Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Salah satu terapi COVID-19 adalah plasma konvalesen yang disiapkan Unit Transfusi Darah dari donor yang telah sembuh dari COVID-19. Plasma konvalesen mengandung antibodi netralisasi yang menghambat interaksi antara protein S dengan reseptor ACE2 dengan persyaratan minimal titer 1:160 sehingga diperlukan sistem deteksi antibodi netralisasi seperti tes serologi berbasis ELISA kompetitif yang mudah, murah, cepat dan tidak membutuhkan BSL 3 atau 2. Uji ini membutuhkan protein rekombinan spike S1 yang dapat diekspresikan pada sistem ekspresi mamalia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi antibodi spesifik SARS-CoV-2 pada plasma konvalesen COVID-19 menggunakan protein rekombinan Spike S1.Penelitian ini menggunakan plasmid pD609 sebagai vektor ekspresi yang terdapat gen spike S1. DNA ditransfeksi secara transien ke sel CHO. Immunostaining dilakukan setelah transfeksi untuk melihat ekspresi protein rekombinan spike S1 pada sel CHO. Supernatan media sel CHO post transfeksi dianalisis dengan western blot dan ELISA untuk melihat reaktifitas terhadap serum konvalesen COVID-19. Hasil immunostaining menunjukkan plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His dapat mengekspresikan protein rekombinan spike S1 SARS-CoV-2 pada sel CHO. Hasil Western Blot dan ELISA menunjukkan supernatan media sel kultur CHO post transfeksi reaktif terhadap serum konvalesen COVID-19. Protein rekombinan spike S1 memiliki potensi untuk dikembangkan dan digunakan dalam uji antibodi spesifik namun hasil ekspresi protein masih rendah.

---

One of the therapies for COVID-19 is convalescent plasma prepared by the Blood Transfusion Unit from donors who have recovered from COVID-19. Convalescent plasma contains neutralizing antibodies that inhibit the interaction between S protein and ACE2 receptors with a minimum requirement of a titer of 1:160 so that a neutalizing antibody detection system is needed such as a competitive ELISA-based serological test that is easy, inexpensive, fast, and does not require BSL 3 or 2. S1 spike recombinant protein that can be expressed in mammalian expression systems. This study aims to detect SARS-CoV-2 specific antibodies in COVID-19 convalescent plasma using recombinant Spike S1 protein. This study used the pD609 plasmid as an expression vector containing the spike S1 gene. DNA was transiently transfected into CHO cells. Immunostaining was performed after transfection to see the expression of the S1 spike recombinant protein in CHO cells. The post-transfected CHO cell media supernatans were analyzed by western blot and ELISA to see the reactivity to COVID19 convalescent serum. Immunostaining results showed that the plasmid pD609 S1 Spike Foldon-His could express the SARS-CoV-2 spike S1 recombinant protein in CHO cells. The results of Western blot and ELISA showed that the post-transfection CHO cell culture media supernatant was reactive to COVID-19 convalescent serum. S1 spike recombinant protein has the potential to be developed and used in specific antibody assays, but the results of protein expression is still low."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."

"Pembuatan Stable Cell Line sendiri membutuhkan proses pengantaran materi genetik untuk mencapai tahap ekspresi gen rekombinan secara berkelanjutan. Metode ini menggunakan transfeksi untuk membantu mencapai tahapan tersebut. Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Indonesia telah berhasil membuat konstruksi plasmid rekombinan pengekspresi protein Spike SARS-CoV-2. Namun, belum dilakukan penelitian lebih lanjut terkait penggunaan konstruksi plasmid rekombinan tersebut. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk memvalidasi ekspresi protein rekombinan dari plasmid rekombinan pengekspresi Spike SARS-CoV-2 yang akan digunakan dalam pembuatan Stable Cell Line pada galur sel mamalia 293T. Validasi ekspresi dari empat protein SARS-CoV-2 (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) dilakukan melalui metode Immunofluorescence Assay (IFA) dan Western Blot (WB). Hasil menunjukkan bahwa dari empat ragam protein (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) terbukti fungsional secara ekspresi dan sesuai dengan ukuran protein yang sesuai. Uji IFA menunjukkan bahwa terdapat dua nilai rata-rata Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) yang unggul yaitu pada protein Spike Full dan Subunit S2 (118.813 dan 264.159 CTCF) sel pasca transfeksi yang menandakan bahwa terdapat perbedaan kemampuan ekspresi dari masing-masing protein. Uji western blot telah membuktikan dua protein (Spike Full dan Subunit S2) memiliki ukuran molekul yang sesuai (142,5 dan 66,0 kDa). Sehingga, dapat disimpulkan bahwa plasmid rekombinan yang dikonstruksi oleh BRIN terbukti fungsional dan dapat dilanjutkan ke dalam penggunaannya untuk pembuatan Stable Cell Line.

---

Making a Stable Cell Line requires a process of delivering genetic material to reach the continuous recombinant gene expression stage. This method uses transfection to help achieve this stage. The National Research and Innovation Agency of Indonesia (BRIN) has successfully constructed a recombinant plasmid expressing the SARS-CoV-2 Spike protein. However, no further research has been carried out regarding using these recombinant plasmid constructs. Therefore, this study aimed to validate the expression of recombinant proteins from the SARS-CoV-2 Spike-expressing recombinant plasmid to manufacture Stable Cell Line in mammalian cell line 293T. Validation of the expression of four SARS-CoV-2 proteins (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, and Receptor Binding Domain) was carried out using Immunofluorescence Assay (IFA) and Western Blot (WB) methods. The results showed that the four protein variants (Spike Full, S1 Subunit, S2 Subunit, and Receptor Binding Domain) were functional in expression and according to the appropriate protein size. The IFA test showed two superior Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) values: the Spike Full protein and the S2 Subunit (118.813 and 264159 CTCF) of post-transfection cells, which indicated that there were differences in the expression ability of each protein. The Western Blot test has proven that two proteins (Spike Full and Subunit S2) have the appropriate molecular size (142.5 and 66.0 kDa). Thus, it can be concluded that the recombinant plasmid constructed by BRIN is proven to be functional and can be used to manufacture Stable Cell Lines."

"Akhir-akhir ini dunia dihebohkan dengan merebaknya wabah penyakit COVID19 yang menyerang seluruh dunia. Virus SARS-CoV-2 menyebabkan penyakit COVID19. Saat ini, 600 juta orang telah terjangkit penyakit ini di seluruh dunia, dengan 6 juta kasus menyebabkan kematian. Bagian dari virus yang disebut spike (S) glycoprotein berperan dalam perlekatan, fusi, dan masuknya virus ke dalam sel inang. Penghambatan proses ini bisa menjadi salah satu cara pengobatan COVID-19. Pada penelitian ini, senyawa alkaloid alami telah digunakan sebagai dasar dalam perancangan obat COVID19 dengan melihat interaksinya dengan glikoprotein S target multivariat SARS-CoV-2 dengan metode simulasi Molecular Docking dengan varian yang digunakan dalam penelitian ini adalah varian Alpha, Beta, Delta, dan Omicron. Tidak ada senyawa alkaloid alami yang dapat berinteraksi dengan keempat varian tersebut berdasarkan hasil yang diperoleh. Namun, telah ditemukan bahwa beberapa senyawa alkaloid alami dapat berinteraksi dengan glikoprotein S lebih dari satu varian, seperti senyawa axelopran sulfat dapat berinteraksi dengan baik dengan Glikoprotein S dalam varian alfa dan beta, dengan nilai pengikatan energi masing-masing sebesar -6,4049 kkal/mol dan -6,5135 kkal/mol. Sebaliknya, benztropine dapat berinteraksi dengan baik dengan varian delta dan omicron dengan nilai energi binding masing-masing sebesar -6,6719 kkal/mol dan -8,9244 kkal/mol.

---

Recently, the world has been shocked by the spread of the COVID-19 disease outbreak that has attacked throughout the world. The SARS-CoV-2 virus causes the COVID-19 disease. Currently, 600 million people have contracted this disease worldwide, with 6 million cases causing death. A part of the virus called the spike (S) glycoprotein plays a role in viruses' attachment, fusion, and entry into host cells. Inhibition of this process can be one way of treating COVID-19. In this study, natural alkaloid compounds have been used as a basis in the design of COVID-19 drugs by looking at their interaction with the S glycoprotein target of multivariate SARS-CoV-2 with the Molecular Docking simulation method with variants used in this study are the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants. No natural alkaloid compounds can interact with the four variants based on the result obtained. However, it has been found that some natural alkaloid compounds can interact with S glycoprotein in more than one variant, such as axelopran sulfate compound can interact well with the S Glycoprotein in alpha and beta variants, with the energy binding values of -6.4049 kcal/mol and -6.5135 kcal/mol, respectively. In contrast, benztropine can interact well with delta and omicron variants with the energy binding values of -6.6719 kcal/mol and -8.9244 kcal/mol, respectively."

"Pandemi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah memicu situasi darurat kesehatan di seluruh dunia. Varian Omicron yang menyebar dengan cepat semakin mendesak pencarian terapi yang tepat untuk menghindari infeksi yang lebih berat. TMPRSS2 manusia dan protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron diidentifikasi sebagai protein target melalui penapisan secara komputasi. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual berbasis struktural; analisis prediksi absorption, distribution, metabolism, excretion, dan toxicity (ADMET); dan simulasi dinamika molekuler. Ligan uji yang digunakan adalah senyawa metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Camostat dan nafamostat (ko-kristal) digunakan sebagai ligan pembanding terhadap penghambatan TMPRSS2 sedangkan mefloquine ligan pembanding terhadap Protein Spike. Berdasarkan hasil penambatan molekul, acanthomanzamine C (-9,75 kkal/mol) dan cortistatin G (-9,39 kkal/mol) memiliki aktivitas yang lebih baik terhadap penghambatan TMPRSS2 dibandingkan dengan camostat (-8,25 kkal/mol) dan nafamostat (-6,52 kkal/mol). Sebagai inhibitor protein spike SARS-CoV-2 varian Omicron, acanthomanzamine C (-9,19 kkal/mol) dan cortistatin J (-8,89 kkal/mol) juga menunjukkan penghambatan yang lebih baik dibandingkan dengan mefloquine (-6,34 kkal/mol). Ligan uji tersebut juga telah memenuhi seluruh kriteria ADMET yang ditetapkan. Dari hasil analisis simulasi dinamika molekuler menunjukkan pengikatan yang stabil senyawa ligan uji terhadap protein target setelah simulasi berjalan 60 nanodetik dan memiliki energi ikatan bebas MMGBSA dan MMPBSA yang lebih baik dibandingkan ligan pembanding diantaranya TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kkal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kkal/mol), protein spike–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kkal/mol), dan protein spike–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kkal/mol). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa acanthomanzamine C, cortistatin G, dan cortistatin J merupakan senyawa hits sebagai kandidat terapi untuk infeksi SARS-CoV-2.

---

The pandemic caused by SARS-CoV-2 has triggered a global health emergency. The rapid spread of the Omicron variant has further intensified the urgency to search for appropriate therapies to prevent severe infections. The human TMPRSS2 and spike protein of the SARS-CoV-2 Omicron variant were identified as the target proteins through computational screening. The methods used are structure-based virtual screening; absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analysis; and molecular dynamics simulation. Bioactive marine invertebrates from Indonesia were employed as test ligands. Camostat and nafamostat (co-crystal) were utilized as reference ligands against TMPRSS2, whereas mefloquine was used as a reference ligand against spike protein. Following a molecular docking, acanthomanzamine C (-9,75 kcal/mol) and cortistatin G (-9,39 kcal/mol) had better activity against TMPRSS2 inhibition compared to camostat (-8,25 kcal/mol) and nafamostat (-6,52 kcal/mol). As inhibitors of spike protein of SARS-CoV-2 Omicron variant, acanthomanzamine C (-9,19 kcal/mol) and cortistatin J (-8,89 kcal/mol) also showed better inhibition compared to mefloquine (-6,34 kcal/mol). The test ligands have also met all the established ADMET criteria. The results of the molecular dynamics analysis showed stable binding of the test ligands to the target proteins after the initial 60 nanoseconds and had free binding energies of MMGBSA/MMPBSA that were better than the comparison ligands, including TMPRSS2–acanthomanzamine C (-28,2067; -24,6639 kcal/mol), TMPRSS2–cortistatin G (-29,9908; -24,8869 kcal/mol), spike protein–acanthomanzamine C (-45,1414; -27,8749 kcal/mol), and spike protein–cortistatin J (-37,8537; -35,6439 kcal/mol).  These results indicate that acanthomanzamine C, cortistatin G, and cortistatin J are hits compounds as candidate therapies for SARS-CoV-2 infection."