Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian transformasi fragmen DNA Xanthomonas campestris ke dalam Escherichia coli DH5a., mengunakan vektor plasmid Escherichia coli (pUC19). DNA kromosom diisolasi dengan menggunakan metoda CTAB. DNA plasmid diisolasi menggunakan metoda lisis. Kedua sumber DNA dipotong menggunakan enzim restriksi EcoR1, Sel kompeten disiapkan dengan menggunakan CaCl2.transformasi menggunakan metoda kejutan panas. Hasil transformasi didapatkan sebanyak 5 koloni putih (yang mengandung DNA fragmen), dengan frekuensi transformasi sebesar 1.22 X10-8 koloni putih/sel kompeten Elektroforesis agarosa menunjukan variasi ukuran fragmen DNA hasil transformasi, sebesar 0,5-7,5 kb. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan dengan membuat pustaka genom untuk mendapatkan hasil transformasi yang tinggi."

"Penelitian transformasi fragmen DNA Xanthomonas campestris ke dalam Escherichia coli DH5αα, digunakan vektor plasmid Escherichia coli (pUC19). DNA kromosom diisolasi dengan metoda CTAB. DNA plasmid diisolasi dengan metoda alkali lisis. Kedua sumber DNA dipotong menggunakan enzim restriksi EcoRI. Sel kompeten disiapkan dengan CaCl2, transformasi menggunakan metoda kejutan panas.Hasil transformasi didapatkan sebanyak 5 koloni putih (yang mengandung fragmen DNA), dengan frekuensi transformasi sebesar 1,22 x 10-8 koloni putih/sel kompeten. Elektoforesis agarosa menunjukkan variasi ukuran DNA fragmen sebesar 0,5 ? 7,5 kb. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan dengan pembuatan pustaka genom untuk mendapatkan hasil transformasi yang lebih banyak.

---

Research on DNA transformation of Xanthomonas campestris into Escherichia coli DH5αα using plasmid vector Escherichia coli (pUC19). was carried out. DNA chromosome was isolated using CTAB method, alkali lysis method was used to isolate DNA plasmid. Both of DNA plasmid and chromosome were digested using restriction enzyme EcoRI. Competent cell was prepared with CaCl2 and heat shock method for transformation procedure.The result revealed transformation obtain 5 white colonies, with transformation frequency was 1,22 x 10-8 colony/competent cell. Electrophoresis analysis showed the DNA fragment (insert) in range 0.5 ? 7,5 kb. Further research should be carried out to prepare the genomic library to obtain better result of transformant."

"Latar Belakang: APOBEC3G, apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeplidelike JG, merupakan protein manusia yang dapat mengganggu replikasi HIV dengan memasukkan dirinya ke dalam partikel virus dan merusak susunan materi genetik virus. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa APOBEC3G manusia mengatur infektivitas HIV-1 dengan mendeaminasi dC menjadi dU pada rantai minus DNA yang baru dibentuk, menyebabkan hipermutasi G menjadi A dari rantai plus DNA viral.Induksi hlpermutasi oleh APOBEC3G dapat menyebabkan pembentukan stop kodon pada ORF protein virus dan memicu degradasi DNA virus oleh glikosilase DNA urnsil yang selanjutuya dapat menghambat replikasi HIV. Protein ini layak untuk diteliti lebih lanjut dalam rangka pengembangan anti retrovirus yang berbasis pacta mekanisme penghambatan replikasi HIV-1 melalui jalur APOBEC3G. Sebagai langkab awal, diperlukan sistem ekspresi gen APOBEC3G yang akan diperoleh melalui sintesis dan kloning gen APOBEC3G ke dalam vektor ekspresi DNA rekombinan.Metode: Untuk mendapatkan mRNA APOBEC3G yang akan digunakan sebagai pola cetak dalam sintesis eDNA APOBEC3G, dilalkukan ekstraksi RNA dari sel CEM-GFP menggunakan Rneasy Mini Kit. Agar DNA APOBEC3G lengkap dapat diperoleh dengan lebih mudah, sintesis DNA serat ganda APOBEC3G menggunakan reaksi RT-PCR dua tahap, dibagi atas tiga daerah pada gen APOBEC3G dengan susunan nukleotida yang bertumpang tindih (overlapping) pada bagian ujung segmen DNA yang akan berfungsi sebagai penyambung fragmen-fragmen tersebut menjadi DNA APOBEC3G utub.Hasil: Hasil eksperimen menunjukloan ketiga fragmen APOBEC3G yang masing-masing berukuran 452 pb, 458 pb,dan 433 pb berhasil dibentuk lewat reaksi PCR dengan menggunakan enzim Pfx dan diklona ke dalam vektor plasmid.Kesimpulan: DNA APOBEC3G yang dibagi menjadi 3 fragmen telah berhasil didapat dan terklona ke dalam pBluescript KS (-). Pekerjaan lanjutan akan dilakukan untuk verifikasi sekuen fragmen-fragmen terklona dan menyambung ketiga fragrnen tersebut menjadi DNA APOBEC3G yang utub yang kemudian akan diklona ke dalam vektor ekspresi.

---

Background: APOBEC3G, apolipoprotein B rnRNA-cditing enzyme, catalytic polypeptide-like JG,is a human protein that interferes with the replication of HIV by incorporating itself into virus particles and damaging the genetic material of the virus. Several recent studies revealed that human APOBEC3G regulates HIVI infectivity by dearninating dC to dU in the newly synthesized minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation of the viral plus strand DNA.Hypermutation induced by APOBEC3G may result in the introduction of stop codons in viral protein open reading frame and degradation of viral DNA by ura<:il-DNA glyoosylase, therefore blocking HlV replication. This protein is therefore suitable for further investigation for the development of ARV (AntiRetroviral) that is based on mechanism of blocking HIV-1 replication inhibition by APOBEC3G through the pathway. In order to obtain the APOBEC3G protein, an expression system of the APOBEC3G gene is required, which will be obtained by synthesis and cloning of the APOBEC3G gene into an expression vector.Method: To obtain the APOBEC3G mRNA that will be used as template for synthesis of APOBEC3G eDNA by RT-PCR using Omniscript enzyme, we performed RNA extraction from CEM-GFP cell line using the Rneasy Mini !Gt. In order to facilitate the synthesis of a complete APOBEC3G DNA, the APOBEC3G DNA double stranded was divided into three regions with overlapping nucleotide sequences at the DNA ends that function in the joining of the fragments into a full length APOBEC3G DNA.Results: The result of the experiments showed that the three fragments of APOBEC3G gene of 452 bp, 458 bp, and 433 bp, were successfully produced by PCR reaction using Pfx enzyme, and cloned into plasmid vector.Conclusions: APOBEC3G DNA that was divided into three fragments has been obtained and cloned illlo Bluescript KS (-) vector. Further study, will be performed to verifY the cloned fragments, and to fuse the fragments into a complete APOBEC3G DNA that will be cloned into an expression vector."

"Penelitian pemotongan partial kromosom Xanthomonas campestris (X.c) dengan menggunakan enzim restriksi EcoR1 telah dilakukan. DNA kromosom diisolasi dengan metoda CTAB. DNA dengan konsentrasi sekitar 66 Mg/ml dipotong enzim restriksi EcoR1(100 unit/Ml) dengan variasi waktu 0,10,20,30,40,50 dan 60 detik, diinkubasi pada suhu 37°C. Setelah dipotong dilarikan pada elektroforesis dengan konsentrasi agarosa 0,8%, tegangan 60 miliampere, selama 45 menit. Pola pita diskret dihasilkan mulai pada Inkubasi 30,40,50 dan 60 detik. Inkubasi 30 detik ternyata sudah memberikan hasil pola pita diskret dari DNA kromosom. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan pelacakan gen protease dengan menggunakan pelacak yang sudah diketahui mengandung gen protease."

"ABSTRAKXilanase merupakan enzim yang mempunyai kemampuan menghidrolisis xilan menjadi xilosa. Xilanase memiliki peranan penting dalam bidang bioteknologi, baik digunakan tunggal maupun dikombinasikan dengan enzim lain. Xilanase umumnya diisolasi dari organisme seperti bakteri, kapang, dan jamur. Helianti dkk. berhasil mengisolasi xilanase dari Bacillus subtilis AQ1 dan memasukkan gen xilanase AQ1 dari Bacillus subtilis ke dalam lokus selulase A dari Bacillus licheniformis F11.1 sehingga dihasilkan plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1. Laboratorium Biologi Molekuler, BPPT yang berada di LAPTIAB, PUSPIPTEK akan melakukan penelitian lanjutan yaitu mentransformasi secara konjugasi plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 dari bakteri Escherichia coli S17-1 ke dalam bakteri Bacillus licheniformis F11.4. Penelitian ini bertujuan untuk mentransformasikan secara konjugasi plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 dari bakteri Escherichia coli S17-1 ke dalam Bacillus licheniformis F11.4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 berhasil di konjugasi kan kedalam Bacillus licheniformis F11.4. Plasmid yang telah dikonjugasi, kemudian dianalisis dengan metode digesti dan PCR. Analisis aktivitas produk gen dari Bacillus licheniformis F11.4 rekombinan dan Bacillus licheniformis F11.4 wildtype juga dilakukan. Hasil uji aktivitas menunjukkan bahwa dari Bacillus licheniformis F11.4 rekombinan memiliki aktivitas enzim xilanase dan enzim selulase, sedangkan Bacillus licheniformis F11.4 wildtype hanya memiliki aktivitas enzim selulase.

---

ABSTRACTXylanase enzyme has the ability to hydrolyze xylan into xylose. Xylanase has an important role in the field of biotechnology, used alone or in combination with other enzymes. Generally Xylanase are isolated from organisms such as bacteria, mold, and fungus. Helianti et al. successfully isolated xylanase from Bacillus subtilis AQ1 and incorporated AQ1 xylanase genes from Bacillus subtilis into a cellulase locus of Bacillus licheniformis F11.4 then resulted recombinant plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1. Laboratory of Molecular Biology, BPPT in LAPTIAB, PUSPIPTEK will conduct advanced research about transformation recombinant plasmid conjugation pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 of the bacteria Escherichia coli S17-1 into the bacterium Bacillus licheniformis F11.4. This study aims to transform by conjugation plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 of the bacteria Escherichia coli S17-1 into Bacillus licheniformis F11.4. The results showed that the recombinant plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 succeed in conjugation to Bacillus licheniformis F11.4. Plasmids which have been conjugated, analyzed by digestion and PCR methods. Analysis of the activity of the gene product of recombinant Bacillus licheniformis and Bacillus licheniformis F11.4 wildtype also performed. The test results showed that the Bacillus licheniformis F11.4 recombinant has xylanase and cellulase enzyme activity, while wildtype Bacillus licheniformis F11.4 only has cellulase enzyme activity."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Telah dilakukan pengklonaan gen Cd40 ligand (Cd40l) dari Mus musculus ke dalam sel inang Escherichia coli TOP10. Gen Cd40l adalah gen pengkode protein CD40L, anggota dari tumor necrosis factor (TNF) superfamily (TNFSF). CD40L merupakan salah satu kandidat adjuvan karena diketahui sebagai salah satu immunoagent paling efektif dari keluarga TNFSF. CD40L berikatan dengan reseptornya pada sel makrofag, sel T dan sel B yang teraktivasi berfungsi menginduksi aktivasi sel APC dan sel B. Penelitian bertujuan mengklona gen Cd40l ke dalam sel inang Escherichia coli TOP10 dengan perantara vektor pcDNA 3.1(+). Fragmen gen Cd40l tanpa mengandung start codon (ATG) dengan panjang 644 pasang basa, diamplifikasi melalui transkripsi balik dengan RNA sel PMBC mencit sebagai pola cetaknya. Gen Cd40l telah berhasil diklona ke dalam E.coli TOP10. Hasil analisis menunjukkan sekuen hasil klona memiliki similaritas 100% terhadap sekuen acuan pada database GeneBank yaitu Mus musculus CD40 ligand (Cd40lg), mRNA, coding sequence dengan accession number NM_011616.2

---

Cloning of Cd40 ligand (Cd40l) gene from Mus musculus into Escherichia coli TOP10 had been conducted. Cd40l gene encodes CD40L protein which is a member of the tumor necrosis factor super family (TNFSF). CD40L is one of candidate adjuvant as known as one of most effective immunoagent. Binding of CD40L to its receptor on the surface of macrophage, activated T cell, and activated B cell induces activation of APC and B cell. The aim of research is to clone Cd40l gene into E.coli TOP10 using pcDNA 3.1(+) vector. 644 base pairs of Cd40l fragment without start codon (ATG) was amplified from RNA PMBC cell with RT-PCR. Cd40l gene was successfully cloned to E.coli TOP10. The analysis showed 100% similarity between Cd40l clone and GeneBank database, Mus musculus CD40 ligand (Cd40lg), mRNA, coding sequence with accession number NM_011616.2"