Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar BelakangKasus pertama di AS memperlihatkan adanya gejala saluran cerna juga dialami oleh penderita COVID-19. Penelitian di Cina didapatkan pasien dengan keluhan pernapasan yang disertai keluhan saluran cerna adalah 47% dan ada 3% pasien yang hanya dengan keluhan saluran cerna saja tanpa gejala pernapasan.Pada penelitian RT-PCR ternyata ditemukan hasil positif tidak hanya pada saluran napas namun juga pada spesimen lain termasuk feses (29-53,42%). Pada biopsi endoskopi beberapa kasus juga ditemukan adanya virus SARS CoV-2 pada lambung, duodenum, ileum, dan juga rektum. Sedangkan penelitian menggunakan spesimen anal swab didapatkan angka 52,6% hasil positif.Terdapat laporan kasus dimana hasil pemeriksaan PCR swab nasofaring negatif, namun ternyata swab anal menunjukkan hasil positif dan persisten selama 42 hari. Metode RT-PCR dengan spesimen swab anal diharapkan dapat menjadi alternatif selain spesimen dari naso-orofaring.TujuanPada penelitian ini akan menguji performa tes PCR swab anal jika dibandingkan dengan tes PCR swab naso-orofaring sebagai alat diagnosis Covid-19.MetodePopulasi target adalah adalah pasien suspek atau probable Covid-19, usia>18 tahun. Subyek dengan diare profuse, Hematokezia atau melena masif, luka di anal, tidak disertakan dalam penelitian. Pemeriksaan RT-PCR swab anal dilakukan dengan MiRXES Fortitude Kit 2.1HasilPenelitian ini berhasil mendapatkan data dari 136 subyek. Selama penelitian tidak didapatkan komplikasi dan keluhan dari pasien selama pengambilan sampel anal. Sensitivitas RT-PCR swab anal adalah 36,67% (IK 95%: 28,04 sampai 45,28%) dan spesifisitas 93,75% (IK 95%: 81,88 sampai 100%). Nilai duga positif didapatkan 97,78% (IK 95%: 93,47 sampai100%) dan nilai duga negatif sebesar 16,48% (IK 95%:8,86 sampai 24,10%).SimpulanRT-PCR Swab anal dapat menjadi uji konfirmasi yang baik pada kasus COVID 19 dengan spesifisitas 93,8% pada kasus suspek dan probable COVID 19. Swab anal juga aman untuk dikerjakan.

---

Background

The first US case of Covid 19 experiencing gastrointestinal disorders. Study in China found that patients with respiratory and gastrointestinal symptoms was 47% and there were 3% of patients with gastrointestinal symptoms only without respiratory symptoms.

It was found that positive results of RT-PCR were not only in the respiratory tract but also in other specimens including feces (29-53.42%). Endoscopic biopsy of several cases also found the SARS CoV-2 virus in the stomach, duodenum, ileum, and rectum. While the study using anal swab obtained 52.6% positive results. There was a case report that PCR examination of the nasopharyngeal swab was negative, but the anal swab was positive and persistent for 42 days. This finding certainly needs further investigation, because there may be cases of Covid-19 that were not detected by the naso-oropharygeal swab RT-PCR swab but can be detected by anal swabs. The RT-PCR method with anal swab is expected to be an alternative to the naso-oropharygeal swab.

Objective

This study test the performance of the anal PCR swab test when compared to the naso-oropharyngeal swab PCR test as a diagnostic tool for Covid-19.

Method

Subjects of this study are patients with suspected or probable Covid-19, aged> 18 years. Subjects with extensive diarrhea, massive hematoschezia or melena, and anal wounds, were not included in the study. RT-PCR anal swab examination was performed with MiRXES Fortitude Kit 2.1

Result

136 eligible subjects were analyzed. There were no complication and complaints from patients during sampling. The sensitivity of RT-PCR anal swab was 36.67% (CI: 28.04 to 45.28%) and specificity 93.75% (CI: 81.88 to 100%). The positive predictive value was 97.78% (CI: 93.47 to 100%) and the negative predictive value was 16.48% (8.86 to 24.10%).

Conclusion

RT-PCR Anal swabs can be a good confirmation tool of COVID 19 cases with a specificity of 93.8%, in suspected and probable COVID 19 cases. Anal swabs are also a safe procedure."

"Latar Belakang. Coronavirus Disease-19 (COVID-19) sampai sekarang masih menjadi ancaman kesehatan global. Baku emas diagnosis COVID-19 adalah pemeriksaan RT-PCR dari sampel usap nasofaring. Pengambilan sampel dengan cara ini memiliki kekurangan seperti rasa tidak nyaman pada pasien, risiko perdarahan, dan risiko paparan pada tenaga medis. Saliva merupakan salah satu alternatif sampel yang bisa digunakan untuk tujuan ini. Tujuan. Mengetahui sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, nilai duga negatif, dan akurasi RTPCR saliva. Metode. Penelitian potong lintang pasien dewasa suspek COVID-19 pada April-Juni 2021 di instalasi gawat darurat rumah sakit Siloam Lippo Village. Pasien yang memenuhi syarat dan menyatakan setuju dilakukan pemeriksaan RT-PCR dari sampel usap nasofaring dan saliva. RTPCR dikerjakan dengan menilai gen N dan gen ORF1AB menggunakan alat Rotorgen QPlex-5Plus dengan batas positif CT Value < 40. Hasil. Sebanyak 126 pasien suspek COVID-19 yang eligible ikut penelitian selama periode studi. Enam pasien menolak mengikuti penelitian. Analisis akhir dikerjakan pada 120 pasien dengan proporsi laki-laki 42,5% dan median usia 50 tahun. Hasil RT-PCR positif ditemukan pada 69 (57,5%) sampel saliva dan 75 (62,5%) sampel usap nasofaring. Sensitivitas uji RT-PCR COVID19 dari sampel saliva adalah 86,67% (95% CI 76,84- 93,42), spesifisitasnya 91,11% (95% CI 78,78- 97,52). Nilai NDP yang didapat adalah 94,20% (95% CI 86,39-97,65) dan nilai NDN yang didapat 80,39% (95% CI 69,57-88,03). Akurasi yang didapat adalah 88,33% (95% CI 81,2093,47). Rerata CT value RT-PCR dari sampel saliva lebih tinggi dibandingkan sampel nasofaring, baik pada gen N (mean saliva 26,22 vs nasofaring 22,18; p= 0,01) maupun ORF1AB (mean saliva 26,39 vs nasofaring 23,24; p= 0,01). Simpulan. Saliva yang diambil dengan metode drooling merupakan sampel yang akurat untuk pemeriksaan RT-PCR COVID-19.

---

Background. Coronavirus Disease-19 (COVID-19) is still a global health problem. Diagnostic gold standard for COVID-19 is RT-PCR of the nasopharyngeal swab specimen. However, this method has several issues such as patient’s discomfort, risk of bleeding, and risk of exposure to examiner. Saliva is a viable alternative sample for this examination. Aim. To find out the sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and accuracy of saliva RT-PCR. Method. Crossectional study in adult patient with suspect ofCOVID-19 during April-June 2021 in emergency unit Lippo Village Hospital. Eligible and agreed patient are examined with RT-PCR from nasopharyngeal swab and saliva. RT-PCR was done by targeting gene N and ORF1AB using Rotorgen QPlex-5-Plus with CT value cut off 40. Result. A total of 126 suspected COVID-19 cases were admitted to ER during study period. Six patients were disagree to join. Final analysis was carried out on 120 patients (42.5% male, media age 60). Positive RT-PCR was found in 69 (57.5%) saliva specimens and 75 (62.5%) nasopharyngeal specimens. Sensitivity of saliva specimens was 86.67% (95% CI 76.84- 93.42), with specificity of 91.11% (95% CI 78.78-97.52). NDP of saliva was 94.20% (95% CI 86.39-97.65) with NDN of 80.39% (95% CI 69.57-88.03). Saliva’s accuracy was 88.33% (95% CI 81.20-93.47). Mean CT value of saliva specimens was higher than nasopharyngeal specimens in both gene N (mean saliva 26.22 vs nasopharyngeal 22.18; p= 0.01) and ORF1AB (mean saliva 26.39 vs nasopharyngeal 23.24; p= 0.01). Conclusion. Saliva collected with drooling method is an accurate sample for COVID-19 RT-PCR."

"Pada akhir tahun 2019 dilaporkan beberapa kasus pneumonia di Wuhan, Cina yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit yang ditimbulkan oleh virus ini disebut sebagai coronavirus disease 2019 (COVID-19). Jumlah kasus COVID-19 terus mengalami peningkatan dan penyebarannya terjadi pada seluruh kelompok usia termasuk anak-anak. Pemeriksaan real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) telah diotorisasi oleh Food and Drug Administration (FDA) dan pada pemeriksaan ini dikenal istilah cycle threshold (Ct). Nilai Ct sering dijadikan acuan dalam menentukan tingkat keparahan penyakit pada anak, akan tetapi masih terdapat kontroversi apakah nilai Ct berhubungan dengan tingkat keparahan penyakit. Penelitian ini bermaksud mencari hubungan bermakna antara nilai Ct khususnya gen ORF1ab dan gen N dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak yang dibagi menjadi tingkat keparahan ringan dan sedang sampai kritis. Didapat 52 responden anak dalam penelitian ini, dengan 24 responden terdeteksi gen ORF1ab dan 49 responden terdeteksi gen N. Rerata nilai Ct gen ORF1ab kelompok ringan (33,5 ± 4,4) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,0 ± 6,0). Median nilai Ct gen N kelompok ringan (34,8 [21,3 – 39,4]) lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok sedang sampai kritis (31,7 [19,4 – 38,9]). Tidak didapatkan hubungan bermakna baik antara nilai Ct gen ORF1ab (nilai p = 0,25) maupun gen N (nilai p = 0,159) dengan tingkat keparahan COVID-19 pada anak. Berdasarkan hasil penelitian ini, diperlukan berbagai pertimbangan dalam menginterpretasi nilai Ct.

---

At the end of 2019, several cases of pneumonia were reported in Wuhan, China caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The disease caused by this virus is known as Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). The number of cases of COVID-19 continues to increase and its spread occurs in all age groups including children. Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) has been authorized by the Food and Drug Administration (FDA) and in this method a cycle threshold (Ct) value were obtained. The Ct value is often used as a reference in determining the clinical severity in children, but there is still controversy whether the Ct value is related to the clinical severity. This study intends to find a significant relationship between the Ct values, especially the ORF1ab gene and the N gene, with the COVID-19 clinical severity in children which is divided into mild and moderate to critical severity. There were 52 children in this study, with 24 children have ORF1ab gene detected and 49 children have N gene detected. The mean of ORF1ab gene Ct value in mild group (33.5 ± 4.4) was higher than moderate to critical group (31.0 ± 6.0). The median of N gene Ct value ​​in mild group (34.8 [21.3 – 39.4]) was higher than moderate to critical group (31.7 [19.4 – 38.9]). There was no significant relationship between the Ct value of the ORF1ab gene (p value = 0.25) and the N gene (p value = 0.159) with COVID-19 clinical severity in children. Based on the results of this study, various considerations are needed in interpreting the Ct value."

"Latar Belakang: Reseptor ACE2 tidak hanya terdapat pada paru-paru, tetapi juga pada saluran pencernaan yang memungkinkan terjadinya infeksi SARS-COV-2 pada enterosit, menimbulkan manifestasi klinis gastrointestinal, dan terdeteksinya RNA virus pada pemeriksaan swab anal. Studi lain di seluruh dunia menunjukkan hasil yang berbeda-beda serta belum didapatkan penelitian serupa di Indonesia. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui luaran klinis infeksi COVID- 19 pada pasien yang dilakukan swab anal, mendapatkan hubungan hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal dan derajat keparahan pada pasien COVID-19 di Indonesia. Metode: Merupakan cabang penelitian dari penelitian utama yang berjudul “Nilai RT-PCR Swab Anal untuk Diagnosis COVID-19 pada Orang Dewasa di Indonesia”. Penelitian ini merupakan studi analitik dengan desain potong lintang. Sampel penelitian merupakan pasien COVID-19 yang menjalani rawat inap di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), RS Mitra Keluarga Depok, RS Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan RS Ciputra selama periode April 2020 sampai dengan Januari 2021. Dikumpulkan data demografi, manifestasi klinis, derajat keparahan, dan hasil swab anal PCR SARS-CoV-2.Hasil: 136 subjek penelitian dengan swab nasofaring positif dianalisis. 52 pasien (38,2%) dengan swab anal PCR SARS-CoV-2 positif dan 84 pasien (61,8%) dengan swab anal negatif. Manifestasi klinis saluran cerna tersering, yaitu: mual-muntah 69 pasien (50,7%), nafsu makan menurun sebanyak 62 pasien (45,6%), dan nyeri perut sebanyak 31 pasien (22,8). Terdapat 114 pasien (83,8%) tergolong dalam derajat ringan-sedang dan 22 pasien (16,2%) tergolong dalam berat-kritis. Terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual-muntah (nilai p 0,031). Tidak terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan (nilai p 0,844).Simpulan: Terdapat hubungan antara hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual- muntah dan tidak terdapat hubungan antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS- CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan infeksi COVID-19.

---

Background: ACE2 receptor is not only found in the lungs, but also in the digestive tract, which allows the occurrence of enterocyte infection, gastrointestinal clinical manifestations, and detection of viral RNA on anal swab PCR. Studies around the world show various results, yet there has been no similar study to be found in Indonesia.

Objective: This study aims to determine the clinical outcome of COVID-19 patients with gastrointestinal manifestations who were tested by anal swab, the relationship between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations as well as the severity of COVID-19 patients in Indonesia.

Methods: This research is a branch of study titled. The Value of Anal Swab RT- PCR for COVID-19 Diagnosis in Adult Indonesian Patients. This is an analytical study with cross-sectional design. Samples were obtained from hospitalized COVID-19 patients at RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), Mitra Keluarga Hospital Depok, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital from April 2020 to January 2021. Demographic data, clinical manifestations, severity, and SARS-CoV-2 PCR anal swab were collected.

Results: 136 subjects with positive nasopharyngeal swab were analyzed. Result showed that 52 patients (38.2%) had positive anal swabs PCR SARS-CoV-2 and 84 patients (61.8%) had negative anal swabs. Common gastrointestinal clinical manifestations were: nausea and vomiting in 69 patients (50.7%), anorexia in 62 patients (45.6%), and abdominal pain in 31 patients (22.8). There were 114 patients (83,8%) classified as mild-moderate and 22 patients (16,2%) as severe-critical. There was a statistically significant relationship between anal swab PCR for SARS- CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea- vomiting) (p value 0.031). There was no statistically significant relationship found between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with the severity of COVID- 19 infection (p value 0.844).

Conclusions: There is a relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea-vomiting) and there is no relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with severity of COVID-19 infection."

"Latar Belakang. SARS-CoV-2 menimbulkan beban yang sangat besar pada masyarakat, sistem ekonomi dan kesehatan di seluruh dunia. Berbagai langkah diambil untuk mengendalikan penyebarannya. Langkah – langkah tergantung pada diagnosis yang tepat waktu dan akurat dari orang yang terinfeksi virus. Penyebaran COVID-19 yang cepat, deteksi virus yang cepat dan tepat memegang peranan penting untuk mengendalikan infeksi dan membantu pasien untuk mencegah perkembangan penyakit lebih lanjut. Metode real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR) sangat dianjurkan untuk deteksi SARS-CoV-2 sebagai uji kualitatif spesifik dan sederhana. Selain metode menggunakan rRT-PCR, telah terdapat metode dengan pendekatan yang berbeda untuk mendeteksi SARS-CoV-2. Salah satu metode tersebut adalah VereCoVTM yang memiliki cara kerja berdasarkan teknik PCR dan hibridisasi, namun performa dari VereCoVTM masih belum diketahui.Tujuan. Penelitian bertujuan untuk mengetahui kesesuaian dan kaitannya dengan gejala klinis menggunakan uji VereCoVTM dengan rRT-PCR dalam mendeteksi SARS-CoV-2.Metode. Penelitian ini menggunakan consecutive sampling. Sampel penelitian yaitu sampel swab nasofaring dan orofaring yang diambil kemudian dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Analisis data menggunakan Kappa Cohen. Selanjutnya, dilakukan analisis data kesesuaian hasil pemeriksaan kedua uji pada pasien dengan gejala dan pasien tanpa gejala.Hasil. Perbedaan positivity rate antara VereCoVTM dan rRT-PCR sebesar 68% menunjukkan bahwa VereCoV™ memberikan hasil negatif palsu. Jika disandingkan terhadap data hasil rRT-PCR, maka ambang batas deteksi VereCoVTM setara dengan nilai Ct<32 atau setara dengan 118 salinan RNA. Tidak dijumpai reaksi silang dengan beberapa mikroorganise. Konsistensi antara kedua uji ditunjukan oleh koefisien Kappa (=0,609). Hal ini menggambarkan kesesuian yang moderate atau sedang. Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa kesesuaian kedua pemeriksaan meningkat pada pasien yang bergejala (90%), sebaliknya menurun pada pasien tanpa gejala (76,5%). VereCoVTM lebih sesuai digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 pada pasien yang bergejala. Hasil negatif pada VereCoVTM tidak dapat mengesampingkan kemungkinan infeksi COVID-19, sehingga perlu pemeriksaan lebih lanjut untuk mendukung diagnosis yang tepat.Kesimpulan. VereCoV™ lebih cocok untuk mendeteksi SARS-Cov-2 pada pasien yang bergejala. VereCoVTM tidak menunjukan adanya reaksi silang dengan beberapa mikroorganisme, yang terdapat pada saluran pernapasan.

---

Background. SARS-CoV-2 places an enormous burden on society, economic systems and health around the world. Various steps were taken to control its spread. These steps depend on timely and accurate diagnosis of the person infected with the virus. The rapid spread of COVID-19, rapid and precise detection of the virus play an important role in controlling infection and helping patients to prevent further disease progression. The real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR) method is highly recommended for the detection of SARS-CoV-2 as a simple and specific qualitative test. In addition to the method using rRT-PCR, there have been methods with different approaches to detect SARS-CoV-2. One of these methods is VereCoVTM which has a working method based on PCR and hybridization techniques, but the performance of VereCoVTM is still unknown.

Aim. The aim of the study was to determine the suitability and relation to clinical symptoms using the VereCoVTM test with rRT-PCR in detecting SARS-CoV-2.

Method. This study used consecutive sampling. The samples of the study was swab samples of the nasopharynx and oropharynx which were taken and analyzed at the Clinical Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Data was then analyze using Kappa Cohen. Furthermore, the data analysis of the suitability of the results of the two tests was carried out in patients with symptoms and patients without symptoms.

Results. The difference in positivity rate between VereCoVTM and rRT-PCR of 68% indicates that VereCoV™ gives a false negative result. When compared to the rRT-PCR data, the VereCoVTM detection threshold is equivalent to a Ct value <32 or equivalent to 118 copies of RNA. No cross reactions were found with some microorganisms. Consistency between the two tests is indicated by the Kappa coefficient (= 0.609). This describes a moderate or moderate fit. Further analysis showed that the concordance of the two examinations increased in symptomatic patients (90%), on the contrary decreased in asymptomatic patients (76.5%). VereCoVTM is more suitable for detecting SARS-CoV-2 in symptomatic patients. A negative result on VereCoVTM cannot rule out the possibility of COVID-19 infection, so further tests are needed to support a correct diagnosis.

Summary. VereCoV™ is more suitable for detecting SARS-Cov-2 in symptomatic patients. VereCoVTM did not show any cross-reactivity with some microorganisms, which are present in the respiratory tract."

"Latar Belakang : Pasien yang terinfeksi COVID-19 sering menunjukkan gejala pencernaan. Dalam beberapa penelitian telah menemukan RNA SARS CoV-2 dalam spesimen faecal pasien yang terinfeksi. Tujuan : Mengetahui nilai RT-PCR faecal dan membandingkannya dengan RT-PCR naso-orofaring sebagai standar emas pada pasien COVID-19. Metode : Penelitian ini adalah studi deskriptif observasional, mendeteksi partikel virus melalui pemeriksaan RT-PCR pada faecal pasien COVID-19 yang dirawat di rumah sakit. Penelitian dilakukan di Rumah Sakit Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo, Rumah Sakit Mitra Keluarga Depok, Rumah Sakit Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan Rumah Sakit Ciputra, Indonesia. Swab naso-oro-orofaringeal dan spesimen feses dikumpulkan untuk deteksi RNA SARS CoV-2. Hasil : Diperoleh 98 sampel. Dalam penelitian ini memiliki nilai sensitifitas yang rendah (38,10%) juga nilai NPV (20,00%). Namun memiliki spesifisitas tinggi (92,86%) juga nilai PPV (96,97%). Kesimpulan : Penelitian ini menunjukkan bahwa hasil positif pada pemeriksaan RT-PCR faecal  sangat baik digunakan untuk membantu menegakkan diagnosis COVID-19. Namun hasil negatif tidak dapat digunakan untuk menyingkirkan COVID-19. Oleh karena itu, pemeriksaan RT-PCR faecal merupakan tes yang sangat baik sebagai tes konfirmasi COVID-19.  RT-PCR faecal kurang tepat jika digunakan sebagai tes pada awal masuk pasien COVID-19 (screening), RT-PCR swab naso-orofaring masih lebih baik digunakan sebagai standar diagnostik (screening) untuk COVID-19.

---

Background: Patients infected by COVID-19 also show gastrointestinal.  In some studies have found  SARS CoV-2 RNA in faecal specimens of infected patients. Aims: This study will test the performance of faecal reserve transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) when compared with naso-oropharyngeal swab RT-PCR as the gold standard test in COVID-19. Materials and Methods: This is an observational descriptive study by detection viral particle  by  RT-PCR on faecal from patients which suspected or probable cases of hospitalized COVID-19 infection, conducted in Dr. Cipto Mangunkusumo National Hospital, Mitra Keluarga Depok Hospital, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital, Indonesia. Naso-oropharyngeal swab and faecal spesimens were collected for RNA SARS CoV-2 detection. Results: We analized 98 subjects. Sensitivity and specificity of faecal were 38,10% and 92,86%, the positive and negatif predictive value were 96,97% and 20,00%. Conclusion: Faecal specimen has low sensitivity value (38.10%) and NPV (20.00%). However, it has a high specificity (92.86%) and PPV (96.97%). Positive results were very well used to help enforce the diagnosis of COVID-19, but negative results cannot be used to exlude COVID-19. This is an excellent test as a confirmation test of COVID-19, but may not be used as an additional test at beginning of diagnostik COVID-19 patients."

"Salah satu strategi untuk mengatasi pandemi Coronavirus disease-19 (COVID-19) ialah melalui diagnosis infeksi virus SARS-CoV-2 secara dini melalui Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Uji RT-PCR merupakan uji deteksi dan kuantifikasi asam nukleat. Salah satu metode ekstraksi asam nukleat adalah dengan bantuan material berbasis silika sebagai kolom matriks. Pada penelitian ini; dilakukan preparasi matriks Silica Coarse (SC) dalam matriks berwujud kolom suspensi, serbuk halus, dan keping cakram yang bersumber dari mineral aluminosilikat kaolin. Kemampuan pengikatan matriks SC berbasis mineral alam tersebut telah berhasil ditingkatkan dengan bantuan kation penyeimbang Na+ dan Guanidium+ yang dijenuhkan di dalam kerangka kaolin. Dilakukan pula upaya peningkatan sifat mekanik cakram SC melalui pengikatan dengan PEG 1500. Matriks Silica Coarse (SC) yang telah mengandung Na+ dan Guanidium+ kemudian dianalisa karakteristik fisikokimia-nya menggunakan instrumen FTIR, XRD, XRF, SEM, dan metode pengukuran luas area BET-distribusi pori BJH. Penelitian ini memberikan hasil bahwa matriks SC pellet basah (berwujud kolom suspensi) memberikan hasil ekstraksi yang dapat diamplifikasi lebih baik di bawah instrumen RT-PCR dibandingkan matriks SC pellet kering (berwujud serbuk halus dan cakram). Seluruh spesimen non aktif RNA virus SARS-CoV-2 yang digunakan dalam uji ekstraksi pada penelitian ini memiliki kisaran nilai ambang Ct < 20.

---

One of the strategies to overcome the COVID-19 disease is through diagnostic clinical tests using the Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) test. The RT-PCR test is a detection test and quantification test of nucleic acid. This method is initiated by pre-analytical step, known as extraction of nucleic acids. Extraction of nucleic acid requires silica-based materials as an extraction column. Herein, Silica Coarse (SC) in the form of suspension, powder and discs columns; were prepared from natural Indonesian Kaolinite as an alternative phase-extraction column to binding RNA of SARS-CoV-2. The RNA binding ability in SC was enhanced with chaotropic agents in the form of Na+ and Guanidium+ embedded on the kaolinite silicate framework. We were also improved the mechanical properties of SC discs with addition of PEG 1500. SC, embedded with Na+ and Guanidium+ respectively, then its physicochemical characteristics were studied using FTIR, XRD, XRF SEM, and BET surface area and pore measurement. This work shows that SC suspension column could extract RNA of SARS-CoV-2 that amplified better in RT-PCR test than SC dried columns, with the initial CT value of all the SARS-CoV-2 specimens in the range Ct < 20"

"Latar Belakang : COVID- 19 disebabkan SARS-COV-2. WHO menerbitkan protokol pemeriksaan laboratorium untuk deteksi virus menggunakan metode real time RT-PCR dari spesimen swab nasofaring dan orofaring. Metode ini cukup invasif. Diperlukan tehnik pemeriksaan yang relatif aman dan nyaman untuk pasien. Penelitian ini bertujuan untuk melihat efetivitas swab bukal sebagai alternatif pemeriksaan SARS-COV-2.Metode : Studi uji diagnostik ini dilaksanakan sejak tahun 2020 - 2021, mengambil spesimen swab nasofaring, swab orofaring dan swab bukal dari pasien positif COVID- 19. Dilakukan optimasi, ekstraksi RNA virus dan real time RT-PCR .Hasil Penelitian : Hasil studi mengumpulkan 68 spesimen dari pasien COVID-19. Hasil uji nasofaring, orofaring dan bukal positif adalah 24 spesimen. Hasil uji nasofaring dan orofaring positif dengan uji bukal negatif adalah 23 spesimen. Berdasarkan nilai Ct < 20 dan Ct <25, hasil kesesuaian positif dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 30 hasil kesesuaian positif 85,3 % dan negatif adalah 100%. Nilai Ct < 40 , hasil kesesuaian positif 51,1 % dan negatif adalah 100%. Kesimpulan : Swab bukal dapat digunakan sebagai pemeriksaan alternatif pada pemeriksaan SARS- CoV-2.

---

Background: COVID-19 caused by the SARS-COV-2 virus. WHO published protocol for the detection of the virus using the real time RT-PCR from nasopharyngeal and oropharynx swab specimens. This method is invasive. Required an examination technique that is relatively safe and comfortable. This study aims to see the effectiveness of the buccal swab as an alternative to the SARS-CoV-2 examination.

Methods: This diagnostic test study from 2020 to 2021, specimens of nasopharyngeal, oropharyngeal and buccal swabs from COVID-19. Specimens underwent an optimization, viral RNA extraction and real time RT-PCR.

Result : This study collected 68 specimens from COVID- 19 patients. The results of positive nasopharyngeal, oropharynx and buccal tests were 24 specimens. The results of a positive nasopharynx and oropharynx test with a negative buccal test were 23 specimens. Based on the values ​​of Ct < 20 and Ct < 25 , the results of positive agreement and negative are 100%. The value of Ct < 30 and Ct < 40  results in a positive agreement are 85.3% and 51,1 %. The negative  results are 100%.

Conclusion : Buccal swab can be used as an alternative test for SARS-CoV-2 examination."

"Pada bulan Desember, 2019, serangkaian kasus pneumonia dengan penyebab yang tidak diketahui muncul di China. Analisis data menunjukkan adanya coronavirus baru, yang diberi nama SARS-CoV-2. Beradasarkan WHO dan CDC pemeriksaan yang digunakan untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah metode molekular RT-PCR, salah satu kit yang digunakan adalah BioCoV-19 RT-PCR. Penelitian ini bertujuan membandingkan uji RT-PCR kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC sebagai standar dalam mendeteksi SARS-CoV-2, serta melakukan uji deteksi minimal untuk mengetahui sensitivitas analitik dari kit BioCoV-19 RT-PCR, menguji reaksi silang terhadap mikroba saluran nafas lain, dan menilai secara deskriptif karakteristik subjek penelitian. Perbandingan uji kit BioCoV-19 RT-PCR dengan N1N2 CDC mendapatkan nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif (NDP) dan nilai duga negative (NDN). Hasil pada penelitian ini menunjukkan bahwa sensitivitas dan spesifisitas BioCoV-19 RT-PCR Kit secara umum adalah 97,50% dan 100%, dengan Nilai Duga Positif (NDP) 100% dan Nilai Duga Negatif (NDN) 96,49%. Hasil uji minimal deteksi untuk primer-probe N1N2 CDC dan BioCoV-19 RT-PCR Kit setelah dilakukan dilusi bertingat sebanyak enam kali pengenceran yakni 3,5 kopi/reaksi (rerata nilai Ct 35,21). Uji reaksi silang tidak terdeteksi adanya reaksi silang dari 12 bakteri, tujuh virus dan tiga jamur. Karakteristik subjek penelitian lebih banyak pada laki-laki sebanyak (61,5%), untuk usia lebih banyak pada usia berkisar 20-40 tahun (56,29%), gejala klinis pasien saat datang lebih banyak gejala ringan.

---

In December, 2019, a series of pneumonia cases of unknown cause appeared in China. Analysis of the data indicated the presence of a new coronavirus, which was named SARS-CoV-2. Based on WHO and the CDC, the tests used to detect SARS-CoV-2 are the molecular RT-PCR method, one of the kits used is BioCoV-19 RT-PCR. This study aims to compare the RT-PCR test of the BioCoV-19 RT-PCR kit with the CDC's N1N2 as a standard in detecting SARS-CoV-2, as well as to conduct a minimal detection test to determine the analytical sensitivity of the BioCoV-19 RT-PCR kit, to test cross reactions against other respiratory tract microbes, and descriptively assessed the characteristics of the research subjects. Comparison of the BioCoV-19 RT-PCR test kit with N1N2 CDC obtained sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV). The results of this study showed that the sensitivity and specificity of the BioCoV-19 RT-PCR Kit in general were 97.50% and 100%, with a positive predictive value (PPV) of 100% and a negative predictive value (NPV) of 96.49%. The minimum test results for detection of the N1N2 CDC primer-probe and the BioCoV-19 RT-PCR Kit were carried out after six dilutions of 3.5 copies/reaction (mean Ct value 35.21). The cross-reaction test did not detect any positives of 12 bacteria, seven viruses and three fungi. The characteristics of the study subjects were more male (61.5%), for ages ranging from 20-40 years (56.29%), the clinical symptoms of the patients when they arrived were more mild symptoms."

"Skripsi ini akan membahas kewenangan antara Kementerian Kesehatan Dengan Kementerian Perdagangan terkait penentuan batas tarif tertinggi pemeriksaan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Dalam membidangi urusan ini tentunya melibatkan beberapa kementerian yang menjalankan urusan masing-masing. Tes RT-PCR merupakan salah satu alat kesehatan yang digunakan untuk mendeteksi virus Covid-19 di tubuh seseorang. Jika dilihat dari bidangnya, maka nampak bahwa kewenangan terkait penentuan batas tarif tertinggi pemeriksaan RT-PCR berada di naungan Kementerian Kesehatan. Namun disisi lain, Kementerian Perdagangan juga memiliki kewenangan terkait penentuan Harga Eceran Tertinggi (HET) barang-barang tertentu. HET sendiri pada dasarnya merupakan penentuan batas tarif tertinggi untuk barang-barang yang beredar di masyarakat. Dalam skripsi ini akan melihat bagaimana pembagian kewenangan antar kedua kementerian tersebut. Setelah melihat pembagian kewenangan antar lembaga tersebut maka dapat terlihat apakah terjadi potensi sengketa kewenangan yang terjadi antar lembaga tersebut dalam membidangi urusan tersebut serta bagaimana penyelesaiannya. Metode penelitian dari skripsi ini adalah berbentuk yuridis normatif yang mengacu pada norma hukum yang terletak pada Peraturan Perundang-undangan serta kebiasaan yang berlaku dalam masyarakat. Selain itu tipe penilitian skripsi ini adalah bersifat deskriptif.

---

This Thesis will discuss mainly about the authority between the Ministry of Health and Ministry of Trade regarding the Maximum Rate Limit for Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). In dealing with this matter, of course, it involves several ministries that carry out their respective affairs. Test RT-PCR is one of the medical devices used to detect the Covid-19 virus in a person's body. When examines the matters, it appears that the authority regarding the determination of the highest tariff limit for RT-PCR examinations is under the authority of the Ministry of Health. But in the orher side, Ministry of Trade also had the authority regarding to set the highest retail price for some item. The highest retail price itself is basically the determination of the highest price limit for items that circulating in the community. This thesis will discuss how the distribution of authority between these two ministry work. After that, it can be seen whether there is a potential dispute of authority that occurs between the two ministry in charge of this matter and how to resolve it. The research method of this thesis is in the form of normative juridical which refers to the legal norms that lie in the laws and regulations and the prevailing customs in society. In addition, the type of research in this thesis is descriptive."