Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan spesies endemik Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, Indonesia, dengan status konservasi kritis (critically endangered and Possibly Extinct in the Wild). Upaya reintroduksi kura-kura tersebut sudah dilakukan, tetapi keberadaan individu C. mccordi tetap tidak terdeteksi di alam. Pendekatan environmental DNA (eDNA) menjadi metode nonivasit alternatif untuk pendeteksian dan pemantauan spesies tersebut. Pengembangan metode pendeteksian eDNA C. mccordi memerlukan markah (primer) spesies spesifik agar dapat mengidentifikasi dengan akurat keberadaan DNA target pada sampel. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan primer spesies spesifik untuk markah gen Cytochrome b (Cyt b) dalam pendeteksian eDNA C. mccordi. Primer dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen Cyt b dari C. mccordi dengan spesies Chelodina lain. Pengujian primer dilakukan menggunakan sampel air yang mengandung DNA target untuk mengevaluasi spesifitas dan sensitivitas primer. Sampel air yang sudah terekstrak kemudian diproses dengan teknik Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dan High Resolution Melting (HRM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer desain (UI_Cm_Cytb) berhasil mengidentifikasi keberadaan C. mccordi dalam sampel. Nilai sensitivitas dan spesifitas primer tergolong tinggi, yaitu 87,5% dan 100%, serta primer tersebut dapat digunakan dalam pendeteksian eDNA C. mccordi dari sampel air. Primer perlu dilakukan optimasi lebih lanjut terkait pendeteksian kelimpahan individu.

---

The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an Indonesia endemic species with critically endangered and Possibly Extinct in the Wild status. Attempts to reintroduce this turtle have been conducted, however the tracking of C. mccordi individuals in their natural habitat has not been observed. The environmental DNA (eDNA) is an alternative non-invasive method for detection and monitoring of this species. The development of an eDNA method for detection of C. mccordi requires species-specific markers in order to accurately identify the presence of target DNA in the sample. This study aims to develop species-specific primers using the Cytochrome b (Cyt b) as molecular marker for the detection of eDNA from C. mccordi. The specificity and sensitivity of the primers were evaluated using water samples containing C. mccordi and their related species. The extracted eDNA from water samples are then processed using Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and High-Resolution Melting (HRM) techniques. The results showed that the design primer (UI_Cm_Cytb) was successful for detection the presence of C. mccordi from the samples. The sensitivity and specificity values of the primers are relatively high, namely 87.5% and 100%. Futhermore, the primer needs to be optimized and tested regarding the individual abundance in sample."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan satwa endemik Indonesia yang hanya ada di Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur. Tingginya perdagangan karena keunikan kura-kura rote berupa lehernya yang panjang disertai dengan hilangnya habitat menyebabkan status kura-kura rote menjadi critically endangered and possibly extinct in the wild. Upaya konservasi melalui program reintroduksi telah dilakukan, tetapi hasil pemantauan konvensional tidak menemukan kura-kura rote pada habitat aslinya. Pemantauan menggunakan environmental DNA (eDNA) dapat menjadi opsi alternatif karena deteksi dapat dilakukan berdasarkan spesifisitas dan sensitivitas primer. Penelitian bertujuan mengembangkan primer spesifik untuk deteksi C. mccordi dari sampel air dengan gen NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) sebagai target. Primer dirancang dengan ukuran pendek dan memiliki basa unik yang hanya ada pada C. mccordi. Primer diujikan pada air kolam dari C. mccordi, C. expansa, air campuran kedua spesies, serta air kontrol negatif yang tidak mengandung kedua spesies tersebut. Pengujian dilakukan melalui tahap filtrasi, ekstraksi, PCR, sequencing, dan qPCR. Hasil yang diperoleh menunjukkan primer ND5 (UI_Cm_ND5) berhasil mendeteksi C. mccordi dengan nilai sensitivitas 75% dan spesifisitas 100%. Hal tersebut menunjukkan primer ND5 dapat digunakan untuk mendeteksi eDNA C. mccordi dari sampel air. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membandingkan sensitivitas dan spesifisitas primer ND5 dengan gen target lain. 

---

The snake-necked rote turtle (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) is an endemic animal to Indonesia that only distributed on Rote Island, East Nusa Tenggara. Uncontrolled trade due to the uniqueness of its long neck form accompanied by loss of habitat has caused the status of the rote turtles to become critically endangered and possibly extinct in the wild. Conservation efforts through a reintroduction program have been carried out, but traditional monitoring did not found their existence in natural habitat. Monitoring via environmental DNA (eDNA) can be an alternative approach as the detection based on the specificity and sensitivity of the species specific primer. This study aims to develop specific primers for the detection of C. mccordi from water samples with the NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) gene as the target. The primer was designed to be short and has a unique base that is only found in C. mccordi. The primer was tested on pond water from C. mccordi, C. expansa, water mixed with the two, as well as negative control water that did not contain these two species. Validation was performed through filtration, extraction, PCR, sequencing and qPCR steps. The results showed that the ND5 primer (UI_Cm_ND5) successfully detected C. mccordi with a sensitivity of 75% and a specificity of 100%. This result support the ND5 primer as genetic marker to detect the presence of C. mccordi eDNA from water samples. Further studies are needed to compare the sensitivity and specificity of ND5 primers with other target genes."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, yang tergolong Critivally Endangered-Possibly Extinc in the Wild (CRPEW) berdasarkan IUCN. Rendahnya kepadatan C. mccordi menjadi tantangan dalam pemantauan secara visual, sehingga dibutuhkan pendekatan molekuler sebagai metode alternatif. Namun, primer spesifik untuk C. mccordi belum pernah dikembangkan. Penelitian dilakukan dengan mengembangkan markah genetik yang menargetkan gen ND2 mtDNA pada sampel eDNA dari air melalui metode qPCRHRM, serta menguji sensitivitas dan spesifisitas primer. Bahan uji yang digunakan adalah air kolam C. mccordi, C. expansa, campuran (C. mccordi dan C. expansa), dan air keran. Hasil perancangan primer didapat panjang produk 179 bp dengan menganalisis basa unik yang hanya diekspresikan oleh C. mccordi. Analisis kualitatif dengan PCR dan visualisasi elektroforesis, serta validasi dengan sekuensing menunjukkan primer memiliki spesifisitas yang tinggi terhadap C. mccordi. Primer yang dirancang hanya mampu mengamplifikasi hingga dilusi 3 tingkat dengan faktor dilusi 10x. Efisiensi primer tergolong baik dengan nilai 100%, dan persamaan regresi linear (y= -3,32x + 34,127), serta R2 sebesar 0,9801. Analisis HRM dilakukan untuk mendeterminasi C. mccordi berdasarkan suhu luruh (80—81˚C). Hasil pengujian sensitivitas dan spesifisitas sebesar 81,25% dan 62,5% menunjukkan bahwa primer tidak direkomendasikan untuk analisis kuantitatif dengan qPCR-HRM. Pengembangan desain primer spesifik-spesies perlu dirancang kembali dengan gen target lain seperti COI dan Cyt-b untuk pendeteksian C. mccordi melalui eDNA. Meskipun demikian, primer yang dirancang tetap bisa digunakan untuk analisis kualitatif.

---

The Roti Island Snake-necked Turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species of Roti Island, classified as Critically Endangered-Possibly Extinct in the Wild (CRPEW) according to the IUCN. The low density of C. mccordi poses a challenge for visual monitoring, necessitating a molecular approach as an alternative method. However, specific primers for C. mccordi have not been developed. The research involved the development of genetic marker targeting the ND2 mtDNA gene in eDNA samples from water using the qPCR-HRM method and testing the sensitivity and specificity of the primers. Test materials included water from C. mccordi, C. expansa, a mixture (C. mccordi and C. expansa), and tap water. The designed primer obtained a product length of 179-bp by analyzing unique bases specific to C. mccordi. Qualitative analysis with PCR and electrophoresis visualization, then validated by sequencing, showed high primer specificity for C. mccordi. The designed primers could only amplify up to a 3-level dilution with a 10x dilution factor. The qPCR reaction efficiency was considered good at 100%, with a linear regression equation (y = -3.32x + 34.127) and an R2 of 0.9801. HRM analysis was carried out to determine C. mccordi based on the melting temperature (80—81˚C). Sensitivity and specificity test results of 81.25% and 62.5% indicated that the primers are not recommended for quantitative analysis with qPCR-HRM. The redesign of species-specific primer with other target genes such as COI and Cyt-b for C. mccordi detection via eDNA is needed. Nevertheless, the designed primers can still be used for qualitative analysis."

"Kura-kura brazil (Trachemys scripta elegans) merupakan spesies asal Amerika Selatan dan salah satu spesies asing invasif yang berdampak buruk untuk spesies asli. Proses invasi spesies tersebut di Indonesia adalah melalui jalur perdagangan dan populer sebagai hewan peliharaan. Pendeteksian kehadiran spesies asing menjadi penting dalam proses pengendalian spesies sebelum menjadi invasif. Ekosistem perairan urban seperti situ di Universitas Indonesia merupakan wilayah yang umum ditemukan spesies asing. Tujuan penelitian adalah mendeteksi keberadaan kura-kura brazil di enam situ Universitas Indonesia menggunakan sampel eDNA yang diamplifikasi menggunakan primer spesifik Cytochrome b dan dikuantifikasi menggunakan qPCR. Nilai LoD dan LoQ ditentukan melalui kurva standar untuk menentukan keberadaan DNA kura-kura brazil pada 193 sampel. DNA Kura-kura brazil terdeteksi pada sampel dari seluruh situ di Universitas Indonesia pada tahun 2021 dan 2022 Faktor lingkungan tidak memiliki pengaruh yang signifikan (sig. > 0,05) terhadap konsentrasi eDNA, tetapi kura-kura brazil ditemukan pada situ dengan air yang tenang dengan suhu 27 - 33°C. Berdasarkan hasil tersebut eDNA dapat digunakan untuk monitoring keberadaan spesies asing invasif kura-kura brazil di ekosistem urban.

---

The red-eared sliders (Trachemys scripta elegans) is a species from Southern America and one of the invasive alien species that has a negative impact on native species. The invasion process in Indonesia is through trade routes and is popular as a pet. Detecting the presence of alien species is important in the process of controlling species before they become invasive. Urban water ecosystems such as the one at the University of Indonesia are areas that are commonly found by alien species. The aim of the study was to detect the presence of Brazilian turtles in six ponds at the University of Indonesia using eDNA samples amplified using Cytochrome b specific primers and quantified using qPCR. LoD and LoQ values ​​were determined using standard curves to determine the presence of Brazilian tortoise DNA in 193 samples. The red-eared sliders’ DNA was detected in samples from all ponds at the University of Indonesia in 2021 and 2022. Environmental factors did not have a significant effect (sig. > 0.05) on eDNA concentrations, but the red-eared slider were found in situ with contaminated water. quiet with temperature 27 - 33°C. The results based on the eDNA can be used to monitor the presence of an invasive alien species in urban ecosystems."

"Harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) adalah subspesies harimau dengan status konservasi kritis (Crtically Endangered) yang diakibatkan oleh perdagangan ilegal. Identifikasi molekular dengan menggunakan teknik Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) dibutuhkan. Penggunaan teknik FINS memanfaatkan daerah tertentu pada DNA mitokondria (mtDNA) sebagai markah, seperti Cytochrome b. Penelitian bertujuan untuk merancang primer spesifik harimau sumatra menggunakan gen Cyt b dan membandingkannya dengan penggunaan primer universal harimau (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R dalam mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Studi ini perlu dilakukan untuk membantu proses identifikasi terkait informasi asal usul populasi sampel barang sitaan, sebagai langkah untuk mendukung upaya konservasi dan penegakan hukum atas kejahatan terhadap harimau sumatra melalui aplikasi forensik molekuler. Sebanyak 15 sampel dari asal lokasi yang berbeda diamplifikasi dan dianalisis dengan menggunakan primer yang dirancang dalam studi ini (Pts_Cytb) dan Tig. Hasil analisis menunjukkan bahwa primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk identifikasi harimau sumatra. Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon filogenetik dan analisis haplotipe, primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Sebanyak empat haplotipe ditemukan tersebar pada wilayah asal sampel. Jumlah sampel yang terbatas menyebabkan persebaran haplotipe harimau sumatra secara keseluruhan belum dapat digambarkan.

---

Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) is a subspecies of tiger with critical conservation status (Crtically Endangered) resulting from illegal trade. Molecular identification using Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) techniques is required. The use of the FINS technique utilizes certain regions of mitochondrial DNA (mtDNA) as markers, such as Cytochrome b. The aim of this study was to design a specific primer for sumatran tigers using the Cyt b gene and to compare it with the use of a universal primer for tiger (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R in detecting haplotype variations for sumatran tigers. This study needs to be carried out to assist the identification process regarding information on the origin of the population of confiscated samples, as a step to support conservation and law enforcement efforts for crimes against sumatran tigers through the application of molecular forensics. A total of 15 samples from different locations were amplified and analyzed using the primer designed in this study (Pts_Cytb) and Tig. The results of the analysis show that the Pts_Cytb primer can be used to identify the sumatran tiger. Based on the results of phylogenetic tree reconstruction and haplotype analysis, the Pts_Cytb primer can be used to detect sumatran tiger haplotype variations. A total of four haplotypes were found scattered in the area of origin of the samples. The limited number of samples meant that the overall distribution of Sumatran tiger haplotypes could not be described."

"Badak sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) adalah spesies endemik Indonesia yang terancam kritis (critically endangered) yang tersebar di Taman Nasional Way Kambas, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, dan Taman Nasional Gunung Leuser. Perilaku badak sumatera yang soliter dan elusif menyebabkan pemantauan populasi sulit dilakukan. Environmental DNA (eDNA) dapat digunakan untuk melakukan monitoring spesies langka dan elusif dikarenakan kemampuannya untuk mendeteksi keberadaan spesies tanpa melihat spesies tersebut secara langsung. Penelitian dilakukan dengan menganalisis eDNA badak sumatera dari sampel air pada kubangan aktif dan nonaktif di Kawasan Taman Nasional Way Kambas menggunakan primer yang didesain spesifik spesies dan qPCR serta melihat pengaruh faktor lingkungan dan waktu terhadap eDNA sampel air. Hasil menunjukkan primer yang didesain dapat mendeteksi DNA badak sumatera secara spesies spesifik. Analisis qPCR menunjukkan DNA badak sumatera dapat dideteksi di 83,78% sampel air, yaitu pada 11 titik kubangan aktif dan 20 titik kubangan nonaktif. Faktor lingkungan dan waktu juga teramati tidak berpengaruh kepada konsentrasi DNA. Akan tetapi, sampel air kubangan dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan eDNA badak sumatera dengan primer spesies spesifik yang didesain dan analisis qPCR.

---

The Sumatran rhino (Dicerorhinus sumatrensis) is a critically endangered species endemic to Indonesia. The sumatran rhinoceros can only be found on the island of Sumatra spread across Way Kambas National Park, Bukit Barisan Selatan National Park, and Gunung Leuser National Park. The solitary and elusive nature of the sumatran rhino makes monitoring this species difficult. Environmental DNA (eDNA) is considered a tool that can be used to monitor rare and elusive species because of its ability to detect the presence of species without the need to encounter the species directly. This study analyzes sumatran rhino eDNA from water samples in active and inactive wallows in the Way Kambas National Park using qPCR with species specific primer and to see the effect of environmental factors and time on the eDNA of water samples. The results obtained showed that the designed primers are species-specific to sumatran rhinoceros DNA. qPCR analysis showed that sumatran rhino DNA could be detected in 83.78% of the water samples, namely at 11 active wallow points and 20 inactive wallow points. Environmental factors and time were aso observed to have no effect on DNA concentration. Nevertheless, water from wallow can be use to detect sumatran rhino’s eDNA with species specific primer and using qPCR."

"ABSTRAKPemantauan spesies asing invasif berperan penting dalam mempelajari konservasi dan pengendalian ekosistem perairan. Alligator gar merupakan salah satu spesies asing yang masuk ke dalam perairan Indonesia dan berpotensi invasif. Sifatnya yang kriptik menyebabkan spesies ini sulit diamati secara visual. Metode eDNA hadir sebagai alternatif untuk deteksi spesies. Namun penelitian eDNA umumnya dilakukan di daerah beriklim subtropis. Pengembangan metode eDNA di daerah tropis dilakukan dengan menggunakan sedimen kolam artifisial untuk deteksi alligator gar. Sedimen diharapkan mampu melindungi eDNA dari degradasi akibat faktor lingkungan. Pengambilan sampel dilakukan empat kali dalam sebulan dengan mengeruk langsung lapisan sedimen sebanyak 500 mg dan diisolasi menggunakan Fast DNA Spin Kit for Soil. Hasil spektrofotometri menunjukkan konsentrasi terbesar yaitu 204,37 ng/ L pada sampel 1. Suhuannealing telah dioptimasi yaitu 53.4 C menggunakan ecoPrimer dengan gen target 12SrRNA, pita paling jelas ditunjukkan oleh sampel 4 dengan ukuran amplikon 115 bp. Hasil blastn menunjukkan kekerabatan tertinggi pada dua spesies yaitu A. tropicus dan A.spatula, mengindikasikan bahwa sampel sedi mendapat digunakan untuk deteksi alligator gar A. spatula.

---

ABSTRACTMonitoring of alien invasive species plays an important role in management and preservation of natural ecosystem. Alligator gar is an alien species in Indonesia swater and potentially invasive. Its cryptic and solitary nature makes visual detection difficult, there fore can not be monitored using traditional method. Recent advances studies have produced technology called eDNA, which allows species detection by using environmental samples such as water, sediment or soil. However, this study often carried out in subtropical area. Development of eDNAin tropical aquatic was performed by using sediment to detect alligator gar. Insediment, the persistance of eDNA can be much longer due to slow rate of degradation. Sample collection was done four times in artificial pond by dredging 500 mg of sediment for each sample. Samples were processed directly using FastDNA Spin Kit for soil. Electrophoresis and spectrophotometry results show edall samples positive containing eDNA, the largest concentration 204,37 ng Lbelong to sample 1. Annealing temperature was optimized at 53.4 C by using ecoPrimer with target region 12 SrRNA, the clearest band shown by sample 4, with the size 115 bp. Blastn result showed the highest similarity with two species A. tropicus and A.spatula. The result was indicating that eDNA contained insediment samples allows for detection of alligator gar A. spatula."

"ABSTRAKIntroduksi spesies asing merupakan ancaman bagi banyak organisme perairan. Deteksi dini dapat meningkatkan keberhasilan usaha pengendalian spesies asing, namun saat ini belum ada metode konvensional yang mampu melakukan hal tersebut. Pendekatan terbaru menggunakan environmental DNA eDNA mulai digunakan sebagai pendukung metode survey konvensional, terutama di daerah beriklim sedang temperate. Suhu yang lebih rendah diperkirakan dapat mempertahankan keberadaan DNA di dalam air. Penelitian ini dilakukan untuk menguji metode eDNA di daerah beriklim tropis untuk mendeteksi spesies asing alligator gar Atractosteus spatula dilakukan di Depok, Indonesia. Sebanyak 200 ml sampel air diambil dari kolam artifisial setiap tujuh hari selama satu bulan, lalu difiltrasi melalui kertas filter nitrat selulosa berdiameter 0,45. Sampel diekstraksi berdasarkan protokol kit FastDNA Spin Kit for Soil. Sampel kemudian diamplifikasi dengan primer ecoPrimer yang memiliki gen target 12S rRNA, lalu dikuantifikasi dan dilakukan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa eDNA terdeteksi di tiga dari empat sampel air dan mengindikasikan bahwa metode eDNA dapat dipertimbangkan sebagai metode pendukung bagi metode survey konvensional. Meskipun demikian, penelitian lebih lanjut diperlukan sebelum mengaplikasikan metode tersebut di lapangan.

---

ABSTRACTIntroduction of non native species threatens the life of many aquatic organisms. Successful eradication requires early detection, but currently no traditional monitoring technique offer the quality to do so. New approach using environmental DNA eDNA begins to be used to complement the more traditional monitoring methods. Most of eDNA studies were carried out in temperate areas, as the cooler temperature preserve the DNA better. This study aims to test the applicability of eDNA method in detecting alligator gar Atractosteus spatula from an artificial pond in Depok, Indonesia. 200 mL water samples was taken every seven days in a month before being filtered through 0,45 nitrate cellulose filter. DNA was isolated using FastDNA Spin Kit for Soil for the subsequent PCR process. Samples were then amplified using ecoPrimer which targeted 12S rRNA gene and quantified using spectrophotometer and electrophoresis, and sequenced. The study showed that eDNA was detected in three out of four samples, and therefore should be considered to complement the more traditional monitoring methods. However, further study is still needed before this method can be widely applied in the field."

"Hiu biru merupakan hewan yang berstatus hampir terancam (near threatened) menurut IUCN. Hiu biru sering dijadikan tangkapan sampingan dan diperdagangkan secara global. Hampir seluruh tubuhnya dapat dijual, salah satunya daging dalam bentuk utuh atau olahan. Konsumsi daging hiu biru dalam jangka panjang dapat berbahaya bagi kesehatan. Produk olahan filet ikan tanpa label terdeteksi mengandung spesies hiu biru. Identifikasi produk olahan filet tersebut dilakukan dengan metode molekular dengan penanda inti ataupun mitokondria. Identifikasi dengan metode molekular dapat digunakan juga untuk kegiatan konservasi seperti deteksi populasi suatu organisme. Penelitian ini bertujuan untuk deteksi asal-usul keberadaan populasi hiu menggunakan penanda sitokrom b dan daerah kontrol dari daging filet yang diproduksi toko ritel. 112 sampel diambil secara acak dari toko ritel Jabodetabek kemudian metode yang dilakukan yaitu proses PCR dengan penanda daerah kontrol (CR) dan sitokrom b (Cyt b), hasil amplifikasi akan divisualisasikan ke dalam jaring haplotipe dan mencocokannya dengan data haplotipe dari GenBank. Berhasil teramplifikasi 26 sampel dengan kedua penanda dan 3 di antaranya merupakan sampel yang mislabeling. Jaring haplotipe berhasil terbentuk dengan 8 haplotipe pada penanda Cyt b dengan 7 situs nukleotida polimorfisme dan 14 haplotipe pada penanda CR dengan 12 situs nukleotida polimorfisme. Dua sampel memiliki sekuen yang mirip dengan sekuen referensi yang berasal dari Samudra Hindia, 10 berasal dari Samudra Pasifik, dan 14 sampel mirip dengan sekuen yang berasal dari Samudra Atlantik.

---

The blue shark is an animal that is near threatened according to the IUCN. Blue sharks are often used as bycatch and traded globally. Almost all of his body can be sold, one of which is meat in whole or processed form. Long-term consumption of blue shark meat can be harmful to health. Unlabeled processed fish fillets were detected to contain blue shark species. The identification of the processed filet products was carried out by molecular methods with nucleus or mitochondrial markers. Identification by molecular methods can also be used for conservation activities such as detection of the population of an organism. This study aims to detect the origin of the shark population using cytochrome b markers and control areas of fillet meat produced by retail stores. 112 samples were taken randomly from Jabodetabek retail stores, then the method used was the PCR process with control area markers (CR) and cytochrome b (Cyt b), the amplification results were visualized into a haplotype net and matched with haplotype data from GenBank. 26 samples were successfully amplified with both markers and 3 of them were mislabeling samples. The haplotype net was successfully formed with 8 haplotypes on the Cyt b marker with 7 polymorphism nucleotide sites and 14 haplotypes on the CR marker with 12 polymorphic nucleotide sites. Two of the samples had sequences similar to the reference sequence originating from the Indian Ocean, 10 from the Pacific Ocean, and 14 samples similar to the sequence originating from the Atlantic Ocean."

"Kura-kura brazil (Trachemys scripta elegans) merupakan salah satu spesies invasif perairan tawar. Keberadaan spesies tersebut membawa dampak buruk bagi ekosistem sehingga perlu dieradiksi dengan cara pendeteksian dini. Pendeteksian dini suatu spesies akuatik dapat dilakukan menggunakan pendekatan molekular yang efektif dan non-invasif, yaitu metode environmental DNA dan quantitative PCR. Penelitian dilakukan untuk mendeteksi keberadaan kura-kura brazil di enam situ di Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. Metode yang digunakan dalam peneitian ini adalah isolasi dengan PCI, amplifikasi dengan qPCR secara triplikat menggunakan primer COI dari gen mitokondria. Berdasarkan pengujian limit of detection (LOD) dan limit of quantification (LOQ) yang ditentukan dari kurva standar memiliki LOD sebesar 220.164 salinan DNA/reaksi dan LOQ sebesar 667.163 salinan DNA/reaksi. Keberadaan kura-kura brazil terdeteksi di lima situ pada tahun 2021 dan enam situ pada tahun 2022. Tidak ditemukan pengaruh faktor lingkungan terhadap keberadaan kura-kura brazil yang ditentukan berdasarkan ANOVA Satu Arah dengan nilai p > 0,05. Keberadaan Kura-kura brazil di Universitas Indonesia dapat dideteksi menggunakan eDNA dan digunakan sebagai kegiatan pemantauan dan eradikasi spesies asing invasif di ekosistem perairan urban.

---

Red-eared slider (Trachemys scripta elegans) is one of the most invasive freshwater species. The existence of this species affects their non-native ecosystem in a negative manner, that ideally it should be eradicated by conducting an early detection of the ecosystem. Early detection of an aquatic species can be done by using the environmental DNA and quantitative PCR methods, as both use effective molecular and non-invasive approach. This study was conducted to detect the presence of red-eared slider within the ecosystem of 6 ponds located at Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. The methods that are used in the study covered isolation with PCI, amplification with qPCR in triplicate using primer COI from the mitochondria gen. Limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) were then examined by referring to the standard curve, LOD held the value of 220,164 of DNA copies/reaction, while LOQ held the value of 667,163 of DNA copies/reaction. The presence of red-eared slider was then proven in the ponds within the ecosystem; 5 in 2021 and 6 in 2022. The influence between the presence of red-eared slider and pH was not found, the conclusion is backed with calculation using One Way ANOVA using p-value > 0,05. The presence of red-eared slider in Universitas Indonesia can be detected using eDNA, which later can be utilized as a tool to observe and eradicate the foreign species within the urban water ecosystem"