Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pelacakan keabsahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahan ikan penting bagi keberlanjutan konservasi spesies dan keamanan konsumen. Identifikasi produk filet ikan dan olahannya sulit dilakukan saat menggunakan pendekatan morfologi atau konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada atau tidaknya kesalahan pelabelan pada produk filet ikan dan olahannya di Jabodetabek dengan menggunakan Full DNA Barcoding dan Mini DNA Barcoding, serta membandingkan efektivitas kedua metode tersebut. Metode DNA barcoding memungkinkan identifikasi spesies ikan dengan menggunakan urutan nukleotida yang khas dari genom mitokondria pada bagian Sitokrom C Oksidase subunit 1 (COI). Metode yang digunakan pada penelitian ini ialah full DNA barcoding dan mini DNA barcoding. Sebanyak 113 dari 116 sampel produk ikan dan olahan ikan yang dikumpulkan dari daerah Jabodetabek berhasil diidentifikasi hingga tingkat spesies dengan menggunakan metode DNA Barcoding. Hasil identifikasi spesies dengan DNA Barcoding dan uji keabsahan menunjukkan 69% sampel memiliki label spesies yang tepat, 6% sampel memiliki label spesies yang tidak sesuai, 22% sampel tidak memiliki label spesies, dan 3% sampel tidak berhasil diidentifikasi. Jumlah keberhasilan amplifikasi mini DNA barcoding 3% lebih tinggi dibandingkan full DNA barcoding.

---

Tracking the validity of labeling on fish fillet and processed fish products is one of the key issues in the sustainability of species conservation and food safety. It is difficult to identify fish fillet products and their processed products when using a conventional or morphological approach. This study aims to determine whether or not there is a labeling error in fish fillets and processed products in Jabodetabek using Full DNA Barcoding and Mini DNA Barcoding, and to compare the effectiveness of the two methods. The DNA barcoding method allows the identification of fish species using the typical nucleotide sequences of the mitochondrial genome in the Cytochrome C Oxidase subunit 1 (COI) section. The methods used in this research are full-length DNA barcoding and mini-length DNA barcoding. The result shows that 113 of 116 samples collected from the Jabodetabek area were identified to the species level. The results of species identification using Barcoding DNA and validity tests showed that 69% of samples had proper species labels, 6% of samples had inappropriate species labels, 22% of samples did not have species labels, and 3% of samples were not identified. The number of successful amplification of mini DNA barcoding is 3% higher than that of full DNA barcoding."

"Ikan badut merupakan salah satu jenis dari ikan hias laut yang menjadi primadona di pasar baik dalam negeri maupun luar negeri. Hal ini mempengaruhi ketersediaan ikan badut di alam sehingga perlu ditunjang dengan usaha budidaya. Pendekatan secara molekuler sebagai penunjang pendekatan secara morfologi dibutuhkan untuk mendapatkan induk dan benih yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies ikan badut menggunakan teknik DNA barcode dengan gen penanda 16S rRNA dan merekonstruksi pohon filogenetik molekuler ikan badut. Hasil amplifikasi PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran 600 panjang basa (pb). Hasil analisa jarak genetik menunjukkan nilai antara 0,00-0,07. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik membentuk pohon kekerabatan dengan 7 kluster utama. Hasil penelitian berupa informasi genetik dan hubungan kekerabatan molekuler dari tiap sampel ikan badut dapat digunakan sebagai acuan dasar untuk upaya pengelolaan, pemuliaan, dan konservasi lebih lanjut.

---

Clownfish is one type of marine ornamental fish that is excellent in the market both domestically and abroad. This affects the availability of clownfish in nature so that it needs to be supported by cultivation efforts. A molecular approach to support the morphological approach is needed to get quality broodstock and seeds. This study aims to identify clownfish species using DNA barcode techniques with 16S rRNA marker genes and reconstruct the clownfish's molecular phylogenetic tree. The results of PCR amplification produced DNA fragments measuring 600 base pair (bp). The results of genetic distance analysis showed a value between 0.00-0.07. The results of the reconstruction of phylogenetic trees formed a family tree with 7 main clusters. The results of the research in the form of genetic information and molecular relationships from each clownfish sample can be used as a basic reference for further management, breeding, and conservation efforts."

"Hiu biru merupakan hewan yang berstatus hampir terancam (near threatened) menurut IUCN. Hiu biru sering dijadikan tangkapan sampingan dan diperdagangkan secara global. Hampir seluruh tubuhnya dapat dijual, salah satunya daging dalam bentuk utuh atau olahan. Konsumsi daging hiu biru dalam jangka panjang dapat berbahaya bagi kesehatan. Produk olahan filet ikan tanpa label terdeteksi mengandung spesies hiu biru. Identifikasi produk olahan filet tersebut dilakukan dengan metode molekular dengan penanda inti ataupun mitokondria. Identifikasi dengan metode molekular dapat digunakan juga untuk kegiatan konservasi seperti deteksi populasi suatu organisme. Penelitian ini bertujuan untuk deteksi asal-usul keberadaan populasi hiu menggunakan penanda sitokrom b dan daerah kontrol dari daging filet yang diproduksi toko ritel. 112 sampel diambil secara acak dari toko ritel Jabodetabek kemudian metode yang dilakukan yaitu proses PCR dengan penanda daerah kontrol (CR) dan sitokrom b (Cyt b), hasil amplifikasi akan divisualisasikan ke dalam jaring haplotipe dan mencocokannya dengan data haplotipe dari GenBank. Berhasil teramplifikasi 26 sampel dengan kedua penanda dan 3 di antaranya merupakan sampel yang mislabeling. Jaring haplotipe berhasil terbentuk dengan 8 haplotipe pada penanda Cyt b dengan 7 situs nukleotida polimorfisme dan 14 haplotipe pada penanda CR dengan 12 situs nukleotida polimorfisme. Dua sampel memiliki sekuen yang mirip dengan sekuen referensi yang berasal dari Samudra Hindia, 10 berasal dari Samudra Pasifik, dan 14 sampel mirip dengan sekuen yang berasal dari Samudra Atlantik.

---

The blue shark is an animal that is near threatened according to the IUCN. Blue sharks are often used as bycatch and traded globally. Almost all of his body can be sold, one of which is meat in whole or processed form. Long-term consumption of blue shark meat can be harmful to health. Unlabeled processed fish fillets were detected to contain blue shark species. The identification of the processed filet products was carried out by molecular methods with nucleus or mitochondrial markers. Identification by molecular methods can also be used for conservation activities such as detection of the population of an organism. This study aims to detect the origin of the shark population using cytochrome b markers and control areas of fillet meat produced by retail stores. 112 samples were taken randomly from Jabodetabek retail stores, then the method used was the PCR process with control area markers (CR) and cytochrome b (Cyt b), the amplification results were visualized into a haplotype net and matched with haplotype data from GenBank. 26 samples were successfully amplified with both markers and 3 of them were mislabeling samples. The haplotype net was successfully formed with 8 haplotypes on the Cyt b marker with 7 polymorphism nucleotide sites and 14 haplotypes on the CR marker with 12 polymorphic nucleotide sites. Two of the samples had sequences similar to the reference sequence originating from the Indian Ocean, 10 from the Pacific Ocean, and 14 samples similar to the sequence originating from the Atlantic Ocean."

"ABSTRAKSalah satu cara untuk mengekstraksi DNA Brugia malayi adalah menggunakan kit yang lebih sederhana dan lebih cepat dibandingkan dengan teknik ekstraksi fenol,Pada 15 ekor cacing dewasa B.malayi hasil pembiakan dalam gerbil dilakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan kit dan metode ekstraksi fenol yang lebih rumit. Pada teknik ekstraksi dengan kit ternyata tidak diperoleh DNA, sedangkan pada ekstraksi fenol diperoleh DNA sejumlah 100 µg/ml yang terlihat sebagai pita 322 bp pada elektroforesis.Disimpulkan bahwa teknik ekstraksi fenol lebih bailk hasilnya dibandingkan dengan kit karena pemakaian fenol yang lebih sering sehingga lebih banyak DNA yang dapat terekstraksi.

---

ABSTRACT

Comparison Of DNA Extraction Result from Brugia malayi by using Kit and by using Phenol Extraction Method

One of several ways to extract the Brugia malayi DNA is to use a kit which is more simple and take a shorter time compared to the phenol extraction technique.

DNA extraction by using kit and by using phenol extraction method were done on 15 adult worms of B. malayi which had been cultured in gerbil.

No DNA was extracted by using the kit; whereas 100 µg/ml DNA was obtained by using phenol extraction method. The DNA was seen as a 322 bp band on electrophoresis.

It was concluded that the phenol extraction method result was superior to the result of extraction by using kit, because by using phenol more frequently more DNA would be extracted."

"Ruang lingkup dan cara penelitian : AFP adalah protein onkofetal yang disintesis pada masa fetus dan ekspresinya ditekan pada. individu dewasa sehat. Kadar AFP ini akan meningkat kembali pada penderita keganasan hati. Telah diketahui bahwa ekspresi gen APP diakhir pada tingkat transkripsi, akan tetapi, mekanisme pengaturan dari faktor yang mendukung proses pengaturan sintesis AFP tersebut masih belum pasti. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi (ragmen DNA yang mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini selanjutnya akan digunakan dalam penelitian ekspresi gen APP secara in vitro secara efisien. DNA AFP bahan uji yang digunakan adalah bersumber dari sel jaringan hati tikus Rattus navergic's strain Wistar. Tahap penelitian yang harus dikerjakan adalah mengisolasi DNA genam hati tikus dengan atau tanpa menggunakan kit Menelusuri data urutan nukleotida DNA AFP yang akan diisolasi. Merancang sepasang oligonukleotida primer. Mengisolasi fragmen DNA AFP dengan cara PCR dan memurnikannya dengan cara elektroelusi. Selanjutnya memotong fragmen DNA produk PCR tersebut dengan enzim endonuklease restriksi spesifik. Akhirnya membaca urutan nukleotida fragmen tersebut. Hasil dan Kesimpulan : Diperoleh fragmen DNA AFP produk PCR sepanjang 292pb dengan menggunakan sepasang oligonukleotida primer Twister I (5'CATAAGATAGAAGTGACCCCTGTG3') dan Twister II (5 'GCATCTTA CCTATTCCAAA CTCAT3 ' ). Fragmen DNA tersebut mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP dengan urutan nukleatida yang sama dengan urutan nukleotida pada fragmen DNA AFP yang diperoleh dari bank gen. Pemotongan fragmen DNA tersebut dengan menggunakan enzim menghasilkan fragmen DNA sepanjang 110pb yang hanya mengandung gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini akan digunakan sebagai kontrol negatif untuk membuktikan pentingnya elemen promotor gen AFP dalam proses pengaturan ekspresi gen AFP."

"Penelitian transformasi fragmen DNA Xanthomonas campestris ke dalam Escherichia coli DH5a., mengunakan vektor plasmid Escherichia coli (pUC19). DNA kromosom diisolasi dengan menggunakan metoda CTAB. DNA plasmid diisolasi menggunakan metoda lisis. Kedua sumber DNA dipotong menggunakan enzim restriksi EcoR1, Sel kompeten disiapkan dengan menggunakan CaCl2.transformasi menggunakan metoda kejutan panas. Hasil transformasi didapatkan sebanyak 5 koloni putih (yang mengandung DNA fragmen), dengan frekuensi transformasi sebesar 1.22 X10-8 koloni putih/sel kompeten Elektroforesis agarosa menunjukan variasi ukuran fragmen DNA hasil transformasi, sebesar 0,5-7,5 kb. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan dengan membuat pustaka genom untuk mendapatkan hasil transformasi yang tinggi."

"A rapid and simple to amplify genomic DNA sequences nanking mini-Tn5 transposon insertion was developed....."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Terdapat dua molekul.DNA ekstrakromosom pada berbagai spesies Plasmodium: elemen DNA linier sebesar 6 kb dan elemen DNA sirkuler 35 kb. Elemen 6 kb pada P. falciparum dan P. yoelii telah lengkap disekuens dan dapat diidentifikasi 3 ORF yang menunjukkan homologi dengan gen cyb, COI dan COAT pada DNA mitokondria, tapi elemen ini tidak memiliki gen tRNA dan hanya memiliki (ragmen rRNA. Peran dan fungsi elemen DNA ekstrakromosom ini belum diketahui secara pasti dan sebagai Iangkah awal untuk mengetahui dan memahaminya adalah dengan membuktikan bahwa elemen 6kb ini diekspresi. Pendekatan yang dilakukan adalah berdasarkan pada penggunaan antibodi yang spesifik sebagai pelacak terhadap produk putatif gen cyb pada elemen 6 kb. Tujuan penelitian ini adalah: (1) mendesain peptida berdasarkan urutan asam amino dad produk putatif gen apositokrom b yang sesuai sebagai imunogen, (2) membuat antibodi antipeptida yang spesifik dan (3) menggunakan antibodi antipeptida sebagai pelacak untuk mencari produk gen dengan teknik western immunoblofting. Antibodi yang ideal harus dapat mengenali protein asli, karena itu peptida dibuat mewakili daerah unik dam mempunyai antigenisitas tinggi. Untuk menginduksi produksi antibodi, peptida sintetik yang telah dikonjugasi dengan protein pembawa disuntikkan pada kelinci. Titer antibodi terhadap peptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk. Spesifisitas antibodi antipeptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk dan slot blot. Antibodi dengan spesifisitas tinggi digunakan sebagai pelacak untuk mencari produk putatif dengan teknik western immunoblotting. Hasil dan Kesimpulan: Berdasarkan beberapa kriteria dipilih dua daerah dari rangkaian asam amino yang diprediksi dari sekuens gen cyb pada elemen 6 kb, masing-masing mewakili ujung amino (terdiri dad 10 asam amino) dan karboksi (terdiri.dari 12 asam amino). Reaktivitas antiserum terhadap masing-masing konjugat memperlihatkan bahwa ujung karboksi Iebih imunogenik jika dibandingkan dengan ujung amino. Hasil karakterisasi keempat antibodi antipeptida menunjukkan hanya anti KLH-Cyb 365.376 mempunyai spesifisitas tinggi terhadap peptida, sehingga dipilih untuk digunakan dalam penelitian selanjutnya. Karakterisasi lebih lanjut dengan slot blot menunjukkan bahwa anti KLH-Cyb 365.376 bereaksi spesifik dengan protein P. falciparum.. Dengan teknik western immunobloifing memperlihatkan reaksi spesifik anti KLH-Cyb 365.376 dengan polipeptida yang mempunyai mobilitas elektroforetik 66-70 kDa."

"Beberapa tahun terakhir ini, Support Vector Machine (SVM) telah populer digunakan sebagai model machine learning. Hal ini terutama karena SVM dapat dianalisis secara teoritis, dan secara bersamaan dianggap memberikan kinerja yang lebih baik daripada model machine learning yang biasa digunakan sebelumnya. Pada makalah ini dibahas pendekatan matematis model SVM dalam memecahkan masalah pengenalan pola. Selanjutnya dibahas pula penggunaan model tersebut berupa kajian awal penentuan jenis splice site pada suatu barisan DNA terutama dari segi kemampuan generalisasi atau tingkat keakuratannya. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa kemampuan generalisasi SVM sangat baik yaitu sekitar 95.4 %.

---

Study on Generalization Capability of Support Vector Machine in Splice Site Type Recognition of DNA Sequence. Recently, support vector machine has become a popular model as machine learning. A particular advantage of SVM over other machine learning is that it can be analyzed theoretically and at same time can achieve a good performance when applied to real problems. This paper will describe analytically the using of SVM to solve pattern recognition problem with a preliminary case study in determining the type of splice site on the DNA sequence, particularity on the generalization capability. The result obtained show that SVM has a good generalization capability of around 95.4 %."