Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Infeksi SARS-CoV-2 menyebabkan disregulasi sistem imun sehingga memperberat klinis pasien. Penilaian CT dan parameter inflamasi pejamu (neutrofil, limfosit, CRP dan feritin) saat admisi diharapkan membantu klinisi memberi tatalaksana efektif bagi pasien berisiko perburukan.Tujuan: Mengetahui pengaruh nilai CT dan parameter inflamasi pejamu saat admisi terhadap derajat penyakit COVID-19 dalam 14 hari sejak onset gejala.Metode: Studi kohort retrospektif dengan menelusuri rekam medis pasien COVID-19 berusia >18 tahun yang dirawat di RSCM dan RS Medistra pada Juni 2020-Februari 2021. Dilakukan analisis bivariat antara nilai CT, neutrofil, limfosit, CRP, feritin saat admisi dengan keparahan COVID-19, dilanjutkan analisis ROC untuk mendapatkan titik potong optimal. Setelahnya, dilakukan analisis multivariat dan membuat model klinis terbaik menilai kemungkinan keparahan COVID-19.Hasil: Dari 336 subjek didapatkan COVID-19 berat-kritis sejumlah 75,3%. Tidak terdapat hubungan antara nilai CT rendah-sedang dan CT rendah-tinggi terhadap keparahan COVID-19 dengan nilai p masing-masing 0129 dan 0,913, sementara itu terdapat hubungan signifikan antara neutrofil, limfosit, CRP dan feritin terhadap keparahan COVID-19 dengan masing-masing nilai p<0,001. Dari analisis ROC, didapat titik potong optimal neutrofil (>71,5%), limfosit (<18,5%), CRP (>17,2 mg/dL), feritin (270 ng/mL) terhadap terjadinya COVID-19 berat-kritis dalam 14 hari sejak onset gejala. Hasil analisis multivariat menujukkan faktor yang mempengaruhi COVID-19 berat-kritis antara lain neutrofil (aRR 1,850 [IK 95% 1,482-2,311]), limfosit (aRR 1,877 [IK 95% 1,501 – 2,348]), CRP (aRR 2,068 [IK 95% 1,593 – 2,685]), dan feritin (aRR 1,841 [IK 95% 1,438 – 2,357]). Model klinis kombinasi neutrofil, limfosit, CPR dan feritin terhadap COVID-19 berat-kritis memiliki nilai AUC 0,933 (IK 95% 0,902 – 0,963). Kesimpulan: nilai CT tidak mempengaruhi COVID-19 tidak berat dan berat-kritis. Neutrofil, limfosit, CRP, dan feritin saat admisi mempengaruhi terjadinya COVID-19 tidak berat dan berat-kritis Kombinasi neutrofil, limfosit, CRP dan feritin merupakan model klinis terbaik menilai kemungkinan keparahan COVID-19 dalam 14 hari sejak onset gejala.

---

Background: SARS-CoV-2 infection leads to immune dysregulation and hyperinflammation, thus potentially exacerbating clinical outcomes. Assessing CT value and host inflammatory parameters such as neutrophils, lymphocytes, CRP, and feritin upon admission may assist clinicians in providing effective management, especially for patient at risk of severe-critical condition.

Objective: To analyze the effect of CT values and host inflammatory parameters upon admission on the severity of COVID-19 within 14 days of symptom onset.

Methods: A retrospective cohort study tracing COVID-19 patient’s medical records aged >18 years admitted to RSUPN Ciptomangunkusumo and RS Medistra from June 2020 to February 2021. Bivariate analysis was conducted between CT values, neutrophils, lymphocytes, CRP, feritin on admission with COVID-19 severity, then ROC analysis to determine the optimal cut off points. Multivariate analysis was performed to control confounding factors. The best clinical model was analyzed for severe-critical outcome within 14 days of symptom onset.

Results: Out of 336 subjects, 75,3% had severe-critical COVID-19. There was no association between low-moderate CT value and low-high CT value with COVID-19 severity, with p value 0,129 and 0,913 respectively. However, there was significant association between neutrophils, lymphocytes, CRP, and feritins with COVID-19 severity, each with p<0.001. ROC analysis determined optimal cut off for neutrophils (>71.5%), lymphocytes (<18.5%), CRP (>17.2 mg/dL), and feritin (270 ng/mL) for the occurrence of severe-critical COVDI-19 within 14 days symptom onset. Multivariate analysis revealed factors influencing severe-critical COVID-19 including neutrophils (aRR 1.850 [95% CI 1.482-2.311]), lymphocytes (aRR 1.877 [95% CI 1.501 – 2.348]), CRP (aRR 2.068 [95% CI 1.593 – 2.685]), and feritin (aRR 1.841 [95% CI 1.438 – 2.357]). Combination of neutrophil, lymphocytes, CRP, and feritin was the best clinical model for severe-critical COVID-19 with AUC value 0.933 (95% CI 0.902 – 0.963).

Conclusion: Neutrophils, lymphocytes, CRP, and feritin value upon admission effect COVID-19 severity within 14 days of symptom onset"

"Latar Belakang: Melihat potensi tingginya jumlah virus didalam rongga mulut, dengan bukti bahwa SARS-CoV-2 ditemukan pada reseptor ACE2, perlu upaya untuk mencegah penularan dari pasien ke praktisi melalui saliva yang terkontaminasi. Virus ini menyebar lebih cepat karena SARS-CoV-2 bereplikasi disaluran pernapasan bagian atas dengan melepaskan patogen yang berpindah dari satu orang ke orang lain saat bersin dan batuk melalui penyebaran pernapasan. Diperkirakan waktu penularan bisa terjadi sebelum gejala muncul (sekitar 2,5 hari lebih awal dari munculnya gejala). Berkumur dengan hidrogen peroksida dapat menghilangkan lapisan permukaan epitel pada mukosa mulut yang diketahui terdapat reseptor ACE2 tempat terikatnya SARS- CoV-2 dan dapat menginaktivasi virus tersebut. Pedoman sementara American Dental Association (ADA) menyarankan penggunaan 1,5% Hidrogen peroksida sebagai pilihan untuk pembilasan mulut preoperatif sebagai obat kumur antiseptik. Nilai cycle threshold yang diperoleh RT – PCR bersifat semi-kuantitatif dan mampu membedakan antara viral load tinggi dan rendah. Tujuan Penelitian: Mengevaluasi perbedaan pengaruh penggunaan obat kumur diantara berkumur hidrogen peroksida 1,5% dan hidrogen peroksida 3% terhadap nilai cycle threshold RT-PCR pada pasien COVID - 19. Metode Penelitian: 42 subjek penelitian diambil dari pasien RSUP Persahabatan yang terinfeksi SARS-CoV-2 sesuai dengan kriteria inklusi dan ekslusi. Setelah dilakukan informed consent, subjek penelitian dibagi menjadi 3 kelompok, yaitu kelompok hidrogen peroksida 1,5%, kelompok hidrogen peroksida 3% dan kelompok kontrol. Subjek penelitian berkumur 30 detik di rongga mulut dan 30 detik di tenggorokan belakang dengan 15 ml sebanyak 3 kali sehari selama 5 hari. Analisis menggunakan nilai cycle threshold pada pemeriksaan RT-PCR pada hari ke-1, hari ke-3 dan hari ke-5 setelah berkumur. Hasil: Terdapat perbedaan bermakna pada hasil uji Friedman dan peningkatan nilai cycle threshold RT-PCR dari awal, hari ke-1, hari ke-3 dan hari ke-5 di keseluruhan kelompok dan masing – masing kelompok perlakuan. Peningkatan tertinggi nilai cycle threshold RT-PCR awal hingga hari ke-1 ditemukan pada kelompok hidrogen peroksida 3%, kemudian antara hari ke-1 hingga ke-3 dan hari ke-3 hingga hari ke-5 ditemukan pada kelompok hidrogen peroksida 1,5%. Kesimpulan: Berkumur hidrogen peroksida 1,5% dan hidrogen peroksida 3% berpengaruh terhadap peningkatan nilai cycle threshold RT-PCR SARS-CoV-2. Kedua konsentrasi hidrogen peroksida 1,5% dan hidrogen peroksida 3% memberikan pengaruh positif dalam menurunkan jumlah virus di rongga mulut, sehingga pilihan penggunaan konsentrasi hidrogen peroksida yang lebih kecil bisa menjadi pilihan untuk digunakan untuk berkumur.

---

Background: Given the potential high number of viruses in the oral cavity, with evidence that SARS-CoV-2 is found at the ACE2 receptor, efforts are needed to prevent transmission from patient to practitioner through contaminated saliva. This virus spreads faster because SARS-CoV-2 replicates in the upper respiratory tract by releasing pathogens that are passed from one person to another when sneezing and coughing through respiratory spread. It is estimated that the time of transmission can occur before symptoms appear (about 2.5 days earlier than the onset of symptoms). Mouth rinse and gargling with hydrogen peroxide can remove the epithelial surface layer on the oral mucosa which is known to have ACE2 receptors where SARS-CoV-2 binds and can inactivate the virus. Interim guidelines of the American Dental Association (ADA) recommend the use of 1.5% hydrogen peroxide as an option for preoperative oral rinse as an antiseptic mouth rinse. The cycle threshold value obtained by RT-PCR is semi-quantitative and able to distinguish between high and low viral loads.

Objective: To evaluate the difference in the effect of using mouth rinse between 1.5% hydrogen peroxide and 3% hydrogen peroxide mouth rinse and gargling on the RT-PCR cycle threshold value in COVID-19 patients.

Methods: 42 subjects were patients recruited from Persahabatan General Hospital infected with SARS-CoV-2 according to the inclusion and exclusion criteria. Following informed consent procedure, the research subjects were divided into 3 groups, namely the 1.5% hydrogen peroxide group, the 3% hydrogen peroxide group and the control group. The subjects were instructed to rinse their mouths for 30 seconds and gargle for 30 seconds at the back of the throat with 15 ml of the mouth rinse 3 times a day for 5 days. Analysis of cycle threshold values was carried out using RT-PCR on day 1, day 3 and day 5 after mouth rinse and gargling.

Results: There were significant differences in the results of the Friedman test and an increase in the RT-PCR cycle threshold value starting from the beginning, day 1, day 3 and day 5 in the whole group and each treatment group. The highest increase RT-PCR cycle threshold value at day 1 was found in the 3% hydrogen peroxide group, while the increase between day 1 to 3 and day 3 to day 5 was found in the 1.5% hydrogen peroxide group.

Conclusion: Mouth rinse and gargling with 1.5% hydrogen peroxide and 3% hydrogen peroxide has an effect on increasing the cycle threshold value of the SARS-CoV-2 RT-PCR. Both 1.5% and 3% hydrogen peroxide concentration have a positive effect in reducing the number of viruses in the oral cavity, so the choice of using a lower hydrogen peroxide concentration can be an option to use for mouth rinse and gargling."

"Penelitian mengenai pengaruh remdesivir terhadap perubahan nilai cycle threshold (Ct) atau viral load masih sedikit, memiliki hasil yang berbeda-beda, dan belum pernah dilakukan pada subjek dari Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi pengaruh remdesivir terhadap perubahan nilai Ct dan keamanannya pada pasien COVID-19 derajat berat. Penelitian dilakukan secara retrospektif dengan desain kohort studi. Subjek penelitian terdiri dari kelompok remdesivir (n=80) dan non remdesivir (n=80). Pengamatan yang dilakukan adalah perubahan nilai Ct sebelum dan sesudah penggunaan antivirus pada gen ORF1ab, E, dan N, kebutuhan oksigenasi, mortalitas, kejadian yang tidak dikehendaki (KTD) dan analisis kausalitas KTD dengan Algoritma Naranjo. Hasil yang ditemukan menunjukkan remdesivir mempengaruhi peningkatan nilai Ct pada pasien COVID-19 derajat berat daripada kelompok non remdesivir, dengan peningkatan pada gen ORF1ab adalah 97,5% vs 83,8% (p=0,005), peningkatan pada gen E adalah 95% vs 81,2% (p=0,013), dan peningkatan gen N adalah 97,5% vs 82,5% (p=0,003). Hasil analisis multivariat, remdesivir mempengaruhi peningkatan gen ORF1ab 7,6 kali (95% CI: 1,600-36,449), gen E 5,1 kali (95% CI: 1,528-17,071), dan gen N 8,9 kali (95% CI: 1,864-42,265). Kebutuhan oksigenasi dan mortalitas kelompok remdesivir menunjukkan persentase yang lebih rendah daripada kelompok non remdesivir (15% vs 22,5%; p=0,311; dan 63,8% vs 70%; p=0,502). KTD lebih banyak terjadi pada kelompok remdesivir daripada kelompok non remdesivir (58,8%, vs 53,8%; p=0,633). Kejadian yang signifikan dan memiliki proporsi yang tinggi pada kelompok remdesivir adalah peningkatan ALT (p=0,037). Hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa remdesivir mempengaruhi peningkatan nilai Ct, namun menunjukkan terjadinya gangguan fungsi hati yang bermanifestasi pada peningkatan nilai ALT.

---

Studies on the effect of remdesivir on changes in the cycle threshold (Ct) values or viral load are still limited with varied results, even have never been conducted on subjects from Indonesia. This study aims to evaluate the effect of remdesivir on changes in Ct values and its safety in severe COVID-19 patients. The study was conducted retrospectively with a study cohort design. Research subjects consisted of remdesivir group (n=80) and non-remdesivir group (n=80). Observations focused on changes in the Ct values before and after antiviral use in the ORF1ab, E, and, N genes, oxygenation requirements, mortality, adverse events (AE), and AE causality analysis using the Naranjo Algorithm. The results showed that remdesivir affected the increase in Ct values in severe COVID-19 patients than the non-remdesivir group, with an increase in the ORF1ab gene was 97.5% vs. 83.8% (p = 0.005), an increase in the E gene was 95% vs 81.2% (p = 0.013), and an increase in the N gene was 97.5% vs 82.5% (p=0.003). The results of multivariate analysis showed that remdesivir increased the ORF1ab gene 7.6 times (95% CI: 1.600-36.449), the E gene 5.1 times (95% CI: 1.528-17.071), and the N gene 8.9 times (95% CI: 1.864-42.265). Oxygenation requirements and mortality in the remdesivir group showed lower percentages than the non-remdesivir group (15% vs 22.5%; p=0.311; and 63.8% vs 70%; p=0.502). AE in the remdesivir group was higher than in the non-remdesivir group (58.8%, vs. 53.8%; p=0.633). A significant event and a high proportion in the remdesivir group was an increase in ALT (p=0.037). The results of this study can be concluded that remdesivir affects the increase in Ct values, but shows the occurrence of impaired liver function which manifests in the increase in ALT values. "

"Pada akhir tahun 2019 dilaporkan beberapa kasus pneumonia di Wuhan, Cina yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit yang ditimbulkan oleh virus ini disebut sebagai coronavirus disease 2019 (COVID-19). Jumlah kasus COVID-19 terus mengalami peningkatan dan penyebarannya terjadi pada seluruh kelompok usia termasuk anak-anak. Pemeriksaan real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) telah diotorisasi oleh Food and Drug Administration (FDA) dan pada pemeriksaan ini dikenal istilah cycle threshold (Ct). Nilai Ct sering dijadikan acuan dalam menentukan tingkat keparahan penyakit pada anak, akan tetapi masih terdapat kontroversi apakah nilai Ct berhubungan dengan tingkat keparahan penyakit. Penelitian ini bermaksud mencari hubungan bermakna antara nilai Ct khususnya gen ORF1ab dan gen N dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak yang dibagi menjadi tingkat keparahan ringan dan sedang sampai kritis. Didapat 52 responden anak dalam penelitian ini, dengan 24 responden terdeteksi gen ORF1ab dan 49 responden terdeteksi gen N. Rerata nilai Ct gen ORF1ab kelompok ringan (33,5 ± 4,4) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,0 ± 6,0). Median nilai Ct gen N kelompok ringan (34,8 [21,3 – 39,4]) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,7 [19,4 – 38,9]). Tidak didapatkan hubungan bermakna baik antara nilai Ct gen ORF1ab (nilai p = 0,25) maupun gen N (nilai p = 0,159) dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak. Berdasarkan hasil penelitian ini, diperlukan berbagai pertimbangan dalam menginterpretasi nilai Ct.

---

At the end of 2019, several cases of pneumonia were reported in Wuhan, China caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The disease caused by this virus is known as Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). The number of cases of COVID-19 continues to increase and its spread occurs in all age groups including children. Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) has been authorized by the Food and Drug Administration (FDA) and in this method a cycle threshold (Ct) value were obtained. The Ct value is often used as a reference in determining the clinical severity in children, but there is still controversy whether the Ct value is related to the clinical severity. This study intends to find a significant relationship between the Ct values, especially the ORF1ab gene and the N gene, with the COVID-19 clinical severity in children which is divided into mild and moderate to critical severity. There were 52 children in this study, with 24 children have ORF1ab gene detected and 49 children have N gene detected. The mean of ORF1ab gene Ct value in mild group (33.5 ± 4.4) was higher than moderate to critical group (31.0 ± 6.0). The median of N gene Ct value ​​in mild group (34.8 [21.3 – 39.4]) was higher than moderate to critical group (31.7 [19.4 – 38.9]). There was no significant relationship between the Ct value of the ORF1ab gene (p value = 0.25) and the N gene (p value = 0.159) with COVID-19 clinical severity in children. Based on the results of this study, various considerations are needed in interpreting the Ct value."

"Latar Belakang: Infeksi severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pada pasien lansia sering berkembang menjadi berat dengan tingkat kematian yang tinggi. Tes laboratorium yang dapat digunakan sebagai prediktor keparahan dan kematian COVID-19 tidak spesifik dan sering dijumpai pada kondisi lainnya. Penelitian tentang hubungan antara nilai cycle threshold (CT) awal uji polymerase chain reaction (PCR) dengan kejadian gagal nafas dan kematian saat perawatan pada pasien lansia yang terinfeksi SARS-CoV-2 belum ada. Penelitian yang melaporkan cut-off nilai CT yang dapat digunakan untuk interpretasi atau stratifikasi risiko pada pasien lansia juga belum ada.Tujuan: Membuktikan peran nilai CT awal uji PCR untuk memprediksi kejadian gagal nafas dan kematian saat perawatan pada pasien lansia terkonfirmasi COVID-19.Metode: Penelitian ini merupakan suatu kohort retrospektif yang melibatkan pasien lansia terkonfirmasi COVID-19 yang dirawat di Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Dr Cipto Mangunkusumo (RSCM) Jakarta periode Juni 2020 sampai Desember 2021. Kriteria inklusi adalah pasien berusia ≥ 60 yang tahun memiliki diagnosis COVID-19 kasus konfirmasi dan terdapat hasil nilai CT awal uji PCR di dalam rekam medis. Kriteria eksklusi adalah rekam medis tidak ditemukan atau data tidak lengkap, pasien sudah gagal nafas atau meninggal saat datang, pasien pulang paksa atau pindah rumah sakit.Hasil: Penelitian ini melibatkan 543 subyek dengan median usia 67,59 tahun (rentang interkuartil [RIK] 63,12-73,35), sebanyak 55,6% subyek berjenis kelamin laki-laki dan 50,6% subyek memiliki dua atau lebih komorbiditas. Komorbiditas yang paling sering ditemui adalah hipertensi (55,1%), DM (39,6%), penyakit ginjal kronis (15,3%), penyakit jantung koroner (15,1%) dan kanker (10,3%). Median nilai CT awal uji PCR pada kelompok yang mengalami gagal nafas lebih rendah (23,76 vs. 28,07), p<0,001. Cut-off terbaik dari nilai CT awal uji PCR untuk memprediksi gagal nafas adalah 23,8 (sensitivitas 51,0% dan spesifisitas 76,4%). Median nilai CT awal uji PCR pada kelompok yang meninggal lebih rendah (23,55 vs. 28,14), p<0,001. Cut-off terbaik dari nilai CT awal uji PCR untuk memprediksi kematian adalah 25 (sensitivitas 60,3% dan spesifisitas 70,0%).Simpulan: Nilai CT awal uji PCR yang rendah merupakan prediktor tingginya kejadian gagal nafas dan kematian saat perawatan pada pasien lansia terkonfirmasi COVID-19 dengan nilai cut-off 23,8 dan 25 secara berturut-turut.

---

Background: Severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in elderly is often severe with a high mortality rate. Laboratory tests are not specific for predicting severity and mortality of COVID-19 and are common in other conditions. There is no study on the relationship between polymerase chain reaction (PCR) cycle threshold (CT) value with respiratory failure and mortality in hospitalized elderly patients with confirmed COVID-19. CT value-based risk stratification or interpretation in elderly is also limited by the absence of CT cut-off values.

Objective: This sudy aims to determine the role of initial PCR CT value to predict respiratory failure and mortality in hospitalized elderly patients with confirmed COVID-19.

Methods: This retrospective cohort study utilised data of elderly inpatients with confirmed COVID-19 in Cipto Mangunkusumo Hospital, Indonesia’s national general hospital from June 2020 to December 2021. The inclusion criterion was complete data of initial PCR CT value in medical records from elderly inpatients aged 60 years and older with confirmed COVID-19. Exclusion criteria were incomplete data or no medical records found, those who had respiratory failure or deceased on arrival, those who was forced dicharged or moved to another hospital.

Results: A total of 543 elderly patients were enrolled in this study. Among all, the median age was 67.59 years (interquartile range (IQR) 63.12-73.35); 55.6% patients were men and 50.6% patients had two or more comorbidities. The common comorbidities were hypertension (55,1%), diabetes mellitus (39,6%), chronic kidney disease (15,3%), coronary heart disease (15,1%) and cancer (10,3%) The median CT value of group with acute respiratory distress syndrome (ARDS) was lower (23.76 vs. 28.07), p<0.001. The best cut-off for predicting ARDS was 23.8 (sensitivity of 51.0% and specificity of 76.4%). The median CT value of non-survivor group was lower (23.55 vs. 28.14), p<0.001. The best cut-off for predicting ARDS was 25 (sensitivity of 60.3% and specificity of 70.0%).

Conclusions: A low PCR CT value is a predictor of high respiratory failure and mortality in hospitalized elderly patients with confirmed COVID-19, the best cut-off was 23.8 and 25 respectively. "

"COVID-19 telah menginfeksi ratusan juta orang dan menyebabkan kematian jutaan orang di seluruh dunia. Vaksinasi diharapkan dapat mengurangi insiden penyakit, tingkat mortalitas, maupun keparahan penyakit. Sehingga peneliti ingin mengetahui seberapa besar efek vaksinasi dalam melindungi pasien COVID-19 terhadap penyakit COVID-19 yang berat dan kematian COVID-19. Penelitian ini merupakan penelitian kohort retrospektif yang menggunakan data dari database NAR COVID-19 dan Dashboard KPCPEN Dinkes Kota Depok mulai tanggal 8 Mei 2020 hingga 20 Februari 2023 yang dianalisis menggunakan regresi logistik. Peneliti menemukan bahwa kelompok usia terbesar adalah usia 31-45 tahun (26,54%) dan terkecil adalah usia ≥ 60 tahun (10,97%). Populasi perempuan lebih besar dibandingkan laki-laki (53,36% vs 46,64%). Kemudian hanya 6.41% orang bekerja sebagai petugas kesehatan. Jumlah orang yang tidak divaksin lebih banyak dibandingkan orang yang divaksin (52,58% vs. 47,42%). Dibandingkan dengan pasien COVID-19 yang tidak divaksinasi, pasien yang divaksin mengalami penurunan risiko dirawat sebesar 45% (periode 1), 43,3% (periode 2), dan 24% (periode 3). Kemudian pasien COVID-19 yang divaksinasi mengalami penurunan risiko mortalitas sebesar 35% (periode 1), 90% (periode 2), dan 33% (periode 3). Sehingga peneliti menyimpulkan bahwa vaksinasi COVID-19 menurunkan risiko dirawat di RS dan mortalitas pasien COVID-19 pada ketiga periode sakit.

---

COVID-19 has infected and caused the deaths of millions of people in the world. And vaccination is expected to reduce the incidence, mortality, and severity of the disease. The objective of this research is to discover the effects of COVID-19 vaccination against severe disease and death of COVID-19. This was a retrospective cohort research that utilized data from the COVID-19 NAR database and the Depok City Health Department KPCPEN Dashboard from Mei 8, 2020 to February 20, 2023, and was analysed using logistic regression. We discovered that the largest age group were patients between ages 31-45 years (26.54%) and the smallest was ≥ 60 years (10.97%). There were more female patients than men (53.36% vs. 46.64%). Only 6.41% of patients were healthcare workers, and more patients were unvaccinated than vaccinated (52.58% vs. 47.42%). Compared to the unvaccinated patients, the vaccinated patients experienced a risk reduction of 45% in period 1, 43.3% in period 2, and 24% in period 3. Vaccinated patients also experienced a risk reduction for mortality of 35% in period 1, 90% in period 2, and 33% in period 3. Therefore, we conclude that COVID-19 vaccination reduces the hospitalization and mortality risks for COVID-19 patients in all 3 periods."

"COVID-19 merupakan penyakit penyebab pandemi pada akhir 2019. Perbedaan manifestasi klinis pada infeksi SARS-CoV-2 ini memicu banyak pertanyaan di kalangan peneliti dan medis. Perbedaan klinis COVID-19 tersebut dapat dipicu oleh faktor hospes, patogen maupun lingkungan. Infeksi SARS-CoV-2 terutama melalui saluran napas atas, tempat kolonisasi mikroba komensal dan patogen. Bagaimana interaksi antara mikroba yang berkolonisasi dengan SARS-CoV-2 dalam menimbulkan respons inflamasi di saluran napas atas masih belum diketahui dengan jelas. Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan antara karakteristik mikrobiota, serta rasio kadar sitokin pro- dan anti-inflamasi dari saluran napas atas dengan beratnya COVID-19.Penelitian ini merupakan studi potong lintang menggunakan 74 swab nasofaring dan orofaring di dalam viral transport medium (VTM) dari pasien COVID-19 berusia 18–64 tahun. Profil mikrobiota di saluran napas atas dan kadar IL-6, IL-1β, IFN-γ, TNF-α dan IL-10 diperiksa dengan metode sekuensing 16S ribosomal RNA dan Luminex assay, secara berurutan. Selanjutnya dilakukan analisis hubungan antara beratnya COVID-19 dengan OTU, keragaman alfa dan beta dari mikrobiota saluran napas atas.Lima filum terbanyak di saluran napas pasien COVID-19 di Indonesia berusia 18-64 tahun adalah Firmicutes (32,3%), Bacteroidota (27,1%), Fusobacteriota (15,2%), Proteobacteria (15,1%) dan Actinobacteria (7,1%). Analisis indeks Shannon dan ACE menunjukkan bahwa tidak ada penurunan keragaman microbiota saluran napas atas dengan bertambah beratnya penyakit. Namun, ada perbedaan bermakna keragaman beta pada mikrobiota saluran napas atas antara COVID-19 ringan dan berat. Keberlimpahan filum Firmicutes (p = 0,012), dan genus Streptococcus (p = 0,033) dan Enterococcus (p = 0,031) lebih tinggi pada COVID-19 berat dibandingkan yang ringan, sedangkan keberlimpahan filum Fusobacteriota (p = 0,021), Proteobacteria (p = 0,030), Campilobacterota (p = 0,027), genus Neisseria (p = 0,008), dan Fusobacterium (p = 0,064), spesies Porphyromonas gingivalis (p = 0,018), Fusobacterium periodonticum (p = 0,001) dan Fusobacterium nucleatum (p = 0,022) lebih tinggi pada COVID-19 ringan dibandingkan berat. Keberadaan bakteri Prevotella buccae (p = 0,005) dan Prevotella disiens (p = 0,043) lebih rendah pada COVID-19 berat. Rasio TNF-α/IL-10 lebih tinggi pada COVID-19 berat (p < 0.05). Selanjutnya, rasio IL-6/IL-10, IFN-γ/IL-10, dan IL-1β/IL-10 juga lebih tinggi pada COVID-19 berat, namun tidak berbeda bermakna jika dikaitkan dengan beratnya penyakit.Penelitian ini mendukung adanya hubungan antara karakteristik mikrobiota di saluran napas atas dengan beratnya COVID-19 pada pasien dewasa. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memeriksa mekanisme bagaimana mikrobiota mencegah beratnya COVID-19. Rasio TNF-α/IL-10 dari saluran napas dapat menjadi prediktor beratnya penyakit dan sebagai alternatif pemeriksaan kadar sitokin pada COVID-19 yang kurang invasif dibandingkan serum.

---

COVID-19 is a disease that caused a pandemic at the end of 2019. Clinical manifestations difference in SARS-CoV-2 infection has raised many questions in research and medical provider. The clinical differences in COVID-19 can be triggered by host, pathogen and environmental factors. SARS-CoV-2 mainly enters through the upper airway, with colonization of commensal and pathogenic microbes. How the interaction between colonized microbes and SARS-CoV-2 in causing an inflammatory response in the upper airway is still not clearly known. Therefore, we examined the association between the diversity of microbiota, pro- and anti-inflammatory cytokines ratio of upper respiratory and COVID-19 severity.

This research is an observational cross-sectional study using 74 nasopharyngeal and oropharyngeal swabs in viral transport medium from COVID-19 patients aged 18-64 years. We examined microbiota profile in the upper airway using 16S ribosomal RNA sequencing method and levels of IL-6, IL-1β, IFN-γ, TNF-α and IL-10 were examined by Luminex assay. We also examined the association between COVID-19 severities with OTU analysis, alpha and beta diversity of upper respiratory microbiota.

The top five phyla in upper respiratory tract of Indonesian COVID-19 patients with aged of 18–64 years old were Firmicutes (32,3%), Bacteroidota (27,1%), Fusobacteriota (15,2%), Proteobacteria (15,1%) and Actinobacteria (7,1%). Shannon and ACE index analysis showed no decline of microbiota diversity in upper airway with the increase of disease severity. However, there were significant differences of beta diversity in the upper airway microbiota between mild and severe COVID-19. The abundance of the Firmicutes phylum (p = 0,012), Streptococcus (p = 0,033) and Enterococcus (p = 0,031) genera were significantly higher in severe COVID-19 than mild, while the abundance of the Fusobacteriota (p = 0,021), Proteobacteria (p=0,030), and Campilobacterota (p = 0,027) phyla, Neisseria (p = 0,008), and Fusobacterium (p = 0,064) genera, Porphyromonas gingivalis (p = 0,018), Fusobacterium periodonticum (p = 0,001) and Fusobacterium nucleatum (p = 0,022) species were significantly higher in mild. The presence of Prevotella buccae (p=0.005) and Prevotella disiens (p=0.043) bacteria was lower in severe COVID-19. The TNF-α/IL-10 ratio was significantly higher in severe COVID-19 (p < 0.05). Furthermore, IL-6/IL-10, IFN-γ/IL-10, and IL-1β/IL-10 ratio was also higher in severe, but those were not significantly related to the disease severity.

This research supports the relationship between the severity of COVID-19 and microbiota diversity in the upper airway in adults. Further studies are needed to examine the mechanism by which microbiota prevents the COVID-19 severities. The ratio of TNF-α/IL-10 from upper airway swab may be as a predictor of disease severity and alternative for examining cytokine levels in COVID-19 which is less invasive than serum."

"Kadar vitamin D darah diketahui berhubungan dengan perbaikan disregulasi imunitas dengan menekan badai sitokin, sehingga mencegah perburukan klinis pasien COVID-19. Namun, uji klinis terkait efek suplementasi vitamin D terhadap pasien COVID-19 masih belum konsisten. Tujuan penelitian ini adalah menggabungkan secara sistematis temuan terkait suplementasi vitamin D terhadap derajat keparahan dan mortalitas pasien COVID-19. Penelusuran literatur dilakukan di pangkalan data Pubmed, Cochrane, Science Direct, ProQuest, MedXriv, WileyOnline Library, dan Scopus pada 27 September 2020. Studi yang menilai efek suplementasi vitamin D terhadap derajat keparahan dan mortalitas pasien COVID-19, tanpa adanya restriksi desain studi, diinklusi dalam penelitian ini. Penilaian kualitas studi dilakukan oleh tiga panelis. Empat studi dengan kualitas rendah hingga sedang diikutsertakan dalam penelitian. Seluruh studi melaporkan risiko mortalitas, dan tiga di antaranya yang melaporkan derajat keparahan. Dua dari tiga studi ini sepakat bahwa pasien dengan suplementasi vitamin D mengalami risiko keparahan penyakit yang signifikan lebih rendah dibandingkan dengan tanpa suplementasi. Satu studi lainnya menemukan tidak adanya perbedaan bermakna, meskipun proporsi terjadinya COVID-19 derajat berat lebih tinggi ditemukan pada kelompok tanpa suplementasi. Berkaitan dengan mortalitas, tiga dari empat studi melaporkan suplementasi vitamin D merupakan faktor protektif dari risiko mortalitas pasien COVID-19. Satu studi lainnya, dengan validitas yang rendah dan risiko bias yang tinggi, melaporkan bahwa pasien dengan suplementasi vitamin D lebih banyak mengalami kematian dibandingkan dengan pasien tanpa suplementasi. Peneliti menyimpulkan bahwa terdapat perbedaan derajat keparahan dan risiko mortalitas antara pasien COVID-19 yang mendapatkan suplementasi vitamin D dengan tanpa suplementasi vitamin D. Suplementasi vitamin D menjadi faktor protektif terjadinya keparahan kondisi dan mortalitas pasien COVID-19.

---

Vitamin D levels are known to be associated with improved immunity dysregulation by suppressing cytokine storms to prevent clinical worsening of COVID-19 patients. However, clinical trials regarding the effects of vitamin D supplementation on COVID-19 patients are still inconsistent. This study aimed to systematically analyze the vitamin D supplementation’s effect on the severity and mortality risk of COVID-19 patients. A literature search was conducted in Pubmed, Cochrane, Science Direct, ProQuest, MedXriv, WileyOnline Library, and Scopus on 27 September 2020. Studies assessing the effect of vitamin D supplementation on the severity and mortality of COVID-19 patients were included without any study design restrictions. Three authors carried out the study quality assessment. Four studies of low to moderate quality were included in the study. All studies reported a risk of mortality, and three of them reported the degree of severity. Two of the three studies agreed that patients with vitamin D supplementation had a significantly lower risk of disease severity than those without supplementation. One other study found no significant difference, although a higher proportion of severe COVID-19 was recorded in the group without supplementation. Three of the four studies reported vitamin D supplementation as a protective factor for mortality in COVID-19 patients. With low validity and a high risk of bias, one of the studies reported that a group of vitamin D supplements had a higher death rate than the group without supplementation. Researchers concluded that there were differences in the degree of severity and risk of mortality between COVID-19 patients given vitamin D supplementation and COVID-19 patients without vitamin D supplementation. Vitamin D supplementation was a protective factor in the severity and mortality risk of COVID-19 patients."

"Latar Belakang: Reseptor ACE2 tidak hanya terdapat pada paru-paru, tetapi juga pada saluran pencernaan yang memungkinkan terjadinya infeksi SARS-COV-2 pada enterosit, menimbulkan manifestasi klinis gastrointestinal, dan terdeteksinya RNA virus pada pemeriksaan swab anal. Studi lain di seluruh dunia menunjukkan hasil yang berbeda-beda serta belum didapatkan penelitian serupa di Indonesia. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui luaran klinis infeksi COVID- 19 pada pasien yang dilakukan swab anal, mendapatkan hubungan hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal dan derajat keparahan pada pasien COVID-19 di Indonesia. Metode: Merupakan cabang penelitian dari penelitian utama yang berjudul “Nilai RT-PCR Swab Anal untuk Diagnosis COVID-19 pada Orang Dewasa di Indonesia”. Penelitian ini merupakan studi analitik dengan desain potong lintang. Sampel penelitian merupakan pasien COVID-19 yang menjalani rawat inap di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), RS Mitra Keluarga Depok, RS Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan RS Ciputra selama periode April 2020 sampai dengan Januari 2021. Dikumpulkan data demografi, manifestasi klinis, derajat keparahan, dan hasil swab anal PCR SARS-CoV-2.Hasil: 136 subjek penelitian dengan swab nasofaring positif dianalisis. 52 pasien (38,2%) dengan swab anal PCR SARS-CoV-2 positif dan 84 pasien (61,8%) dengan swab anal negatif. Manifestasi klinis saluran cerna tersering, yaitu: mual-muntah 69 pasien (50,7%), nafsu makan menurun sebanyak 62 pasien (45,6%), dan nyeri perut sebanyak 31 pasien (22,8). Terdapat 114 pasien (83,8%) tergolong dalam derajat ringan-sedang dan 22 pasien (16,2%) tergolong dalam berat-kritis. Terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual-muntah (nilai p 0,031). Tidak terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan (nilai p 0,844).Simpulan: Terdapat hubungan antara hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual- muntah dan tidak terdapat hubungan antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS- CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan infeksi COVID-19.

---

Background: ACE2 receptor is not only found in the lungs, but also in the digestive tract, which allows the occurrence of enterocyte infection, gastrointestinal clinical manifestations, and detection of viral RNA on anal swab PCR. Studies around the world show various results, yet there has been no similar study to be found in Indonesia.

Objective: This study aims to determine the clinical outcome of COVID-19 patients with gastrointestinal manifestations who were tested by anal swab, the relationship between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations as well as the severity of COVID-19 patients in Indonesia.

Methods: This research is a branch of study titled. The Value of Anal Swab RT- PCR for COVID-19 Diagnosis in Adult Indonesian Patients. This is an analytical study with cross-sectional design. Samples were obtained from hospitalized COVID-19 patients at RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), Mitra Keluarga Hospital Depok, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital from April 2020 to January 2021. Demographic data, clinical manifestations, severity, and SARS-CoV-2 PCR anal swab were collected.

Results: 136 subjects with positive nasopharyngeal swab were analyzed. Result showed that 52 patients (38.2%) had positive anal swabs PCR SARS-CoV-2 and 84 patients (61.8%) had negative anal swabs. Common gastrointestinal clinical manifestations were: nausea and vomiting in 69 patients (50.7%), anorexia in 62 patients (45.6%), and abdominal pain in 31 patients (22.8). There were 114 patients (83,8%) classified as mild-moderate and 22 patients (16,2%) as severe-critical. There was a statistically significant relationship between anal swab PCR for SARS- CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea- vomiting) (p value 0.031). There was no statistically significant relationship found between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with the severity of COVID- 19 infection (p value 0.844).

Conclusions: There is a relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea-vomiting) and there is no relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with severity of COVID-19 infection."

"Latar Belakang: Beberapa studi menunjukkan karakteristik sindrom metabolik berhubungan dengan prognosis yang lebih buruk pada pasien COVID-19. Hal ini meningkatkan pemikiran bahwa resistensi insulin (RI) mempunyai peran penting dalam memediasi keparahan penyakit.Tujuan: Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui proporsi dan karakteristik pasien COVID-19 yang terjadi RI, serta untuk menganalisa hubungan antara parameter RI ( HOMA-IR dan indeks TyG) dengan luaran klinis pasien COVID-19.Metode: Dengan subjek penelitian sebanyak 288 orang, desain penelitian ini adalah studi potong lintang untuk hubungan antara parameter RI dengan derajat keparahan COVID-19, dan studi kohort retrospektif untuk hubungan antara parameter RI dengan perburukan derajat penyakit dan/atau mortalitas. Dilakukan analisa multivariat untuk mengetahui pengaruh variabel perancu pada hubungan tersebut.Hasil: Proporsi subjek yang terjadi resistensi insulin lebih kecil daripada yang tidak terjadi (berdasar: HOMA-IR: 42% vs 58%; indeks TyG:43% vs 57%), dan mempunyai karakteristik komorbiditas yang mendominasi adalah DM, sedangkan pada kelompok non resistensi insulin didominasi oleh HT. Pada hubungannya dengan derajat COVID-19 saat admisi, baik HOMA-IR dan indeks TyG secara signifikan lebih tinggi pada COVID-19 derajat berat (asimtomatik-ringan vs sedang vs berat: HOMA-IR=2,71 (1,68-4,02) vs 3,35 (2,06-5,73) vs 6,11 (3,35-10,43), p=0,001; indeks TyG=8,51 (SB 0,75) vs 8,81 (SB 0,73) vs 8,98 (SB 1,03), p=0,002). Perbedaan nilai yang signifikan ini juga didapatkan pada hubungannya dengan terjadinya perburukan (ya vs tidak: HOMA-IR=4,15 (2,89-6,59) vs 2,76 (1,74-4,91), p=<0,001; indeks TyG=8,92 (SB 0,78) vs 8,64 (SB 0,75), p=0,015). Pada analisis multivariat didapatkan indeks TyG berhubungan signifikan dengan derajat COVID-19 saat admisi (fully adjusted OR: 1,984 (1,020-3,860), p=0,044), namun pada HOMA-IR tidak didapatkan hubungan signifikan setelah dilakukan adjustment terhadap variabel perancu. Pada hubungan dengan terjadinya perburukan, baik HOMA-IR maupun indeks TyG tidak terbukti berhubungan signifikan setelah dilakukan adjustment terhadap variabel perancu.Simpulan: Dari temuan bahwa karakteristik antara kelompok RI dan non-RI ternyata mayoritas serupa, belum menimbulkan perbedaan fenotip, menimbulkan pemikiran bahwa kondisi resistensi insulin yang terjadi adalah suatu resistensi insulin akut yang disebabkan COVID-19. Adanya RI yang bersifat akut ini harus diwaspadai oleh para klinisi yang merawat pasien COVID-19. Dengan adanya hubungan signifikan antara indeks TyG dengan derajat COVID-19 saat admisi, disimpulkan indeks TyG dapat menjadi petanda kelainan metabolik yang terjadi akibat infeksi COVID-19.

---

Background: Several studies show metabolic syndrome characteristics are associated with a worse prognosis in COVID-19 patients. This increases the idea that insulin resistance (IR) has an important role in mediating the severity of the disease.

Objective: This study was conducted to determine the proportion and characteristics of COVID-19 patients who the IR occur, as well as to analyze the relationship between IR markers (HOMA-IR and TyG index) with the clinical outcomes of COVID-19 patients

Methods: With 288 study subjects, the design of this study was a cross-sectional study for the association between IR parameters and COVID-19 severity, and a retrospective cohort study for the association between IR parameters and worsening degrees of disease and/or mortality. Multivariate analysis was carried out to determine the influence of confounding variables on the association.

Results: The proportion of subjects who occurred insulin resistance was smaller than those that did not occur (based on: HOMA-IR: 42% vs 58%; TyG index:43% vs 57%), and had a predominate comorbidity characteristic was DM, while in the non-insulin resistance group it was dominated by HT. In relation to the degree of COVID-19 at admission, both the HOMA-IR and the TyG index were significantly higher in severe degree COVID-19 (asymptomatic-mild vs moderate vs severe: HOMA-IR=2.71 (1.68-4.02) vs 3.35 (2.06-5.73) vs 6.11 (3.35-10.43), p=0.001; index TyG=8.51 (SB 0.75) vs 8.81 (SB 0.73) vs 8.98 (SB 1.03), p=0.002). This significant difference in values was also found in relation to the occurrence of aggravation (yes vs no: HOMA-IR=4.15 (2.89-6.59) vs 2.76 (1.74-4.91), p=<0.001; TyG index=8.92 (SB 0.78) vs 8.64 (SB 0.75), p=0.015). In the multivariate analysis, the TyG index was significantly associate with the degree of COVID-19 at admission (fully adjusted OR: 1.984 (1.020-3.860), p = 0.044), but in HOMA-IR there was no significant association after adjustments were made to the confounding variable. In association with the occurrence of aggravation, neither the HOMA-IR nor the TyG index proved to be significantly related after adjustments were made to the confounding variables.

Conclusions: From the findings that the characteristics between the IR and non-IR groups turned out to be mostly similar, not yet causing phenotype differences, it gave rise to the thought that the condition of insulin resistance that occurs is an acute insulin resistance caused by COVID-19. The existence of this acute RI must be aware by clinicians who treat COVID-19 patients. With the significant relationship between the TyG index and the degree of COVID-19 at the time of admission, it is concluded that the TyG index can be a map of metabolic abnormalities that occur due to COVID-19 infection.

"