Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit ini dapat menular melalui cairan yang berasal dari hidung atau mulut penderita. Simulasi penambatan molekul dengan PyRx memprediksi senyawa Teofilin dan Dexamethason dapat berinteraksi baik dengan spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2, dengan ΔGbinding yang diperoleh adalah berturut-turut sebesar -6,3; -7,8; -8,1 kcal/mol melalui nteraksi pada residu Ala348, Arg357 dan Val341. Sehingga dapat disimpulkan bahwa Teofilin dan Dexamethason memiliki potensi untuk dijadikan agen pengenal SARS-CoV 2. Namun simulasi dengan penambatan molekul juga menunjukan bahwa hemagglutinin (HA) H1N1 berpotensi menganggu pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV 2. Hasil studi komputasi ini menjadi acuan untuk pengujian potensi Teofilin dan Dexamethason sebagai agen pengenal SARS-CoV 2 dengan HA H1N1 sebagai uji interferensi. Selanjutnya Studi elektrokimia dengan teknik voltametri siklik menggunakan elektroda boron-doped diamond (BDD) pada Teofilin menunjukkan puncak arus oksidasi pada potensial +0,506 V dan puncak arus reduksi pada potensial -0,5 V. Arus yang dihasilkan linear pada rentang konsentrasi 10 μM sampai 100 μM. Deteksi spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dilakukan dengan melihat penurunan arus oksidasi Teofilin dengan kehadiran spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dan virus kultur SARS- CoV 2 pada waktu optimum 10 menit. Penurunan arus linier pada rentang konsentrasi 1 ng/mL sampai 200 ng/mL. Sedangkan Dexamethason tidak elektroaktif namun pengukuran dengan spektrofotometri UV-Vis menunjukkan puncak absorbansi pada bilangan gelombang 241 nm.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). This disease can be transmitted through droplets from the nose or mouth of the patient. Molecular docking simulation with PyRx predicts Theophylline and Dexamethason compounds can interact well with the spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2, with G_bindings obtained are -6.3, respectively; -7.8; -8.1 kcal/mol via interaction with residues Ala348, Arg357 and Val341. So that theophylline and dexamethason have the potential to be used as SARS-CoV 2 identification agents. However, simulations with molecular docking also show that hemagglutinin (HA) H1N1 has the potential to interfere with the measurement of the SARS-CoV 2 spike glycoprotein with bioactive compounds. The results of this computational study serve as a reference for testing potential Theophylline and Dexamethasone as identification agents for SARS-CoV 2 and HA H1N1 as an interference compound. Furthermore, electrochemical studies using cyclic voltammetry techniques using boron-doped diamond (BDD) electrodes on theophylline showed peak oxidation currents at +0.548  V potential and peak reduction currents at -0.5 V potentials. The resulting currents were linear in the concentration range of 10 M to 100 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 was carried out by observing a decrease in the oxidation current of Theophylline in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 and cultured virus SARS-CoV 2 at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Meanwhile, Dexamethasone is not electroactive, but measurements using UV-Vis spectrophotometry show the absorbance peak at a wave number of 241 nm. This absorbance is linear in the concentration range of 10 M to 200 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 with Dexamethasone was carried out by decreasing absorbance in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2. at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Furthermore, the interference test performed with HA-H1N1 and spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 showed that neither the current in theophylline nor the peak absorption of Dexamethasone changed significantly. These results indicate Theophylline and Dexamethasone are selective against the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 and can be applied as identification agents on the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 sensor."

"Severe acute respiratory syndrome (SARS) merupakan penyakit infeksi pernafasan akut berat yang disebabkan oleh virus korona baru. Virus baru ini dinamakan SARSCoronavirus (SARS-CoV). Mengingat tidak spesifiknya gejala yang ditimbulkan, masih belum adanya obat dan vaksin yang efektif, serta masih adanya kemungkinan berulangnya wabah SARS, maka sistem pendeteksi yang cepat dan akurat sangat diperlukan. Salah satu sistem pendeteksi cepat yang dikembangkan saat ini adalah dengan metode RT-PCR: Keunggulan sistem deteksi dengan RT-PCR adalah, disamping dapat mendeteksi infeksi lebih dini karena RNA virus relatif.mudah ditemukan pada awal infeksi, sistem ini juga dapat mendeteksi tidak hanya SARS-CoV, tapi juga beberapa virus korona yang lain, dengan menggunakan primer yang sama. Hal ini dimungkinkan karena dari beberapa penelitian memperlihatkan bahwa daerah open reading frame (ORF) lb pol merupakan daerah yang sangat lestari pada kelompok virus korona termasuk SARS-CoV. Dalam penelitian ini sudah berhasil disintesis cDNA SARS-QoV yang mengandung daerah lestari pada virus korona. Disamping mengandung daerah yang lestari, daerah di dalam fragmen yang dihasilkan dari produk PCR, juga terdapat daerah yang sangat spesifik untuk SARS-CoV. Selanjutnya DNA SARS-CoV, disisipkan ke plasmid pBluesrcipt®II KS, sehingga berhasil mengkonstruksi plasmid pembawa fragmen DNA SARS CoV yang akan digunakan sebagai pola cetak RNA standar. RNA standar yang dihasilkan dapat digunakan sebagai kontrol positif untuk sistem pendeteksi virus korona dengan metode RT-PCR."

"Latar Belakang : Pasien yang terinfeksi COVID-19 sering menunjukkan gejala pencernaan. Dalam beberapa penelitian telah menemukan RNA SARS CoV-2 dalam spesimen faecal pasien yang terinfeksi. Tujuan : Mengetahui nilai RT-PCR faecal dan membandingkannya dengan RT-PCR naso-orofaring sebagai standar emas pada pasien COVID-19. Metode : Penelitian ini adalah studi deskriptif observasional, mendeteksi partikel virus melalui pemeriksaan RT-PCR pada faecal pasien COVID-19 yang dirawat di rumah sakit. Penelitian dilakukan di Rumah Sakit Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo, Rumah Sakit Mitra Keluarga Depok, Rumah Sakit Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan Rumah Sakit Ciputra, Indonesia. Swab naso-oro-orofaringeal dan spesimen feses dikumpulkan untuk deteksi RNA SARS CoV-2. Hasil : Diperoleh 98 sampel. Dalam penelitian ini memiliki nilai sensitifitas yang rendah (38,10%) juga nilai NPV (20,00%). Namun memiliki spesifisitas tinggi (92,86%) juga nilai PPV (96,97%). Kesimpulan : Penelitian ini menunjukkan bahwa hasil positif pada pemeriksaan RT-PCR faecal  sangat baik digunakan untuk membantu menegakkan diagnosis COVID-19. Namun hasil negatif tidak dapat digunakan untuk menyingkirkan COVID-19. Oleh karena itu, pemeriksaan RT-PCR faecal merupakan tes yang sangat baik sebagai tes konfirmasi COVID-19.  RT-PCR faecal kurang tepat jika digunakan sebagai tes pada awal masuk pasien COVID-19 (screening), RT-PCR swab naso-orofaring masih lebih baik digunakan sebagai standar diagnostik (screening) untuk COVID-19.

---

Background: Patients infected by COVID-19 also show gastrointestinal.  In some studies have found  SARS CoV-2 RNA in faecal specimens of infected patients. Aims: This study will test the performance of faecal reserve transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) when compared with naso-oropharyngeal swab RT-PCR as the gold standard test in COVID-19. Materials and Methods: This is an observational descriptive study by detection viral particle  by  RT-PCR on faecal from patients which suspected or probable cases of hospitalized COVID-19 infection, conducted in Dr. Cipto Mangunkusumo National Hospital, Mitra Keluarga Depok Hospital, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital, Indonesia. Naso-oropharyngeal swab and faecal spesimens were collected for RNA SARS CoV-2 detection. Results: We analized 98 subjects. Sensitivity and specificity of faecal were 38,10% and 92,86%, the positive and negatif predictive value were 96,97% and 20,00%. Conclusion: Faecal specimen has low sensitivity value (38.10%) and NPV (20.00%). However, it has a high specificity (92.86%) and PPV (96.97%). Positive results were very well used to help enforce the diagnosis of COVID-19, but negative results cannot be used to exlude COVID-19. This is an excellent test as a confirmation test of COVID-19, but may not be used as an additional test at beginning of diagnostik COVID-19 patients."

"Severe acute respiratory syndrome (SARS) adalah penyakit infeksi pernafasan akut berat yang disebabkan oleh koronavirus baru, dinamakan SARS-Coronavirus (SARSCoV). Tiga uji diagnostik telah dikembangkan untuk deteksi infeksi SARS-CoV, menggunakan kultur sel, uji serologi, dan molekuler. Ketika wabah SARS dari November 2002 sampai 2003, sebagian besar diagnostik laboratorium menggunakan kultur sel baik untuk isolasi virus maupun produksi protein sebagai antigen untuk uji serologi. Penerapan teknik kultur sel untuk diagnosis infeksi SARS tersebut tidak dapat diterapkan di laboratorium yang tidak memiliki fasilitas BSL 3 (Biosafety Level 3), karena virus dapat ditularkan melalui udara dan jalur transmisi lainnya yang belum sepenuhnya diketahui, sehingga perlu dikembangkan sistem diagnosis yang tidak tergantung pada fasilitas BSL 3, khususnya dalam produksi antigen untuk reaksi serologi. Produksi antigen virus tanpa melalui kultur virus dapat dilakukan dengan menerapkan teknik protein rekombinan dan protein virus yang dipilih sebaiknya bersifat antigenik. Dalam penelitian ini, untuk mendapatkan protein nukleokapsid SARS-CoV, dilakukan insersi dan ekspresi gen nuldeokapsid SARS-CoV pada sistem ekspresi protein fusi tag Gst (pGEX-6P1) sehingga diperoleh vektor rekombinan pGEX-6PI-N. pGEX-6P1-N ditransformasi ke dalam Escherichia coil BL21 untuk ekspresi protein Glutathione-S tarnsferase (Gst)-Nukleokapsid SARS-CoV (Gst-N). Protein fusi Gst-N utuh dengan berat molekul yang sesuai (72,84 kDa) berhasil diekspresikan dalam E. coli BL21 dan dapat dipurifikasi menggunakan sistem yang berdasarkan pada of vitas Gst dengan glutathione."

"The global widespread mortality after the emergence of SARS-CoV-2 infection in China, has become a critical concern all around the world. Convalescent plasma (CP) therapy is one of the methods elevating the survival rate for COVID-19 infection cases. This technique, as a practicable therapy, was used in previous viral outbreaks including influenza, SARS and MERS. In CP therapy, the blood plasma is collected from persons rehabilitated from that specific infection in order to develop a passive immunity in other patients. Therefore, this review aimed to point out the role of CP therapy in aforementioned viral infections and illustrate different factors influencing the efficacy of CP therapy."

"ABSTRACTLatar Belakang: Penyakit demam dengue telah menjadi sebuah isu kesehatan yang mencemaskan di seluruh dunia, terutama di negara-negara berkembang layaknya Indonesia. Sampai saat ini, masih belum ditemukan antivirus yang efektif untuk membasmi virus dengue 1-4 DENV 1-4 . Ekstrak daun Cassia alata telah dikenal karena bahan-bahan dasarnya yang memiliki potensi sebagai antivirus.Tujuan: Penelitian ini dilakukan untuk meneliti efek ekstrak daun Cassia alata terhadap replikasi DENV-2.Metode: Ekstrak Cassia alata dengan beberapa konsentrasi yang berbeda 320 ?g/mL, 160 ?g/mL, 80 ?g/mL, 40 ?g/mL, 20 ?g/mL, dan 10 ?g/mL dengan DMSO 0.1 sebagai kontrol negatif diujikan kepada sel Huh7 yang telah diinfeksi DENV-2 untuk meneliti kemampuan antiviralnya terhadap sel. Viabilitas sel akan dinilai dengan menggunakan MTT assay. Sedangkan persentasi inhibisi virus dievaluasi menggunakan Focus assay dengan melalui prosedur immunostaining.Hasil: Ekstrak Cassia alata pada sel Huh-7 memiliki nilai CC50 32,3 terhadap DENV-2.Kesimpulan : Ekstrak daun Cassia alata terbukti memiliki aktivitas antiviral yang sangat poten ketika diujikan terhadap DENV-2.

---

ABSTRACTBackground Dengue fever has been causing health related issues and distress all around the world, especially in developing countries such as Indonesia. Up to date, there has yet to be an effective antiviral to eliminate Dengue Virus Serotype 2 DENV 2 . Cassia alata leaves extract are known for its rich compounds that are thought to be beneficial as an antiviral.Aim This research is done to evaluate effects of Cassia alata leaf extracts on the replication of dengue virus serotype 2.Methods The Cassia alata extracts were tested upon Huh7 cells that are infected with DENV 2 and various concentrations of the extract 320 g mL, 160 g mL, 80 g mL, 40 g mL, 20 g mL, and 10 g mL were given to treat the cells, with DMSO 0.1 as a negative control. Cell viability was assessed using MTT Assay and the viral inhibition was evaluated using Focus Assay, through immunostaining procedure.Result The extract on Huh 7 cells had a CC50 of "

"Kondisi iklim tropis Indonesia menyebabkan Indonesia menjadi salah satu kontributor kasus infeksi DENV terbanyak. Saat ini diperlukan pengembangan vaksin yang harus didasari oleh studi filognetik virus, khususnya DENV serotipe 2 (DENV-2) yang merupakan DENV serotipe paling dominan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbandingan sekuens dan filogenetik nukleotida Envelope lengkap dengan Domain III. Sejumlah 42 data diambil dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa sekuens whole genome DENV-2. Sekuens tersebut diolah dengan software Genetyx 5.1. Hasil penelitian menunjukan strain Indonesia merupakan genotipe Cosmopolitan. Sedangkan analisis filogenetik Envelope lengkap dan Domain III menunjukkan perbedaan. Genotipe Asia II menjadi bagian genotipe American pada analisis filogenetik Domain III. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa filogenetik Domain III saja tidak dapat digunakan untuk penentuan genotipe.

---

Indonesia's tropical climate conditions caused Indonesia become one of the largest contributors of DENV infection. Currently, we required the development of a vaccine that must be based on studies phylogenetic virus, in particular 2 DENV serotypes (DENV-2) which is the most predominant serotype DENV in Indonesia. This study aims to analyze the nucleotide sequence comparisons and phylogenetic complete Envelope with Domain III. A total of 42 data retrieved from GenBank and the Laboratory of Microbiology, Faculty of Medicine, University of Indonesia in the form of whole genome sequences of DENV-2. The sequence processed with GENETYX 5.1 software. The results showed Indonesia strain is part of Cosmopolitan genotype. Whereas the Envelope epitope analysis and the Domain III epitope analysis show significant differences. Genotype Asian II became part of the American genotype on phylogenetic analysis of Domain III. From the results of this study concluded that the phylogenetic domain III alone cannot be used for the determination genotpe."

"ABSTRAKInfeksi dengue (DENV) merupakan salah satu penyakit endemik di daerah tropis dan subtropis yang disebabkan oleh virus dengue melalui vektor nyamuk dari genus Aedes, khususnya oleh Aedes aegypti dan Aedes albopictus. Hingga saat ini belum ada pengobatan yang efektif untuk mengatasi infeksi dengue. Salah satu pengobatan baru yang dibutuhkan bersifat antivirus yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh. Pada penelitian ini dilakukan pengujian dari senyawa asam galat dan enam turunannya (benzil-, propil, dialil-, alil-, etil-, dan salisil galat) secara in vitro pada sel Huh7it-1 dengan DENV2 dan secara in silico dengan docking protein-ligan terhadap strain NGC dan 251 sekuens NS5 pada GenBank (NS5 konsensus). Salisil galat merupakan kandidat paling potensial secara in vitro (IC50: 12,18 μg/ mL, CC50: 259,35 μg/ mL, SI: 21,30) dan in silico (S: -16,793 kkal/ mol, pKi 3,344 μM). Propil galat dan etil galat ditemukan potensial secara in vitro (untuk propil galat, IC50: 13,19 μg/ mL, CC50: 241,85 μg/ mL, SI: 18,33; untuk etil galat, IC50: 14,39 μg/ mL, CC50: 185,60 μg/ mL, SI: 7,24), namun secara in silico paling rendah nilainya (untuk propil galat, nilai S: -11,908 kkal/mol, pKi 5,771 μM; untuk etil galat, nilai S: -5,513 kkal/mol, pKi 4,974 μM). Melalui docking pada sekuens konsesus NS5 diketahui, setiap jenis asam galat potensial tersebut dapat berikatan dengan masing-masing GLU715, LYS668, ASN701, THR584; ARG472, ASP663, ARG207; dan LYS139, ARG207. Secara keseluruhan, turunan asam galat hasil modifikasi memberikan hasil lebih baik dibandingkan dengan senyawa aslinya

---

ABSTRACTDengue infection (DENV) is an endemic disease in tropical and subtropical regions caused by dengue virus that is transmitted by mosquitos of Aedes aegypti and Aedes albopictus. Currently, there is no effective treatment to overcome dengue infection. As alternative, a new approach of drug is needed by targeting inhibition of enzyme activity that responsible for viral replication. In this research examined synthetic gallic acid and its six derivatives (benzyl-, propyl, diallyl-, allyl-, ethyl-, and salicyl gallate) through in vitro in Huh7it-1 with DENV2 and in silico with protein-ligand docking against 251 sequences NS5 in GenBank. Salicyl gallate was the best candidate in in vitro analysis (IC50: 12,18 μg/ mL, CC50: 259,35 μg/ mL, SI: 21,30) and in in silico analysis (S: -16,739 kkal/ mol, pKi 3,344 μM). Propyl- and ethyl gallate were showed potential in in vitro (for propyl gallate, IC50: 13,19 μg/ mL, CC50: 241,85 μg/ mL, SI: 18,33; for ethyl gallate, IC50: 14,39 μg/ mL, CC50: 185,60 μg/ mL, SI: 7,24), however showed lowest scoring in in silico (for propyl gallate, S score: -11,908 kkal/mol, pKi 5,771μM; for ethyl gallate, S score: -5,513 kkal/mol, pKi 4,974μM). Using docking, each of potential gallic acid types above was able to bind to GLU715, LYS668, ASN701, THR584; ARG472, ASP663, ARG207; dan LYS139, ARG207. Overall, derivatives gallic acid modified was showed better result rather than original compound"

"Dalam beberapa tahun terakhir, Demam Berdarah Dengue (DBD) telah menjadi isu utama di antara masalah kesehatan di seluruh dunia. DBD adalah infeksi nyamuk yang bermanifestasi dalam berat penyakit seperti flu, dan mungkin berkembang menjadi komplikasi yang berpotensi mematikan yang disebut Dengue Syok Syndrome. Dengue sering ditemukan di daerah tropis dan sub-tropis di seluruh dunia, terutama di daerah perkotaan dan semi-perkotaan. Dalam konkordansi untuk metode diagnostik dan pengembangan vaksin, variasi genetik terjadi. Di sini dianalisis genom 2 DENV menggunakan perangkat lunak Gentyx dalam rangka untuk mencari tahu apa genotipe dari DENV 2 serotipe. Penelitian ini mengambil desain studi cross sectional di Jakarta 2010. Sampel diambil dari pasien DBD yang serum diuji dengan RT-PCR sebagai standar emas untuk mengkonfirmasi apakah pasien menderita DBD atau tidak. Sampel populasi dicurigai pasien DBD dari 5 kota di Jakarta dengan usia mereka mulai dari 14 sampai 60 tahun. Penelitian ini dilakukan untuk mengevaluasi karakteristik pasien dengue dan genotipe virus dengue. Selain itu, kami merancang primer untuk memperkuat dan mensekuens genom virus dengue galur Indonesia. Hasilnya menunjukkan bahwa perempuan memiliki jumlah yang sedikit lebih tinggi dibandingkan laki-laki dengan DBD telah dikonfirmasi. DENV 2 ditemukan menjadi serotipe yang paling beredar di Jakarta. Selanjutnya, 14 sampai 20 tahun adalah kelompok paling dominan di antara semua kelompok umur. Disarankan untuk melakukan penelitian lebih dari DENV 2 di Indonesia yang menggunakan cakupan yang lebih luas dari provinsi dan angka sampel yang lebih banyak.

---

In the past few years, Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) has been a major issue among the worldwide health problems. DHF is a mosquito-borne infection that manifests in severe flu-like illness, and it might progress to a complication potentially leading to mortality termed as Dengue Shock Syndrome. Dengue is a frequent virus in tropical and sub-tropical regions, especially in urban and semi-urban areas. In concordance with diagnostic methods and vaccine development, genetic variation takes place. In this study we analyze the DENV 2 genome using Gentyx software in order to find out what the genotypes of DENV 2 serotypes are.

This research was designed in cross sectional study, taking place in Jakarta 2010. The samples were taken from DHF patients whose blood serum was tested by RT-PCR. The population sample were suspected DHF patient from 5 cities in Jakarta with their ages ranging from 14 to 60 years old. The study is conducted to evaluate the dengue patient's characteristics and genotype of dengue viruses. Moreover, we designed the primer to amplify and sequence Indonesian strain dengue virus genomes.

The result demonstrated that women have slightly higher numbers of confirmed DHF than male. DENV 2 is found to be the most circulating serotype in Jakarta. In addition 14 to 20 years old was the mot predominant among all of age groups. It was suggested to conduct more research of DENV 2 in Indonesia using wider coverage of province and also larger numbers of samples."