Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Lautan merupakan sumber produk alami yang unik secara struktural yang sebagian besar terakumulasi dalam organisme hidup dimana mereka menunjukkan aktivitas farmakologis yang beragam dan sangat membantu untuk penemuan senyawa bioaktif. Namun studi mengungkapkan bahwa sumber daya alam laut ini belum sepenuhnya dieksplorasi. Penelitian ini bertujuan untuk menyusun data senyawa kimia sebagai dasar pembuatan pangkalan data bahan alam laut. Informasi tentang sifat fisikokimia, farmakokinetika, dan aktivitas biologis dari senyawa-senyawa tersebut akan dikumpulkan dan disusun secara sistematis dalam pangkalan data yang dapat diakses oleh peneliti, ilmuwan, dan pihak terkait lainnya. Parameter sifat  fisikokimia diprediksi menggunakan aplikasi KNIME, parameter ADMET (absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas) diprediksi menggunakan ADMETlab 2.0, dan informasi aktivitas biologis diperoleh dengan menggunakan metode pengumpulan data dari sumber-sumber yang terpercaya, seperti jurnal ilmiah. Tinjauan ini merangkum keragaman senyawa-senyawa bioaktif yang diisolasi alga, echinodermata, fungi laut, spons, karang lunak, dan tunikata dengan keragaman struktural yang didominasi oleh senyawa alkaloid, terpenoid, dan fenolik serta merangkum fungsi biologis dari senyawa bioaktif diantaranya sebagai antikanker, antidiabetes, antibakteri, antijamur, antivirus. Harapannya dapat menjadi  sebagai sumber informasi berharga bagi penelitian lanjutan, memberikan pemahaman yang lebih baik tentang potensi dan aplikasi bahan alam laut serta peluang dalam pengembangan obat.

---

The ocean is a source of structurally unique natural products most of which accumulate in living organisms where they exhibit diverse pharmacological activities and are helpful for the discovery of bioactive compounds. However, studies revealed that these marine natural resources have not been fully explored. This study aimed to compile data on chemical compounds as a basis for creating a database of marine natural materials. Information on the physicochemical properties, pharmacokinetics and biological activities of these compounds will be collected and arranged systematically in a database that can be accessed by researchers, scientists and other related parties. Physicochemical property parameters were predicted using the KNIME application, ADMET parameters (absorption, distribution, metabolism, excretion, toxicity) were predicted using ADMETlab 2.0, and biological activity information was obtained using data collection methods from reliable sources, such as scientific journals. This review summarized the diversity of bioactive compounds isolated from algae, echinoderms, marine fungi, sponges, soft corals, and tunicates with structural diversity dominated by alkaloids, terpenoids, and phenolic compounds and summarized the biological activities of bioactive compounds including as anticancer, antidiabetic, antibacterial, antifungal, antiviral. This research is expected to be a valuable source for further research, providing a better understanding of the potential and application of marine natural ingredients as well as opportunities in drug development."

"Ekosistem laut menawarkan sumber daya ekologis yang berlimpah dan memberikan peluang besar dalam penemuan metabolit sekunder baru yang memiliki manfaat ilmiah dan kesehatan. Namun, pengembangan obat dari organisme laut sering menghadapi kendala sulitnya mendapatkan bahan komplementer yang cukup, waktu yang lama, biaya yang mahal, dan eksploitasi berlebihan terhadap sumber daya laut. Pendekatan komputasi (in silico) digunakan untuk mengatasi masalah tersebut dan telah menjadi alternatif yang lebih mudah diakses, lebih murah, dan lebih cepat daripada pendekatan konvensional. Pada pendekatan komputasi dibutuhkan pangkalan data dengan struktur tiga dimensi yang sesuai. Struktur tiga dimensi perlu dioptimasi dan divalidasi untuk meningkatkan validitas pangkalan data. Dalam penelitian-penelitian sebelumnya, terdapat sebanyak 770 senyawa kimia bahan alam laut yang belum dihimpun menjadi satu pangkalan data. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan force field MMFF94, memvalidasi struktur tiga dimensi tersebut dengan visualisasi struktur, serta membangun pangkalan data senyawa kimia dari bahan alam laut.  Pada penelitian ini, diperoleh masing-masing 760 struktur tiga dimensi dengan format file MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), dan Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt). Berdasarkan hasil visualisasi, struktur tiga dimensi dengan format MDL Sdfile (sdf) dan Tripos Mol2 (mol2) memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan kerusakan paling sedikit dan sesuai dengan struktur tiga dimensi referensi.

---

Marine ecosystems offer abundant ecological resources and provide great opportunities for the discovery of new secondary metabolites that have scientific and health benefits. However, the development of marine natural compounds often faces difficulties, such as obtaining sufficient complementary materials, long time needed, high costs, and over-exploitation of marine resources. The application of the computational method (in silico) resolves those problems and has become a more accessible, cheaper, and faster alternative than the conventional method. The computational method requires a database with a valid three-dimensional structure. The three-dimensional structure needs to be optimized and validated to increase the validity of the database. In previous studies, 770 marine natural chemical compounds were identified and haven’t been collected into one database. Therefore, this study aimed to optimize the three-dimensional structure of marine natural materials with the MMFF94 force field, validate the three-dimensional structure with structural visualization, and establish a database of marine natural compounds. In this study, 760 three-dimensional structures were obtained in the MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), and Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt) file format. Based on the visualization results, the three-dimensional structure with the MDL Sdfile (sdf) and Tripos Mol2 (mol2) formats gives the best results of a three-dimensional structure with the least damage and matched with the reference."

"Kanker paru-paru merupakan salah satu jenis kanker yang paling banyak diderita, terutama di negara dengan jumlah perokok dan tingkat polusi yang tinggi seperti Indonesia. Dalam beberapa tahun belakangan, perkembangan obat kanker paru jenis karsinoma bukan sel kecil diarahkan pada pengobatan multitarget karena pada pengobatan target tunggal sering kali proliferasi sel tumor dapat diaktifkan kembali melalui jalur yang lain seperti angiogenesis. Eksplorasi senyawa bioaktif dari bahan laut, termasuk fungi laut, telah mendapat perhatian khusus akhir-akhir ini sebagai pengobatan antikanker. Pada penelitian ini dilakukan pembuatan pangkalan data dan penapisan secara in silico untuk memperoleh senyawa aktif fungi laut yang berpotensi sebagai inhibitor EGFR-TK dan VEGFR2 kinase, yang masing-masing berperan sebagai agen antiproliferatif dan antiangiogenesis, menggunakan AutoDock dan Vina. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan tiga senyawa aktif sebagai inhibitor EGFR-TK (FU0015, FU0051, dan FU0202), satu senyawa aktif sebagai inhibitor VEGFR-2 kinase (FU0033), serta 17 senyawa potensi inhibitor multitarget (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). Seluruh senyawa aktif tersebut berasal dari filum Ascomycota sehingga diharapkan dapat dilakukan eksplorasi lebih lanjut fungi laut dari filum Ascomycota.

---

Lung cancer is one of the most common type of cancer, especially in countries with high numbers of smokers and high levels of pollution such as Indonesia. In the past few years, drug development of non-small cell lung cancer has been directed to a multitarget treatment as oftentimes on a single-targeted treatment proliferation of tumor cells can be reactivated via other pathways such as angiogenesis. Exploration of bioactive compounds from marine materials, including marine fungi, for anticancer treatment has become a major concern lately. In this research, database was created and in silico screening was conducted to obtain potential marine fungi active compounds as EGFR-TK and VEGFR2 kinase inhibitor, for each act as antiproliferative and antiangiogenesis agents, by using AutoDock and Vina. Based on these screening results have been identified three active compounds as the inhibitor of EGFR-TK (FU0015, FU0051, and FU0202), one active compound as the inhibitor of VEGFR-2 kinase (FU0033), and 17 compounds that potentially become a multitarget inhibitor (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). All of these active compounds are from Ascomycota phylum so that further marine fungi exploration can be conducted from Ascomycota phylum."

"Rumput laut merupakan sumber daya hayati laut yang mempunyai nilai ekonomis tinggi yang memiliki potensi yang besar untuk dikembangkan sebagai budidaya. Kecamatan Sumur adalah satu-satunya tempat yang membudidayakan rumput laut di Kabupaten Pandeglang. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memberikan informasi Wilayah Budidaya Rumput Laut dan pengaruhnya terhadap peningkatan pendapatan penduduk di Kecamatan Sumur, Kabupaten Pandeglang. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode analisis deskriptif dan survei (wawancara). Karakteristik wilayah budidaya rumput laut yang jumlah produksinya tinggi di Kecamatan Sumur adalah wilayah yang memiliki keterlindungan perairan, jumlah tenaga kerja banyak, jarak yang dekat dengan jalan, dan modal yang besar dibandingkan dengan metode budidaya dan pemasaran. Rata-rata petani rumput laut mendapatkan peningkatan pendapatan sekitar dua hingga delapan kali lipat dari pekerjaan sebelumnya.

---

Seaweed is a marine biological resources that have a high economic value that has great potential to be developed as a cultivation. Kecamatan Sumur is the only place that cultivating seaweed in Kabupaten Pandeglang. The purpose of this research is to provide information on seaweed farming region and its influence on increasing income residents in the Kecamatan Sumur, Kabupaten Pandeglang. Methods of this research is descriptive analysis methods and survey (interview). Result of this research is the characteristic of cultivation region of seaweed with high production has a protected waters, has a lot of labor, easy accessibility, has the ability to big budget as compared of cultivation method and marketing. An average of seaweed farmers get increased revenue about two up to eight fold from the previous job. "

"

Indonesia merupakan negara kepulauan yang memiliki banyak kekayaan dari bahan alam laut. Flora dan fauna laut terbukti menghasilkan senyawa kimia yang dapat menghasilkan senyawa bioaktif. Akan tetapi, hingga saat ini penelitian senyawa kimia bahan laut untuk menjadi kandidat obat masih minim sekali. Hal ini disebabkan belum tersedianya pangkalan data senyawa kimia bahan laut yang lengkap dan gratis untuk dilakukan penelitian in silico. Penelitian ini bertujuan membuat pangkalan data senyawa kimia bahan laut yang lengkap dan gratis agar pangkalan data dapat membantu penelitian in silico untuk pengembangan obat baru dari bahan laut. Penelitian ini diawali dengan mengumpulkan data-data senyawa kimia bahan laut yang pernah dilakukan Fakultas Farmasi Universitas Indonesia. Kemudian dilakukan optimasi dan validasi struktur menggunakan metode MMFF94 dan AM1-BCC, pengumpulan parameter fisikokimia dan informasi ADME/T serta sumber referensinya. Setelah data-data ini berhasil dikumpulkan, dibuatkanlah basis data menggunakan bahasa pemrograman PHP/MySQL yang dapat diakses menggunakan website. Pangkalan data senyawa kimia bahan laut ini dapat diakses secara gratis melalui laman sementara  https://marine-db.vercel.app/ dan akan dipindah ke marinedb.herbaldb.info diharapkan dapat memperbanyak penelitian obat dari senyawa kimia bahan laut dilakukan.

---

Indonesia is a country that consists of many island which has a lot of wealth from natural marine materials. Marine flora and fauna have been proven to produce chemical compounds that can produce bioactive compounds. However, until now research on chemical compounds from marine materials to become drug candidates is still minimal. This is due to the unavailability of a complete and free database of marine chemical compounds for in silico research. This research aims to create a complete and free database of marine chemical compounds so that the database can assist in silico research for the development of new drugs from marine ingredients. This research began by collecting data on chemical compounds from marine materials which had been carried out by the Faculty of Pharmacy, University of Indonesia. Then optimization and validation of the structure were carried out using the MMFF94 and AM1-BCC methods, collecting physicochemical parameters and ADME/T information as well as reference sources. After this data has been collected, a database is created using the PHP/MySQL programming language which can be accessed using the website. The marine compound database temporarily accessible at https://marine-db.vercel.app/and will be migrated to marinedb.herbaldb.info is expected to improve drug discovery and development from marine bioactive compounds.

 

"

"Fukoidan dikenal sebagai polisakarida sulfat dengan senyawa penyusun utama fukosa dan sulfat, dapat dimanfaatkan sebagai antikoagulan dalam proses pembekuan darah. Fukoidan umumnya diperoleh dari rumput laut coklat, namun penelitian mengenai fukoidan ini belum banyak dilakukan, khususnya di Indonesia, oleh karena itu perlu dilakukan penelitian lebih lanjut mengingat fukoidan mempunyai banyak bioaktivitas. Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi fukoidan yang ada dalam rumput laut coklat Sargassum crassifolium serta uji aktivitasnya sebagai antikoagulan. Metode isolasi fukoidan dilakukan dengan ekstraksi asam lemah dan diendapkan dengan etanol. Untuk memisahkan fukoidan dengan alginat ditambahkan CaCl2. Ekstrak fukoidan dimurnikan dengan resin penukar anion Sephadex A-25 dan eluen NaCl. Fukoidan dikarakterisasi dengan FT-IR, penentuan berat molekul, penentuan sulfat, analisa unsur dan monosakarida penyusun fukoidan serta uji aktivitasnya sebagai antikoagulan. Berdasarkan pemisahan kolom diperoleh 5 fraksi, dengan rendemen tertinggi pada fraksi kedua. Hasil total rendemen fukoidan diperoleh 1,46% dari berat awal tepung rumput laut, terdapat gugus sulfat pada bilangan gelombang 820 cm-1, berat molekul (5,8 ? 7,71) x 104 Dalton, analisa komposisi unsur (C 22%; H 4,4 %; N 0,18%; S 0,78%), monosakarida penyusun fukoidan yang ditemukan fukosa dan galaktosa dengan rasio mol 1: 1,5. Hasil uji aktivitas fukoidan yang diperoleh dilihat dari perpanjangan nilai APTT nya mempunyai perbedaan signifikan antara kontrol dengan darah yang mengandung fukoidan pada konsentrasi 100 µg/mL (berbeda 25 detik), hal ini menunjukkan bahwa fukoidan berpotensi sebagai antikoagulan.

---

Fucoidan is group of marine sulfated polysaccharides containing large proportions of L-fucose and sulfate, can be used as an anticoagulant on blood coagulation. Fucoidans from brown seaweed in Indonesia has not received much attention, this research was conducted to isolate and characterize fucoidan in brown algae, Sargassum crassifolium., and also to test its activity as anticoagulant. Method used to isolate the fucoidan was extraction by weak acid which followed by precipitation in ethanol. To separate the fucoidan and alginate, CaCl2 was used. Extract containing fucoidan was purified using anion ? exchange chromatography Sephadex A-25 and eluent NaCl. Fucoidan was characterized using FT ? IR, molecular weight determination, sulphate determination, organic compounds and monosaccharide of composition, and activity test as anticoagulant.

Based on column chromatography, 5 fractions were obtained with the highest yield at second fraction. Total yield of fucoidan was 1.46% (w/w), sulphate group was found on 820 cm-1 wave number, molecular weight (5.8 ? 7.71) x 104 Dalton, elementel analysis (C 22%; H 4.4%; N O, 18%; S O, 78%). The fucoidan was composed of fucose and galactose with an approximately ratio of 1.0 : 1.5. Based on APTT test, there is significant difference between activities of controlled fucoidan and treated at concentration 100 µg/mL. Therefore this fucoidan has potential candidate for an anticoagulant as alternative to heparin."

"Sekuestrasi karbon pada makroalga melalui fotosintesis dapat berkontribusi terhadap permasalahan perubahan iklim. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi sekuestrasi karbon pada makroalga Kappaphycus striatum dengan umur pemeliharaan yang berbeda; usia bibit (25 hari) dan usia panen (60 hari). Sampel diambil secara acak pada sistem budidaya lepas dasar, di Desa Alaang, Pulau Alor, Nusa Tenggara Timur. Parameter yang diamati ialah kadar karbon melalui analisis gravimetri. Pengukuran laju pertumbuhan dan eksperimen botol gelap-terang juga dilakukan untuk dianalisis lebih lanjut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa potensi sekuestrasi karbon pada lahan budidaya rumput laut seluas 1,552 m2 ialah sebesar 13.28 ton C/siklus tanam untuk makroalga usia bibit dan 26.23 ton C/siklus tanam untuk makroalga usia panen. Nilai ini secara berturut-turut setara dengan 66.07 ton C/ha/siklus tanam dan 125.51 ton C/ha/siklus tanam. Berdasarkan hal ini, potensi sekuestrasi karbon pada makrolaga usia panen 32.78 % lebih besar daripada makroalga usia bibit. Hasil juga menunjukkan bahwa potensi sekuestrasi karbon dapat dipengaruhi oleh laju pertumbuhan dan produktivitas primer. Selanjutnya, manajemen kawasan budidaya rumput laut dengan mengintegrasikan nilai ekologi dan nilai ekonomi, dapat berpotensi untuk menyediakan berbagai manfaat baik bagi masyarakat maupun lingkungan.

---

Carbon sequestration on macroalgae through photosynthesis can contribute to the mitigation of climate change problem. This research aimed to analyse carbon sequestration potential on macroalgae Kappaphycus striatum with different harvested ages; i.e. young (25 days) and adult (60 days). Samples were collected randomly from off-bottom seaweed aquaculture system, at Alaang Village, Alor Island, East Nusa Tenggara. The parameter observed was carbon content determined by using gravimetric analysis. Growth rate measurement and light-dark bottle experiment were also conducted to be further analysed. Results showed that total area of seaweed aquaculture in Alaang Village was 1,552 m2. According to our analysis, it was estimated that the carbon sequestration potential of macroalgae Kappaphycus striatum was 13.28 tonnes C/cycle for young and 26.63 tonnes C/cycle for adult. These results were equal to 66.07 tonnes C/ha/cycle and 125.51 tonnes C/ha/cycle, respectively. Therefore, the carbon sequestration potential of adult was higher about 32.78% than that of young. It can be concluded that the carbon sequestration potential was influenced by growth rate and primary productivity. Further study on sustainable management of seaweed aquaculture sites, by considering ecological and economic values, could potentially provide multiplefunctions both for human and ecosystem."