Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan satwa endemik Indonesia yang hanya ada di Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur. Tingginya perdagangan karena keunikan kura-kura rote berupa lehernya yang panjang disertai dengan hilangnya habitat menyebabkan status kura-kura rote menjadi critically endangered and possibly extinct in the wild. Upaya konservasi melalui program reintroduksi telah dilakukan, tetapi hasil pemantauan konvensional tidak menemukan kura-kura rote pada habitat aslinya. Pemantauan menggunakan environmental DNA (eDNA) dapat menjadi opsi alternatif karena deteksi dapat dilakukan berdasarkan spesifisitas dan sensitivitas primer. Penelitian bertujuan mengembangkan primer spesifik untuk deteksi C. mccordi dari sampel air dengan gen NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) sebagai target. Primer dirancang dengan ukuran pendek dan memiliki basa unik yang hanya ada pada C. mccordi. Primer diujikan pada air kolam dari C. mccordi, C. expansa, air campuran kedua spesies, serta air kontrol negatif yang tidak mengandung kedua spesies tersebut. Pengujian dilakukan melalui tahap filtrasi, ekstraksi, PCR, sequencing, dan qPCR. Hasil yang diperoleh menunjukkan primer ND5 (UI_Cm_ND5) berhasil mendeteksi C. mccordi dengan nilai sensitivitas 75% dan spesifisitas 100%. Hal tersebut menunjukkan primer ND5 dapat digunakan untuk mendeteksi eDNA C. mccordi dari sampel air. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membandingkan sensitivitas dan spesifisitas primer ND5 dengan gen target lain. 

---

The snake-necked rote turtle (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) is an endemic animal to Indonesia that only distributed on Rote Island, East Nusa Tenggara. Uncontrolled trade due to the uniqueness of its long neck form accompanied by loss of habitat has caused the status of the rote turtles to become critically endangered and possibly extinct in the wild. Conservation efforts through a reintroduction program have been carried out, but traditional monitoring did not found their existence in natural habitat. Monitoring via environmental DNA (eDNA) can be an alternative approach as the detection based on the specificity and sensitivity of the species specific primer. This study aims to develop specific primers for the detection of C. mccordi from water samples with the NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) gene as the target. The primer was designed to be short and has a unique base that is only found in C. mccordi. The primer was tested on pond water from C. mccordi, C. expansa, water mixed with the two, as well as negative control water that did not contain these two species. Validation was performed through filtration, extraction, PCR, sequencing and qPCR steps. The results showed that the ND5 primer (UI_Cm_ND5) successfully detected C. mccordi with a sensitivity of 75% and a specificity of 100%. This result support the ND5 primer as genetic marker to detect the presence of C. mccordi eDNA from water samples. Further studies are needed to compare the sensitivity and specificity of ND5 primers with other target genes."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, yang tergolong Critivally Endangered-Possibly Extinc in the Wild (CRPEW) berdasarkan IUCN. Rendahnya kepadatan C. mccordi menjadi tantangan dalam pemantauan secara visual, sehingga dibutuhkan pendekatan molekuler sebagai metode alternatif. Namun, primer spesifik untuk C. mccordi belum pernah dikembangkan. Penelitian dilakukan dengan mengembangkan markah genetik yang menargetkan gen ND2 mtDNA pada sampel eDNA dari air melalui metode qPCRHRM, serta menguji sensitivitas dan spesifisitas primer. Bahan uji yang digunakan adalah air kolam C. mccordi, C. expansa, campuran (C. mccordi dan C. expansa), dan air keran. Hasil perancangan primer didapat panjang produk 179 bp dengan menganalisis basa unik yang hanya diekspresikan oleh C. mccordi. Analisis kualitatif dengan PCR dan visualisasi elektroforesis, serta validasi dengan sekuensing menunjukkan primer memiliki spesifisitas yang tinggi terhadap C. mccordi. Primer yang dirancang hanya mampu mengamplifikasi hingga dilusi 3 tingkat dengan faktor dilusi 10x. Efisiensi primer tergolong baik dengan nilai 100%, dan persamaan regresi linear (y= -3,32x + 34,127), serta R2 sebesar 0,9801. Analisis HRM dilakukan untuk mendeterminasi C. mccordi berdasarkan suhu luruh (80—81˚C). Hasil pengujian sensitivitas dan spesifisitas sebesar 81,25% dan 62,5% menunjukkan bahwa primer tidak direkomendasikan untuk analisis kuantitatif dengan qPCR-HRM. Pengembangan desain primer spesifik-spesies perlu dirancang kembali dengan gen target lain seperti COI dan Cyt-b untuk pendeteksian C. mccordi melalui eDNA. Meskipun demikian, primer yang dirancang tetap bisa digunakan untuk analisis kualitatif.

---

The Roti Island Snake-necked Turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species of Roti Island, classified as Critically Endangered-Possibly Extinct in the Wild (CRPEW) according to the IUCN. The low density of C. mccordi poses a challenge for visual monitoring, necessitating a molecular approach as an alternative method. However, specific primers for C. mccordi have not been developed. The research involved the development of genetic marker targeting the ND2 mtDNA gene in eDNA samples from water using the qPCR-HRM method and testing the sensitivity and specificity of the primers. Test materials included water from C. mccordi, C. expansa, a mixture (C. mccordi and C. expansa), and tap water. The designed primer obtained a product length of 179-bp by analyzing unique bases specific to C. mccordi. Qualitative analysis with PCR and electrophoresis visualization, then validated by sequencing, showed high primer specificity for C. mccordi. The designed primers could only amplify up to a 3-level dilution with a 10x dilution factor. The qPCR reaction efficiency was considered good at 100%, with a linear regression equation (y = -3.32x + 34.127) and an R2 of 0.9801. HRM analysis was carried out to determine C. mccordi based on the melting temperature (80—81˚C). Sensitivity and specificity test results of 81.25% and 62.5% indicated that the primers are not recommended for quantitative analysis with qPCR-HRM. The redesign of species-specific primer with other target genes such as COI and Cyt-b for C. mccordi detection via eDNA is needed. Nevertheless, the designed primers can still be used for qualitative analysis."

"Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan spesies endemik Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, Indonesia, dengan status konservasi kritis (critically endangered and Possibly Extinct in the Wild). Upaya reintroduksi kura-kura tersebut sudah dilakukan, tetapi keberadaan individu C. mccordi tetap tidak terdeteksi di alam. Pendekatan environmental DNA (eDNA) menjadi metode nonivasit alternatif untuk pendeteksian dan pemantauan spesies tersebut. Pengembangan metode pendeteksian eDNA C. mccordi memerlukan markah (primer) spesies spesifik agar dapat mengidentifikasi dengan akurat keberadaan DNA target pada sampel. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan primer spesies spesifik untuk markah gen Cytochrome b (Cyt b) dalam pendeteksian eDNA C. mccordi. Primer dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen Cyt b dari C. mccordi dengan spesies Chelodina lain. Pengujian primer dilakukan menggunakan sampel air yang mengandung DNA target untuk mengevaluasi spesifitas dan sensitivitas primer. Sampel air yang sudah terekstrak kemudian diproses dengan teknik Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dan High Resolution Melting (HRM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer desain (UI_Cm_Cytb) berhasil mengidentifikasi keberadaan C. mccordi dalam sampel. Nilai sensitivitas dan spesifitas primer tergolong tinggi, yaitu 87,5% dan 100%, serta primer tersebut dapat digunakan dalam pendeteksian eDNA C. mccordi dari sampel air. Primer perlu dilakukan optimasi lebih lanjut terkait pendeteksian kelimpahan individu.

---

The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an Indonesia endemic species with critically endangered and Possibly Extinct in the Wild status. Attempts to reintroduce this turtle have been conducted, however the tracking of C. mccordi individuals in their natural habitat has not been observed. The environmental DNA (eDNA) is an alternative non-invasive method for detection and monitoring of this species. The development of an eDNA method for detection of C. mccordi requires species-specific markers in order to accurately identify the presence of target DNA in the sample. This study aims to develop species-specific primers using the Cytochrome b (Cyt b) as molecular marker for the detection of eDNA from C. mccordi. The specificity and sensitivity of the primers were evaluated using water samples containing C. mccordi and their related species. The extracted eDNA from water samples are then processed using Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and High-Resolution Melting (HRM) techniques. The results showed that the design primer (UI_Cm_Cytb) was successful for detection the presence of C. mccordi from the samples. The sensitivity and specificity values of the primers are relatively high, namely 87.5% and 100%. Futhermore, the primer needs to be optimized and tested regarding the individual abundance in sample."

"ABSTRAKPemantauan spesies asing invasif berperan penting dalam mempelajari konservasi dan pengendalian ekosistem perairan. Alligator gar merupakan salah satu spesies asing yang masuk ke dalam perairan Indonesia dan berpotensi invasif. Sifatnya yang kriptik menyebabkan spesies ini sulit diamati secara visual. Metode eDNA hadir sebagai alternatif untuk deteksi spesies. Namun penelitian eDNA umumnya dilakukan di daerah beriklim subtropis. Pengembangan metode eDNA di daerah tropis dilakukan dengan menggunakan sedimen kolam artifisial untuk deteksi alligator gar. Sedimen diharapkan mampu melindungi eDNA dari degradasi akibat faktor lingkungan. Pengambilan sampel dilakukan empat kali dalam sebulan dengan mengeruk langsung lapisan sedimen sebanyak 500 mg dan diisolasi menggunakan Fast DNA Spin Kit for Soil. Hasil spektrofotometri menunjukkan konsentrasi terbesar yaitu 204,37 ng/ L pada sampel 1. Suhuannealing telah dioptimasi yaitu 53.4 C menggunakan ecoPrimer dengan gen target 12SrRNA, pita paling jelas ditunjukkan oleh sampel 4 dengan ukuran amplikon 115 bp. Hasil blastn menunjukkan kekerabatan tertinggi pada dua spesies yaitu A. tropicus dan A.spatula, mengindikasikan bahwa sampel sedi mendapat digunakan untuk deteksi alligator gar A. spatula.

---

ABSTRACTMonitoring of alien invasive species plays an important role in management and preservation of natural ecosystem. Alligator gar is an alien species in Indonesia swater and potentially invasive. Its cryptic and solitary nature makes visual detection difficult, there fore can not be monitored using traditional method. Recent advances studies have produced technology called eDNA, which allows species detection by using environmental samples such as water, sediment or soil. However, this study often carried out in subtropical area. Development of eDNAin tropical aquatic was performed by using sediment to detect alligator gar. Insediment, the persistance of eDNA can be much longer due to slow rate of degradation. Sample collection was done four times in artificial pond by dredging 500 mg of sediment for each sample. Samples were processed directly using FastDNA Spin Kit for soil. Electrophoresis and spectrophotometry results show edall samples positive containing eDNA, the largest concentration 204,37 ng Lbelong to sample 1. Annealing temperature was optimized at 53.4 C by using ecoPrimer with target region 12 SrRNA, the clearest band shown by sample 4, with the size 115 bp. Blastn result showed the highest similarity with two species A. tropicus and A.spatula. The result was indicating that eDNA contained insediment samples allows for detection of alligator gar A. spatula."

"ABSTRAKIntroduksi spesies asing merupakan ancaman bagi banyak organisme perairan. Deteksi dini dapat meningkatkan keberhasilan usaha pengendalian spesies asing, namun saat ini belum ada metode konvensional yang mampu melakukan hal tersebut. Pendekatan terbaru menggunakan environmental DNA eDNA mulai digunakan sebagai pendukung metode survey konvensional, terutama di daerah beriklim sedang temperate. Suhu yang lebih rendah diperkirakan dapat mempertahankan keberadaan DNA di dalam air. Penelitian ini dilakukan untuk menguji metode eDNA di daerah beriklim tropis untuk mendeteksi spesies asing alligator gar Atractosteus spatula dilakukan di Depok, Indonesia. Sebanyak 200 ml sampel air diambil dari kolam artifisial setiap tujuh hari selama satu bulan, lalu difiltrasi melalui kertas filter nitrat selulosa berdiameter 0,45. Sampel diekstraksi berdasarkan protokol kit FastDNA Spin Kit for Soil. Sampel kemudian diamplifikasi dengan primer ecoPrimer yang memiliki gen target 12S rRNA, lalu dikuantifikasi dan dilakukan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa eDNA terdeteksi di tiga dari empat sampel air dan mengindikasikan bahwa metode eDNA dapat dipertimbangkan sebagai metode pendukung bagi metode survey konvensional. Meskipun demikian, penelitian lebih lanjut diperlukan sebelum mengaplikasikan metode tersebut di lapangan.

---

ABSTRACTIntroduction of non native species threatens the life of many aquatic organisms. Successful eradication requires early detection, but currently no traditional monitoring technique offer the quality to do so. New approach using environmental DNA eDNA begins to be used to complement the more traditional monitoring methods. Most of eDNA studies were carried out in temperate areas, as the cooler temperature preserve the DNA better. This study aims to test the applicability of eDNA method in detecting alligator gar Atractosteus spatula from an artificial pond in Depok, Indonesia. 200 mL water samples was taken every seven days in a month before being filtered through 0,45 nitrate cellulose filter. DNA was isolated using FastDNA Spin Kit for Soil for the subsequent PCR process. Samples were then amplified using ecoPrimer which targeted 12S rRNA gene and quantified using spectrophotometer and electrophoresis, and sequenced. The study showed that eDNA was detected in three out of four samples, and therefore should be considered to complement the more traditional monitoring methods. However, further study is still needed before this method can be widely applied in the field."

"Resistensi terhadap antibiotik di bidang kesehatan dapat dialami juga oleh antimikroba yang digunakan di bidang pangan. Selama ini di bidang pangan digunakan bakteriosin sebagai antimikroba. Bakteri penghasil bakteriosin terlindungi dari bakteriosin yang dihasilkannya karena memiliki bacteriocin immunity protein (bip). Gen bakteriosin disandikan bersama dengan gen imunitasnya dalam kondisi yang disebut sebagai quorum sensing. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan konfirmasi uji aktivitas bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) Weissella confusa MBF 8-1 terhadap beberapa bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari metode gene silencing dengan menggunakan model aktivitas BLIS dan bip.Pada penelitian ini dirancang sekuens siRNA bip dengan menggunakan informasi data sekuens dari basis data dan dari data whole genome sequence galur model Weissella confusa MBF8-1. Untuk membuktikan aktivitas gene silencing dari siRNA sintetik tersebut secara in vivo terhadap inang MBF 8-1 maka dilakukan esei zona hambat. Hasil rancangan siRNA yang diperoleh hanya menarget pada gene silencing di MBF 8-1. Berdasarkan analisis algoritma dan BLAST berhasil diperoleh rancangan siRNA kandidat utama, yaitu bip-a MBF 8-1_1 yang secara in vivo menunjukkan aktivitas gene silencing yang poten terhadap inangnya.

---

Resistance to antibiotics in the health sector can be experienced by antimicrobial in the food industry. During this period, food industry has used bacteriocin as an antimicrobial. Bacteria is protected from its bacteriocin because it has bacteriocin immunity protein (bip). Bacteriocin gene is encoded with its immunity protein gene on a condition which was called as quorum sensing. In previous study, Weissella confusa MBF 8-1 possess Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against several pathogen bacteria. This study aimed to study gene silencing method using BLIS and bip activity as model.On this study siRNA bip sequence was designed using information from sequence database and model Weissella confusa MBF 8-1 whole genome sequence database. Disc dilution method was done to prove gene silencing activity of synthetic siRNA against its own host MBF 8-1. Result revealed that siRNA design is aimed as a gene silencing agent against MBF 8-1 alone. Based on algorithm analysis and BLAST, top rank bip-a MBF 8-1_1 siRNA design is potent and has proved its gene silencing activity against its own host."

"Kura-kura brazil (Trachemys scripta elegans) merupakan salah satu spesies invasif perairan tawar. Keberadaan spesies tersebut membawa dampak buruk bagi ekosistem sehingga perlu dieradiksi dengan cara pendeteksian dini. Pendeteksian dini suatu spesies akuatik dapat dilakukan menggunakan pendekatan molekular yang efektif dan non-invasif, yaitu metode environmental DNA dan quantitative PCR. Penelitian dilakukan untuk mendeteksi keberadaan kura-kura brazil di enam situ di Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. Metode yang digunakan dalam peneitian ini adalah isolasi dengan PCI, amplifikasi dengan qPCR secara triplikat menggunakan primer COI dari gen mitokondria. Berdasarkan pengujian limit of detection (LOD) dan limit of quantification (LOQ) yang ditentukan dari kurva standar memiliki LOD sebesar 220.164 salinan DNA/reaksi dan LOQ sebesar 667.163 salinan DNA/reaksi. Keberadaan kura-kura brazil terdeteksi di lima situ pada tahun 2021 dan enam situ pada tahun 2022. Tidak ditemukan pengaruh faktor lingkungan terhadap keberadaan kura-kura brazil yang ditentukan berdasarkan ANOVA Satu Arah dengan nilai p > 0,05. Keberadaan Kura-kura brazil di Universitas Indonesia dapat dideteksi menggunakan eDNA dan digunakan sebagai kegiatan pemantauan dan eradikasi spesies asing invasif di ekosistem perairan urban.

---

Red-eared slider (Trachemys scripta elegans) is one of the most invasive freshwater species. The existence of this species affects their non-native ecosystem in a negative manner, that ideally it should be eradicated by conducting an early detection of the ecosystem. Early detection of an aquatic species can be done by using the environmental DNA and quantitative PCR methods, as both use effective molecular and non-invasive approach. This study was conducted to detect the presence of red-eared slider within the ecosystem of 6 ponds located at Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. The methods that are used in the study covered isolation with PCI, amplification with qPCR in triplicate using primer COI from the mitochondria gen. Limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) were then examined by referring to the standard curve, LOD held the value of 220,164 of DNA copies/reaction, while LOQ held the value of 667,163 of DNA copies/reaction. The presence of red-eared slider was then proven in the ponds within the ecosystem; 5 in 2021 and 6 in 2022. The influence between the presence of red-eared slider and pH was not found, the conclusion is backed with calculation using One Way ANOVA using p-value > 0,05. The presence of red-eared slider in Universitas Indonesia can be detected using eDNA, which later can be utilized as a tool to observe and eradicate the foreign species within the urban water ecosystem"

"Maraknya perburuan dan perdagangan ilegal bagian tubuh harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae) telah mengancam populasi satu-satunya harimau endemik Indonesia. Bagian tubuh diduga harimau sumatra hasil perdagangan ilegal sering kali dalam kondisi tidak utuh dan sudah mengalami pemrosesan sehingga menyulitkan identifikasi barang bukti temuan tersebut. Aplikasi biologi molekuler dengan memanfaatkan DNA unik pada harimau sumatra menjadi penting untuk mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan markah Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) daerah gen COI pada sampel forensik harimau sumatra dan mengetahui asal usulnya. Primer spesifik dirancang dalam penelitian ini untuk mendapatkan urutan yang informatif dalam mengidentifikasi sampel forensik. Sampel yang didapatkan terdiri dari kulit, tulang, bubuk tulang, dan gigi yang berasal dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Aceh, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, Taman Nasional Batang Gadis, dan hasil temuan tim forensik dari Garut. Sebanyak 57% sampel berhasil di amplifikasi dan tujuh di antaranya berhasil dilanjutkan ke tahap sequencing. Hasilnya primer yang dirancang berhasil mengidentifikasi seluruh sampel sebagai harimau sumatra, tetapi tidak dapat membedakan asal usul masing-masing sampel. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memaksimalkan penggunaan markah FINS hingga pembentukan haplotipe.

---

The rampant poaching and illegal trading of Sumatran tiger parts (Panthera tigris sumatrae) has threatened the endemic tiger population that is the only one in Indonesia. Body parts suspected to be the result of illegal trade in Sumatran tigers are often incomplete and have undergone processing, making it difficult to identify the evidence found. The application of molecular biology by utilizing the unique DNA in the Sumatran tiger is important to overcome this problem. This study aims to develop Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) markers for the COI gene region in forensic samples of Sumatran tigers and determine their origin. A special primer was designed in this study to obtain an informative sequence in forensic sample identification. The samples obtained consisted of skin, bone, bone powder, and teeth from the Aceh Natural Resources Conservation Agency (BKSDA), Bukit Barisan Selatan National Park, Batang Gadis National Park, and the findings of the forensic team from Garut. around 57% of the total sample was successfully amplified and seven of them were successfully proceed to the sequencing stage. The result was that the designed primer succeeded in identifying all samples as Sumatran tigers, but could not distinguish the origins of each sample. Further studies are needed to maximize the use of FINS markers to haplotype formation."

"Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier.

---

DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers."

"Epididimis adalah saluran berbelit yang terletak antara testis dan vas deferens. Epididimis telah lama dikenal sebagai tempat proses pematangan sperma, yang merupakan interaksi antara sperma dan protein-protein yang disekresikan oleh sel-sel epitel epididimis. Salah satu protein yang diduga berperan penting dalam proses pematangan sperma adalah gen Defb42. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur gen dan analisis sebaran jaringan dari gen Defb42. Data struktur gen Defb42 diperoleh dari database Unigene danUCSC Genome Bioinformatics, dimana cDNA, ekson, intron, dan sekuens asam amino diperoleh. Isolasi RNA dilakukan untuk jaringan dari 4 segmenepididimis (initial segment, caput, corpus, cauda) disertai dengan beberapa organ viseral lainnya. Real time RT-PCR dari RNA yang terelusi dilakukan untuk mengukur ekspresi relative Defb42 terhadap gen aktin beta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Defb42 termasuk dalam keluarga beta defensin karena memiliki 6 residu sistein. Ekspresi Defb42 relatif terhadap aktin ditemukan paling tinggi di initial segment dariepididimis, diikuti dengan caput, cauda, dan vas deferens. Disimpulkan bahwa gen Defb42 adalah gen beta defensin dan diekspresikan terutama di initial segment dari epididimis.

---

Epididymis is a convoluted duct that is located between the testis and vas deferens. Epididymis has been known as the site of sperm maturation, which occur via interaction between the sperm and the proteins secreted by the epididymal epithelial cells. One of the proteins that is believed to play a major role in sperm maturation process is encoded by Defb42 gene. The objective of this research is to know the gene structure and tissue distribution analysis of Defb42 gene. Gene structure data was obtained from Unigene database and UCSC Genome Bioinformatics, in which cDNA, exons, introns, and amino acid sequence of Defb42 gene were received. RNA isolation was done for tissues of the four segments of epididymis (initial segment, caput, corpus, cauda) along with other visceral tissues. Real time RT-PCR of the isolated RNA was then performed in order to measure Defb42 relative expression to beta actin. The result showed that Defb42 gene belongs to the beta defensin family due to its conserved six cysteine residues. Defb42 expression relative to actin was highest in the initial segment of the epididymis, followed by caput, cauda, and vas deferens. In conclusion, Defb42 is a beta defensin gene and is mainly expressed in the epididymis and showed region-specific expression in the initial segment."