Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Infeksi saluran cerna dengan manifestasi klinis berupa diare merupakan penyakit infeksi dengan kesakitan dan kematian yang tinggi terutama di negara-negara yang sedang berkembang. Diare menimbulkan kematian terutama pada bayi baru lahir di bawah 1 tahun. Penanganan telah ditingkatkan secara terus menerus, namun demikian kemajuan dalam diagnosis maupun pengobatan tidak terjangkau oleh negara-negara yang sedang berkembang. Salah satu penyebab infeksi saluran cerna adalah bakteri. Oleh karenanya dengan mengetahui bakteri penyebab serta pola resistensi bakteri terhadap antibiotik dapat menunjang penatalaksanaan penyakit ini. Studi ini dilakukan untuk mengetahui berbagai jenis mikroba yang diisolasi dari saluran cerna serta pola resistensinya terhadap beberapa antibiotik.Metode: Spesimen berupa tinja, usap dubur atau anus yang diterima oleh Laboratorium Mikrobiologi FKUI selama 2005- 2008. Isolasi, identifi kasi kepekaan dan uji antibiotik dikerjakan sesuai prosedur standar yang berlaku. Interpretasi hasil uji kepekaan menggunaan panduan NCCLS/CLSI. Data dianalisis menggunakan WHOnet versi 5.3.Hasil: Diperoleh 28 isolat Escherichia coli patogen, 1 isolat Salmonella paratyphi A, dan 4 isolat ragi yang diisolasi dari tinja dan swab dubur penderita. Walaupun Escherichia coli patogen masih peka terhadap beberapa antibiotik, namun kepekaannya menurun terhadap amoxicillin, sulbenicillin, ticarcillin dan trimethoprim/rulfamethoxazole.Kesimpulan: Escherichia coli patogen merupakan bakteri terbanyak yang berhasil diisolasi dari tinja/usap dubur. Bakteri ini telah menunjukkan penurunan kepekaan terhadap beberapa antibiotik yang sering digunakan untuk mengobati infeksi saluran cerna. (Med J Indones 2011; 20:105-8).

---

AbstractBackground: Digestive tract infection with clinical manifestation of diarrhea is an infectious disease that has the highest morbidity and mortality rate, especially in developing countries. Diarrhea causes mortality mostly in infants under one year old. Improvement in management is done continuously, but advances in diagnosis and therapy cannot be reached by developing countries. One of the etiological agents causing infection of digestive tract is bacteria. Therefore, knowledge of bacteria that cause gastrointestinal infection and their resistance patterns may support the management of this disease. The aim of this study was to examine microbes that were isolated from the digestive tract and their resistance patterns against antibiotics.Methods: Samples (stool, rectal/anal swab) were collected from the Clinical Microbiology Laboratory, FKUI during 2005-2008. Isolation, identifi cation and sensitivity test were conducted according to standard laboratory procedures. Interpretation of sensitivity test was done according to NCCLS/CLSI guidance. Data was analyzed using WHOnet version 5.3.Results: We found 28 isolates of pathogenic Escherichia coli, 1 isolate of S. paratyphi A and 4 isolates of yeasts. Pathogenic Escherichia coli were still sensitive against some antibiotics, but the sensitivity was reduced against amoxicillin, sulbenicillin, ticarcillin and trimethoprim/sulfamethoxazole.Conclusion: The most predominant gastrointestinal tract infection causing microbes was pathogenic Escherichia coli. These bacteria showed decrease sensitivity against some antibiotics commonly used to treat patients with gastrointestinal tract infection. (Med J Indones 2011; 20:105-8)"

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk mengetahui aktivitas antimikroba actinomycetes termofil hasil isolasi dari geiser di Cisolok, Jawa Barat. Delapan belas isolat yang memiliki morfologi menyerupai actinomycetes berhasil diisolasi dari serasah daun dan ranting di sekitar pusat semburan geiser. Seluruh isolat diuji aktivitas antimikrobanya menggunakan paper disk method dan agar block method dengan Kocuria rhizophila, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis sebagai bakteri uji Gram positif, dan Escherichia coli sebagai bakteri uji Gram negatif. Pengujian menggunakan metode paper disk menunjukkan hasil negatif pada isolat actinomycetes yang dikultur pada medium International Streptomyces Project (ISP) 1 cair selama 14 hari pada suhu 50oC dan 40oC. Berdasarkan uji menggunakan metode blok agar, didapatkan bahwa dua isolat, yaitu LC2-2 dan LC2-6 memberikan hasil positif terhadap bakteri uji Gram positif. Isolat LC2-2 menunjukkan morfologi makroskopis dan mikroskopis menyerupai genus Bacillus sehingga tidak digunakan untuk identifikasi molekuler. Hasil identifikasi molekuler sequence parsial gen 16S rRNA menggunakan primer 785F dan primer 802R menunjukkan bahwa LC2-6 diidentifikasi sebagai Actinomadura keratinilyitica dengan nilai homologi 99%. Berdasarkan hasil penelitian, direkomendasikan untuk mempelajari lebih lanjut senyawa antimikroba yang dihasilkan isolat LC2-6. Hal tersebut disebabkan oleh belum adanya laporan penelitian mengenai aktivitas antimikroba Actinomadura keratinilytica.

---

The aim of this study was to screen the antimicrobial activity by actinomycetes isolated from Cisolok Geyser, West Java. Eighteen isolates which are have similar morphology with actinomycetes have been isolated from leaves and branches around the geyser. The isolates were screened for their antimicrobial activity using paper disk method and agar block method with Kocuria rhizophila, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis as Gram positive test bacteria and Escherichia coli as Gram negative test bacteria. Screening by paper disk method showed negative result from all the isolates that cultured on International Streptomyces Project (ISP) 1 medium at 50oC and 40oC for 14 days. Screening by block agar method showed that two isolates, LC2-2 and LC2-6 gave positive result to Gram positive test bacteria. Morphologically, LC2-2 showed similarity to genus Bacillus, thus it’s not used for molecular identification. Molecular identification based on partial sequence of 16S rRNA gene with primer 785F and primer 802R showed that LC2-6 identified as Actinomadura keratinilytica (99%). Based on this research, it is suggested to do further study about the antimicrobial activity produced by LC2-6, because there is still no report about antimicrobial activity produced by Actinomadura keratinilytica."

"Pleurotus ostreatus atau jamur tiram putih merupakan salah satu jamur tiram konsumsi dengan kandungan nutrisi dan senyawa bioaktif yang bermanfaat bagi kesehatan, salah satunya adalah kandungan enzim lakase yang berpotensi sebagai senyawa agen antikanker. Enzim lakase memiliki tingkat aktivitas yang tinggi dalam menghambat proliferasi sel kanker. Salah satu gen yang dapat mengkode enzim lakase pada P. ostreatus adalah gen POXA1b. Gen POXA1b dipilih karena memiliki tingkat ekspresi gen paling tinggi pada tiga fase hidup (miselia, primordia, dan tubuh buah). Saat ini belum pernah dilakukan desain primer, isolasi, dan optimasi primer dalam amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibudidayakan di Indonesia. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mendesain tiga pasang primer secara in silico, mengisolasi gen POXA1b dari tubuh buah P. ostreatus dan amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibuktikan dengan analisis hasil sekuensing. Penelitian ini diawali dengan desain primer gen POXA1b yang dilakukan dengan bantuan laman NCBI, PrimerBLAST, dan perangkat lunak Snapgene, kemudian persiapan sampel dan isolasi DNA dari tubuh buah P. ostreatus. Hasil isolasi DNA diukur konsentrasi dan kemurniannya dengan spektrofotometer. Tahapan amplifikasi gen target dilakukan dengan teknik PCR. Hasil amplifikasi PCR divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa lalu dilakukan analisis data. Konsentrasi isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus yang dihasilkan senilai 10,5—40,5 ng/nL dengan kemurnian senilai 1,694—2,189. Amplifikasi gen POXA1b dengan pasangan primer poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A pada suhu annealing 59°C dan 60°C menghasilkan amplikon 244 bp. Berdasarkan hasil tersebut, desain primer, isolasi, dan optimasi primer pada amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus hasil budidaya di Indonesia berhasil dilakukan dengan persentase homologi terhadap gen POXA1b dari P. ostreatus sebesar 100%.

---

Pleurotus ostreatus or white oyster mushroom is an edible oyster mushroom containing nutrients and bioactive compounds that are beneficial to health, one of them is the laccase enzyme content which has the potential as an anti-cancer agent. Laccase enzyme has a high level of activity in inhibiting the proliferation of cancer cells. One of the genes that encode the laccase enzyme in P. ostreatus is the POXA1b gene. The POXA1b gene was chosen because it has the highest gene expression in three life phases (mycelia, primordia, and fruit body) compared to other phenol oxidase genes. Currently, there has never been primer design, isolation, and primer optimization in the amplification of the POXA1b gene from P. ostreatus cultivated in Indonesia. Therefore, this study aims to design three pairs of primers in silico, isolate the POXA1b gene from fruiting bodies of P. ostreatus, and amplify the POXA1b gene from P. ostreatus as proven by analysis of the sequencing results. This study began with the design of POXA1b gene primers which was carried out with the NCBI website, PrimerBLAST, and Snapgene software, then sample preparation of P. ostreatus samples and DNA isolation from P. ostreatus fruiting body. The results of DNA isolation were measured for concentration and purity with a spectrophotometer. The stages of target gene amplification were carried out by PCR technique. The results of amplification were visualized by agarose gel electrophoresis and then data analysis was performed. The concentration of the DNA isolates from P. ostreatus fruiting bodies produced an average range of 10,5—40,5 ng/nL with a purity value of 1,694—2,189. The POXA1b gene amplification with primer pairs poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A at annealing temperature of 59°C dan 60°C produced amplicons in the range of 200—300 base pairs. Based on the results, primer design, isolation, and the primer optimization of the amplification of the POXA1b gene from the P. ostreatus cultivated in Indonesia were successfully with a homology percentage to the POXA1b gene from P. ostreatus of 100%."