Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Dengue sebagai salah satu penyakit mematikan dan terlah berevolusi sejak 50 tahun yang lalu. Virus yang menyebabkan penyakit ini, termasuk kedalam kategori B Arthropod Borne Virus (Arboviroses) pada genus Flavivirus, famili Flaviviridae, dan memiliki 5 jenis serotipe, yaitu; Dengue Virus (DENV)-1, Dengue Virus DENV-2, Dengue Virus DENV-3, Dengue Virus DENV-4 dan, Dengue Virus DENV-5. Penyakit ini sering disalah artikan sebagai penyakit flu karena kemiripan gejalanya mampu merenggut nyawa apabila sudah masuk ke tahap yang cukup berat dengan gejala-gejala yang cukup serius. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan senyawa peptida siklis komersil yang berpotensi sebagai kandidat obat untuk memerangi virus dengue. Penelitian ini dilaksanakan melalui metode in silico dengan menggunakan metode virtual screening, molecular docking dan dengan target protein viral dari virus DENV NS5 RNA-Polimerase. Penambatan ligan peptida siklis didapatkan berdasarkan struktur 3D dari virus DENV NS5 RNA-Polimerase yang diperoleh dari Protein Data Bank serta menggunakan perbandingan ligan standar yang merupakan senyawa yang telah diketahui memberi efek inhibisi terhadap DENV NS5 RNA polimerase. Kemudian, dilakukan pemodelan menggunakan perangkat lunak MOE 2014.09. Kemudian hasil yang diperoleh selanjutnya dilakukan proses uji ADMET untuk mengetahui tingkat keamanan dari senyawa tersebut pada makhluk hidup. Dari penelitian ini didapatkan beberapa senyawa inhibitor yang baik untuk menghambat pertumbuhan dan replikasi dari virus dengue. Senyawa seperti N-acyl-Taurine Geodiataurine, Atazanafir, dan Nostoperin dinilai cukup baik dari segi stabilitas, energi ikatan, dan sifat admet.

---

Fever is one of the deadliest disease that spreads through mosquitoes. This disease has claimed many victims since the beginning of its development 30 years ago. It belongs to category B Arthropod Borne Virus (Arboviroses) which belongs to the genus Flavivirus, family Flaviviridae, and has 5 types of serotypes, namely; (Dengue Virus) DENV-1, DENV-2, DENV-3, DENV-4 and, DENV-5. The disease, which is often mistaken for flu because of the similarity in symptoms, can take lives, is quite severe with serious conversations, such as severe stomach problems, persistent, constantly rapid, bleeding gums, due to anxiety. In this study, an updated discovery will be sought which is requested as a drug to release the dengue virus. This research was carried out through a method in silico using pharmacophore, virtual screening, molecular docking and fragment growth with virus target proteins from the DENV NS5 RNA-Polymerase virus. Tethering of commercial cyclic peptide ligand molecules is obtained based on the 3D structure of the DENV NS5 RNA-Polymerase virus obtained from the Protein Data Bank with code (PDB ID: 2J7U) with standard ligands obtained from company data for sale of related peptides and then modeled using the device software MOE 2014.10. Then the results are carried out growing fragments in order to get an updated composition. "

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Pengobatan baru bersifat antiviral yang menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh sangat dibutuhkan saat ini. NS5 metiltransferase merupakan salah satu protein non struktural virus dengue yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral. Penelitian ini bertujuan menapis peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor NS5 metiltransferase virus dengue melalui molecular docking dan simulasi molecular dynamics. Screening dilakukan melalui metode molecular docking berdasarkan nilai ΔGbinding. Stabilitas kompleks enzim-ligan dianalisis dengan simulasi molecular dynamics. Screening 300 peptida siklis komersial didapatkan ligan terbaik untuk masing-masing sisi ikatan SAM dan RNA-cap NS5 metiltransferase yaitu [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dan Urotensin II, human berdasarkan nilai ΔGbinding, molecular weight (MW) dan uji ADME-Tox. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukan bahwa kedua ligan dapat mempertahankan interaksi dengan residu sisi aktif target. Ligan [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dapat mempertahankan kestabilan konformasi kompleks enzim-ligan pada 310 K dan 312 K. Sedangkan ligan Urotensin II, human lebih reaktif pada 312 K dibandingkan pada 310 K. Oleh karena itu, kedua ligan dapat dijadikan kandidat inhibitor potensial untuk NS5 metiltransferase virus dengue.

---

Disease caused by dengue virus infection has become a major health problem in the world. New treatment is antiviral which inhibits the activity of enzymes that play a role in replication in the body is needed at this time. NS5 methyltransferase was one of dengue virus non-structural proteins which were known to be a target of antiviral inhibitors. This research aims to screen commercial cyclic peptides that was used as inhibitors of dengue virus NS5 methyltransferase by molecular docking and molecular dynamics simulation.

Screening was done through molecular docking method based on the value of ΔGbinding. Stability of complex enzyme-ligand were analyzed by molecular dynamics simulation. Screening of 300 commercial cyclic peptide obtained best ligand for SAM and RNA-cap binding site of NS5 methyltransferase recpectively based on ΔGbinding value, molecular weight (MW) and ADME-Tox test.

Result of molecular dynamics simulation show that both of the ligand can maintain interaction with the active site residues of target. Ligand [Tyr123] Prepro Endothelin (110- 130),amide,human can maintain stable conformation of complex enzyme-ligand at 310 K and 312 K. Meanwhile, ligand Urotensin II,human more reactive at 312 K than at 310 K. Therefore, both ligands can be used as a potential inhibitor candidates for NS5 methyltransferase of dengue virus."

"Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) telah menyatakan bahwa penyakit ini telah menjadi salah satu masalah kesehatan di dunia, terutama di daerah sub-tropis dan tropis. Namun sampai saat ini obat yang spesifik untuk mengobati penderita DBD yang terinfeksi DENV belum ditemukan. Selain itu, diperkirakan wilayah penyebaran infeksi DENV semakin meluas akibat fenomena global, perubahan iklim dan urbanisasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mencari kandidat obat dari senyawa peptida siklik yang dapat berperan sebagai ligan untuk menghambatenzim α-glucosidase I (Glu I) pada host yang diharapkan dapat mengatasi infeksi dari 5 serotipe DENV. Kandidat obat dari senyawa peptida siklik diperoleh melalui metode simulasi molekuler docking menggunakan software MOE 2014.09, diperoleh 10 senyawa peptida siklik memiliki interaksi yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa standar, dengan nilai ΔGBinding diatas -13.0000 Kcal/mol. Senyawa siklo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) merupakan senyawa yang memiliki interaksi paling baik dengan α-Glu I dibandingkan standar dan 9 senyawa peptida siklik lainnya. Selain itu, senyawa tersebut memiliki sifat ADME-Tox yang paling potensial sebagai kandidat obat, diantaranya tidak bersifat toksik, Human Intestila Absorbtion (HIA) positif dan tidak bersifat toksik pada ginjal saat proses eliminasi senyawa obat. Diharapakan hasil yang telah diperoleh dapat dilakukan validasi lebih lanjut dengan menggunakan metode In vitro dan In vivo.

---

Dengue Fever (DF) is a disease caused by dengue virus infection (DENV). The World Health Organization (WHO) has stated that the disease has become one of the world's health problems, especially in the sub-tropical and tropical regions. However, until now the specific drug to treat DF patients infected with DENV has not been found. In addition, it is estimated that the spreading area of DENV infection is expanding due to global phenomena, climate change and urbanization. Therefore, this study aims to find drug candidates from cyclic peptide compounds that can act as ligands to inhibit the α-glucosidase I (Glu I) enzyme in the host and are expected to overcome the infection of 5 DENV serotypes. The drug candidates from cyclic peptide compounds were found through molecular docking simulation method using software MOE 2014.09, which obtained 10 cyclic peptide compounds have better interaction than the standard compound, with ΔGBinding value above -13.0000 Kcal/mol. Cyclo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) compound has the best interaction with α-Glu I compared to standard and 9 cyclic peptide compounds. In addition, these compounds have the most potential ADME-Tox properties as drug candidates, including non-toxic, positive Human Intestile Absorption (HIA) and not toxic to the kidneys during the process of eliminating drug compounds. It is hop"

"Pandemi COVID-19 telah melanda lebih dari 200 negara di dunia hingga tahun 2021 dan telah memakan jutaan korban. Hal tersebut dikarenakan penyebaran virus SARS-CoV-2 melalui droplets dan aerosol, sehingga penyakit tersebut memiliki tingkat penularan yang cukup tinggi. Namun hingga saat ini, ketersediaan agen terapi, seperti antiviral untuk COVID-19 yang spesifik masih minim dan penanganan pasien COVID-19 pada fasilitas kesehatan masih bersifat simptomatik. Dengan jumlah kasus positif yang kerap bertambah setiap harinya, perlu dilakukan pencarian obat yang mampu menghambat penyebaran virus. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat obat antiviral COVID-19 melalui inhibisi enzim RNA-dependent RNA Polymerase (RdRp) pada virus. Penelitian ini dilakukan dengan penapisan virtual serta simulasi penambatan molekul terhadap senyawa turunan adenin. Sebanyak 2.669 senyawa turunan adenin yang didapatkan dari database PubChem dan chEMBL diseleksi menurut Aturan Lipinski agar didapatkan senyawa yang memiliki tingkat druglikeness yang tinggi. Ligan yang telah diseleksi dan dipreparasi kemudian dilakukan simulasi penambatan molekul terhadap protein RdRp dengan PDB ID: 6M71 dengan perangkat lunak Molecular Operating System (MOE) 2014.09. Simulasi penambatan molekul menggunakan metode rigid docking dan flexible docking menghasilkan 65 senyawa turunan adenin yang dapat berinteraksi dengan binding pocket RdRp 6M71 yang selanjutnya diseleksi berdasarkan nilai ΔGbinding, Root-Mean Square Deviation (RMSD), sifat farmakologi, dan toksisitas. Didapatkan dua ligan terbaik yang memiliki sifat farmakologi yang baik dan toksisitas yang rendah, yaitu 4059994 dan 1254509 yang dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor SARS-CoV-2.

---

COVID-19 pandemic has surged more than 200 countries worldwide until 2021 with a lot of casualties. It is caused by SARS-CoV-2 high transmutability through human droplets and aerosol. However, there is low availability for therapeutic agents, such as specific COVID-19 antivirals. In fact, hospital treatments for patients are still using symptomatic treatments to date. With more positive cases adding up every day, it is necessary to discover drugs that able to prevent the virus spreading. Therefore, this research aims to discover new COVID-19 antiviral candidates by inhibiting its RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). This research used virtual screening and molecular docking for adenine derivatives as its method. 2.669 adenine derivatives, downloaded from PubChem and chEMBL database and selected according to Lipinski’s Rule of Five to obtain compounds with good druglikeness. Ligands were docked with RdRp (PDB ID: 6M71) in Molecular Operating System (MOE) 2014.09 software. The protocols used for molecular docking are rigid docking and flexible docking, resulted with 65 compounds that interact with RdRp’s binding pocket. Furthermore, ligands are selected according to ΔGbinding score, Root-Mean Square Deviation (RMSD), pharmacological properties, and toxicity. Two best ligands with good pharmacological properties and low toxicity are selected, 4059994 and 1254509 that may be used as COVID-19 antiviral candidate."

"[ABSTRAKVirus Dengue (DENV) menyebabkan infeksi penyakit yang mengancam sekitar 40% populasi dunia. Hingga saat ini belum tersedia obat antiviral yang dapat digunakan sebagai upaya pengobatan penyakit yang disebabkan infeksi DENV. Dengan melakukan virtual screening terhadap 308 peptida siklis komersial, dicari kandidat obat yang mampu menginhibisi sebuah situs pengikatan β-OG yang terdapat pada protein envelope DENV. Melalui metode simulasi penambatan dan dinamika molekul serta analisis terhadap sifat farmakologi dan toksisitas dari senyawa-senyawa peptida yang ditapis, diketahui ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki afinitas yang baik dengan situs pengikatan β-OG binding pocket serta diprediksi memiliki sifat sebagai obat yang relatif baik. Ligan tersebut juga membentuk kompleks yang stabil dengan protein envelope pada temperatur 310 K dan 312 K. Ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki potensi sebagai inhibitor β-OG binding pocket untuk selanjutnya dikembangkan menjadi obat antiviral terhadap infeksi DENV.

---

ABSTRACT

, Dengue Virus (DENV) has caused infectious disease which put roughly 40% of world population at risk. Antiviral drug against DENV infection remains unavailable up until now. By screening to 308 commercial cyclic peptides virtually, this research aims to find drug candidate which can inhibit β-OG binding site. Through molecular docking and molecular dynamics simulation, along with pharmacology and toxicity analyzing, it is discovered that Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand has good affinity with β-OG binding pocket and is predicted to has relatively acceptable drug properties. Ligand forms stabile complexity with nvelope protein in 310 K and 312 K. Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand is revealed to be potential inhibitor of β-OG binding pocket. Thus, it is feasible for furher development as antiviral drug against DENV infection.]"

"Demam berdarah merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus dengue dengan tipe DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Antigen dari masing-masing tipe virus berbeda-beda, sehingga sampai saat ini belum ditemukan obat-obatan paten yang ampuh dalam melawan virus dengue. Penelitian secara in silico dilakukan sebagai penelitian pendahuluan untuk mempermudah pencarian senyawa penuntun untuk dilanjutkan pengujian secara in vitro dan in vivo. Senyawa bioflavonoid diantaranya fisetin, galangin, dan myricetin. Penelitian dilakukan untuk melihat potensi ligan fisetin, galangin, dan myricetin di mana variabel kontrol adalah quercetin terhadap Rdrp dari virus dengue. Metode penelitian menggunakan penambatan molekuler dan dinamika molekuler. Hasil simulasi senyawa flavonol dibandingkan dengan quercetin, dengan parameter penilaian penambatan molekuler, energi ikatan, Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), dan kontak ligan-target. Hasil nilai penambatan molekuler untuk masing-masing ligan terendah yaitu myricetin, fisetin, quercetin, dan galangin dengan nilai docking score berturut-turut yaitu -10,145 kcal/mol, -9,796 kcal/mol, -8,513 kcal/mol, dan -8,036 kcal/mol. Hasil MM-GBSA energi ikatan terbaik adalah ligan fisetin, quercetin, myricetin, dan galangin dengan nilai ikatan energi bebas secara berturut-turut yaitu -60,65 kcal/mol, -57,83 kcal/mol, -57,19 kcal/mol, dan -51,36 kcal/mol. Hasil dari studi ini memprediksi bahwa quercetin tetap menjadi inhibitor terhadap target RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) yang lebih baik dibandingkan Fisetin, Galangin, dan Myricetin.

---

Dengue fever is an infectious disease caused by the dengue virus with types DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. The antigen of each virus type is different, so that until now there has not been found any patent drugs that are effective against the dengue virus. In silico research was conducted as a preliminary study to facilitate the search for guiding compounds to be continued in vitro and in vivo testing. Bioflavonoid compounds include fisetin, galangin, and myricetin. The study was conducted to see the potential of fisetin, galangin, and myricetin ligands in which the control variable was quercetin against Rdrp from the dengue virus. The research method uses molecular docking and molecular dynamics. The simulation results of flavonol compounds were compared with quercetin, with parameter value of the docking score, bond energy, Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), and contact ligand-target. The results of the lowest molecular docking values for each ligand were myricetin, fisetin, quercetin, and galangin with docking scores of -10.145 kcal/mol, -9.796 kcal/mol, -8.513 kcal/mol, and -8.036 kcal/mol respectively. The best binding energy MM-GBSA results were ligands fisetin, quercetin, myricetin, and galangin with free energy bond values -60.65 kcal/mol, -57.83 kcal/mol, -57.19 kcal/mol, and -51.36 kcal/mol respectively. The results of this study predict that quercetin remains a better inhibitor against RNA dependent RNA polymerase (RdRp) targets than Fisetin, Galangin, and Myricetin"

"ABSTRAKRifampicin (RIF) adalah obat lini pertama untuk terapi tuberkulosis (TB) dengan kemampuan bakterisidal yang tinggi terhadap M. tuberculosis. Akan tetapi, kasus resistensi terhadap RIF telah menurunkan efektivitas terapi menggunakan obat ini. Multi-drug resistance TB (MDR/RR-TB) adalah tipe resistensi yang paling umum ditemukan pada galur MTB. Penggunaan obat berbasis peptida siklis telah banyak diminati karena peptida memiliki properti farmakologi yang baik, dan selektif. Studi ini bertujuan untuk menemukan kandidat senyawa peptida siklik yang potensial sebagai inhibitor protein RNA polimerase subunit β (RpoB) mutan S531L sebagai mutan dengan prevalensi tinggi pada MDR-TB. Struktur 3 dimensi dari RpoB wild type dan mutan S531L diunduh melalui basis data Protein Data Bank, dioptimisasi, dan dibandingkan karakteristik hidrofobisitas permukaannya untuk menentukan sekuens dari peptida siklis. Kemudian, basis data ligan peptida siklis dibuat dengan menggunakan generator kombinasi dan penggambaran. Optimisasi, kalkulasi muatan parsial dan minimisasi energi dilakukan pada basis data ligan, dan proses penapisan dilakukan dengan simulasi penambatan molekul. Simulasi ini dilakukan dengan dua tahapan rigid dan fleksibel terhadap struktur S531L RpoB, untuk menemukan ligan peptida siklis dengan interaksi paling baik dengan protein ini.  Simulasi ini menghasilkan 5 ligan terbaik dengan nilai energi bebas Gibbs terendah terhadap S531L RpoB. Ligan terpilih diprediksi sifat farmakologinya secara komputasi, dan menghasilkan 3 ligan (CYYEWC, CWYEGC, dan CQQNWC) yang memiliki karakter absorpsi, distribusi, metabolism, ekskresi, dan toksisitas yang sesuai. Ketiga ligan ini divalidasi interaksinya dengan menggunakan simulasi dinamika molekul, dan menunjukkan stabilitas interaksi yang baik sebagai kandidat obat untuk terapi MDR-TB.

---

ABSTRACTRifampicin is the first line drug for tuberculosis (TB) treatment with high bactericidal activity towards M. tuberculosis. However, the rifampicin efficacy in TB treatment has been decreased steadily due to the emerging drug resistance cases. Among all types of the rifampicin resistance, MDR-TB is the most common resistance found in the MTB strain. Cyclic peptide therapeutics shows a significant success in the industry, since they possess a favorable pharmacological property. This study aimed to find the most potent cyclic peptide inhibitor for S531L RpoB protein for MDR/RR-TB treatment. Cyclic hexapeptide ligand database was built according to the binding site of the S531L RNA polymerase subunit β (RpoB) protein, the main mutation of the rifampicin target. The 3-dimension structure of RpoB wild type and mutant S531L were retrieved from the Protein Data Bank and optimized. Both of wild type and S531L binding site were compared based on their surface hydrophobicity to determine the cyclic peptide sequences in the ligand database. After the ligand database was built with combination generator and drawing, optimization, partial charge calculation and energy minimization were done. This database underwent two steps molecular docking simulation (rigid and flexible) against the S531L RpoB to find the cyclic peptide with best interaction towards this protein. The simulation resulted in 5 best ligands with the lowest value of Gibbs free energy binding to S531L RpoB. The selected ligands were subjected to the computational pharmacological properties prediction using several tools and resulted in three cyclic peptides (CYYEWC, CWYEGC and CQQNWC) with favorable interaction and ADME-Tox properties as MDR-TB drug candidate."

"Dengue virus (DENV) merupakan salah satu virus yang masuk kedalam genus Flavivirus (famili Flaviviridae). Infeksi DENV dapat bersifat subklinis, infeksi pada satu tipe DENV tidak dapat memberikan kekebalan protektif terhadap tipe DENV lainnya. Hingga saat belum ditemukannya obat antiviral yang efektif untuk mengobati infeksi DENV dan terapi yang digunakan hanya sebatas penggantian cairan tubuh. Upaya yang dilakukan untuk pencegahan infeksi DENV terpaku pada pemberantasan vekctor DENV yaitu nyamuk Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). Penelitian ini mencari inhibitor enzim non-struktural NS5 RNA-dependent RNA-polymerase secara in silico melalui pendekatan penapisan virtual.

---

Dengue virus (DENV) is one of the viruses that belongs to the genus Flavivirus (family of Flaviviridae). DENV infection can be subclinical, infection in one type of DENV cannot provide protective immunity against other types of DENV. Until when it was not found effective antiviral drugs to treat DENV infections and therapy used only limited to replacement of body fluids. Efforts made to prevent DENV infection are fixated on DENV vector eradication, namely Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). This study sought in silico NS5 RNA-dependent RNA-polymerase non-structural enzyme inhibitors through a virtual screening."

"Demam berdarah (DF) merupakan virus yang ditularkan oleh nyamuk yang sudah menyebar hampir ke seluruh dunia dalam beberapa tahun ini, yaitu nyamuk Aedes sp. Penyakit demam berdarah ditandai dengan gejala demam, timbul kemerahan pada wajah, sakit perut, trombositopenia, tekanan nadi sempit, syok, dan pendarahan gastrointestinal. Hingga saat ini belum ditemukan adanya obat atau vaksin yang secara komersial digunakan untuk pengobatan orang yang terinfeksi demam berdarah dan masih menggunakan terapi yang sesuai dengan gejala demam berdarah. DENV membawa RNA sebagai materi genetiknya yang mengkode tiga protein struktural (kapsid, protein membran prM dan envelope) dan memiliki tujuh protein nonstruktural (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, dan NS5. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk menemukan senyawa kandidat obat menggunakan ligan yang berasal dari senyawa bahan alam sebagai inhibitor dari DENV NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database ZINC15 menggunakan metode Fragment Based Drug Discovery (FBDD) secara in silico dengan software Molecular Operating Software (MOE 2014.9). Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced-fit docking terhadap struktur 3-Dimensi protein NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database Protein Data Bank (PDB). Selanjutnya dilakukan proses fragment growing untuk memperoleh ligan dengan nilai RMSD, ∆Gbinding, dan interaksi ligan yang terbaik terhadap protein target. Senyawa kandidat obat yang terpilih dilakukan uji farmakologi (ADMETOX), toksisitas, farmakokinetik menggunakan pkCSM, SwissADME dan Toxtree. Hasil penelitian ini menunjukkan dua ligan terbaik yaitu Compound 293 dan 280 yang mempunyai sifat farmakologi yang baik dan dapat menghinhibisi protein NS5 metiltransferase.

---

Dengue fever (DF) is a mosquito-borne virus that has spread almost all over the world in recent years, namely the Aedes sp. Dengue fever is characterized by fever, facial flushing, abdominal pain, thrombocytopenia, narrow pulse pressure, shock, and gastrointestinal bleeding. Until now there has not been found a drug or vaccine that is commercially used for the treatment of people infected with dengue fever and still using therapy that is in accordance with the symptoms of dengue fever. DENV carries RNA as its genetic material that encodes three structural proteins (capsid, prM membrane protein and envelope) and has seven nonstructural proteins (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, and NS5. The purpose of this study was to find drug candidate compounds using ligands derived from natural compounds as inhibitors of DENV NS5 methyltransferase obtained from the ZINC15 database using the in silico Fragment Based Drug Discovery (FBDD) method with Molecular Operating Software (MOE 2014.9) . Molecular docking simulations were performed using a rigid protocol and induced-fit docking of the 3-Dimensional structure of the NS5 methyltransferase protein obtained from the Protein Data Bank (PDB) database. Next, the fragment growing process was carried out to obtain the best ligands with RMSD, ∆Gbinding, and ligand interactions with the target protein. The selected drug candidate compounds were tested for pharmacological (ADMETOX), toxicity, pharmacokinetics using pkCSM, SwissADME and Toxtree. The results of this study showed that the two best ligands, Compound 293 and 280, had good pharmacological properties and could inhibit NS5 methyltransferase protein."