Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Virus SARS-CoV-2 atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 adalah virus yang telah menyebabkan penyakit COVID-19. Sampai saat ini tindakan untuk kasus COVID-19 masih dilakukan dengan diagnosis cepat secara kualitatif untuk menilai adanya virus SARS-CoV-2 pada pasien yang ditujukan untuk mencegah penyebaran penyakit tersebut, sehingga dibutuhkan perkembangan diagnosis secara kuantitatif untuk mengetahui jumlah virus SARS-CoV-2 yang dapat bermanfaat untuk menilai respons terapi pada pasien COVID-19 maupun untuk studi penemuan obat antivirus SARS-CoV-2. Pada penelitian ini dikembangkan metode kuantifikasi virus SARS-CoV-2 dengan menggunakan in vitro transcribed RNA SARS-CoV-2 dengan target gen N menggunakan primer N158 yang diketahui dapat mendeteksi varian alpha, beta, delta dan omicron sekuens isolat Indonesia. Metode yang dilakukan yaitu plasmid p-Bluescript yang mengandung gen N158 ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21(DE3), kemudian sel transforman diperbanyak di dalam media pertumbuhan dan dipurifikasi untuk diambil plasmid yang mengandung gen N. Plasmid kemudian dilinearisasi, ditranskripsi dan dipurifikasi untuk memperoleh RNA standar. RNA standar yang diperoleh kemudian dihitung konsentrasinya menggunakan Spektrofotometer UV-Vis NanoDrop untuk memperoleh nilai copy number/μL dan dilakukan pengenceran serta one-step RT-qPCR untuk memperoleh nilai Ct pada tiap konsentrasi pengenceran. Nilai-nilai tersebut kemudian digunakan untuk membuat kurva standar nilai Ct vs log copy number. Kurva standar RNA diperoleh dengan persamaan y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) dan efisiensi PCR sebesar 101,2%. Kurva standar RNA yang dibuat telah memenuhi syarat akseptabilitas kurva standar PCR

---

SARS-CoV-2 or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 is a virus that causing COVID-19 disease. Until now, the action for COVID-19 cases are being carried by qualitative rapid diagnosis to assess the presence of SARS-CoV-2 virus in patients that lead to prevent the spread of COVID-19 disease, therefore the development of diagnosis is needed to determine the viral load of SARS-CoV-2 which can be useful for assessing response of therapy in COVID-19 patients and for drug screening of antiviral for SARS-CoV-2 studies. This study developed a quantification method for SARS-CoV-2 virus using in vitro transcribed SARS-CoV-2 RNA targeting N gene with N158 primer that known can detect alpha, beta, delta and omicron varian from sequences of Indonesian isolates. The method using pBluescript plasmid that contain N158 gene is transformed to E. coli BL21(DE3) cells, then transformans cell is amplified in growth medium and purified to get the plasmid containing N gene, the plasmid then linearized, transcribed and purified to get standard RNA. Using a Spectrophotometer UV-Vis NanoDrop, the concentration of standard RNA is obtained and the copy number/ μL can be calculated. The RNA standard is diluted and quantified by one-step RT-qPCR to know the Ct value at different concentrations. Ct value vs log copy number standard curve is constructed and the equation of RNA standard curve y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) is obtained with percentage of PCR efficiency 101,2%. Thus, the RNA standard curve is qualified PCR standard curve."

"Salah satu strategi untuk mengatasi pandemi Coronavirus disease-19 (COVID-19) ialah melalui diagnosis infeksi virus SARS-CoV-2 secara dini melalui Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Uji RT-PCR merupakan uji deteksi dan kuantifikasi asam nukleat. Salah satu metode ekstraksi asam nukleat adalah dengan bantuan material berbasis silika sebagai kolom matriks. Pada penelitian ini; dilakukan preparasi matriks Silica Coarse (SC) dalam matriks berwujud kolom suspensi, serbuk halus, dan keping cakram yang bersumber dari mineral aluminosilikat kaolin. Kemampuan pengikatan matriks SC berbasis mineral alam tersebut telah berhasil ditingkatkan dengan bantuan kation penyeimbang Na+ dan Guanidium+ yang dijenuhkan di dalam kerangka kaolin. Dilakukan pula upaya peningkatan sifat mekanik cakram SC melalui pengikatan dengan PEG 1500. Matriks Silica Coarse (SC) yang telah mengandung Na+ dan Guanidium+ kemudian dianalisa karakteristik fisikokimia-nya menggunakan instrumen FTIR, XRD, XRF, SEM, dan metode pengukuran luas area BET-distribusi pori BJH. Penelitian ini memberikan hasil bahwa matriks SC pellet basah (berwujud kolom suspensi) memberikan hasil ekstraksi yang dapat diamplifikasi lebih baik di bawah instrumen RT-PCR dibandingkan matriks SC pellet kering (berwujud serbuk halus dan cakram). Seluruh spesimen non aktif RNA virus SARS-CoV-2 yang digunakan dalam uji ekstraksi pada penelitian ini memiliki kisaran nilai ambang Ct < 20.

---

One of the strategies to overcome the COVID-19 disease is through diagnostic clinical tests using the Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) test. The RT-PCR test is a detection test and quantification test of nucleic acid. This method is initiated by pre-analytical step, known as extraction of nucleic acids. Extraction of nucleic acid requires silica-based materials as an extraction column. Herein, Silica Coarse (SC) in the form of suspension, powder and discs columns; were prepared from natural Indonesian Kaolinite as an alternative phase-extraction column to binding RNA of SARS-CoV-2. The RNA binding ability in SC was enhanced with chaotropic agents in the form of Na+ and Guanidium+ embedded on the kaolinite silicate framework. We were also improved the mechanical properties of SC discs with addition of PEG 1500. SC, embedded with Na+ and Guanidium+ respectively, then its physicochemical characteristics were studied using FTIR, XRD, XRF SEM, and BET surface area and pore measurement. This work shows that SC suspension column could extract RNA of SARS-CoV-2 that amplified better in RT-PCR test than SC dried columns, with the initial CT value of all the SARS-CoV-2 specimens in the range Ct < 20"

"

Penelitian ini bertujuan untuk melakukan pengelompokan varian virus SARS-CoV-2 melalui proses clustering menggunakan metode unsupervised learning. Data yang digunakan adalah sekuens protein SARS-CoV-2 yang diekstraksi fiturnya menggunakan paket Discere dalam bahasa pemrograman Python. Sebanyak 27 fitur dihasilkan dan diseleksi dengan metode seleksi fitur Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO). Metode Elbow digunakan untuk menentukan jumlah cluster yang optimal. Dalam penelitian ini, digunakan metode clustering K-Means dan Balanced Iterative Reducing and Clustering using Hierarchies (BIRCH). Evaluasi hasil clustering dilakukan menggunakan metrik evaluasi Silhouette Score dan Davies-Bouldin Index, serta memperhatikan waktu runtime untuk setiap simulasi. Hasil evaluasi kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan performa antara kedua metode clustering yang digunakan, serta pengaruh seleksi fitur terhadap performa clustering. Hasil terbaik diperoleh pada simulasi dengan metode clustering BIRCH + LASSO, dengan nilai Silhouette Score 0,74186 untuk jumlah cluster k=4 dan 0,73207 untuk k=5. Nilai Davies-Bouldin Index terbaik juga diperoleh pada simulasi tersebut, yaitu 0,42697 untuk k=4 dan 0,37949 untuk k=5. Waktu runtime terbaik tercatat pada simulasi dengan metode K-Means + LASSO, yaitu 0,21551 detik untuk k=4 dan 0,17539 detik untuk k=5. Dapat disimpulkan bahwa metode BIRCH menghasilkan cluster yang lebih baik berdasarkan metrik evaluasi, namun K-Means memberikan proses clustering yang lebih cepat. Seleksi fitur dengan metode LASSO juga membantu meningkatkan performa clustering.

---

This study aims to perform clustering of SARS-CoV-2 virus variants using unsupervised learning methods. The data used consists of SARS-CoV-2 protein sequences whose features are extracted using the Discere package in the Python programming language. A total of 27 features are generated and selected using the Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) feature selection method. The Elbow method is employed to determine the optimal number of clusters for the clustering process. The clustering methods used in this research are K-Means clustering and Balanced Iterative Reducing and Clustering using Hierarchies (BIRCH). The clustering results are evaluated using the Silhouette Score and Davies-Bouldin Index metrics, while also considering the runtime for each simulation. The evaluation results are then compared to examine the performance differences between the two clustering methods and the impact of feature selection on clustering performance. The best Silhouette Score is obtained in the simulation using the BIRCH + LASSO clustering method, with a value of 0.74186 for k=4 and 0.73207 for k=5. The best Davies-Bouldin Index is also achieved in the same simulation, with values of 0.42697 for k=4 and 0.37949 for k=5. The fastest runtime is recorded in the simulation using the K-Means + LASSO method, with a time of 0.21551 seconds for k=4 and 0.17539 seconds for k=5. In conclusion, the BIRCH method yields better clustering results based on the evaluation metrics, while K-Means provides faster clustering processes. The LASSO feature selection method also aids in improving clustering performance.

"

"Coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit pernapasan menular yang disebabkan oleh jenis coronavirus baru. Penyakit ini sebelumnya disebut dengan 2019-nCoV atau 2019 novel coronavirus. Virus penyebab COVID-19 ini adalah SARS-CoV-2. Terdapat varian SARS-CoV-2 lain yang memiliki potensi berdampak besar bagi kesehatan masyarakat seperti Lambda dan Mu. Ada pula kelompok varian SARS-CoV-2 under monitoring yang belum diketahui dampak dan bentuk penyebarannya di tingkat masyarakat. Kappa, Iota, dan Epsilon merupakan beberapa contoh varian yang termasuk ke dalam kelompok tersebut. World Health Organization (WHO) terus melakukan pengawasan kemunculan varian SARS-CoV-2 yang baru. Varian SARS-CoV-2 yang telah diketahui penularan dan dampaknya cukup signifikan pada masyarakat hingga saat ini adalah Alpha, Beta, Delta, Gamma, dan Omicron. Penelitian ini menggunakan data dari kelima varian SARS-CoV-2 tersebut. Penelitian ini mengimplementasikan program unsupervised dari machine learning yaitu simulasi proses clustering untuk mengelompokkan varian SARS-CoV-2. Dilakukan ekstraksi fitur terhadap data sekuens protein SARS-CoV-2 menggunakan package discere dalam bahasa pemrograman Python. Melalui proses ekstraksi fitur dihasilkan 27 fitur data sekuens protein SARS-CoV-2 yang siap digunakan. Elbow method kemudian diimplementasikan terhadap data untuk mengetahui jumlah pembentukan cluster yang optimal untuk digunakan pada clustering. Berdasarkan elbow method didapatkan jumlah cluster optimal untuk simulasi clustering sebanyak  dan dilakukan juga simulasi dengan  untuk memberi kesempatan kepada seluruh varian untuk membentuk clusternya sendiri.  Metode clustering yang digunakan pada penelitian ini adalah spectral clustering. Cluster yang dihasilkan kemudian dievaluasi menggunakan metrik evaluasi silhouette score serta melihat runtime pada setiap simulasi yang dilakukan. Hasil silhouette score untuk simulasi dengan  bernilai 0,614 dan untuk simulasi dengan  yang bernilai 0,631. Durasi rata-rata runtime mencatat bahwa simulasi dengan  dengan 6,566 detik lebih baik dibanding simulasi dengan  dengan 7,529 detik. Berdasarkan hasil tersebut, spectral clustering dapat dilakukan terhadap varian SARS-CoV-2 dengan pemilihan jumlah cluster  menggunakan elbow method.

---

Coronavirus disease (COVID-19) is an infectious respiratory disease caused by a new type of coronavirus. This disease was previously called 2019-nCoV or 2019 novel coronavirus. The virus that causes COVID-19 is the SARS-CoV-2. There are several variants of SARS-CoV-2 that have the potential to have a major impact on public health, such as Lambda and Mu. There is also a group of variants of SARS-CoV-2 under monitoring whose impact and form of spread are unknown at the community level. Kappa, Iota, and Epsilon are some examples of variants that belong to this group. The World Health Organization (WHO) continues to monitor the emergence of a new variant of SARS-CoV-2. The variants of SARS-CoV-2 that are known to transmit and have a significant impact on society so far are Alpha, Beta, Delta, Gamma and Omicron. This study uses data from that five variants of SARS-CoV-2. This study implements an unsupervised program from machine learning, which is a simulation of the clustering process to group variants of SARS-CoV-2 . Feature extraction was carried out on the SARS-CoV-2 protein sequence data using discere package in the Python programming language. Through the feature extraction process, 27 features of the SARS-CoV-2 protein sequence data were produced which were ready for use. The elbow method is then implemented on the data to find out the optimal number of cluster formations for use in clustering. Based on the elbow method, the optimal number of clusters for the clustering simulation is  and a simulation with  is also carried out to provide an opportunity for all variants to form their own clusters. The clustering method used in this study is spectral clustering. The resulting clusters are then evaluated using the silhouette score evaluation metric and looking at the runtime in each simulation that is performed. The results of the silhouette score for the simulation with  is worth 0.614 and for the simulation with  it is worth 0.631. The average duration of the runtime noted that the simulation with  with 6.566 seconds was better than the simulation with  with 7.529 seconds. Based on these results, spectral clustering can be carried out on the SARS-CoV-2 variant by selecting the number of  clusters using the elbow method."

"RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) berbasis SYBR Green, merupakan metode alternatif yang dapat digunakan untuk pendeteksian SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), selain berbasis TaqMan. Pada penelitian ini, primer yang dirancang menargetkan gen RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) berdasarkan sekuens SARS-CoV-2 di Indonesia. Efisiensi dari metode yang dilakukan diketahui sebesar 97,82% dan limit of detection-nya adalah sampel dengan CT (cycle threshold) sebesar 41,25. Pada hasil uji spesifisitas, dua puluh sampel RNA positif SARS-CoV-2 terdeteksi positif dan delapan dari sepuluh sampel RNA negatif SARS-CoV-2 terdeteksi negatif. Dua sampel negatif yang terdeteksi positif karena terdeteksinya primer-dimer. Metode memenuhi kriteria presisi dengan hasil koefisien variasi pada intra-assay kurang dari 10% dan pada inter-assay kurang dari 15%. Sebagai langkah awal pengembangan deteksi kuantitatif, pada penelitian ini juga dilakukan percobaan penumbuhan transforman menggunakan sel kompeten One Shot® TOP10 dan One Shot® BL21(DE3) dengan plasmid kontrol DNA (deoxyribonucleic acid) pUC19 sebagai pemastian efisiensi sel kompeten yang dapat digunakan untuk penumbuhan kloning transforman gen RdRP SARS-CoV-2. Jumlah koloni bakteri yang berhasil tumbuh dari dua jenis sel kompeten tersebut tidak sesuai dengan ekspektasi panduan dari produsen. Selain itu, pada penelitian ini telah berhasil didapatkan fragmen gen target RdRP untuk kloning dengan PCR konvensional.

---

SYBR Green-based RT-qPCR (Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction) is an alternative method to detect SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2), besides the TaqMan-based. In this study, the primers were designed to target the RdRP (Ribonucleic Acid/RNA-Dependent Ribonucleic Acid Polymerase) gene based on a SARS-CoV-2 sequence in Indonesia. The method's efficiency is known to be 97,82% and the limit of detection is a sample with a CT (cycle threshold) of 41,25. At the specificity test results, all twenty positive RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as positive. Eight from ten negative RNA samples of SARS-CoV-2 were detected as negative, the remaining detected primer-dimer. The method meets the criteria of precision with the results of the coefficient of variation was less than 10% and 15% for intra-assay and inter-assay, respectively. As an initial step in developing quantitative detection, in this study, the efficiency of One Shot® TOP10 and One Shot® BL21(DE3) competent cells were confirmed using a DNA (deoxyribonucleic acid) control plasmid pUC19. Both types of competent cells do not meet the expectation based on the manufacturer. In addition, for cloning, the RdRP gene target fragment was successfully obtained by conventional PCR."

"COVID-19 atau Corona Virus Disease 2019 adalah penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 masuk melalui saluran pernapasan dan menginfeksi paru-paru. Pada penelitian ini metode sensor elektrokimia menggunakan S-protein sebagai biomarker untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dikembangkan dengan menggunakan dua jenis senyawa pengenal yang berbeda, yaitu umifenovir dan N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir dan Neu5Ac merupakan senyawa elektroakif yang mampu berikatan dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Studi elektrokimia dengan metode voltametri siklik menunjukkan puncak arus oksidasi umifenovir pada elektroda screen-printed boron-doped diamond (SPE-BDD) pada potensial +0,29 V. Penambahan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 pada larutan umifenovir menyebabkan penurunan puncak arus oksidasi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan puncak arus oksidasi ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S2 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dan limit deteksi (LOD) 18,98 ng/mL dan limit kuantifikasi (LOQ) 63,27 ng/mL dapat dicapai. Sementara itu, keberadaan senyawa Neu5Ac tidak menunjukkan respon pada elektroda SPE-BDD. Namun, pada elektroda screen-printed gold (SPGE) Neu5Ac dapat diidentifikasi dengan meningkatnya puncak arus reduksi Au pada potensial +0,23 V. Penambahan spike glikoprotein S1 SARS-CoV-2 pada larutan Neu5Ac menyebabkan penurunan puncak arus reduksi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dengan nilai LOD dan LOQ masing-masing 21,80 ng/mL dan 72,69 ng/mL. Kedua jenis sensor memiliki keberulangan yang baik dengan % RSD kurang dari 5% pada 10 kali pengukuran. Sensor ini juga memiliki selektivitas yang baik dan tidak dipengaruhi keberadaan hemaglutinin H1N1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL yang ditambahkan pada pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV-2.

---

COVID-19 or Corona Virus Disease 2019 is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters through the respiratory tract and infects the lungs. In this study an electrochemical sensor method using S-protein as a biomarker to detect SARS-CoV-2 was developed using two different types of identifier compounds, namely umifenovir and N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir and Neu5Ac are electroactive compounds that are able to bind to the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. An electrochemical study using the cyclic voltammetry method showed the peak of the oxidation current of umifenovir at a screen-printed electrode boron-doped diamond (SPE-BDD) at a potential of +0.29 V. The addition of spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 to the umifenovir solution caused a decrease in the peak of the oxidation current with an optimum contact time of 10 minutes. This decrease in the peak of the oxidation current was linear with increasing concentrations of the spike glycoprotein S2 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL and a detection limit (LOD) of 18.98 ng/mL and a quantification limit (LOQ) of 63.27 ng/mL could be achieved. Meanwhile, the presence of the Neu5Ac compound did not show a response to the SPE-BDD electrode. However, on the screen-printed gold electrode (SPGE) Neu5Ac can be identified by increasing the peak reduction current of Au at a potential of +0.23 V. The addition of spike glycoprotein S1 SARS-CoV-2 to Neu5Ac solution causes a decrease in the peak of the reduction current with an optimum contact time of 10 minute. This decrease was linear with increasing concentrations of spike glycoprotein S1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL with LOD and LOQ values of 21.80 ng/mL and 72.69 ng/mL, respectively. Both types of sensors have good repeatability with % RSD less than 5% for 10 measurements. This sensor also has good selectivity and is not affected by the presence of hemagglutinin H1N1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL added to the measurement of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2."

"SARS-CoV-2 sebagai virus penyebab COVID-19 yang berikatan dengan reseptor ACE-2 untuk masuk ke dalam sel inang melalui protein spike-1. Protein spike-1 dapat menjadi target pencegahan COVID-19 melalui pengembangan vaksin. Vaksin berbasis DNA merupakan kandidat vaksin yang menjanjikan untuk dikembangkan. Spesimen naso-oro faring pasien COVID-19 yang telah dikonfirmasi dengan RT-PCR, diekstraksi dan diamplifikasi dengan menggunakan primer kloning terhadap plasmid pUMVC4a. Hasil sekuensing dianalisis dengan SeqScape 3.0 dan MEGA 11. Analisis epitop sel B dilakukan dengan berbagai piranti lunak berbasis web. Konstruksi DNA vaksin dilakukan melalui analisis in silico menggunakan SnapGene 6.0 serta in vitro melalui teknik DNA Rekombinan. Gen spike-1 teramplifikasi dengan ukuran 2.265 bp, namun ligasi ke pUMVC4a dan transformasi ke E.coli strain DH5α belum berhasil. Berdasarkan analisis, seluruh sekuen memiliki mutasi D614G dengan isolat A dan B memiliki PNI yang dekat dengan varian Wuhan wt sementara 5 isolat (C-G) termasuk dalam varian Omicron. Berdasarkan sifat antigenisitas, toksisitas, alergenisitas, topologi dan hidrofobisitas, empat belas sekuen asam amino (pada posisi 68-678 protein S-1) diajukan sebagai epitop terpilih. Terdapat 14 sekuens asam amino pada protein spike-1 SARS-CoV-2 yang dapat diajukan sebagai domain epitop sel B dalam pengembangan vaksin COVID-19 berbasis DNA.

---

SARS-CoV-2 as the virus that causes COVID-19 binds to the ACE-2 receptor to enter host cells via the spike-1 protein. Spike-1 protein can be a target for preventing COVID-19 through vaccine development. DNA-based vaccines are promising vaccine candidates to be developed. Naso-oropharyngeal specimens of COVID-19 patients confirmed by RT-PCR were extracted and amplified using clone primers against the plasmid pUMVC4a. The sequencing results were analyzed with SeqScape 3.0 and MEGA 11. B cell epitope analysis was performed with various web-based software. Vaccine DNA construction was carried out through in silico analysis using SnapGene 6.0 and in vitro using Recombinant DNA techniques. The spike-1 gene was amplified with a size of 2,265 bp, but ligation to pUMVC4a and transformation to E.coli strain DH5α were not successful. Based on the analysis, all sequences have the D614G mutation with isolate A and B having a PNI that is close to the Wuhan wt variant while 5 isolates (C-G) belong to the Omicron variant. Based on antigenicity, toxicity, allergenicity, topology and hydrophobicity, fourteen amino acid sequences (at positions 68 - 678 of protein S-1) were proposed as selected epitopes. There are 14 amino acid sequences in the SARS-CoV-2 spike-1 protein that can be proposed as B cell epitope domains in the development of a DNA-based COVID-19 vaccine."

"Pandemi virus SARS-CoV-2 yang terjadi telah membuat kebutuhan untuk pemeriksaan massal deteksi virus menjadi meningkat. Saat ini pemeriksaan gold standard untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 adalah dengan metode reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) yang berbiaya mahal. Oleh karena itu dibutuhkan metode pemeriksaan alternatif yang lebih murah, cepat, dan mudah digunakan sebagai sistem deteksi virus. Metode Loop Mediated Isothermal Amplification LAMP) dapat melakukan reaksi amplifikasi nukleotida pada suhu isothermaltanpa perlu mesin thermal cycler dan dapat diamati langsung dengan penambahan zat pewarna. Metode deteksi virus berbasis LAMP yang dikembangkan menggunakan desain primer yang menarget gen S dan ORF1ab ditambah pewarna Calcein-Mangan dan senyawa tambahan Guanidine Hydrochloride (GuHCl). Sistem deteksi dilakukan optimasi konsentrasi komponen reaksi, suhu dan template yang menggunakan plasmid DNA kontrol. Optimasi didapatkan dengan konsentrasi reaksi FIP/BIP 0,4 µM, F3/B3 0,2 µM, Loop F/P 0,4 µM, Calcein-Mangan 12 µM, dan GuHCl 40 mM. Sistem LAMP yang dikembangkan dapat mendeteksi sekuens gen target pada DNA kontrol hingga 1 copy number dalam waktu sekitar 1 jam pada inkubasi suhu 55 ºC. Meski begitu, sistem LAMP yang dikembangkan belum mapu mengamplifikasi RNA virus SARS-CoV-2 hasil ekstraksi sampel swab pasien. Hal ini disebabkan oleh enzim Bst 3.0 yang dipakai dalam sistem LAMP tidak memiliki kemampuan reverse transcriptase yang diharapkan.

---

The SARS-CoV-2 virus pandemic has made the need for mass screening of virus detection increased. Currently, the gold standard  test to detect SARS-CoV-2 virus is reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method that costly. Therefore, an alternative method that is cheaper, faster, and easier to use as a virus detection system is needed. The Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method can perform nucleotide amplification reactions at isothermal temperatures  without the need of thermal cycler  machine and can be observed directly with the addition of coloring agents. The LAMP-based virus detection method development use primers design targeting the S and ORF1ab genes with Calcein-Manganese dyes and the additive compound Guanidine Hydrochloride (GuHCl). The detection system performed optimization of the concentration of reaction components, temperature and template using plasmid DNA control. Optimization was obtained with reaction concentration of FIP/BIP 0.4 μM, F3/B3 0.2 μM, Loop F/P 0.4 μM, Calcein-Manganese 12 μM, and GuHCl 40 mM. The developed LAMP system can detect target gene sequences in control DNA up to  1 copy number in about 1 hour at 55 ºC incubation temperature. Even so, the LAMP system developed still unable to amplify the RNA of the SARS-CoV-2 virus from the extraction of patient swab samples. This issue occurred due to the Bst 3.0 enzyme that used in the reaction did not have reverse transcriptase activity as expected."

"Salah satu terapi COVID-19 adalah plasma konvalesen yang disiapkan Unit Transfusi Darah dari donor yang telah sembuh dari COVID-19. Plasma konvalesen mengandung antibodi netralisasi yang menghambat interaksi antara protein S dengan reseptor ACE2 dengan persyaratan minimal titer 1:160 sehingga diperlukan sistem deteksi antibodi netralisasi seperti tes serologi berbasis ELISA kompetitif yang mudah, murah, cepat dan tidak membutuhkan BSL 3 atau 2. Uji ini membutuhkan protein rekombinan spike S1 yang dapat diekspresikan pada sistem ekspresi mamalia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi antibodi spesifik SARS-CoV-2 pada plasma konvalesen COVID-19 menggunakan protein rekombinan Spike S1.Penelitian ini menggunakan plasmid pD609 sebagai vektor ekspresi yang terdapat gen spike S1. DNA ditransfeksi secara transien ke sel CHO. Immunostaining dilakukan setelah transfeksi untuk melihat ekspresi protein rekombinan spike S1 pada sel CHO. Supernatan media sel CHO post transfeksi dianalisis dengan western blot dan ELISA untuk melihat reaktifitas terhadap serum konvalesen COVID-19. Hasil immunostaining menunjukkan plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His dapat mengekspresikan protein rekombinan spike S1 SARS-CoV-2 pada sel CHO. Hasil Western Blot dan ELISA menunjukkan supernatan media sel kultur CHO post transfeksi reaktif terhadap serum konvalesen COVID-19. Protein rekombinan spike S1 memiliki potensi untuk dikembangkan dan digunakan dalam uji antibodi spesifik namun hasil ekspresi protein masih rendah.

---

One of the therapies for COVID-19 is convalescent plasma prepared by the Blood Transfusion Unit from donors who have recovered from COVID-19. Convalescent plasma contains neutralizing antibodies that inhibit the interaction between S protein and ACE2 receptors with a minimum requirement of a titer of 1:160 so that a neutalizing antibody detection system is needed such as a competitive ELISA-based serological test that is easy, inexpensive, fast, and does not require BSL 3 or 2. S1 spike recombinant protein that can be expressed in mammalian expression systems. This study aims to detect SARS-CoV-2 specific antibodies in COVID-19 convalescent plasma using recombinant Spike S1 protein. This study used the pD609 plasmid as an expression vector containing the spike S1 gene. DNA was transiently transfected into CHO cells. Immunostaining was performed after transfection to see the expression of the S1 spike recombinant protein in CHO cells. The post-transfected CHO cell media supernatans were analyzed by western blot and ELISA to see the reactivity to COVID19 convalescent serum. Immunostaining results showed that the plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His could express the SARS-CoV-2 spike S1 recombinant protein in CHO cells. The results of Western blot and ELISA showed that the post-transfection CHO cell culture media supernatant was reactive to COVID-19 convalescent serum. S1 spike recombinant protein has the potential to be developed and used in specific antibody assays, but the results of protein expression is still low."