Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistensi terhadap obat anti tuberkulosis merupakan masalah yang memperberat suksesnya program penanggulangan dan pemberantasan tuberkulosis. Diperkirakan 90% isolat yang resisten terhadap rifampisin juga resisten terhadap isoniazid (INH). Sekitar 60-90% isolat yang resisten INH mengalami mutasi pada gen katG dan 60-94% mengalami mutasi pada kodon 315. Seining dengan perkembangan teknik molekuler, hibridisasi dot blot dengan menggunakan pelacak oligonukleotida dapat digunakan untuk mendeteksi adanya mutasi pada gent. Penelitian lid bertujuan untuk mendeteksi mutasi gen resisten INH pada Mycobacterium tuberculosis dan mengembangkan teknik hibridisasi dot blot untuk deteksi resisten obat anti tuberkulosis (OAT).Isolasi DNA dengan teknik pemanasan telah dilakukan pada 52 isolat Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap 1NH dan pada 52 spesimen sputum dengan teknik metode Boom. DNA kemudian diamplifikasi dengan PCR menggunakan primer El dan E2 untuk memastikan isolat adalah Mycobacterium tuberculosis. Pada DNA isolat yang terbukti sebagai Mycobacterium tuberculosis dengan teknik PCR dilakukan amplifikasi menggunakan primer RTB59 dan RTB36, untuk kemudian dilanjutkan dengan hibridisasi dot blot menggunakan pelacak katG315 mu dan katG3I5 wt, untuk mengetahui adanya mutasi pada gen katG kodon 315 sebagai tanda terjadinya resistensi terhadap TNH. Setelah itu produk PCR dielektroforesis untuk mengetahui kebenaran basil amplifikasi.Pada penelitian ini identifikasi DNA spesimen Mycobacterium tuberculosis menggunakan primer El dan E2 berhasil diamplifikasi sebanyak 98% (51 dari 52 isolat) dan pada spesimen sputum berhasil diidentifikasi sebanyak 96% (50 dari 52 isolat).Deteksi mutasi gen katG pada posisi S315T yang menggunakan pelacak katG315 mu dengan teknik hibridisasi dot blot tidak dapat diinterpretasikan hasilnya. Hal ini terjadi diduga kurang tepatnya waktu dan temperatur selama proses prehibridisasi sampai hibridisasi. Kondisi ini terbukti pada saat hibridisasi menggunakan pelacak katG315 wt. Pada hibridisasi menggunakan pelacak wild tipe, temperatur yang digunakan untuk prehibridisasi sesuai dengan Tm temperatur malting oligonuklitida pelacak dan dilakukan selama overnight, sehingga immobilisasi DNA terfiksasi dengan baik ke membran nitroselulosa dan sisa nukleotida yang tidak spesifik hilang dengan pencucian.Deteksi mutasi gen katG pada posisi S315T yang menggunakan pelacak katG 315 wt dengan teknik hibridisasi memberikan hasil 85,42% ( 41 dari 48 isolat) hasilnya positif artinya isolat tersebut tidak mengalami mutasi pada posisi kodon 315 sedangkan 14.58% (7 dari 48 isolat ) memberi hasil negatif, maknanya adalah diduga terjadi mutasi pada posisi kodon lain.Deteksi mutasi gen katG dengan teknik hibridisasi dot blot sangat tepat dikembangkan sebagai uji screening di daerah yang prevalensi infeksi tuberkulosis dan resistensi INH atau obat anti tuberkulosis lainnya cukup tinggi, karena teknik ini hemat biaya, cepat, sederhana dan akurat."

"Resistensi terhadap obat anti tuberkulosis merupakan masalah yang memperberat suksesnya program penanggulangan dan pemberantasan tuberkulosis. Diperkirakan 90% isolat yang resisten terhadap rifampisin juga resisten terhadap isoniazid, sehingga resisten terhadap rifampisin dianggap sebagai "Surrogate marker" bagi resisten obat anti tuberkulosis Iainnya. Sekitar 95% isolat yang resisten rifampisin mengalami mutasi pada gen rpoB dan 70% mengalami mutasi pada kodon 531. Seiring dengan perkembangan teknik molekuler, hibridisasi dot blot dengan menggunakan pelacak oligonukleotida dapat digunakan untuk mendeteksi adanya mutasi pada gen. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi mutasi gen resisten rifampisin pada Mycobacterim tuberculosis dan mengembangkan teknik hibridisasi dot blot untuk deteksi resisten OAT. Sebanyak 30 sampel isolat Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap rifampisin telah diisolasi DNA dengan teknik boiling lalu diamplifikasi dengan PCR dengan menggunakan primer TR8 dan TR9. Setelah itu produk PCR dielektroforesis untuk mengetahui kebenaran hasil amplifikasi. Lalu dilakukan hibridisasi dot blot untuk dengan pelacak rpoB 531 mu untuk mengetahui adanya mutasi gen rpoB pada kodon 531 sebagai tanda terjadinya resistensi terhadap rifampisin. Hasil penelitian ditemukan 6 sampel (20%) Ban 30 sampel yang mengalami mutasi gen rpoB pada kodon 531. Berarti 6 sampel yang resisten terhadap rifampisin sedangkan 24 sampel lainnya yang tidak mengalami mutasi pada kodon 531 mungkin mengalami mutasi gen rpoB pada kodon lainnya yang akan terdeteksi dengan menggunakan pelacak lainnya. Dari penelitian juga didapat beberapa keuntungan penggunaan teknik ini yaitu hemat waktu, hemat biaya , sederhana dan akurat. Berdasarkan basic tersebut maka dapat disimpulkan bahwa telah ditemukan mutasi gen rpoB pada kodon 531 dan teknik hibridisasi dot blot sangat cocok dikembangkan sebagai teknik deteksi resisten terhadap rifampin dan OAT lainnya."

"ABSTRAKTuberkulosis (TB) masih menjadi masalah kesehatan utama di Indonesia. Salah satupenyebab tingginya kasus TB disebabkan adanya resistensi Mycobacteriumtuberculosis (Mtb) terhadap obat anti tuberkulosis. Isoniazid (INH) yang merupakansalah satu obat lini pertama dalam pengobatan TB adalah pro-drug yang akan diubahmenjadi bentuk aktifnya melalui aktivitas protein KatG Mtb. Mutasi pada gen katGyang mengkode protein KatG kemungkinan mempengaruhi aktivitas katalase danperoksidase protein sehingga menyebabkan resistensi Mtb terhadap INH. Dalamstudi ini, dilakukan kontruksi plasmid rekombinan protein KatG tipe liar dan proteinKatG dengan mutasi baru pada residu N330D dan H400Y, serta mutasi yang umumdijumpai pada residu S315T dan S315N. Ekspresi protein KatG rekombinandilakukan menggunakan host E. coli. Over ekspresi kelima protein rekombinan KatGterjadi setelah induksi IPTG. Purifikasi protein KatG rekombinan dilakukanberdasarkan prinsip kromatografi afinitas menggunakan Nikel sepharose. Setelahpurifikasi diperoleh protein KatG yang murni. Aktivitas katalase dan peroksidaseprotein rekombinan KatG diukur pada berbagai konsentrasi substrat yang diperlukandalam pengukuran efisiensi katalitik kedua aktivitas protein KatG. Hasilnyamenunjukkan bahwa mutan protein KatG memiliki efisiensi katalitik yang lebihrendah dari protein KatG tipe liar. Penurunan efisiensi katalitik aktivitas katalasemutan N330D dan H400Y sebesar 31% dan 37% dan untuk aktifitas peroksidasesebesar 39% dan 3% dibandingkan KatG tipe liar. Struktur 3 dimensi protein KatGdari mutan tersebut dibuat menggunakan perangkat Modeller dan divisualisasikanmenggunakan perangkat Pymol. Tidak terdapat adanya perubahan konformasi 3dimensi protein KatG mutan dibandingkan dengan struktur 3 dimensi protein KatGtipe liar. Namun, letak residu N330D dan H400Y yang berada dekat daerah aktifikatan INH pada protein KatG kemungkinan berpengaruh terhadap penurunanaktivitas enzimatik protein KatG.

---

ABSTRACTTuberculosis (TB) is currently a major health problem in Indonesia. One of the manycauses of the high incident of TB is due to the resistance of the Mycobacteriumtuberculosis (Mtb) to anti-TB drugs. Isoniazid (INH), one of the first line anti-TBdrugs for TB treatment, is a pro-drug that is converted to its active form through theactivity of Mtb KatG protein. Mutations in the katG gene encoding KatG may affectthe catalytic efficiency of the catalase and peroxidase activities of the protein thateventually confers resistance to INH. In this study, recombinant plasmids containingkatG gene that have new mutations on residue N330D dan H400Y, wild type, as wellas mutant proteins with common mutations at residue S315T and S315N wereconstructed. Expression of recombinant KatG was performed using E. coli as anexpression host. Over expression of recombinant KatG was facilitated by IPTGinduction. Purification of recombinant KatG was performed using affinitychromatography employing Nickel sepharose. Pure recombinant proteins wereobtained, and the catalase and peroxidase activities of the recombinant KatG proteinwere measured at various concentration of substrates. Result showed that mutantKatGs have a lower catalytic efficiency for both catalase and peroxidase activitiesthan the wild type protein. Decreasing catalytic efficiency for catalase of mutantsN330D and H400Y were 31% and 37% than that of wild type KatG, while catalyticefficiency for peroxidase of mutants N330D and H400Y were 39% and 3% lowerthan that of wild type. Three dimensional structures of mutant KatGs were generatedusing Modeller and visualized using PyMol softwares. The three dimensionalstructural of mutant KatG showed no conformational change compared with that ofwild type KatG. However, the location of residues N330D and H400Y which are inthe close proximity to the active site of KatG for INH binding is likely to have aneffect on the decreased enzymatic activities of mutant KatG proteins."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian:Mekanisme kerja primakuin, sampai saat ini masih belum sepenuhnya diketahui. Dugaan bahwa primakuin bekerja pada parasit malaria melalui penghambatan sistem rantai . pernafasan parasit, didasarkan pada bukti bahwa obat ini dimetabolisme menjadi bentuk intermediat, 5,6-quinolin diquinone yang mempunyai struktur yang mirip dengan ubikuinon (koenzim Q), salah satu komponen penting sistem respirasi mitokondria. Diperkirakan bahwa efek antimalaria obat ini dimediasi oleh kompetisi perikatannya dengan koenzim Q pada apositokrom b. Beberapa inhibitor kompleks III rantai pernafasan di mitokondria mempunyai struktur kimiawi yang mirip dengan koenzim Q dan resistensi terhadap inhibitor-inhibitor tersebut didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mekanisme kerja obat antimalaria primakuin pada parasit malaria melalui pendekatan biomolekuler dengan hipotesis bahwa resistensi parasit malaria terhadap primakuin didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b. Untuk itu dilakukan upaya untuk mendapatkan galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan cara memberikan primakuin dengan dosis subletal secara bertahap pada P berghei yang sensitif terhadap primakuin. Terjadinya resistensi terhadap primakuin dideteksi dengan tes sensitivitas in vivo dan dilanjutkan dengan kloning untuk mendapatkan galur murni. Dari galur tersebut dilakukan isolasi DNA, amplifikasi gen sitokrom b dengan metode PCR dan sekuensing DNA untuk mengetahui adanya mutasi pada situs perikatan kuinon (Qo dan Qi).Hasil dan Pembahasan:Dari penelitian ini telah berhasil diperoleh dua galur P. berghei yang resisten terhadap primakuin dengan derajat resistensi sekitar 20 kali dibandingkan dengan galur parental. Analisis gen sitokrom b menunjukkan tidak ditemukannya mutasi baik pada tempat perikatan kuinon (Qi dan Qo) maupun pada bagian lainnya. Diperkirakan, dengan derajat resistensi yang diperoleh mungkin belum mampu menyeleksi alel resisten pada gen target. Kemungkinan yang lain adalah resistensi terhadap primakuin tidak didasari adanya mutasi pada gen sitokrom b, tetapi lebih pada struktur kimianya sebagai aminokuinolin, sehingga analisis terhadap gen yang berkaitan dengan resistensi terhadap golongan obat tersebut, misalnya pbmdr I dan pbcrl mungkin diperlukan."

"ABSTRAKInhibitor fusi berpotensi untuk digunakan di masa depan sebagai bagian dari program kontrol HIV di Indonesia. Maka, kemampuan untuk menguji resistensi terhadap obat tersebut perlu dikembangkan. Uji resistensi genotipik dimulai dengan amplifikasi gen yang menjadi target obat, fusi gp41. Pasangan primer untuk amplifikasi dibuat berdasarkan sikuens dua subtipe HIV yang paling sering ditemui di Indonesia, yaitu AE dan B. Beberapa sampel plasma dari subyek yang mewakili kedua subtipe diekstraksi untuk mendapatkan RNA HIV. Dengan proses PCR, pasangan primer digunakan untuk menghasilkan produk amplifikasi. Identitas produk dipastikan dengan mengukur panjang basa produk menggunakan elektroforesis. Sebelas sampel plasma digunakan dalam penelitian ini. PCR satu langkah dapat mengamplifikasi gp41 dari 54.5 sampel, dan produk yang tidak spesifik dihasilkan dari 1.1 sampel. Amplifikasi 36.4 sampel tidak menghasilkan produk amplifikasi, yang dapat disebabkan oleh ketidaksesuaian sikuens primer. Dengan memvariasikan suhu anil, hasil menunjukkan bahwa suhu yang optimal adalah 57.2 C. Kesimpulannya, PCR satu langkah menggunakan pasangan primer yang telah didesain mampu mengamplifikasi gen gp41 HIV-1 dari subtipe AE dan B. Namun, penelitian lebih lanjut untuk menemukan kondisi yang dapat meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas amplifikasi perlu dilakukan.

---

ABSTRACTFusion inhibitor has the potential to be used in the future for HIV control program in Indonesia, hence the capacity to test resistance towards this drug needs to be built. Resistance detection by genotypic assay begins with amplification of gene targeted by the drug, fusion gp41. Based on the sequence of two most common HIV subtypes in Indonesia, AE and B, a primer pair is designed. Some subjects plasma samples representing both subtypes are extracted to obtain HIV RNA. With PCR process, the primer pair is used to produce amplification product which identity is checked by length using electrophoresis. Eleven plasma samples were used in this research. One step PCR using the primer pair was able to amplify gp41 gene from 54.5 of the samples, and unspecific amplification product is seen in 1.1 of samples. Amplification of 36.4 of the samples failed to produce any product, which can be caused by inappropriate primer sequence. By varying the annealing temperature, it is found that the optimal annealing temperature to produce single expected band is 57.2 C. In conclusion, with one step PCR method the primer pair designed was able to amplify HIV 1 gp41 gene from subtype AE and B. However, further research to find condition that can increase the sensitivity and specificity of the amplification process should be done."

"Latar Belakang : Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) adalah masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia, termasuk di Indonesia. Analisis menggunakan whole-genome sequencing (WGS) masih jarang digunakan untuk investigasi penyakit TB dan MDR-TB di Indonesia.Tujuan: Mengevaluasi potensi penggunaan WGS untuk melakukan drug susceptibility testing (DST) dan mengetahui strain Mycobacterium tuberculosis resisten obat antituberkulosis di Jawa, Indonesia.Metode: Tiga puluh isolat MDR-TB dilakukan DST menggunakan Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 (MGIT) dan WGS. Analisis filogenetika dilakukan menggunakan data dari WGS. Hasil DST yang didapatkan dengan menggunakan MGIT dan WGS dibandingkan.Hasil:. Kesesuaian antara WGS dan MGIT adalah 93,33% untuk rifampicin, 83,33% untuk isoniazid, dan 76,67% untuk streptomycin tetapi hanya 63,33% untuk ethambutol. Kesesuaian yang moderat ditemukan pada obat antituberkulosis lini kedua termasuk amikacin, kanamycin, dan fluoroquinolone (73,33%-76,67%). MDR-TB lebih sering ditemukan pada isolat yang berasal East Asian Lineage (63,33%).Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan penerapan dari WGS untuk DST dan epidemiologi molekular dari TB resisten obat di Jawa, Indonesia.

---

Background: Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is a major public health problem globally, including in Indonesia. Whole-genome sequencing (WGS) analysis has rarely been used for the study of TB and MDR-TB in Indonesia.

Aim: We evaluated the use of WGS for drug susceptibility testing (DST) and to investigate population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Java, Indonesia.

Method: Thirty suspected MDR-TB isolates were subjected to MGIT-960 system (MGIT)-based DST and WGS. Phylogenetic analysis was done using the WGS data. Results obtained using MGIT-based DST and WGS-based DST were compared.

Result: Agreement between WGS and MGIT was 93.33% for rifampicin, 83.33% for isoniazid and 76.67% for streptomycin but only 63.33% for ethambutol. Moderate WGS-MGIT agreement was found for second-line drugs including amikacin, kanamycin, and fluoroquinolone (73.33-76.67%). MDR-TB was more common in isolates of the East Asian Lineage (63.33%).

Conclusion: This study demonstrated the applicability of WGS for DST and molecular epidemiology of DR-TB in Java, Indonesia."

"ABSTRAKSifilis merupakan penyakit multistadium kronik yang disebabkan oleh bakteriTreponema pallidum dan ditularkan dari lesi aktif pasangan seksual atau dari ibuhamil yang terinfeksi pada janin yang dikandungnya. Saat ini telah terjadipeningkatan kasus T. pallidum resisten azitromisin akibat mutasi titik A2058Gdan A2059G pada gen 23S rRNA. Di Indonesia belum ada data terkait resistensiT. pallidum terhadap azitromisin sehingga penelitian ini bertujuan untukmendapatkan metode nested multipleks PCR untuk deteksi kedua mutasi yangmenyebabkan resistensi. Tiga pasang primer digunakan pada reaksi nested PCR.Untuk mendapatkan kondisi uji yang optimal dilakukan optimasi parameter yangpenting pada proses PCR. Uji nested multipleks PCR dapat mendeteksi 22.000jumlah copy DNA/ml dan tidak bereaksi silang terhadap mikroorganisme yangpotensial menyebabkan hasil positif palsu. Uji awal 45 sampel klinis darahditemukan 13 sampel positif T. pallidum dan tidak ditemukan mutasi baikA2058G maupun A2059G. Dua sampel positif dikonfirmasi dengan DNAsekuensing dan menunjukkan tidak ada mutasi titik. Uji nested multipleks PCRyang telah dikembangkan pada penelitian ini dapat digunakan untuk deteksimutasi gen 23S rRNA T. pallidum yang menyebabkan resistensi azitromisin pada sampel klinis darah.

---

ABSTRACTSyphilis is a chronic, multi-stage infectious disease caused by Treponemapallidum that is usually transmitted sexually by contact with an active lesion of a partner or congenitally from an infected pregnant woman to her fetus.Azithromycin-resistant strains of T. pallidum is associated with a single pointmutation (either A2058G or A2059G) in both copies of the 23S rRNA gene of T.pallidum. These strains are now prevalent in many countries but there is no dataavailable about it in Indonesia. Therefore, in this study we developed a nestedmultiplex PCR to detect A2058G and A2059G 23S rRNA gene point mutations ofT. pallidum. Three primer sets were designed for nested PCR reactions. To obtainoptimal PCR reaction, all parameters were optimized. The assay could detect atleast 22000 DNA copy number/ml and showed no cross reaction with othermicroorganisms that potentially cause false positive result. A total 13 of 45 wholeblood specimens were PCR positive for T. pallidum and no single point mutation(either A2058G or A2059G) were detected by PCR. Two positive specimens wereconfirmed by DNA sequencing and showed no mutation. Thus, nested multiplexPCR developed in this study is potential to detect azithromycin-resistant T.pallidum in whole blood samples."