Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"iNOS merupakan enzim yang diketahui terekspresi pada sel kanker kolorektal dan dapat mempengaruhi tumorigenesis kanker kolorektal dengan cara menghasilkan Nitrat Oksida (NO) dalam jumlah banyak, sehingga memicu terbentuknya p53 mutan. Tingginya prevalensi kanker kolorektal di Indonesia dan beberapa efek samping serius yang dihasilkan dari pengobatan kanker kolorektal melalui kemoterapi, menjadikan pencarian senyawa lain yang dapat bekerja secara spesifik dalam menginhibisi iNOS perlu dilakukan sebagai upaya dalam mencegah tumorigenesis dan perkembangan kanker kolorektal. Penelitian kali ini bertujuan untuk memperoleh kandidat inhibitor iNOS dari senyawa bahan alam Indonesia pada HerbalDB beserta interaksinya terhadap residu asam amino pada situs aktif iNOS yang dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan makromolekul iNOS (PDB ID: 3E7G), serta parameter penambatan berupa grid box berukuran 15 x 15 x 15 Å dengan exhaustiveness 8 dan num mode 9 yang diujikan pada Vina Wizard di dalam PyRx. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah (-11,2 hingga -10,0 kkal/mol), yaitu Eriodiktin, Epigalokatekin, 5,7,2',4'-Tetrahidroksiisoflavon-8-C-glukosida Isookaninrhamnosida, Kuersetin-3-(6''-galloilgalaktosida), Derhamnosilmaysin, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon-5-glukosida, 3'-Deoksiderhamnosilmaysin, Isoorientin, Jasmolakton-D, 3'-O-Metilmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahidroksiflavanon-7-alfa-L-arabinofuranosil-(16)-glukosida, Galokatekin-3'-O-galat, Isoetin-7-glukosida, Sojagol, 2''-O-Galloilisoviteksin, Luteolin-7-(2''-p-kumaroilglukosida), Luteolin-7-apiosil-(12)-glukosida, Orientanol-C, Rubranin, 2''-O-alfa-L-Rhamnosil-6-C-fukosil-3'-metoksiluteoin, Daidzein, Prunin-6''-p-kumarat, Strigol, (-)-Kubebin, 3'-Deoksimaysin, Karthamon, Mirisetin-3-robinobiosida, Ovalikalkon, Torvanol-A dan Wogonin-5-glukosida. Selain itu, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901 diketahui menunjukkan adanya interaksi dengan sebagian besar senyawa yang diujikan. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah tersebut adalah kandidat senyawa inhibitor iNOS yang menunjukkan interaksi dengan residu asam amino pada situs aktif iNOS, yaitu Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901.

---

iNOS is an enzyme that expressed in colorectal cancer cell and can affect colorectal cancer tumorigenesis by producing large amounts of Nitric Oxide (NO), thus triggering the formation of mutant p53. The high prevalence of colorectal cancer in Indonesia and some of the side effects of chemotherapy make it necessary to search for other compounds that can specifically inhibit iNOS as an effort to prevent tumorigenesis and the development of colorectal cancer. This research aimed to obtain the candidates of iNOS inhibitor from Indonesian natural compounds in HerbalDB and its interaction towards amino acid residues in iNOS active site by virtual screening method using iNOS macromolecules (PDB ID: 3E7G), docking parameters with a grid box of 15 x 15 x 15 Å, exhaustiveness 8 and num mode 9, which were tested on Vina Wizard in PyRx. Based on the result of virtual screening, there are 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G (-11,2 to -10,0 kcal/mol), namely Eriodictin, Epigallocatechin, 5,7,2',4'-Tetrahydroxyisoflavone-8-C-glucoside, Isookaninrhamnoside, Quercetin-3-(6''-galloylgalactoside), Derhamnosylmaysin, 5-Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone, 5- Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone-5-glucoside, 3'-Deoxyderhamnosylmaysin, Isoorientin, Jasmolactone-D, 3'-O-Methylmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahydroxyflavanone-7-alpha-L- arabinofuranosyl-(16)-glucoside, Gallocatechin-3'-O-gallate, Isoetin-7-glucoside, Sojagol, 2''-O-Galloylisovitexin, Luteolin-7-(2''-p-coumaroylglucoside), Luteolin-7- apiosyl-(12)-glucoside, Orientanol-C, Rubranine, 2''-O-alpha-L-Rhamnosyl-6-C- fucosyl-3'-methoxyluteoiin, Daidzein, Prunin-6''-p-coumarate, Strigol, (-)-Cubebin, 3'-Deoxymaysin, Carthamone, Myricetin-3-robinobioside, Ovalichalcone, Torvanol-A, and Wogonin-5-glucoside. Moreover, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem901 were known to show an interaction with most of the compounds tested. In conclusion, that 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G are the candidates of iNOS inhibitor and interacts amino acid residues in iNOS active site, specifically Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem90l."

"Checkpoint kinase 1 (Chk1) merupakan protein yang berperan dalam proses respon kerusakan DNA, yaitu mengkoordinasi respon kerusakan DNA. Chk1 terekspresi pada kanker kolorektal dan Chk1 berkontribusi dalam resistensi terapi kanker kolorektal. Chk1 mencegah masuknya sel DNA yang rusak atau tidak tereplikasi sempurna dalam tahap mitosis ketika sel ditantang oleh agen perusak DNA, seperti terapi radiasi dan agen kemoterapi. Maka dari itu, inhibisi Chk1 dapat menjadi metode untuk pengobatan kanker. HerbalDB merupakan pangkalan data yang senyawa bahan alam Indonesia yang dibuat oleh Fakultas Farmasi Universitas Indonesia. Penelitian senyawa HerbalDB yang berpotensi sebagai inhibitor Chk1 belum pernah dilakukan. Maka, dilakukan penelitian secara in silico dengan metode penapisan virtual dari pangkalan dari HerbalDB untuk mendapatkan kandidat inhibitor Chk1. Makromolekul Chk1 dengan ID 2R0U yang digunakan diperoleh dari situs RCSB PDB. Parameter yang diperoleh dari hasil optimasi dan validasi untuk melakukan penapisan virtual adalah menggunakan AutoDock dalam PyRx dengan ukuran grid box 60 x 60 x 60 dan evaluasi energi maksimum short (250.000). Dari hasil penapisan virtual, diperoleh 16 senyawa HerbalDB yang memiliki nilai ∆G terendah, yaitu (-)-Kurin, Folitenol, Mangostenon A, Rubranin, 6-Deoksoteasteron, (+)-Thalrugosin, Yamogenin, Isokondodendrin, Limasin, Isoarborinol, Sapogenin, alfa-Amirin, Neriifolin, Siklomorusin, Cassiamin C, beta-Kriptosantin dengan rentang nilai ∆G -11,34 hingga -10,01 kkal/mol. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul Chk1, yaitu Cys87, Asp148, Glu55, dan Lys38. Hasil tersebut menunjukkan bahwa 16 senyawa tersebut memiliki potensi untuk menjadi kandidat inhibitor Chk1.

---

Checkpoint kinase 1 (Chk1) is a target that plays a role in the DNA damage response process, namely coordinating the DNA damage response. Chk1 is expressed in colorectal cancer and Chk1 contributes to colorectal cancer therapy resistance. Chk1 prevents entry of damaged or incompletely replicated DNA cells in the mitotic stage when cells are challenged by DNA-damaging agents, such as radiation therapy and chemotherapeutic agents. Therefore, Chk1 inhibition could be a method for cancer treatment. HerbalDB is a database of Indonesian natural compounds. Research on HerbalDB compounds that have the potential to act as Chk1 inhibitors has never been done. Therefore, an in-silico study was conducted using a virtual screening method from the HerbalDB database to obtain candidates for Chk1 inhibitors. The Chk1 macromolecule with ID 2R0U was obtained from the RCSB PDB site. The parameters obtained from the optimization and validation results to perform virtual screening is using AutoDock in PyRx with a grid box size of 60 x 60 x 60 and a maximum energy evaluation of short (250.000). From the virtual screening, 16 HerbalDB compounds were obtained with the lowest ∆G values: (-)-Curine, Folitenol, Mangostenone A, Rubranine, 6-Deoxoteasterone, (+)-Thalrugosine, Yamogenin, Isochondodendrine, Limacine, Isoarborinol, Sapogenin, alpha-Amyrin, Neriifolin, Cyclomorusin, Cassiamin C, beta-Cryptoxanthin with ∆G values ​​ranging from -11.34 to -10.01 kcal/mol. Most of these compounds interact with the amino acid residues on the active site of Chk1, namely Cys87, Asp148, Glu55, and Lys38. These results indicate that these 16 compounds have the potential to be candidates for Chk1 inhibitors."

"Kanker kolorektal merupakan keganasan yang melibatkan kolon dan rektum. Pada tahun 2020, kanker kolorektal yang menempati peringkat keempat di Indonesia dengan insiden terbanyak. Pengobatan yang diberikan untuk kanker kolorektal masih memiliki kelemahan seperti selektivitas rendah dan toksisitas sistemik, sehingga mendorong pencarian terhadap obat yang lebih aman, yaitu tipe terapi tertarget. Salah satu target pada kanker kolorektal yaitu c-Met. Tirosin Kinase MET (c-Met) merupakan reseptor jenis tirosin kinase yang dalam kondisi yang menyimpang dapat memicu kanker kolorektal dengan menstimulasi banyak jalur persinyalan seperti Protein Kinase Mitogen- Teraktivasi/Kinase yang diatur sinyal Ekstraseluler (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3- Kinase/Protein Kinase B (PI3K/AKT) dan Transduser Sinyal dan Aktivator Transkripsi Protein/Janus Kinase (STAT/JAK). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor c-Met dari senyawa bahan alam Indonesia pada situs HerbalDB dengan metode penapisan virtual. Berdasarkan hasil validasi metode, program serta parameter terbaik yang digunakan untuk penapisan virtual bahan alam adalah program autodock Vina dalam PyRx dengan parameter exhasutiveness 8, ukuran grid box 15 x 15 x 15 Å, dan jumlah mode 9. Metode penapisan virtual memperoleh 12 senyawa bahan alam Indonesia dengan energi bebas ikatan terendah (-11,1 hingga -10 kkal/mol) yaitu Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxantin, Apigenin 7-o-(6”-o-p- kumaroilglukosida), Cinchonain IA, Prunin 6”-p-kumarat, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedikarpin, Luteolin 7-(2”-p-kumaroilglukosida), dan Pteryxin. Interaksi yang umum ditunjukan pada kedua belas ligan uji tersebut yaitu ikatan hidrogen pada Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159, Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, dan Asn1167 yang memiliki kesesuaian dengan literatur.

---

Colorectal cancer is a malignancy involving the colon and rectum. In 2020, colorectal cancer is ranked fourth in Indonesia with the highest incidence. Treatment given for colorectal cancer still has weaknesses such as low selectivity and systemic toxicity, thus prompting the search for safer drugs, namely targeted types of therapy. One of the targets in colorectal cancer is c-Met. Tyrosine Kinase MET (c-Met) is a receptor type tyrosine kinase that under aberrant conditions can trigger colorectal cancer by stimulating multiple signaling pathways such as Mitogen-Activated Protein Kinases/Extracellular signal- regulated Kinases (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3-Kinase/ Protein Kinase B (PI3K/AKT) and Signal Transducer and Activator of Transcription/Janus Kinase (STAT/JAK). This study aims to obtain candidate c-Met inhibitors from Indonesian natural compounds on the HerbalDB website by using a virtual screening method. Based on the results of method validation, the best program and parameters used for virtual screening of natural ingredients are the Vina autodock program in PyRx with exhasutiveness parameter 8, grid box size 15 x 15 x 15 Å, and number of modes 9. The virtual screening method obtained 12 Indonesian natural compounds with the bond energy (-11.1 to -10 kcal/mol) namely Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxanthin, Apigenin 7-o-(6”-o-p-coumaroylglucoside), Cinchonain IA, Prunin 6”- p-coumarate, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedicarpin, Luteolin 7-(2”-p- coumaroylglucoside), and Pteryxin. Common interactions shown in the twelve test ligands are hydrogen bonding in Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159 , Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, and Asn1167 which are in agreement with the literature."

"Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) merupakan enzim yang berperan pada proses perbaikan DNA Single Strand Break (SSB) yang mengkatalisis proses Poly(ADP-ribosyl)ation atau PARylation. Kerusakan DNA yang terdapat pada sel kanker kolorektal memicu enzim PARP-1 untuk memperbaiki kerusakan tersebut dan menjaga kelangsungan hidup sel kanker. Inhibisi PARP-1 dilakukan untuk mencegah perbaikan DNA yang terjadi pada sel kanker kolorektal. Penelitian ini dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB untuk mendapatkan senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PARP-1. Penelitian ini menggunakan makromolekul dengan PDB ID 6NRI dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, nilai exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Cassiamin C (-13,9 kkal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11,8 kkal/mol), Chitranone (-11,7 kkal/mol), Cassameridine (-11,6 kkal/mol), Palmarumycin CP1 (-11,4 kkal/mol), Yuehchukene (-11,3 kkal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3-o-gallate (-11,1 kkal/mol), Roxburghine B (-11,1 kkal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kkal/mol), dan Withanolide (-11 kkal/mol). Berdasarkan afinititas penambatannya, kesepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai kandidat inhibitor PARP-1 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) is an enzyme that plays a role in the DNA Single Strand Break (SSB) repair process that catalyzes the process of Poly(ADP-ribosyl)ation or PARylation. DNA damage in colorectal cancer cells triggers the PARP-1 enzyme to repair the damage and keep cancer cells alive and replicate. PARP-1 inhibition was performed to prevent DNA repair that occurs in colorectal cancer cells. This research is an in silico study with a virtual screening method for natural compounds contained in the HerbalDB database to obtain compounds that have potential as PARP-1 inhibitors. This study uses a macromolecule with PDB ID 6NRI from the RCSB PDB page. The best parameter obtained from the optimization and validation process used in the virtual filtering process is using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 18.75 x 18.75 x 18.75 , exhaustiveness value of 8, and num mode 9. Virtual screening process shows 10 compounds with the best binding affinity, namely Cassiamin C (-13.9 kcal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11.8 kcal/mol), Chitranone (-11.7 kcal/mol ), Cassameridine (-11.6 kcal/mol), Palmarumycin CP1 (-11.4 kcal/mol), Yuehchukene (-11.3 kcal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3 -o- gallate (-11.1 kcal/mol), Roxburghine B (-11.1 kcal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kcal/mol), and Withanolide (-11 kcal/mol). Based on their binding affinity, the ten compounds have potential as PARP-1 inhibitor candidates and can be used for further research.

"

"B-Cell Lymphoma (BCL) 2 merupakan protein yang berperan penting pada regulasi apoptosis atau kematian sel terprogram. BCL 2 berperan dalam mempengaruhi permeabilitas mitokondria untuk pelepasan sitokrom C untuk menginduksi terjadinya apoptosis dengan mengaktifkan caspase 3 pada sel kanker kolorektal. Pengobatan kanker kolorektal dapat memberikan efek samping resistensi obat sehingga terjadi penghambatan kematian sela tau apoptosis.  Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2, dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB, menggunakan makromolekul dengan PDB ID 4MAN dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å, nilai Exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Luteolin 7-(2''-p-kumaroilglukosida) (-10,6 kkal/mol), Yuehchukene (-10,4 kkal/mol), (13z)beta,beta-Karoten (-10,3 kkal/mol), beta-Karoten (-10 kkal/mol), Oksidentosida (-10 kkal/mol), Kriptokrom (-9,9 kkal/mol), Prunin 6''-p-koumarat (-9,9 kkal/mol), alfa-Karoten (-9,8 kkal/mol), gamma-Karoten (9,7 kkal/mol), dan Proantosianidin A1 (9,7 kkal/mol). Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul BCL 2, yaitu Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, dan Phe101. Berdasarkan afinititas penambatan kesepuluh senyawa tersebut dapat menjadi kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

B-Cell Lymphoma (BCL) 2 is a protein that plays an important role in the regulation of apoptosis or programmed cell death. BCL 2 plays a role in influencing mitochondrial permeability for the release of cytochrome C to induce apoptosis by activating caspase 3 in colorectal cancer cells. Colorectal cancer treatment can have side effects of drug resistance so that there is inhibition of death between or apoptosis. This study aims to obtain candidate compounds for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors, carried out in silico studies using a virtual screening method for natural compounds found in the HerbalDB database, using macromolecules with PDB ID 4MAN from the RCSB PDB page. The best parameters obtained from the optimization and validation process used in the virtual screening process are using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å Exhaustiveness value of 8 and num modes 9. The virtual screening process produced 10 compounds with the best binding affinity, namely Luteolin 7-(2''-p-coumaroylglucoside) (-10.6 kcal/mol), Yuehchukene (-10.4 kcal/mol), (13z)beta, beta-carotene (-10.3 kcal/mol), beta-Carotene (-10 kcal/mol), Occidentoside (-10 kcal/mol), Cryptochrome (-9.9 kcal/mol), Prunin 6''-p -coumarate (- 9.9 kcal/mol), alpha-Carotene (-9.8 kcal/mol), gamma-Carotene (9.7 kcal/mol), and Proanthocyanidin A1 (9.7 kcal/mol). Most of these compounds interact with amino acid residues at the active site of BCL 2 macromolecules, namely Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, and Phe101. Based on their binding affinity, these ten compounds can be candidates for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors and can be used for further research."

"Terapi kanker kolorektal dengan menggunakan agen kemoterapi seperti 5-flourourasil, kapesitabin, irinotekan, leukovorin, dan oksaliplatin memiliki permasalahan terkait tingkat toksisitasnya yang tinggi, selain itu agen kemoterapi bekerja secara tidak spesifik pada target tertentu yang dapat merusak sel-sel normal sehingga diperlukan obat yang bekerja secara selektif pada reseptor tertentu. Berdasarkan beberapa penelitian mengenai kanker kolorektal, telah ditemukan sebuah reseptor yang terlibat pada mekanisme kanker kolorektal. Reseptor tersebut adalah TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat inhibitor TNIK yang berasal dari senyawa bahan alam Indonesia yang diprediksi memiliki potensi untuk menghambat sel kanker kolorektal . Senyawa bahan alam yang berasal dari pangkalan data HerbalDB dilakukan penapisan virtual terhadap reseptor target TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ) dengan ID 5AX9 pada situs RSCB PDB. Penapisan virtual dilakukan menggunakan program AutoDock yang telah divalidasi sebelumnya menggunakan senyawa pengecoh. Program penambatan AutoDock divalidasi menggunakan parameter EF dan AUC. Grid box yang dipilih berdasarkan hasil validasi, yakni grid box 60 x 60 x 60 dengan evaluasi energi maksimal sebesar 250.000 (Short). Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh sepuluh senyawa yang memberikan nilai ΔG terbaik, yaitu Mutatokrom, Anteraksantin, Mangostenon a, Violaksantin, Morusin, Kriptokrom, Erikristagallin, (+)-Talrugosin, Kasiamin c, Stigmastanol. Nilai energi pengikatan yang diberikan dari kesepuluh senyawa tersebut berada pada rentang -11,17 – 9,79 kkal/mol sehingga dapat disimpulkan bahwa sepuluh senyawa hasil penelitian tersebut dapat dijadikan sebagai kandidat inhibitor TNIK.

---

Colorectal cancer therapy using chemotherapeutic agents such as 5-flourouracil, capecitabin, irinotecan, leucovorin, and oxaliplatin has problems related to its high level of toxicity, besides that chemotherapeutic agents don’t work specifically on certain targets so that they can damage normal cells, so the drugs that work selectively on certain receptors are needed . Based on several studies about colorectal cancer, a receptor has been found which is involved in colorectal cancer mechanism. This receptor is TNIK (TRAF2 and NCK-interacting Kinase). The aim of this research is to find candidates for TNIK inhibitors derived from Indonesian natural compounds which are predicted to have the potential to inhibit colorectal cancer cells. Natural compounds derived from the HerbalDB database were subjected to virtual screening using TNIK as a target receptor (TRAF2 and NCK-interacting Kinase ) ID 5AX9 obtained on the RSCB PDB site. Virtual screening was done using an AutoDock program that had been previously validated using actives and decoys compounds. The AutoDock program was validated using the parameters of EF and AUC. The grid box which was used in virtual screening using AuotoDock based on the validation results is 60 x 60 x 60 with a maximum energy evaluation 250,000 (Short). Based on the results of virtual screening, ten compounds which gave the best ΔG values were Mutatochrome, Antheraxanthin, Mangostenone a, Violaxanthin, Morusin, Cryptochrome, Erycristagallin, (+)-Thalrugosine, Cassiamin c, Stigmastanol. The binding energy values ​​given from the ten compounds were in the range of -11.17 to 9.79 kcal/mol so it can be concluded that the ten compounds from the virtual screening results could be proposed as candidate TNIK inhibitors."

"Kanker kolorektal adalah kanker yang terletak pada rektum atau kolon dengan sel-sel yang berkembang dengan tidak terkendali. Obat kanker untuk kanker kolorektal memiliki beberapa kelemahan seperti kurangnya spesifitas dan dapat terjadinya resistensi, sehingga perlu dikembangkan terapi target untuk mengurangi kelemahan tersebut. Berbagai penelitian dilakukan untuk merancang obat yang dapat mentarget protein yang berkaitan dengan perkembangan kanker kolorektal, salah satunya adalah Matrix Metalloproteinase-9. Penghambatan dari protein tersebut memungkinkan untuk menghambat penyebaran kanker, sehingga pencarian senyawa penghambat Matrix Metalloproteinase-9 menarik untuk dilakukan. Penelitian dapat dilakukan dengan memanfaatkan metode penapisan virtual. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan 10 senyawa kandidat dengan potensi menjadi inhibitor Matrix Metalloproteinase-9. Penapisan virtual dapat digunakan untuk melakukan pencarian senyawa kandidat inhibitor dari basis data HerbalDB. Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik berdasarkan energi ikatan bebas dan pose pengikatan yaitu Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Sikloartokarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-kumarat (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnosida (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahidroksiflavanon 7-alfa-l-arabinofuranosil-(1-6)-glukosida (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Sianidin 3-arabinosida (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehidropipernonalin (-10,1 kkal/mol). Hasil tersebut menunjukkan senyawa memiliki potensi untuk menghambat Matrix Metalloproteinase-9

---

Colorectal Cancer is located on the colon or the rectum of the patient with uncontrolled cell growth. Cancer drugs for colorectal cancer have several weaknesses such as lack of specificity, so it is necessary to develop targeted therapies to reduce these weaknesses. Various research were done to design a drug with purpose of targeting the protein in which is related to the growth of colorectal cancer, one of them being Matrix Metalloproteinase-9. Inhibition of Matrix Metalloproteinase-9 possibly inhibits the spread of colorectal cancer, therefore a research to find candidates is appealing. Research can be done by using the virtual screening method. The purpose of this study is to obtain 10 candidate compounds with the potential to inhibit Matrix Metalloproteinase-9. Virtual screening method is used to search for candidate compounds from HerbalDB database. Based on the screening results, the best compound rankings based on the free bond energy and binding pose were obtained, namely Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Cycloartocarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-coumarate (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnoside (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahydroxyflavanone 7-alpha-l-arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Cyanidin 3-arabinoside (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehydropipernonaline (-10,1 kkal/mol). The results indicate potential candidates to inhibit Matrix Metalloproteinase-9."

"Pendahuluan. Mortalitas akibat kanker kolorektal di Indonesia sebesar 9,5% dari seluruh kasus kanker. Pasien kanker kolorektal dengan ekspresi iNOS yang tinggi diketahui memiliki prognosis yang buruk. Sampai saat ini diketahui terdapat dua specific drug therapy dengan target EGFR dan VEGF yang dapat digunakan pada pasien kanker kolorektal. Akan tetapi, kedua obat tersebut masih terbatas penggunaannya serta menimbulkan efek samping. Delima (Punica granatum) diketahui sebagai tanaman herbal yang memiliki aktivitas antioksidan, antiinflamasi, dan antikanker. Beberapa penelitian telah menguji efek delima terhadap kanker. Akan tetapi, penelitian mengenai efek biji delima terhadap kanker masih minim. Metode. Aktivitas antikanker ekstrak etanol Punica granatum secara in vitro diuji menggunakan metode MTT assay pada cell line kanker kolorektal HCT116. Terdapat delapan serial konsentrasi yang diuji melalui MTT assay. Efek ekstrak etanol Punica granatum terhadap ekspresi protein iNOS pada cell line kanker kolorektal HCT116 dinilai melalui penghitungan nilai H-score dari pewarnaan imunositokimia. Terdapatempat kelompok perlakuan; kontrol negatif (0 ppm), dosis kecil (50 ppm), dosis sedang (100 ppm), kelompok dosis besar (200 ppm). Tiga konsentrasi dengan persentase inhibisi terbesar dari hasil MTT assay digunakan sebagai dosis esktrak pada imunositokimia. Hasil. Ekstrak etanol biji delima (Punica granatum) menunjukkan aktivitas antikankermelalui penghambatan pertumbuhan sel kanker kolorektal HCT116 dengan nilai IC50 sebesar 54,2763 μg/ml. Penurunan ekspresi protein iNOS dengan rerata nilai H-score sebesar 158,48 terjadi setelah diberikan ekstrak dengan dosis 200 ppm.Kesimpulan. Penelitian ini membuktikan bahwa biji delima (Punica granatum) menghambat pertumbuhan serta menurunkan ekspresi protein iNOS kanker kolorektal.Preliminary. Mortality due to colorectal cancer in Indonesia is 9.5% of all cancer cases. Colorectal cancer patients with high iNOS expression are known to have a poor prognosis. Until now, it is known that there are two specific drug therapies targeting EGFR and VEGF that can be used in colorectal cancer patients. However, both drugs are still limited in their use and cause side effects. Pomegranate (Punica granatum) is known as an herbal plant that has antioxidant, anti-inflammatory, and anticancer activities. Several studies have tested the effects of pomegranate on cancer. However, research on the effects of pomegranate seeds on cancer is still minimal. Method. The anticancer activity of the ethanolic extract of Punica granatum was tested in vitro using the MTT assay method on the HCT116 colorectal cancer cell line. There are eight concentration series tested by MTT assay. The effect of Punica granatum ethanol extract on iNOS protein expression in the HCT116 colorectal cancer cell line was assessed by calculating the H-score value from immunocytochemical staining. There isfour treatment groups; negative control (0 ppm), small dose (50 ppm), medium dose (100 ppm), large dose group (200 ppm). The three concentrations with the largest percentage of inhibition from the MTT assay were used as extract doses for immunocytochemistry. Results. Pomegranate (Punica granatum) seed ethanol extract exhibits anticancer activityby inhibiting the growth of HCT116 colorectal cancer cells with an IC50 value of 54.2763 g/ml. The decrease in iNOS protein expression with an average H-score of 158.48 occurred after the extract was given at a dose of 200 ppm.Conclusion. This study proved that pomegranate seeds (Punica granatum) inhibited growth and decreased the expression of colorectal cancer iNOS protein."

"Tankyrase 1 dan 2 (TNKS 1/2) merupakan protein pada dasar kripta kolon yang berperan dalam meningkatkan kadar b-katenin di nukleusdengan mendegradasi komponen utama destruction complex, yaitu axis inhibitory protein (AXIN). Peningkatan kadar abnormal b-katenin di nukleus yang distabilkan oleh TNKS1/2 menjadi salah satu tahap awal perkembangan kanker kolorektal. Inhibitor TNKS1/2 telah teruji secara in vitro pada sel kanker kolorektal dengan komponen destruction complex yang termutasi dapat mengatasi resistensi pengobatan 5-fluorourasil (5-FU). Inhibitor TNKS1/2 pada kedua situs (dual binders) memiliki aktivitas penghambatan yang lebih tinggi dibandingkan inhibitor yang hanya mengikat pada satu situs aktif. Sampai saat ini belum ada senyawa yang disetujui oleh FDA terhadap inhibitor dual binders TNKS 1/2 sehingga penemuan inhibitor dual binders TNKS1/2 masih dibutuhkan sebagai target pengobatan kanker kolorektal. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam Indonesia dari pangkalan data HerbalDB untuk penemuan senyawa kandidat inhibitor dual binders TNKS1/2. Makromolekul yang digunakan pada penelitian ini adalah TNKS1 (PDB ID: 4I9I) dan TNKS2 (PDB ID: 7CE4) dengan menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75… x 18,75 ,exhaustiveness: 16, dan num modes: 9 yang berdasarkan hasil validasi metode penapisan virtual terbaik. Dari hasil penapisan virtual didapatkan 10 peringkat senyawa dengan energi bebas ikatan terendah, yaitu Epigalokatekin 3,5-di-o-galat; Epigalokatekin 3,4’-di-o-galat; Jasmolakton D; Epigalokatekin 3-o-p-kumarat; Epigalokatekin 3,3’-di-o-galat; Mirisetin3-(6''-galoilgalaktosida); Galokatekin 3-o-galat; Asam isoklorogenat B; Orientanol E; dan Verbaskosida.

---

Tankyrase 1 and 2 (TNKS 1/2) are proteins at the crypt base of colon that play a role in increasing the levels of b-catenin in the nucleus by degrading the main component of the destruction complex, axis inhibitory protein (AXIN). Abnormal increase level of b-catenin in the nucleus which is stabilized by TNKS1/2 is one of the early stages of colorectal cancer development. The TNKS1/2 inhibitor has been tested in vitro on colorectal cancer cells with a mutated destruction complex component that can overcome resistance to 5-fluorouracil (5-FU) treatment. TNKS1/2 inhibitors at both active sites (dual binders) have higher inhibitory activity than inhibitors that only bind to one active site. Until now, there is no compound has been approved by the FDA for TNKS 1/2 dual binders inhibitors, so the discovery of TNKS1/2 dual binders inhibitors are still needed as a target for colorectal cancer treatment. In this study, a virtual screening of Indonesian natural ingredients compounds from the HerbalDB database was carried out for the discovery of candidate compounds for TNKS1/2 dual binders inhibitors. The macromolecules used in this study were TNKS1 (PDB ID: 4I9I) and TNKS2 (PDB ID: 7CE4) using the AutoDock Vina program in PyRx with size of grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, exhaustiveness: 16, and num modes: 9 based on the best results of the virtual screening validation. From the results of virtual screening, 10 compounds with the lowest bond free energy were obtained, Epigallocatechin 3,5-di-o-galate; Epigallocatechin 3,4'-di-o-gallate; Jasmolactone D; Epigallocatechin 3-o-p-coumarate; Epigallocatechin 3,3'-di-o-gallate;Myricetin3-(6''-galloylgalactoside); Gallocatechin 3-o-gallate; isochlorogenic acid B; Orientanol E; and Verbascoside."