Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Epidermodysplasia verruciformis merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh virus HPV (Human Papilloma Virus). Penyakit ini membuat penderita dipenuhi oleh kutil yang sangat banyak sehingga bisa menutupi salah satu bagian tubuh manusia pada bagian tertentu. Jumlah kasus penyakit ini sebanyak 501 di seluruh dunia. Salah satu penanganan untuk penyakit ini adalah cryotherapy dan merupakan metode yang paling aman digunakan pada saat ini. Pada penelitian ini telah didesain vaksin berbasis Epitop yang dikhususkan untuk penderita Epidermodysplasia verruciformis, dikarenakan belum ada ditemukan vaksin untuk HPV 5, 8, 10 dan 47 L1. Epitop dipilih dari kapsid Human Papilloma Virus (HPV). Prediksi Epitop menggunakan ABCPred untuk B Cell, sedangkan T Cell menggunakan IEDB. Penelitian ini dilakukan dengan metode molecular docking  dengan menggunakan software Molecular Operating Simulator (MOE) dengan data Struktur 3D yang diambil dari Protein Data Bank (PDB). Dari penelitian ini diperoleh hasil dari prediksi epitope untuk sel T dari HPV 5, 8, 10, dan 47 yaitu GTYKNQFYI 1, GMMKNQYYI 2, FTSPDIVAV 3, dan YIQRTNIYY 2 untuk MHC I secara berurutan, Sedangkan untuk MHC II adalah YKGLHFWDVDLTERL 4, ACRGLEISRGQPLGV 4, GVRSRSAVSVRKRPA 2, dan NINFKALQHSRSDVS 1 secara berurutan. Untuk sel B adalah VARVQSTDEYIQRTNI, KSPPKEKPDPYAKFNF, FVTVVDTTRSTNMCLC, dan KSPPKEKVDPYKGLNF, secara berurutan. Hasil dari cakupan populasi menunjukkan cakupan dengan rata-rata 97,04, PC₉₀ sebesar 2,02, dan avarege_hit sebesar 3,67.

---

Epidermodysplasia verruciformis is a disease caused by the HPV virus (Human Papilloma Virus). This disease makes sufferers filled with warts so much that it can cover one part of the human body in certain parts. One treatment for this disease is cryotherapy where the safest method is used at this time. In this study, Epitop-based vaccines have been designed specifically for patients with Epidermodysplasia verruciformis, because no vaccine has been found for HPV 5, 8, 10 and 47 L1. Epitopes was selected from the capsid of Human Papilloma Virus (HPV). B Cell Epitop Prediction was used with ABCPred, while T Cell was used with IEDB. This research was conducted by the molecular docking method using Molecular Operating Simulator (MOE) software with 3D Structure data taken from the Protein Data Bank (PDB). The results of epitope predictions for T cells from HPV 5, 8, 10, and 47 have been obtained, namely GTYKNQFYI 1, GMMKNQYYI 2, FTSPDIVAV 3, and YIQRTNIYY 2 for MHC I in sequence, while for MHC II are YKGLHFWDVDLTERL 4, ACRGLEISRGQPLGV 4, GVRSRSAVSVRKRPA 2, and NINFKALQHSRSDVS 1 in sequence. For B cells are VARVQSTDEYIQRTNI, KSPPKEKPDPYAKFNF, FVTVVDTTRSTNMCLC, and KSPPKEKVDPYKGLNF, respectively. The results of population coverage show coverage with an average of 97.04, PC90 of 2.02, and avarege_hit of 3.67."

"

Pada Oktober 2019, Sumatera Utara kembali terpapar penyakit kolera babi (hog cholera atau classical swine fever) dan demam babi Afrika. Wabah penyakit ini telah menyebabkan kematian pada ternak babi hingga 29.223 ekor di 17 kabupaten/kota di Sumatera Utara. Sementara pada Februari 2020, Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan Provinsi Bali melaporkan sebanyak 1700 ekor babi milik warga mati disebabkan oleh penyakit ASF di 9 kabupaten/ kota. Penelitian ini dilakukan untuk merancang vaksin berbasis epitop secara in siliko untuk mencegah infeksi virus ASF dan CSF pada babi. Vaksin dibuat berbasis epitop dari protein virus karena sangat imunogenik dalam menginduksi produksi antibodi, dan juga merupakan target utama untuk netralisasi antibodi selama infeksi CSFV dan ASFV. Sekuens protein diunduh dari NCBI dan dianalisis secara komputasi. Prediksi afinitas ikatan dilakukan dengan menggunakan IEDB Tepitool dan prediksi epitop untuk CTL dilakukan dengan menggunakan IEDB NetCTLpan. Struktur protein target dapat diunduh dari Protein Database (PDB) maupun secara homology modelling dan struktur ligan peptida nonamer dirancang dengan menggunakan ChemBioDraw Ultra 14.0 untuk kemudian dipreparasi melalui proses optimasi geometri dan minimasi energi. Ikatan antara molekul SLA dan peptida epitope kemudian dianalisis dengan cara molecular docking pada situs asam amino tertentu dengan menggunakan software MOE 2014.09, untuk menghitung energi ikatan dan memverifikasi daerah interaksi epitop dengan reseptor protein.

---

On October 2019, Hog Cholera and African Swine Fever outbreak has struck North Sumatera. As many 29.223 pigs has been killed in 17 districts/ cities in North Sumatera. Meanwhile since February 2020, Bali Agriculture and Food Security Agency reported that over 1700 pigs were killed by ASF in 9 districts/ cities. This study aimed to design epitope-based peptide vaccine in order to prevent further infection of ASFV and CSFV. An epitope-based vaccine is potent in establishing a strong antibody due to its strong immunogenicity, and it is also the main target for inducing neutralizing antibodies during CSFV and ASFV infection. Sequences of ASFV and CSFV protein were collected from NCBI and analyzed through computational method. Peptides binding affinities were predicted using IEDB Tepitool and NetCTLpan was used to predict rhe CTL epitopes. The 3D structures of the protein were obtained either downloading from the Protein Database and homology modelling, and the nonamer peptide structures were drew by using ChemBioDraw Ultra 14.0 and then prepared through geometry optimization and energy minimization. The epitopes were further tested for binding against the SLA molecules using molecular docking technique at any amino acid residues to calculate its binding energy and verify the binding cleft epitope interactions.

"

"Tuberkulosis merupakan salah satu penyebab utama di antara kematian orang dengan HIV/AIDS (ODHA). Orang dengan daya tahan tubuh yang rendah cenderung lebih mudah untuk terinfeksi tuberkulosis daripada orang yang memiliki daya tahan tubuh yang sehat, hal ini membuat ODHA begitu rentan terhadap tuberkulosis. Pada penelitian kali ini telah didesain vaksin berbasis epitop yang dikhususkan untuk penderita HIV, dikarenakan vaksin yang ada saat ini memiliki efek samping yang signifikan bila digunakan pada pasien dengan daya tahan tubuh yang lemah. Epitop akan dipilih dari protein polisakarida bakteri Mycobacterium tuberculosis dan amplop protein Human immunodeficiency virus. Prediksi epitop sel B telah dilakukan menggunakan ABCpred, sementara sel T menggunakan IEDB. Penambatan molekul dilakukan dengan AutoDock Vina dengan data struktur 3D yang didapatkan dari Protein Data Bank (PDB). Hasil yang terbaik akan dipilih berdasarkan nilai ΔGbinding dan interaksi antara ikatan epitop dengan molekul HLA. Penelitian ini menghasilkan 4 kandidat epitop terbaik (AVAGAAYGY, TLFCASDAK, LSVVVFAVAGAAYGY dan ANTTLFCASDAKSYE) dangan cakupan populasi 87,45% dari populasi global.Tuberculosis is one of the leading causes of death among people living with HIV. It is easier for people with low immune system to be infected by tuberculosis disease than those with healthy immune system, this made people living with HIV vulnerable to tuberculosis. In this research an epitope-based vaccine have been designed specially for people living with HIV, as the current tuberculosis vaccine have a significant side effect to people with poor immune system. The epitopes has been selected from polysaccharide protein of Mycobacterium tuberculosis and protein envelope of Human immunodeficiency virus. B cell epitope have been predicted using ABCpred, while T cell epitope have been predicted IEDB. Molecular docking have been conducted using AutoDock Vina with 3D structure retrieved from Protein Data Bank (PDB). Best result have been selected based on ΔGbinding value and the binding interaction between epitopes and HLA molecules. This research have produced 4 best epitope candidates (AVAGAAYGY, TLFCASDAK, LSVVVFAVAGAAYGY and ANTTLFCASDAKSYE) with population coverage of 87.45% of human population worldwide."

"Tuberkulosis masih menjadi masalah penting kesehatan dunia, merupakan penyebab kematian terbesar ke-13 dan menempati posisi kedua setelah COVID-19 sebagai penyakit menular penyebab kematian terbesar. Tuberkulosis merupakan penyakit yang diakibatkan oleh infeksi bakteri Mycobacterium tuberculosis (Mtb), yang dapat ditularkan melalui udara ketika penderita berbicara, batuk, atau bersin. Penelitian terhadap obat dan vaksin TB telah lama dilakukan, pada penelitian ini telah dilakukan pembuatan vaksin berbasis conserved region epitop secara in silico. Desain vaksin pada penelitian ini didasarkan pada prediksi epitop yang terdiri dari epitop dari sekuens protein Mce2E untuk bakteri Mtb yang terdiri dari epitop sel B dan sel T. Prediksi epitop sel B telah dilakukan menggunakan ABCpred, sedangkan prediksi epitop sel T menggunakan IEDB. Proses penambatan molekul (molecular docking) dilakukan menggunakan MOE2014.09. Kandidat epitop terbaik yang didapat berdasakan nilai ?Gbinding dan juga interaksi antara ikatan epitop dengan molekul HLA. Teridentifikasi dua kandidat epitop terbaik yaitu GTGISGMLR dengan HLA-C*12:03 untuk MHC kelas I dan GTGISGMLRALEQAW dengan HLA-DRB1*11:01 untuk MHC kelas II, dengan nilai ?Gbinding untuk masing-masing epitope secara berurutan yaitu -9,4737 kkal//mol dan -8,2259 kkal/mol. Cakupan populasi yang dimiliki oleh vaksin yang telah didesain pada penelitian ini sebesar 75,68% dari populasi global.

---

Tuberculosis is still a critical world health problem, is the 13th most significant cause of death, and ranks second after COVID-19 as an infectious disease that causes the most death. Tuberculosis is a disease caused by infection with the bacterium Mycobacterium tuberculosis (Mtb), which can be transmitted through the air when the patient speaks, coughs, or sneezes. Research on TB drugs and vaccines has been carried out for a long time. This research develops a novel vaccine utilizing in silico method based on conserved region epitopes. The vaccine design in this study was based on epitope prediction from the Mce2E protein sequence for Mtb bacteria consisting of B-cell and T-cell epitopes. B-cell epitope prediction was carried out using ABCpred, while T cell epitope prediction used IEDB. The process of molecular docking was carried out using MOE2014.09. The best epitope candidate was obtained based on the value of ?Gbinding and the interaction between the epitope bond and the HLA molecule. The two best epitope candidates identified were GTGISGMLR with HLA-C*12:03 for class I MHC and GTGISGMLRALEQAW with HLA-DRB1*11:01 for class II MHC, with ?Gbinding values for each epitope respectively -9.4737 kcal/mol and -8.2259 kcal/mol. The population coverage prediction from the obtained epitopes could cover 75.68% of the global population"

"Penyakit demam berdarah dengue masih menjadi permasalahan kesehatan global, dan merupakan penyakit yang endemik di lebih dari 100 negara. Mengetahui efek dari mutasi pada virus sangat penting pada prosesmdesain dan pengembangan obat. Pada penelitian ini, mutasi dan pengaruhnya dianalisis pada NS5 virus dengue dengan menggunakan protein kode 3P8Z sebagai sekuens utama. Berdasarkan hasil analisis mutasi terjadi pada sekuen NS5 virus dengue serotipe 3. Glutamin menjadi metionin pada posisi 10 dan treonin menjadi isoleusin pada posisi 55. Residu yang termutasi merupakan bagian dari domain SAdenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063), adanya mutasi diprediksikan dapat mengganggu fungsi protein.Berdasarkan hasil penambatan molekul, dari 100 senyawa terbaik hanya 17 senyawa antiviral yang terpilih. Pada penelitian ini penentuan ligan terbaik tidak hanya berdasarkan hasil penambatan molekul, tetapi juga melalui tahapan prediksi ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi dan Toksisitas),bioavailabilitas serta efek ligan terhadap kesehatan. Terdapat 3 ligan terbaik yang dapat diusulkan sebagai kandidat antiviral pada virus dengue yaitu UNQ15038, UNQ16938 dan UNQ14727. Studi simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa kompleks protein-ligan stabil pada temperatur 310 K dan 312 K. Kompleks paling stabil terdapat pada kompleks protein 3P8Z dengan ligan UNQ15038.

---

Dengue fever is still a major health problem, which is endemic in more than 100 countries. Information about the effects of the virus mutation is important in drug design and development. In this research, the mutations and their effects were analyzed in NS5 dengue virus by using 3P8Z protein as the main sequence. The result of mutation analysis showed that mutation occurs in NS5 of DENV serotype 3. Glutamine mutates into methionine at position 10 and threonine mutates into isoleucine at position 55. These residues are part of the domain named S-Adenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063). The wildtype and mutant residue have the different properties, which can disturb this domain and abolish its function.Based on the result of molecular docking simulation, from 100 best compounds only 17 compounds werenselected. Determination of the best ligand not only based on molecular docking simulation but also analyze the ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity), bioavailability and health effect of the ligands. There are three best ligands that can be proposed as antiviral candidates, the ligands are UNQ15038, UNQ16948 and UNQ14727. Molecular dynamics simulation study showed that the protein-ligand complexes are stable at temperature 310 K and 312 K. The most stable complex is the protein 3P8Z with ligand UNQ15038."

"Infeksi Human Immunodeficiency Virus tipe I (HIV-1) sebagai penyebab AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) merupakan salah satu masalah utama kesehatan dunia yang barns segem diatasi. Sejak ditemukannya penyakit tersebut, vaksin yang dihampkan tidak kanjung tersedia karena berbagai usaha I pengembangan vaksia HIV-1 mengalami hambatan besar oleh karena keanekar&gaman HIV·I yang tinggi. Strategi mutakhir untuk mengatasi hambatan tersebut adalah pengembangan vaksin HIV-I yang spesifik pada subtipe dan populasi di regional tertentu. menggunakan isolat identik dengan sekuen konsensus yang telah ditentukan, sebagai kandidat vaksin.Tujuan pcnelitian ini adalah menentukan sekuen konsensus HlV-1 di Indonesia dengan menggunakan sekuen - sekuen gen protease dan gen reverse transcriptase HN - 1 subtipe paling dominan isola!Indonesia dati isolat damb plasma omng terinfeksi HIV akibat penggunaan narkoba dengan jarum suntik (penasnn). Berdasarkan analisis dalam penelitian ini diketahui bahwa CRFO I_AE merupakan subtipe paling dominan di Indonesia dan telah berhasH diperoleh sekuen konsensus protease dan reverse transcriptase HIV-1 CRFOl_AE Indonesia Sekuen konsensus protease Indonesia tersebut. memiliki perbedaan dengan sekuen konsensus dari database Los Alomos National Laboratory (LANL) sebesar 2,7% untuk sekuen nukleotida (p = 0,030); 5,1% untuk sekuen asam amino (p = 0,000). Sedangkan sekuen konsensus reverse trancriptase Indonesia merniliki perbedaan dengan sekuen konsensus dari LANL sebesar 2,0% nntuk nuklootida (p = 0,208) dan 3,0% untuk asam amiao (p = 0,015).

---

Human Immunodeficiency Virus type I (HIV-I) infection as the etiology of AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) is a major health problem which need to be urgently solved. Since the discovery of the desease, the effective vaccine is still not available. It is caused by widely the diversity of HIV-I. Novel strategy to overcome this problem is to develop country-specific HIV-1 vaccine, which use the most identical isolate with consensus sequences that had been determined, as vaccine candidate.This study aims to determine consensus sequences (CS) of HIV-1 in Indonesia by using sequences of protease gene and reverse transcriptase l gene of the most predominant subtype HIV-1 sequences from HIV-infected intravenous drog users' blood plasma. This study concluded that CRFOl_AE is I the most predominant subtype HIV-1 in Indonesia Nucleotide and amino acid of Iprotease which determine as CS has 2.7% (p = 0,030) and 5.1% (p = 0,000) differences with CS of CRFOI AE respectively. While nucleotide and amino acid of reverse trancriptase of the CS has 2,0% (p = 0,208) and 3,0".4 (p = 0,015) differences with CS of CRFOI_AE of the LANL, respectively."

"Infeksi Human Papillomavirus (HPV) memiliki korelasi yang erat dengan insidensi kanker serviks. Pada penelitian ini dikembangkan chimeric virus like particles (cVLP) sebagai kandidat vaksin untuk mencegah kanker serviks. cVLP dikembangkan dengan mensubstitusi epitop dari protein HPV-18 L1 dan HPV-52 L1 dengan protein HPV-16 L1. Pada penelitian ini ditemukan empat desain vaksin kimerik, yaitu ANN1, ANN2, HMM1, dan HMM2. Kajian ini akan menentukan efek dari modifikasi pos translasi. Berdasarkan kajian in silico, modifikasi pos translasi yang dominan adalah glikosilasi.

---

Computational Study of Post Translation Modification in Chimeric Virus Like Particles Vaccine of Human Papilloma Virus with Virion Capsid L1. The Human Papillomavirus (HPV) infection has a tight correlation with the incidence of cervical cancer. Chimeric virus like particles (cVLP) has been developed as vaccine candidate for preventing cervical cancer. cVLPs are improvement of Virus Like Particles (VLP) by substituting the epitope of L1 HPV -18 and -52 protein to L1 HPV -16 protein. They are ANN1, ANN2, HMM1, and HMM2. The impact of post translation modification will be determined. Based on In Silico study, the dominant post translation modification is glycosylation."

"Berdasarkan hasil penelitian yang pernah dilakukan, diketahui bahwa di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu bagi wanita. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan berdasarkan virulensinya dalam menimbulkan kanker rahim sebagai berikut, yaitu kelompok resiko tinggi dan resiko rendah. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk tingkat resiko tinggi adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim, diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Struktur vaksin cVLP tersebut telah ditemukan dalam penelitian sebelumnya . Dalam kajian ini akan diteliti dampak modifikasi pos translasi , pencarian domain pada cVLP tersebut, dan host yang cocok untuk ekspresi cVLP dengan bantuan software PROSITE , InterProScan, dan Integr8. Dalam kajian in silico ini ditemukan 6 situs modifikasi pos translasi, yaitu situs N-Glikosilasi, N-Miristoilasi, Fosforilasi Protein Kinase dependen cAMP dan cGMP, Fosforilasi Kasein Kinase II, Amidasi, dan fosforilasi protein kinase C. Modifikasi pos translasi ini terjadi terutama pada host eukariot, khususnya pada Saccaromyces cerevicae. Pada S.cereviceae, modifikasi yang terjadi umumnya adalah N-Glikosilasi. Pada virus yang serumpun dengan HPV, yaitu HBV (virus Hepatitis B), modifikasi pos translasi yang terjadi adalah pembentukan lipid lapisan ganda. Berdasarkan kajian in silico, maka modifikasi pos translasi yang dominan adalah Glikosilasi. Pencarian in silico terhadap database domain protein menemukan homologi yang sangat tinggi antara cVLP dengan Kapsid Virion HPV L1 tipe 16."

"[ABSTRAKLatar Belakang: Kanker kolorektal merupakan tumor ganas ketiga di dunia.Sembilan puluh lima persen kanker kolorektal merupakan adenokarsinoma yangberasal dari lesi prekursor adenoma. Dilaporkan 15%-20% kanker terkait denganinfeksi virus. Virus yang diduga berhubungan dengan kanker kolorektal adalahhuman papilloma virus (HPV) dan tipe tersering adalah 16 dan 18. Hubunganantara HPV dan kanker kolorektal masih menjadi perdebatan. Penelitian inibertujuan untuk mengetahui perbedaan prevalensi infeksi HPV pada adenoma danadenokarsinoma kolorektal di Departemen Patologi Anatomik FKUI/RSCMJakarta dengan menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR). Bahandan Metode: Pemeriksaaan DNA HPV pada 33 kasus adenoma dan 33 kasusadenokarsinoma kolorektal dengan teknik nested PCR MY/GP dan elektroforesis.Pada kasus dengan hasil HPV positif, dilanjutkan PCR menggunakan primerspesifik HPV 16 dan HPV 18. Subjek penelitian berasal dari Departemen PatologiAnatomik FKUI/RSCM. Hasil: Satu dari 33 kasus (3,0%) adenoma dan 3 dari 33kasus (9,1%) adenokarsinoma positif infeksi HPV. Satu kasus adenoma positifHPV bukan merupakan tipe 16 dan 18. Satu kasus adenokarsinoma denganpositif, HPV merupakan tipe 16, 2 kasus merupakan gabungan tipe 16 dan 18.Kesimpulan: Prevalensi infeksi HPV pada adenokarsinoma lebih tinggidibandingkan adenoma kolorektal. Tipe HPV pada kasus adenokarsinomakolorektal merupakan tipe 16 dan 18.

---

ABSTRACTBackground : Colorectal cancer is the third malignant tumor in the world.Ninety-five percent of colorectal cancers are adenocarcinomas derived fromprecursor lesions adenoma. There are 15% -20% of cancers associated with viralinfections. Virus are suspected associated with colorectal cancer is the humanpapilloma virus (HPV) and the most common types are 16 and 18. Therelationship between HPV and colorectal cancer is still being debated. This studypurpose to determine the prevalence differences of HPV infection in colorectaladenomas and adenocarcinomas in the Department of Anatomic Pathology,FKUI/RSCM Jakarta by using the polymerase chain reaction (PCR). Materialsand Methods : HPV DNA examination on 33 cases of adenoma and 33 cases ofcolorectal adenocarcinoma by nested MY/GP PCR technique and electrophoresis.In the cases with positive HPV results, continue by specific primers HPV 16 andHPV 18 PCR. The subject of the study came from the Department of AnatomicPathology, FKUI/RSCM. Result : One (3.0%) adenomas and 3 (9.1%)adenocarcinoma from 33 cases adenoma and adenocarcinoma are HPV positive.One case of HPV positive adenomas are not types 16 and 18. HPV positiveadenocarcinoma, 1 case was type 16, two cases are combination of types 16 and18. Conclusion : The HPV prevalence in adenocarcinoma was higher thancolorectal adenoma. HPV types on positive colorectal adenocarcinoma cases aretypes 16 and 18., Background : Colorectal cancer is the third malignant tumor in the world.Ninety-five percent of colorectal cancers are adenocarcinomas derived fromprecursor lesions adenoma. There are 15% -20% of cancers associated with viralinfections. Virus are suspected associated with colorectal cancer is the humanpapilloma virus (HPV) and the most common types are 16 and 18. Therelationship between HPV and colorectal cancer is still being debated. This studypurpose to determine the prevalence differences of HPV infection in colorectaladenomas and adenocarcinomas in the Department of Anatomic Pathology,FKUI/RSCM Jakarta by using the polymerase chain reaction (PCR). Materialsand Methods : HPV DNA examination on 33 cases of adenoma and 33 cases ofcolorectal adenocarcinoma by nested MY/GP PCR technique and electrophoresis.In the cases with positive HPV results, continue by specific primers HPV 16 andHPV 18 PCR. The subject of the study came from the Department of AnatomicPathology, FKUI/RSCM. Result : One (3.0%) adenomas and 3 (9.1%)adenocarcinoma from 33 cases adenoma and adenocarcinoma are HPV positive.One case of HPV positive adenomas are not types 16 and 18. HPV positiveadenocarcinoma, 1 case was type 16, two cases are combination of types 16 and18. Conclusion : The HPV prevalence in adenocarcinoma was higher thancolorectal adenoma. HPV types on positive colorectal adenocarcinoma cases aretypes 16 and 18.]"

"Penyakit tuberkulosis (TB) merupakan penyakit mudah menular yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium Tuberkulosis (MTB) yang merupakan patogen paru-paru yang juga dapat menyebar ke seluruh bagian tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa obat TB yang akan menyerang protein Topoisomerase I pada mtb, menggunakan inhibitor senyawa peptida siklis. Protein Topoisomerase I dijadikan sebagai target obat dalam penelitian ini, karena fungsinya yang penting dalam mengurangi masalah topologi DNA pada mtb. Struktur 3D Topoisomerase I mtb diunduh dari Protein Data Bank (PDB). Senyawa peptida siklis dan standar yang digunakan pada penelitian ini diperoleh dari data base PubChem. Proses simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE). Proses simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan protokol rigid dan fleksibel. Proses ini menghasilkan 21 ligan peptida siklis terbaik yang memiliki energi ikat bebas negatif. Dari hasil penelitian, didapatkan ligan Cochinmicin I sebagai kandidat obat terbaik, karena memiliki sifat ADME, toksisitas dan sifat kimia obat yang paling baik.

---

Tuberculosis (TB) is a contagious disease caused by the bacteria Mycobacterium Tuberculosis (MTB), which is a lung pathogen that can also spread to all parts of the body. This study aims to obtain TB drug compounds that will attack the Topoisomerase I protein on MTB, using a cyclic peptide compound inhibitor. Topoisomerase I protein was used as a drug target in this study, because of its important function in reducing DNA topological problems in MTB. The 3D Topoisomerase I MTB structure was downloaded from the Protein Data Bank (PDB). The cyclic peptide compounds and standards used in this study were obtained from the PubChem database. The molecular docking simulation process is carried out using Molecular Operating Environment (MOE) software. The molecular docking simulation process is carried out using a rigid and flexible protocol. This process produces the best 21 cyclic peptide ligands which have negative free binding energy. From the research results, it was found that the Cochinmicin I ligand was the best drug candidate because it had the best ADME properties, toxicity and chemical properties of the drug."