Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Enteropatogenik Escherichia coli (EPEC) merupakan salah satu bakteri patogen gram negatif yang menjadi penyebab diare khususnya pada bayi dan anak-anak. Aptamer yaitu oligonukleotida rantai pendek yang memiliki afinitas, spesifisitas, dan selektivitas yang tinggi terhadap targetnya, dimana memiliki potesi untuk dikembangkan dalam metode diagnosa patogen. Melalui metode Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) telah berhasil diisolasi 6 DNA Aptamer spesifik terhadap bakteri EPEC K1.1, dimana merupakan strain bakteri E.coli yang di isolasi dari anak-anak penderita diare di Indonesia. Metode karakterisasi yang dilakukan untuk melihat spesifisitas pengikatan aptamer terhadap target bakteri didapatkan dua aptamer terbaik yaitu S8-7 dan S10-5, dengan nilai Kd yang berada pada rentang nanomolar. Pengembangan kedua aptamer terbaik sebagai biosensor (Aptasensor) berbasis AuNP (nanopartikel emas) terhadap bakteri target EPEC K1.1 menunjukan adanya sensitivitas deteksi bakteri pada 10⁷ CFU/mL untuk aptamer S8-7 dan 10⁸ CFU/mL untuk aptamer S10-5, dimana dengan inkubasi lebih lama dapat mendeteksi bakteri pada 10⁶ CFU/mL. Selanjutnya kedua aptamer tersebut menunjukkan spesifisitas deteksi terhadap bakteri EPEC K1.1 dibandingkan dengan bakteri uji yang lain. Hasil tersebut menunjukkan bahwa kedua aptamer berpotensi sebagai biosensor dalam mendeteksi keberadaan bakteri patogen EPEC K1.1.

---

Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is a gram-negative pathogenic bacterium that can cause diarrhea, especially in infants and children. Aptamers are short chain oligonucleotides that have high affinity, specificity, and selectivity to their targets, which have the potential to be developed as a method of diagnosing pathogens. Through the Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) method, 6 DNA aptamer specific to EPEC K1.1 bacteria have been isolated. EPEC K1.1 is a strain of E.coli bacteria that isolated from children with diarrhea in Indonesia. The characterization method carried out to evaluate aptamer binding specificity to bacterial target and obtained two best aptamer, S8-7 and S10-5, with Kd values in the nanomolar range. The development of the best two aptamer as Aptasensor with AuNP (gold nanoparticles)-based biosensors against the target bacteria EPEC K1.1 showed bacterial detection sensitivity or LOD (limit of detection) in 10⁷ CFU/mL for aptamer S8-7 and 10⁸ CFU/mL for aptamer S10-5, where with longer incubation it can detect bacteria at 10⁶ CFU/mL. Furthermore, the two aptamer showed specificity detection against EPEC K1.1 bacteria compared to other test bacteria. These results indicate that both aptamers have potential as biosensors in detecting pathogenic bacteria EPEC K1.1.

"

"Penelitian transformasi fragmen DNA Xanthomonas campestris ke dalam Escherichia coli DH5a., mengunakan vektor plasmid Escherichia coli (pUC19). DNA kromosom diisolasi dengan menggunakan metoda CTAB. DNA plasmid diisolasi menggunakan metoda lisis. Kedua sumber DNA dipotong menggunakan enzim restriksi EcoR1, Sel kompeten disiapkan dengan menggunakan CaCl2.transformasi menggunakan metoda kejutan panas. Hasil transformasi didapatkan sebanyak 5 koloni putih (yang mengandung DNA fragmen), dengan frekuensi transformasi sebesar 1.22 X10-8 koloni putih/sel kompeten Elektroforesis agarosa menunjukan variasi ukuran fragmen DNA hasil transformasi, sebesar 0,5-7,5 kb. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan dengan membuat pustaka genom untuk mendapatkan hasil transformasi yang tinggi."

"Penelitian transformasi fragmen DNA Xanthomonas campestris ke dalam Escherichia coli DH5αα, digunakan vektor plasmid Escherichia coli (pUC19). DNA kromosom diisolasi dengan metoda CTAB. DNA plasmid diisolasi dengan metoda alkali lisis. Kedua sumber DNA dipotong menggunakan enzim restriksi EcoRI. Sel kompeten disiapkan dengan CaCl2, transformasi menggunakan metoda kejutan panas.Hasil transformasi didapatkan sebanyak 5 koloni putih (yang mengandung fragmen DNA), dengan frekuensi transformasi sebesar 1,22 x 10-8 koloni putih/sel kompeten. Elektoforesis agarosa menunjukkan variasi ukuran DNA fragmen sebesar 0,5 ? 7,5 kb. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan dengan pembuatan pustaka genom untuk mendapatkan hasil transformasi yang lebih banyak.

---

Research on DNA transformation of Xanthomonas campestris into Escherichia coli DH5αα using plasmid vector Escherichia coli (pUC19). was carried out. DNA chromosome was isolated using CTAB method, alkali lysis method was used to isolate DNA plasmid. Both of DNA plasmid and chromosome were digested using restriction enzyme EcoRI. Competent cell was prepared with CaCl2 and heat shock method for transformation procedure.The result revealed transformation obtain 5 white colonies, with transformation frequency was 1,22 x 10-8 colony/competent cell. Electrophoresis analysis showed the DNA fragment (insert) in range 0.5 ? 7,5 kb. Further research should be carried out to prepare the genomic library to obtain better result of transformant."

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."

"ABSTRAKXilanase merupakan enzim yang mempunyai kemampuan menghidrolisis xilan menjadi xilosa. Xilanase memiliki peranan penting dalam bidang bioteknologi, baik digunakan tunggal maupun dikombinasikan dengan enzim lain. Xilanase umumnya diisolasi dari organisme seperti bakteri, kapang, dan jamur. Helianti dkk. berhasil mengisolasi xilanase dari Bacillus subtilis AQ1 dan memasukkan gen xilanase AQ1 dari Bacillus subtilis ke dalam lokus selulase A dari Bacillus licheniformis F11.1 sehingga dihasilkan plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1. Laboratorium Biologi Molekuler, BPPT yang berada di LAPTIAB, PUSPIPTEK akan melakukan penelitian lanjutan yaitu mentransformasi secara konjugasi plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 dari bakteri Escherichia coli S17-1 ke dalam bakteri Bacillus licheniformis F11.4. Penelitian ini bertujuan untuk mentransformasikan secara konjugasi plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 dari bakteri Escherichia coli S17-1 ke dalam Bacillus licheniformis F11.4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa plasmid rekombinan pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 berhasil di konjugasi kan kedalam Bacillus licheniformis F11.4. Plasmid yang telah dikonjugasi, kemudian dianalisis dengan metode digesti dan PCR. Analisis aktivitas produk gen dari Bacillus licheniformis F11.4 rekombinan dan Bacillus licheniformis F11.4 wildtype juga dilakukan. Hasil uji aktivitas menunjukkan bahwa dari Bacillus licheniformis F11.4 rekombinan memiliki aktivitas enzim xilanase dan enzim selulase, sedangkan Bacillus licheniformis F11.4 wildtype hanya memiliki aktivitas enzim selulase.

---

ABSTRACTXylanase enzyme has the ability to hydrolyze xylan into xylose. Xylanase has an important role in the field of biotechnology, used alone or in combination with other enzymes. Generally Xylanase are isolated from organisms such as bacteria, mold, and fungus. Helianti et al. successfully isolated xylanase from Bacillus subtilis AQ1 and incorporated AQ1 xylanase genes from Bacillus subtilis into a cellulase locus of Bacillus licheniformis F11.4 then resulted recombinant plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1. Laboratory of Molecular Biology, BPPT in LAPTIAB, PUSPIPTEK will conduct advanced research about transformation recombinant plasmid conjugation pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 of the bacteria Escherichia coli S17-1 into the bacterium Bacillus licheniformis F11.4. This study aims to transform by conjugation plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 of the bacteria Escherichia coli S17-1 into Bacillus licheniformis F11.4. The results showed that the recombinant plasmid pBBRE194 cell F11.1 xyn AQ1 succeed in conjugation to Bacillus licheniformis F11.4. Plasmids which have been conjugated, analyzed by digestion and PCR methods. Analysis of the activity of the gene product of recombinant Bacillus licheniformis and Bacillus licheniformis F11.4 wildtype also performed. The test results showed that the Bacillus licheniformis F11.4 recombinant has xylanase and cellulase enzyme activity, while wildtype Bacillus licheniformis F11.4 only has cellulase enzyme activity."

"Actinomycetes telah dikenal sebagai bakteri penghasil antibiotik terbesar di alam. Aktivitas antibakteri isolat Actinomycetes dari usus rayap yang merupakan koleksi Bioteknologi, BPPT, Serpong, Tangerang telah dilakukan penelitiannya. Sebanyak 50 isolat Actinomycetes di uji aktivitas antibakteri dengan menggunakan metode cakram terhadap bakteri Gram positif (Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus ATCC 25923) dan bakteri Gram negatif (Escherichia coli ATCC 25922).Dari hasil pengamatan di dapat 2 isolat yang mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram negatif, 9 isolat mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram positif dan 4 isolat mempunyai aktivitas melawan bakteri Gram positif dan negatif. Isolat yang mempunyai aktivitas antibakteri selanjutnya di identifikasi secara genetik dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Identifikasi Actinomycetes sampai tingkat genus menggunakan enzim restriksi Sau3A1. Enzim ini signifikan untuk membedakan antara genus Streptomyces dan non Streptomyces dengan ukuran basa yang berbeda. Metode ini dilakukan dalam waktu singkat dengan menggunakan hasil polymerase chain reaction (PCR). Dari hasil identifikasi didapat 10 isolat yang merupakan genus Streptomyces, 4 isolat

---

Actinomycetes is recognized as prokaryot organism which produce a lot of antibiotic in nature. Antibacterial activity of Actinomycetes isolated from termits gut which is collected from Biotechnology, BPPT, Serpong, Tangerang had been investigated. A total of 50 isolates Actinomycetes were subjected to screen antibacterial activity by disc method against Gram positive (Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus ATCC 25923) and Gram negative (Escherichia coli ATCC 25922).It was observed that 2 isolates were active against Gram positive, 9 isolates against Gram positive, and 4 isolates against both Gram positive and Gram negative. Isolates which have antibacterial activity were identified using polymerase chain reaction (PCR) technique, and then using restriction enzyme Sau3A1 to identify up to genus level of Actinomycetes. This enzyme significantly differentiate both Streptomyces and non Streptomyces with different base pairs. This method could be achieved in a short time, using PCR product of gen 16S rDNA. From identification results there were 10 isolates of Streptomyces and 4 isolates of non Streptomyces."

"[Telah dilakukan penelitian untuk mengetahui kemampuan antimikroba β-glukan dari ragi roti terhadap bakteri Escherichia coli ATCC 25922 dan Bacillus cereus ATCC 14579. Ragi roti yang berisi khamir Saccharomyces cerevisiae diekstrak β-glukannya dan dianalisis secara kualitatif dan kuantitatif. Uji penentuan aktivitas antimikroba dengan metode turbiditas dan TPC terdiri atas 5 kelompok perlakuan, yaitu kelompok kontrol negatif, kontrol pembanding I dan II menggunakan β-glukan krestin, serta perlakuan I dan II menggunakan β-glukanragi roti. Hasil ektraksi diperoleh ekstrak kasar dengan persentase ekstrak sebesar 5%. Analisis kualitatif dengan Fourier Transform Infra-Red (FTIR) dan kuantitatif dengan Megazyme menunjukkan keberadaan β-glukan di dalam ekstrak kasar sebesar 47,7 % (b/b). Uji antimikroba menunjukkan bahwa β-glukan ragi roti tidak mempunyai aktivitas antimikroba terhadap Escherichia coli ATCC 25922 dan Bacillus cereus ATCC 14579., The aim of this study was to observe the antimicrobial activity of β-glucan extracted from baker’s yeast (Saccharomyces cerevisiae) against bacteria Escherichia coli ATCC 25922 and Bacillus cereus ATCC 14579. β-glucan from baker’s yeast was extracted and analyzed qualitatively and quantitatively.Antimicrobial test of β-glucan using turbidity and TPC methods, consist of 5 treatment groups, i.e. the negative control, comparison control I and II (β-glucan krestin), and treatment I and II (β-glucan from baker’s yeast). Extraction process resulted 5% of crude extract. Qualitative analyzed by FTIR and quantitative by Megazyme method showed that the purity of β-glucan in crude extract was 47,7 % (w/w). The antimicrobial test indicated that β-glucan from baker’s yeast did nothave antimicrobial activity against Escherichia coli ATCC 25922 and Bacillus cereus ATCC 14579.]"

"ABSTRAKKanker adalah salah satu penyakit mematikan yang pengobatannya terus dikembangkan. Apoptin adalah molekul protein yang berpotensi untuk dijadikan obat kanker karena mempunyai aktivitas menginduksi proses kematian sel secara selektif hanya pada sel kanker saja. Kloning apoptin telah berhasil dilakukan dengan amplifkasi gen menggunakan PCR dengan menambahkan 12-histidin dan 8-arginin pada C-terminal kemudian diligase ke plasmid pOXGW dengan sistem Gateway, lalu diekspresikan ke dalam bakteri Bacillus subtilis 168. Plasmid pOXGW - apoptin - 12His8Arg dapat terekspresi di B. subtilis. Dalam penelitian ini Bacillus subtilis yang membawa plasmid diproduksi pada medium dengan variasi xylose sebagai substrat pemicu dan sebagai pembanding bakteri Escherichia coli Bl21 Star™ ditransformasi dengan plasmid pOGW - apoptin - 12His untuk kemudian dilakukan pemurnian. Hasil penelitian menunjukan apoptin rekombinan dari B. subtilis 168 yaitu 568 μg/ml, sedikit lebih banyak dari jumlah protein rekombinan E. coli Bl21 Star™, 421 μg/ml.

---

ABSTRACTCancer is a deadly disease so that the medicinal treatment constantly developed. Apoptin is a protein molecule that has potential to be used as a cancer drug because of its activity to induce cell death selectively to the cancer cells only. Cloning apoptin has been successfully performed by amplify gene using PCR with 12-histidine and 8-arginine to be added at C-terminal then ligated into plasmid pOXGW with Gateway system, and then expressed in Bacillus subtilis 168. Plasmids with pOXGW - apop - 12His8Arg can be expressed in B. subtilis. In this study, Bacillus subtilis carrying plasmid was produced with variations of xylose as substrate trigger on liquid medium and as a comparison, Escherichia coli Bl21 Star™ transformed with a plasmid pOGW - apop - 12His and then performed for purification of apoptin. The results showed that the recombinant apoptin obtain from B. subtilis 168 compared to Escherichia coli Bl21 Star is slightly higher, i.e. 568 μg/ml and 421 μg/ml, respectively."