Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Transpor oksigen dalam tubuh membutuhkan protein yang memiliki gugus hem. Hemoglobin (Hb), mioglobin (Mb), dan sitoglobin (Cygb) merupakan beberapa hemoprotein yang diketahui berfungsi sebagai transporter oksigen dalam darah, otot, dan jaringan. Oksigen terikat secara kovalen koordinasi pada atom Fe yang berada di gugus hem. Oksidasi pada atom Fe yang terjadi secara spontan, berdampak pada hilangnya fungsi pengikatan oksigen. Enzim metHb reduktase (NADH-diaforase) dan metMb reduktase (NADH-sitokrom b5 reduktase/CYB5R3) telah dikonfirmasi keberadaannya. Namun, sistem redoks Cygb hingga saat ini belum diketahui secara pasti. Enzim metCygb reduktase dari hati sapi diisolasi menggunakan dapar pelisis yang dilanjutkan dengan purifikasi kromatografi afinitas menggunakan matriks Cibacron-blue. Matriks tersebut dapat memurnikan protein yang memiliki lipatan nukleotida untuk mengikat NADH atau NADPH. Hasil isolasi dan purifikasi enzim metCygb reduktase dari hati sapi (60,30 kDa) menunjukkan kinetik reduksi metCygb menjadi deoksiCygb yang lebih baik (R2=0,8771) dibandingkan diaforase (30,09 kDa) dari darah sapi (R2=0,1606) dan CYB5R3 rekombinan manusia (R2=0,4013). Analisis perbandingan karakteristik ketiga enzim menggunakan SDS-PAGE, western blot dan sidik peptida dua dimensi menunjukkan metCygb reduktase merupakan enzim yang berbeda dari kedua reduktase lainnya namun diduga memiliki bagian struktur yang serupa dengan diaforase dan CYB5R3. Analisis struktur dengan MALDI-TOF/TOF dan pensejajaran sekuen menunjukkan metCygb reduktase dari hati sapi tidak homolog dengan kedua reduktase lainnya. Pemodelan molekul menunjukkan bahwa metCygb reduktase memiliki lipatan heme-dependent catalase. Docking enzim dengan hem dan sumber elektron NADH serta NADPH memiliki energi Gibbs bernilai negatif yang mengindikasikan kestabilan kompleks yang baik dan pengikatan ligan secara spontan. Disimpulkan bahwa metCygb reduktase merupakan enzim baru yang tentatif disebut sebagai NADPH-metCygb oksidoreduktase.

---

Oxygen transport in the body requires proteins that have hem groups. Hemoglobin (Hb), myoglobin (Mb), and cytoglobin (Cygb) are hemoproteins that known as oxygen transporters in blood, muscles, and tissues. Oxygen is coordination-covalently bonded to the Fe atom in the hem group. Oxidation of the Fe atom has an impact on the loss of the oxygen binding function. MetHb reductase (NADH-diaphorase) and metMb reductase (NADH-cytochrome b5 reductase/ CYB5R3) have been confirmed. However, the Cygb redox system is not yet known with certainty. MetCygb reductase from bovine liver was isolated using a lysis buffer followed by affinity chromatography purification using the Cibacron-blue matrix. The matrix can purify proteins that have nucleotide folds to bind NADH or NADPH.

The results of the isolation and purification of the metCygb reductase enzyme from bovine liver (MW=60.30 kDa) showed better reduction kinetic metCygb to deoxyCygb (R2=0.8771) than diaphorase (MW=30.09 kDa) from bovine blood (R2=0.1606) and human recombinant CYB5R3 (R2=0.4013). Comparative analysis of the reductase characteristics using SDS-PAGE, western blot and 2D peptide fingerprinting shows that metCygb reductase is an enzyme that is different from the other two reductases but is thought to have a similar structure to diaphorase and CYB5R3. Structural analysis with MALDI-TOF/TOF and sequences alignment showed that metCygb reductase from bovine liver was not homologous with the other two reductases.

Molecular modeling shows that metCygb reductase has a heme-dependent catalase fold. Docking enzymes with hem groups and electron sources (NADH and NADPH) have negative Gibbs energy which indicates good complex stability and spontaneous ligand binding. It was concluded that metCygb reductase is a new enzyme tentatively referred to as NADPH-metCygb oxidoreductase."

"

Latar belakang: Pada penelitian sebelumnya telah dibuktikan bahwa sitoglobin (Cygb) dapat mengikat beberapa jenis gas dengan jenis spektrum yang berbeda. Disisi lain juga ditemukan bahwa Cygb teroksidasi dapat direduksi dengan supernatan homogenat sel hati sapi yang dibuktikan dengan peningkatan produksi Cygb-Fe2+ dari Cygb-Fe3+. berdasarkan penemuan ini diduga bahwa di jaringan hati sapi, terdapat suatu protein yang berperan sebagai reduktase yang analog dengan diaphorase pada metHb dan cytochrome b5 reductase 3 (CYB5R3) pada metMb.

Metode: dugaan enzim pada homogenat hati sapi diisolasi menggunakan RIPA lysis buffer dan dipurifikasi oleh kromatografi Cibacron blue dikonfirmasi dengan SDS-PAGE dan Western blot. Aktivitas dari dugaan enzim reduktase ditentukan dengan ratio absorbansi maksimum antara Cygb-Fe3+ (metCygb) dan Cygb-Fe2+ (deoksiCygb).

Hasil: dugaan enzim dari sel lisat dengan RIPA buffer dimurnikan menggunakan kromatografi Cibacron blue ditunjukkan puncak B diduga sebagai CYB5R3. hasil tersebut dikonfirmasi dengan Western blot, yang mampu mereduksi Cygb-Fe3+ menjadi Cygb-Fe2+ dan menunjukkan kesamaan karakteristik dengan lisat hati sapi. lisat hati sapi menunjukkan kemampuan yang lebih baik dalam mereduksi Cygb-Fe3+ menjadi Cygb-Fe2+ dibandingkan puncak A eluat kromatografi Cibacron blue. Analisis berat molekul dengan SDS-PAGE dibuktikan adanya satu pita dengan berat molekul ~50 kDa pada puncak A, ~60 kDa pada puncak B, dan lisat hati sapi, sedangkan CYB5R3 ditampilkan satu pita dengan berat molekul 34 kDa. Cygb-Fe3+ tidak dapat direduksi oleh diaphorase.

Simpulan: Kami menyimpulkan bahwa terdapat enzim reduktase yang dapat mereduksi Cygb-Fe3+ menjadi Cygb-Fe2+ dalam lisat hati sapi dan puncak B dari kromatografi gel Affi blue, tapi enzim reduktase tersebut bukan merupakan diaphorase maupun CYB5R3

Kata kunci: kromatografi, hemoglobin, purifikasi, enzim reduktase

---

Background: In previous studies it has been proven that cytoglobin (Cygb) is able to bind several types of gases with a typical spectrum pattern. On the other hand it was also found that oxidized Cygb can be reduced by supernatant of bovine liver cell homogenate as proven by increased production of Cygb-Fe²⁺ from Cygb-Fe³⁺. Based on these findings we suspected that in bovine liver tissue, there is a protein act as a reductase which  is analogous to diaphorase in metHb and cytochrome b5 reductase 3 (CYB5R3) in metMb.

Method: The putative enzyme in bovine liver homogenate was isolated using RIPA lysis buffer and purified by Cibacron blue chromatography confirmed by SDS-PAGE and Western blot. The activity of suspect reductase enzyme is determined by the ratio of maximum absorbance between Cygb-Fe³⁺ (metCygb) and Cygb-Fe²⁺ (deoxyCygb).

Result: The putative enzyme from lysate cell with RIPA buffer was purified using Cibacron blue chromatography showed the peak B is suspected as CYB5R3. It was confirm by Western blot, which was able to reduce Cygb-Fe³⁺ to Cygb-Fe²⁺ and showed the same characteristic with the lysate bovine liver. Lysate of bovine liver showed a better capability in reducing Cygb-Fe³⁺ to Cygb-Fe²⁺ than peak A of Cibacron blue chromatography eluate. Molecular weight analysis with SDS-PAGE showed a band with ~50 kDa in peak A, ~60 kDa in peak B, and lysate of bovine liver, while CYB5R3 showed a band with 34 kDa. Cygb-Fe³⁺ cannot be reduce by the diaphorase.

Conclusion: We concluded that there is a reductase enzyme which can reduce Cygb-Fe³⁺ to Cygb-Fe²⁺ in the lysate bovine liver and peak B of Affi blue gel chromatography, but it is not a diaphorase nor CYB5R3.

"

"Hidroksiapatit (HA) merupakan biomaterial yang dapat diekstrak dari limbah alami. Material hidroksiapatit dapat diaplikasikan dalam medis karena memiliki sifat biokompatibel, bioaktivitas, dan osteokonduksi yang bagus. Penelitian ini bertujuan untuk mensintesis hidroksiapatit dari tulang femur sapi dengan menggunakan suhu kalsinasi yang berbeda yaitu pada suhu 850^oC dan 900^oC. Hidroksiapatit yang diperoleh akan dikarakterisasi menggunakan Thermogravimetric Analysis (TGA), X-Ray Diffraction (XRD), Scanning Electron Microscopy Energy Dispersive Spectroscopy (SEM-EDS), dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Hasil karakterisasi menunjukkan bahwa semakin tinggi suhu kalsinasi maka akan semakin banyak senyawa organik yang terdekomposisi. Selain itu, peningkatan suhu kalsinasi menyebabkan ukuran kristal dan kristalinitas meningkat. Ukuran kristal HA sintesis meningkat dari 41,11 nm menjadi 57,50 nm dan derajat kristalinitas meningkat dari 87,34% menjadi 88,18%. HA sintesis dan HA komersial memiliki struktur kristal heksagonal yang menunjukkan bahwa rasio Ca/P tidak sesuai dengan stoikiometri. Rasio Ca/P yang diperoleh pada suhu kalsinasi 850^oC adalah 1,689 yang mana lebih mendekati rasio CaP stoikiometri 1,67 dibandingkan dengan menggunakan suhu kalsinasi 900^oC. Sedangkan HA komersial memiliki rasio Ca/P yang lebih rendah dibandingkan HA sintesis dengan nilai rasio 1,523.

---

Hydroxyapatite (HA) is a biomaterial that can be extracted from natural waste. Hydroxyapatite can be applied medically because it has good biocompatibility, bioactivity, and osteoconduction. This study aims to synthesize hydroxyapatite from bovine bone using different calcination temperature, at 850^oC and 900^oC. Hydroxyapatite obtained will be characterized using Thermogravimetric Analysis (TGA), X-Ray Diffraction (XRD), Scanning Electron Microscopy Energy Dispersive Spectroscopy (SEM-EDS), and Fourier Transform Infra Red (FTIR). The results show that the higher temperature, the more organic compounds will be decomposed. In addition, an increase in calcination temperature causes crystallite size and crystallinity increased. Crystallite size of synthesis HA increased from 41.11 nm to 57.50 nm and the degree of crystallinity increased from 87.34% to 88.18%. Synthesis HA and commercial HA have a hexagonal crystal structure which means Ca/P ratio incompatible with stoichiometry. The Ca/P ratio obtained at temperature 850^oC is 1.689 which is closer to the stoichiometric Ca/P ratio 1.67 compared using temperature 900^oC. Whereas commercial HA has a lower Ca/P ratio than synthesis HA with ratio value 1.523."

"Gelatin adalah suatu protein yang dihasilkan dari kolagen dengan cara hidrolisis asam atau basa. Komposisi dan susunan asam amino pada gelatin berbeda tergantung tiap sumber jaringan hewan tetapi selalu terkandung glisin, prolin, dan hidroksiprolin dalam jumlah yang besar. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gelatin, mengetahui karakteristik gelatin dari kulit sapi dan memperoleh metode analisis yang optimum untuk penetapan kadar asam amino glisin, prolin, dan hidroksiprolin pada gelatin sapi. Kulit sapi dihidrolisis menggunakan natrium hidroksida 2 , suhu ekstraksi 70 C selama 3 jam dan suhu pengeringan 60 C. Pada ekstrak gelatin sapi dilakukan evaluasi uji meliputi uji organoleptis, analisis spektrum FTIR, pH, kadar abu, kadar air, dan viskositas. Hasil optimasi metode analisis untuk penetapan kadar asam amino glisin, prolin, dan hidroksiprolin pada gelatin sapi menggunakan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi dengan detektor fluoresensi pada panjang gelombang eksitasi 265 nm dan emisi 320 nm, komposisi fase gerak dapar asetat-asetonitril 55:45 dengan laju alir 0,8 mL/menit dan menggunakan kolom C18 dengan panjang kolom 250 mm, diameter dalam 4,6 mm, dan ukuran partikel 5 mm, serta dilakukan derivatisasi menggunakan pereaksi 9-Fluorenilmetoksikloroformat-klorida FMOC-Cl . Hasil menunjukkan kadar rata-rata glisin, prolin, dan hidroksiprolin pada sampel gelatin sapi adalah 25,10 0,09 , 14,28 0,11 , dan 13,50 0,05.

---

Gelatin is a protein derived from partial hydrolysis of collagen either with acid or alkali. The amino acid composition and its sequences in gelatin are different from one source to another, but always consist of large amount of glycine, proline and hydroxyproline. This study aimed to isolate gelatin, determined characteristic and obtain analytical methods are optimum for the determination of glycine, proline, and hydroxyproline levels in bovine gelatin. Bovine hide is hydrolyzed using 2 sodium hydroxide, extraction temperature at 70 C for 3 hours and drying temperature at 60 C. The gelatin extract were evaluate with organoleptic test, FTIR analysis, pH, ash content, moisture content, and viscosity.

The result of optimum analysis condition for the determination of glycine, proline, and hydroxyproline in bovine gelatin using high performance liquid chromatography HPLC with fluorescence detector at excitation wavelength 265 nm and emission 320 nm, mobile phase composition acetic buffer acetonitrile 55 45 with a flow rate 0,8 mL min and was used C18 column with a length of 250 mm, an inner diameter of 4.6 mm, and the particle size 5 mm. Derivatization amino acids using reagent 9 fluorenymthylchloroformate cloride FMOC Cl. The results showed average levels of glycine, proline, and hydroxyproline in bovine gelatin were 25.10 0.09 , 14.28 0.11 , and 13.0 0.05. "

"Kitin dan kitosan memiliki gugus amina yang bermuatan positif pada rantai sampingnya. Kesamaan struktur kitin dan kitosan dengan DEAE selulosa membuat kedua polimer tersebut berpotensi digunakan sebagai matriks penukar ion untuk fraksinasi protein. Hasil fraksinasi serum dengan matriks kitin dan kitosan dibandingkan dengan hasil fraksinasi dengan matriks  DEAE selulosa. Serum darah sapi diifraksinasi dengan kromatografi kolom dnegan matriks kitin kitosan dan DEAE selulosa dengan fase gerak PBS Ph 7,4, bufer fosfat Ph 6,5 Dan dapar Tris Ph 8,5. Fraksi IgG diuji dengan elektroforesis selulosa asetat, elektroforesis gel poliakrilamida dan imunodifusi radial. fraksinasi degan matriks kitin dan kitosan menunjukkan pola yang sama dengan matriks DEAE selulosa. Hasil elektroforesis gel poliakrilamid menunjukkan adanya pita IgG pada fraksi kitin, kitosan dan DEAE selulosa dengan fase gerak PBS pH 7,4 dan dapar fosfat pH 6,5. Namun hasil fraksinasi dengan dapar tris pH 8,5 tidak menunjukkan adanya pita IgG. Hasil uji dengan imunodifusi radial menunjukkan adanya IgG dengan konsentrasi terbanyak pada fraksi kitosan dengan fase gerak PBS pH 7,4. Kitin dan kitosan berpotensi digunakan sebagai Matriks penukar ion untuk fraksinasi protein serum darah sapi. Fraksi terbaik adalah fraksi kitosan degan fase gerak PBS pH 7,4.

---

Chitin and chitosan are polymers that naturally have N group on the side chain. The similarity structure between chitin, chitosan and DEAE-cellulose make the two polymer potentially used as ion-exchange matrix to fractionation of blood serum. Bovine serum was fractionated by column chromatography with chitin chitosan matrix and DEAE-cellulose with PBS pH 7.4, Phosphate buffer with pH 6.5 and tris buffer pH 8.5. The IgG fraction was tested by cellulose acetate electrophoresis, polyacrylamide gel electrophoresis and radial immunodiffusion.the results of fractionation using chitin and chitosan matrix showed the same pattern as DEAE-cellulose matrix. The results of polyacrylamide gel electrophoresis showed the presence of IgG bands in the chitin, chitosan and DEAE-cellulose fractions with PBS mobile phase pH 7.4 and phosphate buffer pH 6.5. However, the results of fractionation with tris buffer pH 8.5 did not show any IgG bands. The test results with radial immunodiffusion showed the presence of IgG with the highest concentration in the chitosan fraction with PBS mobile phase pH 7.4. Chitin and chitosan have potential as ion exchange matrix for protein fractionation of bovine serum. chitosan matrix with PBS pH 7.4 mobile phase show the best fraction."

"Oksigen merupakan zat penting dalam metabolisme energi tubuh, terutama otak. Neuroglobin (Ngb), salah satu famili hemoprotein berperan sebagai pengikat oksigen di otak. Seperti hemoprotein lainnya, gugus hem pada Ngb rentan mengalami oksidasi Fe2+ menjadi Fe3+ yang dapat menghilangkan fungsi pengikatan oksigennya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perubahan spektrum Ngb terhadap oksigen dan karbonmonoksida serta mencari potensi enzim yang dapat mereduksi Ngb teroksidasi (metNgb). Protein Ngb diisolasi dengan teknik fraksinasi menggunakan amonium sulfat kejenuhan 90%, dipurifikasi dengan kromatografi penukar anion (DEAE Selulosa) dan kromatografi imunoafinitas. Hasil isolasi dikonfirmasi dengan SDS-PAGE dan Western blot. Enzim pereduksi metneuroglobin diisolasi dengan RIPA lysis buffer, dipurifikasi dengan kromatografi Affi gel blue, dan dikonfirmasi dengan SDS-PAGE. Ngb hasil purifikasi memiliki berat molekul 17,26 kDa. Analisis spektrum pada rentang panjang gelombang 350-500nm, memperlihatkan puncak soret dari deoksiNgb, oksiNgb, karboksiNgb dan metNgb berturut-turut adalah 415 nm, 405 nm, 405 nm, dan 420 nm. Hasil isolasi enzim pereduksi yang diperoleh terdiri dari 2 bagian, yaitu eluat tidak terikat matriks (eluat-1) dan eluat terikat matriks (eluat-2). Hasil SDS-PAGE dari eluat-1, eluat-2 dan fraksi bebas Ngb (hasil samping purifikasi Ngb) menunjukkan 3 pita yang sama pada berat molekul 72,45; 26,84 dan 16,33 kDa yang diduga berpotensi sebagai enzim pereduksi. Kinetik reduksi diuji dengan mereaksikan fraksi dan metNgb serta mengukur serapan deoksiNgb yang terbentuk tiap satuan waktu. Hasil pengukuran rasio NgbFe3+ menjadi NgbFe2+ dari fraksi bebas Ngb, eluat-1 dan eluat-2, yang memiliki aktivitas reduksi terbaik adalah eluat-1 karena memiliki nilai regresi terbaik.

---

Oxygen is an important substance in the body's energy metabolism, especially the brain. Neuroglobin (Ngb), one of the hemoprotein families, acts as an oxygen binder in the brain. Like other hemoproteins, the haem group in Ngb is susceptible to Fe2+ oxidation to Fe3+ which can eliminate its oxygen binding function. This study aims to analyze the changes in the Ngb spectrum towards oxygen and carbon monoxide and to find the potential for enzymes that can reduce oxidized Ngb (metNgb). Ngb protein was isolated by fractionation technique using ammonium sulfate 90% saturation, purified by anion exchange chromatography (DEAE Cellulose) and immunoaffinity chromatography. The isolation results were confirmed by SDS-PAGE and Western blot. The metneuroglobin-reducing enzyme was isolated by RIPA lysis buffer, purified by Affi gel blue chromatography, and confirmed by SDS-PAGE. The purified Ngb has a molecular weight of 17.26 kDa. Spectrum analysis in the wavelength range of 350-500nm, showed the afternoon peaks of deoxyNgb, oxyNgb, carboxyNgb and metNgb were 415 nm, 405 nm, 405 nm, and 420 nm, respectively. The results of the isolation of reducing enzymes obtained consisted of 2 parts, namely the matrix-bound eluate (eluate-1) and the matrix-bound eluate (eluate-2). SDS-PAGE results of eluate-1, eluate-2 and Ngb-free fraction (byproduct of Ngb purification) showed the same 3 bands at a molecular weight of 72.45; 26.84 and 16.33 kDa which are thought to have potential as reducing enzymes. The reduction kinetics was tested by reacting the fraction and metNgb and measuring the deoxyNgb uptake formed per unit time. The results of the measurement of the ratio of NgbFe3+ to NgbFe2+ from the free fractions Ngb, eluate-1 and eluate-2, which has the best reduction activity is eluate-1 because it has the best regression value.Oxygen is an important substance in the body's energy metabolism, especially the brain. Neuroglobin (Ngb), one of the hemoprotein families, acts as an oxygen binder in the brain. Like other hemoproteins, the haem group in Ngb is susceptible to Fe2+ oxidation to Fe3+ which can eliminate its oxygen binding function. This study aims to analyze the changes in the Ngb spectrum towards oxygen and carbon monoxide and to find the potential for enzymes that can reduce oxidized Ngb (metNgb). Ngb protein was isolated by fractionation technique using ammonium sulfate 90% saturation, purified by anion exchange chromatography (DEAE Cellulose) and immunoaffinity chromatography. The isolation results were confirmed by SDS-PAGE and Western blot. The metneuroglobin-reducing enzyme was isolated by RIPA lysis buffer, purified by Affi gel blue chromatography, and confirmed by SDS-PAGE. The purified Ngb has a molecular weight of 17.26 kDa. Spectrum analysis in the wavelength range of 350-500nm, showed the afternoon peaks of deoxyNgb, oxyNgb, carboxyNgb and metNgb were 415 nm, 405 nm, 405 nm, and 420 nm, respectively. The results of the isolation of reducing enzymes obtained consisted of 2 parts, namely the matrix-bound eluate (eluate-1) and the matrix-bound eluate (eluate-2). SDS-PAGE results of eluate-1, eluate-2 and Ngb-free fraction (byproduct of Ngb purification) showed the same 3 bands at a molecular weight of 72.45; 26.84 and 16.33 kDa which are thought to have potential as reducing enzymes. The reduction kinetics was tested by reacting the fraction and metNgb and measuring the deoxyNgb uptake formed per unit time. The results of the measurement of the ratio of NgbFe3+ to NgbFe2+ from the free fractions Ngb, eluate-1 and eluate-2, which has the best reduction activity is eluate-1 because it has the best regression value"

"Obat ndash, obat golongan statin berkhasiat sebagai penurun kolesterol dan digunakan sebagai pencegahan pertama penyakit - penyakit kardiovaskuler. Namun, beberapa studi menyatakan bahwa ditemukan berbagai efek samping akibat penggunaan statin. Pencarian senyawa sebagai alternatif untuk pengobatan hiperkolesterlemia ditemukan dalam kandungan ekstrak biji melinjo. Ekstrak diklormetan memperlihatkan aktivitas penghambatan terhadap Hidroksimetilglutaril KoA Reduktase HMGCR berdasarkan uji in vitro sehingga berpotensi mengurangi pembentukan kolesterol dalam darah. Percobaan melalui penambatan molekuler menggunakan Autodock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER dilakukan sebagai pelengkap terhadap uji in vitro. Suhu yang diterapkan dalam simulasi adalah 300 K sebagai suhu acuan dan 310 K sebagai penyesuaian dengan suhu tubuh normal. Parameter ndash; parameter yang diamati antara lain interaksi senyawa ligan dengan residu, afinitas ikatan, RMSD, RMSF, analisis ikatan hidrogen, MMPBSA dan MMGBSA. Dalam simulasi ini, trans-resveratrol, trans-piceid, Gnemonol M, Gnemonosida B, Viniferin dan Gnetin C memberikan energi lebih rendah dibandingkan HMG yang berperan sebagai ligan alami, sehingga berpotensi sebagai inhibitor alternatif terhadap HMGCR. Rentang energi untuk docking ligan ndash; ligan adalah -5,43 kkal/mol hingga 8,63 kkal/mol, serta -11,1 kkal/mol hingga 31,38 kkal/mol untuk simulasi. Suhu simulasi yang lebih disukai adalah 310 K karena terbentuk lebih banyak interaksi dan diperoleh afinitas yang lebih tinggi dibandingkan suhu 300 K.

---

Statins are cholesterol lowering drug and used as primary prevention of cardiovascular diseases CVD , but numerous studies show adverse effects of statin medication. Recent study found alternative nature compounds as treatment of high blood cholesterol level which are contained within melinjo seed extract. Dichloromethane extract has inhibitory activity over Hydroxymethylglutaryl CoA Reductase HMGCR based on in vitro study, therefore has potent activity for lowering blood cholesterol. Molecular docking using Autodock and molecular dynamic simulation using AMBER are conducted for complementary study to in vitro experiment. Simulation was set at 300 K as default temperature and 310 K, normal human body temperature. The main parameters of this study are ligand residue interaction, binding affinity, RMSD, RMSF, hydrogen bonds analysis, MMPBSA and MMGBSA. In this simulation, trans resveratrol, trans piceid, Gnemonol M Gnemonoside B, Viniferin and Gnetin C have lower energy than HMG, the original ligand of HMGCR. Free energy binding obtained from docking range between 5,43 kcal mol to 8,63 kcal mol and 11,1 kcal mol to 31,38 kcal mol for the simulation. Also, simulation at 310 K is preferable than 300 K as more interactions are performed and higher affinity is obtained."

"Latar Belakang Prevalensi obesitas dunia maupun Indonesia terus meningkat. Pada obesitas, terjadi peningkatan sintesis kolesterol hati dan dislipidemia yang berisiko menyebabkan kematian. Ketumbar diduga memiliki efek anti dislipidemia dengan menginhibisi enzim HMG-KoA reduktase. Oleh sebab itu, peneliti ingin meneliti pengaruh ekstrak biji ketumbar pada ekspresi HMG-KoA reduktase dalam sintesis kolesterol hati tikus obesitas. Metode Studi eksperimental melibatkan 29 tikus Wistar yang dibagi menjadi 5 kelompok: pakan standar, pakan standar yang diberi ekstrak ketumbar, pakan standar yang setelahnya diberi pakan tinggi lemak sekaligus ekstrak ketumbar, pakan tinggi lemak, dan pakan tinggi lemak yang diberi ekstrak ketumbar. Ketumbar diberi dengan dosis 100 mg/kgBB selama 12 minggu. Selajutnya, jaringan hati dinekropsi dan RNA diekstraksi. Kemudian, dilakukan analisis RNA menggunakan quantitative real time reverse transcriptase polymerse chain reaction (qRT-PCR) dan ekspresi relatif HMG-KoA reduktase dihitung dengan metode Livak. Hasil Tidak terdapat peningkatan signifikan (p > 0.05) ekspresi relatif mRNA HMG-KoA reduktase pada hati kelompok kontrol obes dibandingkan kontrol normal. Penurunan tidak signifikan (p > 0.05) dari ekspresi relatif enzim juga terlihat pada kelompok normal yang diberi ekstrak ketumbar (dibanding kontrol normal) maupun obes yang diberi ekstrak ketumbar (dibanding kontrol obes). Kesimpulan Efek ekstrak etanol biji ketumbar dosis 100 mg/kgBB selama 12 minggu tidak memiliki dampak signifikan kuratif maupun preventif) dalam menurunkan sintesis kolesterol de novo hati melalui inhibisi ekspresi mRNA HMG-KoA reduktase pada tikus obesitas pasca pemberian pakan tinggi lemak.

---

Introduction The global prevalence of obesity, including in Indonesia, continues to increase. In obesity, there is an increase in hepatic cholesterol synthesis and dyslipidemia which carries the risk of causing death. Coriander is thought to have anti-dyslipidemic effects by inhibiting the HMG-CoA reductase enzyme. Therefore, researcher wants to analyze the effect of coriander seed extract on HMG-CoA reductase expression in liver cholesterol synthesis in obese rats. Method 29 Wistar rats are involved in this experimental study and divided into 5 groups: standard feed, standard feed given coriander extract, standard feed which was then changed to a high-fat diet and simultaneously given coriander extract, high-fat feed, and high-fat diet given coriander extract. Coriander was given at a dose of 100 mg/kgBW for 12 weeks. Next, the liver tissue was necropsied and RNA was extracted. RNA analysis was carried out using quantitative real time reverse transcriptase polymerse chain reaction (qRT-PCR). The relative expression of HMG-CoA reductase was calculated by the Livak method. Results There is no significant increase (p > 0.05) in the relative expression of HMG-CoA reductase mRNA in the liver of obese controls compared to normal controls. Non-significant decrease (p > 0.05) in the enzyme relative expression was also observed in the normal group given coriander extract (100 mg/kgBW) when compared to normal controls, as well as in the obese group given coriander extract when compared to obese controls. Conclusion The effect of coriander seed ethanol extract at a dose of 100 mg/kgBW for 12 weeks does not have a significant impact (curative or preventive) to reduce hepatic de novo cholesterol synthesis, particularly through the inhibition of HMG-CoA reductase mRNA expression in obese mice following the consumption of a high-fat diet."

"Tripsin kation memiliki peran penting dalam teknik kultur sel mamalia adherent. Enzim tersebut berperan sebagai enzim hidrolitik yang berfungsi untuk mendispersi sel yang melekat pada cawan petri atau botol tempat kulturnya sehingga mempermudah proses kultur sel mamalia baik pada proses pemanenan sel maupun subkultur. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi dan mengklon gen tripsin kation dari pankreas sapi ke dalam E. coli DH5α dengan vektor pGEM-T Easy. Fragmen gen tripsin kation target berukuran 780 pb diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel pankreas sapi dengan primer spesifik gen tripsin kation. Gen tripsin kation target diligasi pada plasmid pGEM-T Easy. Vektor rekombinan ditransformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli DH5α dan diseleksi menggunakan medium ampisilin. Vektor rekombinan di digesti menggunakan enzim SfoI dan XmaI dan menghasilkan pita DNA berukuran 780 pb pada elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan gen tripsin kation telah berhasil diklon ke dalam plasmid pGEM-T Easy.

---

Cationic trypsin has an important role in adherent mammalian cell culture. The enzyme is a hydrolytic enzyme that disperses the cells attached to petri dishes and culture bottle making the harvesting and subculturing procedures easier. This research aims to isolate the RNA and clone the bovine pancreatic cationic trypsin gene into E. coli DH5α. The 780 bp cationic trypsin gene was amplified from cDNA derived from mRNA isolated from bovine pancreas using cationic trypsin gene-specific primers. Cationic trypsin gene was ligated to pGEM-T Easy plasmid. Recombinant vector was transformed by heat shock method into E. coli DH5α cells, which were then selected using amphicillin containing medium. The recombinant vector was digested using enzymes SfoI and XmaI to confirm the presence of the target gene. Agarose gel electrophoresis showed a 780 bp DNA band, confirming that the cationic trypsin gene was successfully cloned into the plasmid pGEM-T Easy."

"ABSTRAKPenemuan antibakteri sangat diperlukan mengingat resistensi bakteri dan adanya efek samping yang tidak dikehendaki. Sementara, sakarin yang dikenal sebagai pemanis sintetik memiliki potensi menjadi kandidat obat baru dikarenakan telah diketahui memiliki banyak aktivitas farmakologi, memungkinkan derivatisasi serta didukung dengan ketersediaannya yang berlimpah dan ekonomis. Pada penelitian ini, dilakukan pengujian in silico secara penambatan molekuler 40 senyawa derivat sakarin terhadap enzim isoleucyl-tRNA synthetase yang bekerja pada ribosom bakteri untuk sintesis protein, DNA gyrase bekerja dengan membuat struktur DNA bakteri lebih stabil selama replikasi dan transkripsi serta dihidrofolat reduktase yang bertanggung jawab dalam pembentukan asam tetrahidrofolat untuk sintesis DNA bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan 5 besar senyawa terbaik hasil penambatan terhadap ketiga enzim serta mendapatkan situs pengikatan inhibisinya. Penambatan molekuler dilakukan dengan peranti lunak Autodock4 dan Vina. Pemilihan jenis bakteri disesuaikan dengan uji antibiotik standar yakni Staphylococcus aureus yang merupakan indikator bakteri Gram positif, Escherichia coli merupakan indikator bakteri Gram negatif dan Mycobacterium tuberculosis yang tidak termasuk keduanya. Dari hasil penambatan molekular didapatkan 5 senyawa yang memiliki aktivitas inhibisi terbaik secara in silico setiap enzim menggunakan parameter Autodock4 maupun Vina. 5 senyawa ini kemudian divisualisasi untuk melihat interaksi kompleks ligan-enzim.

---

ABSTRACTAntibacterial discovery is important because of antibacterial resistance and side effect. In other side, saccharin well known as artificial sweetener has potential to become a novel drug candidate because saccharin have many pharmacological activities, possible to derivatitation, cheap and abundant availability. In this study, we employed in silico docking of 40 saccharin derivatives for determine inhibition activity of isoleucyl tRNA synthetase that work on the bacterial ribosome for protein synthesis DNA gyrase, work by making bacterial DNA structures more stable during replication and transcription and dihydrofolate reductase, responsible for the formation of tetrahydrofolic acid for bacterial DNA synthesis. The research aim to determine 5 best compound from molecular docking results and determine the active site inhibition. Molecular docking has been doing with AutoDock4 and Vina. The selection of bacteria species was adjusted with standard antibiotic test, Staphylococcus aureus which indicator of Gram positive bacteria, Escherichia coli which indicator of Gram negative bacteria and Mycobacterium tuberculosis which not belong both. From the result of molecular docking, 5 compounds was the best inhibition in silico activity in every enzyme using AutoDock4 and Vina. The 5 compounds were then visualized to look ligand enzyme complex interactions."