Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Agen pembawa materi genetik atau vektor berperan penting dalam mekanisme penghantaran gen. Vektor non-viral seperti liposom merupakan alternatif yang menjanjikan karena memiliki imunogenisitas yang lebih rendah daripada vektor viral. Namun, instabilitas dan rendahnya ekspresi gen merupakan tantangan utama dari penghantaran gen menggunakan vektor non-viral. Penggunaan polimer kationik polietilenimin (PEI) dengan berat molekul tinggi seperti PEI-25.000 efektif dalam menghasilkan ekspresi gen yang tinggi, tapi bersifat toksik terhadap sel. Maka dari ituOleh karena itu, formulasi liposom berbasis PEI yang memiliki berat molekul rendah diperlukan untuk meningkatkan efektivitasnya sebagai agen transfeksi. Pada penelitian ini, digunakan PEI bercabang dengan berat molekul 800 Da (PEI-800) yang diformulasikan dengan kolesterol dan Tween menjadi liposom dengan PEI-800 dan PEI-25.000 sebagai kontrol pembanding. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan kompleks DNA-liposom berbasis PEI-800 dan kolesterol (1:0,5; 1:1; 1:2; 1:3; 1:4) dalam mengkondensasi dan melindungi materi genetik dari degradasi enzim, efektivitas liposom sebagai agen transfeksi pada galur sel Human Embryonic Kidney (HEK-293T), dan toksisitas liposom terhadap galur sel HEK-293T. Liposom dipreparasikan dengan metode dispersi etanol dan kompleks DNA-liposom dikarakterisasi secara lebih lanjut untuk mengetahui mobilitas, stabilitasnya terhadap degradasi enzim, dan kemampuannya mengkondensasi DNA. Liposom juga dievaluasi secara in vitro dengan uji MTT untuk mengetahui tingkat sitotoksisitasnya dan digunakan untuk transfeksi gen pengode Green Fluorescence Protein (GFP) pada galur sel HEK-293T untuk mengetahui efektivitas transfeksinya. Kompleks DNA-liposom dengan perbandingan 1:2 sampai 1:4 terhadap DNA mampu mengkondensasi DNA dan melindungi DNA dari degradasi enzim DNAse secara sempurna sehingga tidak terbentuk pita DNA pada gel elektroforesis. Liposom yang diformulasikan tidak mampu mengekspresikan GFP dengan baik pada galur sel HEK-293T, tapi bersifat non-toksik, yaitu menunjukkan ≥70% viabilitas sel. Liposom berbasis polimer kationik PEI-800 yang diformulasikan dengan kandungan kolesterol yang tinggi (10 µmol) dan Tween lebih efektif dalam mengkondensasi DNA dibandingkan kontrol. Karakterisasi kompleks DNA-liposom perlu dilakukan lebih lanjut dengan menentukan ukuran partikel dan zeta potensial. Evaluasi secara in vitro kompleks DNA-liposom juga perlu dilakukan pada galur sel mamalia lain dan secara in vivo untuk mengetahui efektivitasnya.

---

Gene delivery vehicles or vectors play a very important role in the mechanism of delivery. Non-viral vectors such as liposomes are promising alternatives to viral vectors because they are less imunogenic. However, instability and low expression are the major challenges in gene delivery using non-viral vectors. The use of cationic polymer polyethyleneimine (PEI) with high molecular weight like PEI-25.000 is effective in resulting high gene expression, but is toxic to the cells. Therefore, formulations of cationic polymer PEI with low molecular weight are needed to increase the efficiency. In this study, branched polyethyleneimine with molecular weight of 800 Da (PEI-800) that is formulated with cholesterol and Tween as cationic polymer based liposome, and PEI-800, PEI-2500 is used to as controls. This study aims to understand the ability of PEI-800 and cholesterol-based liposome complexes with DNA (1:0,5; 1:1; 1:2; 1:3; 1:4) in condensing and protecting genetic materials from enzyme degradation, efficiency of liposomes as transfection agents in Human Embryonic Kidney (HEK-293T) cell lines, and the toxicity of liposomes to HEK-293T cell lines. Liposomes were prepared using ethanol dispersion method and DNA-liposomes complexes were further characterized for their mobility, stability against enzyme degradation, and the ability to condense DNA. Liposomes are also evaluated in vitro for the cytotoxicity using MTT assay and are used to transfect Green Fluorescent Protein (GFP) encoding gene to HEK-293T cell lines to know their transfection efficiency. DNA-liposomes complexes with 1:2 to 1:4 ratio were able to condense DNA and protect DNA against the degradation of DNAse effectively. Although DNA-liposomes complexes resulted in low expression of GFP in HEK-293T cell lines, liposomes were non-toxic, showing ≥70% cell viability. Liposomes with higher cholesterol content (10 µmol) and presence of Tween are more effective in condensing DNA than controls. Further characterization of DNA-liposome complexes’, particle size and zeta potential for instance is needed. In vitro evaluation in other mammalian cell lines and in vivo evaluation are needed to further determine the efficiency of low molecular weight PEI based liposomes."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier.

---

DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers."

"Latar Belakang: Status kebersihan rongga mulut yang buruk ditandai dengan biofilm dalam jumlah banyak. Biofilm terbentuk dari perlekatan bakteri ke permukaan padat dan dengan bakteri lain. Bakteri later colonizers patogen periodontitis di biofilm seperti Treponema denticola bergantung pada early colonizers seperti Veillonella parvula. Protein VtaA dan Msp berperan dalam fungsi perlekatan Veillonella parvula dan Treponema denticola. Akumulasi biofilm dapat menyebabkan periodontitis. Akan tetapi periodontitis tidak umum dibahas pada anak. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan jumlah Veillonella parvula dan Treponema denticola, serta ekspresi gen VtaA dan Msp spesifik tiap bakteri dari saliva anak terhadap status rongga mulut. Metode: Penelitian ini menggunakan 40 sampel saliva anak yang dikelompokkan berdasarkan kategori OHI-S. Ekstraksi RNA untuk analisis ekspresi gen dan DNA untuk jumlah bakteri target dari sampel menggunakan GeneZol Kit. Konversi RNA menjadi cDNA menggunakan SensiFast cDNA Kit. Ekstrak DNA dan cDNA diuji dengan Real-time PCR. Analisis jumlah bakteri menggunakan kuantifikasi absolut dan tingkat ekspresi gen menggunakan kuantifikasi relatif. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara jumlah kedua bakteri maupun tingkat kedua ekspresi gen di antara kategori OHI-S. Jumlah Veillonella parvula cenderung menurun dan Treponema denticola cenderung meningkat seiring memburuknya skor OHI-S. Kesimpulan: Deteksi peningkatan jumlah Veillonella parvula tidak dapat menjadi bioindikator inisiasi penyakit periodontal. Ekspresi gen VtaA dan Msp tidak dapat digunakan sebagai bioindikator pembentukan biofilm dalam jumlah tinggi.

---

Backgrounds: Poor oral hygiene status is marked by large amount of biofilms. Biofilms are made from bacterial adhesion to solid surfaces and to other bacteria. Later colonizers periodontitis pathogenic bacteria in biofilms like Treponema denticola, depend on early colonizers such as Veillonella parvula. VtaA and Msp are proteins that function in adhesion of Veillonella parvula and Treponema denticola. Biofilms accumulation can cause periodontitis. However, periodontitis is not a common discussion on children. Objectives: This research aims to analyze the correlation between the quantity of Veillonella parvula and Treponema denticola, also VtaA and Msp gene expression with oral status from children’s saliva. Methods: This study uses 40 samples of children’s saliva which has been grouped according to OHI-S category. RNA extraction to analyze gene expression and DNA extraction to quantify target bacteria from samples using GeneZol Kit. RNA conversion to cDNA uses SensiFast cDNA Kit. DNA extract and cDNA are tested using Real-time PCR Analysis of bacteria quantity with absolute quantification dan gene expression levels with relative quantification. Results: There is no significant difference between target bacteria quantity also gene expression levels between the OHI-S categories. Veillonella parvula’s quantity tends to decrease and Treponema denticola tends to increase as OHI-S scores worsens. Conclusions: Detection of increasing quantity of Veillonella parvula cannot be used as a bioindicator of periodontal disease initiation. VtaA and Msp gene expression cannot be used as a bioindicator of high rates of biofilm’s formation."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity."

"Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan salah satu virus paling mematikan yang merusak sistem imun manusia melalui interaksi antar protein (PPI). Oleh karena itu, diperlukan suatu metode prediksi yang dapat melihat secara luas interaksi antar protein. Integrasi dari berbagai jenis data yang berbeda merupakan salah satu pendekatan untuk melihat interaksi protein secara luas. Dalam penelitian ini dibangun metode untuk prediksi PPI dengan mengintegrasikan gene expression dan ontology menggunakan Bayesian Network. Langkah pertama pada proses integrasi ini yaitu mencari nilai likelihood ratio berdasarkan evidence berupa nilai probabilistik PPI pada masing-masing dataset. Dimana likelihood ratio diperoleh dari kombinasi evidence menggunakan Bayesian Network. Kemudian hasil prediksi yang diperoleh diverifikasi menggunakan database NIAID sebagai Gold-Standard. Dari hasil keseluruhan eksperimen, model yang dibangun ini dievaluasi menggunakan Positive Predictive Value (PPV) dan memperoleh presisi mencapai 85.07%.

---

.Human Immunodeficiency Virus (HIV) is one of the most deadly virus that could damage the human immune system through protein interaction (PPI). Therefore, the extremely prediction method that determine interactions between proteins extensively is required. The integration of different data is one of the approaches to look at the proteins interactions. In this research, a prediction model of PPI by integrating gene expression and gene ontology using Bayesian Networks will be developed. The first step in the integration process is to find the value of likelihood ratio based on evidence from each dataset. Furthermore the likelihood ratio is obtained from a combination of evidence using Bayesian Networks. Finally, the prediction results will be verified using a database of NIAID as Gold-Standard. Overall, we use PPV as an evaluation method which achieve precision around 85.07%."

"Gen EHMT2 dapat meregulasi metilasi protein histon yang berdampak pada disregulasi epigenetik dan terganggunya proses transkripsi. Hal tersebut dapat menjadi faktor yang memengaruhi metastasis tumor pada kanker paru. Salah satu inhibitor spesifik yang dapat digunakan untuk menghambat aktivitas dan menurunkan ekspresi gen EHMT2 adalah BIX01294. Sejauh ini, konsentrasi inhibitor BIX01294 yang digunakan untuk penelitian ekspresi gen EHMT2 pada kanker paru berkisar pada 2–10 μM. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian lanjutan terkait efektivitas inhibitor BIX01294 untuk menurunkan ekspresi gen EHMT2 dengan konsentrasi >10 μM. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas dari inhibitor BIX01294 dalam menurunkan ekspresi gen EHMT2 pada sel kanker paru A549 melalui empat konsentrasi inhibitor yang berbeda, yakni 12,5 μM, 15 μM, 17,5 μM, dan 20 μM. Metode yang digunakan adalah RT-qPCR. Hasil penelitian menujukkan bahwa inhibitor BIX01294 dapat memengaruhi konfluensi dan viabilitas sel kanker paru A549. Sampel sel kanker paru A549 yang tidak diberi perlakuan dengan inhibitor BIX01294 memiliki konfluensi sel dan nilai viabilitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan sampel seri inhibitor BIX01294. Selain itu, inhibitor BIX01294 juga dapat menurunkan ekspresi gen EHMT2 sel kanker paru A549 secara dose - dependant . Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa inhibitor BIX01294 dengan konsentrasi 12,5 μM; 15 μM; 17,5 μM; dan 20 μM dapat menurunkan ekspresi gen EHMT2 dan viabilitas pada sel kanker paru A549 secara dose-dependant.

---

The EHMT2 gene has the ability to control the methylation of histone proteins, which can lead to disruptions in epigenetic regulation and the transcription process. This can be a factor influencing tumor metastasis in lung cancer. A specific EHMT2 gene inhibitor, BIX01294, has been identified as an effective agent in inhibiting the activity of the EHMT2 gene. Previous research on lung cancer used BIX01294 concentrations between 2–10 μM. As a result, additional studies are needed to evaluate the efficacy of the BIX01294 inhibitor in reducing EHMT2 gene expression at concentrations greater than 10 μM. The objective of this study is to evaluate the potency of the BIX01294 inhibitor in reducing EHMT2 gene expression within A549 lung cancer cells at four different concentrations: 12.5 μM, 15 μM, 17.5 μM, and 20 μM. The method used in this study is RT-qPCR. The study’s findings reveal that the BIX01294 inhibitor can impact the confluence and viability of A549 lung cancer cells. The A549 lung cancer cell samples that were not subjected to the BIX01294 inhibitor exhibited higher cell confluence and viability values compared to those that were treated with the inhibitor. Furthermore, the BIX01294 inhibitor can also decrease the expression of the EHMT2 gene in A549 lung cancer cells in a dose-dependent manner. Therefore, it can be concluded that the BIX01294 inhibitor, at concentrations of 12.5 μM, 15 μM, 17.5 μM, and 20 μM, demonstrates a dose-dependent reduction in EHMT2 gene expression and the viability of A549 lung cancer cells."

"Kanker payudara masih menjadi masalah kesehatan global. Modalitas terapi yang digunakan untuk pasien kanker payudara diataranya agen kemoterapi doksorubisin (DOX). DOX digunakan untuk pengobatan kanker dengan mekanisme interkalasi DNA dan penghambatan topoisomerase II, serta penggunaannya mengalami resistensi. Bahan alam berpotensi digunakan untuk terapi kombinasi mengatasi resistensi doksorubisin. Bahan alam yang digunakan diantaranya dari jahe merah yang mengandung 6-shogaol. Senyawa 6-Shogaol sebagai agen kemoterapi yang meregulasi ekspresi gen yang berhubungan dengan proses proliferasi sel. Pada penelitian ini dilakukan analisis ekspresi gen pada basis data Gene Expression Omnibus (GEO) terkait pengobatan doksorubisin (GSE124597) dan pemberian 6-shogaol (GSE36973) dengan tujuan mengetahui perbandingan pola ekspresi gen yang dipengaruhi keduanya terhadap sel kanker payudara MCF7. Dilakukan juga anotasi fungsi gen yang diekspresikan menggunakan Gen Ontologi (GO) dan KEGG, jejaring farmakologi menggunakan basis data STITCH, serta simulasi penambatan molekuler untuk mengetahui mekanisme kerja antikanker. Sifat antikanker doksorubisin, 6-shogaol, dan ekstrak jahe merah kemudian  dikonfirmasi secara invitro meggunakan metode MTT. Hasil analisis Diffrential Expression Genes (DEG) menghasilkan 227 DEG yang sama (DEG bersama) akibat pemberian doksorubisin dan 6-shogaol. Hasil anotasi fungsi gen dengan GO menunjukkan dari 227 DEG terkait dengan proliferasi sel melalui jalur TP53.Demikian juga terkait hasil analisis jejaring farmakologi menunjukkan doksorubisin dan 6-shogaol terhubung dengan protein TP53. Hasil analisis interaksi protein-protein (PPi) menunjukkan jalur persinyalan TP53 terhubung dengan protein CDKN1A, GADD45A, DDIT3 dan CXCL12. Penambatan molekuler senyawa doksorubisin dan 6-shogaol pada protein TP53 menghasilkan energi ikatan berturut-turut -7.97 kcal/mol dan -6.05 kcal/mol. Nilai IC50 senyawa doksorubisin, 6-shogaol, dan ekstrak jahe pada sel MCF-7 berturut-turut adalah: 15.45 µg/ml, 61.24 µg/ml dan 144.99 µg/ml. Hal ini menunjukkan 6-shogaol dapat digunakan sebagai kandidat komplementer antikanker pada sel MCF-7.

---

Breast cancer is still a global health problem. Therapeutic modalities used for breast cancer patients include the chemotherapeutic agent doxorubicin (DOX). DOX is used for the treatment of cancer with DNA intercalation mechanisms and topoisomerase II inhibition, and its use has experienced resistance, so a combination therapy of natural ingredients is needed. The natural ingredients used include red ginger which contains 6-shogaol. 6-Shogaol compound as a chemotherapeutic agent that regulates gene expression related to cell proliferation processes. In this study, gene expression analysis was carried out on the Gene Expression Omnibus (GEO) database related to doxorubicin treatment (GSE124597) and 6-shogaol administration (GSE36973) with the aim of knowing a comparison of gene expression patterns affected by both of them on MCF7 breast cancer cells. Functional annotations of expressed genes were also performed using Gene Ontology (GO) and KEGG, pharmacological networks using the STITCH database, as well as molecular docking simulations to determine the mechanism of anticancer action. The anticancer properties of doxorubicin, 6-shogaol, and red ginger extract were then confirmed in vitro using the MTT method. The results of the Differential Expression Genes (DEG) analysis yielded the same 227 DEGs as a result of doxorubicin and 6-shogaol administration. The results of gene function annotations with GO showed that 227 DEGs were related to cell proliferation through the TP53 pathway. Likewise, the results of pharmacological network analysis showed that doxorubicin and 6-shogaol were linked to the TP53 protein. The results of protein-protein interaction (PPi) analysis showed that the TP53 signaling pathway was connected to the CDKN1A, GADD45A, DDIT3 and CXCL12 proteins. Molecular docking of the compounds doxorubicin and 6-shogaol to the TP53 protein produces a binding energy of -7.97 kcal/mol and -6.05 kcal/mol, respectively. The IC50 values ​​of doxorubicin, 6-shogaol, and ginger extract in MCF-7 cells were: 15.45 µg/ml, 61.24 µg/ml and 144.99 µg/ml, respectively. This shows that 6-shogaol can be used as a complementary anticancer candidate in MCF-7 cells."

"Latar belakang: Bakteri A. actinomycetemcomitans merupakan patogen utama yang berperan dalam patogenesis periodontitis agresif. Dalam interaksi antara sel osteoklas dengan bakteri, terdapat peran dari faktor virulensi bakteri A. actinomycetemcomitans dalam proses adhesinya ke permukaan sel, yaitu omp100. Adhesi bakteri pada sel, yang didukung oleh protein omp100, dapat mengakibatkan terjadinya disbiosis dalam ekosistem rongga mulut, yang berakibat pada terjadinya aktvivitas sel osteoklas secara berlebihan dan berefek pada destruksi tulang. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen omp100 pada interaksi direk antara sel osteoklas dan sel prekursornya dengan bakteri A. actinomycetemcomitans. Metode: Secara in vitro dengan metode eksperimental laboratorium, dengan sel osteoklas yang diperoleh dari hasil kultur Bone Marrow Cell (BMC) mencit C57BL/6. Sel yang diperoleh kemudian diberi paparan M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) agar berdiferensiasi menjadi sel BMM (Bone Marrow Macrophage), serta diberi paparan M-CSF dan RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) agar berdiferensiasi menjadi sel preosteoklas dan osteoklas. Sel diinfeksikan dengan bakteri A. actinomycetemcomitans dengan MOI (multiplicity of infection) 1:1 dan 1:5, kemudian dilakukan pengamatan bakteri intraseluler pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi untuk melihat internalisasi dan proliferasi bakteri berdasarkan ekspresi gen omp100. Hasil: Terjadi penurunan ekspresi gen omp100 pada sel BMM 18 jam pasca infeksi. Pada sel preosteoklas dan osteoklas, terjadi peningkatan ekspresi gen pada 18 jam pasca infeksi. Kesimpulan: Terjadinya peningkatan ekspresi gen omp100 berkorelasi positif dengan jumlah bakteri instraseluler yang diamati pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi. Peningkatan ekspresi gen omp100 terjadi akibat meningkatnya jumlah bakteri intraseluler, yang artinya bakteri di dalam sel mengalami proliferasi dan mampu terfasilitasi dengan baik di dalam sel preosteoklas dan osteoklas.

---

Background: Aggregatibacter actinomycetemcomitans is a major pathogen bacterium that plays role in the pathogenesis of aggressive periodontitis. In the interaction between osteoclast cells and bacteria, there is a role of the virulence factor of A. actinomycetemcomitans in the process of adhesion to the cell surface, namely omp100. The adhesion of these bacteria to cells, which is supported by the omp100 protein, can lead to dysbiosis in the oral ecosystem, which results in excessive osteoclast cell activity and effects on bone destruction. Purpose: To analyze the expression of omp100 gene in the interaction between osteoclast cells and their precursor cells with A. actinomycetemcomitans. Methods: In vitro research with laboratory experimental methods, using osteoclast cells obtained from Bone Marrow Cell (BMC) cultured from C57BL/6 mice. The cells obtained will then be given exposure to M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) to differentiate into BMM cells (Bone Marrow Macrophage), and also be given exposure to M-CSF and RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) to differentiate into preosteoclast and osteoclast cells. Cells were infected with A. actinomycetemcomitans with MOI (multiplicity of infection) of 1:1 and 1:5, then intracellular bacteria were observed at 1,5 and 18 hours post-infection to see the internalization and proliferation of bacteria. Results: There was a decrease in omp100 gene expression in BMM cells at 18 hours post-infection. In preosteoclast and osteoclast cells, there was an increase in gene expression at 18 hours post-infection. Conclusions: The increase in omp100 gene expression was positively correlated with the number of intracellular bacteria observed at 1,5 and 18 hours post-infection. The increase in omp100 gene expression occurred due to the increase in the number of intracellular bacteria, which means that the bacteria in the cells proliferated and were able to be well facilitated in preosteoclast and osteoclast cells."

"Aktivitas epigenetik, seperti modifikasi protein histon menjadi salah satu faktor yang mendorong proses karsinogenik dan meningkatkan risiko keganasan tumor. Gen EHMT1 dapat menyebabkan modifikasi protein histon, yaitu metilasi pada histon H3 lisin 9 (H3K9). Peningkatan ekspresi dari EHMT1 yang berlebihan berkaitan dengan proliferasi dan tingkat keparahan dari berbagai jenis kanker, salah satunya adalah kanker paru. Penelitian mengenai penghambatan ekspresi gen EHMT1 pada sel kanker paru menggunakan senyawa inhibitor belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh dari pemberian inhibitor BIX01294 konsentrasi 12,5; 15; 17,5; dan 20 μM terhadap viabilitas sel dan ekspresi gen EHMT1 pada sel kanker paru A549. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah pengujian viabilitas sel menggunakan trypan blue assay dan ekspresi gen melalui metode RT-qPCR. Perlakuan BIX01294 menunjukkan penurunan secara dose dependent dengan konsentrasi 20 μM menghasilkan penurunan viabilitas sel dan ekspresi gen terbesar dengan hasil viabilitas sel sebesar 44,25% dan ekspresi gen sebesar 0,06 fold change dibanding kontrol. Berdasarkan penelitian ini, pemberian inhibitor BIX01294 memberikan pengaruh terhadap viabilitas sel dan ekspresi gen EHMT1 pada sel kanker paru A549, yaitu dapat menghambat atau menurunkan viabilitas sel dan ekspresi gen EHMT1 secara dose dependent.

---

Epigenetic activities, such as modification of histone proteins, are one of the factors that drive carcinogenic processes and increase the risk of tumor malignancy. The EHMT1 gene can cause modification of histone proteins, namely methylation of histone H3 lysine 9 (H3K9). Increased overexpression of EHMT1 is associated with proliferation and severity of various cancers, one of which is lung cancer. Research on the inhibition of EHMT1 gene expression in lung cancer cells using inhibitor compounds has never been done. Therefore, the purpose of this study was to determine the effect of BIX01294 inhibitor concentrations of 12.5; 15; 17.5; and 20 μM on cell viability and EHMT1 gene expression in A549 lung cancer cells. The method used in this study was cell viability testing using trypan blue assay and gene expression through RT-qPCR method. BIX01294 treatment showed a dose dependent decrease with a concentration of 20 μM resulting in the greatest decrease in cell viability and gene expression with the results of cell viability by 44.25% and gene expression by 0.06 fold change compared to the control. Based on this study, the administration of BIX01294 inhibitor has an effect on cell viability and EHMT1 gene expression in A549 lung cancer cells, which can inhibit or reduce cell viability and EHMT1 gene expression in a dose dependent manner."