuk aktifitas peroksidasesebesar 39% dan 3% dibandingkan KatG tipe liar. Struktur 3 dimensi protein KatGdari mutan tersebut dibuat menggunakan perangkat Modeller dan divisualisasikanmenggunakan perangkat Pymol. Tidak terdapat adanya perubahan konformasi 3dimensi protein KatG mutan dibandingkan dengan struktur 3 dimensi protein KatGtipe liar. Namun, letak residu N330D dan H400Y yang berada dekat daerah aktifikatan INH pada protein KatG kemungkinan berpengaruh terhadap penurunanaktivitas enzimatik protein KatG.

---

ABSTRACTTuberculosis (TB) is currently a major health problem in Indonesia. One of the manycauses of the high incident of TB is due to the resistance of the Mycobacteriumtuberculosis (Mtb) to anti-TB drugs. Isoniazid (INH), one of the first line anti-TBdrugs for TB treatment, is a pro-drug that is converted to its active form through theactivity of Mtb KatG protein. Mutations in the katG gene encoding KatG may affectthe catalytic efficiency of the catalase and peroxidase activities of the protein thateventually confers resistance to INH. In this study, recombinant plasmids containingkatG gene that have new mutations on residue N330D dan H400Y, wild type, as wellas mutant proteins with common mutations at residue S315T and S315N wereconstructed. Expression of recombinant KatG was performed using E. coli as anexpression host. Over expression of recombinant KatG was facilitated by IPTGinduction. Purification of recombinant KatG was performed using affinitychromatography employing Nickel sepharose. Pure recombinant proteins wereobtained, and the catalase and peroxidase activities of the recombinant KatG proteinwere measured at various concentration of substrates. Result showed that mutantKatGs have a lower catalytic efficiency for both catalase and peroxidase activitiesthan the wild type protein. Decreasing catalytic efficiency for catalase of mutantsN330D and H400Y were 31% and 37% than that of wild type KatG, while catalyticefficiency for peroxidase of mutants N330D and H400Y were 39% and 3% lowerthan that of wild type. Three dimensional structures of mutant KatGs were generatedusing Modeller and visualized using PyMol softwares. The three dimensionalstructural of mutant KatG showed no conformational change compared with that ofwild type KatG. However, the location of residues N330D and H400Y which are inthe close proximity to the active site of KatG for INH binding is likely to have aneffect on the decreased enzymatic activities of mutant KatG proteins."

"Tuberkulosis sejak lama merupakan salah satu penyebab utama kematian manusia karena penyakit infeksi, terutama didaerah yang dilanda kemiskinan dan malnutrisi. Penyakit ini menyerang banyak organ pada tubuh manusia terutamanya adalah paru-paru. Peningkatan jumlah kasus tuberkulosis dipengaruhi oleh infeksi HIV dan resistensi terhadap berbagai macam kombinasi obat. Di Indonesia, infeksi M. tuberculosis oleh strain Beijing diyakini memiliki penyebaran yang paling luas dibandingkan dengan strain lainnya. BCG merupakan vaksin tunggal yang digunakan untuk pencegahan tuberkulosis, namun daya proteksi dan efikasinya berbeda-beda. Protein Mce1A merupakan protein yang diduga berperan penting pada hal invasi dan pertahanan M. tuberculosis didalam makrofag. Beberapa studi telah melakukan penelitian ini, namun di Indonesia belum pernah dilakukan penelitian mengenai ekspresi protein Mce1A Mycobacterium tuberculosis strain Beijing sebagai isolat lokal. Oleh karena itu, pada penelitian ini akan dilakukan pengklonaan dan ekspresi protein Mce1A Mycobacterium tuberculosis strain Beijing lokal dan strain standar H37Rv sebagai pembanding. Gen Mce1A M. tuberculosis strain Beijing dan H37Rv diamplifikasi dengan teknik PCR dan diinsersikan kedalam vektor pET28a. Escherichia coli BL21 kemudian ditransformasi dengan plasmid rekombinan tersebut. Protein Mce1A rekombinan diekspresikan dengan induksi IPTG. E. coli BL21 berhasil ditransformasi dengan plasmid rekombinan yang mengandung sisipan gen Mce1A dengan arah orientasi dan kerangka baca yang benar. Tidak ada mutasi yang ditemukan pada asam amino yang menjadi epitope pengenalan sel B dan sel T. Hasil ekspresi protein Mce1A pada E.coli BL21 menunjukkan pita protein yang lebih tinggi dari seharusnya. Konfirmasi keberadaan protein dilakukan menggunakan teknik Western Blot dengan anti-his detector. Protein Mce1A rekombinan yang telah berhasil diekspresikan pada E.coli BL21 diduga berada dalam bentuk dimer. Hal ini dapat digunakan sebagai data awal kondisi ekspresi untuk pengembangan vaksin subunit pada penelitian berikutnya.

---

For past centuries until nowadays, tuberculosis remains the leading cause of death in the world from infectious disease wherever poverty, malnutrition and poor housing prevail. Tuberculosis is primarily a disease of the lungs, but may spread to other sites or proceed to a generalized infection. The wide spread of tuberculosis has been further aggravated by another infection disease such as HIV-AIDS and drug resistance. Many strain of Mycobacterium tuberculosis caused tuberculosis infection in Indonesia, but Beijing strain are the most. Bacille Calmette-Guerin (BCG) is the current vaccine for tuberculosis but it has different protection function and efficacy. According to function analysis, mce1A gene predicted has a role in host invasion by Mycobacterium tuberculosis and survival of the pathogen in human macrophages. Several studies abroad have done this research, but in Indonesia, study about protein expression of Mce1A gene of Mycobacterium tuberculosis Beijing strain as local isolates has not much being done. Therefore, in this study we will performed cloning and protein expression of Mce1A gene Mycobacterium tuberculosis Beijing strain as local isolate and standard strain H37Rv as a comparison on expression vector Escherichia coli BL21. Mce1A gene from M. tuberculosis Beijing and H37Rv strain was amplified by PCR and inserted in the vector pET28a. E. coli BL21 then transformed with the recombinant plasmid. Mce1A recombinant protein then expressed with IPTG induction. This study indicate that E. coli BL21 succesfully transformed with a recombinant plasmid containing the Mce1A gene insertion with correct orientation and reading frame. There is no mutation found in the amino acids sequence for B and T cell epitope. Mce1A expression in E. coli BL21 showed protein bands that higher than expected. The protein was confirmed with western blotting using anti-his detector. We assume that Mce1A recombinant protein that have been expressed in E. coli BL21 is in dimeric form. This explanation should be valuable in further studies of expression at the protein level and exposure of proteins on the cell surface of M. tuberculosis under different experimental conditions."