Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 179579 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Windya Fajira
"Penyakit gugur daun Pestalotiosis sp. (PGDP) merupakan salah satu penyebab penurunan produksi lateks di Indonesia karena mampu menggugurkan 90% kanopi Hevea brasiliensis. Gejala pada PGDP yaitu timbul bercak cokelat pada permukaan daun. Upaya penanganan PGDP dapat dilakukan pengembangan klon tanaman karet unggul yang diawali dengan analisis ekspresi gen ketahanan. Salah satu gen ketahanan yang berperan pada sistem pertahanan pertama adalah gen Hevea brasiliensis Poliphenol Oxidase (HbPPO) yang dapat mengaktivasi sistem Reactive Oxygen Species (ROS). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui perbandingan profil ekspresi HbPPO pada tanaman karet sehat, mengalami luka, dan terinfeksi Pestalotiopsis sp. serta perbandingan profil ekspresi HbPPO pada tanaman karet klon moderat IRR 112 dan rentan GT 1 di hari ketiga dan keenam. Hipotesis dari penelitian ini yaitu terdapat perbedaan ekspresi gen HbPPO pada setiap perlakuan serta pada kedua klon. Proses untuk mengetahui ekspresi HbPPO dimulai dengan dilakukan ekstraksi RNA dari daun H. brasiliensis kemudian hasil ekstraksi disintesis menjadi cDNA. Hasil sintesis cDNA digunakan sebagai template quantitative polymerase chain reaction (qPCR). Berdasarkan hasil qPCR diperoleh nilai Ct yang selanjutnya diolah menggunakan rumus Livak. Hasil penelitian belum dapat menunjukkan tingkat ekspresi gen HbPPO pada klon IRR 112 dan klon GT 1 pada semua perlakuan karena data ekstraksi RNA pada penelitian belum diverifikasi dengan melakukan elektroforesis dan belum terdapat kurva standar sebagai acuan penggunaan rumus Livak. Hasil penelitian ini berupa dugaan adanya perbedaan ekspresi gen HbPPO pada tanaman Hevea brasiliensis sehat, dengan perlakuan pelukaan, dan perlakuan pelukaan+infeksi Pestalotiopsis serta antara klon GT 1 dan IRR 112. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk memperoleh data korelasi ekspresi gen HbPPO dan infeksi Pestalotiopsis yang akurat.

Leaf fall disease caused by Pestalotiosis sp. has been identified as a factor contributing to the decline in latex production in Indonesia, as it can lead to the deciduous of approximately 90% of Hevea brasiliensis canopy. The symptoms of its disease manifest as brown spots on the leaf surface. In response to this issue, an approach to against this disease involves the development of superior rubber plant clones, initiated with an analysis of resistance gene expression. Among the resistance genes involved in the primary defense system is the Hevea brasiliensis Polyphenol Oxidase (HbPPO) gene, which activates the Reactive Oxygen Species (ROS) system. This study aimed to compare the expression profiles of the HbPPO gene in healthy, wounded, and infected rubber plants with Pestalotiopsis sp., as well as compare the HbPPO expression profiles between the IRR 112 moderate clone and the GT 1 susceptible clone on the third and sixth days. The hypothesis of this study posits that there are variations in HbPPO gene expression across the different treatments and between the two clones. To evaluate the HbPPO expression levels, the process began with RNA extraction from H. brasiliensis leaves, followed by the synthesis of the extracted RNA into cDNA. The cDNA obtained was then used as a template for quantitative polymerase chain reaction (qPCR). The Ct values obtained from qPCR were subsequently processed using the Livak formula to assess the relative gene expression levels. The results have been unable to demonstrate HbPPO expression due to unverified RNA data through electrophoresis and the absence of a standard curve. The study imply disparities in HbPPO gene expression among healthy Hevea brasiliensis plants, wound treatment, and wounded+Pestalotiopsis infection treatment, also variations between GT 1 and IRR 112 clones. Therefore, further research is imperative to acquire precise data regarding the correlation between HbPPO gene expression and Pestalotiopsis infection."
Depok: Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rico Laurence
"Fenomena penyakit gugur daun Pestalotiopsis (PGDP) pada perkebunan karet yang disebabkan oleh Pestalotiopsis sp. menyebabkan penurunan area tutupan kanopi sebesar 75—90% diikuti penurunan produksi lateks hingga 45%. Patogen tersebut telah menginfeksi 383.000 ha perkebunan karet di Indonesia dan berdasarkan hasil lapangan, tidak teramati klon yang resistan terhadap PGDP. Pengendalian PGDP dengan fungisida memerlukan biaya yang besar sehingga diusulkan perakitan klon resistan untuk mengurangi dampak patogen terhadap produktivitas perkebunan karet. Oleh karena itu, diperlukan studi mengenai gen ketahanan pada tanaman karet. Gen HbPAL (Hevea brasiliensis phenylalanine ammonia lyase) diyakini dapat menjadi kandidat gen yang potensial sebagai kriteria seleksi terhadap ketahanan penyakit. Enzim PAL merupakan prekursor dalam sintesis asam salisilat yang berperan dalam aktivasi systemic acquired resistance (SAR). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat ekspresi gen HbPAL yang diduga merupakan salah satu gen ketahanan yang berperan dalam respons tanaman terhadap PGDP. Penelitian dilakukan dengan mengukur tingkat ekspresi gen HbPAL pada klon moderat (IRR 112) dan rentan (GT 1) dengan terlebih dahulu mempreparasi sampel daun sehat, perlukaan, dan perlukaan + infeksi. Sampel daun yang sudah dipreparasi diekstraksi RNAnya kemudian disintesis menjadi cDNA untuk selanjutnya dianalisis menggunakan real-time polymerase chain reaction (qPCR). Penelitian ini mengindikasikan adanya perbedaan ekspresi gen HbPAL antara daun sehat, perlukaan dan perlukaan + infeksi Pestalotiopsis sp. Hasil penelitian sesuai dengan hasil pengamatan lapangan yang menunjukkan keunggulan klon moderat IRR112 dibandingkan klon rentan GT 1. Meskipun demikian, diperlukan penelitian lebih lanjut untuk mengkonfirmasi validitas hasil penelitian, hal ini diakibatkan oleh adanya kelemahan dalam proses penelitian sehingga belum dapat disimpulkan adanya korelasi antara infeksi Pestalotiopsis sp. terhadap peningkatan ekspresi gen ketahanan HbPAL.

The phenomenon of Pestalotiopsis Leaf Fall Disease (PLFD) in rubber plantations caused by Pestalotiopsis sp. results in a reduction of the canopy coverage by 75—90%, followed by a decline in latex production of up to 45%. This pathogen has infected 383,000 hectares of rubber plantations in Indonesia, and field observations have not identified any clones resistant to PLFD. Controlling PLFD with fungicides involves a large cost, hence the proposal for the assembly of resistant clones to reduce the pathogen's impact on the productivity of rubber plantations. Therefore, studies on resistance genes in rubber plants are needed. The HbPAL gene (Hevea brasiliensis phenylalanine ammonia lyase) is believed to be a potential candidate gene as a selection criterion for disease resistance. The PAL enzyme is a precursor in the synthesis of salicylic acid, which plays a role in the activation of systemic acquired resistance (SAR). This research aims to determine the level of HbPAL gene expression, suspected to be one of the resistance genes that play a role in the plant's response to PLFD. The research was conducted by measuring the level of HbPAL gene expression in moderate (IRR 112) and susceptible (GT 1) clones by first preparing samples of healthy leaves, wounded leaves, and wounded + infected leaves. The prepared leaf samples were extracted for their RNA, then synthesized into cDNA, and subsequently analyzed using real-time polymerase chain reaction (qPCR). This study indicates a difference in the expression of the HbPAL gene between healthy leaves, wounded leaves, and wounded + infected leaves with Pestalotiopsis sp. The results are consistent with field observations indicating the superiority of the moderate clone IRR112 over the susceptible clone GT 1. However, further research is needed to validate the findings of this research due to gaps in the research method thus it is not possible to determine the correlation between Pestalotiopsis sp. infection and the increase in the expression of the HbPAL resistance gene."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Putri Eria Aryanti Effendi
"Penyakit Gugur Daun Pestalotiopsis (PGDP) mengakibatkan defoliasi daun secara terus menerus hingga 75—90% dan memicu terjadinya penipisan kanopi. Oleh karena itu, diperlukan analisis terkait aspek molekular melalui pengembangan klon baru yang diawali dengan analisis ekspresi gen ketahanan Coronatine Insensitive 1 (COI1). Gen Coronatine Insensitive 1 (COI1) merupakan salah satu gen ketahanan yang berkaitan dengan pensinyalan jasmonat dan diekspresikan ketika tanaman dalam kondisi tercekam secara biotik maupun abiotik. Penelitian terkait ekspresi gen COI1 pada Hevea brasiliensis menyatakan bahwa gen tersebut diekspresikan ketika tanaman karet diberi perlukaan. Namun, analisis terkait ekspresi gen ketahanan COI1 pada H. brasiliensis ketika diinfeksi dengan Pestalotiopsis sp. belum dilakukan. Penelitian yang dilakukan bertujuan untuk menganalisis perbandingan ekspresi gen HbCOI1 dari sampel daun sehat, perlukaan, dan diinfeksi dengan Pestalotiopsis sp. dan melakukan analisis perbandingan antar klon GT 1 yang bersifat rentan dan klon IRR 112 yang bersifat moderat. Infeksi dilakukan pada hari ke-3 dan 6 secara in planta. Tahap setelah inokulasi secara in planta adalah esktraksi RNA untuk memperoleh isolat RNA dari seluruh sampel yang digunakan. Selanjutnya, dilakukan sintesis cDNA untuk analisis qPCR dengan metode Livak. Hasil penelitian belum dapat digunakan untuk menyimpulkan tingkat ekspresi gen HbCOI1 dari sampel daun sehat, perlukaan, dan perlukaan serta infeksi dengan Pestalotiopsis sp. Hal tersebut disebabkan oleh tidak dilakukan perhitungan dan pembentukan kurva standar dan tidak dilakukan elektroforesis untuk mengetahui integritas RNA serta untuk membuktikan bahwa isolat yang diekstraksi adalah isolat RNA H. brasiliensis dan replikasi yang digunakan tidak memenuhi syarat perhitungan Livak. Hasil penelitian hanya berupa dugaan adanya perbedaan ekspresi gen HbCOI1 pada tanaman H. brasiliensis sehat, diberi perlukaan saja, dan diberi perlukaan serta infeksi Pestalotiopsis sp.. Oleh karena itu, perlu dilakukan penpenelitian lebih lanjut untuk memperoleh data korelasi ekspresi gen HbCOI1 dan infeksi Pestalotiopsis yang akurat.

Pestalotiopsis Leaf Decay (PGDP) causes continuous leaf defoliation of up to 75-90% and triggers canopy thinning. Therefore, an analysis related to molecular aspects is needed through the development of new clones which begins with analysis of the expression of the Coronatine Insensitive 1 (COI1) resistance gene. The Coronatine Insensitive 1 (COI1) gene is one of the resistance genes related to jasmonate signaling and is expressed when plants are under biotic and abiotic stress conditions. Research related to the expression of the COI1 gene in Hevea brasiliensis states that the gene is expressed when the rubber plant is injured. However, an analysis regarding the expression of the COI1 resistance gene in H. brasiliensis when infected with Pestalotiopsis sp. not done. The aim of the study was to analyze the comparison of HbCOI1 gene expression from samples of healthy, injured, and infected leaves with Pestalotiopsis sp. and carried out a comparative analysis between the GT 1 clone which was susceptible and the IRR 112 clone which was moderate. Infection was carried out on day 3 and 6 by in planta. The stage after in planta inoculation is RNA extraction to obtain RNA isolates from all the samples used. Next, cDNA synthesis was carried out for qPCR analysis using the Livak method. The results of this study could not be used to conclude the expression level of the HbCOI1 gene from samples of healthy leaves, wounds, and injuries as well as infections with Pestalotiopsis sp. This was due to the fact that the primary efficiency curve was not calculated and the formation of the standard curve was not carried out and electrophoresis was not carried out to determine the integrity of the RNA and to prove that the extracted isolate was H. brasiliensis RNA isolate and the replication used did not meet the Livak calculation requirements. The results of this study only suggest that there is a difference in HbCOI1 gene expression in healthy H. brasiliensis plants, only injured, and injured and infected with Pestalotiopsis sp. acccurate."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia;Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia;Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia;Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia;Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Achmad Eka Satria
"Penyakit Gugur Daun Pestalotiopsis (PGDP) adalah penyakit yang menyerang perkebunan karet Indonesia sejak akhir 2017. PGDP disebabkan oleh infeksi kelompok fungi Pestalotiopsis. PGDP mampu menyebabkan gugur daun hingga mencakup 75-90% kanopi dan penurunan produksi lateks hingga 45%. PGDP mampu menyerang semua jenis klon Hevea brasiliensis. Klon-klon tersebut antara lain adalah klon dengan resitensi moderat seperti IRR 112 dan klon rentan seperti PB 260. Analisis morfologi gejala penyakit belum pernah dilakukan sejak PGDP pertama kali terdeteksi dan diidentifikasi. Analisis morfologi gejala penyakit dilakukan guna mengetahui respons daun terhadap infeksi fungi Pestalotiopsis dan mengetahu pola persebaran miselia fungi Pestalotiopsis pada permukaan daun Hevea brasiliensis. Sebanyak 3 helai anak daun dari 3 individu Hevea brasiliensis klon IRR 112 dan PB 260 dipotong dan diinokulasi isolat fungi Pestalotiopsis secara ex planta. Inokulasi dilakukan di 3 titik pada permukaan anak daun daun dan diamati hingga 7 hari setelah inokulasi (hsi). Sediaan morfologi yang mewakili perkembangan gejala pada 3, 5, dan 7 hari setelah inokulasi juga dibuat dan diamati di bawah mikroskop cahaya. Respons yang ditunjukkan anak daun Hevea brasiliensis klon IRR 112 dan PB 260 adalah nekrosis dan klorosis. Selain itu terdapat 2 tipe lesi, yakni lesi tipe I yang diduga berasal dari kontaminasi fungi Colletotrichum sp. dan lesi tipe II yang merupakan ciri khas lesi hasil infeksi fungi Pestalotiopsis. Kedua lesi muncul berdampingan dalam kompleks lesi Pestalotiopsis-Colletotrichum. Hasil pengamatan mikromorfologi menunjukkan bawha kompleks miselia Pestalotiopsis-Colletotrichum cenderung tersebar pada dan/atau di sekitar pertulangan daun.

Pestalotiopsis Leaf Fall Disease (PLFD) is a disease affecting Indonesia’s rubber plantation since 2017. PLFD is caused by Pestalotiopsis fungi. PLFD is capable in defoliating up to 75-90% of tree canopy and decreasing latex production up to 45%. PLFD is capable in affecting every clone of Hevea brasiliensis. Some clones of which affected by the disease are moderately resistant clone such as  IRR 112 and susceptible clone such as PB 260. Disease morphology is yet to be analyzed since the first reported case and identification. Disease morphology analysis is conducted to determine various responses of Pestalotiopsis infected leaf and reveal Pestalotiopsis  mycellial distribution pattern on the surface of Hevea brasiliensis leaf. Three leaflets from 3 individuals of Hevea brasiliensis IRR 112 and PB 260 clones were cut and inoculated with Pestalotiopsis isolate following ex planta procedure. Inoculation was performed at 3 points on the leaflets surface and was observed until 7 days post inoculation (dpi). Samples for micromorphological observation were also made, each one representing disease development on 3, 5, and 7 dpi and were observed under the microscope. The responses shown by the leaflets of Hevea brasiliensis IRR 112 and PB 260 clones were necrosis and chlorosis. Accordingly, 2 types of lession were observed: type I of which suspected as Colletotrichum sp. contamination and type II of which similar to distinctive lession of  Pestalotiospis fungi. Both types occured simultaneously in the Pestalotiopsis-Colletotrichum lession complex. Micromorphological observation has shown that Pestalotiopsis-Colletotrichum mycellial complex was distributed at the vicinity of leaf veins."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Bako, Rifa Mutiara
"ABSTRACT
Kering alur sadap (KAS) merupakan salah satu penyakit fisiologis utama yang menyerang tanaman karet. Salah satu cara untuk mengatasi permasalahan tersebut adalah dengan mengembangkan marka DNA terkait KAS untuk seleksi klona karet toleran KAS. Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Putranto in prep., terdapat primer marka ekspresi dari genom Hevea brasiliensis yang diduga terkait dengan KAS. Primer HbMQ1, HbMQ2, HbMQ3, HbMQ4, dan HbMQ5 dipilih karena primer tersebut mentarget gen terkait etilen (HbERFs) yang berperan dalam ketahanan terhadap KAS yaitu HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14. Tujuan dari dilakukannya penelitian ini adalah mengetahui profil hasil ekspresi HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14 pada dua klona tanaman karet (PB 260 dan PR 300) serta mendesain primer untuk marka DNA yang digunakan dalam deteksi penyakit KAS. Hasil ekspresi kelima gen yang didapatkan dari hasil real-time qRT-PCR dengan kelima primer tersebut, dijadikan pertimbangan untuk kandidat marka DNA. Selanjutnya, marka DNA didesain secara in silico. Secara umum, hasil profil regulasi ekspresi menunjukkan bahwa kelima gen tersebut teregulasi positif pada tanaman karet yang terserang KAS pada kedua klona pohon karet (PB 260 dan PR 300) dan kelima gen teregulasi negatif pada tanaman yang terjangkit JAP pada kedua klona, kecuali gen HbERF-VIIa12. Oleh karena itu, gen HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14 berpotensi dikembangkan sebagai marka DNA. Profil regulasi ekspresi gen HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13, dan HbERF-VIIIa14 menunjukkan gen-gen tersebut merupakan marka ekspresi dari tanaman karet yang terserang KAS dan telah berhasil dikembangkan sebagai marka DNA di tingkat in silico.

ABSTRACT
Tapping panel dryness (TPD) is the main physiological disease attacking rubber tree clones. To overcome the problem, the development of rubber tree clones tolerant to TPD is important. The breeding programs can now be accelerated by developing molecular markers. Based on the research conducted by Putranto in prep., there are expression markers primers from the Hevea brasiliensis genome related to tapping panel dryness (TPD). The primer of HbMQ1, HbMQ2, HbMQ3, HbMQ4, and HbMQ5 were chosen because the primers had ethylene-related target genes (HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13 and HbERF-VIIIa14) that are suspected to play a role in TPD response. The purpose of this study was to determine the profile expression of HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIa12, HbERF-VIIIa13 HbERF-VIIIa14 from two clones of rubber plants (PB 260 and PR 300) and to design primers for DNA markers to be used in the detection of TPD disease. The expression profile of the five genes obtained from real-time qRT-PCR results, will be taken into consideration for candidate DNA markers. Next, DNA markers are in silico designed. In general, the results of expression regulation profile showed that the five genes were up-regulated in TPD-affected rubber trees in both clones. The five gene expression regulation profiles were also down-regulated in both WRR-infected rubberclones, except for the HbERF-VIIa12 gene. Therefore, the HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13 and HbERF-VIIIa14 genes have the potential to be developed as DNA markers. The expression ratio of HbERF-IXc4, HbERF-IXc5, HbERF-VIIIa13, and HbERF-VIIIa14 showed that these genes are expression markers of rubber plants that have TPD and have been successfully developed as DNA markers at the in silico level."
2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Akhris Fuadatis Sholihah
"Penyakit Gugur Daun Pestalotiopsis (PGDP) merupakan penyakit yang menyerang perkebunan karet Indonesia sejak akhir 2017. Patogen yang menyebabkan PGDP adalah kelompok fungi Pestalotiopsis. Dampak yang ditimbulkan oleh PGDP antara lain gugur daun hingga mencakup 75-90% kanopi dan penurunan produksi lateks hingga 45% dari berbagai tingkatan usia dan berbagai jenis klon. Penelitian bertujuan untuk mengetahui respons daun Hevea brasiliensis terhadap infeksi Pestalotiopsis sp. secara mikromorfologi dari klon RRIC 100 dan BPM 24. Sebanyak 3 individu dari klon RRIC 100 dan BPM 24 digunakan sebagai ulangan dalam penelitian. Inokulasi dilakukan di 3 area pada permukaan abaksial anak daun. Pengamatan dilakukan pada 1 sampai 3 hari setelah inokulasi (hsi). Sediaan mikromorfologi dibuat melalui 2 tahap, yaitu bleaching dan staining. Respons yang ditunjukkan anak daun Hevea brasiliensis klon RRIC 100 dan BPM 24 adalah terbentuknya lesi patogenik yang terdiri atas zona miselia dan zona nekrosis di sekitar area inokulasi. Hasil pengamatan mikromorfologi menunjukkan bahwa kecenderungan arah kolonisasi hifa Pestalotiopsis sp. teramati pada area pertulangan daun. Respons yang ditunjukkan klon RRIC 100 terhadap infeksi Pestalotiopsis sp. adalah pembentukan zona nekrosis berwarna cokelat dengan garis batas yang jelas dan mencegah penyebaran miselia Pestalotiopsis sp.. Sementara pada BPM 24, pembentukan zona nekrosis memunculkan warna cokelat dengan tepi tidak beraturan dan gari batas yang samar sehingga kurang dapat mencegah penyebaran miselia Pestalotiopsis sp.. Hasil tersebut menunjukkan bahwa klon RRIC 100 mengembangkan sistem pertahanan diri yang lebih baik dalam menghambat penyebaran infeksi melalui pembentukan zona nekrosis yang lebih tebal dan tegas dibandingkan dengan klon BPM 24.

Pestalotiopsis leaf fall disease (PLFD) is a disease that has been affecting Indonesian rubber plantations since late 2017. The pathogen that causes PLFD is Pestalotiopsis group of fungi. The impacts caused by PLFD include leaf fall covering 75-90% of the canopy and a decrease in latex production of up to 45%. PLFD can attack H. brasiliensis plants of various ages and various types of clones, including clones with moderate resistance such as RRIC 100 and susceptible clones such as BPM 24. The research aimed to determine the response of Hevea brasiliensis leaves to Pestalotiopsis sp. infection micromorphologically from clones RRIC 100 and BPM 24. Total of 3 individuals from clones RRIC 100 and BPM 24 were used as replicates in the research. Each individual was represented by 3 compound leaves that treated with wounding, inoculation, and wounding+inoculation. Inoculation was given in 3 areas on abaxial surface of the leaflets. Observations were made at 1 to 3 days post inoculation (dpi). Micromorphology preparations were made through 2 stages, which are bleaching and staining. Micromorphological observations showed that the tendency of Pestalotiopsis sp. hyphae colonization was observed in the area of leaf veins. The response shown by clone RRIC 100 to Pestalotiopsis sp. infection is the formation of a brown necrosis zone with clear boundaries and is blocking the spread of infection. While in BPM 24, the formation of necrosis zones gave rise to a brown color with irregular edges. These results indicate that the RRIC 100 clone developed a better self-defense system in inhibiting the spread of infection through the formation of a thicker and more defined necrosis zone compared to the BPM 24 clone."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Awang Pemuji
"ABSTRAK
Sifat koloid lateks yang cenderung mengalami koagulasi mengakibatkan lateks sulit untuk dimodifikasi pada saat proses hidrogenasi. Hal ini disebabkan oleh sifat koloid lateks yang cenderung tidak stabil terhadap perlakuan temperatur, kecepatan pengadukan, dan penambahan zat kimia. Penelitian ini bertujuan mempelajari suatu kondisi proses yang optimum dengan mempertahankan kestabilan koloid untuk meningkatkan derajat hidrogenasi. Uji turbiditas dilakukan untuk mengetahui tingkat kekeruhan larutan lateks yang mengindikasikan terdispersinya koloid didalam larutan lateks. Sedangkan, uji viskositas dilakukan sebagai uji pendukung. Berdasarkan hasil penelitian dalam menentukan kondisi optimum stabilitas koloid pada fasa lateks dengan pengujian turbiditas dan viskositas, diketahui koloid cenderung stabil pada temperature 50?C, kecepatan aduk 200 rpm dan kadar karet kering KKK 20.

ABSTRACT
The tendency to coagulate, which is the colloid characteristic of latex makes it difficult to be modified when hydrogenation process is running. This was caused by the latex colloid characteristic which is unstable to thermal treatment, stirring velocity, and the addition of chemical compounds. This research aims to learn the optimum process condition by maintaining the colloid stability to increase the hydrogenation degrees. Turbidity test was done to know the turbidity level of latex solution indicates the dispersed colloid inside the latex solution, while viscosity test was done as a supporting test. Based on the research result in determining the optimum condition of the colloid stability in the latex phase with the turbidity and viscosity test, colloid has the tendency to be stable at the temperature of 50oC, stirring speed of 200 rpm, and the dry rubber content of 20."
2017
S68195
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fakhry Arief Fabian
"Tanaman karet berperan sebagai komoditas penting di Indonesia karena menghasilkan karet alami yang memiliki banyak manfaat dan mampu bersaing di pasar internasional. Namun, sejak tahun 2017, produksi karet mengalami hambatan karena timbul serangan penyakit gugur daun baru yang berbeda dari penyakit terdahulu. Penyakit tersebut dapat menyebabkan gugur daun hingga 90% dan penurunan produksi lateks hingga 45%. Setelah ditelusuri, penyakit gugur daun baru ini disebabkan oleh patogen Pestalotiopsis sp. dan diberi nama penyakit gugur daun Pestalotiopsis. Sebagai penyakit baru, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk memonitor laju pertumbuhan penyakit ini. Salah satu penelitian ini adalah melakukan klasifikasi indeks atau level keparahan penyakit gugur daun Pestalotiopsis. Keparahan penyakit ini dapat dikelompokkan berdasarkan perubahan warna daun dan lesi khas yang timbul pada permukaan daun tanaman karet. Pada penelitian sebelumnya, pengukuran intensitas keparahan dilakukan dengan observasi secara langsung bercak gejala yang muncul pada daun atau pohon dalam jangka waktu tertentu. Pengamatan secara konvensional ini memerlukan tenaga yang banyak dan waktu yang cukup lama. Diperlukan suatu metode yang mampu melakukan klasifikasi level keparahan ini secara tepat dan cepat terhadap sampel daun yang berjumlah banyak. Saat ini, implementasi Artificial Intelligence (AI) melalui algoritma machine learning dapat menjadi solusi untuk menyelesaikan suatu permasalahan seperti klasifikasi multikelas secara otomatis dan efisien. Penelitian ini memanfaatkan salah satu teknik machine learning, yaitu artificial neural network berupa deep learning dengan arsitektur convolutional neural network (CNN). Dengan mempertimbangkan penelitian sebelumnya, maka penelitian ini mengajukan sebuah pengembangan dari CNN, yaitu arsitektur DenseNet121 sebagai metode untuk melakukan klasifikasi level keparahan penyakit gugur daun Pestalotiopsis menggunakan data citra daun karet. Klasifikasi level keparahan dibagi menjadi lima kelas, yaitu Level 0 (daun sehat atau tidak terinfeksi penyakit gugur daun Pestalotiopsis) dan Level 1-4 (menunjukkan tingkat keparahan penyakit gugur daun Pestalotiopsis). Pada Penelitian ini, digunakan 257 data citra daun karet yang dikumpulkan mahasiswa Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia ketika berkunjung ke Pusat Penelitian Karet Sembawa, Palembang pada tahun 2022. Data citra tersebut melalui preprocessing berupa crop dan resize agar dapat menjadi input yang diterima arsitektur.  Data dipisahkan menjadi data latih dan data uji dengan rasio 80:20. Model dilatih dengan pendekatan 5-fold cross validation sehingga pengujian dilakukan terhadap lima model berbeda. Berdasarkan simulasi, diperoleh rata-rata lima model berupa ccuracy sebesar 56,16% , precision sebesar 54,2% , recall sebesar 55,6%, skor F1 sebesar 51% , dan running time 3,110 detik.

Rubber plant is an essential commodity in Indonesia since natural rubbers from this plant are very beneficial and have high international market potential. Unfortunately, since 2017, a new leaf fall disease has caused massive decline of the rubber production. This disease leads to at most 90% leaf fall percentage and production decline as high as 45%. Subsequently, researchers found that this new leaf fall disease is caused by Pestalotiopsis sp., thus, the name of this disease is Pestalotiopsis leaf fall disease. Studies must be conducted to further investigate the growth and pattern of this new leaf fall disesase. One of these studies is to classify the intensity of the Pestalotiopsis leaf fall disease.The intensity can be measure by observing distinct symptoms and lesion frequency that would appear on the rubber plant’s leave surface. In earlier works, intensity are measured by conventionally taking notes of the symptomps that appear on the leaves or trees and these methods was done on timely basis. These traditional approaches takes a lot of time and requires a handful of people. Hence, there must be new methods to classify this disease’s intensity with less time and resource when the amount of leaf samples increase. Recent studies implement Artificial Intelligence (AI) by using machine learning to solve classification problems efficiently. This study takes a technique of machine learning, that is, deep learning convolutional neural network (CNN) architectures. By comparing previous researches, we propose the architecture DenseNet121 to implement CNN in multiclass classification problem by using leaf image data. The classification consists of five classes, which are the intensity of the Pestalotiopsis leaf fall disease from level 0 to level 4. Level 0 corresponds to healthy leaves or leaves with other diseases whereas Level 1-4 refer to leaves with the intensity of lesion and discoloration caused by Pestalotiopsis leaf fall disease. This study uses 257 image data that was taken by students of the Math and Science Faculty from Universitas Indonesia when they visited Rubber Research Center, Sembawa in 2022. The data is split into train and test data with 80:20 ratio. Models are trained with 5-fold cross validation approach so the that each model will be trained and tested towards 5 folds of data. Then, five different models are tested by evaluating their predictions to the test data. The result of this simulation shows the average performance from five models, they are an accuracy of 56,16%, a precision of 54,2%, a recall of 55,6%, an F1-score of 51% , and an average running time of 3,110 seconds."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
"Rubber clones of Indonesian Rubber Research (IRR) 200 series have been produced from intensive breeding program started in 1985. Some clones showed superior characteristics such as high latex yielding, vigorous, and disease resistant. This study aimed to test their performances in a field trial conducted since 1999 at Sungei Putih Experimental Garden, North Sumatra. The experiment was designed in a randomized block, using twelve IRR clones as treatment and PB 260 clone as control, three replications. Planting distance was 5 m x 4 m and plot size was 10 rows x 50 trees. Observations were made on girth size of the 2, 3 and 4 year-old trees, dry rubber yield following the 1/2S d/2 and 1/2S d/3.ET2.5% tapping systems, bark thickness, rings number and diameter of latex vessels, as well as leaf fall diseases intensities of 3-5 year-old trees. The results showed four IRR 200 clones, i.e. IRR 207, IRR 208, IRR 211 and IRR 220 produced high latex. Using the 1/2S d/2 tapping system, three clones with highest dry rubber yield were obtained, namely IRR 208 (49.8 g tree-1 tapping-1 or g t-1 t-1), IRR 211 (48.8 g t-1 t-1) and IRR 220 (52.0 g t-1 t-1), whereas that using the 1/2S d/3. ET2.5% tapping system, their yields were 63.2 g, 64.3 g, and 66.2 g t-1 t-1, respectively. At four year-old, these clones had girth size of 41.4-51.0 cm, girth increment 9.7-11.6 cm year-1, bark thickness 6.3-7.2 mm, latex vessel rings number 6.8-7.0, and diameter of latex vessels 23.75-26.57 mm. All of the clones were moderately resistant to Colletotrichum, Oidium and Corynespora leaf fall diseases. This study suggests that IRR 207, IRR 208, IRR 211 and IRR 220 rubber clones are suitable for commercial stake holders and the recommended tapping system is 1/2S d/3.ET2.5%."
IJAS 13:2 (2012)
Artikel Jurnal  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Nur Ichsan
"Saat ini, Indonesia menempati peringkat kedua sebagai produsen karet terbesar di dunia, menyumbang sekitar 29,8% dari kebutuhan global. Namun, produksi karet di Indonesia mengalami penurunan dari tahun ke tahun, salah satu faktornya adalah serangan penyakit gugur daun yang disebabkan oleh jamur Pestalotiopsis sp. Pada tahun 2021, luas perkebunan karet yang terkena penyakit mencapai 30.328,84 hektar dan tanaman yang terinfeksi oleh penyakit tersebut mengalami penurunan produksi lateks hingga 30%. Penyakit ini menyerang daun dengan gejala pembentukan bercak berukuran 0,5-2 cm yang menyebabkan nekrosis dan gugur. Penklasifikasian tingkat keparahan penyakit Pestalotiopsis sp. secara morfologi melalui pengamatan jumlah bintik dan warna pada daun karet membutuhkan waktu dan tenaga besar, terutama karena luasnya perkebunan yang terinfeksi. Oleh karena itu, penggunaan metode machine learning diusulkan untuk mengurangi waktu dan usaha yang dibutuhkan dalam menklasifikasi penyakit gugur daun akibat jamur Pestalotiopsis sp. Pada penelitian ini, model machine learning digunakan untuk mengklasifikasi 5 kelas tingkat keparahan penyakit Pestalotiopsis sp. yaitu tingkat 0 (sehat), tingkat 1 (terinfeksi ringan), tingkat 2 (terinfeksi sedang), tingkat 3 (terinfeksi parah), dan tingkat 4 (terinfeksi sangat parah). Dataset yang digunakan adalah citra daun tanaman karet yang diperoleh dari Pusat Penelitian Karet Sembawa. Model machine learning menerima input data citra daun tanaman karet, lalu citra disegmentasi menggunakan k-mean clustering. Data yang telah tersegmentasi kemudian diekstraksi dengan fitur warna hue, saturation, dan value (HSV) dan fitur jumlah bintik dengan metode contour detection menggunakan Suzuki’s contour algorithm. Selanjutnya, fitur-fitur ini diklasifikasikan menggunakan Support Vector Machine (SVM) tipe one vs rest multiclass classification dan Grid Search Cross Validation dengan 5 fold untuk menemukan hyperparameter terbaik untuk SVM. Hyperparameter terbaik adalah kernel radial basis function dengan C=100. Berdasarkan hasil percobaan sebanyak 5 kali, diperoleh kesimpulan bahwa model dengan akurasi tertinggi adalah model yang menggunakan fitur warna dan jumlah bintik dengan nilai rata-rata akurasi sebesar 81,86% dan nilai rata-rata Cohen’s kappa statistic sebesar 0,77 yang artinya model mampu mengklasifikasi data citra daun tanaman karet dengan cukup baik.

Currently, Indonesia ranks as the second largest rubber producer in the world, contributing about 29.8% of global demand. However, rubber production in Indonesia has decreased from year to year, one of the factors is the attack of leaf fall disease caused by the fungus Pestalotiopsi sp. In 2021, the area of rubber plantations affected by the disease reached 30,328.84 hectares with infected plants have a 30% decrease in latex production. The disease attacks the leaves with symptoms of spot formation measuring 0.5-2 cm which causes necrosis and fall. Detecting the severity of Pestalotiopsis sp. morphologically through the observation of the number of spots and colors on rubber leaves requires a lot of time and energy, especially due to the large area of infected plantations. Therefore, the use of machine learning methods is proposed to reduce the time and effort required in classifying leaf fall disease caused by the fungus Pestalotiopsis sp. In this study, a machine learning model is used to classify 5 classes of Pestalotiopsis sp. disease severity, namely level 0 (healthy), level 1 (mild infected), level 2 (moderate infected), level 3 (severe infected), and level 4 (very severe infected).  The dataset used is an image of rubber plant leaves obtained from the Sembawa Rubber Research Center. The machine learning model received input data of rubber plant leaf images, then the image is segmented using k-mean clustering. The segmented data will then be extracted with hue, saturation, and value (HSV) color features and the number of spots feature with the contour detection method using Suzuki’s contour algorithm.  In this study, the performance evaluation used is accuracy and Cohen's kappa statistic. Furthermore, these features are classified using Support Vector Machine (SVM) type one vs rest multiclass classification and Grid Search Cross Validation with 5 folds to find the best hyperparameter for SVM. The best hyperparameter is the radial basis function kernel with C=100. Based on the results of 5 experiments, it is concluded that the model with the highest accuracy is a model that uses color and the number of spots features with an average accuracy value of 81.86% and an average Cohen's kappa statistic value of 0.77, which means that the model is able to classify rubber plant leaf image data quite well."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>