Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 166885 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Syarafina Ramadhanisa Kurnianto
Simulasi Penambatan dan Dinamika Molekuler Senyawa Kimia pada Tanaman Herbal Phylantus Niruri Linn (Meniran Hijau) terhadap Target Main Protease (Mpro) SARS-CoV-2 = Simulation of Molecular Docking and Molecular Dynamics of Chemical Compounds in Herbal Plants Phylantus Niruri Linn (Green Meniran) against the Main Protease (Mpro) of SARS-CoV-2
"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.
COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Aisyah Fitriannisa Prawiningrum
Analisis Simulasi Molekuler Protein Spike Varian SARS-CoV-2 terhadap Reseptornya pada Manusia sebagai Prediktor Transmisi Virus = Molecular Simulation Analysis of SARS-CoV-2 Variants’ Spike Protein Against Human Receptors and Its Effects on Viral Transmission
"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA dengan panjang genom sekitar 29.891 nukleotida. Pembacaan materi genetik SARS–CoV–2 menggunakan metode Whole Genome Sequencing (WGS) dapat digunakan untuk mengetahui adanya mutasi pada virus. Mutasi pada protein spike SARS-CoV-2 dapat berdampak pada transmisi virus. Interaksi molekuler dari varian yang di Indonesia dievaluasi untuk mempelajari pengaruh mutasi terhadap transmisinya. Sampel yang disekuens di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) dianalisis secara filogenetik untuk menentukan varian dan dibandingkan dengan sebaran varian SARS-CoV-2 di Indonesia. Protein spike dari varian dominan kemudian dimodelkan untuk melihat pengaruh mutasi terhadap struktur 3D protein. Interaksi protein spike dengan ACE2, TMPRSS2, dan Cathepsin L dianalisis menggunakan simulasi molekuler. Berdasarkan sampel dari FKUI, varian yang dominan adalah varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1. Analisis simulasi molekuler dari kompleks protein spike varian AY.23, AY.24, dan BA.1.1 dengan ACE2 menunjukkan adanya peningkatan afinitas dan stabilitas dibandingkan dengan strain Wuhan. Analisis simulasi molekuler kompleks protein spike varian BA.1.1 dengan TMPRSS2 dan Cathepsin L mengindikasikan adanya perubahan jalur masuk. Sehingga mutasi yang terjadi pada protein spike varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1 menyebabkan perubahan interaksi molekuler yang diprediksi dapat mempengaruhi transmisinya.
SARS-CoV-2 is an RNA virus with genome size around 29,891 nucleotides. Reading the genome of SARS-CoV-2 using Whole Genome Sequencing (WGS) method can reveal mutations in the genome. The mutations on SARS-CoV-2 spike protein may have effects on viral transmission. Molecular interaction of the predominant variants in Indonesia were analysed to find the effects of spike mutations to viral transmissibility. The variant of samples from Faculty of Medicine Universitas Indonesia (FMUI) were determined phylogenetically and compared to all variants found in Indonesia. The spike proteins from predominant variants were modelled. Their interactions with human host cell proteins (ACE2, TMPRSS2, and Cathepsin L) were determined by molecular simulations. Based on samples from FMUI, the predominant variants in Indonesia were B.1.470, AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants. Based on molecular simulation of spike protein of AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants with ACE2, shows increase in affinity and stability of the predominant variants compared to the Wuhan strain. Molecular simulation analysis of spike protein of BA.1.1 variant with TMPRSS2 and Cathepsin L indicates alternative entry pathway. In conclusion, mutations found in the dominant variants modulate their molecular interaction and their transmissibility."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Paramita Nadia Putri
Analisis In Silico Untuk Spike (S) Protein SARS-CoV-2 Sebagai Kandidat Vaksin Multi-epitop = In Silico Analysis For Spike (S) Protein SARS-CoV-2 As Multi-epitope Vaccine Candidate
"Pandemi COVID-19 adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus corona atau yang lebih dikenal sebagai SARS-CoV-2. Menurut data Kemenkes RI pada 17 Januari 2022, jumlah kasus meninggal di Indonesia hingga 144.174 dan jumlah yang diketahui sudah terinfeksi 8.775 per hari. Fenomena ini dikarenakan mutasi SARS-CoV-2 secara terus menerus hingga menyulitkan pembuatan vaksin yang efektif. Proses pembuatan dan penelitian untuk menemukan vaksin yang efektif masih terus dilakukan hingga saat ini. Karena hal tersebut penelitian dan penemuan vaksin yang efektif untuk menanggapi adanya potensi mutasi dari virus SARS-CoV-2 yang lebih berbahaya di masa depan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat vaksin virus SARS-CoV-2 berdasarkan urutan epitop dengan menganalisis spike protein virus SARS-CoV-2 dan Major Histocompatibility Complex I dan II (MHC I dan II ) sebagai alel-alel yang terkait ke satu set peptida yang untuk menjadi target respon imun tubuh melalui pendekatan imunoinformatika. Analisis pada studi ini dilakukan di berbagai perangkat lunak. Sequence S-protein SARS-CoV-2 diunduh melalui GISAID lalu diprediksi antigenisitasnya melalui VaxiJen v2.0 kemudian setelah itu dilakukan molecular docking. Hasil penelitan ini didapatkan 14 urutan epitop yang dapat digunakan sebagai kandidat vaksin SARS-CoV-2 yaitu ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. Dengan nilai afinitas ikatan vaksin eptip yang telah didesain sebesar -7,8 dan -6,3
The COVID-19 pandemic is a disease caused by infection with the corona virus or better known as SARS-CoV-2. According to data from the Ministry of Health of the Republic of Indonesia on January 17, 2022, the number of cases died in Indonesia was up to 144,174 and the number known to have been infected was 8,775 per day. This phenomenon is due to the continuous mutation of SARS-CoV-2 which makes it difficult to make an effective vaccine. The process of making and research to find an effective vaccine is still being carried out until now. Because of this research and the discovery of an effective vaccine to respond to the potential mutation of the SARS-CoV-2 virus that is more dangerous in the future. This study aims to obtain a SARS-CoV-2 virus vaccine candidate based on epitope sequence by analyzing the SARS-CoV-2 viral spike protein and Major Histocompatibility Complex I and II (MHC I and II) as alleles associated with a set of peptides. to become the target of the body's immune response through an immunoinformatics approach. The analysis in this study was carried out in various software. The SARS-CoV-2 S-protein sequence was downloaded via GISAID and then its antigenicity was predicted through VaxiJen v2.0 and then molecular docking was performed. The results of this study obtained 14 epitope sequences that can be used as candidates for the SARS-CoV-2 vaccine, namely ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. With the value of binding affinity for the designed epitope vaccine of -7.8 and -6.3."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Brigitta Suryanthie
Profil Asam Amino pada Pasien Terkonfirmasi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Severe dan Non-severe dengan Metode Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry = The Amino Acid Profile in Severe and Non-Severe COVID-19 patients with Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry method
"Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) disebabkan oleh infeksi virus SARS CoV-2, dan telah dilaporkan banyak menyebabkan kematian di berbagai negara. Pada pasien COVID-19, ditemukan perubahan kadar asam amino, baik asam amino esensial maupun non esensial, yang dikaitkan dengan proses inflamasi dan infeksi. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui profil asam amino esensial dan non esensial, serta mengetahui perbedaannya pada pasien terkonfirmasi COVID-19 severe dan non severe. Penelitian dilakukan dengan metode potong lintang di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo dan Laboratorium HGRC pada Januari-Desember 2021. Total subjek adalah 128 subjek, terdiri dari 70 subjek (54,7%) kelompok severe dan 58 subjek (45,3%) kelompok non severe. Profil asam amino pada pasien terkonfirmasi COVID-19 severe dan non-severe, secara klinis ditemukan sedikit perbedaan dengan rentang effect size d 0,08-0,48. Tidak terdapat perbedaan bermakna keseluruhan profil asam amino antara kelompok severe dan non severe (p>0,05). Temuan ini diharapkan dapat memberi kontribusi dalam proses penyembuhan pasien terutama pada kondisi infeksi/inflamasi akut, serta menurunkan angka morbiditas dan mortalitas melalui penambahan asupan makanan atau terapi suplementasi potensial pada penderita dengan kadar asam amino yang lebih rendah
Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) is an infection, caused by SARS CoV-2 virus infection, and had been reported that cause death in many countries. Patients with COVID-19 infection, could have amino acid alteration, both in essential and non essential, which are associated in inflammation and infectious processes. The main objective of this study, was to know the essential and non essential amino acid profile, and to determine the differences in severe and non severe COVID-19 patients. This cross sectional study was conducted at Dr. Cipto Mangunkusumo National Central Public Hospital and HGRC Laboratory, from January-December 2021. There were 128 subjects, consisted of 70 subjects (54.7%) in severe group and 58 subjects (45.3%) in non severe group. The amino acid profile in severe and non-severe COVID-19 patients, clinically were found slight different, with the effect size range d 0.08-0.48. There was no significant difference in all amino acid, between severe and non severe group (p>0.05). These findings were expected to contibute in recovery process especially in infection/acute inflammation state, decreased the morbidity and mortality, through additional intake and potential supplementation therapy in lower amino acid patients."
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Syarafina Ramadhanisa Kurnianto
Simulasi Penambatan dan Dinamika Molekuler Senyawa Kimia pada Tanaman Herbal Phylantus Niruri Linn (Meniran Hijau) terhadap Target Main Protease (Mpro) SARS-CoV-2 = Simulation of Molecular Docking and Molecular Dynamics of Chemical Compounds in Herbal Plants Phylantus Niruri Linn (Green Meniran) against the Main Protease (Mpro) of SARS-CoV-2
"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.
COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Mia Ilmiawaty Saadah
Pengalaman Relaktasi Ibu Menyusui Pascaterinfeksi Covid-19 Di Jadebotabek = Experience of Post-Covid-19 Breastfeeding Mothers’ Relactation in Jakarta Greater Area
"Infeksi virus SARS-Cov-2 pada pandemi Covid-19 dapat mengakibatkan ibu berhenti menyusui namun dapat pula melakukan relaktasi pascapulih. Relaktasi merupakan proses mengembalikan bayi kembali menyusu setelah sebelumnya berhenti. Menyusui bukan sekadar memberi ASI merupakan alasan penting mengapa relaktasi perlu dilakukan. Penelitian fenomenologi deskriptif ini bertujuan untuk dapat mengetahui dan mendeskripsikan pengalaman hidup (lived-experience) ibu menyusui di Jadebotabek dalam menjalani relaktasi pascaterinfeksi Covid-19. Data diperoleh melalui wawancara mendalam terhadap 15 partisipan yang kemudian dianalisis dengan metode Colaizzi. Ditemukan tujuh tema yang berkaitan dengan pengalaman relaktasi tersebut, yaitu 1) Indikasi, 2) Motivasi, 3) Strategi, 4) Perasaan ibu, 5) Dukungan, 6) Pengetahuan, dan 7) Harapan. Penelitian ini menunjukkan bahwa relaktasi di situasi pandemi Covid-19 adalah hal yang mungkin dan dapat dilakukan. Relaktasi dapat dilakukan oleh semua ibu tanpa melihat status pendidikan, status pekerjaan, usia bayi, usia ibu, status paritas, dan waktu berhentinya menyusui. Penelitian ini menyarankan perlunya panduan relaktasi yang dapat digunakan sebagai rujukan bagi ibu menyusui dan tenaga kesehatan. Diperlukan pula layanan telemedicine atau breastfeeding helpline, dan homecare melalui fasilitas kesehatan yang terjangkau baik secara akses maupun biaya kesehatan bagi ibu yang menjalani relaktasi. Selain itu, program-program edukasi menyusui yang melibatkan peran ayah atau suami dan dukungan dari tempat bekerja juga perlu ditingkatkan mengingat besarnya dampak dukungan ini pada keberhasilan relaktasi
SARS-Cov-2 infection during the Covid-19 pandemic can lead to the cessation of breastfeeding however they may relactate after recovery. Relactation is the process of reintroducing breastfeeding to a child who had previously ceased. Breastfeeding is not just giving the breastmilk is an important reason why relactation is necessary. This descriptive phenomenological research aims to be able to find out the life experience (lived-experience) of breastfeeding mothers in Jakarta Greater Area in undergoing relactation after being infected with Covid-19. Data were obtained through in-depth interviews with 15 participants and analyzed using the Colaizzi’s method. There were seven emergent themes: 1) Indication, 2) Motivation, 3) Strategy, 4) Mother's emotions, 5) Support, 6) Breastfeeding information, and 7) Hope. This study reveals that relactation is feasible and doable during a Covid-19 pandemic. Relactation is feasible for all women, regardless of educational level, employment status, infant age, mother's age, parity status, and time after nursing was discontinued, as long as they receive adequate assistance. This study highlights the need for a relactation guide as a resource for nursing women and medical professionals. Telemedicine, breastfeeding helplines, and homecare services are also needed through health institutions for mothers who are relactating, both in terms of access and health expenses. Furthermore, considering the enormity of this support's influence on the efficacy of breastfeeding and relactation, it is essential to construct breastfeeding education programs that highlight the husband's participation and workplace support."
Depok: Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Simarmata, Ara Gamaliel Boanerges
Simulasi Penambatan dan Dinamika Molekuler Senyawa dari Tumbuhan Anredera cordifolia (Binahong) Terhadap Target Mpro (Enzim Main Protease) Virus SARS-CoV-2 = Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation of Natural Compounds from Anredera Cordifolia (Binahong) to Mpro (Main Protease Enzyme) of SARS-CoV-2
"Penyakit COVID-19 yang merebak di seluruh dunia pada akhir tahun 2019 diakibatkan oleh virus SARS-CoV-2. Penelitian ini membahas simulasi penambatan serta dinamika molekuler dari beberapa senyawa herbal dari tumbuhan Anredera cordifolia (binahong) yaitu procyanidin, metil linoleat, asam oleat dan vitexin dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Simulasi dinamika molekuler dilakukan selama 20 ns. Selain itu, analisis toksikologi dan farmakologi (ADMET) dilakukan untuk setiap ligan. Hasil simulasi ini dibandingkan dengan ligan kontrol quercetin yang sudah terbukti memiliki interaksi yang baik dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Hasil prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan baik untuk dijadikan obat, kecuali metil linoleat dan asam oleat. Simulasi penambatan molekuler menunjukkan procyanidin serta vitexin memiliki skor penambatan dan binding energy paling baik. Hasil dinamika molekuler juga membuktikan procyanidin, vitexin dan quercetin memiliki nilai RMSD dan RMSF paling baik dan menunjukkan interaksi paling stabil dan kompleks dengan protein target. Sehingga, secara keseluruhan, procyanidin dan vitexin berpotensi untuk menjadi inhibitor Mpro SARS-CoV-2.
COVID-19 that spread across the globe at the end of 2019 is caused by the SARS-CoV-2. This virus attacks human respiratory cell. Until now, there is no efficacious drug to treat this disease. This sudy discusses molecular docking and molecular dynamics simulations of four herbal compounds from Anredera cordifolia (binahong), which are procyanidin, methyl linoleate, oleic acid, as well as vitexin with Mpro SARS-CoV-2 as the protein target. The molecular dynamics simulations were carried out for 20 ns. In addition, toxicological and pharmacological analyses (ADMET) were performed for each ligand. The results were compared to quercetin as the control ligand, which has been shown to have good interaction with the protein target. ADMET prediction results show that all ligands are good for use as drugs, except methyl linoleic and oleic acid. Molecular docking simulation results show that procyanidin and vitexin have the docking scores and binding energy scores. The results of molecular dynamics also prove that procyanidin, vitexin and quercetin have the best RMSD and RMSF values ​​and show the most stable as well as complex interactions with target proteins. Thus, procyanidin and vitexin have the potential to be Mpro SARS-CoV-2 inhibitors."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fairuz Andini Fatiningtyas
Uji In Silico dan In Vitro Penghambatan Ekstrak Senyawa Herbal terhadap Aktivitas Papain-Like Protease (PLpro) Rekombinan dari SARS-CoV-2 = In Silico dan In Vitro Assay of Herbal Extract Chemicals Against the Activity of Recombinant SARS-CoV-2 Papain-Like Protease (PLpro)
"COVID-19 yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) menjadi pandemi di seluruh dunia pada 2020 hingga 2022. Dari agen terapi yang direkomendasikan, nirmatrelvir dan ritonavir aktif bekerja langsung menargetkan virus. Kemudian berkembang berbagai peluang pengembangan obat yang menargetkan virus secara langsung, dan salah satu target yang menarik adalah papain-like protease (PLpro), yaitu proein yang berperan penting dalam replikasi virus. Beberapa bahan alam yang berpotensi diteliti aktivitas penghambatannya terhadap PLpro adalah bunga telang (Clitoria ternatea), daun belimbing manis (Averrhoa carambola L.), dan jamblang (Syzygium cumini). Tujuan dari penelitian ini ialah memprediksi aktivitas penghambatan PLpro kandungan bunga telang (Clitoria ternatea), daun belimbing manis (Averrhoa carambola L.), dan jamblang (Syzygium cumini) yang dilakukan dengan metode penambatan molekul (molecular docking) secara in silico, dan dilanjutkan dengan uji in vitro. Metode penambatan molekul divalidasi dengan metode redocking dan didapatkan nilai RMSD 0,728 Å yang berarti metode valid (RMSD<2,0 Å). Uji penambatan molekul ketiga tanaman tersebut menunjukkan hasil adanya kandungan senyawa yang berpotensi untuk menghambat aktivitas PLpro. Ligan dengan nilai afinitas ikatan ternegatif dari masing-masing tanaman adalah asam folat (jamblang) dengan nilai -8,3 kcal/mol; petunidin 3-glucoside (telang) dengan nilai -7,1 kcal/mol; dan (-)-Epicatechin 3-O-gallate (belimbing manis) dengan nilai -8,6 kcal/mol. Hasil uji in silico dikonfirmasi dengan uji in vitro yang dilakukan dengan fluorescence-based inhibitory assay menggunakan PLpro sebagai protein target, substrat Z-RLRGG-AMC, serta inhibitor kontrol GRL0617. Hasil uji in vitro mendapatkan nilai IC50 GRL0617 3,38 μM. Ekstrak herbal dengan persentase inhibisi terbaik adalah ekstrak tunggal jamblang dengan nilai 66,10%.
COVID-19 caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus became the cause of the global pandemic from 2020 until 2022. Among currently recommended therapeutic agents, nirmatrelvir and ritonavir actively works by directly targeting the virus. This leads to various opportunities for developing drugs that acts directly on the structure of the virus. One interesting target for such drugs is the papain-like protease (PLpro) which is a protein that plays a significant role in viral replication. Several natural sources which has potential for their inhibitory activity against PLpro to be studied are butterfly pea (Clitoria ternatea), star fruit (Averrhoa carambola L.) and Java plum (Syzygium cumini). This study aimed to predict the inhibitory activity against PLpro possessed by the chemical contents of butterfly pea (Clitoria ternatea), star fruit (Averrhoa carambola L.) and Java plum (Syzygium cumini) through molecular docking and in vitro assay. Prediction of inhibitory activity against PLpro was done using molecular docking. The molecular docking method was validated using redocking method and RMSD score of 0.728 Å was received. This indicated that the docking method was valid (RMSD<2.0 Å). Molecular docking result showed that all three plants contain chemicals that have potential to inhibit PLpro activity. Ligands with the lowest binding affinity from each plant are folic acid (Java plum) with a score of -8.3 kcal/mol; petunidin 3-glucoside (butterfly pea) with -7.1 kcal/mol; and (-)-Epicatechin 3-O-gallate (star fruit) with -8.6 kcal/mol. Results from in silico study were then confirmed through in vitro assay using fluorescence-based inhibitory assay using PLpro as target protein, Z-RLRGG-ACM as the substrate and GRL0617 as the control inhibitor. IC50 concentration result of GRL0617 was 3,38 μM. Herbal extract with the best inhibition percentage was found to be Java plum with an inhibition percentage of 66.10%."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ahmad Fariz
Pengaruh Tipe-Tipe Deskriptor pada Pembelajaran Mesin terhadap Akurasi Prediksi Nilai Penambatan Senyawa-Senyawa Flavonoid Terhadap Virus SARS-CoV-2 = Effect of Molecular Descriptors in Machine Learning on Prediction Accuracy of Docking Score in Bioflavonoid Compounds on SARS-CoV-2
"SARS-CoV-2 adalah virus yang menyebabkan pandemi COVID-19 pada 2019 kemarin. Hingga saat ini, belum ditemukan obat yang efektif dalam mengobati penyakit COVID-19. Senyawa flavonoid memiliki banyak khasiat salah satunya inhibitor virus. Hanya saja dengan banyak senyawa flavonoid menyebabkan pencarian senyawa dapat menghabiskan banyak waktu dan sumber daya untuk dilakukan pengujian berdasarkan in-vitro dan in-vivo, sehingga digunakanlah metode in-silico. Salah satu metode in-silico yang umum digunakan adalah penambatan molekuler. Akan tetapi proses penambatan molekuler ini juga masih memakan kekuatan komputasi yang tinggi. Pada Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode prediksi nilai penambatan molekuler dari senyawa flavonoid terhadap protein target SARS-CoV-2 menggunakan model pembelajaran mesin. Model yang dikembangkan yakni K-Nearest Neighbor, ExtraTrees, Gradient Boosting, dan Artificial Neural Network. Dalam penelitian ini, dibandingkan dua jenis input model, yaitu SMILES dan Alvadesc deskriptor, untuk memprediksi interaksi antara senyawa flavonoid dan protein target SARS-CoV-2. Hasil penelitian menunjukkan deskriptor AlvaDesc memiliki akurasi yang lebih tinggi dan waktu pengembangan yang lebih singkat dibandingkan dengan deskriptor SMILES.
SARS-CoV-2, the virus responsible for the COVID-19 pandemic in 2019, has not yet been effectively treated with any drug. Flavonoid compounds exhibit various properties one of it is virus inhibition. However, the search for effective compounds requires extensive time and resources due to the need for in-vitro and in-vivo testing. To expedite this process, the in-silico method, particularly molecular docking, is commonly employed. Nevertheless, molecular docking itself is time-consuming and computationally demanding. Therefore, this study aims to develop a method for predicting the molecular binding affinity of flavonoid compounds to SARS-CoV-2 target proteins using machine learning and deep learning models. Two types of input model, namely SMILES and AlvaDesc descriptors, were compared to predict the interactions between flavonoid compounds and SARS-CoV-2 target proteins. The results indicate that the AlvaDesc descriptor achieves higher accuracy and shorter development time compared to the SMILES descriptor."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Lia Kusuma Dewi
Pemodelan In silico Senyawa dalam Propolis Tetragonula sapiens yang Berpotensi sebagai Inhibitor Protease Utama dan Protein Spike SARS-CoV-2 = In silico Modelling of Tetragonula sapiens Propolis Compounds Potential as an Inhibitor of SARS-CoV-2 Main Protease and Spike Protein
"COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi isu global dan menimbulkan kasus infeksi dan korban jiwa diseluruh dunia. Penemuan obat sangat diperlukan untuk menghambat infeksi virus dan dampak yang ditimbulkannya. Namun, penelitian dan pengembangan molekul obat baru membutuhkan waktu yang sangat lama dan memakan biaya yang sangat besar.  Studi in silico merupakan salah satu alternatif solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut. Dalam penelitian ini, uji in silico dilakukan untuk menentukan interaksi antara senyawa propolis dengan protease utama serta protein spike SARS-CoV-2 sebagai protein target. Protease utama berperan dalam replikasi virus sementara protein spike berperan penting dalam proses invasi virus ke dalam sel.  Kedua protein ini dijadikan target pengembangan obat dengan mencari inhibitor keduanya melalui proses penambatan molekuler terhadap 20 senyawa bioaktif propolis yang berasal dari lebah tanpa sengat Tetragonula sapiens. Senyawa propolis yang digunakan yaitu senyawa yang memenuhi aturan Lipinski’s Rule of Five. Adapun piranti lunak utama yang digunakan dalam metode penambatan molekuler pada penelitian ini yaitu AutoDock Vina. Hasil simulasi penambatan molekuler menunjukkan senyawa propolis yang berpotensi menghambat aktivitas protease utama adalah Sulabiroins A, Broussoflavonol F dan (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone dengan nilai penambatan masing-masing sebesar -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol. Sementara itu, Broussoflavonol F dan Glyasperin A merupakan senyawa propolis yang menunjukkan aktivitas inhibis terkuat terhadap protein spike SARS-CoV-2 dengan energi ikatan masing-masing sebesar -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Senyawa-senyawa propolis tersebut juga terbukti dapat berikatan dengan asam amino kunci pada sisi aktif protein target sehingga berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai kandidat obat COVID-19.
COVID-19 caused by SARS-CoV-2 is a global health issue and resulting in morbidity and mortality across the world. There is an urgent need to find the treatments to inhibit the virus infections and its consequences. However, research and development of new drug molecules takes years and is very expensive. In silico research is an alternative solution to overcome these problems. Here we conducted in silico study to examine the interaction between propolis compounds with SARS-CoV-2 main protease and spike protein as target proteins. Main protease is responsible for the virus replication while spike protein mediates viral entry. Their important roles makes it an interesting target for developing SARS-CoV-2 potential drugs by developing the inhibitor using molecular docking toward 20 propolis active compounds from Tetragonula sapiens. Those propolis compounds then selected based on Lipinski’s Rule of Five (Lipinski’s RO5). The main software that used to conduct molecular docking in this research are AutoDock Vina. Docking results showed that propolis compound which has the high potential to inhibit SARS-CoV-2 main protease activity was Sulabiroins A, following by broussoflavonol F and (2S)-5,7-dihydroxy-4'-methoxy-8-prenylflavanone with docking score -8.1, -7.9, dan -7.9 kcal/mol, respectively. Broussoflavonol F and Glyasperin A were the most promising compounds that showed inhibition activity towards SARS-CoV-2 spike protein with binding affinity  -7.6 dan -7.3 kcal/mol. Those compounds were able to bind with the key residu on the active site of the target protein so that they could be potential to be further developed as COVID-19 drug candidates."
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>