Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 120448 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Ryan Septa Kurnia
"Latar Belakang: Virus Newcastle Disease (ND) menyebabkan kerugian ekonomi yang sangat tinggi pada peternakan unggas. Walaupun penggunaan vaksinasi merupakan pilihan terbaik saat ini dalam mencegah infeksi virus, namun dalam suatu kondisi dibutuhkan pengembangan antiviral. Hingga saat ini langkah terapi profilaktik terhadap infeksi virus pada peternakan unggas belum pernah dikembangkan, sedangkan penggunaan antiviral yang beredar saat ini sangat tidak mungkin digunakan dengan pertimbangan ekonomi. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan suatu senyawa berupa sialidase asal bakteri Clostridium perfringens yang berpotensi sebagai antiviral dan membuktikan efek penghambatan infeksi virus sehingga dapat digunakan sebagai terapi profilaktik terhadap infeksi virus ND.
Metode: Penelitian diawali dengan memproduksi enzim sialidase yang berasal dari hasil supernatan kultur bakteri C. perfringens tipe A. Sialidase dipurifikasi dengan metode presipitasi ammonium sulfat, ion exchange chromatography dan affinity chromatography. Sialidase tersebut selanjutnya diuji aktivitas dan stabilitasnya terhadap beberapa pH dalam waktu inkubasi tertentu. Uji kemampuan hidrolisis reseptor sialic acid dan toksisitas terhadap sel dilakukan pada beberapa dosis pemberian sialidase menggunakan sel kultur primer Chicken Embryonic Fibroblast (CEF). Pembuktian kemampuan sialidase dalam menghambat infeksi virus pada sel host dilakukan dengan menghitung viral copy number dan ekspresi gen penyandi molekul sitokin yang berperan terhadap respon sel akibat infeksi virus ND.
Hasil: Sialidase dari bakteri C. perfringens tipe A pada penelitian ini mampu diproduksi dengan efisien secara native dan dapat dimurnikan sehingga diperoleh aktivitas spesifik sebesar 75 U/mg serta stabil selama 72 jam pada suhu 37℃. Dosis tertinggi sialidase yang dapat ditolerir oleh sel CEF yakni sebesar 187,5 mU/ml dan mampu menghidrolisis reseptor sialic acid pada permukaan sel. Pemberian sialidase pada dosis tertinggi hingga dosis terendah mampu menurunkan secara drastis replikasi virus pada sel host. Hal tersebut juga didukung berdasarkan pengamatan terhadap perbedaan ekspresi gen penyandi molekul sitokin pada sel yang ditreatment dengan sialidase dibandingkan kontrol infeksi virus ND
Kesimpulan: Sialidase asal bakteri C. perfringens tipe A berpotensi dapat digunakan sebagai terapi profilaksis antivirus melalui aktivitas competitive inhibition terhadap reseptor sialic acid pada sel host.

Introduction: Newcastle Disease (ND) virus causes very high economic losses on poultry farms. Although vaccination is the best option in preventing viral infections, but under certain conditions development of antivirals is required. Prophylactic treatment against viral infection in poultry have not been developed, while the use of currently circulating antivirals is very unlikely to be used due to economic considerations. This study aims to produce a substance called sialidase from Clostridium perfringens that potential as an antiviral and demonstrate its inhibitory effect on viral infection so that it can be used as prophylactic therapy against ND virus infection.
Methods: This research was initiated by producing sialidase enzyme derived from the supernatan culture of C. perfringens type A bacteria. Sialidase was purified by ammonium sulfate precipitation method, ion exchange chromatography and affinity chromatography. The sialidase was tested for its activity and stability on several pH within a certain incubation time. Hydrolysis ability of sialic acid receptors and cell toxicity were carried out at several doses of sialidase administration using primary cultured Chicken Embryonic Fibroblast (CEF) cells. The capacity of sialidase to prevent viral infection in host cells was demonstrated by estimating the viral copy number and expression of genes encoding cytokine molecules that play a role in cell response due to ND virus infection.
Results: In this study, C. perfringens type A bacteria were able to produce sialidase then natively purified to obtain specific activity of 75 U/mg and stable for 72 hours at 37℃. The highest dose of sialidase that CEF cells can tolerate and capable to hydrolyze sialic acid receptors on the cell surface is 187.5 mU/ml. Sialidase dosages ranging from 750 mU/ml to 46.87 mU can drastically reduce viral replication in CEF cells. This is also supported by observations expression alteration of genes encoding cytokine molecules in sialidase treated cells and ND virus infection.
Conclusion: Sialidase from Clostridium perfringens tipe A has the potential to be used as prophylactic antiviral therapy through its competitive inhibition activity against sialic acid receptors on host cells.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
D-pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ramdhan
"Salah satu faktor yang berperan dalam infeksi virus influenza A adalah adanya kecocokan antara Hemagglutinin (HA) dari virus dengan reseptor permukaan sel clari host. Permukaan sel host mengandung gugus terminal sialyl-galactosyl [Sia(oi2-3)Gal] atau [Sia(oi2-6)Gal]. Virus Influenza A yang berasal dari unggas cenderung berikatan clengan Sia(oi2-3)Gal sedangkan yang berasal dari isolat manusia cenderung berikatan dengan Sia(oi2-6)Gal. Hasil Alignment subtipe H1 N1 menunjukan banwa diperlukan mutasi asam amino pada posisi 190 clan 225 menjacli Asam Aspartat pacla Hemagglutinin untuk mengenali reseptor Sia(oi2-6)Gal sedangkan pada subtipe H2N2 dan H3N2 memerlukan mutasi asam amino pada posisi 226 dan 228 menjadi Leusin dan Serin.
Berdasarkan analisis mutasi terhadap HA subtipe H1 N1, H2N2, clan H3N2 yang telah menjadi pandemik, dapat diperkirakan banwa Hernagg/utinnin subtipe H5N1 memerlukan mutasi pada posisi 190 dan 225 menjadi Asam Aspartat pada HA untuk mengenali reseptor Sia(oi2-6)Gal. Kemungkinan lain adalah memerlukan mutasi asam amino pada posisi 226 dan 228 menjacli Leusin dan Serin. Metode simulasi molecular docking mampu membentuk kompleks antara Hemagglutinin dengan Reseptor Sia(oi2-6)Gal dan Sia(oi2-3)Gal. Berdasarkan nasil kompleks yang terbentuk metode simulasi molecular docking berhasil mengidentifikasi spesifitas Hemagglutinin terhadap Sia(oi2-3)Gal atau Sia(oi2-6)Gal"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2009
S30488
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Christian Marco Hadi Nugroho
"Latar Belakang: Avian influenza merupakan penyakit infeksius yang mudah menular secara aerosol. Salah satu subtipenya yakni H9N2 mewabah pertama kali di wilayah peternakan unggas di Indonesia pada tahun 2016 dan dilaporkan membawa gen yang cenderung menginfeksi sel mamalia. Antiviral berbasis sialidase dikembangkan sebagai pencegahan dan pengobatan infeksi virus saluran pernafasan seperti avian influenza yang membutuhkan sialic acid sebagai pintu masuknya virus ke dalam sel. Penelitian ini bertujuan mengembangkan antiviral berbasis sialidase asal bakteri Pasteurella multocida, khususnya terhadap infeksi subtipe H9N2.
Metode: Penelitian diawali dengan kultur Pasteurella multocida yang secara genetik hanya mengandung satu jenis sialidase yakni NanB. Sialidase dipurifikasi melalui metode kloroform, dan dilanjutkan dengan ion exchange chromatography dan affinity chromatography. NanB sialidase yang dihasilkan diuji aktivitasnya pada suhu, pH dan lama waktu inkubasi yang berbeda. Uji toksisitas dan spesifisitas NanB sialidase dilakukan dengan menggunakan berbagai dosis sialidase pada media sel darah merah ayam dan kelinci serta sel MDCK. Dilanjutkan dengan uji hambatan infeksi virus avian influenza H9N2 dan ekspresi gen penyandi apoptosis sebagai respon sel terhadap infeksi avian influenza H9N2.
Hasil: Pasteurella multocida B018 terbukti menghasilkan NanB sialidase dengan berat molekul sekitar 55 kDa. NanB sialidase yang dihasilkan bersifat stabil pada suhu 37℃ dan pH 5 hingga 7 meskipun mengalami penurunan aktivitas pada 72 jam inkubasi. Dosis 0.258 U/ml merupakan dosis toksik yang melisiskan sel darah merah dan merusak sel MDCK. Dosis efektif yang mampu menghirolisis sialic acid adalah 0.129 U/ml, namun NanB sialidase cenderung menghidrolisis sialic acid Neu5Acα(2,6)-Gal pada mamalia. Dosis tersebut juga mampu menghambat ikatan virus H9N2 pada sel darah merah serta menekan jumlah infeksi virus pada sel MDCK tanpa menyebabkan peningkatan ekspresi gen penyandi apoptosis sel. Kesimpulan: NanB Sialidase asal bakteri Pasteurella multocida berpotensi sebagai antivirus avian influenza melalui hilangnya sialic acid akibat proses hidrolisis yang terjadi.

Background: Avian influenza is an infectious disease easily transmitted by aerosol. One of the subtypes, H9N2, first appeared in poultry farming areas in Indonesia in 2016 and was reported to carry a gene that tends to infect mammalian cells. Sialidase-based antivirals were developed to prevent and treat viral respiratory infections such as avian influenza, which require sialic acid as the entry point for viruses to enter cells. This study aims to develop a sialidase-based antiviral from the Pasteurella multocida, especially against infection with the H9N2 subtype.
Methods: The research started with Pasteurella multocida culture, which contains only one type of sialidase, NanB. Sialidase was purified by the chloroform method and followed by ion-exchange chromatography and affinity chromatography. NanB sialidase was tested for its activity at different temperatures, pH, and incubation times. The toxicity and specificity test of NanB sialidase was carried out using various doses of sialidase on chicken and rabbit red blood cells and MDCK cells, followed by the inhibition test of avian influenza H9N2 virus infection and expression of apoptotic coding genes as a cell response to avian influenza H9N2 infection.
Results: Pasteurella multocida B018 produced NanB sialidase with a molecular weight of about 55 kDa. The resulting NanB sialidase was stable at 37℃ and pH 5 to 7, although it decreased in activity at 72 hours of incubation. The dose of 0.258 U/ml is a toxic dose that lyses red blood cells and destroys MDCK cells. The effective dose capable of hydrolyzing sialic acid is 0.129 U/ml, but NanB sialidase tends to hydrolyze Neu5Acα(2,6)-Gal sialic acid in mammals. This dose also inhibited the binding of the H9N2 virus on red blood cells. It suppressed the number of viral infections in MDCK cells without increasing the expression of genes encoding cell apoptosis.
Conclusion: NanB Sialidase from Pasteurella multocida has the potential as an antiviral for avian influenza through the loss of sialic acid due to the hydrolysis process
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
D-pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Mark von Itzstein, editor
"This volume describes all aspects of the virus structure and function relevant to infection. The focus is on drug discovery of inhibitors to the enzyme sialidase, which plays a key role in the infectious lifecycle of the virus. Following an overview of the influenza virus, the haemagglutinin, the interactions with the cell receptors and the enzymology of virus sialidase, recent results in drug design are presented. These include a full coverage of the design, synthesis and evaluation of carbohydrate as well as non-carbohydrate influenza virus sialidase inhibitors. Further reviews of the clinical experience with influenza virus sialidase inhibitors and of the development of resistance to these inhibitor drugs complement the topic."
Netherlands: [, Springer], 2012
e20417994
eBooks  Universitas Indonesia Library
cover
Alesia Prillya Mauna
"Infeksi dengue merupakan masalah kesehatan di dunia, termasuk Indonesia. Di Indonesia, kasus terjadinya infeksi terus bertambah dari tahun 1968 sampai 2015. Meskipun demikian, sampai sekarang masih belum ada pengobatan yang efektif terhadap DENV. Penelitian bertujuan untuk mengevaluasi potensi katekin sebagai antivirus, yang dapat digunakan dikemudian hari untuk menjadi dasar obat antivirus. Penelitian terbaru menunjukkan bahwa katekin adalah kandidat antivirus DENV yang bagus, terutama terhadap dengue serotipe DENV-1, DENV-2, dan DENV4 dengan menempel pada NS4B. NS4B itu sendiri penting untuk proses replikasi virus. Akan tetapi, riset ini dilakukan pada tahap molecular docking. Riset ini merupakan riset eksperimental untuk mengetahui potensi katekin sebagai antivirus terhadap DENV serotipe 2 NGC pada sel Huh7it-1. Untuk mengetahui potensi katekin, indeks selektivitas harus diketahui dengan cara mengetahui nilai CC50 dan IC50 dari katekin. CC50 adalah konsentrasi katekin yang dapat merusak setengah dari total sel, yang bisa didapat melalui metode MTT Assay. Sedangkan IC50 adalah konsentrasi dari katekin yang dapat menginhibisi setengah dari total virus, yang bisa didapat melalui metode Focus Assay. Hasil riset ini menemukan CC50 dari katekin adalah 2.755,091 μg/mL, sedangkan IC50nya adalah 21,457 μg/mL. Indeks Selektivitas adalah rasio dari CC50 dan IC50, sehingga Indeks Selektivitas nya adalah 128,400 dengan demikian, katekin berpotensi untuk dikembangkan sebagai antivirus dimasa mendatang.

Dengue infection is a health issue worldwide. In Indonesia, the rate of infection increased since 1968 to 2015. However, there is still no effective cure against DENV infection until today. Research aims to evaluate catechin’s potency as an antivirus, that can be used in the future as a basis for antiviral drug. Recent research proved that catechin can be a good candidate for antivirus against DENV, especially DENV-1, DENV-2 and DENV-4 serotype by binding to NS4B. NS4B itself is important for viral replication. However, this research was still in the molecular docking stage. This research is an experimental research to seek the potency of catechin as antiviral using DENV Serotype 2 Strain NGC in Huh7it-1 cell. To determine the potency, selectivity index value is needed by achieving the value of CC50 and IC50 of catechin. CC50 is the concentration of catechin that is harmful for the 50% of the viable cells, which its value can be obtained from MTT Assay method. Meanwhile, IC50 is defined as the concentration of catechin that can inhibit 50% of the total virus, which its value can be obtained from of Focus Assay method. This research result found that the CC50 of catechin is 2,755.091 μg/mL and IC50 is 21.457 μg/mL. SI is the ratio between CC50 and IC50, therefore the SI was 128.400. Thus, catechin has the potency to be developed as an antivirus in the future."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sri Suryo Adiyanti
"ABSTRAK
Manifestasi klinis yang menonjol pada demam berdarah dengue adalah kebocoran plasma karena gangguan pada sel endotel vaskular. Anti NS-1 dapat bereaksi silang dengan Protein Disulfide Isomerase (PDI) pada sel endotel. Jambu biji biasa digunakan untuk mengatasi gejala dengue namun belum pernah ada penelitian secara in vitro untuk mengetahui mekanisme senyawa aktif yaitu lycopene yang terdapat di dalamnya. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui apakah lycopene dapat menurunkan apoptosis yang ditandai dengan Annexin V dan Heme oxygenase -1 (HO-1). Penelitian ini menggunakan kultur Human Umbillical Vein Endothelial Cells (HUVEC) yang diberi stimulasi anti NS-1 dan terdiri atas 5 perlakuan yaitu kontrol positif, kontrol negatif, dan lycopene dosis 0.5, 1 dan 2 μM. Kontrol positif adalah HUVEC yang diberi anti NS-1 dan basitrasin karena basitrasin sudah diketahui bekerja sebagai anti PDI dan dapat menghambat apoptosis. Kontrol negatif adalah kultur HUVEC yang diberi anti NS-1 tanpa perlakuan lycopene. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hanya Annexin V pada kontrol positif menunjukkan hasil yang rendah secara bermakna dibandingkan perlakuan lainnya. Hal ini menunjukkan bahwa lycopene dengan dosis 0.5, 1 dan 2 μM tidak dapat menghambat apoptosis. Kadar HO-1 pada semua perlakuan tidak menunjukkan perbedaan bermakna. Hal ini menunjukkan bahwa baik basitrasin maupun lycopene tidak mempengaruhi metabolisme HO-1. Dapat disimpulkan bahwa senyawa lycopene dengan dosis dosis 0.5, 1 dan 2 μM tidak menunjukkan pengaruh dalam apoptosis sel endotel setelah terjadi infeksi dengue.

ABSTRACT
Prominent clinical manifestation of dengue hemorrhagic fever is plasma leakage due to malfunction of endothelial cells. There is cross reaction between anti NS-1 and Protein Disulfide Isomerase (PDI) on endothelial cells. Psidium guajava is commonly used to improve condition in dengue symptoms but there is no research yet that study the in vitro mechanism how lycopene, a compound in Psidium guajava, works in this case. So this study aimed to know whether lycopene will decrease apoptosis of endothelial cells marked by Annexin V and Heme oxygenase-1 (HO-1) This study used Human umbillical vein endothelial cells (HUVEC) that given anti NS-1 stimulation and consisted of positive control, negative control and lycopene treatment with 0.5, 1 and 2 μM dose. Positive control is HUVEC with anti NS-1 and bacitracin that known act as anti PDI and inhibit apoptosis. Negative control is HUVEC with anti NS-1. Results showed that Annexin V only in positive control had lower Annexin V significantly compared to other treatments. This showed that lycopene 0.5,1 and 2 μM was not able to inhibit apoptosis. HO-1 in all treatments did not show significant difference. This showed that either bacitracin nor lycopene did not give effect to HO-1 metabolism. It was concluded that lycopene with 0.5, 1 dan 2 μM dose has no effect in endothelial cell apoptosis after dengue infection."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2014
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Vincentia Cheryl Adam
"[ABSTRAK
Virus Dengue (DENV) menyebabkan infeksi penyakit yang mengancam sekitar 40% populasi dunia. Hingga saat ini belum tersedia obat antiviral yang dapat digunakan sebagai upaya pengobatan penyakit yang disebabkan infeksi DENV. Dengan melakukan virtual screening terhadap 308 peptida siklis komersial, dicari kandidat obat yang mampu menginhibisi sebuah situs pengikatan β-OG yang terdapat pada protein envelope DENV. Melalui metode simulasi penambatan dan dinamika molekul serta analisis terhadap sifat farmakologi dan toksisitas dari senyawa-senyawa peptida yang ditapis, diketahui ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki afinitas yang baik dengan situs pengikatan β-OG binding pocket serta diprediksi memiliki sifat sebagai obat yang relatif baik. Ligan tersebut juga membentuk kompleks yang stabil dengan protein envelope pada temperatur 310 K dan 312 K. Ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki potensi sebagai inhibitor β-OG binding pocket untuk selanjutnya dikembangkan menjadi obat antiviral terhadap infeksi DENV.

ABSTRACT
, Dengue Virus (DENV) has caused infectious disease which put roughly 40% of world population at risk. Antiviral drug against DENV infection remains unavailable up until now. By screening to 308 commercial cyclic peptides virtually, this research aims to find drug candidate which can inhibit β-OG binding site. Through molecular docking and molecular dynamics simulation, along with pharmacology and toxicity analyzing, it is discovered that Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand has good affinity with β-OG binding pocket and is predicted to has relatively acceptable drug properties. Ligand forms stabile complexity with nvelope protein in 310 K and 312 K. Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand is revealed to be potential inhibitor of β-OG binding pocket. Thus, it is feasible for furher development as antiviral drug against DENV infection.]
"
2015
S60326
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Andrei Bernadette
"Virus Ebola (EBOV) adalah salah satu virus paling mematikan di dunia yang memiliki virus wabah pada tahun 2014 di Afrika Barat. Ada lima jenis virus Ebola, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Pantai Gading (CEBOV), dan Bundibugyo (BEBOV). Virus ini sudah terbunuh sekitar 11.310 hidup dari 28.616 kasus, dan sampai sekarang tidak ada antivirus untuk EBOV. Salah satunya protein potensial yang bisa dihambat adalah Nucleoprotein (NP). EBOV NP ini memiliki fungsi sebagai replikasi virus dan perancah untuk protein virus tambahan. Dengan menghambat virus ini, itu dapat memotong replikasi RNA dan mengakhiri siklus hidup virus EBOV. Dari sebelumnya penelitian, Fu et al, menyatakan bahwa EBOV NP dapat disisipkan dengan asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A. Dalam penelitian ini, kami menggunakan modifikasi asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A menggunakan metode farmakofor untuk menghambat EBOV NP dan membandingkan yang terbaik ADMET mencetak skor untuk mendapatkan ligan baru sebagai penghambat nukleoprotein. Penelitian ini menggunakan MOE (Lingkungan Operasi Molekuler) 2014.09 dan DataWarrior v4.7.3. Ini dimodifikasi ligan ingin memiliki hasil yang lebih baik daripada ligan standar. Dalam penelitian ini, dimodifikasi senyawa 541 dari asam 18β-glycyrrhetinic dan senyawa termodifikasi 207 dari licochalcone A dipilih sebagai antivirus EBOV.

The Ebola Virus (EBOV) is one of the deadliest viruses in the world that had an outbreak virus in 2014 in West Africa. There are five types of Ebola viruses, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Ivory Coast (CEBOV), and Bundibugyo (BEBOV). This virus has been killed around 11,310 lives out of 28,616 cases, and until now there is no antivirus for EBOV. One of the potential proteins that can be inhibited is Nucleoprotein (NP). This EBOV NP has a function as a viral replication and scaffold for additional viral proteins. By inhibiting this virus, that can cut RNA replication and end the life cycle of the EBOV virus. From previous studies, Fu et al. Stated that EBOV NP can be inserted with 18β-glycyrrhetinic acid and
licochalcone A. In this study, we used a modification of 18β-glycyrrhetinic acid and licochalcone A used a pharmacophore method to inhibit EBOV NP and compared the best ADMET score to get a new ligand as a nucleoprotein inhibitor. This research uses MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09 and DataWarrior v4.7.3. This modified ligand wants to have better results than standard ligands. In this study, it was modified compound 541 from 18β-glycyrrhetinic acid and 207 modified compound from licochalcone A selected as an EBOV antivirus.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Erwin Prasetya Toepak
"ABSTRAK
Deman dengue merupakan penyakit viral pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue DENV . Infeksi ini pada beberapa orang juga dapat berkembang ke fase demam yang lebih akut yakni pada fase dengue hemorrhagic fever DHF dan dengue shock syndrome. DHF dan DSS dilaporkan menyebabkan 2,5 kematian dari 500.000 kasus klinis yang telah diketahi. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangatlah diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim ?-glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proeses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Pada penelitan ini, senyawa kastenospermina telah ditautkan dengan fragmen potensial terbaik hasil simulasi penambatan pangkalan data fragmen. Hasil simulasi penambatan perpustakaan fragmen menunjukkan bahwa fragmen dengan nomor ID ZINC00549950 adalah kandidat terbaik untuk ditautkan dengan kastenospermina. Simulasi penautan kastenospermina dan fragmen ZINC00549950 dilakukan dengan MOE 2014.09. Penautan ini menghasilkan 127 ligan yang kemudian akan ditautkan kembali pada sisi aktif ?-glucosidase I. Hasil simulasi penambatan ini menunjukkan bahwa ligan dengan kode LRS 28 adalah ligan terbaik dari semua ligan termodifikasi dengan nilai ?Gbinding sebesar -53,8 Kkal/mol. Prediksi karakteristik drug-likeness dan toksisitas juga menunjukkan bahwa LRS 28 adalah kandidat antiviral yang baik sebagai inhibitor ?-glucosidase I. Hasil dinamika molecular juga menunjukkan bahwa komplek glu I dan LRS 28 cukup stabil pada temperature 310 K dan 312 K ditinjau dari nilai RMSD dan interaksi asam amino yang dibentuk pada akhir simulasi.

ABSTRACT
Dengue fever is a viral disease in humans caused by dengue virus DENV infection. This infection in some people can also develop into a more acute phase of fever that known as dengue hemorrhagic fever DHF and dengue shock syndrome DSS . DHF and DSS are reported to causing 2.5 of deaths from the 500,000 clinical cases that have been reported. The development of antivirals for DENV infection is often constrained. This is occured because DENV has more than one type of serotype. The development of an antiviral that can cure the infection of all DENV serotypes is necessary. This antiviral can be developed through inhibition of host proteins involved in the DENV life cycle. One of the target host proteins is glucosidase I Glu I . This enzyme plays an important role in the proliferation of envelope glycoprotein of DENV. The development of antiviral based on fragment linking could generates novel drug candidates with good binding affinity. In this study, the castenospermine compound were linked with the best potential fragment from docking simulation of the fragment library. The docking simulation result of fragment library showed that fragment with ID number ZINC00549950 was the best candidate to link with castenospermine. The linking simulation between castenospermine and fragment ZINC00549950 was performed with MOE 2014.09. This linking generated 127 ligands which are then re docked to the active side of glucosidase I. The result of this re docking simulation showed that the LRS 28 ligand is the best ligand of all modified ligands with a value of Gbinding 53,8 Kcal mol. The drug likeness and toxicity properties prediction also showed that LRS 28 is a good antiviral candidate for glucosidase I inhibitor. The dynamic simulation indicated the LRS 28 and Glu I complex is stable enough based on RMSD value and protein receptor LRS 28 interaction that formed at the end of simulation. "
2017
T48358
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Dina Clarisa Rumora Abigail
"Latar Belakang: Kebocoran plasma merupakan salah satu penanda dari derajat keparahan penyakit infeksi virus dengue (DENV). Kadar fibrinogen mengalami perubahan seiring dengan terjadinya kebocoran plasma. Tujuan: Mengetahui hubungan kadar fibrinogen pada pasien infeksi DENV dengan derajat keparahan penyakit.
Metode: Peneliti menggunakan desain studi kohort dari data sekunder komunitas di Jakarta pada tahun 2010. Jumlah sampel penelitian adalah 43 orang dengan total 38 orang yang memenuhi kriteria inklusi. Kadar fibrinogen yang digunakan yaitu data pada demam hari ketiga dan keempat dari total tujuh hari ke tiga pemeriksaan, karena merupakan perkiraan hari terjadinya kebocoran plasma. Derajat keparahan penyakit infeksi DENV ditentukan berdasarkan klasifikasi WHO 1997 dan dibagi menjadi dua kelompok yaitu Demam Dengue (DD) dan Demam Berdarah Dengue (DBD). Hasil pemeriksaan kadar fibrinogen pada demam hari ketiga dan keempat dianalisis menggunakan Uji T Independen.
Hasil: Hasil pemeriksaan demam hari ketiga menunjukkan tidak ada perbedaan bermakna pada kelompok DD dan DBD (p=0,993), namun rata-rata kadar fibrinogen kelompok DBD (253,8 mg/dL) lebih rendah dibandingkan kelompok DD (253,9 mg/dL). Hasil pemeriksaan kadar fibrinogen demam hari keempat juga menunjukkan tidak ada perbedaan bermakna pada kelompok DD dan DBD (p=0,437), namun rata-rata kadar fibrinogen DBD (218,7 mg/dL) lebih rendah dibandingkan DD (235,4 mg/dL).
Kesimpulan: Kadar fibrinogen DBD lebih rendah dibandingkan DD namun tidak menunjukkan perbedaan yang bermakna sehingga tidak terdapat hubungan antara kadar fibrinogen dengan derajat keparahan penyakit pada pasien infeksi DENV.

Background: Plasma leakage is one of the degree of severity disease determinants in patients with dengue virus (DENV) infection. Fibrinogen levels changes due to plasma leakage in DENV infection. Objective: Investigate the association of fibrinogen level and the degree of severity disease in patients with DENV infection in Jakarta, Indonesia. Methods: Author used a cohort study from secondary data on community in Jakarta at the year of 2010. The total sample is 43 persons, of whom 38 persons met the inclusion criteria. Next, author chose the third and fourth days of a total of seven days fever examination of fibrinogen levels because these days are the estimated days of plasma leakage. The severity of DENV infection is determined based on the 1997 WHO Classification which is divided into two group namely Dengue Fever (DF) and Dengue Haemorrhagic Fever (DHF). The results of examination of fibrinogen levels on the third and fourth day of fever were analyzed using the Independent T Test Results: The results in the third day of fever were no significant difference in the DD and DHF groups (p = 0.993), but the fibrinogen levels in the DHF group (253.8 mg/dL) were lower than those in the DF group (253.9 mg/dL). The results of the examination of fibrinogen levels on the fourth day of fever were also analyzed using the Independent T Test, the results were no significant difference in the DF and DHF groups (p = 0.437), but DHF fibrinogen levels (218.7 mg / dL) were lower than DF (235.4 mg / dL). Conclusion: Fibrinogen levels in DHF were lower than DF but did not show a significant difference so there was no association between fibrinogen levels with the severity of the disease in patients with DENV infection.
"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>