Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang. Coronavirus Disease-19 (COVID-19) sampai sekarang masih menjadi ancaman kesehatan global. Baku emas diagnosis COVID-19 adalah pemeriksaan RT-PCR dari sampel usap nasofaring. Pengambilan sampel dengan cara ini memiliki kekurangan seperti rasa tidak nyaman pada pasien, risiko perdarahan, dan risiko paparan pada tenaga medis. Saliva merupakan salah satu alternatif sampel yang bisa digunakan untuk tujuan ini. Tujuan. Mengetahui sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, nilai duga negatif, dan akurasi RTPCR saliva. Metode. Penelitian potong lintang pasien dewasa suspek COVID-19 pada April-Juni 2021 di instalasi gawat darurat rumah sakit Siloam Lippo Village. Pasien yang memenuhi syarat dan menyatakan setuju dilakukan pemeriksaan RT-PCR dari sampel usap nasofaring dan saliva. RTPCR dikerjakan dengan menilai gen N dan gen ORF1AB menggunakan alat Rotorgen QPlex-5Plus dengan batas positif CT Value < 40. Hasil. Sebanyak 126 pasien suspek COVID-19 yang eligible ikut penelitian selama periode studi. Enam pasien menolak mengikuti penelitian. Analisis akhir dikerjakan pada 120 pasien dengan proporsi laki-laki 42,5% dan median usia 50 tahun. Hasil RT-PCR positif ditemukan pada 69 (57,5%) sampel saliva dan 75 (62,5%) sampel usap nasofaring. Sensitivitas uji RT-PCR COVID19 dari sampel saliva adalah 86,67% (95% CI 76,84- 93,42), spesifisitasnya 91,11% (95% CI 78,78- 97,52). Nilai NDP yang didapat adalah 94,20% (95% CI 86,39-97,65) dan nilai NDN yang didapat 80,39% (95% CI 69,57-88,03). Akurasi yang didapat adalah 88,33% (95% CI 81,2093,47). Rerata CT value RT-PCR dari sampel saliva lebih tinggi dibandingkan sampel nasofaring, baik pada gen N (mean saliva 26,22 vs nasofaring 22,18; p= 0,01) maupun ORF1AB (mean saliva 26,39 vs nasofaring 23,24; p= 0,01). Simpulan. Saliva yang diambil dengan metode drooling merupakan sampel yang akurat untuk pemeriksaan RT-PCR COVID-19.

---

Background. Coronavirus Disease-19 (COVID-19) is still a global health problem. Diagnostic gold standard for COVID-19 is RT-PCR of the nasopharyngeal swab specimen. However, this method has several issues such as patient’s discomfort, risk of bleeding, and risk of exposure to examiner. Saliva is a viable alternative sample for this examination. Aim. To find out the sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and accuracy of saliva RT-PCR. Method. Crossectional study in adult patient with suspect ofCOVID-19 during April-June 2021 in emergency unit Lippo Village Hospital. Eligible and agreed patient are examined with RT-PCR from nasopharyngeal swab and saliva. RT-PCR was done by targeting gene N and ORF1AB using Rotorgen QPlex-5-Plus with CT value cut off 40. Result. A total of 126 suspected COVID-19 cases were admitted to ER during study period. Six patients were disagree to join. Final analysis was carried out on 120 patients (42.5% male, media age 60). Positive RT-PCR was found in 69 (57.5%) saliva specimens and 75 (62.5%) nasopharyngeal specimens. Sensitivity of saliva specimens was 86.67% (95% CI 76.84- 93.42), with specificity of 91.11% (95% CI 78.78-97.52). NDP of saliva was 94.20% (95% CI 86.39-97.65) with NDN of 80.39% (95% CI 69.57-88.03). Saliva’s accuracy was 88.33% (95% CI 81.20-93.47). Mean CT value of saliva specimens was higher than nasopharyngeal specimens in both gene N (mean saliva 26.22 vs nasopharyngeal 22.18; p= 0.01) and ORF1AB (mean saliva 26.39 vs nasopharyngeal 23.24; p= 0.01). Conclusion. Saliva collected with drooling method is an accurate sample for COVID-19 RT-PCR."

"Latar BelakangKasus pertama di AS memperlihatkan adanya gejala saluran cerna juga dialami oleh penderita COVID-19. Penelitian di Cina didapatkan pasien dengan keluhan pernapasan yang disertai keluhan saluran cerna adalah 47% dan ada 3% pasien yang hanya dengan keluhan saluran cerna saja tanpa gejala pernapasan.Pada penelitian RT-PCR ternyata ditemukan hasil positif tidak hanya pada saluran napas namun juga pada spesimen lain termasuk feses (29-53,42%). Pada biopsi endoskopi beberapa kasus juga ditemukan adanya virus SARS CoV-2 pada lambung, duodenum, ileum, dan juga rektum. Sedangkan penelitian menggunakan spesimen anal swab didapatkan angka 52,6% hasil positif.Terdapat laporan kasus dimana hasil pemeriksaan PCR swab nasofaring negatif, namun ternyata swab anal menunjukkan hasil positif dan persisten selama 42 hari. Metode RT-PCR dengan spesimen swab anal diharapkan dapat menjadi alternatif selain spesimen dari naso-orofaring.TujuanPada penelitian ini akan menguji performa tes PCR swab anal jika dibandingkan dengan tes PCR swab naso-orofaring sebagai alat diagnosis Covid-19.MetodePopulasi target adalah adalah pasien suspek atau probable Covid-19, usia>18 tahun. Subyek dengan diare profuse, Hematokezia atau melena masif, luka di anal, tidak disertakan dalam penelitian. Pemeriksaan RT-PCR swab anal dilakukan dengan MiRXES Fortitude Kit 2.1HasilPenelitian ini berhasil mendapatkan data dari 136 subyek. Selama penelitian tidak didapatkan komplikasi dan keluhan dari pasien selama pengambilan sampel anal. Sensitivitas RT-PCR swab anal adalah 36,67% (IK 95%: 28,04 sampai 45,28%) dan spesifisitas 93,75% (IK 95%: 81,88 sampai 100%). Nilai duga positif didapatkan 97,78% (IK 95%: 93,47 sampai100%) dan nilai duga negatif sebesar 16,48% (IK 95%:8,86 sampai 24,10%).SimpulanRT-PCR Swab anal dapat menjadi uji konfirmasi yang baik pada kasus COVID 19 dengan spesifisitas 93,8% pada kasus suspek dan probable COVID 19. Swab anal juga aman untuk dikerjakan.

---

Background

The first US case of Covid 19 experiencing gastrointestinal disorders. Study in China found that patients with respiratory and gastrointestinal symptoms was 47% and there were 3% of patients with gastrointestinal symptoms only without respiratory symptoms.

It was found that positive results of RT-PCR were not only in the respiratory tract but also in other specimens including feces (29-53.42%). Endoscopic biopsy of several cases also found the SARS CoV-2 virus in the stomach, duodenum, ileum, and rectum. While the study using anal swab obtained 52.6% positive results. There was a case report that PCR examination of the nasopharyngeal swab was negative, but the anal swab was positive and persistent for 42 days. This finding certainly needs further investigation, because there may be cases of Covid-19 that were not detected by the naso-oropharygeal swab RT-PCR swab but can be detected by anal swabs. The RT-PCR method with anal swab is expected to be an alternative to the naso-oropharygeal swab.

Objective

This study test the performance of the anal PCR swab test when compared to the naso-oropharyngeal swab PCR test as a diagnostic tool for Covid-19.

Method

Subjects of this study are patients with suspected or probable Covid-19, aged> 18 years. Subjects with extensive diarrhea, massive hematoschezia or melena, and anal wounds, were not included in the study. RT-PCR anal swab examination was performed with MiRXES Fortitude Kit 2.1

Result

136 eligible subjects were analyzed. There were no complication and complaints from patients during sampling. The sensitivity of RT-PCR anal swab was 36.67% (CI: 28.04 to 45.28%) and specificity 93.75% (CI: 81.88 to 100%). The positive predictive value was 97.78% (CI: 93.47 to 100%) and the negative predictive value was 16.48% (8.86 to 24.10%).

Conclusion

RT-PCR Anal swabs can be a good confirmation tool of COVID 19 cases with a specificity of 93.8%, in suspected and probable COVID 19 cases. Anal swabs are also a safe procedure."

"Latar Belakang : Pasien yang terinfeksi COVID-19 sering menunjukkan gejala pencernaan. Dalam beberapa penelitian telah menemukan RNA SARS CoV-2 dalam spesimen faecal pasien yang terinfeksi. Tujuan : Mengetahui nilai RT-PCR faecal dan membandingkannya dengan RT-PCR naso-orofaring sebagai standar emas pada pasien COVID-19. Metode : Penelitian ini adalah studi deskriptif observasional, mendeteksi partikel virus melalui pemeriksaan RT-PCR pada faecal pasien COVID-19 yang dirawat di rumah sakit. Penelitian dilakukan di Rumah Sakit Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo, Rumah Sakit Mitra Keluarga Depok, Rumah Sakit Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan Rumah Sakit Ciputra, Indonesia. Swab naso-oro-orofaringeal dan spesimen feses dikumpulkan untuk deteksi RNA SARS CoV-2. Hasil : Diperoleh 98 sampel. Dalam penelitian ini memiliki nilai sensitifitas yang rendah (38,10%) juga nilai NPV (20,00%). Namun memiliki spesifisitas tinggi (92,86%) juga nilai PPV (96,97%). Kesimpulan : Penelitian ini menunjukkan bahwa hasil positif pada pemeriksaan RT-PCR faecal  sangat baik digunakan untuk membantu menegakkan diagnosis COVID-19. Namun hasil negatif tidak dapat digunakan untuk menyingkirkan COVID-19. Oleh karena itu, pemeriksaan RT-PCR faecal merupakan tes yang sangat baik sebagai tes konfirmasi COVID-19.  RT-PCR faecal kurang tepat jika digunakan sebagai tes pada awal masuk pasien COVID-19 (screening), RT-PCR swab naso-orofaring masih lebih baik digunakan sebagai standar diagnostik (screening) untuk COVID-19.

---

Background: Patients infected by COVID-19 also show gastrointestinal.  In some studies have found  SARS CoV-2 RNA in faecal specimens of infected patients. Aims: This study will test the performance of faecal reserve transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) when compared with naso-oropharyngeal swab RT-PCR as the gold standard test in COVID-19. Materials and Methods: This is an observational descriptive study by detection viral particle  by  RT-PCR on faecal from patients which suspected or probable cases of hospitalized COVID-19 infection, conducted in Dr. Cipto Mangunkusumo National Hospital, Mitra Keluarga Depok Hospital, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital, Indonesia. Naso-oropharyngeal swab and faecal spesimens were collected for RNA SARS CoV-2 detection. Results: We analized 98 subjects. Sensitivity and specificity of faecal were 38,10% and 92,86%, the positive and negatif predictive value were 96,97% and 20,00%. Conclusion: Faecal specimen has low sensitivity value (38.10%) and NPV (20.00%). However, it has a high specificity (92.86%) and PPV (96.97%). Positive results were very well used to help enforce the diagnosis of COVID-19, but negative results cannot be used to exlude COVID-19. This is an excellent test as a confirmation test of COVID-19, but may not be used as an additional test at beginning of diagnostik COVID-19 patients."

"Pada bulan Desember, 2019, serangkaian kasus pneumonia dengan penyebab yang tidak diketahui muncul di China. Analisis data menunjukkan adanya coronavirus baru, yang diberi nama SARS-CoV-2. Beradasarkan WHO dan CDC pemeriksaan yang digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah metode molekular RT-PCR, salah satu kit yang digunakan adalah BioCoV-19 RT-PCR. Penelitian ini bertujuan membandingkan uji RT-PCR kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC sebagai standar dalam mendeteksi SARS-CoV-2, serta melakukan uji deteksi minimal untuk mengetahui sensitivitas analitik dari kit BioCoV-19 RT-PCR, menguji reaksi silang terhadap mikroba saluran nafas lain, dan menilai secara deskriptif karakteristik subjek penelitian. Perbandingan uji kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC mendapatkan nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif (NDP) dan nilai duga negative (NDN). Hasil pada penelitian ini menunjukkan bahwa sensitivitas dan spesifisitas BioCoV-19 RT-PCR Kit secara umum adalah 97,50% dan 100%, dengan Nilai Duga Positif (NDP) 100% dan Nilai Duga Negatif (NDN) 96,49%. Hasil uji minimal deteksi untuk primer-probe N1N2 CDC dan BioCoV-19 RT-PCR Kit setelah dilakukan dilusi bertingat sebanyak enam kali pengenceran yakni 3,5 kopi/reaksi (rerata nilai Ct 35,21). Uji reaksi silang tidak terdeteksi adanya reaksi silang dari 12 bakteri, tujuh virus dan tiga jamur. Karakteristik subjek penelitian lebih banyak pada laki-laki sebanyak (61,5%), untuk usia lebih banyak pada usia berkisar 20-40 tahun (56,29%), gejala klinis pasien saat datang lebih banyak gejala ringan.

---

In December, 2019, a series of pneumonia cases of unknown cause appeared in China. Analysis of the data indicated the presence of a new coronavirus, which was named SARS-CoV-2. Based on WHO and the CDC, the tests used to detect SARS-CoV-2 are the molecular RT-PCR method, one of the kits used is BioCoV-19 RT-PCR. This study aims to compare the RT-PCR test of the BioCoV-19 RT-PCR kit with the CDC's N1N2 as a standard in detecting SARS-CoV-2, as well as to conduct a minimal detection test to determine the analytical sensitivity of the BioCoV-19 RT-PCR kit, to test cross reactions against other respiratory tract microbes, and descriptively assessed the characteristics of the research subjects. Comparison of the BioCoV-19 RT-PCR test kit with N1N2 CDC obtained sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV). The results of this study showed that the sensitivity and specificity of the BioCoV-19 RT-PCR Kit in general were 97.50% and 100%, with a positive predictive value (PPV) of 100% and a negative predictive value (NPV) of 96.49%. The minimum test results for detection of the N1N2 CDC primer-probe and the BioCoV-19 RT-PCR Kit were carried out after six dilutions of 3.5 copies/reaction (mean Ct value 35.21). The cross-reaction test did not detect any positives of 12 bacteria, seven viruses and three fungi. The characteristics of the study subjects were more male (61.5%), for ages ranging from 20-40 years (56.29%), the clinical symptoms of the patients when they arrived were more mild symptoms."

"Pendahuluan: COVID-19 telah dilaporkan menyebabkan berbagai gejala, termasuk gejala pernapasan dan gejala gastrointestinal seperti mual, muntah, dan diare. Standar emas untuk pengujian COVID-19 adalah RT-PCR menggunakan koleksi swab nasofaring. Namun, beberapa penelitian menunjukkan bahwa pengambilan swab nasofaring memiliki beberapa keterbatasan, terutama untuk mendeteksi gejala gastrointestinal. Salah satu variabel dalam pengujian RT-PCR adalah Nilai CT yang diketahui dapat meningkatkan spesifisitas pengujian. Namun, belum ada penelitian yang menghubungkan Nilai CT pasien dengan pengambilan sampel swab anal dengan gejala gastrointestinal terkait COVID-19. Metode: Penelitian ini menggunakan desain penelitian analitik, khususnya penelitian potong lintang. Data sekunder diperoleh dan diolah yang berisi data pribadi, pekerjaan, dan hasil CT Value. Analisis lebih lanjut dilakukan pada hubungan antara gejala gastrointestinal dan tingkat Nilai CT pada swab anal. Hasil: Distribusi tingkat Nilai CT responden berdasarkan cut off >25 untuk tinggi, dan <25 untuk rendah dan sedang. Dari 37 subjek, 1 orang (2,7%) memiliki Nilai CT rendah dan 36 pasien memiliki Nilai CT tinggi. Distribusi gejala subjek didapatkan 15 pasien (40,5%) tidak mengalami gejala gastrointestinal dan sebanyak 22 pasien (59,5%) mengalami gejala gastrointestinal. Gejala gastrointestinal umum yang dilaporkan pada pasien meliputi: mual (54,1%), muntah (18,9%), sakit perut (16,2%) dan diare (13,5%). Namun, tidak ada hubungan yang signifikan (p>0,05) antara Nilai CT pada pengambilan anal swab dengan gejala gastrointestinal pada pasien COVID-19. Kesimpulan: Hubungan antara Nilai CT pada pengambilan anal swab dengan gejala gastrointestinal pada pasien COVID-19 tidak menunjukkan hubungan yang signifikan. Penelitian lebih lanjut tentang faktor risiko yang mempengaruhi hasil nilai CT direkomendasikan.

---

Introduction: COVID-19 has been reported to cause a range of symptoms, including respiratory symptoms and gastrointestinal symptoms such as nausea, vomiting, and diarrhea. The gold standard for COVID-19 testing is RT-PCR using nasopharyngeal swab collection. However, several studies have shown that taking nasopharyngeal swabs have some limitation, particularly to detect gastrointestinal symptoms. One of the variables in RT-PCR testing is CT Value, which known can increase specifity of the test. However, there has been no study linking the CT Value of patients with anal swab sampling with COVID-19 related gastrointestinal symptoms. Methods: This study used an analytical research design, particularly a cross-sectional study. Secondary data were obtained and processed which contained personal data, work, and CT Value results. Further analysis was conducted on the relationship between gastrointestinal symptoms and the level of CT Value on anal swabs. Result: The distribution of respondents' CT Value levels were based on a cut off of >25 for high, and <25 for low and moderate. From 37 subjects, 1 person (2.7%) had a low CT Value and 36 patients had a high CT Value. The distribution of the subject's symptoms found 15 patients (40.5%) had no gastrointestinal symptoms and as many as 22 patients (59.5%) had gastrointestinal symptoms. Common gastrointestinal symptoms reported in patients include: nausea (54.1%), vomiting (18.9%), abdominal pain (16.2%) and diarrhea (13.5%). However, there was no significant relationship (p>0.05) between CT Value in anal swab taking and gastrointestinal symptoms in COVID-19 patients. Conclusion: The association between CT Value in anal swab taking and gastrointestinal symptoms in COVID-19 patients did not show a significant relationship. Further research on risk factors affecting the CT value results are recommended"

"Latar Belakang : COVID- 19 disebabkan SARS-COV-2. WHO menerbitkan protokol pemeriksaan laboratorium untuk deteksi virus menggunakan metode real time RT-PCR dari spesimen swab nasofaring dan orofaring. Metode ini cukup invasif. Diperlukan tehnik pemeriksaan yang relatif aman dan nyaman untuk pasien. Penelitian ini bertujuan untuk melihat efetivitas swab bukal sebagai alternatif pemeriksaan SARS-COV-2.Metode : Studi uji diagnostik ini dilaksanakan sejak tahun 2020 - 2021, mengambil spesimen swab nasofaring, swab orofaring dan swab bukal dari pasien positif COVID- 19. Dilakukan optimasi, ekstraksi RNA virus dan real time RT-PCR .Hasil Penelitian : Hasil studi mengumpulkan 68 spesimen dari pasien COVID-19. Hasil uji nasofaring, orofaring dan bukal positif adalah 24 spesimen. Hasil uji nasofaring dan orofaring positif dengan uji bukal negatif adalah 23 spesimen. Berdasarkan nilai Ct < 20 dan Ct <25, hasil kesesuaian positif dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 30 hasil kesesuaian positif 85,3 % dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 40 , hasil kesesuaian positif 51,1 % dan negatif adalah 100%. Kesimpulan : Swab bukal dapat digunakan sebagai pemeriksaan alternatif pada pemeriksaan SARS- CoV-2.

---

Background: COVID-19 caused by the SARS-COV-2 virus. WHO published protocol for the detection of the virus using the real time RT-PCR from nasopharyngeal and oropharynx swab specimens. This method is invasive. Required an examination technique that is relatively safe and comfortable. This study aims to see the effectiveness of the buccal swab as an alternative to the SARS-CoV-2 examination.

Methods: This diagnostic test study from 2020 to 2021, specimens of nasopharyngeal, oropharyngeal and buccal swabs from COVID-19. Specimens underwent an optimization, viral RNA extraction and real time RT-PCR.

Result : This study collected 68 specimens from COVID- 19 patients. The results of positive nasopharyngeal, oropharynx and buccal tests were 24 specimens. The results of a positive nasopharynx and oropharynx test with a negative buccal test were 23 specimens. Based on the values ​​of Ct < 20 and Ct < 25 , the results of positive agreement and negative are 100%. The value of Ct < 30 and Ct < 40  results in a positive agreement are 85.3% and 51,1 %. The negative  results are 100%.

Conclusion : Buccal swab can be used as an alternative test for SARS-CoV-2 examination."

"Latar Belakang. SARS-CoV-2 menimbulkan beban yang sangat besar pada masyarakat, sistem ekonomi dan kesehatan di seluruh dunia. Berbagai langkah diambil untuk mengendalikan penyebarannya. Langkah – langkah tergantung pada diagnosis yang tepat waktu dan akurat dari orang yang terinfeksi virus. Penyebaran COVID-19 yang cepat, deteksi virus yang cepat dan tepat memegang peranan penting untuk mengendalikan infeksi dan membantu pasien untuk mencegah perkembangan penyakit lebih lanjut. Metode real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR) sangat dianjurkan untuk deteksi SARS-CoV-2 sebagai uji kualitatif spesifik dan sederhana. Selain metode menggunakan rRT-PCR, telah terdapat metode dengan pendekatan yang berbeda untuk mendeteksi SARS-CoV-2. Salah satu metode tersebut adalah VereCoVTM yang memiliki cara kerja berdasarkan teknik PCR dan hibridisasi, namun performa dari VereCoVTM masih belum diketahui.Tujuan. Penelitian bertujuan untuk mengetahui kesesuaian dan kaitannya dengan gejala klinis menggunakan uji VereCoVTM dengan rRT-PCR dalam mendeteksi SARS-CoV-2.Metode. Penelitian ini menggunakan consecutive sampling. Sampel penelitian yaitu sampel swab nasofaring dan orofaring yang diambil kemudian dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Analisis data menggunakan Kappa Cohen. Selanjutnya, dilakukan analisis data kesesuaian hasil pemeriksaan kedua uji pada pasien dengan gejala dan pasien tanpa gejala.Hasil. Perbedaan positivity rate antara VereCoVTM dan rRT-PCR sebesar 68% menunjukkan bahwa VereCoV™ memberikan hasil negatif palsu. Jika disandingkan terhadap data hasil rRT-PCR, maka ambang batas deteksi VereCoVTM setara dengan nilai Ct<32 atau setara dengan 118 salinan RNA. Tidak dijumpai reaksi silang dengan beberapa mikroorganise. Konsistensi antara kedua uji ditunjukan oleh koefisien Kappa (=0,609). Hal ini menggambarkan kesesuian yang moderate atau sedang. Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa kesesuaian kedua pemeriksaan meningkat pada pasien yang bergejala (90%), sebaliknya menurun pada pasien tanpa gejala (76,5%). VereCoVTM lebih sesuai digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 pada pasien yang bergejala. Hasil negatif pada VereCoVTM tidak dapat mengesampingkan kemungkinan infeksi COVID-19, sehingga perlu pemeriksaan lebih lanjut untuk mendukung diagnosis yang tepat.Kesimpulan. VereCoV™ lebih cocok untuk mendeteksi SARS-Cov-2 pada pasien yang bergejala. VereCoVTM tidak menunjukan adanya reaksi silang dengan beberapa mikroorganisme, yang terdapat pada saluran pernapasan.

---

Background. SARS-CoV-2 places an enormous burden on society, economic systems and health around the world. Various steps were taken to control its spread. These steps depend on timely and accurate diagnosis of the person infected with the virus. The rapid spread of COVID-19, rapid and precise detection of the virus play an important role in controlling infection and helping patients to prevent further disease progression. The real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR) method is highly recommended for the detection of SARS-CoV-2 as a simple and specific qualitative test. In addition to the method using rRT-PCR, there have been methods with different approaches to detect SARS-CoV-2. One of these methods is VereCoVTM which has a working method based on PCR and hybridization techniques, but the performance of VereCoVTM is still unknown.

Aim. The aim of the study was to determine the suitability and relation to clinical symptoms using the VereCoVTM test with rRT-PCR in detecting SARS-CoV-2.

Method. This study used consecutive sampling. The samples of the study was swab samples of the nasopharynx and oropharynx which were taken and analyzed at the Clinical Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Data was then analyze using Kappa Cohen. Furthermore, the data analysis of the suitability of the results of the two tests was carried out in patients with symptoms and patients without symptoms.

Results. The difference in positivity rate between VereCoVTM and rRT-PCR of 68% indicates that VereCoV™ gives a false negative result. When compared to the rRT-PCR data, the VereCoVTM detection threshold is equivalent to a Ct value <32 or equivalent to 118 copies of RNA. No cross reactions were found with some microorganisms. Consistency between the two tests is indicated by the Kappa coefficient (= 0.609). This describes a moderate or moderate fit. Further analysis showed that the concordance of the two examinations increased in symptomatic patients (90%), on the contrary decreased in asymptomatic patients (76.5%). VereCoVTM is more suitable for detecting SARS-CoV-2 in symptomatic patients. A negative result on VereCoVTM cannot rule out the possibility of COVID-19 infection, so further tests are needed to support a correct diagnosis.

Summary. VereCoV™ is more suitable for detecting SARS-Cov-2 in symptomatic patients. VereCoVTM did not show any cross-reactivity with some microorganisms, which are present in the respiratory tract."

"ABSTRAK Latar belakang: Berdasarkan Jakarta Cancer Registry tahun 2012, kanker kolorektal merupakan kanker terbanyak keempat pada wanita dan kedua pada pria di Indonesia. Penelitian menggunakan mRNA fekal sebagai penanda kanker kolorektal bersifat non invasif namun cukup representatif menggambarkan kelainan pada usus. Tujuan: Mengevaluasi peran pemeriksaan mRNA CEA feses pada pasien terduga keganasan kolorektal menggunakan nested RT-PCR. Metode: Uji diagnostik ini melibatkan 93 pasien terduga keganasan kolorektal yang ditentukan melalui anamnesis dan pemeriksaan fisik oleh klinisi. Ekstraksi mRNA CEA fekal menggunakan metode Kanaoka dan sintesis DNA menggunakan metode cyclic temperature reverse transcription 2 CTRT-2 . Pemeriksaan mRNA CEA menggunakan metode nested RT-PCR. Hasil: mRNA CEA fekal positif ditemukan pada 22 pasien 23,7 . Penelitian ini mendapatkan sensitivitas 51,61 , spesifisitas 90,32 , nilai prediksi positif 72,73 dan nilai prediksi negatif 78,87 . Meskipun sensitivitas yang diperoleh rendah tetapi spesifisitas mRNA CEA fekal yang tinggi dapat mengkonfirmasi diagnosis lesi neoplastik pada pasien terduga keganasan kolorektal. Kesimpulan: Pemeriksaan mRNA CEA fekal tidak dapat digunakan sebagai penanda tunggal dalam skrining keganasan kolorektal. Pemeriksaan mRNA CEA fekal perlu dikombinasikan bersama penanda diagnostik lainnya agar dapat meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan. Kata kunci: carcinoembryonic antigen; penanda fekal; nested

---

Background Based on the 2012 Jakarta Cancer Registry, colorectal cancer is the fourth of most common cancer in women and the second in men. Fecal carcinoembryonic antigen mRNA assay is a non invasive method, yet representatively describes abnormalities of the intestine. Objective To evaluate the role of fecal mRNA CEA assay in suspected colorectal cancer patients using nested RT PCR. Methods The diagnostic study included 93 suspected colorectal cancer patients which were determined by anamnesis and physical examination from the clinician. The fecal mRNA were extracted by Kanaoka method and cDNA were synthesized with cyclic temperature reverse transcription 2 CTRT 2 method. The fecal mRNA CEA assay used nested RT PCR method. Results Positive fecal mRNA CEA was detected in 22 patients 23.7 . Sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value were 51.61 , 90.32 , 72.73 , and 78.87 respectively. This study had low sensitivity but with high specificity. Therefore, fecal mRNA CEA could be used as a confirmatory assay. Conclusions It was not recommended to use fecal mRNA CEA as a single marker in colorectal cancer screening. A fecal mRNA CEA assay should be combined with other diagnostic markers in order to improve the sensitivity and specificity of the assay. Keywords carcinoembryonic antigen fecal marker nested "

"Latar belakang: Kasus COVID-19 anak lebih jarang ditemukan daripada dewasa. Meskipun demikian, pada dasarnya anak tetap dapat terinfeksi SARS-CoV-2 dan turut berperan dalam transmisi penyakit. Pemeriksaan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) merupakan baku emas untuk mendiagnosis COVID-19 namun memerlukan waktu relatif lama untuk memperoleh hasil. Radiografi toraks memiliki potensi menjadi modalitas diagnostik COVID-19 di masa pandemi. Sampai saat ini, belum ada penelitian terhadap penggunaan kategori gambaran radiografi toraks untuk menunjang diagnosis COVID-19 pada pasien anak.Metode: Penelitian ini dilaksanakan dengan desain potong lintang menggunakan data sekunder berupa hasil pemeriksaan radiografi toraks dan hasil RT-PCR terhadap 88 pasien anak di RSUPN Cipto Mangunkusumo mulai dari periode April 2020 hingga Oktober 2021, yang terdiri dari 22 pasien pneumonia COVID-19 dan 66 pasien pneumonia bukan COVID-19.Hasil: Analisis kappa Cohen untuk menilai kesesuaian antara kategori radiografi toraks (tipikal dan non-tipikal) dan hasil RT-PCR (pneumonia COVID-19 dan pneumonia bukan COVID-19) menunjukkan hasil nilai kappa ialah 0,22 (p = 0,033) yang mengindikasikan tingkat kesesuaian lemah namun bermakna.Simpulan: Tidak terdapat gambaran radiografi toraks yang khas pada anak dengan pneumonia COVID-19. Tidak terdapat kesesuaian yang baik antara kategori radiografi toraks dan hasil RT-PCR pada anak dengan pneumonia COVID-19.

---

Background: COVID-19 pneumonia is rare in children. However, children may still be infected and transmit disease. RT-PCR is the gold standard in diagnosing COVID-19, although results may be delayed. Chest radiograph may have role in diagnosing COVID- 19. To dates, literature in chest radiograph categorization in diagnosing COVID-19 in children has yet to be found.

Method: This study used secondary data of chest radiographs and RT-PCR result from 88 children in RSUPN Cipto Mangunkusumo from April 2020 to October 2021.

Result: Kappa Cohen analysis of agreement between chest radiographic category and RT-PCR result showed kappa score of 0,22 (p = 0,033), indicating a weak agreement yet statistically significant.

Conclusion: There is no pathognomonic chest radiograph findings of COVID-19 pneumonia in children. Agreement between chest radiographic category and RT-PCR testing in paediatric COVID-19 pneumonia is poor."