Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kandidiasis invasif yang disebabkan oleh Candida krusei merupakan salah satu penyebab kematian dengan angka kematian yang tinggi. Terjadinya resistansi terhadap flukonazol dilaporkan terkait dengan gen penanda resistansi intrinsik. Data epidemiologi molekular dengan Whole Genome Sequencing (WGS) yang mengidentifikasi gen dan varian yang terkait virulensi dan resistansi obat Candida krusei belum pernah dilaporkan di Jakarta, maupun di Indonesia. Berdasarkan permasalahan di atas, dilakukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan profil gen resistansi dengan metode Whole Genome Sequencing. Hasil pemetaan MLST diperoleh ada 6 housekeeping gen yaitu ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1 dan TRP1. Berdasarkan hasil variant calling ditemukan beberapa gen yang berperan dalam resistansi yaitu ERG11 dan FKS1. Mutasi yang ditemukan meliputi missense, synonymous, stop gain dan indel. Sebagian besar adalah varian mutasi missense dan synonymous. Pola kepekaan Candida krusei dengan metode difusi cakram sebagian besar terdiri dari isolat yang resisten dan sensitif terhadap beberapa antijamur seperti flukonazol, itrakonazol, ketonazol, amfoterisin B, nistatin, vorikonazol dan mikonazol.

---

Invasive candidiasis caused by Candida krusei is one of the causes of death with a high mortality rate. The occurrence of resistance to fluconazole is reported to be related to intrinsic resistance marker genes. Molecular epidemiological data related to Whole Genome Sequencing (WGS) that identify genes and variants associated with Candida krusei virulence and drug resistance have never been reported in Jakarta, nor in Indonesia. Based on the problems above, further research was carried out to determine the resistance gene profile using the Whole Genome Sequencing method. The results of the MLST mapping showed that there were 6 housekeeping genes namely ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1, and TRP1. Based on the results of variant calling, several genes that play a role in resistance were found, namely ERG11 and FKS1. The mutations found include missense, synonymous, stop gain, and indel. Most are missense and synonymous mutation variants. The sensitivity pattern of Candida krusei by disc diffusion method mostly consisted of isolates that were resistant and sensitive to several antifungals such as fluconazole, itraconazole, ketoconazole, amphotericin B, nystatin, voriconazole, and miconazole."

"Latar Belakang: Kanker nasofaring (KNF) merupakan keganasan yang memiliki distribusi geografis dan etnis yang khas, serta sering dikaitkan dengan mutasi genetik dan faktor lingkungan. Pada penelitian ini dilakukan whole genome dan sekuensing metilasi KNF menggunakan teknologi sekuensing Nanopore untuk mengeksplorasi perubahan genetik dan epigenetik yang signifikan secara klinis yang berkontribusi pada karsinogenesis KNF.Metode: Tujuh sampel biopsi KNF dianalisis menggunakan teknologi Nanopore, mencakup ekstraksi DNA, library preparation, dan analisis bioinformatika seperti basecalling, alignment, dan variant calling. Penelitian ini mengevaluasi small nucleotide variants (SNVs), copy number variations (CNVs), structural variants (SVs), short tandem repeat (STR), serta pola metilasi. Data kelangsungan hidup, respons pengobatan, dan karakteristik klinis juga dianalisis.Hasil: Studi ini mengidentifikasi berbagai varian genetik yang diprediksi memberikan dampak fungsional tinggi pada semua sampel. Onkogen potensial juga teridentifikasi di studi ini. Varian struktural ditemukan lebih sering pada sampel S1, dengan banyak kelainan pada gen DNA repair tetapi tidak ditemukan di sample lain, kelainan ini menunjukkan korelasi prognosis klinis yang buruk. Tumour suppressor gene, termasuk PRKCB, ITGB3, EPHA2, dan CDKN2A, juga mengalami hiper metilasi, dan menunjukkan potensi keterlibatan dalam perkembangan KNF.Kesimpulan: Studi ini menemukan mutasi pada gen DNA repair berkaitan dengan prognosis yang buruk pada KNF. Berbagai mutasi pada tumour suppressor gene dan onkogen ditemukan yang berpotensi berkaitan dengan karsinogenesis KNF.

---

Background: Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a malignancy with distinct geographical and ethnic distribution, often linked to genetic mutations and environmental factors. The current study focuses on the whole genome and methylation sequencing of NPC using Nanopore sequencing technology to explore clinically significant genetic and epigenetic alterations contributing to NPC carcinogenesis.

Method: Seven NPC biopsy samples were sequenced using Nanopore technology, covering DNA extraction, library preparation, and bioinformatics analysis, including basecalling, alignment, and variant calling. Small nucleotide variants (SNVs), copy number variations (CNVs), structural variants (SVs), short tandem repeats (STRs), and methylation patterns were assessed using bioinformatic tools. Additionally, survival data, treatment response, and clinical characteristics were analyzed.

Results: The study identified various high-impact genetic variants across all samples. Potential oncogenes were also identified. Structural variants were notably more frequent in sample S1, with aberrant multiple DNA repair genes, not found in other samples, which correlated with poor clinical prognosis. Tumour suppressor genes including PRKCB, ITGB3, EPHA2, and CDKN2A were also frequently hypermethylated in our NPC.

Conclusion: This study found aberrant DNA repair genes to be associated with poor prognosis in NPC. Furthermore, various mutation in tumour suppressor genes and oncogenes were identified which were potential driver carcinogenesis in NPC."

"Latar Belakang : Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) adalah masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia, termasuk di Indonesia. Analisis menggunakan whole-genome sequencing (WGS) masih jarang digunakan untuk investigasi penyakit TB dan MDR-TB di Indonesia.Tujuan: Mengevaluasi potensi penggunaan WGS untuk melakukan drug susceptibility testing (DST) dan mengetahui strain Mycobacterium tuberculosis resisten obat antituberkulosis di Jawa, Indonesia.Metode: Tiga puluh isolat MDR-TB dilakukan DST menggunakan Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 (MGIT) dan WGS. Analisis filogenetika dilakukan menggunakan data dari WGS. Hasil DST yang didapatkan dengan menggunakan MGIT dan WGS dibandingkan.Hasil:. Kesesuaian antara WGS dan MGIT adalah 93,33% untuk rifampicin, 83,33% untuk isoniazid, dan 76,67% untuk streptomycin tetapi hanya 63,33% untuk ethambutol. Kesesuaian yang moderat ditemukan pada obat antituberkulosis lini kedua termasuk amikacin, kanamycin, dan fluoroquinolone (73,33%-76,67%). MDR-TB lebih sering ditemukan pada isolat yang berasal East Asian Lineage (63,33%).Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan penerapan dari WGS untuk DST dan epidemiologi molekular dari TB resisten obat di Jawa, Indonesia.

---

Background: Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is a major public health problem globally, including in Indonesia. Whole-genome sequencing (WGS) analysis has rarely been used for the study of TB and MDR-TB in Indonesia.

Aim: We evaluated the use of WGS for drug susceptibility testing (DST) and to investigate population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Java, Indonesia.

Method: Thirty suspected MDR-TB isolates were subjected to MGIT-960 system (MGIT)-based DST and WGS. Phylogenetic analysis was done using the WGS data. Results obtained using MGIT-based DST and WGS-based DST were compared.

Result: Agreement between WGS and MGIT was 93.33% for rifampicin, 83.33% for isoniazid and 76.67% for streptomycin but only 63.33% for ethambutol. Moderate WGS-MGIT agreement was found for second-line drugs including amikacin, kanamycin, and fluoroquinolone (73.33-76.67%). MDR-TB was more common in isolates of the East Asian Lineage (63.33%).

Conclusion: This study demonstrated the applicability of WGS for DST and molecular epidemiology of DR-TB in Java, Indonesia."

"Penelitian ini membahas strategi alternatif berupa pentargetan program-program bantuan pendidikan yang telah dijalankan oleh pemerintah diantaranya Bantuan Operasional Sekolah (BOS) dan Bantuan Siswa Miskin (BKM). Dilakukan analisis klaster untuk memetakan 497 kabupaten/kota di Indonesia berdasarkan ciri-ciri atau karakteristik pendidikan dasarnya. Pembentukan klaster menggunakan k-means clustering pada 8 variabel yaitu APS SD, APS SMP, Angka Melek Huruf, Lama Sekolah rata-rata, Jumlah Sarana SD, Jumlah Sarana SMP, Jumlah Guru SD dan Jumlah Guru SMP. Hasilnya terbentuk 5 klaster dengan kesamaan karakteristik, yang kemudian disusun strategi bantuan pendidikan yang sesuai untuk masing-masing klaster. Perhitungan Data Indeks Pendidikan juga dilakukan sebagai validasi hasil klaster. Hasil Indeks Pendidikan sejalan dengan asumsi hasil klaster yaitu mengarah pada klaster-4 sebagai klaster terbaik, dilanjutkan oleh klaster-3, klaster-1, klaster-2 dan terakhir klaster-5.

---

This study focus on formulating alternative strategy to optimize the targeting of educational aid such as School Operational Aid (BOS) and Poor Student Aid (BSM). Cluster analysis is conducted to map all regencies in Indonesia based on its basic education characteristics. Clustering is done by k-means clustering using 8 variables, which is elementary and junior high school enrollment rate, illiteracy, average years of schooling, number of building facility and number of teachers. The results are formed 5 clusters with the same characteristics, which is then used to set a strategy and priority for educational aid in each cluster. Education Indexing is also done to validate the cluster results. The Education Index results are consistent with cluster results, with cluster-4 as the best, then followed by cluster-3, cluster-1, cluster-2 and cluster-5."