Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Andrografolida telah terbukti memiliki efek kardioproteksi, namun masih belum diketahui mekanismenya. Penelitian ini bertujuan untuk melihat mekanisme dari andrografolida pada tikus dengan kardiotoksisitas doksorubisin, fokus pada biogenesis mitokondria. Tikus Sprague-Dawley jantan sebanyak 24 ekor dibagi secara acak menjadi empat kelompok: Normal (N); dosis kumulatif doksorubisin 16 mg/kgBB i.p. (Dox); Dox 16 mg/kgBB + andrografolida 30 mg/kgBB (Dox+And30); dan Dox 16 mg/kgBB + andrografolida 60 mg/kgBB (Dox+And60). Gejala toksisitas dan berat badan dicatat setiap harinya. Dianalisis ekspresi NF-κB dengan metode Western Blot, bersamaan dengan ekspresi dari PGC-1α dan TFAM dengan metode qRT-PCR dan pewarnaab HE pada jaringan jantung. Diamati bahwa doksorubisin menurunkan aktivitas LDH dan CKMB, dan lebih lanjut menurunkan ekspresi PGC-1α dan TFAM, dengan penurunan pada intesitas pita NF-κB. Pemberian bersama dengan andrografolida mengurangi efek tersebut. Selain itu, analisis histopatologi dari jaringan jantung menunjukkan perbaikan. Temuan ini menunjukkan andrografolida memiliki potensi kardioporteksi setidaknya dalam bagian melalui peningkatan fungsi mitokondria.

---

Andrographolide has been proved to exert cardioprotective effects, but little is known about its mechanism. This study aimed to assess the mechanism of andrographolide in rats with doxorubicin cardiotoxicity, focus on mitochondrial biogenesis. Twenty-four male rat Sprague-Dawley were randomized into: Normal (N); doxorubicin 16 mg/kg BW i.p. (Dox); Dox 16 mg/kgBW+andrographolide 30 mg/kg BW (Dox+And30); Dox 16 mg/kg BW+andrographolide 60 mg/kg (Dox+And60). We analyzed the expression of NF-κB by Western Blotting method, along with mRNA expression of PGC-1α and TFAM by qRT-PCR method, and HE staining of heart tissues. We observed that doxorubicin enhanced LDH and CK-MB activities, and further decreased the expression of PGC-1α and TFAM with decreased the intensity of NF-κB band. Co-treatment with andrographolide ameliorated those effects. In addition, the histopathology feature of heart tissues were also improved. These findings showed that andrographolide has a cardioprotective effect at least in part through augmentation of mitochondrial function."

"Mitokondria merupakan organel yang memetabolisme besi secara ekstensif, sehingga menjadi target kerusakan yang diinduksi besi pada kondisi hemosiderosis. Produksi reactive oxygen species (ROS) yang tinggi di mitokondria dapat lebih meningkat saat ada besi bebas yang kemudian memicu reaksi Fenton. Produksi ROS yang tinggi dapat menyebabkan stres oksidatif, sehingga regulasi konsentrasi besi harus diatur dengan ketat. Phaleria macrocarpa diketahui mengandung senyawa aktif mangiferin yang telah terbukti memiliki aktivitas kelasi besi, namun belum diketahui apakah dapat bekerja di mitokondria. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas ekstrak etanol buah Phaleria macrocarpa dalam melindungi mitokondria hati dari kerusakan akibat besi dan kaitannya dengan transporter influks dan efluks besi di hati tikus model hemosiderosis. Penelitian ini menggunakan organ hati tersimpan dari tikus Sprague-Dawleyjantan sebanyak 30 ekor yang dibagi secara acak ke dalam 6 kelompok, yaitu normal (N) dan kelompok hemosiderosis tanpa terapi (Fe), diterapi deferiprone 462,5 mg/kgBB (Fe+DFP), mangiferin 50 mg/kgBB (Fe+M), serta ekstrak etanol buah Phaleria macrocarpa dosis 100 mg/kgBB (Fe+PM100) dan 200 mg/kgBB (Fe+PM200). Dilakukan analisis kadar MnSOD, copy number mtDNA, dan analisis ekspresi mRNA DMT1, ZIP14, MFRN1, MFRN2, ABCB7, dan ABCB8 yang dilaporkan berperan dalam transpor besi ke dalam sel dan mitokondria. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak Phaleria macrocarpa memengaruhi ekspresi gen transporter besi namun tidak dapat memperbaiki penanda kerusakan mitokondria pada organ hati hemosiderosis.

---

Mitochondria are organelles that metabolize iron extensively, making them targets for iron-induced damage. The high production of reactive oxygen species (ROS) in mitochondria can be further increased when there is free iron which then triggers the Fenton reaction. High ROS production can cause oxidative stress, so iron concentration regulation must be strictly regulated. Phaleria macrocarpa is known to contain the active compound mangiferin which has been shown to have iron chelation activity, but it is not yet known whether it can work in mitochondria. This study aims to determine the effectiveness of the ethanol extract of Phaleria macrocarpa fruit in protecting liver mitochondria from iron-induced damage and its relation to iron influx and efflux transporters in the liver of hemosiderosis rat models. This study used stored liver organs from 30 male Sprague-Dawley rats which were randomly divided into 6 groups, namely normal (N) and hemosiderosis groups without therapy (Fe), treated with deferiprone 462.5 mg/kgBW (Fe+DFP), mangiferin 50 mg/kgBW (Fe+M), and Phaleria macrocarpa fruit ethanolic extract at a dose of 100 mg/kgBW (Fe+PM100) and 200 mg/kgBW (Fe+PM200). Analysis of MnSOD levels, mtDNA copy number, and analysis of relative mRNA expression of DMT1, ZIP14, MFRN1, MFRN2, ABCB7, and ABCB8 were performed which were reported to play a role in iron transport into cells and mitochondria. The results showed that Phaleria macrocarpa extract has the potential to modulate the expression of iron transporter genes but was not able to ameliorate the mitochondrial damage marker in hemosiderosis liver."

"Kurkumin merupakan senyawa aktif utama dari berbagai Curcuma species. Sudah sejak lama rimpang berbagai Curcuma species seperti Curcuma Longa dan Curcuma xantharrhiza digunakan untuk pengobatan tradisional penyakit hati di Indonesia. Kemampuan kurkumin untuk bekerja sebagai hepatoprotektor telah diteliti secara in vitral dan in vivo. Kurkumin merupakan scavenger radikal bebas oksigen, seperti radikal anion superoksida, radikal hidroksil, dan radikal nitrogen dioksida. Aktifitas antioksidannya ditunjukkan dengan kemampuannya untuk menghambat peroksidasi lipid dalam homogenat otak tikus dan mikrosom hati tikus, serta mencegah deplesi kandungan -SH sel yang ditimbulkan akibat pemberian besi dan butilhidroperoksida tersier. Aktifitas antioksidan kurkumin tersebut dapat memegang peranan penting dalam kemampuannya sebagai hepatoprotektor. Untuk mengerti mekanisme proteksi kurkumin. perlu mengetahui pada tahap manakah proses yang menyebabkan kematian sel dapat dipengaruhi. Walaupun sempat diabaikan cukup lama, saat ini nampaknya mitokondria mempunyai peranan penting dalam kematian sel. baik dalam fisiologi maupun patologi. Akhir-akhir ini perhatian ditujukan pada kemungkinan peranan radikal bebas pada sejumlah penyakit termasuk penyakit hati. Oleh karena itu. penelitian ini dilakukan untuk meneliti efek kurkumin terhadap kerusakan oksidatif mitokondria hati tikus yang terisolasi yang diinduksi oleh butilhidroperoksida tarsier. suatu hidroperoksida organik yang sering digunakan untuk mempelajari stres oksidatif. Efek proteksi kurkurmin di nilai dari hambatannya terhadap swelling mitokondria. kegagalan potensial transmembran mitokondria dan perubahan pola protein mitokondria. Swelling mitokondria diikuti menggunakan spektrofotometer dengan mengukur penurunan absorbans pada 520 nm. Potensial transmembran mitokondria diamati menggunakan spektrofotometer pada dua panjang gelombang yang dinilai dari pergeseran panjang gelombang maksimum dan penurunan absorbans safranin O. yaitu dengan mengukur absorbans pada 516 nm dikurangi absorbans pada 495 nm. Pola protein mitokondria dinilai secara elektroforesis menggunakan SOS-PAGE. Hasil penelitian menunjukkan bahwa butilhidroperoksida tersier menyebabkan kerusakan mitokondria yang dinilai dengan adanya swelling mitokondria; kegagalan potensial transmembran mitokondria dan perubahan pola protein mitokondria yang diamati berupa pembentukan agregat protein dengan berat molekul tinggi dan berkurangnya jumlah kandungan protein pada pita 116 kD sebagai akibat ikatan silang thiol. Kurkumin 2500 µM hampir sempurna mencegah swelling mitokondria dan menghasilkan 85 % proteksi. sementara itu 79 % proteksi terhadap kegagalan potensial transmembran dicapai dengan penambahan kurkumin 250 uM. Kurkumin 3500 uM menghambat pembentukan agregat protein dengan berat molekul tinggi dan menghambat penurunan jumlah protein dengan berat molekul mendekati 116 kD. sebagai akibat adanya hambatan terhadap pembentukan ikatan silang thiol. Hal ini menunjukkan bahwa kurkumin memberikan proteksi terhadap kerusakan Kati oksidatif pada tahap organel mitokondria.

---

The Protective Effects of Curcumin on Swelling, Collapse of Transmembrane Potential, and Alterations of Protein Pattern of Rat Liver Mitochondria Induced by Tert-ButylhydroperoxideCurcumin is a major active compound of several Curcuma species. Many years ago the rhizomes of various Curcuma species like Curcuma Longa and Curcuma xanthorrrizha are used for hepatic diseases in Indonesian traditional medicine. The potential of curcumin to act as hepatoprotector agent has been demonstrated in vitro and in vivo. Curcumin appears to be a potent scavenger of oxygen free radicals, such as super oxide anion radicals. hydroxyl radicals and nitrogen dioxide radicals. Its antioxidant activity has been shown by its capacity to inhibit lipid peroxidation in rat brain homogenates and rat liver microsomes, and by its ability to prevent the depletion of cellular -SH content by iron and tert-butylhydroperoxide. This antioxidant activity of curcumin may play an important role in its hepatoprotective ability. In order to understand the mechanism by which curcumin exerts its protective activity, it is important to know at which levels the process leading to cell death can be influenced. Although neglected for many years. it appears now that mitochondria have a major role on cell death, in both physiology and pathology. Current interest has focused on the possible role of free radicals in a wide range of diseases including hepatic diseases. Therefore, the present study was undertaken to investigate the effect of curcumin on oxidative damage of isolated rat liver mitochondria induced by tert-butylhydroperoxide. an organic hydroperoxide used frequently for studying oxidative stress. The protective effect of curcumin was assessed by studying its ability to inhibit mitochondrial swelling. collapse of mitochondrial Trans membrane potential and alterations of mitochondrial protein pattern. Mitochondrial swelling was followed using spectrophotometer by measuring the decrease of absorbance at 320 rim. Mitochondria] trans membrane potential was observed using a dual-wavelength spectrophotometer by measuring the absorbance of safranin 0 at 316 nm and at 495 nm showing a shift of the maximum wavelength of safranin O and the decrease of its absorbance. Mitochondrial protein pattern was assessed electrophoretically by using SDS-PAGE. The present study showed that tert-butylhydroperoxide caused mitochondrial damage as indicated by mitochondrial swelling, collapse of mitochondrial trans membrane potential. and alterations of protein pattern which were observed as the formation of high molecular mass protein aggregates and the decrease in protein content of 116 kD band due to thiol cross-linking. Curcumin at a concentration of 2500 uM almost completely prevented mitochondrial swelling providing 85 % protection. while 79 % protection against collapse of trans membrane potential was achieved with the addition of 250 uM curcumin. Curcumin at a concentration of 3500 uM inhibited the production of high molecular weight protein aggregates and the decrease of protein with molecular mass close to 116 kD due to inhibition of thiol cross-linking. This indicates that curcumin at concentrations of 250 uM - 3500 uM provided protection against oxidative liver damage at mitochondrial organelle level."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Preeklampsia adalah salah satu komplikasi kehamilan yang paling sering ditemukan dan berakibat serius bagi ibu dan janin, dengan angka kejadian mencapai 5,8% pada kehamilan pertama dan 0,4% pada kehamilan kedua. Faktor penyebab preeklampsia belum diketahui, namun diyakini bahwa dasar gangguan preeklampsia terjadi pada plasenta dan ada indikasi keterlibatan faktor genetik yang bersifat poligenik. Keterlibatan DNA mitokondria (mtDNA) pada preeklampsia terlihat dari: (a) pola penurunannya yang cenderung bersifat maternal (b) insidennya tinggi pada beberapa keluarga dengan riwayat penyakit mitokondria [Torbergsen et al, 1989] (c) adanya penurunan aktivitas enzim sitokrom c oksidase (komplek enzim IV rantai respirasi mitokondria) pada jaringan plasenta penderita preeklampsia [Matsubara et al, 1997]. Penelitian ini secara umum dimaksudkan untuk mencari bukti-bukti yang lebih kuat tentang peran mitokondria dalam patogenesis preeklampsia. Tujuan khusus penelitian ini adalah untuk menjawab pertanyaan: (l) apakah mutasi titik mtDNA A3243G dan A12308G yang telah ditemukan pada keluarga di Finlandia dapat ditemukan juga pada penderita preeklampsia di Indonesia, (2) apakah terdapat kelainan fungsi enzim rantai respirasi pada preeklampsia (3) bagaimana prevalensi polimorfisme T16189C pada penderita preeklampsia dan kontrol di Indonesia (4) apakah latar belakang genetik mtDNA di populasi Indonesia berperan pada manifestasi klinik preeklampsia. Deteksi mutasi dan analisis latar belakang genetik mtDNA dilakukan dengan teknik PCR-RFLP. Teknik spektra heme digunakan untuk mengetahui konsentrasi sitokrom aa3, b dan cci dalam komplek-komplek enzim mitokondria.Hasil dan Kesimpulan: Mutasi mtDNA A3243G dan A 12308G tidak ditemukan pada kelompok preeklampsia maupun kontrol. Ini memperkuat dugaan bahwa mutasi A3243G memang tidak spesifik untuk populasi Indonesia Hasil pengukuran spektra heme menunjukkan konsentrasi sitokrom b pada kelompok preeklampsia secara nyata lebih rendah dari kelompok kontrol. Prevalensi polimorfisme T16189C cenderung lebih tinggi pada kelompok preeklampsia. Konsentrasi sitokrom b pada penderita preeklampsia dengan polimorfisme T16189C, lebih rendah dari pada kontrol dengan polimorfisme yang sama, sedangkan kadar sitokrom b pada kelompok preeklampsia dan kontrol tanpa polimorfisme ini ternyata tidak berbeda. Sebaran haplogrup mtDNA pada kedua kelompok cukup merata, haplogrup B proporsinya hampir dua kali Iebih tinggi pada kelompok preeklampsia, sebaliknya haplogrup M Iebih banyak ditemukan pada kontrol, namun tampaknya variasi pada latar belakang genetik mtDNA ini tidak mempengaruhi manifestasi penyakit preeklampsia pada populasi Indonesia."

"ABSTRAKRuang Lingkup dan Metode Penelitian : Mitokondria mempunyai fungsi sangat penting dalam menyediakan energi yang diperlukan sel untuk fungsi normalnya. Energi sel yang berupa adenosine triphosphate (ATP) dibentuk melalui proses fosforilasi oksidatif. Di dalam organel ini terdapat DNA mitokondria (mtDNA) yang bertanggung jawab dalam proses fosforilasi oksidatif mtDNA per mitokondria pada dasarnya tetap dalam semua tipe set, tetapi jumlah mtDNA dalam tiap sel somatik manusia sangat bervariasi pada sel yang berbeda. Dewasa ini analisis kuantitatif DNA mempunyai peranan penting dalam penelitian biologi dan aplikasi klinis. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan teknik PCR kuantitatif dengan standar internal yang dapat dipercaya, efektif, dan akurat, untuk kuantitasi jumlah salinan mtDNA pada berbagai jaringan manusia. Dalam metode penelitian ini, dilakukan konstruksi standar internal dengan mengamplifikasi fragmen DNA menggunakan primer L8655 dan H10952* (2298 pb). Juga dilakukan konstruksi standar normal dengan mengamplifikasi fragmen DNA pada daerah yang berada di dalam fragmen standar internal. Standar internal dan standar normal diklon di dalam bakteri Lscherichia coli. Reliabilitas standar internal diuji dengan mengkoamplifikasi standar internal dan standar normal menggunakan primer L10348 dan H 10943 pada daerah gen yang menyandi subunit tRNAArg, ND4L, dan ND4. Penelitian dilakukan pada sampel jaringan otopsi dari lima orang mayat dengan jumlah masing-masing 15 jaringan. Kuantitasi mtDNA berbagai jaringan dilakukan dengan mengkoamplifikasi cetakan standar internal di atas dan cetakan DNA target menggunakan primer L10348 dan H10943 (596 pb). Hasil amplifikasi didigesti dengan enzim restriksi Bgl I, selanjutnya dipisahkan secara elektroforesis, direkam pada foto hitam putih dan dianalisis menggunakan densitometer. Hasil analisis kuantitatif mtDNA dari berbagai jaringan manusia akan bermanfaat untuk mengetahui peranan variasi jumlah salinan mtDNA terhadap kapasitas jaringan dalam proses fosforilasi oksidatif dan akan memberikan referensi penting untuk penelitian lebih lanjut niengenai berbagai macam penyakit akibat mutasi mtDNA.Hasil dan Kesimpulan : Hasil uji reliabilitas standar internal memberikan rata-rata hasil akhir sebesar 1,05 ng dari konsentrasi standar normal awal 1 ng (sebelum diamplifikasi). Dari hasil tersebut menunjuukan bahwa teknik PCR kuantitatif dengan standar internal merupakan teknik yang akurat dan efisien. Dari hasil penelitian yang relatif awal menggunakan teknik PCR kuantitatif dengan standar internal menunjukkan indikasi bahwa jumlah salinan mtDNA pada jaringan ginjal, jantung, serebelum, hati, basal ganglia, dan kortek serebri lebih banyak dari jaringan yang lain. Hal ini sesuai dengan fungsi metabolisme energi yang tinggi dari jaringan tersebut."

"Penilaian morfokinetik embrio dipakai untuk seleksi embrio. Penelitian cohort ini bertujuan untuk evaluasi hubungan antara jumlah salinan mtDNA di cumulus granulosa cells (CGCs) dengan parameter morfokinetik embrio dan status kromosom. Perhitungan jumlah salinan mtDNA menggunakan real-time PCR pada 129 sample CGCs dari 30 pasien yang mengikuti program IVF-IMSI di Morula IVF Jakarta antara Juli-Oktober 2020. Hubungan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan semua parameter menggunakan analisa bivariate dan multiple. Terdapat hubungan signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan pencapaian blastokista setelah dikontrol variabel usia maternal dan morfologi sperma (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). Hubungan signifikan pada jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan fase awal perkembangan embrio M1 (t2-t8), dengan persamaan M1 adalah 5.702-0.271 jumlah salinan mtDNA di CGCs + 0.017 usia maternal + 0.013 motilitas sperma – 0.115 morfologi sperma (p-value = 0.032). Ditemukan hubungan tidak signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan parameter morfokinetik lainnya (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN dengan P> 0.05), serta dengan status kromosom embrio (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). Penelitian ini menunjukkan bahwa jumlah salinan mtDNA di CGCs merupakan biomarker untuk memprediksi pencapaian blastokista dan fase awal perkembangan embrio, tetapi tidak status kromosom.

---

This cohort study evaluates the association between the mtDNA copy number in cumulus granulosa cells (CGCs) with embryo morphokinetic parameters and chromosomal status. mtDNA copy number of 129 CGCs from 30 patients undergoing the IVF-IMSI program at Morula IVF Jakarta between July-October 2020 were analyzed using real-time PCR. Bivariate and multiple analyses were conducted to see its relationship with all parameters. There was a significant correlation between the mtDNA copy number and the blastocyst after adjusting the maternal age and sperm morphology (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). A significant link was observed between mtDNA copy number in CGCs and early embryo developmental phase M1 (t2-t8), with the equation of M1 is 5.702 - 0.271 mtDNA copy number of CGCs + 0.017 maternal age + 0.013 sperm motility -0.115 sperm morphology (p-value = 0.032). No correlation was found between the mtDNA copy number in CGCs with the other morphokinetic parameters (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN with p> 0.05), and the chromosomal status (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). mtDNA copy number in CGCs can serve as a useful biomarker for blastocyst status and early embryo developmental phase but not for chromosomal status."

"ABSTRAKMicrohyla heymonsi merupakan spesies yang memiliki distribusi sangat luas, mulai dari Taiwan, China, India, Indochina, Semenanjung Malaysia, hingga Sumatra. Spesies dengan distribusi sangat luas seringkali mengandung spesies kriptik akibat pemisahan goegrafis sehingga terjadi isolasi reproduksi, mutasi gen, dan evolusi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan filogenetik antara spesies M. heymonsi dari Sumatra dan luar Sumatra, serta nilai jarak genetik antara kedua kelompok spesies tersebut. Nilai jarak genetik yang digunakan sebagai batas pembeda spesies adalah 3. Sekuens DNA didapatkan melalui proses DNA Barcoding dan kemudian dilakukan studi filogenetik melalui analisis Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean, Neighbourhood Joining, Maximum Likelihood, dan Bayesian Inference. Hasil menunjukkan bahwa spesies M. heymonsi dari Sumatra membentuk satu clade besar tersendiri pada pohon filogeni dari semua metode analisis dengan didukung nilai bootstrap yang signifikan. Nilai jarak genetik antara M. heymonsi Sumatra dengan M. heymonsi Singapura dan Malaysia masih di bawah 3. Nilai jarak genetik antara M. heymonsi Sumatra dengan M. heymonsi Thailand, Myanmar, Vietnam, dan China telah melebihi angka 3.

---

ABSTRACTAbstract Microhyla heymonsi is a species that has very wide distribution, ranging from Taiwan, China, India, Indochina, Peninsular Malaysia, to Sumatra. Species with a very wide distribution often contain cryptic species due to the geographical barrier resulting in reproductive isolation, gene mutation, and evolution. This study aims to determine the phylogenetic relationship between M. heymonsi species from Sumatra and outside Sumatra, as well as the value of genetic distance between the two groups of species. The genetic distance threshold as a species delimitation is 3. DNA sequences were obtained through the process of DNA barcoding and then phylogenetic studies were performed through analysis of Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean, Neighborhood Joining, Maximum Likelihood, and Bayesian Inference. The results show that the M. heymonsi species from Sumatra form a large single clade on the phylogenetic tree of all analytical methods with significant bootstrap values. The genetic distance value of M. heymonsi Sumatra with M. heymonsi Singapore and Malaysia is still below 3. The genetic distance values between M. heymonsi Sumatra and M. heymonsi Thailand, Myanmar, Vietnam and China have exceeded 3. "

"This is the definitive, one-stop resource on preclinical drug evaluation for potential mitochondrial toxicity, addressing the issue upfront in the drug development process. It discusses mitochondrial impairment to organs, skeletal muscle, and nervous systems and details methodologies used to assess mitochondria function. It covers both in vitro and in vivo methods for analysis and includes the latest models. "

"Identifikasi Pneumocystis jirovecii pada pasien dengan koinfeksi tuberkulosis (TB) paru masih menjadi tantangan karena gambaran klinis maupun radiologis keduanya yang mirip dan P. jirovecii tidak dapat dikultur. Identifikasi P. jirovecii di Indonesia masih berdasarkan pemeriksaan mikroskopik yang seringkali kurang sensitif. Oleh karena itu, dikembangkan teknik real time PCR yang lebih sensitif dan spesifik dengan gen target mitochondrial large subunit (mtLSU) dan mitochondrial small subunit (mtSSU) rRNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi deteksi gen mitochondrial large dan small subunit rRNA dalam mengidentifikasi P. jirovecii pada pasien terkait TB paru. Penelitian ini menggunakan 26 sampel sputum pasien terkait TB paru. Optimasi teknik real time PCR berupa optimasi konsentrasi primer, probe, suhu penempelan, volume cetakan DNA dan uji reaksi silang dilakukan untuk mendapatkan kondisi yang optimal dalam amplifikasi gen mtLSU dan mtSSU rRNA. Hasil penelitian menunjukkan hasil optimasi deteksi kedua gen tersebut dapat mengidentifikasi P. jirovecii 1 dari 26 sampel (3,84%). Uji real time PCR yang telah di optimasi dalam penelitian ini dapat mendeteksi P. jirovecii pada sampel klinis pasien terkait TB paru.

---

Identification of Pneumocystis jirovecii in patients with co-infected pulmonary tuberculosis (TB) is still a challenge because the clinical and radiological features of both are similar and P. jirovecii cannot be cultured. Identification of P. jirovecii in Indonesia is still based on microscopic examination which is often less sensitive. Therefore, a more sensitive and specific real time PCR technique was developed with mitochondrial large subunit (mtLSU) and mitochondrial small subunit (mtSSU) rRNA target genes. This study aimed to optimize the detection of mitochondrial large and small subunit rRNA genes to identify P. jirovecii in pulmonary TB-related patients. A total of 26 sputum samples of pulmonary TB-related patients were collected. Real time PCR technique optimization including the optimization of primer and probe concentrations, annealing temperature, DNA template volume and cross-reaction testing, was carried out to obtain optimal conditions for mtLSU and mtSSU rRNA gene amplification.  The results showed that the optimization of detection for both genes could identify P. jirovecii in 1 out of 26 samples (3.84%). The optimized real time PCR test in this study can detect P. jirovecii in clinical samples of pulmonary TB-related patients."

"Maraknya perburuan dan perdagangan ilegal bagian tubuh harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae) telah mengancam populasi satu-satunya harimau endemik Indonesia. Bagian tubuh diduga harimau sumatra hasil perdagangan ilegal sering kali dalam kondisi tidak utuh dan sudah mengalami pemrosesan sehingga menyulitkan identifikasi barang bukti temuan tersebut. Aplikasi biologi molekuler dengan memanfaatkan DNA unik pada harimau sumatra menjadi penting untuk mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan markah Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) daerah gen COI pada sampel forensik harimau sumatra dan mengetahui asal usulnya. Primer spesifik dirancang dalam penelitian ini untuk mendapatkan urutan yang informatif dalam mengidentifikasi sampel forensik. Sampel yang didapatkan terdiri dari kulit, tulang, bubuk tulang, dan gigi yang berasal dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Aceh, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, Taman Nasional Batang Gadis, dan hasil temuan tim forensik dari Garut. Sebanyak 57% sampel berhasil di amplifikasi dan tujuh di antaranya berhasil dilanjutkan ke tahap sequencing. Hasilnya primer yang dirancang berhasil mengidentifikasi seluruh sampel sebagai harimau sumatra, tetapi tidak dapat membedakan asal usul masing-masing sampel. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memaksimalkan penggunaan markah FINS hingga pembentukan haplotipe.

---

The rampant poaching and illegal trading of Sumatran tiger parts (Panthera tigris sumatrae) has threatened the endemic tiger population that is the only one in Indonesia. Body parts suspected to be the result of illegal trade in Sumatran tigers are often incomplete and have undergone processing, making it difficult to identify the evidence found. The application of molecular biology by utilizing the unique DNA in the Sumatran tiger is important to overcome this problem. This study aims to develop Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) markers for the COI gene region in forensic samples of Sumatran tigers and determine their origin. A special primer was designed in this study to obtain an informative sequence in forensic sample identification. The samples obtained consisted of skin, bone, bone powder, and teeth from the Aceh Natural Resources Conservation Agency (BKSDA), Bukit Barisan Selatan National Park, Batang Gadis National Park, and the findings of the forensic team from Garut. around 57% of the total sample was successfully amplified and seven of them were successfully proceed to the sequencing stage. The result was that the designed primer succeeded in identifying all samples as Sumatran tigers, but could not distinguish the origins of each sample. Further studies are needed to maximize the use of FINS markers to haplotype formation."