Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Pada Oktober 2019, Sumatera Utara kembali terpapar penyakit kolera babi (hog cholera atau classical swine fever) dan demam babi Afrika. Wabah penyakit ini telah menyebabkan kematian pada ternak babi hingga 29.223 ekor di 17 kabupaten/kota di Sumatera Utara. Sementara pada Februari 2020, Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan Provinsi Bali melaporkan sebanyak 1700 ekor babi milik warga mati disebabkan oleh penyakit ASF di 9 kabupaten/ kota. Penelitian ini dilakukan untuk merancang vaksin berbasis epitop secara in siliko untuk mencegah infeksi virus ASF dan CSF pada babi. Vaksin dibuat berbasis epitop dari protein virus karena sangat imunogenik dalam menginduksi produksi antibodi, dan juga merupakan target utama untuk netralisasi antibodi selama infeksi CSFV dan ASFV. Sekuens protein diunduh dari NCBI dan dianalisis secara komputasi. Prediksi afinitas ikatan dilakukan dengan menggunakan IEDB Tepitool dan prediksi epitop untuk CTL dilakukan dengan menggunakan IEDB NetCTLpan. Struktur protein target dapat diunduh dari Protein Database (PDB) maupun secara homology modelling dan struktur ligan peptida nonamer dirancang dengan menggunakan ChemBioDraw Ultra 14.0 untuk kemudian dipreparasi melalui proses optimasi geometri dan minimasi energi. Ikatan antara molekul SLA dan peptida epitope kemudian dianalisis dengan cara molecular docking pada situs asam amino tertentu dengan menggunakan software MOE 2014.09, untuk menghitung energi ikatan dan memverifikasi daerah interaksi epitop dengan reseptor protein.

---

On October 2019, Hog Cholera and African Swine Fever outbreak has struck North Sumatera. As many 29.223 pigs has been killed in 17 districts/ cities in North Sumatera. Meanwhile since February 2020, Bali Agriculture and Food Security Agency reported that over 1700 pigs were killed by ASF in 9 districts/ cities. This study aimed to design epitope-based peptide vaccine in order to prevent further infection of ASFV and CSFV. An epitope-based vaccine is potent in establishing a strong antibody due to its strong immunogenicity, and it is also the main target for inducing neutralizing antibodies during CSFV and ASFV infection. Sequences of ASFV and CSFV protein were collected from NCBI and analyzed through computational method. Peptides binding affinities were predicted using IEDB Tepitool and NetCTLpan was used to predict rhe CTL epitopes. The 3D structures of the protein were obtained either downloading from the Protein Database and homology modelling, and the nonamer peptide structures were drew by using ChemBioDraw Ultra 14.0 and then prepared through geometry optimization and energy minimization. The epitopes were further tested for binding against the SLA molecules using molecular docking technique at any amino acid residues to calculate its binding energy and verify the binding cleft epitope interactions.

"

"Tuberkulosis merupakan salah satu penyebab utama di antara kematian orang dengan HIV/AIDS (ODHA). Orang dengan daya tahan tubuh yang rendah cenderung lebih mudah untuk terinfeksi tuberkulosis daripada orang yang memiliki daya tahan tubuh yang sehat, hal ini membuat ODHA begitu rentan terhadap tuberkulosis. Pada penelitian kali ini telah didesain vaksin berbasis epitop yang dikhususkan untuk penderita HIV, dikarenakan vaksin yang ada saat ini memiliki efek samping yang signifikan bila digunakan pada pasien dengan daya tahan tubuh yang lemah. Epitop akan dipilih dari protein polisakarida bakteri Mycobacterium tuberculosis dan amplop protein Human immunodeficiency virus. Prediksi epitop sel B telah dilakukan menggunakan ABCpred, sementara sel T menggunakan IEDB. Penambatan molekul dilakukan dengan AutoDock Vina dengan data struktur 3D yang didapatkan dari Protein Data Bank (PDB). Hasil yang terbaik akan dipilih berdasarkan nilai ΔGbinding dan interaksi antara ikatan epitop dengan molekul HLA. Penelitian ini menghasilkan 4 kandidat epitop terbaik (AVAGAAYGY, TLFCASDAK, LSVVVFAVAGAAYGY dan ANTTLFCASDAKSYE) dangan cakupan populasi 87,45% dari populasi global.Tuberculosis is one of the leading causes of death among people living with HIV. It is easier for people with low immune system to be infected by tuberculosis disease than those with healthy immune system, this made people living with HIV vulnerable to tuberculosis. In this research an epitope-based vaccine have been designed specially for people living with HIV, as the current tuberculosis vaccine have a significant side effect to people with poor immune system. The epitopes has been selected from polysaccharide protein of Mycobacterium tuberculosis and protein envelope of Human immunodeficiency virus. B cell epitope have been predicted using ABCpred, while T cell epitope have been predicted IEDB. Molecular docking have been conducted using AutoDock Vina with 3D structure retrieved from Protein Data Bank (PDB). Best result have been selected based on ΔGbinding value and the binding interaction between epitopes and HLA molecules. This research have produced 4 best epitope candidates (AVAGAAYGY, TLFCASDAK, LSVVVFAVAGAAYGY and ANTTLFCASDAKSYE) with population coverage of 87.45% of human population worldwide."

"Avian influenza H5N1 hingga akhir Februari 2007 telah menyerang 102 orang dan menevvaskan 81 orang yang terinfeksi di Indonesia. Dengan mempertimbangkan makin tingginya angka kejadian dan mortalitas akibat penyakit ini, diperlukan metode untuk deteksi dini infeksi virus serta perlu dipelajari epitope virus agar dapat dibuat ranoangan vaksin. Pembuatan desain primer dari sekuens nukleotida segmen 5 (nukleokapsid protein) virus H5N1 di Indonesia dilakukan dengan software off-/ine FastPCR versi 4.0.Untuk memprediksi epitope peptide binding-MHC l terhadap nukleokapsid protein (NP) virus H5N1 di Indonesia, digunakan program on-line peptide binding to MHC class l molecules dengan alamat situs vi/vi/vv.immuneepitope.org. Dari studi in silioo, diperoleh 11 maoam left primer dan 6 maoam nght primer yang khas untuk sekuen nukleotida NP tertentu.Pada prediksi epitope peptide binding-MHC l, epitop NP mempunyai afinitas tinggi di 18 allele. Afinitas tertinggi terdapat pada allele 55401, untuk epitop LPACVYGLA dengan nilai |C50 sebesar 0,74 n|V|. Hal Iain yang juga perlu diperhatikan dalam prediksi epitop yaitu ikatan yang munoul pada allele A0201, hanya ada pada sekuen protein ke 59 (A/Indonesia/CDC184/2005(H5N1)), untuk epitop RLIQNSITV dengan nilai |050 sebesar 43,1 nIV|. Terdapat perbedaan antara prediksi epitop NP menggunakan database viral protein dengan protein hasil translasi sekuens nukleotida yang diperoleh dari amplifikasi DNA. Perbedaan itu disebabkan karena perbedaan panjang protein hasil translasi dengan protein database.Prediksi epitop hasil translasi mempunyai afinitas tinggi terhadap IVIHC kelas nanya di 'I5 allele dengan perbedaan pada allele AO206, A1 '|O'|, dan B4403_ Epitop-epitop pada allele tersebut berada pada bagian-bagian yang tidak teramplifikasi ketika dilakukan PCR in Sillco yaitu bagian terminal Sekuen asam amino protein database."

"Epidermodysplasia verruciformis merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh virus HPV (Human Papilloma Virus). Penyakit ini membuat penderita dipenuhi oleh kutil yang sangat banyak sehingga bisa menutupi salah satu bagian tubuh manusia pada bagian tertentu. Jumlah kasus penyakit ini sebanyak 501 di seluruh dunia. Salah satu penanganan untuk penyakit ini adalah cryotherapy dan merupakan metode yang paling aman digunakan pada saat ini. Pada penelitian ini telah didesain vaksin berbasis Epitop yang dikhususkan untuk penderita Epidermodysplasia verruciformis, dikarenakan belum ada ditemukan vaksin untuk HPV 5, 8, 10 dan 47 L1. Epitop dipilih dari kapsid Human Papilloma Virus (HPV). Prediksi Epitop menggunakan ABCPred untuk B Cell, sedangkan T Cell menggunakan IEDB. Penelitian ini dilakukan dengan metode molecular docking  dengan menggunakan software Molecular Operating Simulator (MOE) dengan data Struktur 3D yang diambil dari Protein Data Bank (PDB). Dari penelitian ini diperoleh hasil dari prediksi epitope untuk sel T dari HPV 5, 8, 10, dan 47 yaitu GTYKNQFYI 1, GMMKNQYYI 2, FTSPDIVAV 3, dan YIQRTNIYY 2 untuk MHC I secara berurutan, Sedangkan untuk MHC II adalah YKGLHFWDVDLTERL 4, ACRGLEISRGQPLGV 4, GVRSRSAVSVRKRPA 2, dan NINFKALQHSRSDVS 1 secara berurutan. Untuk sel B adalah VARVQSTDEYIQRTNI, KSPPKEKPDPYAKFNF, FVTVVDTTRSTNMCLC, dan KSPPKEKVDPYKGLNF, secara berurutan. Hasil dari cakupan populasi menunjukkan cakupan dengan rata-rata 97,04, PC₉₀ sebesar 2,02, dan avarege_hit sebesar 3,67.

---

Epidermodysplasia verruciformis is a disease caused by the HPV virus (Human Papilloma Virus). This disease makes sufferers filled with warts so much that it can cover one part of the human body in certain parts. One treatment for this disease is cryotherapy where the safest method is used at this time. In this study, Epitop-based vaccines have been designed specifically for patients with Epidermodysplasia verruciformis, because no vaccine has been found for HPV 5, 8, 10 and 47 L1. Epitopes was selected from the capsid of Human Papilloma Virus (HPV). B Cell Epitop Prediction was used with ABCPred, while T Cell was used with IEDB. This research was conducted by the molecular docking method using Molecular Operating Simulator (MOE) software with 3D Structure data taken from the Protein Data Bank (PDB). The results of epitope predictions for T cells from HPV 5, 8, 10, and 47 have been obtained, namely GTYKNQFYI 1, GMMKNQYYI 2, FTSPDIVAV 3, and YIQRTNIYY 2 for MHC I in sequence, while for MHC II are YKGLHFWDVDLTERL 4, ACRGLEISRGQPLGV 4, GVRSRSAVSVRKRPA 2, and NINFKALQHSRSDVS 1 in sequence. For B cells are VARVQSTDEYIQRTNI, KSPPKEKPDPYAKFNF, FVTVVDTTRSTNMCLC, and KSPPKEKVDPYKGLNF, respectively. The results of population coverage show coverage with an average of 97.04, PC90 of 2.02, and avarege_hit of 3.67."

"ABSTRAKDeman dengue merupakan penyakit viral pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue DENV . Infeksi ini pada beberapa orang juga dapat berkembang ke fase demam yang lebih akut yakni pada fase dengue hemorrhagic fever DHF dan dengue shock syndrome. DHF dan DSS dilaporkan menyebabkan 2,5 kematian dari 500.000 kasus klinis yang telah diketahi. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangatlah diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim ?-glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proeses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Pada penelitan ini, senyawa kastenospermina telah ditautkan dengan fragmen potensial terbaik hasil simulasi penambatan pangkalan data fragmen. Hasil simulasi penambatan perpustakaan fragmen menunjukkan bahwa fragmen dengan nomor ID ZINC00549950 adalah kandidat terbaik untuk ditautkan dengan kastenospermina. Simulasi penautan kastenospermina dan fragmen ZINC00549950 dilakukan dengan MOE 2014.09. Penautan ini menghasilkan 127 ligan yang kemudian akan ditautkan kembali pada sisi aktif ?-glucosidase I. Hasil simulasi penambatan ini menunjukkan bahwa ligan dengan kode LRS 28 adalah ligan terbaik dari semua ligan termodifikasi dengan nilai ?Gbinding sebesar -53,8 Kkal/mol. Prediksi karakteristik drug-likeness dan toksisitas juga menunjukkan bahwa LRS 28 adalah kandidat antiviral yang baik sebagai inhibitor ?-glucosidase I. Hasil dinamika molecular juga menunjukkan bahwa komplek glu I dan LRS 28 cukup stabil pada temperature 310 K dan 312 K ditinjau dari nilai RMSD dan interaksi asam amino yang dibentuk pada akhir simulasi.

---

ABSTRACTDengue fever is a viral disease in humans caused by dengue virus DENV infection. This infection in some people can also develop into a more acute phase of fever that known as dengue hemorrhagic fever DHF and dengue shock syndrome DSS . DHF and DSS are reported to causing 2.5 of deaths from the 500,000 clinical cases that have been reported. The development of antivirals for DENV infection is often constrained. This is occured because DENV has more than one type of serotype. The development of an antiviral that can cure the infection of all DENV serotypes is necessary. This antiviral can be developed through inhibition of host proteins involved in the DENV life cycle. One of the target host proteins is glucosidase I Glu I . This enzyme plays an important role in the proliferation of envelope glycoprotein of DENV. The development of antiviral based on fragment linking could generates novel drug candidates with good binding affinity. In this study, the castenospermine compound were linked with the best potential fragment from docking simulation of the fragment library. The docking simulation result of fragment library showed that fragment with ID number ZINC00549950 was the best candidate to link with castenospermine. The linking simulation between castenospermine and fragment ZINC00549950 was performed with MOE 2014.09. This linking generated 127 ligands which are then re docked to the active side of glucosidase I. The result of this re docking simulation showed that the LRS 28 ligand is the best ligand of all modified ligands with a value of Gbinding 53,8 Kcal mol. The drug likeness and toxicity properties prediction also showed that LRS 28 is a good antiviral candidate for glucosidase I inhibitor. The dynamic simulation indicated the LRS 28 and Glu I complex is stable enough based on RMSD value and protein receptor LRS 28 interaction that formed at the end of simulation. "

"Flu burung adalah penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Tercatat tiga kali pandemik avian influenza pada manusia pada tahun 1918, 1957, dan 1968 yang menyebabkan puluhan juta orang meninggal dunia. Ancaman munculnya pandemik kembali terjadi dengan kemunculan virus avian influenza subtipe A H5N1. Sampai dengan tanggal 3 Februari 2008, jumlah kasus Flu Burung di Indonesia mencapai 126 kasus, 103 diantaranya meninggal. Angka kematian atau Case Fatality Rate (CFR) kasus Flu Burung mencapai 81,7%. Salah satu langkah antisipasi adalah vaksinasi. Studi in silico dilakukan untuk merancang vaksin DNA H5N1. Sekuen asam amino hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), dan protein matrik 2 (M2) virus H5N1 diperoleh dari Genbank, kemudian dilakukan multiple alignment menggunakan program ClustalX, pencarian conserved region menggunakan BioEdit, prediksi epitope T-cel dilakukan dengan tahapan-tahapan: proteasomal cleavage (MAPPP), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (MULTIPRED dan immuneepitope). Dari prediksi epitope didapat masing-masing satu kandidat conserved region protein HA, NA, dan M2 yang kemudian dilakukan reverse translasi sehingga didapat masing-masing satu kandidat sekuen DNA conserved region HA, NA, dan M2 DocumentToPDF trial version, to remove this mark, please register this software. yang akan disisipkan pada plasmid pCMV-HA menggunakan enzim restriksi EcoRI, SalI, BglII, dan XhoI. Didapat enam rancangan sekuen vaksin DNA yang dari pengujian translasi keenam protein hasil translasi menunjukkan kesamaan 100% dengan conserved region protein HA, NA, dan M2 awal dan prediksi proteasomal cleavage (MAPPP) protein hasil translasi menunjukkan epitope pada prediksi protein conserved region HA, NA, dan M2 awal tetap dihasilkan."

"Pada abad 20 telan terjadi tiga kali pandemik avian influenza pada manusia pada tanun 1918, 1957, dan 1968 yang menyebabkan pulunan juta orang meninggal dunia_ Kini anoaman pandemik kembali datang dengan adanya avian influenza subtipe H5N1 (flu burung). Di Indonesia ningga november 2007 sudan 113 orang terjangkit flu burung 91 orang diantaranya meninggal dunia_ Salah satu langkan antisipasi adalan vaksinasi Studi in silioo dilakukan untuk meranoang vaksin DNA H5N1_ Sekuen asam amino nerneggiuiinin (HA) virus H5N1 diperolen eieri Genbank, kemudian dilakukan multiple alignment menggunakan program ClustalX, penoarian oonsen/ed region menggunakan Bioedit, prediksi epitope T-oe/ dilakukan melalui server multipred_ Dari prediksi epitope didapat satu kandidat oonsen/ed region protein HA yang kemudian dilakukan reverse translasi dan Basic Loca/Alignment Search Tee/ (BLAST) eeningge eiieiepei satu kandidat sekuen DNA consen/ed region HA yang akan disisipkan pada plasmid pClVlV-HA menggunakan enzim restriksi Sall dan Notl ,didapat dua ranoangan sekuen vaksin DNA yang dari pengujian translasi kedua protein nasil translasi menunjukkan kesamaan 100% dengan oonsen/ed region protein HA avval."

"Influenza) AI H5N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Vaksin AI H5N1 untuk manusia sangat sulit dibuat terkait tingginya HLA polymorphism pada manusia dan virus H5N1 yang mudah bermutasi melalui antigenic drift dan reassortment. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin, neuraminidase, dan matrik 2 baik host human maupun host avian yang diseleksi melalui multiple sequence alignment (server T-Coffee). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (PAPROC), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (ProPredI) pada 47 allele Human Leukocyte Antigen (HLA) A, B dan C. Untuk meningkatkan respon imun, epitope MHC II juga diprediksi melalui ProPredII pada 51 allele HLA-DR. Epitope B-cell diprediksi dengan DiscoTope 1.0 server (conformational epitope) dan BepiPred 1_0b Server (sequential epitope). Vaksin peptida polyvalent (polytope) diperoleh dari kombinasi terbaik epitope B-cell dan T-cell sebagai representasi variasi allele HLA dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun humoral dan selular terhadap lebih dari satu subtipe virus H5N1 dan/ atau mencegah virus influenza tipe A lain. Kandidat vaksin ditentukan berdasarkan konservasi score dan evaluasi visual accessibility struktur 3D. Struktur 3D virus dan vaksin diprediksi dan dimodelling menggunakan server CPHmodels dan Molecular Visualisation & Modelling (MVM). Hasil struktur 3D dianalisis dan divalidasi menggunakan MVM, Ramachandran Plot (RAMPAGE), BLASTp (database protein human- PDB virus native), dan FeatureMap3D. Kandidat vaksin peptida yang terdiri dari 260 asam amino dari epitope MHC I, MHC II, dan B-cell ternyata masih memiliki struktur 3D yang mirip dengan protein envelope virus native sehingga diprediksi dapat memicu respon imun yang sama seperti pada protein virus native."

"Demam berdarah, penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue, telah menjadi masalah kesehatan yang utama di negara tropis dan subtropis Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis yang dapat berperan sebagai innibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan tujun buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulficia sistein Ialu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui moleoular docking menunjukkan banwa ketujun ligan tersebut memiliki afinitas dan potensi innibisi yang Iebih baik dari ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H. Hasil terbaik ditunjukkan oleh ligan KRK dengan energi ikatan -8,39 kkal/mol dan Ki 0,707 uM. Analisis interaksi kompleks enzim-ligan menunjukkan banwa terdapat 16 Contact residu dan sembilan residu asam amino enzim yang membentuk ikatan nidrogen dengan ligan serta terjadi kesesuaian konformasi ligan terhadap binding site enzim."