Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 124113 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Sarah Salim S. Alatas
"Biofilm merupakan struktur yang dibentuk oleh komunitas mikroorganisme yang saling terikat dan terfiksasi dengan melekat pada suatu permukaan dalam matriks polimer ekstraseluler yang dihasilkan oleh mikroorganime tersebut. Pembentukan biofilm dilaporkan cukup tinggi pada kanul trakeostomi dan berhubungan dengan inflamasi kronis, serta infeksi oleh mikroorganisme yang resisten terhadap antimikroba. Beberapa metode pemeriksaan deteksi biofilm telah diperkenalkan, termasuk diantaranya adalah metode microtiter plate assay (MPA), congo red agar (CRA), dan congo red agar modifikasi (CRA modifikasi). Penelitian ini merupakan uji diagnostik dengan desain potong lintang yang bertujuan untuk mengevaluasi kinerja diagnostik pemeriksaan deteksi biofilm bakterial metode CRA dan CRA modifikasi yang dianggap lebih sederhana dan mudah terhadap metode MPA yang dianggap sebagai baku emas. Deteksi biofilm bakterial metode MPA, CRA, dan CRA modifikasi pada penelitian ini dikerjakan pada 100 isolat bakteri yang diperoleh dari biakan spesimen swab kanul trakeostomi pasien dewasa Poliklinik Telinga Hidung Tenggorok Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo pada Juni-Juli 2020. Pembentukan biofilm bakterial terdeteksi sebesar 25% berdasarkan metode MPA dengan bakteri penyusun terbanyak adalah Pseudomonas aeruginosa. Sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi positif (NPP), nilai prediksi negatif (NPN), dan akurasi metode CRA didapati sebesar 36%, 63%, 24%, 75%, 56%. Metode CRA modifikasi didapati tidak memiliki kinerja diagnostik yang lebih baik dibandingkan dengan metode CRA, yaitu dengan sensitivitas, spesifisitas, NPP, NPN, dan akurasi sebesar 52%, 35%, 21%, 68%, 39%. Kesesuaian hasil interobserver deteksi biofilm bakterial metode CRA dan CRA modifikasi didapati sangat kuat (Kappa 0,927, p = 0,035 untuk metode CRA dan Kappa = 0,856, p = 0,042 untuk metode CRA modifikasi).

Biofilm is a structured formed by a community of microorganisms that are bound to each other and fixated by adhering to a surface in the extracellular polymer matrix produced by these microorganisms. Biofilm formation has been reported high in tracheostomy cannule and related to chronic inflammation, as well as infection with antimicrobial-resistant microorganisms. There are several biofilm detection methods, including Microtiter Plate Assay (MPA) Method, Congo Red Agar (CRA)iMethod, and modified Congo Red Agar (modified CRA) Method. This study is a diagnostic study with cross sectional design that aims to evaluate the diagnostic performance of bacterial biofilm detection by CRA and modified CRA method, which are considered easier and simpler than MPA method, which is considered as the gold standard. Bacterial biofilm detection using CRA, modified CRA, and MPA method in this study was carried out on 100 bacterial isolates obtained from tracheostomy cannule swab cultures of adult patients at Otorhinolaryngology Outpatient Clinic Dr. Cipto Mangunkusumo Hospital in June-July 2020. Bacterial biofilm formation was detected by 25% based on MPA methods with the most bacterial constituent is Pseudomonas aeruginosa. Sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), and accuracy of CRA methods were 36%, 63%, 24%, 75%, 56%. Modified CRA method did not have a better diagnostic performance than CRA method, with sensitivity, specificity, NPP, NPN, and accuracy were 52%, 35%, 21%, 68%, 39%. The concordance of interobserver bacterial biofilm detection using the CRA and modified CRA methods was found to be very strong (Kappa 0.927, p = 0.035 for the CRA method and Kappa = 0.856, p = 0.042 for the modified CRA method)"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Najib Ali
"Kanul trakeostomi merupakan salah satu alat medis yang umum diaplikasikan pada pasien. Pemasangan kanul trakeostomi berisiko menyebabkan pembentukan biofilm, terutama pada pemasangan jangka panjang. Pembentukan biofilm pada kanul trakeostomi dapat menimbulkan infeksi kronis dengan angka kekambuhan yang tinggi dan tata laksana yang sulit. Keberadaaan biofilm ini dapat diperiksa dengan beberapa metode, misalnya metode tabung dan microtiter plate (MTP). Penelitian ini bertujuan untuk menilai performa diagnostik metode tabung menggunakan media tryptic soy broth (TSB) dengan dan tanpa suplementasi glukosa 1% terhadap metode MTP sebagai baku emas. Diperoleh 100 isolat bakteri hasil biakan spesimen swab kanul trakeostomi yang berasal dari pasien dewasa Poliklinik Telinga Hidung Tenggorok Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo pada Juni-Juli 2020. Total isolat bakteri yang menghasilkan biofilm berdasarkan metode MTP adalah 25%. Pseudomonas aeruginosa merupakan bakteri dengan tingkat produksi biofilm yang paling tinggi (66,7%). Metode tabung TSB murni dan TSB glukosa 1% memiliki sensitivitas yang sama (96%), namun metode TSB glukosa 1% lebih unggul dalam hal spesifisitas (29,3% berbanding 24%), nilai duga positif (31,2% berbanding 29,6%), nilai duga negatif (95,6% berbanding 94,7%), dan akurasi (46% berbanding 42%). Nilai kappa metode tabung TSB murni adalah 0,893 (IK 0,791-0,995) sedangkan TSB glukosa 1% adalah 0,890 (IK 0,785-0,995). Berdasarkan hasil tersebut, pemeriksaan biofilm metode tabung TSB glukosa 1% dapat digunakan sebagai skrining deteksi biofilm pada kanul trakeostomi.

Tracheostomy cannula is one of the medical devices commonly applied to patients. Application of tracheostomy cannula is at risk of causing biofilm formation, especially in long-term use. Biofilm formation in the cannula may cause chronic infection, which has a high relapse number and difficult treatment. The presence of biofilm can be detected by several methods, including the tube method and the microtiter plate (MTP) method. This study aimed to assess the diagnostic performance of the tube method using tryptic soy broth (TSB) with or without glucose supplementation to the MTP method as the gold standard. There were 100 bacterial isolates obtained from tracheostomy cannula swab culture from adult patients in Otorhinolaryngology Outpatient Clinic in Cipto Mangunkusumo Hospital from June to July 2020. Twenty-five percent of isolates were biofilm-producing bacteria. Pseudomonas aeruginosa had the highest biofilm production rate (66,7%). Both tube methods using TSB with or without 1% glucose supplementation had the same sensitivity (96%); however, TSB with 1% glucose supplementation was better in specificity (29,3% versus 24%), positive predictive value (31,2% versus 29,6%), negative predictive value (95,6% versus 94,7%), and accuracy (46% versus 42%). Kappa value of tube method of TSB only was 0,893 (CI 0,791-0,995) while TSB with 1% glucose supplementation was 0,890 (CI 0,785-0,995). Based on those results, the tube method of TSB with 1% glucose supplementation can be used as a screening tool to detect biofilm in tracheostomy cannula"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Reihana Lathifunnisa
"Latar Belakang
Trakeostomi apabila digunakan berkepanjangan dapat meningkatkan resiko komplikasi lanjutan sehingga dekanulasi menjadi suatu prosedur penting. Beberapa faktor yang dianggap mempengaruhi keberhasilan dekanulasi antara lain efektivitas batuk, refleks menelan, etiologi kegagalan respirasi, dan komorbid. Sampai saat ini, tidak ada kriteria pasti kapan kanul trakeostomi harus dilepas. Departemen THT-BKL RSCM menggunakan kriteria Fiberoptic Endoscopic Evaluation of Swallowing dan Standarized Endoscopic Evaluation for Tracheostomy Decannulation. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui hubungan penggunaan kriteria FEES dan SESETD serta berbagai faktor lain dengan keberhasilan dekanulasi trakeostomi.
Metode
Studi cross sectional dilakukan menggunakan rekam medik pasien trakeostomi di Departemen THT-BKL RSCM pada tahun 2019—2024. Sampel diambil dengan metode total population guna mengetahui proporsi dekanulasi trakeostomi. Data karakteristik pasien dan penggunaan kriteria diuji menggunakan uji Chi-square dan Mann-Whitney untuk mengetahui hubungannya dengan keberhasilan dekanulasi trakeostomi.
Hasil
Prevalensi dekanulasi selama 5 tahun adalah 31,3%. Pelaksanaan dekanulasi ditemukan berhubungan dengan kelainan parese pita suara. Karakteristik pasien dekanulasi meliputi median usia 38,43 tahun, 57,7% pria, median IMT 21,8 kg/m2 dengan 42,3% normal, 66% tanpa komorbid, 71,1% penyakit primernya non neurologis, 58,8% ditrakeostomi karena sumbatan jalan napas, dan median durasi trakeostomi 222 hari. Dari 97 pasien yang didekanulasi, 59 menggunakan kriteria dan 38 tidak. Hasil uji bivariat adalah P=0,017 dengan OR 4,267 dan 95%CI 1,210-15,055. Dengan uji multivariat, penggunaan kriteria dan komorbid didapat masing-masing berhubungan signifikan.
Kesimpulan
Terdapat hubungan yang bermakna antara penggunaan kriteria FEES dan SESETD serta komorbid dengan keberhasilan dekanulasi trakeostomi di RSCM. Studi selanjutnya sebaiknya menganalisis lebih lanjut mengenai jenis komorbid yang berhubungan, begitu pula variabel lain seperti neoplasma dan sepsis.

Introduction
Prolonged use of a tracheostomy can increase the risk of complications, making decannulation a critical procedure. Several factors are considered to influence the success of decannulation, including cough effectiveness, swallowing reflex, the aetiology of respiratory failure, and comorbidities. However, there are currently no definitive criteria that clearly define the optimal timing for tracheostomy tube removal. The ENT Department at RSCM employs criteria such as Fiberoptic Endoscopic Evaluation of Swallowing and the Standardized Endoscopic Evaluation for Tracheostomy Decannulation. The aim of this study is to evaluate the relationship between the use of those criteria, along with other factors, and the success of tracheostomy decannulation. Method
A cross-sectional study was conducted using medical records of tracheostomy patients at the ENT-HNS Department of RSCM from 2019 to 2024. The sample was taken using a total population method to determine the proportion of tracheostomy decannulation. Patient characteristics and the use of criteria were tested using Chi-square and Mann- Whitney tests to determine their association with decannulation success.
Results
The prevalence of decannulation over 5 years is 31.3%. Decannulation was found to be associated with vocal cord paresis. Characteristics of decannulated patients were as follows: median age of 38.43 years, 57.7% male, median BMI of 21.8 kg/m with 42.3% in the normal range, 66% without comorbidities, 71.1% with non-neurological primary diseases, 58.8% tracheostomized due to airway obstruction, and a median tracheostomy duration of 222 days. Among the 97 decannulated patients, 59 used the criteria and 38 did not. The bivariate test results showed P=0,017 with OR 4,267 and 95%CI 1,210-15,055. Multivariate analysis indicated that the use of criteria and comorbidities were each significantly associated with decannulation success.
Conclusion
There is a significant association between the use of FEES and SESETD criteria, as well as comorbidities, and the success of tracheostomy decannulation at RSCM. Future studies should further investigate the specific types of comorbidities involved, as well as other variables such as neoplasms and sepsis.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sri Sunarmiasih
"ABSTRAK
Pasien ICU yang mengalami gagal nafas memerlukan ventilator. Pasien dengan ventilator sangat memerlukan perawatan ekstra dan mahal. Pasien dengan prolonged mechanical ventilation tidak bisa lepas dari ventilator lebih dari 21 hari memiliki risiko mengalami gangguan fungsi organ permanen. Trakheostomi dapat mempercepat pasien lepas dari ventilator dan mempersingkat lama rawat di ICU. Trakheostomi yang dilakukan lebih awal akan mempercepat pasien lepas dari ventilator. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh trakheostomi dini serta faktor konfounding yang berpengaruh terhadap durasi penggunaan ventilator pada pasien ICU RSPAD. Desain studi yang digunakan adalah kohort retrospektif dengan menggunakan data rekam medis dan flow sheet pasien ICU RSPAD tahun 2015. Sampel berjumlah 40 pasien. Analisis data dilakukan dengan menggunakan survival analysis. Hasil analisis multivariat menunjukkan bahwa trakheostomi dini berpengaruh terhadap durasi penggunaan ventilator HR=0,31, 95 CI: 0,07-1,41 setelah dikontrol variabel jenis kelamin, status gizi, berat penyakit, dan penurunan kesadaran.

ABSTRACT
Intensive care unit ICU patients experienced respiratory failure need ventilatory support. Patients on ventilator need extra care that lead to spend high cost. Patients on prolonged mechanical ventilation can not be disconnected from ventilator more than 21 days are prone to experience organ dysfunction. Tracheostomy is one of the medical procedure that can shorten duration of patient on ventilator and shorten length of ICU stay. Duration of mechanical ventilation will be shorter when the tracheostomy is performed earlier. The aim of this study is to find out the effect of early tracheostomy to duration of ventilator in RSPAD ICU patients. Study design applied to this study is retrospective cohort using medical record and registration book of ICU RSPAD at the year 2015. Fourty patients was enrolled at this study. Data process using survival analysis. Multivariate analysis results show that early tracheostomy has effect on duration of ventilator HR 0,31, 95 CI 0,07 1,41 after been controlled by covariat factors such as sex, nutrient status, severity of illness, and consciousness deterioration.
"
Depok: Universitas Indonesia, 2018
T49324
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Siagian, Amanda A.T.
"Latar belakang: Trakeostomi adalah tindakan membuka leher anterior pada trakea untuk memintas saluran napas atas. Jumlah prosedur trakeostomi anak semakin meningkat setiap tahunnya dan prosedur trakeostomi pada anak dapat mengakibatkan komplikasi intraoperatif, dini  pascaoperatif, dan lanjut pascaoperatif. Tujuan: Mengetahui karakteristik trakeostomi anak, proporsi kejadian komplikasi, sebaran komplikasi dan faktor yang berpengaruh dan hubungannya dengan dua komplikasi yang tersering, sehingga dapat menurunkan angka kejadian komplikasi trakeostomi pada anak. Metode: Penelitian ini merupakan studi potong lintang dari 97 subjek, data yang diambil berupa data sekunder rekam medik manual dan elektronik. Hasil: Karakteristik subjek trakeostomi yang paling sering adalah pada kelompok usia 28 hari-< 12 bulan (42,3%), jenis kelamin laki-laki (56,7%), status gizi baik (64,3%), dengan penyakit dasar masalah jalan napas (29,9%), dua komorbid (26,8%). Penyakit dasar tersering pada indikasi prolong intubasi adalah penyakit paru (n=26), pada indikasi sumbatan jalan napas adalah stenosis subglotis (n=13), dan pada indikasi proteksi jalan napas inadekuat adalah defisit neurologis (n=7). Indikasi trakeostomi terbanyak adalah prolong intubasi (57,7%), sebagian besar subjek dilakukan trakeostomi terintubasi (86,6%). Rata-rata intubasi terlama adalah  lebih dari 7 hari (57,7%), dengan rata-rata 20,1 hari (1─99 hari). Teknik insisi trakea tersering adalah vertical (81,4%), Sebagian besar subjek dilakukan stay suture (66%), dan hanya Sebagian kecil subjek yang dilakukan safety suture (3,1%). Ukuran kanul yang tersering digunakan adalah nomor ≤ 4 (46,4%), dengan jenis kanul terbanyak adalah tanpa balon (74,2%). Waktu penggantian kanul terbanyak adalah dalam jangka waktu lebih dari 3 bulan (27,8%), namun terdapat subjek yang tidak sempat dilakukan penggantian karena meninggal atau sudah dapat dilakukan dekanulasi (31,9%). Tindakan trakeostomi tersering dilakukan di ruang rawat intensif (60,8%). Dekanulasi dilakukan pada 12,4% subjek, dengan rata-rata waktu dekanulasi 212,67 hari. Proporsi komplikasi yang terjadi adalah 41%. Jenis komplikasi yang terbanyak adalah komplikasi lanjut pascaoperatif (25,8%), yaitu oklusi kanul (12,4%), dan dekanulasi spontan (9,3%). Dua komplikasi tersering adalah oklusi kanul (n=14), dan dekanulasi spontan (n=13). Jenis kelamin bermakna secara statistik (p=0,007)  terhadap terjadinya komplikasi trakeostomi anak pada penelitian ini dengan proporsi laki-laki 50% dan perempuan 23,8%. Kelompok umur bermakna secara statistik (p=0,036) terhadap terjadinya komplikasi dekanulasi spontan dengan proporsi 0-12 bulan sebesar 28,57%, 1-< 5 tahun sebesar 14,28%, dan 5-<18 tahun sebesar 0%. Kesimpulan: Proporsi komplikasi trakeostomi pada anak adalah 41%, dengan komplikasi tersering adalah oklusi kanul dan dekanulasi spontan. Kelompok umur bermakna secara statistik terhadap terjadinya dekanulasi spontan, dengan proporsi 0-12 bulan sebesar 28,57%. Perawatan pasca operasi harus dilakukan dengan teliti terutama pada kelompok usia 0-12 bulan

Background: Tracheostomy is the act of opening the anterior neck of the trachea to bypass the upper airway. The number of pediatric tracheostomy procedures is increasing every year and tracheostomy procedures in children can result in intraoperative, early postoperative, and late postoperative complications. Objective: To determine the characteristics of pediatric tracheostomy subjects, the proportion of complications, the distribution of complications and relevant factors and their association with the two most common complications, so as to reduce the incidence of pediatric tracheostomy complications. Methods: This study was a cross-sectional study of 97 subjects, the data taken were secondary data from manual and electronic medical records. Results: The most frequent characteristics of tracheostomy subjects were in the age group of 28 days-< 12 months (42.3%), male gender (56.7%), good nutritional status (64.3%), with underlying disease airway problems (29.9%), two comorbidities (26.8%). The most common underlying disease in the indication of prolonged intubation was pulmonary disease (n=26), in the indication of airway obstruction was subglottic stenosis (n=13), and in the indication of inadequate airway protection was neurological deficit (n=7). The most common indication for tracheostomy was prolonged intubation (57.7%), and most subjects underwent intubated tracheostomy (86.6%). The longest average intubation was more than 7 days (57.7%), with a mean of 20.1 days (1─99 days). The most common tracheal incision technique was vertical (81.4%), most subjects had a stay suture (66%), and only a small number of subjects had a safety suture (3.1%). The most commonly used cannula size was number ≤ 4 (46.4%), with the most common cannula type being uncuffed(74.2%). The most common time of cannula replacement was within a period of more than 3 months (27.8%), but there were subjects who did not have time for replacement because of death or could be decanulated (31.9%). Tracheostomy was most commonly performed in the intensive care unit (60.8%). Decanulation was performed in 12.4% of subjects, with an average decanulation time of 212.67 days. The proportion of complications that occurred was 41%. The most common types of complications were late postoperative complications (25.8%), such as cannula occlusion (12.4%), and spontaneous decanulation (9.3%). The two most common complications were cannula occlusion (n=14), and spontaneous decanulation (n=13). Gender was statistically significant (p=0.007) for the occurrence of pediatric tracheostomy complications in this study with a proportion of 50% males and 23.8% females. Age group was statistically significant (p=0.036) to the occurrence of spontaneous decanulation complications with the proportion of 0-12 months by 28.57%, 1-< 5 years by 14.28%, and 5-< 18 years by 0%. Conclusion: The proportion of tracheostomy complications in children was 41%, with the most common complications being cannula occlusion and spontaneous decanulation. Age group was statistically significant for spontaneous decanulation, with the proportion of 0-12 months at 28.57%. Postoperative care should be done carefully especially in the age group of 0-12 months."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Addin Fitri Annisa
"ABSTRAK
Kasus infeksi measles baik individu maupun kejadian luar biasa KLB di Indonesia masih banyak ditemui. Konfirmasi infeksi measles klinis hanya dapat dilakukan di Laboratorium Nasional. Keterbatasan kit komersial yang rutin digunakan menyebabkan pemeriksaan menjadi terhambat. Pengembangan in house plate coating spesifik IgM measles dengan indirect ELISA dilakukan dengan memodifikasi dan mengoptimasi microtiter plate dengan kultur virus measles. Kultur virus measles didapat dengan menumbuhkannya pada kultur sel vero/hSLAM. Optimasi plate coating dilakukan menggunakan kultur virus measles dengan isolat MO/38/V/07 dan J/10/358/Riau dalam pengenceran 1:1 mdash;1:2.048 dan inaktif atau tidaknya virus pada saat coating dilakukan. Optimasi pemeriksaan indirect ELISA untuk in house plate coating dilakukan dengan konsentrasi konjugat 1:10, 1:25, dan 1:50. In house plate coating telah dioptimasi dan menunjukkan hasil optimum untuk mendeteksi IgM measles pada pengenceran 1:16 dengan isolat MO/38/V/07 dalam keadaan inaktif dan pemeriksaan menggunakan konsentrasi konjugat 1:25.

ABSTRAK
Cases of infection measles both individuals and extraordinary events outbreak in Indonesia are still widely encountered. Confirmation of measles clinical infection can only be done at the National Laboratory. The limitations of commercial kits that are routinely used cause the examination to be inhibited. The development of a specific IgM measles in house plate coating with indirect ELISA is done by modifying and optimizing the microtiter plate with measles virus culture. Viral culture measles obtained by growing it on cell culture vero hSLAM. Optimization of plate coating was done using culture of measles virus with MO 38 V 07 and J 10 358 Riau isolates in dilution of 1 1 mdash 1.2048 and inactivation or active of virus at the time of coating. Optimization of indirect ELISA examination for in house plate coating is done with conjugate concentration 1 10, 1 25, and 1 50. In house plate coating was optimized and showed optimum results for detecting IgM measles at 1 16 dilution with MO 38 V 07 isolates in inactivation and examination indirect ELISA using a 1 25 conjugate concentration."
2017
S68526
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Via Ekawati
"Latar Belakang : COVID- 19 disebabkan SARS-COV-2. WHO menerbitkan protokol pemeriksaan laboratorium untuk deteksi virus menggunakan metode real time RT-PCR dari spesimen swab nasofaring dan orofaring. Metode ini cukup invasif. Diperlukan tehnik pemeriksaan yang relatif aman dan nyaman untuk pasien. Penelitian ini bertujuan untuk melihat efetivitas swab bukal sebagai alternatif pemeriksaan SARS-COV-2.
Metode : Studi uji diagnostik ini dilaksanakan sejak tahun 2020 - 2021, mengambil spesimen swab nasofaring, swab orofaring dan swab bukal dari pasien positif COVID- 19. Dilakukan optimasi, ekstraksi RNA virus dan real time RT-PCR .
Hasil Penelitian : Hasil studi mengumpulkan 68 spesimen dari pasien COVID-19. Hasil uji nasofaring, orofaring dan bukal positif adalah 24 spesimen. Hasil uji nasofaring dan orofaring positif dengan uji bukal negatif adalah 23 spesimen. Berdasarkan nilai Ct < 20 dan Ct <25, hasil kesesuaian positif dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 30 hasil kesesuaian positif 85,3 % dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 40 , hasil kesesuaian positif 51,1 % dan negatif adalah 100%. 
Kesimpulan : Swab bukal dapat digunakan sebagai pemeriksaan alternatif pada pemeriksaan SARS- CoV-2.

Background: COVID-19 caused by the SARS-COV-2 virus. WHO published protocol for the detection of the virus using the real time RT-PCR from nasopharyngeal and oropharynx swab specimens. This method is invasive. Required an examination technique that is relatively safe and comfortable. This study aims to see the effectiveness of the buccal swab as an alternative to the SARS-CoV-2 examination.
Methods: This diagnostic test study from 2020 to 2021, specimens of nasopharyngeal, oropharyngeal and buccal swabs from COVID-19. Specimens underwent an optimization, viral RNA extraction and real time RT-PCR.
Result : This study collected 68 specimens from COVID- 19 patients. The results of positive nasopharyngeal, oropharynx and buccal tests were 24 specimens. The results of a positive nasopharynx and oropharynx test with a negative buccal test were 23 specimens. Based on the values ​​of Ct < 20 and Ct < 25 , the results of positive agreement and negative are 100%. The value of Ct < 30 and Ct < 40  results in a positive agreement are 85.3% and 51,1 %. The negative  results are 100%.
Conclusion : Buccal swab can be used as an alternative test for SARS-CoV-2 examination.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Khusnul Chotimah
"Celah energi (band gap) yang lebar dari fotokatalis TiO2 yang setara dengan cahaya UV membatasi aplikasi fokatalitiknya sehingga penggunaanya hanya terbatas pada daerah UV dan tidak pada daerah cahaya tampak. Pada penelitian ini dilakukan sintesis TiO2 nanotube yang di doping nitrogen (N-TiO2) dengan metode anodisasi untuk meningkatkan kereaktifanya dibawah sinar tampak dan memaksimalkan kinerja fotokatalisisnya. Anodisasi dilakukan pada plat logam Titanium dalam larutan elektrolit garam florida dan NH4NO3 sebagai sumber dopan Nitrogen. Preparasi N-TiO2 nanotube dilakukan dengan variasi waktu anodisasi (5 menit, 30 menit, 3 jam dan 6 jam), jenis larutan elektrolit yang digunakan (HF dalam air dan NH4F dalam gliserol) serta suhu kalsinasinya (450°C dan 600°C). Terhadap N-TiO2 yang telah dipreparasi dilakukan karakterisasi dan uji aktivitas fotokatalisis dari N-TiO2 tersebut.
Hasil karakterisasi menunjukkan bahwa N-TiO2 cenderung memiliki energi celah lebih kecil dari TiO2. Indikasi keberhasilan penyisipan nitrogen juga diperoleh dari profil puncak serapan infra merah, karakterisasi dengan SEM dan spektrum Energy Dispersive Xray (EDX) yang menunjukkan keberadaan unsur N, mengindikasikan terbentuknya N-TiO2 nanotube. Pengujian aktifitas fotokatalisis baik menggunakan sinar UV dan sinar tampak menunjukkan bahwa N-TiO2 mempunyai aktivitas fotokatalitik yang lebih baik daripada TiO2 dengan pencapaian aktifitas fotokatalisis terbaik yaitu pada N-TiO2 yang dianodisasi selama 30 menit dengan HF dalam air dan NH4NO3 pada suhu kalsinasi 450°C.

Wide band gap of TiO2 limit its photocatalytic application under UV light, not in Visible light. In this research, N-doped TiO2 nanotubes were synthesized by anodizing method to improve its reactivity under visible light and maximize the activity of photocatalytic performance. Anodizing step performed on titanium metal in an fluoride ion electrolyte solution and NH4NO3 as nitrogen dopant source. Preparation of N-doped TiO2 nanotube were conducted with variation of anodizing time (5 minutes, 30 minutes, 3 hours and 6 hours), the type of electrolyte solution (HF in water and NH4F in glycerol) and calcination temperature (450°C and 600°C). The prepared N-doped TiO2 before were characterized and the photocatalytic activity were tested.
Characterization result showed that the N-TiO2 tend to have smaller band gap than TiO2. Indication of the success of the insertion of nitrogen were supported from infrared absorption peak profiles, characterization by SEM and Energy dispersive X-ray spectrum (EDX), which clearly indicates the formation of N-TiO2 nanotubes. Photocatalytic activities using either the UV and visible light indicates that photocatalytic activity of N-doped TiO2 better than TiO2 with achieving the best photocatalytic activity on N-doped TiO2 that anodized for 30 minutes with HF in water and NH4NO3 at the calcination temperature of 450°C.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2012
S43663
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Luh Inta Prilandari
"Latar belakang: Difteri merupakan penyakit infeksi bakteri yang diperantarai oleh
toksin. Corynebacterium diphtheriae adalah penyebab tersering difteri. Diagnostik
laboratorium harus dilakukan dengan cepat untuk menunjang diagnosis klinis difteri.
Pemeriksaan mikroskopik tidak direkomendasikan karena tidak spesifik, kultur dan uji
toksin yang merupakan uji baku emas cukup memakan waktu, membutuhkan
keterampilan dan pengalaman serta hanya dilakukan di laboratorium rujukan. PCR
merupakan metode pemeriksaan yang cepat, sensitif dan spesifik. Duplex real-time PCR
dapat mendeteksi bakteri penyebab tersering dan gen pengkode toksin secara simultan.
Tujuan penelitian: Melakukan optimasi uji duplex real time PCR untuk deteksi C.
diphtheriae potensial toksigenik dan menerapkannya pada spesimen usap tenggorok
pasien tersangka difteri.
Metode: Duplex real-time PCR menggunakan dua pasang primer dan probe dengan
target gen rpoB C.diphtheriae dan toksin difteri subunit A Tox. Parameter yang
dioptimasi adalah suhu penempelan, konsentrasi masing-masing primer dan probe,
inhibitor, reaksi silang dengan patogen lain dan ambang batas deteksi uji. Kemudian uji
diaplikasikan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri yang dirawat di
RSPI Sulianti Saroso pada periode 2018-2019. Sebagai perbandingan dilakukan uji Elek
untuk konfirmasi toksigenitas dan analisa data klinis pasien.
Hasil: Kondisi optimal uji didapat pada suhu penempelan 55oC, konsentrasi primer Cd
0,4 μM, primer Tox 0,6 μM, probe Cd 0,5 μM dan probe Tox 0,625 μM, volume elusi
ekstraksi DNA 50 μL, volume cetakan DNA 5 μL dan ambang batas deteksi 2 CFU/ml.
Uji tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme lain yang dicobakan. Dari 89 sampel,
proporsi positif C.diphtheriae potensial toksigenik dengan uji duplex real-time PCR
adalah 21,3%, sedangkan proporsi positif C.diphtheriae toksigenik menggunakan uji
baku emas adalah 11,2%.
Kesimpulan: Duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigenik
telah dioptimasi dan diaplikasikan pada pasien tersangka difteri. Diharapkan uji ini
dapat meningkatkan diagnosis laboratorium kasus difteri.

Background: Diphtheria is toxin-mediated bacterial infection. The most common
etiology is Corynebacterium diphtheriae. Laboratory diagnostic should be done
immediately to support clinical diagnosis. Microscopic examination is not
recommended, culture followed by toxin test is consider gold standard but timeconsuming,
require experience and only done in referral laboratory. PCR is fast,
sensitive and specific. Duplex real-time PCR can detect bacteria and toxin-encoding
gene simultaneously.
Objective: Optimizing duplex real-time PCR assay for detection of potentially
toxigenic C.diphtheriae and applicate the assay on throat swab of suspected diphtheria
patient.
Method: Two pair of primers and specific probe targeting rpoB gene of C.diphtheriae
and A-subunit of diphtheria toxin gene were used in this study. Parameters including
annealling temperature, concentration of primers and probes, inhibitors, cross reaction
and detection limit were being optimized to receive optimal condition. The optimized
assay was applicated on throat swab of suspected diphtheria patient in Sulianti Saroso
Infectious Disease Hospital at 2018-2019. Elek toxigenity test was used for comparison
and clinical data of the patient were analyzed.
Result: The optimum condition for duplex real-time PCR was received upon the
annealing temperature 60oC, concentration of Cd primer 0,4 μM, Tox primer 0,6 μM,
Cd probe 0,5 μM, Tox probe 0,625 μM, DNA elution volume 50 μL, DNA template
volume 5 μL and detection limit 2 CFU/ml. There was no cross reaction found with
other tested microorganisms. Of 89 samples, proportion of potentially toxigenic
C.diphtheriae was 21,3% and proportion of toxigenic C.diphtheriae confirmed by gold
standard was 11,2%.
Conclusion: Duplex real time PCR has been optimized for detection of potentially
toxigenic C.diphtheriae. This method can be used to detect C.diphtheriae and Tox
simultaneosly and increase supporting diagnosis.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Laela Fitriah
"Pendahuluan: Peningkatan resistensi antibiotik global menjadikan kolistin sebagai pilihan terapi untuk infeksi bakteri pandrug resistant (PDR). Namun, karena efek nefrotoksiknya, pemilihan kolistin harus dilakukan secara hati-hati setelah diperoleh hasil uji kepekaannya. Sifat molekul kolistin yang kompleks menyebabkan uji kepekaan tidak dapat dilakukan dengan metode difusi cakram atau mesin otomatis yang tersedia, sehingga diperlukan metode lain yang praktis dan dengan hasil yang baik.
Metode: Sebanyak 120 isolat bakteri Gram negatif, terdiri dari Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, masing-masing berjumlah 30 isolat diuji kepekaannya terhadap kolistin. Metode uji menggunakan media CHROMagar Col-APSE dan sebagai baku emas digunakan metode broth microdilution (BMD). Hasil uji kepekaan dianalisis untuk mendapatkan sensitivitas, spesifisitas, positive predictive value, negative predictive value, positive likelihood ratio, negative likelihood ratio serta akurasi.
Hasil: Ditemukan sebanyak 20 isolat yang resisten terhadap kolistin dari 120 isolat yang diuji pada media CHROMagar Col-APSE. Diantara 20 isolat yang resisten kolistin tersebut, hanya 10 isolat yang resisten kolistin pada uji kepekaan dengan metode BMD. Didapatkan nilai sensitivitas 100% (95% CI, 72,25 – 100), spesifisitas 90,91% (95% CI, 84,07 – 94,9), Positive Predictive Value (PPV) 50% (95% CI, 29,93 – 70,07), Negative Predictive Value 100% (95% CI, 96,3 – 100), positive likelihood ratio 11 (95% CI, 9,04 – 13,38), negative likelihood ratio 0 (95% CI 0), dan nilai akurasi diagnostik 91.67% (95%CI, 85.34 – 95.41).
Kesimpulan: Uji kepekaan bakteri Gram negatif terhadap kolistin dapat dilakukan menggunakan CHROMagar Col-APSE, dengan interpretasi dengan hati-hati. Bila hasil uji kepekaan bakteri Gram negatif terhadap kolistin ditemukan resisten berdasarkan CHROMagar Col-APSE, maka hasil tersebut perlu dikonfirmasi lebih lanjut menggunakan metode BMD.

Introduction: The global increase in antibiotic resistance has made colistin a therapeutic option for infections caused by pandrug-resistant (PDR) bacteria. However, due to its nephrotoxic effects, the use of colistin must be administered carefully after susceptibility test results are obtained. The complex molecular structure of colistin renders susceptibility testing unsuitable using the disc diffusion method or automated systems. Therefore, alternative methods that are both practical and capable of delivering accurate and reliable results are required.
Methods: A total of 120 Gram-negative bacterial isolates, consisting of Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Pseudomonas aeruginosa with a total of 30 isolates were tested for susceptibility to colistin. The susceptibility testing was conducted using CHROMagar Col-APSE, with the broth microdilution (BMD) method serving as the gold standard. The results were analyzed to determine sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, positive likelihood ratio, negative likelihood ratio, and accuracy.
Results: A total of 20 colistin resistant isolates were identified out of 120 isolates tested on CHROMagar Col-APSE. Among these, only 10 isolates were confirmed as colistin-resistant by the broth microdilution (BMD) method. The analysis yielded a sensitivity of 100% (95% CI, 72.25–100), specificity of 90.91% (95% CI, 84.07–94.9), positive predictive value (PPV) of 50% (95% CI, 29.93–70.07), negative predictive value (NPV) of 100% (95% CI, 96.3–100), positive likelihood ratio of 11 (95% CI, 9.04–13.38), negative likelihood ratio of 0 (95% CI, 0), and diagnostic accuracy of 91.67% (95% CI, 85.34–95.41).
Conclusion: Colistin susceptibility testing for Gram-negative bacteria can be performed using CHROMagar Col-APSE, with careful interpretation. When colistin resistance is detected in Gram-negative bacteria based on CHROMagar Col-APSE results, these findings should be further confirmed using the broth microdilution (BMD) method.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
SP-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>