Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) adalah gangguan multifaktorial yang sering menyerangwanita pada usia reproduktif. Etiologi dari SOPK hingga saat ini masih sulit untuk dipahami. Namun, obesitas diketahui sebagai gangguan metabolik yang berasosiasi dengan SOPK. Leptin (LEP) dan Neuropeptida-Y (NPY) diketahui terlibat dalam regulasi nafsu makan, patogenesis obesitas, dan abnormalitas fungsi reproduksi yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen LEPdan NPY pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Ekspresi mRNA gen LEP dan NPY dari sampel darah perifer dianalisis menggunakan metode quantitative real-time PCR (qPCR). Penelitian dilakukan pada 40 subjek dengan empat kelompok sampel, yaitu (1) non-SOPK non-obesitas; (2) non-SOPK obesitas; (3) SOPK non-obesitas; (4) SOPK obesitas. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen LEP lebih tinggi pada kelompok SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dibandingkan dengan kelompok SOPK dan non-SOPK tanpa obesitas. Sebaliknya, ekspresi mRNA gen NPY lebih rendah pada kelompok SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dibandingkan dengan kelompok SOPK dan non-SOPK tanpa obesitas. Meskipun tidak seluruh hasil analisis statistik menunjukkan perbedaan pada setiap pasangan kelompok (P<0,05), penelitian ini menunjukkan ekspresi mRNA gen LEP dan NPY terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic Ovary Syndrome (PCOS) is a multifactorial disorder affecting women during reproductive age. The etiology of PCOS remains elusive. However, obesity has been reported to be a common metabolic disorder associated with PCOS. Leptin (LEP) and neuropeptide-Y (NPY) play significant roles in appetite regulation, obesity pathogenesis, and abnormality of reproductive function which can lead to PCOS. This study aims to determine LEP and NPY mRNA gene expression in PCOS and non-PCOS women with obese and nonobese. LEP and NPYmRNA gene expression levels in peripheral blood samples were analyzed using quantitative real-time PCR (qPCR) method. The study was conducted on four groups of samples from recruited 40 subjects; (1) non-PCOS non-obese; (2) non-PCOS obese; (3) PCOS non-obese; and (4) PCOS obese. This study found LEPmRNA gene expression was higher in PCOS and non-PCOS groups with obesity compared to PCOS and non-PCOS groups without obesity. In contrast, NPYmRNA gene expression was lower in PCOS and non-PCOS groups with obesity compared to PCOS and non-PCOS groups without obesity. Although not all statistical analysis show significant differences in each pair of groups (P< 0.05), this study suggests LEP and NPY mRNA gene expressions are related to PCOS and obesity."

"Latar Belakang: Status kebersihan rongga mulut yang buruk ditandai dengan biofilm dalam jumlah banyak. Biofilm terbentuk dari perlekatan bakteri ke permukaan padat dan dengan bakteri lain. Bakteri later colonizers patogen periodontitis di biofilm seperti Treponema denticola bergantung pada early colonizers seperti Veillonella parvula. Protein VtaA dan Msp berperan dalam fungsi perlekatan Veillonella parvula dan Treponema denticola. Akumulasi biofilm dapat menyebabkan periodontitis. Akan tetapi periodontitis tidak umum dibahas pada anak. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan jumlah Veillonella parvula dan Treponema denticola, serta ekspresi gen VtaA dan Msp spesifik tiap bakteri dari saliva anak terhadap status rongga mulut. Metode: Penelitian ini menggunakan 40 sampel saliva anak yang dikelompokkan berdasarkan kategori OHI-S. Ekstraksi RNA untuk analisis ekspresi gen dan DNA untuk jumlah bakteri target dari sampel menggunakan GeneZol Kit. Konversi RNA menjadi cDNA menggunakan SensiFast cDNA Kit. Ekstrak DNA dan cDNA diuji dengan Real-time PCR. Analisis jumlah bakteri menggunakan kuantifikasi absolut dan tingkat ekspresi gen menggunakan kuantifikasi relatif. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara jumlah kedua bakteri maupun tingkat kedua ekspresi gen di antara kategori OHI-S. Jumlah Veillonella parvula cenderung menurun dan Treponema denticola cenderung meningkat seiring memburuknya skor OHI-S. Kesimpulan: Deteksi peningkatan jumlah Veillonella parvula tidak dapat menjadi bioindikator inisiasi penyakit periodontal. Ekspresi gen VtaA dan Msp tidak dapat digunakan sebagai bioindikator pembentukan biofilm dalam jumlah tinggi.

---

Backgrounds: Poor oral hygiene status is marked by large amount of biofilms. Biofilms are made from bacterial adhesion to solid surfaces and to other bacteria. Later colonizers periodontitis pathogenic bacteria in biofilms like Treponema denticola, depend on early colonizers such as Veillonella parvula. VtaA and Msp are proteins that function in adhesion of Veillonella parvula and Treponema denticola. Biofilms accumulation can cause periodontitis. However, periodontitis is not a common discussion on children. Objectives: This research aims to analyze the correlation between the quantity of Veillonella parvula and Treponema denticola, also VtaA and Msp gene expression with oral status from children’s saliva. Methods: This study uses 40 samples of children’s saliva which has been grouped according to OHI-S category. RNA extraction to analyze gene expression and DNA extraction to quantify target bacteria from samples using GeneZol Kit. RNA conversion to cDNA uses SensiFast cDNA Kit. DNA extract and cDNA are tested using Real-time PCR Analysis of bacteria quantity with absolute quantification dan gene expression levels with relative quantification. Results: There is no significant difference between target bacteria quantity also gene expression levels between the OHI-S categories. Veillonella parvula’s quantity tends to decrease and Treponema denticola tends to increase as OHI-S scores worsens. Conclusions: Detection of increasing quantity of Veillonella parvula cannot be used as a bioindicator of periodontal disease initiation. VtaA and Msp gene expression cannot be used as a bioindicator of high rates of biofilm’s formation."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier.

---

DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers."

"Penyakit Gugur Daun Pestalotiopsis (PGDP) mengakibatkan defoliasi daun secara terus menerus hingga 75—90% dan memicu terjadinya penipisan kanopi. Oleh karena itu, diperlukan analisis terkait aspek molekular melalui pengembangan klon baru yang diawali dengan analisis ekspresi gen ketahanan Coronatine Insensitive 1 (COI1). Gen Coronatine Insensitive 1 (COI1) merupakan salah satu gen ketahanan yang berkaitan dengan pensinyalan jasmonat dan diekspresikan ketika tanaman dalam kondisi tercekam secara biotik maupun abiotik. Penelitian terkait ekspresi gen COI1 pada Hevea brasiliensis menyatakan bahwa gen tersebut diekspresikan ketika tanaman karet diberi perlukaan. Namun, analisis terkait ekspresi gen ketahanan COI1 pada H. brasiliensis ketika diinfeksi dengan Pestalotiopsis sp. belum dilakukan. Penelitian yang dilakukan bertujuan untuk menganalisis perbandingan ekspresi gen HbCOI1 dari sampel daun sehat, perlukaan, dan diinfeksi dengan Pestalotiopsis sp. dan melakukan analisis perbandingan antar klon GT 1 yang bersifat rentan dan klon IRR 112 yang bersifat moderat. Infeksi dilakukan pada hari ke-3 dan 6 secara in planta. Tahap setelah inokulasi secara in planta adalah esktraksi RNA untuk memperoleh isolat RNA dari seluruh sampel yang digunakan. Selanjutnya, dilakukan sintesis cDNA untuk analisis qPCR dengan metode Livak. Hasil penelitian belum dapat digunakan untuk menyimpulkan tingkat ekspresi gen HbCOI1 dari sampel daun sehat, perlukaan, dan perlukaan serta infeksi dengan Pestalotiopsis sp. Hal tersebut disebabkan oleh tidak dilakukan perhitungan dan pembentukan kurva standar dan tidak dilakukan elektroforesis untuk mengetahui integritas RNA serta untuk membuktikan bahwa isolat yang diekstraksi adalah isolat RNA H. brasiliensis dan replikasi yang digunakan tidak memenuhi syarat perhitungan Livak. Hasil penelitian hanya berupa dugaan adanya perbedaan ekspresi gen HbCOI1 pada tanaman H. brasiliensis sehat, diberi perlukaan saja, dan diberi perlukaan serta infeksi Pestalotiopsis sp.. Oleh karena itu, perlu dilakukan penpenelitian lebih lanjut untuk memperoleh data korelasi ekspresi gen HbCOI1 dan infeksi Pestalotiopsis yang akurat.

---

Pestalotiopsis Leaf Decay (PGDP) causes continuous leaf defoliation of up to 75-90% and triggers canopy thinning. Therefore, an analysis related to molecular aspects is needed through the development of new clones which begins with analysis of the expression of the Coronatine Insensitive 1 (COI1) resistance gene. The Coronatine Insensitive 1 (COI1) gene is one of the resistance genes related to jasmonate signaling and is expressed when plants are under biotic and abiotic stress conditions. Research related to the expression of the COI1 gene in Hevea brasiliensis states that the gene is expressed when the rubber plant is injured. However, an analysis regarding the expression of the COI1 resistance gene in H. brasiliensis when infected with Pestalotiopsis sp. not done. The aim of the study was to analyze the comparison of HbCOI1 gene expression from samples of healthy, injured, and infected leaves with Pestalotiopsis sp. and carried out a comparative analysis between the GT 1 clone which was susceptible and the IRR 112 clone which was moderate. Infection was carried out on day 3 and 6 by in planta. The stage after in planta inoculation is RNA extraction to obtain RNA isolates from all the samples used. Next, cDNA synthesis was carried out for qPCR analysis using the Livak method. The results of this study could not be used to conclude the expression level of the HbCOI1 gene from samples of healthy leaves, wounds, and injuries as well as infections with Pestalotiopsis sp. This was due to the fact that the primary efficiency curve was not calculated and the formation of the standard curve was not carried out and electrophoresis was not carried out to determine the integrity of the RNA and to prove that the extracted isolate was H. brasiliensis RNA isolate and the replication used did not meet the Livak calculation requirements. The results of this study only suggest that there is a difference in HbCOI1 gene expression in healthy H. brasiliensis plants, only injured, and injured and infected with Pestalotiopsis sp. acccurate."

"Penelitian terhadap Hibiscus rosa-sinensis variasi crested peach pada musim kemarau dan hujan menemukan plastisitas fenotipe, kemampuan genotipe untuk menunjukkan fenotipe yang berbeda berdasarkan lingkungannya. Plastisitas fenotipe tersebut menyebabkan karakter bunga menyerupai bunga single atau double dilihat dari perubahan stamen menjadi petal serta morfologi dan anatomi ovarium. Perubahan tersebut diduga disebabkan oleh perubahan ekspresi gen homeotik MADS-box, tepatnya gen AGAMOUS. Oleh karena itu, dilakukan penelitian untuk menganalisis pengaruh lingkungan terhadap plastisitas fenotipe serta hubungan antara plastisitas fenotipe dan ekspresi gen AGAMOUS pada bunga tersebut. Pencatatan suhu udara dan tanah, kelembapan udara dan tanah, pH tanah, dan intensitas cahaya serta morfologi bunga dan ovarium dilakukan setiap hari Senin, Rabu, dan Jumat. Isolasi DNA dan PCR dilakukan untuk menemukan primer optimal dalam amplifikasi gen AGAMOUS. Isolasi RNA dan RT-PCR dilakukan untuk menemukan primer yang menempel pada ekson. Hasil penelitian menunjukkan kombinasi suhu udara, kelembapan udara, dan curah hujan mempengaruhi plastisitas fenotipe bunga, berdasarkan data morfologi dan data ovarium. Amplifikasi DNA dengan primer A1, C6, dan C7 masing-masing menghasilkan satu pita dengan panjang 300 bp, 200 bp, dan 300 bp. Primer D3 menghasilkan pola pita yang unik; bunga single memiliki pita dengan panjang 550 bp dan 450 bp, sedangkan crested dan double memiliki pita tambahan dengan panjang 300 bp. Amplifikasi cDNA dengan sembilan primer yang diuji tidak menghasilkan pita yang terdeteksi. Pola pita primer D3 diduga merupakan gene duplication atau copy number variation pada gen AGAMOUS yang mungkin belum diekspresikan tetapi ada sebagai salah satu cara tumbuhan bertahan hidup di tengah perubahan iklim.

---

Research on Hibiscus rosa-sinensis crested peach found that changes of stamen into additional petal and ovary morphology and anatomy cause flowers to resemble single or double flowers, depending on the season. Such organ changes are assumed to be caused by MADS-box homeotic gene expression changes, specifically the AGAMOUS gene. Therefore, research was done to analyze the effects of the environment on phenotypic plasticity and analyze the relationship between phenotypic plasticity and AGAMOUS gene expression. The study was conducted by observing and linking air and soil temperature, air and soil humidity, soil pH, and light intensity with flower and ovary morphology every Monday, Wednesday, and Friday. DNA isolation and PCR were conducted to find optimal primers for amplifying AGAMOUS gene. RNA isolation and RT-PCR were conducted to find primers that attach to exons. Results found that a combination of air temperature, air humidity, and rainfall affects the phenotypic plasticity, as seen from the variations of flower and ovary morphology that occurred. DNA amplification with primers A1, C6, and C7 produced one band with a length of 300 bp, 200 bp, and 300 bp, respectively. Primer D3 produced a unique banding pattern; single flowers have bands with lengths of 550 bp and 450 bp, while crested and double flowers have an additional band with a length of 300 bp. cDNA amplification with nine primers tested did not produce detectable bands. The difference in the banding pattern produced by primer D3 is suspected to be a gene duplication or copy number variation in the AGAMOUS gene that may not have been expressed but exists as one way for plants to survive amidst climate change."

"Latar Belakang: Hipoksia hipobarik intermiten (IHH) merupakan kondisi penurunan tekanan barometric yang juga menurunkan tekanan parsial oksigen, sehingga mengurangi kadar oksigen yang dapat digunakan oleh sel-sel tubuh. Dalam kondisi ini, sel sel tubuh akan mengaktifkan hypoxia-inducible factors (HIFs), sebuah keluarga faktor transkripsi yang diketahui meregulasi respon sel terhadap kondisi hipoksia. Salah satu isoform adalah hypoxia-inducible factor-2α (HIF-2α) yang diketahui teraktivasi dalam kondisi hipoksia, dan merupakan basis molekuler untuk mencetuskan respon fisiologis terhadap hipoksia dan memberikan kemampuan bagi sel-sel untuk beradaptasi. Namun, aktivasi HIF-2α juga diimplikasikan dalam patogenesis kondisi patologik seperti kanker dan perlemakan hati. Maka dari itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola ekspresi HIF-2α pada jaringan hati saat dipaparkan pada kondisi hipoksia hipobarik intermiten. Metode: 25 tikus Wistar dikelompokkan menjadi satu grup kontrol dan empat grup perlakuan yang dipaparkan terhadap hipoksia hipobarik secara episodik. RNA yang diproduksi di jaringan hati kemudian diekstraksi dan dianalisis menggunakan quantitative real time reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). Ekspresi relatif HIF-2α dihitung menggunakan Livak method. Hasil: Keempat grup perlakuan menunjukkan peningkatan rata-rata ekspresi relatif HIF- 2α ketika dibandingkan dengan grup kontrol. Terdapat peningkatan ekspresi relatif HIF- 2α pada kelompok tikus yang dipaparkan terhadap 4-episode hipoksia hipobarik. Kesimpulan: Hipoksia hipobarik intermiten adalah stimulus poten dalam ekspresi HIF- 2α. Hasil studi ini menunjukkan bahwa ada peningkatan ekspresi HIF-2α pada semua jaringan hati tikus yang dipaparkan hipoksia hipobarik intermiten. Terdapat peningkatan ekspresi HIF-2α yang signifikan pada jaringan hati tikus yang dipaparkan kepada 4 episode hipoksia hipobarik. Peningkatan ekspresi HIF-2α tersebut memberikan kemampuan bagi sel hepatosit untuk melakukan adaptasi terhadap kondisi hipoksia.

---

Introduction: Intermittent hypobaric hypoxia (IHH) is the condition where there is low barometric pressure leading to decrease in partial pressure of oxygen to support cellular processes, that alternates with conditions of normoxia. This condition forces the body to activate the hypoxia-inducible factors (HIFs) system, a family of transcription factors which regulates cellular responses towards hypoxic insults. One of the isoforms of HIFs is hypoxia-inducible factor-2α (HIF-2α) is known to be activated under hypoxic conditions and acts as the molecular basis for physiologic response toward hypoxia but is also implicated in certain pathologic process such as tumorigenesis and hepatic steatosis. Therefore, this research aims to investigate the pattern of HIF-2α expression after intermittent hypobaric hypoxia exposures. Methods: 25 Wistar rats are divided into 5 different groups, with one control group and 4 other groups exposed to different frequencies of hypobaric hypoxia episodes. Isolated RNA was then extracted from the liver tissue of rats and analyzed via quantitative real time reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). Relative mRNA expression is calculated via the Livak method. Results: In comparison to the control group, all treatment groups showed an increase in mean relative expression of HIF-2α mRNA. there is a statistically significant increase in relative expression of HIF-2α mRNA in rat liver exposed to four episodes of hypobaric hypoxia. Conclusion: Intermittent hypobaric hypoxia is a potent stimulus that triggers the expression of HIF-2α. Results of this research showed that across all treatment groups exposed to hypobaric hypoxia episodes, there is an increase in the relative expression of HIF-2α. There is a statistically significant increase in HIF-2α expression among rats exposed to 4 episodes of hypobaric hypoxia. This increase in HIF-2α expression allow hepatocytes to adapt to the hypoxic insults."

"Gen EHMT2 dapat meregulasi metilasi protein histon yang berdampak pada disregulasi epigenetik dan terganggunya proses transkripsi. Hal tersebut dapat menjadi faktor yang memengaruhi metastasis tumor pada kanker paru. Salah satu inhibitor spesifik yang dapat digunakan untuk menghambat aktivitas dan menurunkan ekspresi gen EHMT2 adalah BIX01294. Sejauh ini, konsentrasi inhibitor BIX01294 yang digunakan untuk penelitian ekspresi gen EHMT2 pada kanker paru berkisar pada 2–10 μM. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian lanjutan terkait efektivitas inhibitor BIX01294 untuk menurunkan ekspresi gen EHMT2 dengan konsentrasi >10 μM. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas dari inhibitor BIX01294 dalam menurunkan ekspresi gen EHMT2 pada sel kanker paru A549 melalui empat konsentrasi inhibitor yang berbeda, yakni 12,5 μM, 15 μM, 17,5 μM, dan 20 μM. Metode yang digunakan adalah RT-qPCR. Hasil penelitian menujukkan bahwa inhibitor BIX01294 dapat memengaruhi konfluensi dan viabilitas sel kanker paru A549. Sampel sel kanker paru A549 yang tidak diberi perlakuan dengan inhibitor BIX01294 memiliki konfluensi sel dan nilai viabilitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan sampel seri inhibitor BIX01294. Selain itu, inhibitor BIX01294 juga dapat menurunkan ekspresi gen EHMT2 sel kanker paru A549 secara dose - dependant . Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa inhibitor BIX01294 dengan konsentrasi 12,5 μM; 15 μM; 17,5 μM; dan 20 μM dapat menurunkan ekspresi gen EHMT2 dan viabilitas pada sel kanker paru A549 secara dose-dependant.

---

The EHMT2 gene has the ability to control the methylation of histone proteins, which can lead to disruptions in epigenetic regulation and the transcription process. This can be a factor influencing tumor metastasis in lung cancer. A specific EHMT2 gene inhibitor, BIX01294, has been identified as an effective agent in inhibiting the activity of the EHMT2 gene. Previous research on lung cancer used BIX01294 concentrations between 2–10 μM. As a result, additional studies are needed to evaluate the efficacy of the BIX01294 inhibitor in reducing EHMT2 gene expression at concentrations greater than 10 μM. The objective of this study is to evaluate the potency of the BIX01294 inhibitor in reducing EHMT2 gene expression within A549 lung cancer cells at four different concentrations: 12.5 μM, 15 μM, 17.5 μM, and 20 μM. The method used in this study is RT-qPCR. The study’s findings reveal that the BIX01294 inhibitor can impact the confluence and viability of A549 lung cancer cells. The A549 lung cancer cell samples that were not subjected to the BIX01294 inhibitor exhibited higher cell confluence and viability values compared to those that were treated with the inhibitor. Furthermore, the BIX01294 inhibitor can also decrease the expression of the EHMT2 gene in A549 lung cancer cells in a dose-dependent manner. Therefore, it can be concluded that the BIX01294 inhibitor, at concentrations of 12.5 μM, 15 μM, 17.5 μM, and 20 μM, demonstrates a dose-dependent reduction in EHMT2 gene expression and the viability of A549 lung cancer cells."

"Aktivitas epigenetik, seperti modifikasi protein histon menjadi salah satu faktor yang mendorong proses karsinogenik dan meningkatkan risiko keganasan tumor. Gen EHMT1 dapat menyebabkan modifikasi protein histon, yaitu metilasi pada histon H3 lisin 9 (H3K9). Peningkatan ekspresi dari EHMT1 yang berlebihan berkaitan dengan proliferasi dan tingkat keparahan dari berbagai jenis kanker, salah satunya adalah kanker paru. Penelitian mengenai penghambatan ekspresi gen EHMT1 pada sel kanker paru menggunakan senyawa inhibitor belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh dari pemberian inhibitor BIX01294 konsentrasi 12,5; 15; 17,5; dan 20 μM terhadap viabilitas sel dan ekspresi gen EHMT1 pada sel kanker paru A549. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah pengujian viabilitas sel menggunakan trypan blue assay dan ekspresi gen melalui metode RT-qPCR. Perlakuan BIX01294 menunjukkan penurunan secara dose dependent dengan konsentrasi 20 μM menghasilkan penurunan viabilitas sel dan ekspresi gen terbesar dengan hasil viabilitas sel sebesar 44,25% dan ekspresi gen sebesar 0,06 fold change dibanding kontrol. Berdasarkan penelitian ini, pemberian inhibitor BIX01294 memberikan pengaruh terhadap viabilitas sel dan ekspresi gen EHMT1 pada sel kanker paru A549, yaitu dapat menghambat atau menurunkan viabilitas sel dan ekspresi gen EHMT1 secara dose dependent.

---

Epigenetic activities, such as modification of histone proteins, are one of the factors that drive carcinogenic processes and increase the risk of tumor malignancy. The EHMT1 gene can cause modification of histone proteins, namely methylation of histone H3 lysine 9 (H3K9). Increased overexpression of EHMT1 is associated with proliferation and severity of various cancers, one of which is lung cancer. Research on the inhibition of EHMT1 gene expression in lung cancer cells using inhibitor compounds has never been done. Therefore, the purpose of this study was to determine the effect of BIX01294 inhibitor concentrations of 12.5; 15; 17.5; and 20 μM on cell viability and EHMT1 gene expression in A549 lung cancer cells. The method used in this study was cell viability testing using trypan blue assay and gene expression through RT-qPCR method. BIX01294 treatment showed a dose dependent decrease with a concentration of 20 μM resulting in the greatest decrease in cell viability and gene expression with the results of cell viability by 44.25% and gene expression by 0.06 fold change compared to the control. Based on this study, the administration of BIX01294 inhibitor has an effect on cell viability and EHMT1 gene expression in A549 lung cancer cells, which can inhibit or reduce cell viability and EHMT1 gene expression in a dose dependent manner."