Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Gen mismatch repair (MMR) merupakan gen yang berperan dalam mekanisme DNA repair. Gen MMR dapat memperbaiki kesalahan pasangan basa, perubahan nukleotida dan kesalahan dalam unit pengulangan pasangan basa (microsatellites) selama proses replikasi DNA. Mutasi pada MMR yang umum terjadi pada gen MLH1 dan MSH2 memiliki asosiasi dengan terjadinya Lynch Syndrome pada pasien kanker kolon. Lynch Syndrome (LS) atau Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) merupakan sindrom kanker kolon herediter yang paling umum diwariskan. LS dapat ditandai dengan mutasi gen MLH1 dan MSH2 berupa delesi dan duplikasi large genomic. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) merupakan teknik kuantifikasi berbasis PCR yang dapat digunakan untuk mendeteksi perubahan copy number variant pada large genomic. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada kanker kolon dengan teknik Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA). Sebanyak 25 sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon yang dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais dikoleksi dari tahun 2018-2019. Mutasi gen MLH1 dan MSH diidentifikasi pada sampel darah pasien yang terdiagnosis kanker kolon dengan teknik MLPA menggunakan Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). Penelitian ini berhasil melakukan optimalisasi penggunaan teknik MLPA dengan terpenuhinya kualitas fragmen kontrol MLPA, kualitas fragment analysis, dan comparative analysis pada perangkat lunak Coffalayser.Net. Hasil screening pada 25 sampel menunjukkan tidak ditemukan adanya pola mutasi gen MLH1 dan MSH2 pada sampel yang mengindikasikan tidak terjadinya Lynch Syndrome dan kanker kolon yang terjadi bersifat sporadis.

---

Mismatch repair genes (MMR) plays a role in the mechanism of DNA repair. The MMR genes correct base pair errors, nucleotide changes, and errors in base pair repeating units (microsatellites) during DNA replication. Mutations in MMR are common in MLH1 and MSH2 genes that have an association with the occurrence of Lynch Syndrome in colon cancer. Lynch Syndrome or Hereditary Non-Polyposis Colorectal Carcinoma (HNPCC) is the most common inherited hereditary colon cancer syndrome. LS is characterized by MLH1 and MSH2 gene mutations in the form of large genomic deletions and duplication. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) is a PCRbased quantification technique that can detect changes in copy number variants in large genomics. The aim of the study was to identify MLH1 and MSH2 gene mutations in colon cancer with Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) technique. Twenty-five blood samples of patients diagnosed with colon cancer were collected in Dharmais Cancer Hospital collected in 2018-2019, retrospectively. Mutations in MLH1 and MSH2 genes were identified in blood samples of patients diagnosed with colon cancer by the MLPA technique using Probemix P003-D1 MLH1/MSH2 (MRC-Holland). This study succeeded in optimizing the use of MLPA technique by fulfilling the fragments quality control of MLPA, the quality of fragment analysis, and comparative analysis in Coffalayser.Net software. The results of 25 samples screening showed no pattern of MLH1 and MSH2 gene mutations in the sample. This data indicated that there was no Lynch Syndrome and the colon cancer was sporadic.

"

"Metilasi DNA merupakan salah satu penyebab umum inaktivasi Mismatch Repair Gene (MMR). Gen MMR memperbaiki kesalahan penyisipan/penghapusan basa nukleotida pada proses sintesis DNA. Metilasi pada promoter gen MMR memiliki asosiasi dengan pembentukan kanker kolon, sehingga metilasi tersebut perlu diidentifikasi. Identifikasi gen MMR dapat dilakukan menggunakan teknik methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification amplification (MS-MLPA). Prinsip dari teknik MS-MLPA yaitu amplifikasi probe yang menempel pada sekuens termetilasi. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengoptimasi teknik MS-MLPA dan mengidentifikasi metilasi gen MMR pada kanker kolon dengan teknik MS-MLPA. Penelitian ini menggunakan 27 sampel jaringan frozen kanker kolon yang telah tersedia di Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais (RSKD). Sampel tersebut dianalisis menggunakan probemix Mismatch Repair Gene [ME011-C1][C1-0518] yang telah didesain khusus untuk mendeteksi pada beberapa gen MMR yakni MLH1, PMS2, MSH6, dan MSH2. Hasil penelitian menunjukkan optimasi teknik MS-MLPA telah berhasil dilakukan, sehingga identifikasi metilasi pada gen MMR telah berhasil diperoleh pada 4 sampel pasien. Gen MMR tersebut yakni MLH1 dan MSH6, dengan persentase masing-masing 75% dan 25%.

---

DNA methylation is one of the most common causes of mismatch repair gene (MMR) inactivation. The MMR gene corrects errors in the insertion/deletion of nucleotide bases in the DNA synthesis process. MMR gene promoter methylation has an association with the formation of colon cancer, so the methylation needs to be identified. Identification of the MMR gene can be done using the methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) technique. The principle of the MS-MLPA technique is the amplification of the probe attached to the methylated sequence. The purpose of this study was to optimize the MS-MLPA technique and identify MMR gene methylation in colon cancer using the MS-MLPA technique. This study used 27 samples of frozen colon cancer tissue that were available at the Dharmais Cancer Hospital Biobank (RSKD). The samples were analyzed using the Mismatch Repair Gene probemix [ME011-C1][C1-0518] which has been specially designed to detect several MMR genes, namely MLH1, PMS2, MSH6, and MSH2. The results show that the optimization of the MS-MLPA technique has been successfully carried out, so that the identification of methylation in the MMR gene has been successfully obtained in 4 patient samples. The MMR genes are MLH1 and MSH6, with a percentage of 75% and 25%, respectively. analyzed using probemix Mismatch Repair Gene [ME011-C1][C1-0518] which has been specifically designed to detect several MMR genes namely MLH1, PMS2,

MSH6, and MSH2. The results showed that the optimization of the MS-MLPA technique was successful, so that identification of the methylation in the MMR gene was successfully obtained in 4 patient samples. The MMR genes are MLH1 and MSH6, with percentages of 75% and 25% respectively."

"Metilasi DNA merupakan perubahan epigenetik yang umum terjadi sebagai penyebab inaktivasi gen pada tumor suppressor genes (TSGs). Metilasi pada promoter TSG memiliki asosiasi dengan pembentukan kanker tiroid. Metode methylation-specific multiplex ligation dependent-probe amplification (MS-MLPA) merupakan salah satu metode berbasis PCR yang dapat melakukan identifikasi metilasi pada beberapa gen dan analisis copy number variant secara simultan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi metode MS-MLPA dan mengidentifikasi metilasi TSG pada kanker tiroid dengan metode MS-MLPA. Sebanyak 40 sampel fine needle aspiration biopsy (FNAB) dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel FNAB berasal dari pasien yang memiliki kelainan nodul tiroid. Metilasi TSG dianalisis dengan metode MS-MLPA menggunakan probemix Tumour Suppressor Mix 1 ME001-C2 (MRC-Holland). Sampel FNAB dibandingkan dengan reference sample berupa sampel darah yang berasal dari individu sehat. Penelitian ini berhasil mengoptimasi metode MS-MLPA dan mendeteksi metilasi pada 4 jenis tumor suppressor genes, yaitu gen RASSF1A, gen CASP8, gen FHIT, dan gen CHFR. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa terdapat 20 sampel tumor ganas dan 2 sampel tumor jinak mengalami metilasi.

---

DNA methylation is a common epigenetic change that causes gene inactivation in tumor suppressor genes (TSGs). TSGpromoter methylation has an association with the formation of thyroid cancer. Methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) is a PCR-based method that can identify methylation in several genes and copy number variant simultaneously. The aim of this study is to optimize methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) and to identify tumor suppressor genes methylation of thyroid cancer using MS-MLPA. Retrospectively 40 Fine Needle Aspiration Biopsy samples were collected in Dharmais Cancer Hospital. FNAB samples were collected from patients with thyroid nodules abnormalities. Tumor suppressor genes methylation were analyzed using Tumour Suppressor Mix 1 ME001-C2 probemix (MRC-Holland) as MS-MLPA reagents. FNAB samples were compared with reference sample from blood that were collected from healthy people. This study has successfully optimizing MS-MLPA method and detecting 4 methylated tumor suppressor genes, RASSF1A, CAPS8, FHIT and CHFR. Methylation identification shows 20 malignant histopathology samples and 2 benign histopathology samples were methylated.

"

"ABSTRAK

V600E adalah perubahan genetik yang paling banyak terjadi pada kanker tiroid, dan telah menjadi penanda diagnostik penting pada jenis histopatologi ganas, khususnya karsinoma papiler. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan dan memvalidasi teknik screnning BRAF V600E pada kanker tiroid menggunakan metode high resolution melting (HRM). Sebanyak 57 pasien dengan kelainan nodul tiroid dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang dikoleksi dari tahun 2012-2014. Mutasi gen BRAF V600E dianalisis dari sampel fine needle aspiration biopsy (FNAB) menggunakan teknik HRM reagen MeltDoctor HRM Master Mix (Applied Biosystem) yang divalidasi dengan teknik Sanger Sequencing. Penelitian ini berhasil mengoptimalisasi metode HRM dengan membedakan melting curve sampel kontrol positif mutasi gen BRAF V600E dengan sampel normal. Berdasarkan hasil validasi dengan teknik Sanger Sequencing, diperoleh hasil gambaran elektroferogram pada gen BRAF ekson 15 yang mengalami mutasi titik pada basa nukleotida ke 1799 T>A (V600E). Hasil screening menunjukkan bahwa terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi gen BRAF V600E pada jenis histopatologi ganas karsinoma tiroid papiler (12) dan karsinoma anaplastik (1). Tidak ditemukan satu pun mutasi gen BRAF V600E pada sampel dengan histopatologi jinak ataupun kontrol normal. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa teknik HRM dapat digunakan untuk screening mutasi gen BRAF V600E pada kanker tiroid.

---

ABSTRACT

BRAF V600E gene mutation is the most common genetic alteration that found in thyroid cancer and has been an important diagnostic marker for malignant histopathology, specifically papillary carcinoma. The aim of this study is to develop and validate BRAF V600E gene mutation screening technique on thyroid cancer patients using high resolution melting (HRM) method. Retrospectively 57 patients with thyroid nodules abnormalities were collected in Dharmais Cancer Hospital collected in 2012-2014. Mutation in BRAF V600E gene were analyze from fine needles aspiration biopsy (FNAB) using MeltDoctor HRM Master Mix (Applied Biosystem) as the HRM reagen and validated using Sanger sequencing. This Study have optimalize HRM method by differentiating positive control BRAF V600E gene melting curve mutaion with normal sampel. Validation using Sanger sequencing depict electropherogram of BRAF gene on exon 15 point mutation on nucleotide 1799 T>A (V600E). Screening shows 13 samples detected positive on BRAF V600E gene mutation on malignant histopathology thyroid papillary carcinoma (12) and anaplastic carcinoma (1). No mutation found on benign histopathology samples and normal samples. The conclusion of this study is HRM technique can be use to screen mutation BRAF V600E on thyroid cancer.

"

"ABSTRAKSifilis merupakan penyakit multistadium kronik yang disebabkan oleh bakteriTreponema pallidum dan ditularkan dari lesi aktif pasangan seksual atau dari ibuhamil yang terinfeksi pada janin yang dikandungnya. Saat ini telah terjadipeningkatan kasus T. pallidum resisten azitromisin akibat mutasi titik A2058Gdan A2059G pada gen 23S rRNA. Di Indonesia belum ada data terkait resistensiT. pallidum terhadap azitromisin sehingga penelitian ini bertujuan untukmendapatkan metode nested multipleks PCR untuk deteksi kedua mutasi yangmenyebabkan resistensi. Tiga pasang primer digunakan pada reaksi nested PCR.Untuk mendapatkan kondisi uji yang optimal dilakukan optimasi parameter yangpenting pada proses PCR. Uji nested multipleks PCR dapat mendeteksi 22.000jumlah copy DNA/ml dan tidak bereaksi silang terhadap mikroorganisme yangpotensial menyebabkan hasil positif palsu. Uji awal 45 sampel klinis darahditemukan 13 sampel positif T. pallidum dan tidak ditemukan mutasi baikA2058G maupun A2059G. Dua sampel positif dikonfirmasi dengan DNAsekuensing dan menunjukkan tidak ada mutasi titik. Uji nested multipleks PCRyang telah dikembangkan pada penelitian ini dapat digunakan untuk deteksimutasi gen 23S rRNA T. pallidum yang menyebabkan resistensi azitromisin pada sampel klinis darah.

---

ABSTRACTSyphilis is a chronic, multi-stage infectious disease caused by Treponemapallidum that is usually transmitted sexually by contact with an active lesion of a partner or congenitally from an infected pregnant woman to her fetus.Azithromycin-resistant strains of T. pallidum is associated with a single pointmutation (either A2058G or A2059G) in both copies of the 23S rRNA gene of T.pallidum. These strains are now prevalent in many countries but there is no dataavailable about it in Indonesia. Therefore, in this study we developed a nestedmultiplex PCR to detect A2058G and A2059G 23S rRNA gene point mutations ofT. pallidum. Three primer sets were designed for nested PCR reactions. To obtainoptimal PCR reaction, all parameters were optimized. The assay could detect atleast 22000 DNA copy number/ml and showed no cross reaction with othermicroorganisms that potentially cause false positive result. A total 13 of 45 wholeblood specimens were PCR positive for T. pallidum and no single point mutation(either A2058G or A2059G) were detected by PCR. Two positive specimens wereconfirmed by DNA sequencing and showed no mutation. Thus, nested multiplexPCR developed in this study is potential to detect azithromycin-resistant T.pallidum in whole blood samples."

"Latar BelakangKanker payudara merupakan salah satu kanker paling umum pada wanita di dunia dan di Indonesia. Kanker ini dipengaruhi oleh faktor genetik dan lingkungan, dengan faktor genetiknya berupa mutasi pada gen, termasuk gen BRCA2. Kemoterapi, termasuk Poly(ADP-Ribose) Polymerase (PARP) Inhibitor, digunakan untuk mengobati kanker ini dengan cara menghambat proses perbaikan DNA yang rusak. Namun, sebagian pasien mengalami resistansi terhadap obat tersebut. Mekanisme yang mendasari proses terjadinya resistansi masih belum banyak diteliti. Penelitian deskriptif ini bertujuan untuk mengetahui profil gen BRCA2 yang bermutasi serta pengaruhnya terhadap resistansi PARP Inhibitor dengan pendekatan bioinformatika.MetodePenelitian dilakukan pada Januari-Oktober 2024 di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Penelitian ini menggunakan 16 sampel dari penelitian terdahulu berjudul “Raw FASTQ Data for Hotspot Regions of Cancer-Related 50 Genes Using Fresh Frozen Breast Carcinoma Tissues Obtained from IMERI-FMUI Biobank Collections” dengan accession code PRJNA820526 yang diperoleh pada 2014 hingga 2017 dan dipublikasi pada 24 Oktober 2022. Pengolahan data meliputi pengecekan kualitas data, variant calling, dan annotation gen BRCA2 serta pemodelan struktur proteinnya. Molecular docking juga dilakukan untuk melihat interaksi antara protein PARP dengan PARP Inhibitor. Hasilnya dilaporkan secara deskriptif untuk membandingkan gen normal dengan yang bermutasi. HasilTerdapat 0,321% varian pada sekuens dari seluruh subjek penelitian. Dua subjek (SRR18574457, SRR18574463) mempunyai mutasi BRCA2 pada daerah 3’UTR dan intron yang tidak mengubah struktur protein tersebut serta tidak mempunyai mutasi juga pada gen PARP. Tiga subjek lain (SRR18574458, SRR18574459, dan SRR18574466) mempunyai mutasi PARP4, PARP8, dan PARP9 pada daerah 3’UTR dan intron. Tidak terjadi penurunan afinitas interaksi antara protein PARP yang bermutasi dengan PARP Inhibitor.KesimpulanSubjek penelitian dengan mutasi BRCA2 tidak mempunyai mutasi PARP yang menyebabkan resistansi PARP Inhibitor. Subjek penelitian dengan mutasi PARP tidak menyebabkan terjadinya penurunan afinitas interaksi dengan obat PARP Inhibitor.

---

Introduction

Breast cancer is one of the most common cancers in women in the world and in Indonesia. This cancer is caused by genetic and environmental factors, with genetic factors in the form of mutations in genes, including the BRCA2 gene. Chemotherapy, including Poly(ADP-Ribose) Polymerase (PARP) Inhibitors, is used to treat this cancer by inhibiting the process of damaged DNA reparation. However, some patients experience resistance to the drug. The mechanisms underlying the process of resistance have not yet been widely studied. Therefore, this descriptive study aims to identify the profile of the mutated BRCA2 gene and its effect on PARP inhibitor resistance using a bioinformatics approach.

Method

The study was conducted on January-October 2024 at the Faculty of Medicine, University of Indonesia. This study used 16 samples from previous research with the title "Raw FASTQ Data for Hotspot Regions of Cancer-Related 50 Genes Using Fresh Frozen Breast Carcinoma Tissues Obtained from IMERI-FMUI Biobank Collections" with accession code PRJNA820526 which was obtained from 2014 to 2017 and published on October 24th 2022. Data processing includes checking data quality, variant calling, and annotation of the BRCA2 gene as well as modeling the protein structure. Molecular docking was also done to see the interaction between PARP protein and PARP inhibitors. The results are reported descriptively to compare normal genes with mutated ones.

Results

There was 0.321% variance in the sequences of all study subjects. Two subjects (SRR18574457, SRR18574463) had BRCA2 mutations in the 3'UTR and intron regions that did not change the structure of the protein and did not have mutations in the PARP gene either. Three other subjects (SRR18574458, SRR18574459, and SRR18574466) had PARP4, PARP8, and PARP9 mutations in the 3'UTR and intron regions. There was no decrease in the affinity of the interaction between the mutated PARP protein and the PARP inhibitor.

Conclusion

Study subjects with BRCA2 mutations did not have PARP mutations that cause PARP inhibitor resistance. Research subjects with PARP mutations did not cause a decrease in interaction affinity with PARP inhibitor drugs."

"Kanker kolorektal merupakan salah satu kanker yang paling umum terjadi di Indonesia. Mutasi gen KRAS banyak terjadi pada kanker kolorektal dan diduga berkaitan dengan berkembangnya kanker tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis mutasi gen KRAS pada ekson 2 kodon 12 dan 13 pada spesimen jaringan kanker kolorektal menggunakan metode Sanger sequencing. Sampel jaringan segar dari 50 pasien di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang sudah terkonfirmasi kanker kolorektal oleh dokter patologi anatomi dikumpulkan di Laboratorium Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel dikoleksi dari tahun 2018-2020. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi titik pada ekson 2 kodon 12 (9) dan kodon 13 (4). Mutasi pada kodon 12 ditemukan 2 jenis yaitu GGT>GAT dan GGT>GCT. Mutasi pada kodon 13 ditemukan 2 jenis yaitu GGC>GAC dan GGC>GCC. Berdasarkan hasil yang didapatkan, dapat disimpulkan bahwa terdapat 4 jenis mutasi yang ditemukan pada penelitian ini

---

Colorectal cancer is one of the most occurred cancers in Indonesia. KRAS gene mutation often occurred in colorectal cancer and has been presumed to be related to development of this cancer. The aim of this study is to discover the mutation types of the KRAS gene exon 2 codon 12 and 13 in colorectal cancer tissue specimens in Dharmais Cancer Hospital. The fresh tissue from fifty patients in Dharmais Cancer Hospital confirmed colorectal cancer by pathology anatomy doctor were collected in Biobank Laboratory Dharmais Cancer Hospital. KRAS gene mutations were analyzed from fresh tissue using the Sanger Sequencing method. The result shows that 13 samples detected positive on KRAS gene mutation on exon 2 codon 12 (9) and codon 13 (4). Two types of KRAS gene mutation detected in codon 12 are GGT>GAT and GGT>GCT. Two types of KRAS gene mutation also detected in codon 13 are GGC>GAC and GGC>GCC. The conclusion of this study is four types of mutation has been discovered in this study."

"Kanker kolorektal adalah penyakit neoplasma ganas yang tumbuh dan berkembang pada saluran usus besar dan atau rektum. Terapi anti EGFR menggunakan agen biologis antibodi monoklonal cetuximab dan panitumumab diketahui memberikan tingkat penyembuhan yang baik pada pasien kanker kolorektal. Pasien dengan mutasi pada gen NRAS dan KRAS cenderung resisten terhadap terapi anti EGFR, sehingga penting dilakukan pemeriksaan kedua gen tersebut sebelum pemberian terapi. Pemeriksaan gen NRAS belum tersedia di Indonesia karena minimnya data mengenai mutasi gen tersebut pada populasi Indonesia. Penelitian dilakukan untuk mengetahui profil mutasi pasien gen NRAS pada 58 sampel pasien kanker kolorektal di Jakarta. Pemeriksaan mutasi dilakukan pada exon 2(codon 12 & 13) dan exon 3 (codon 61) gen NRAS menggunakan metode sekuensing. Analisis elektroferogram sekuensing menunjukan mutasi gen NRAS ditemukan pada 6,9% (n=58) sampel uji. Hasil uji statistik fischer exact test dua arah menunjukan tidak adanya asosiasi mutasi gen dengan kelompok usia pasien dan jenis kelamin. Gen NRAS ditemukan termutasi pada codon 12 (1,7 %) dan codon 61 (5.2%). Tidak ditemukan adanya mutasi pada codon 13 gen NRAS.

---

Colorectal cancer is a neoplasm disease that arise in inner lining of colon or rectum. Anti EGFR therapy such as cetuximab and panitumumab were widely used to suppress metastases colorectal cancer in patient and decided as gold standard therapy. Mutation either KRAS or NRAS gene will reduced effectifity of anti EGFR therapy, hence genotyping of KRAS and NRAS gene must be executed before. NRAS genotyping test not yet available in Indonesia due to lack of information about this gene. This study was subjected to understanding profile of NRAS gene mutation in Jakartans colorectal cancer patient. Mutation screening was perform by sequencing method, notably exon 2 (codon 12&13) and exon 3 (codon 61). Electropherograms analysis shows that NRAS mutation found in 6,9% samples (n=58). NRAS mutation found in codon 12 (1,7%), codon 61 (5,2%), and there was no mutation found in codon 13. Fischer exact test statistical analysis summarized that there was no significant association of NRAS mutation with both sex and age."