Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Dengue adalah penyakit virus akut yang disebabkan oleh virus RNA dari famili Flaviviridae dan disebarkan oleh nyamuk Aedes betina. Setiap tahunnya terjadi sekitar 50 juta kasus infeksi dengue di seluruh dunia, dengan jumlah kematian sebesar 22.000, kebanyakan pada kanak-kanak. Gejala yang muncul dapat berkisar dari demam tanpa gejala hingga komplikasi yang ditakuti seperti demam berdarah dan syok. Virus Dengue (DENV) memiliki empat serotipe yang berbeda, yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Hingga saat ini vaksin atau pengobatan yang efektif untuk menangani endemi demam berdarah dengue belum ditemukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam flavonoid sebagai inhibitor protease NS2B-NS3 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protease NS2B-NS3 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam flavonoid. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa flavonoid dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protease NS2B-NS3 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam flavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protease NS2B-NS3 DENV berdasarkan nilai Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa-senyawa dengan substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 yang memiliki nilai Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik.

---

Dengue is an acute viral disease caused by an RNA virus of the Flaviviridae family and is spread by the female Aedes mosquito. Every year there are about 50 million cases of dengue infection worldwide, with a death toll of 22.000, mostly in children. Presenting symptoms can range from asymptomatic fever to dreaded complications such as scarlet fever and shock. Dengue virus (DENV) has four different serotypes, namely DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. Until now, there is no effective vaccine or treatment to treat this endemic dengue hemorrhagic fever (DHF). This research aims to identify natural compounds flavonoids as protease inhibitors NS2B-NS3 on DENV virus serotypes 1–4 using in silico methods, to analyse the interaction between NS2B-NS3 protease and the flavonoid natural compound ligands, and to explain the pharmacokinetic processes which include Absorption, Distribution , Metabolism and Excretion (ADME), as well as toxicity characteristics of natural ligand compounds. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) website and the flavonoid compound ligands from the PubChem database. Screening for drug properties of the ligands was carried out using the OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were carried out using the rigid and induced fit docking protocol using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of ADME properties and drug toxicity was performed on the DataWarrior OSIRIS software, and pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of flavonoids have the potential to inhibit the DENV NS2B-NS3 protease based on its ?Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 with low ?Gbinding values, RMSD values below 2, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate."

"Zika virus (ZIKV) adalah flavivirus yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes yang biasanya hanya menyebabkan gejala demam ringan pada orang dewasa yang sehat, tetapi membawa risiko cacat lahir yang tinggi pada fetus jika terinfeksi selama kehamilan. ZIKV bisa bermutasi dan kemungkinan untuk menyebar ke area baru. Dengan belum adanya vaksin Zika yang disetujui, bahan alam seperti xanthone yang didapatkan dari ekstrak dari tanaman seperti manggis merupakan salah satu agen antivirus yang menjanjikan. Studi ini mengkarakterisasi infektifitas strain ZIKV Indonesia, kemudian meneliti efek antivirus alpha-mangostin (a-M), sejenis xanthone yang diekstraksi dari kulit buah manggis, terhadap ZIKV dalam tiga skenario perlakuan. Infeksi dan pertumbuhan ZIKV di galur sel secara signifikan berbeda antar sel dan dari waktu ke waktu (two-way ANOVA p < 0,01 di semua assay) dan bereplikasi dengan baik di galur sel A549 dan ginjal, tetapi tidak pada galur sel HepG2 atau sel darah putih. a-M secara efektif mengurangi titer virus dalam skenario full- dan post-treatment dengan selektivitas yang baik (SI = 6,14, 3,31, masing-masing), tetapi kurang efektif dalam mengurangi protein virus intraseluler (SI = 2,21, 1,78, masing-masing), dengan ribavirin (sebagai control) menunjukkan lebih sedikit efek, tetapi selektivitas yang lebih baik di semua skenario. Molecular docking menunjukkan a-M mengikat dengan baik ke kantung protein yang relevan pada protein replikasi ZIKV: NS1, NS3-helicase dan RdRp. Studi ini menyimpulkan bahwa ZIKV Indonesia mempunyai sifat yang mirip dengan strain lain di dunia dan a-M adalah antivirus ZIKV yang menjanjikan dengan toksisitas yang relatif rendah, dan bekerja dengan menghambat replikasi ZIKV, namun masih perlu dikonfirmasi dengan penelitian lebih lanjut.

---

Zika virus (ZIKV) is a flavivirus transmitted by the bite of Aedes mosquitoes which usually causes only mild fever symptoms in healthy adults, but carries a high risk of birth defects in fetuses if infected during pregnancy. ZIKV has a history of mutations and is likely to spread to new areas. With no approved vaccine, xanthones in extracts from plants such as mangosteen represent promising antiviral agents. This study first characterized the infection patterns of the Indonesian ZIKV strain, then investigated antiviral effects of alpha-mangostin (a-M), a xanthone extracted from mangosteen pericarp, against it in three treatment scenarios. ZIKV infection progressed significantly differently between cells and over time (two-way ANOVA p < 0.01 in all assays) and replicated well in A549 and kidney cell lines, but not HepG2 or white blood cell lines. a-M effectively reduced viral titer in A549 in full and post treatment scenarios with good selectivity (SI = 6.14, 3.31, respectively), but was less effective in reducing intracellular viral protein (SI = 2.21, 1.78, respectively), with ribavirin showing less effect, but better selectivity in all scenarios. Molecular docking showed a-M binding well to pockets of interest on the ZIKV replication proteins NS1, NS3-helicase and RdRp. This study concludes that Indonesian ZIKV is similar to other strains in terms of cell line infectivity and a-M is a promising antiviral agent with relatively low toxicity, and works by inhibiting ZIKV replication, which should be confirmed with further research."

"Dengue virus (DENV) merupakan salah satu virus yang masuk kedalam genus Flavivirus (famili Flaviviridae). Infeksi DENV dapat bersifat subklinis, infeksi pada satu tipe DENV tidak dapat memberikan kekebalan protektif terhadap tipe DENV lainnya. Hingga saat belum ditemukannya obat antiviral yang efektif untuk mengobati infeksi DENV dan terapi yang digunakan hanya sebatas penggantian cairan tubuh. Upaya yang dilakukan untuk pencegahan infeksi DENV terpaku pada pemberantasan vekctor DENV yaitu nyamuk Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). Penelitian ini mencari inhibitor enzim non-struktural NS5 RNA-dependent RNA-polymerase secara in silico melalui pendekatan penapisan virtual.

---

Dengue virus (DENV) is one of the viruses that belongs to the genus Flavivirus (family of Flaviviridae). DENV infection can be subclinical, infection in one type of DENV cannot provide protective immunity against other types of DENV. Until when it was not found effective antiviral drugs to treat DENV infections and therapy used only limited to replacement of body fluids. Efforts made to prevent DENV infection are fixated on DENV vector eradication, namely Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). This study sought in silico NS5 RNA-dependent RNA-polymerase non-structural enzyme inhibitors through a virtual screening."

"Cefixime merupakan obat yang termasuk ke dalam kelompok antibiotik cephalosporin. Cefixime digunakan dalam berbagai pengobatan untuk infeksi yang disebabkan oleh bakteri. Di beberapa negara dan penelitian cefixime diberikan kepada pasien yang terserang virus dan salah satunya adalah demam berdarah dengue. Pada penelitian ini, dilakukan modifikasi struktur dari cefixime (antibiotik generik) yang biasanya digunakan sebagai antibakteri. Prinsip dalam memodifikasi cefixime dengan merubah beberapa gugus yang ada agar hasil modifikasi menjadi lebih polar dan hidrofil. Setelah dilakukan screening terhadap cefixime, ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H dan 648 modifikasinya, dilakukan docking terhadap 12 ligan terbaik yang memiliki nilai ΔG lebih kecil bila dibandingkan ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H. Ligan dengan kode C261, C385, dan C386 menjadi tiga ligan terbaik yang memiliki nilai ΔG terkecil. Berdasarkan hasil ADMET Test ke tiga ligan modifikasi cefixime terbaik memiliki sifat yang sama baiknya berdasarkan sifat bioavailabilitas oral, sifat hidrofobisitas, dan sifat toksisitas. Cefixime memiliki empat ikatan hidrogen dengan NS2B-NS3 protease dengan satu ikatan hidrogen tersebut berikatan dengan sisi aktif. Dapat disimpulkan cefixime memiliki kemampuan sebagai inhibitor NS2B-NS3 protease yang cukup baik. Berdasarkan beberapa parameter yang dilakukan, ligan C261 merupakan ligan modifikasi cefixime terbaik.

---

Cefixime, which used to treat many different types of infections caused by bacteria, is in a group of drugs called cephalosporin antibiotics. But in some countries and researchs, cefixime administered to patients who suffered virusbased disease and one of them is Dengue Haemorrhagic Fever (DHF). In this research, structure of cefixime (a generic antibiotic) which usually used as an antibacterial is modified. The principle in modifying cefixime is by changing some of the atom groups that exist, so cefixime becomes more polar and hydrophilic. After screening standard cefixime, a standard ligand Bz-Nle-K-R-RH and 648 cefixime modifications, performed the best 12 ligands docking based on ΔG values that smaller than standard ligand Bz-Nle-K-R-R-H. Ligands with codes C261, C385, and C386 into three of the best ligand has the smallest values of ΔG.

Based on the results of the ADMET Test three best cefixime modification ligand have similar properties based on oral bioavailability and hydrophobicity properties. Standard cefixime has four hydrogen bonds with the NS2B-NS3 protease include one hydrogen bond with the active side. Result shows that cefixime has a good ability as a NS2B-NS3 protease inhibitors. Based on several parameters in this research, the ligand C261 is the best ligand of cefixime modification."

"ABSTRAKPenyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominandisebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapatdilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkanvaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein inimerupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV danmemiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukanisolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transformanSaccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metodeHisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan denganmeningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution bufferdari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diujisecara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide GelElectrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metodeBichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGEmenunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusidengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi proteindiperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%.

---

ABSTRACTPenyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominandisebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapatdilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkanvaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein inimerupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV danmemiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukanisolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transformanSaccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metodeHisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan denganmeningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution bufferdari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diujisecara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide GelElectrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metodeBichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGEmenunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusidengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi proteindiperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%."

"Latar belakang: Periodontitis adalah suatu keadaan radang kronis pada jaringan periodontal yang progresif, mengakibatkan kerusakan jaringan penyangga gigi dan bersifat irreversibel sehingga dapat menyebabkan kehilangan gigi. Treponema denticola merupakan salah satu bakteri yang menjadi etiologi utama dalam patogenesis periodontitis dengan cara membentuk dan melepaskan berbagai faktor virulensi, seperti enzim proteolitik dan faktor sitolitik yang memodulasi terjadinya inflamasi dan menyebabkan kerusakan tulang alveolar. Tujuan: mengkaji peran bakteri Treponema denticola dalam mekanisme kerusakan tulang alveolar pada penyakit periodontitis. Metode: Penyusunan systematic review dilakukan dari bulan Juli hingga November 2020. Literatur terpilih harus memenuhi kriteria inklusi sebagai berikut, artikel dipublikasikan dalam bahasa Inggris, diterbitkan dalam waktu 10 tahun terakhir, artikel tersedia dalam full text, dan berupa research article. Penentuan literatur inklusi menggunakan alir Preferred Reporting Item for Systematic Review and Meta-Analyses (PRISMA). Hasil: Terdapat enam jurnal yang sesuai kriteria inklusi dan membahas mekanisme kerusakan tulang oleh bakteri T. denticola. Mekanisme tersebut dapat terjadi melalui flagella sebagai faktor virulensinya maupun melalui infeksi bakteri utuh yang dapat menghambat diferensisasi sel osteogenik dan menginduksi sekresi sitokin proinflamasi yang berperan dalam osteoklastogenesis, yaitu IL-1β, IL-6, dan TNF-α. Mekanisme induksi berbagai sitokin ini pada akhirnya dapat meningkatkan diferensiasi osteoklas dengan peningkatan ekspresi RANKL dan menurunkan ekspresi OPG. Kesimpulan: Bakteri Treponema denticola terlibat dalam proses kerusakan tulang alveolar melalui inhibisi pembentukan tulang, dan melalui induksi respons inflamasi pada sel imun yang dapat meningkatkan diferensiasi osteoklas sebagai sel utama dalam kerusakan tulang alveolar.

---

Background: Periodontitis is a chronic inflammation condition of the periodontal tissue, which can cause irreversible progressive deterioration of the tooth supporting tissue that will lead to tooth loss. Treponema denticola is one of the main bacteria in the pathogenesis of periodontitis by producing and releasing various virulence factors, such as proteolytic enzymes and cytolytic factors, thereby modulating the inflammatory conditions and alveolar bone destruction. Objective: To examine the role of Treponema denticola in the mechanism of alveolar bone damage in periodontitis. Methods: This systematic review is conducted from July until November 2020. Qualified literature is evaluated based on inclusion criteria, including published in English within the last ten years and research articles which are available in full text. The inclusion literature’s determination is based on the PRISMA (Preferred Reporting Item for Systematic Review and Meta-Analysis) Results: Six journals fit the inclusion criteria and discuss that Treponema denticola can occur bone destruction through periplasmic flagella as virulence factors and whole bacterial infection, which can inhibit osteogenic cell differentiation and induce the secretion of proinflammatory cytokines that play a role in osteoclastogenesis, such as IL-1β, IL-6, and TNF-α. The induction mechanism of these various cytokines can ultimately increase osteoclast differentiation by increasing RANKL expression and decreasing OPG expression. Conclusion: Treponema denticola is involved in the process of alveolar bone destruction through inhibition of bone formation and induction of an inflammatory response in immune cells that can increase osteoclast differentiation as the main cell in alveolar bone destruction."

"Peptida antimkroba yang disintesis di dalam ribosom atau sering disebut bakteriosin yang diproduksi oleh bakteri asam laktat telah diidentifikasi dan dikarakterisasi. Hal tersebut menjadi sebuah fakta bahwa peptida ini dapat dikembangkan menjadi bahan tambahan yang berguna. Walaupun beberapa masalah dalam produksi bakteriosin masih perlu dipertimbangkan, kegunaan dari kultur penghasil bakteriosin memiliki keuntungan. Streptococcus macedonicus dilaporkan menghasilkan lantibiotik tingkat pangan bernama macedocin yang memiliki spektrum penghambatan luas terhadap bakteri asam laktat, termasuk bakteri patogen dan pembusuk makanan. Dalam studi sebelumnya, pengujian menunjukkan bahwa bakteriosin dari galur MBF 10-2 memiliki spektrum aktivitas penghambatan yang luas dengan menggunakan metode P-typing. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi aktivitas bakteriosin Streptococcus macedonicus MBF 10-2 dan memurnikan bakteriosin sesuai dengan bobot molekulnya 2,794,76 ± 0.42 Da. Pada penelitian ini telah dilakukan metode semipurifikasi menggunakan filter sentrifugal dan metode cakram kertas untuk esei penentuan zona hambat juga SDS PAGE untuk mengkarakterisasi bobot molekul. Bakteri indikator yang digunakan adalah Micrococcus luteus T18, Streptococcus pyogenes FF22, Lactococcus lactis T-21, Streptococcus pyogenes 71-698, Streptococcus pyogenes W-1 dan Leuconostoc mesentroides TISTR 120. Hasil menunjukan bahwa Streptococcus macedonicus MBF 10-2 memiliki aktivitas bakteriosin namum hanya menghambat Micrococcus luteus T18 dan Leuconostoc mesentroides TISTR 120. Hasil SDS PAGE mengungkap bahwa metode semipurifikasi yang digunakan cukup berhasil dalam memisahkan protein.

---

A variety of ribosomally synthesized antimicrobial peptides or bacteriocins produced by lactic acid bacteria have been identified and characterized. It has become evident that these peptides may be developed into useful antimicrobial additives. Although several problems concerning bacteriocin production still need to be addressed, the use of bacteriocin-producing cultures has considerable advantages over the use of purified bacteriocin preparation. Streptococcus macedonicus have been reported produces a food-grade lantibiotic named macedocin which has a broad inhibitory spectrum of lactic acid bacteria, as well as several food spoilage and pathogenic bacteria. In previous study, screening was performed the bacteriocin from strain MBF 10-2 possessed a broad spectrum lantibiotic like inhibitory substance activity using P-typing method. This study aimed to isolate and characterize the bacteriocin activity of Streptococcus macedonicus MBF 10-2 and to purify the bacteriocin into its known molecular mass of 2,794,76 ± 0.42 Da. Semipurification method have been done using centrifugal filter device and disc diffusion agar assay for zone inhibition method and also SDS PAGE assay to characterize its molecular mass have been done. Bacterial indicators used in this study are Micrococcus luteus T18, Streptococcus pyogenes FF22, Lactococcus lactis T-21, Streptococcus pyogenes 71-698, Streptococcus pyogenes W-1 and Leuconostoc mesentroides TISTR 120. Result revealed that Streptococcus macedonicus MBF 10-2 possessed bacteriocin activity against Micrococcus luteus T18 and Leuconostoc mesentroides TISTR 120.SDS PAGE result showed that the purification method used is succeed to resolving protein."

"ABSTRAKVirus dengue merupakan masalah kesehatan yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropics seperti Asia, Afrrika dan Amerika. Berdasarakan data yang dikumpulkan oleh WHO terdapat sekitar 50-100 juta kasus infeksi dengue diseluruh dunia setiap tahunnya, akan tetapi belum terdapat vaksin maupun antivirus yang mampu mencegah dan mengobati penyakit ini. Penelitian ini dilakukan untuk memanfaatkan bahan alam untuk menginhibisi aktivitas enzimatis dari sisi aktif NS5 Methyltransferase yang berperan dalam mensintesis cap-RNA virus dengue. Senyawa inhibitor yang digunakan adalah senyawa bahan alam yang diunduh dari pangkalan data UNPD sebanyak 229.000. Metode insilico yang digunakan adalah metode penampisan (virtual screening) yang dikemudian dilakukan penambatan molekul (molecular docking) terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Didapatkan sebanyak 3 senyawa inhibitor terbaik yang telah melalui tahap uji farmakologi untuk dapat dijadikan sebagai kandidat obat.

---

ABSTRACTDengue virus is a health problem faced by the world, especially tropical countries and subtropics such as Asia, Africa and America. Based on data collected by WHO there are around 50-100 million cases of dengue infection throughout the world each year, but there are no vaccines or antiviral agents that are able to prevent and treat this disease. This study was conducted to utilize natural materials to feed enzymatic activity from the active side of NS5 Methyltransferase which plays a role in synthesizing dengue virus RNA. The inhibitor compounds used were natural material compounds downloaded from UNPD database totaling 229,000. The insilico method used is a method of screening (virtual screening) which is carried out by molecular tethering (molecular docking) to the inhibitor on the active side of the target protein. The best 3 inhibitor compounds were obtained which had gone through the pharmacological test stage to be used as drug candidates."

"Penyakit demam berdarah dengue merupakan penyakit yang telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara, dengan lebih dari 2,5 miliar orang dalam kondisi beresiko untuk terjangkit penyakit ini secara epidemik. Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank dengan kode PDB 2FOM. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan 49 buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulfida sistein lalu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui hasil molecular docking didapatkan 2 ligan peptida siklis yang memiliki ΔGbinding rendah dan lebih baik daripada ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H dan ligan pembanding KRK dengan hasil terbaik adalah ligan RKR dengan ΔGbinding -22, 6955 kkal/mol. Analisis drug scan memberikan hasil yang terbaik untuk ligan RKR, dimana berdasarkan aturan Lipinsky, ligan RKR masuk kriteria sebagai obat yakni memiliki nilai LogP -8,05 < 5, donor H 4 < 5 dan acceptor H 2 < 10. Molecular dynamic dilakukan untuk melihat perubahan dari pergerakan konformasi kompleks enzim-ligan. Didapatkan per satuan waktu (0, 25, 50, 75, 100 piko detik) yang menunjukkan adanya perubahan pergerakan, namun tidak memperlihatkan perpindahan ligan dari sisi aktif enzim."