Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pandemi virus SARS-CoV-2 yang terjadi telah membuat kebutuhan untuk pemeriksaan massal deteksi virus menjadi meningkat. Saat ini pemeriksaan gold standard untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 adalah dengan metode reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) yang berbiaya mahal. Oleh karena itu dibutuhkan metode pemeriksaan alternatif yang lebih murah, cepat, dan mudah digunakan sebagai sistem deteksi virus. Metode Loop Mediated Isothermal Amplification LAMP) dapat melakukan reaksi amplifikasi nukleotida pada suhu isothermaltanpa perlu mesin thermal cycler dan dapat diamati langsung dengan penambahan zat pewarna. Metode deteksi virus berbasis LAMP yang dikembangkan menggunakan desain primer yang menarget gen S dan ORF1ab ditambah pewarna Calcein-Mangan dan senyawa tambahan Guanidine Hydrochloride (GuHCl). Sistem deteksi dilakukan optimasi konsentrasi komponen reaksi, suhu dan template yang menggunakan plasmid DNA kontrol. Optimasi didapatkan dengan konsentrasi reaksi FIP/BIP 0,4 µM, F3/B3 0,2 µM, Loop F/P 0,4 µM, Calcein-Mangan 12 µM, dan GuHCl 40 mM. Sistem LAMP yang dikembangkan dapat mendeteksi sekuens gen target pada DNA kontrol hingga 1 copy number dalam waktu sekitar 1 jam pada inkubasi suhu 55 ºC. Meski begitu, sistem LAMP yang dikembangkan belum mapu mengamplifikasi RNA virus SARS-CoV-2 hasil ekstraksi sampel swab pasien. Hal ini disebabkan oleh enzim Bst 3.0 yang dipakai dalam sistem LAMP tidak memiliki kemampuan reverse transcriptase yang diharapkan.

---

The SARS-CoV-2 virus pandemic has made the need for mass screening of virus detection increased. Currently, the gold standard  test to detect SARS-CoV-2 virus is reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method that costly. Therefore, an alternative method that is cheaper, faster, and easier to use as a virus detection system is needed. The Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method can perform nucleotide amplification reactions at isothermal temperatures  without the need of thermal cycler  machine and can be observed directly with the addition of coloring agents. The LAMP-based virus detection method development use primers design targeting the S and ORF1ab genes with Calcein-Manganese dyes and the additive compound Guanidine Hydrochloride (GuHCl). The detection system performed optimization of the concentration of reaction components, temperature and template using plasmid DNA control. Optimization was obtained with reaction concentration of FIP/BIP 0.4 μM, F3/B3 0.2 μM, Loop F/P 0.4 μM, Calcein-Manganese 12 μM, and GuHCl 40 mM. The developed LAMP system can detect target gene sequences in control DNA up to  1 copy number in about 1 hour at 55 ºC incubation temperature. Even so, the LAMP system developed still unable to amplify the RNA of the SARS-CoV-2 virus from the extraction of patient swab samples. This issue occurred due to the Bst 3.0 enzyme that used in the reaction did not have reverse transcriptase activity as expected."

"Pandemi virus corona SARS-CoV-2 di seluruh dunia telah menyebabkan besarnya populasi manusia yang terinfeksi COVID-19. Penyebaran virus yang massive membutuhkan alat diagnostik yang cepat, sehingga keputusan terkait kebijakan kesehatan, pembatasan publik, dan keputusan karantina dapat diambil dengan tepat. Polymerase chain reaction (PCR) adalah standar emas dalam pengujian asam nukleat yang mendeteksi viral ribonucleic acid (RNA). Meskipun real-time RT- PCR sensitif dan reliabel, namun prosesnya memakan waktu yang cukup lama sehingga tidak cukup untuk menjawab kebutuhan diagnosis di masa pandemi global COVID-19. Amplifikasi isotermal merupakan salah satu metode yang dapat digunakan sebagai alternatif PCR. Metode amplifikasi isotermal yang paling banyak diterapkan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Pada penelitian ini dilakukan perancangan prototipe berbasis pemanas poliamida yang dapat mempermudah proses reaksi LAMP. Sistem ini dapat menghasilkan suhu konstan 60˚C-65˚C dalam 30 menit dengan nilai error rata-rata pengukuran sensor suhu sebesar 1.75% dengan akurasi 98.25%. Pada pengujian perbandingan nilai suhu pada sensor dengan suhu dalam tube terdapat error rata-rata sebesar 1.75% dengan akurasi 95.45%. Kuantifikasi intensitas fluoresens juga telah berhasil dilakukan dengan tingkat zat fluorosensi yang berbeda-beda dengan membaca nilai keabuan minimal 102,76

---

The SARS-CoV-2 coronavirus pandemic worldwide has caused a large number of people to be infected with COVID-19. The massive spread of the virus requires rapid diagnostic tools, so that appropriate health, public and policy decisions can be made. Polymerase chain reaction (PCR) is the gold standard in nucleic acid testing that detects viral ribonucleic acid (RNA). Although real-time RT-PCR is sensitive and reliable, the process takes a long time so it is not sufficient to answer the need for diagnosis during the global COVID-19 pandemic. Isothermal amplification is one method that can be used as an alternative PCR. The most widely applied isothermal amplification method is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). In this study, a prototype based on a polyimide heater was designed that could facilitate the LAMP reaction process. This system can produce a constant temperature of 60˚C-65˚C in 30 minutes with an average error value of 1.75% of temperature sensor measurements with an accuracy of 98.25%. In testing the comparison of the temperature value on the sensor with the temperature in the tube, there is an average error of 1.75% with an accuracy of 95.45%. Fluorescence intensity quantification has also been successfully carried out with different levels of fluorescence intensity and can read a minimum gray value of 102,76"

"Latar Belakang. Penyakit COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 dengan cepat menyebar dan menjadi Pandemi serta menimbukan kerugian yang sangat besar pada masyarakat di seluruh dunia. Deteksi virus yang cepat dan akurat memegang peranan penting untuk mengendalikan penyebaran di masyarakat dan membantu pasien untuk menghindari perkembangan penyakit lebih lanjut. Saat ini real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) merupakan reference standard diagnostic test dalam mendeteksi SARS-CoV-2 di seluruh dunia. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) merupakan metode amplifikasi asam nukleat isotermal yang memiliki sensitivitas dan spesifisitas tinggi dan waktu pengerjaan yang jauh lebih cepat dibandingkan real-time RT-PCR. Tujuan. Penelitian bertujuan untukiDetectTM SARS-CoV-2 Detection KitSARS-CoV-2.Metode. Penelitian ini merupakan uji kesesuaian dengan studi potong lintang dan menggunakan metode pengumpulan sampel secara consecutive sampling. Subjek penelitian yaitu spesimen swab nasofaring dan orofaring dalam VTM (N=80) yang dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit menggunakan uji kesesuaian Kappa aplikasi SPSS versi 25.Hasil. Dari 72 sampel valid yang diperiksa dengan real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit dan real-time RT-PCR, 24 sampel terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR dan hanya tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP. Tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP termasuk ke dalam sampel - sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR. Secara statistik, uji reliabilitas / uji kesesuaian dari penelitian kedua alat diagnostik ini menunjukkan nilai Kappa yang sangat rendah, yaitu 0,16. Uji kesesuaian Kappa kedua alat ini menunjukkan bahwa hasil pemeriksaan alat real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dalam mendeteksi SARS-CoV-2. Kesimpulan. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dan tidak dapat digunakan sebagai alat diagnostik dalam mendeteksi SARS-CoV-2.

---

Introduction. COVID-19 caused by SARS-CoV-2 quickly spread and became Global Pandemic and caused enormous losses to people around the world. Rapid and accurate virus detection plays an important role in controlling spread in the community and helping patients to avoid further disease progression. Currently, real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) is determined as the reference standard diagnostic test for detecting SARS-CoV-2 worldwide. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) is an isothermal nucleic acid amplification method that has high sensitivity and specificity and provide faster result than real-time RT-PCR. Aim. The research aims to compare real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Method. This research is a comparison test with a cross-sectional study and uses a consecutive sampling method to collect samples. The research subjects were nasopharyngeal and oropharynx swab specimens in VTM (N=80) which were analyzed at the Clinical Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. The data obtained from the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR test results were analyzed using Kappa test SPSS version 25.

Results. Of the 72 valid samples examined by the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR, 24 samples were detected positive by real- time RT-PCR and only three samples were detected positive by real-time RT-LAMP. Three samples that were detected positive by the real-time RT-LAMP were included in the samples that were detected positive by the real-time RT-PCR. Statistically, the comparison test of the research of these two diagnostic tools showed a very low Kappa value, which was 0.16. The Kappa suitability test of these two tools showed that the real- time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit were not compatible with the real- time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Summary. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit is not compatible with real-time RT-PCR and cannot be used as a diagnostic tool in detecting SARS-CoV-2."

"Pada akhir tahun 2019 dilaporkan beberapa kasus pneumonia di Wuhan, Cina yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit yang ditimbulkan oleh virus ini disebut sebagai coronavirus disease 2019 (COVID-19). Jumlah kasus COVID-19 terus mengalami peningkatan dan penyebarannya terjadi pada seluruh kelompok usia termasuk anak-anak. Pemeriksaan real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) telah diotorisasi oleh Food and Drug Administration (FDA) dan pada pemeriksaan ini dikenal istilah cycle threshold (Ct). Nilai Ct sering dijadikan acuan dalam menentukan tingkat keparahan penyakit pada anak, akan tetapi masih terdapat kontroversi apakah nilai Ct berhubungan dengan tingkat keparahan penyakit. Penelitian ini bermaksud mencari hubungan bermakna antara nilai Ct khususnya gen ORF1ab dan gen N dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak yang dibagi menjadi tingkat keparahan ringan dan sedang sampai kritis. Didapat 52 responden anak dalam penelitian ini, dengan 24 responden terdeteksi gen ORF1ab dan 49 responden terdeteksi gen N. Rerata nilai Ct gen ORF1ab kelompok ringan (33,5 ± 4,4) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,0 ± 6,0). Median nilai Ct gen N kelompok ringan (34,8 [21,3 – 39,4]) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,7 [19,4 – 38,9]). Tidak didapatkan hubungan bermakna baik antara nilai Ct gen ORF1ab (nilai p = 0,25) maupun gen N (nilai p = 0,159) dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak. Berdasarkan hasil penelitian ini, diperlukan berbagai pertimbangan dalam menginterpretasi nilai Ct.

---

At the end of 2019, several cases of pneumonia were reported in Wuhan, China caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The disease caused by this virus is known as Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). The number of cases of COVID-19 continues to increase and its spread occurs in all age groups including children. Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) has been authorized by the Food and Drug Administration (FDA) and in this method a cycle threshold (Ct) value were obtained. The Ct value is often used as a reference in determining the clinical severity in children, but there is still controversy whether the Ct value is related to the clinical severity. This study intends to find a significant relationship between the Ct values, especially the ORF1ab gene and the N gene, with the COVID-19 clinical severity in children which is divided into mild and moderate to critical severity. There were 52 children in this study, with 24 children have ORF1ab gene detected and 49 children have N gene detected. The mean of ORF1ab gene Ct value in mild group (33.5 ± 4.4) was higher than moderate to critical group (31.0 ± 6.0). The median of N gene Ct value ​​in mild group (34.8 [21.3 – 39.4]) was higher than moderate to critical group (31.7 [19.4 – 38.9]). There was no significant relationship between the Ct value of the ORF1ab gene (p value = 0.25) and the N gene (p value = 0.159) with COVID-19 clinical severity in children. Based on the results of this study, various considerations are needed in interpreting the Ct value."

"Pendeteksian dini penyakit adalah hal yang paling penting untuk melawan suatu wabah penyakit. Akan tetapi hal tersebut menjadi masalah untuk wilayah ataupun daerah yang memiliki akses terbatas terhadap peralatan medis. Loop-Mediated Isothermal Amplification Polymerase Chain Reaction atau LAMP-PCR adalah suatu alat yang mampu mengamplifikasi suatu DNA, sehingga DNA tersebut akan mudah untuk dideteksi. Salah satu komponen yang diperlukan untuk alat LAMP PCR adalah modul pemanas, karena LAMP-PCR bekerja pada suhu yang tinggi yaitu sekitar 65oC. Panas yang dibutuhkan pada alat PCR dapat dihasikan dengan menggunakan suatu electrode dengan bahan campuran silver-polyvinyl alcohol (PVA) yang dialiri oleh listrik. Elektrode silver-pva tersebut akan mengalami fenomena resistive heating sehingga menghasilkan panas. Pada penelitian ini, dilakukan karakterisasi pada pemanas dengan bahan campuran silver-pva. Karakterisasi yang diteliti adalah electrical properties, mechanical properties, dan heat properties. Dari penelitian ini, didapat nilai electrical dan mechanical properties dari elektrode pemanas silver-pva meningkat sebanding dengan semakin tinggi konsentrasi PVA. Diperoleh juga temperature yang dapat dihasilkan oleh electrode pemanas silver-PVA ini adalah sebesar 102oC.

---

Early detection of disease is the most important thing to fight against a disease outbreak. However, this is a problem in regions that have limited access to medical equipment. Loop-Mediated Isothermal Amplification Polymerase Chain Reaction or LAMP-PCR is a tool that can amplify a DNA, so that DNA will be easy to detect. One of the components needed for the LAMP PCR device is the heating module, because the LAMP-PCR works at high temperatures. The heat needed on the PCR can be generated by using an electrode with a silver-polivinyl alcohol (PVA) mixture which is electrically flowed. The silver-PVA electrode will experience a resistive heating phenomenon so that it will generate heat. In this study, characterization of heaters with a silver-pva mixture was carried out. The characters examined in this study are electrical properties, mechanical properties, and heat properties. From this study, the electrical and mechanical properties of the silver-pva heating electrode increased in proportion to the higher PVA concentration. The temperature that can be produced by the silver-PVA heating electrode is 102oC."

"Penelitian ini merupakan usaha untuk mengembangkan suatu metode baru dalam mendeteksi HIV. Teknik deteksi yang biasa digunakan adalah RT-PCR dari sampel berupa RNA, Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengaplikasikan pengembangan metode amplifikasi DNA, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), untuk menggantikan RT-PCR, karena metode LAMP ini dinilai lebih spesifik, sensitif, dan efisien.Reaksi LAMP telah dilakukan pada isolat RNA yang sebelumnya telah di-reverse transcription (RT) dan dikonfirmasi dengan PCR. Reaksi tersebut menggunakan enzim Bs/ DNA polimerase dan reaksinya berlangsung pada suhu 65°C. Hasil reaksi tersebut telah dikonfirmasi dengan elektroforesis dan menunjukkan ketiadaan pita hasil amplifikasi yang diharapkan. Argumentasi yang paling memungkinkan dari hasil reaksi ini antara lain, adalah kondisi kemurnian sampel, kondisi reaksi yang tidak optimal untuk reaksi LAMP, dan rancangan primer. Reaksi LAMP juga akan dilakukan pada bagian dari sekuens gen gag yang terletak pada nukleotida nomor 905-1081 dan telah diklon pada vektor pGEM-T serta telah dikonfirmasi dengan sekuensing DNA. Hasil sekuensing menunjukkan sekuens yang sama dengan data gene bank dengan ukuran yang sesuai dengan ukuran target primer komersial, yaitu sebesar 155 pb dan akan digunakan sebagai template untuk reaksi LAMP.Kesimpulan penelitian ini adalah metode LAMP helum berhasil dikembangkan untuk deteksi HIV. Rancangan primer dan kondisi reaksi adalah hal-hal yang penting dalam metode LAMP dan harus ditingkatkan untuk keberhasilan reaksi ini.

---

This study was attempted to develop a new method for HIV detection. The technique that is usually used is RT-PCR for RNA detection. This research aims to apply the recently developed DNA amplification method, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), instead of RT-PCR as this method is more specific, sensitive, and efficient.

The LAMP reaction is done on RNA isolates that have been confirmed by PCR to contain HIV RNA. This reaction has been performed at 65°C using Bst DNA polymerase after doing reverse transcription. The result showed that LAMP on RNA isolates did not result in amplification as confirmed by electrophoresis. Most probable reasons for these results are the impurity of the sample, the conditions of the reactions that are not optimal for the LAMP reaction, and the design of the primer. LAMP was also performed on a part of a gag genes sequences on nucleotides number 905-1081 that has been cloned onto a pGEM-T vector and then sequenced for confirmation. The result of DNA sequence showed the same sequence as reported in Gene Bank data, with a size similar to a commercial primary target, i.e. 155 bp and will consequently be used as a template for the LAMP reaction.

The conclusions of this study are the LAMP method has not developed yet for HIV detection. The design of the primer and the conditions of the reactions in the LAMP method are the important things for the successful of this reaction, need to be improved."

"Latar Belakang: Reseptor ACE2 tidak hanya terdapat pada paru-paru, tetapi juga pada saluran pencernaan yang memungkinkan terjadinya infeksi SARS-COV-2 pada enterosit, menimbulkan manifestasi klinis gastrointestinal, dan terdeteksinya RNA virus pada pemeriksaan swab anal. Studi lain di seluruh dunia menunjukkan hasil yang berbeda-beda serta belum didapatkan penelitian serupa di Indonesia. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui luaran klinis infeksi COVID- 19 pada pasien yang dilakukan swab anal, mendapatkan hubungan hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal dan derajat keparahan pada pasien COVID-19 di Indonesia. Metode: Merupakan cabang penelitian dari penelitian utama yang berjudul “Nilai RT-PCR Swab Anal untuk Diagnosis COVID-19 pada Orang Dewasa di Indonesia”. Penelitian ini merupakan studi analitik dengan desain potong lintang. Sampel penelitian merupakan pasien COVID-19 yang menjalani rawat inap di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), RS Mitra Keluarga Depok, RS Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan RS Ciputra selama periode April 2020 sampai dengan Januari 2021. Dikumpulkan data demografi, manifestasi klinis, derajat keparahan, dan hasil swab anal PCR SARS-CoV-2.Hasil: 136 subjek penelitian dengan swab nasofaring positif dianalisis. 52 pasien (38,2%) dengan swab anal PCR SARS-CoV-2 positif dan 84 pasien (61,8%) dengan swab anal negatif. Manifestasi klinis saluran cerna tersering, yaitu: mual-muntah 69 pasien (50,7%), nafsu makan menurun sebanyak 62 pasien (45,6%), dan nyeri perut sebanyak 31 pasien (22,8). Terdapat 114 pasien (83,8%) tergolong dalam derajat ringan-sedang dan 22 pasien (16,2%) tergolong dalam berat-kritis. Terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual-muntah (nilai p 0,031). Tidak terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan (nilai p 0,844).Simpulan: Terdapat hubungan antara hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual- muntah dan tidak terdapat hubungan antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS- CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan infeksi COVID-19.

---

Background: ACE2 receptor is not only found in the lungs, but also in the digestive tract, which allows the occurrence of enterocyte infection, gastrointestinal clinical manifestations, and detection of viral RNA on anal swab PCR. Studies around the world show various results, yet there has been no similar study to be found in Indonesia.

Objective: This study aims to determine the clinical outcome of COVID-19 patients with gastrointestinal manifestations who were tested by anal swab, the relationship between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations as well as the severity of COVID-19 patients in Indonesia.

Methods: This research is a branch of study titled. The Value of Anal Swab RT- PCR for COVID-19 Diagnosis in Adult Indonesian Patients. This is an analytical study with cross-sectional design. Samples were obtained from hospitalized COVID-19 patients at RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), Mitra Keluarga Hospital Depok, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital from April 2020 to January 2021. Demographic data, clinical manifestations, severity, and SARS-CoV-2 PCR anal swab were collected.

Results: 136 subjects with positive nasopharyngeal swab were analyzed. Result showed that 52 patients (38.2%) had positive anal swabs PCR SARS-CoV-2 and 84 patients (61.8%) had negative anal swabs. Common gastrointestinal clinical manifestations were: nausea and vomiting in 69 patients (50.7%), anorexia in 62 patients (45.6%), and abdominal pain in 31 patients (22.8). There were 114 patients (83,8%) classified as mild-moderate and 22 patients (16,2%) as severe-critical. There was a statistically significant relationship between anal swab PCR for SARS- CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea- vomiting) (p value 0.031). There was no statistically significant relationship found between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with the severity of COVID- 19 infection (p value 0.844).

Conclusions: There is a relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea-vomiting) and there is no relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with severity of COVID-19 infection."

"Salah satu strategi untuk mengatasi pandemi Coronavirus disease-19 (COVID-19) ialah melalui diagnosis infeksi virus SARS-CoV-2 secara dini melalui Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Uji RT-PCR merupakan uji deteksi dan kuantifikasi asam nukleat. Salah satu metode ekstraksi asam nukleat adalah dengan bantuan material berbasis silika sebagai kolom matriks. Pada penelitian ini; dilakukan preparasi matriks Silica Coarse (SC) dalam matriks berwujud kolom suspensi, serbuk halus, dan keping cakram yang bersumber dari mineral aluminosilikat kaolin. Kemampuan pengikatan matriks SC berbasis mineral alam tersebut telah berhasil ditingkatkan dengan bantuan kation penyeimbang Na+ dan Guanidium+ yang dijenuhkan di dalam kerangka kaolin. Dilakukan pula upaya peningkatan sifat mekanik cakram SC melalui pengikatan dengan PEG 1500. Matriks Silica Coarse (SC) yang telah mengandung Na+ dan Guanidium+ kemudian dianalisa karakteristik fisikokimia-nya menggunakan instrumen FTIR, XRD, XRF, SEM, dan metode pengukuran luas area BET-distribusi pori BJH. Penelitian ini memberikan hasil bahwa matriks SC pellet basah (berwujud kolom suspensi) memberikan hasil ekstraksi yang dapat diamplifikasi lebih baik di bawah instrumen RT-PCR dibandingkan matriks SC pellet kering (berwujud serbuk halus dan cakram). Seluruh spesimen non aktif RNA virus SARS-CoV-2 yang digunakan dalam uji ekstraksi pada penelitian ini memiliki kisaran nilai ambang Ct < 20.

---

One of the strategies to overcome the COVID-19 disease is through diagnostic clinical tests using the Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) test. The RT-PCR test is a detection test and quantification test of nucleic acid. This method is initiated by pre-analytical step, known as extraction of nucleic acids. Extraction of nucleic acid requires silica-based materials as an extraction column. Herein, Silica Coarse (SC) in the form of suspension, powder and discs columns; were prepared from natural Indonesian Kaolinite as an alternative phase-extraction column to binding RNA of SARS-CoV-2. The RNA binding ability in SC was enhanced with chaotropic agents in the form of Na+ and Guanidium+ embedded on the kaolinite silicate framework. We were also improved the mechanical properties of SC discs with addition of PEG 1500. SC, embedded with Na+ and Guanidium+ respectively, then its physicochemical characteristics were studied using FTIR, XRD, XRF SEM, and BET surface area and pore measurement. This work shows that SC suspension column could extract RNA of SARS-CoV-2 that amplified better in RT-PCR test than SC dried columns, with the initial CT value of all the SARS-CoV-2 specimens in the range Ct < 20"

"Latar belakang: Diagnosis tuberkulosis (TB), khususnya pada pasien HIV masih merupakan masalah tersendiri, terutama pada daerah dengan sumber daya terbatas. Pemeriksaan mikroskopis hapusan bakteri tahan asam (BTA) merupakan metode yang sederhana dan cepat tetapi hanya mendeteksi 30% -40% kasus Tb sedangkan kultur (baku emas) membutuhkan waktu pemeriksaan yang berminggu-minggu. Metode genotipe (PCR dan isothermal amplification) memiliki sensitivitas yang tinggi dan kerjanya cepat tetapi metode ini masih sangat kompleks dan membutuhkan peralatan khusus. Cross-priming amplification (CPA) merupakan metode amplifikasi DNA secara isothermal dengan menngunakan multiprimer dan enzim polymerase dengan tehnik pembacaan hasil amplifikasi yang sederhana. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaanCPA dan PCR TB LMK FKUI dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien tersangka TB tanpa/dengan HIV. Metode: 20 sputum pasien non-HIV tersangka TB dan 37 sputum pasien HIV tersangka TB diperiksa dengan CPA dan PCR TB LMK FKUI. Hasil: Semua yang terdeteksi positif dengan CPA juga dideteksi positif oleh PCR tetapi 20% hasil yang terdeteksi negatif oleh CPA terdeteksi sebagai positif di PCR dan semua yang terdeteksi negatif oleh PCR terdeteksi negatif juga di CPA sedangkan hasil negatif di CPA (20%) masih terdeteksi positif oleh PCR. Dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien HIV/AIDS tersangka TB paru Terdapat hubungan bermakna antara CPA dengan PCR TB LMK FKUI, hampir semua hasil positif oleh CPA (94.1%) juga dideteksi positif oleh PCR tetapi 30% hasil negatif oleh CPA terdekteksi sebagai positif oleh PCR dan hampir semua hasil negatif oleh PCR (93.3%) terdeteksi negatif juga oleh CPA. Kesimpulan: Terdapat hubungan bermakna antara CPA dan PCR TB LMK FKUI dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien tersangka TB paru. PCR TB LMK FKUI lebih sensitif dibanding CPA dalam mendeteksi M.tuberculosis.

---

Background: The diagnosis tuberculosis (TB) especialy in HIV patients remains a major obstacle to global control of TB, especially in resource limited settings. Light microscopy in sputum smears as common method in detection acid-fast bacilli (AFB) is specific but it only detects 30% to 40% of TB patients, while culture methods as gold standart in TB diagnostic require several weeks of incubation time. Genotypic method (polymerase chain reaction (PCR) and isothermal amplification) is known very sensitive and works fast but it requires special equipment and complex protocols in amplifying and detection amplified products. Cross-priming amplification (CPA) principle is isothermal amplification using multiple cross-linked primers (six to eight primers) and detection of amplified products is performed on special design plastic which is easy to performed and identified.

Objective: The study aimed to determine difference of PCR and CPA to detect M. tuberculosis in sputum specimens from suspected pulmonary tuberculosis without/with HIV patients.

Methods: 20 sputum samples suspected pulmonary TB of non-HIV patients and 37 sputum samples suspected pulmonary TB of HIV patients were subjected to CPA and PCR TB LMK FKUI.

Results:. All samples which were positive by CPA were also PCR positive but 20% result that were CPA negative were still positive by PCR and all samples with PCR negative were negative detected by CPA while some samples that were negative by CPA were still positive detected by PCR (20%). In HIV/AIDS population, there were significant correlation between CPA and PCR TB LMK FKUI which all positive result of CPA (94.1%) were also PCR positive but 30% of CPA negative were still CPA positive and almost all of PCR negative (93.3%) were CPA negative.

Conclusion: There were significant correlation between CPA and PCR TB LMK FKUI in ditected of M.tuberculosis in sputum of suspected pulmonary TB in populations of non HIV/AIDS patients and HIV/AIDS patients."