Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Permintaan pasar terhadap vanilin alami sebagai senyawa perisa dan pengaroma sangat tinggi padahal produksi vanilin alami sangatlah rendah sehingga dibutuhkan metode alternatif produksi vanilin secara alami. Salah satunya adalah dengan metode biokonversi dengan bantuan mikroorganisme. Pseudomonas merupakan salah satu bakteri yang dapat melakukan biokonversi vanilin dari bahan dasar eugenol. Untuk mendeteksi jenis bakteri Pseudomonas yang dapat melakukan biokonversi vanilin, diperlukan sebuah metode skrining. Metode PCR memadai untuk digunakan sebagai metode pendeteksi secara molekuler bakteri Pseudomonas yang memiliki gen-gen yang berperan dalam biokonversi vanilin dari eugenol, yaitu gen ech (enoyl coA-hydratase) dan fcs (feruloyl coA-synthetase). Gen-gen tersebut mengkode enzim yang berperan dalam tahap terminal biokonversi vanilin dari eugenol pada Pseudomonas. Gen tersebut dikembangkan untuk menjadi penanda molekuler potensi suatu bakteri Pseudomonas yang dapat melakukan biokonversi vanilin dari eugenol. Namun, proses skrining dengan PCR membutuhkan kondisi yang optimum untuk mendapatkan hasil PCR yang spesifik. Ulasan artikel ini membahas mengenai skrining molekuler bakteri tanah Pseudomonas dengan penanda gen ech dan fcs dengan metode PCR konvensional.

---

The market demand for natural vanilin, as flavour and fragrance compound, is very high even though the production of natural vanilin is very low so that alternative methods of natural vanilin production are needed, one of which is the bioconversion method with the help of microorganisms. Pseudomonas is one of the bacteria that can perform bioconversion of vanilin from the basic ingredient of eugenol. A screening method to detect Pseudomonas bacteria that is able to carry out vanilin bioconversion is needed. The PCR method is adequate to be used as a molecular detection method for Pseudomonas bacteria which carries genes that play a role in the bioconversion of vanilin from eugenol, namely the ech (enoyl coA-hydratase) and fcs (feruloyl coA-synthetase) genes, genes that encode enzymes in the terminal stage of vanilin bioconversion of eugenol in Pseudomonas. These genes were developed to be a potential molecular marker of a Pseudomonas bacteria which can perform bioconversion of vanilin from eugenol. However, the screening process with PCR requires optimum conditions to get specific PCR results. This article review discusses the molecular screening of Pseudomonas soil bacteria using the ech and fcs gene as screening parameter by conventional PCR methods.

"

"Potensi Indonesia sebagai salah satu penghasil minyak cengkeh terbesar di dunia didukung dengan pengembangan perkebunan cengkeh di Indonesia. Sulawesi Utara merupakan provinsi penghasil minyak cengkeh di Indonesia. Desa Liandok yang berada pada kabupaten Minahasa Selatan, provinsi Sulawesi Utara memiliki area perkebunan cengkeh yang luas. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi gen ech dan gen fcs pada bakteri tanah dari perkebunan cengkeh Desa Liandok, Minahasa Selatan. Bakteri tanah dari perkebunan cengkeh di Desa Liandok, Minahasa Selatan diisolasi dengan beberapa medium selektif. Ektraksi DNA dilakukan dengan menggunakan Geneaid PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit. Isolasi genom dari ekstraksi DNA dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa. Primer forward dan primer reverse didesain dengan multiple alignment sekuens yang menyandi gen ech dan gen fcs dari bakteri Pseudomonas sp. pada data NCBI GenBank. Analisis PCR dilakukan melalui primer forward dan primer reverse untuk mendeteksi gen ech dan gen fcs pada isolat. Selanjutnya, amplikon dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa untuk menunjukan pita pada daerah gen ech dan gen fcs. Analisis secara molekuler dilakukan dengan mengamplifikasi gen 16S rRNA dengan metode PCR menggunakan primer universal 27F dan 534R dan dilanjutkan dengan sekuensing terhadap gen 16S rRNA. Langkah terakhir, yaitu dilakukan analisis hasil sekuensing menggunakan metode BLAST di NCBI. Keberadaan gen ech dan gen fcs pada isolat bervariasi. Sembilan isolat dari total 22 isolat memiliki gen ech dan gen fcs. Hasil BLAST terhadap urutan nukleotida gen 16S rRNA dari tiga isolat yang disekuensing mempunyai kesamaan 99% dengan bakteri Pseudomonas nitroreducens dan satu isolat mempunyai kesamaan 96% dengan Pseudomonas denitrificans. Sebagai kesimpulan, bakteri tanah pada perkebunan cengkeh di Desa Liandok, Minahasa Selatan memiliki gen ech dan gen fcs yang berpotensi untuk melakukan konversi eugenol menjadi vanillin.

---

Indonesias potential as worlds largest clove oil producer is supported by the development of clove plantations in Indonesia. North Sulawesi is a province that playing the biggest role in producing clove oil in Indonesia. Desa Liandok is located in Minahasa Selatan, North Sulawesi which has a large areal of clove oil plantation. This study was aimed to characterize ech and fcs genes in soil bacteria from clove plantation in Desa Liandok, South Minahasa which has the potential to bioconvert eugenol to vanillin. The soil bacteria from clove plantations in Desa Liandok, South Minahasa was isolated using selective mediums. DNA extraction was carried out using Geneaid PrestoTM Mini gDNA Bacteria Kit. The isolated genomes from DNA extraction were analyzed and carried out by agarose gel electrophoresis. Both primers for PCR were designed by aligning multiple ech and fcs genes sequences of Pseudomonas sp. in NCBI GenBank data. PCR analysis was performed within forward and reverse primers to detect ech and fcs genes in the isolate. Furthermore, the amplicons was analyzed using agarose gel electrophoresis to show ech and fcs genes bands. Molecular analysis was carried out by amplifying the 16S rRNA gene with the PCR method using universal primers 27F and 534R and continued with sequencing of the 16S rRNA gene. The last step was to analyze the result of DNA sequencing using BLAST method in NCBI. The existence of ech and fcs genes in each isolate were varied. BLAST analysis against nucleotide sequence of the 16S rRNA gene from three isolates that were sequenced possess 99% similarities with Pseudomonas nitroreducens and one isolate possesses 96% similarities with Pseudomonas denitrificans. Nine out of 22 isolates contained both fcs and ech genes. To conclude, soil bacterias in clove plantation in Desa Liandok, South Minahasa have ech and fcs genes which have the potential to bioconvert eugenol to vanillin."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Eksopolisakarida (EPS) telah banyak diteliti dapat diaplikasikan dalam bidang industri makanan, kesehatan, dan farmasi. Beberapa bakteri asam laktat (BAL) memiliki kemampuan menghasilkan EPS dengan adanya enzim sukrase, baik glukansukrase/ glukosiltransferase (gtf) maupun fruktansukrase/ fruktosiltransferase (ftf). Glukansukrase menghasilkan EPS berupa polimer glukan, sedangkan fruktansukrase menghasilkan polimer fruktan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi adanya gen ftf penyandi fruktansukrase dari beberapa galur BAL yang diduga memiliki aktivitas fruktansukrase berdasarkan penelitian menggunakan metode visual. Skrining gen tersebut secara molekuler dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer degenerate yang berasal dari dua sekuens conserved region gen ftf beberapa galur BAL. Galur BAL yang digunakan untuk konstruksi primer adalah Bacillus subtilis, Bacillus stearothermophilus, Bacillus amyloliquefaciens, Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, dan Lb. reuteri 121. Amplikon berukuran sekitar 700 pb dihasilkan oleh 7dari 21 DNA genomik dari galur yang digunakan, yaitu MBF PDG 3(1), MBF PDG 4, Weissella cibaria MBF WRS 3, Leuconostoc mesenteroides MBF 4-2, Leuconostoc mesenteroides MBF 7-5, Weissella confusa MBF PDG 10(1), dan Leuconostoc mesenteroides MBF WRS 6."

"Disahkannya UU NO. 33 tahun 2104 tentang jaminan Produk Halal menjadi latar belakang dilakukannya pengembangan metode deteksi molekuler terhadap DNA porsin untuk penentuan kehalalan produk. DNA yang diamplifikasi adalah sekelumit DNA yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin setelah melalui proses pembuatan dengan melibatkan suhu dan pH ekstrem. Oleh karena itu, optimasi metode ekstraksi adalah tahapan terpenting untuk memperoleh jumlah DNA yang memadai.Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode optimal untuk memperoleh DNA, menentukan metode deteksi molekular DNA porsin menggunakan metode Polymerase Chain Reaction PCR yang sensitif, serta untuk mendeteksi fragmen DNA porsin yang terdapat pada sampel sediaan obat antibiotik.Jenis metode PCR yang digunakan adalah PCR duplex dan PCR nested yang merupakan metode deteksi molekuler berbasis DNA dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Optimasi perolehan DNA dilakukan dengan mengubah beberapa parameter yang terdiri dari jumlah replikat sampel yang akan diekstraksi, modifikasi komposisi proses resuspensi dan pelisisan sel, jumlah campuran saat tahap awal isolasi DNA, serta tingkat kepekatan dalam pengisolasian DNA tahap akhir. Jumlah replikat gelatin optimum untuk mendapatkan DNA yang memadai adalah sebanyak delapan sampel ekstraksi.Pada penelitian ini dilakukan optimasi kondisi dua jenis PCR yaitu PCR duplex dan PCR nested, serta membandingkan sensitivitas antara kedua metode PCR tersebut. Hasil dikatakan positif mengandung DNA porsin jika terbentuk dua pita hasil amplifikasi 212bp dan 398bp untuk PCR duplex dan satu pita 387bp untuk PCR nested.Hasil uji sensitivitas yang dilakukan di enam titik konsentrasi menunjukan bahwa PCR nested mampu mendeteksi hingga 1 fg/ L sedangkan PCR duplex hanya mampu mendeteksi hingga 1 ng/ L. Hal ini disebabkan oleh PCR nested melalui dua tahapan sedangkan PCR nested hanya melalui satu tahapan PCR. Deteksi yang dilakukan terhadap sampel antibiotik menunjukkan bahwa DNA porsin tidak mampu terdeteksi menggunakan PCR duplex namun mampu terdeteksi mengguunakan PCR nested, sehingga PCR nested lebih efektif untuk diterapkan sebagai metode deteksi awal secara kualitatif namun tidak kuantitatif.

---

The establ shment of Law No. 33 years 2104 on the guarantee of halal products became the background of the development of molecular detection methods of DNA porsin for the determination of halal products. The amplified DNA is a trace of DNA still contained in the porcine gelatin after going through a manufacturing process involving extreme temperature and pH. Therefore, the optimization of the extraction method is the most important step to obtain adequate amount of DNA.

The aim of this study was to obtain the optimal method of obtaining DNA, to determine the method of detecting molecular DNA of porcine using sensitive Polymerase Chain Reaction PCR method, and to detect porcine DNA fragments found in the sample of antibiotics.

The type of PCR method used is duplex PCR and nested PCR which is a DNA based molecular detection method with two DNA sequence targets, DNA cyt b and ATP8. Optimization of DNA acquisition was done by changing some parameters consisting of the number of replicate samples to be extracted, the modification of the resuspension and cellular composition, the amount of mixture at the initial stage of DNA isolation, and the level of concentration in final stage of DNA isolation. The optimum amount of gelatin replicates to obtain sufficient DNA is eight extraction samples.

This research conclude optimization of two PCR conditions, PCR duplex and PCR nested, and also comparing the sensitivity between the two PCR methods. The results are said to positively contain porsin DNA if two amplified bands 212bp and 398bp are formed for duplex PCR and one band 387bp for nested PCR.

Sensitivity test results performed at six points of concentration showed that nested PCR was able to detect up to 1 fg L while the duplex PCR was only capable of detecting up to 1 ng L. This is caused by PCR nested through two stages while PCR is nested only through one PCR stage. Detection of antibiotic samples showed that porcine DNA could not be detected using duplex PCR but was able to be detected using PCR nested, so that nested PCR was more effective to be applied as a qualitative, but not quantitative, method of early detection."

"Polymerase Chain Reaction (PCR) telah digunakan untuk mendeteksi Salmonella dalam sampel makanan dan minuman. Primer yang digunakan didesain berdasarkan gen invA spesifik Salmonella untuk amplifikasi. Dua puluh satu sampel dikoleksi dari pedagang kaki lima di Jalan Margonda Raya Pondok Cina Depok dari bulan Maret 2008 hingga pertengahan April 2008. Persiapan sampel sebelum PCR, meliputi langkah prapengayaan dalam Buffered Peptone Water dan diikuti ekstraksi DNA menggunakan metode boiling. Dari hasil ekstraksi DNA, fragmen berukuran 244 pb diamplifikasi dengan PCR. Sampel juga diuji menggunakan metode kultur standar untuk mengkonfirmasi hasil pengujian sampel dengan metode PCR. Batas uji deteksi metode PCR dalam penelitian ini adalah 2,85 x 106 CFU/ml. Sebanyak empat dari dua puluh satu sampel terdeteksi mengandung Salmonella dengan metode PCR, tiga diantaranya tidak terdeteksi dengan metode kultur standar dan satu sampel lainnya terdeteksi dengan metode kultur standar yang dilanjutkan metode PCR. Diharapkan penelitian ini dapat bermanfaat untuk pengembangan metode deteksi Salmonella yang mudah, cepat dan dapat dipercaya pada sampel makanan dan minuman."

"ABSTRAKIndonesia dianggap sebagai salah satu negara penghasil cengkeh terbesar di Indonesia dunia. Namun, saat ini produk yang diekspor sebagian besar masih dalam bentuk mentah rempah-rempah, tidak memiliki nilai jual yang lebih tinggi. Beberapa daerah di Indonesia sudah diproses itu menjadi produk minyak cengkeh, tetapi yang berkualitas rendah. Suatu upaya yang bisa dilakukan untukmeningkatkan kualitas ekspor potensi lokal Indonesia adalah dengan biokonversi eugenol yang terkandung dalam minyak cengkeh menjadi produk penyusun aroma seperti vanillin. IniPenelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi molekul bakteri yang diisolasi dari cengkeh tanah perkebunan di Jawa Tengah yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai eugenol Bakteri biokonversi dengan menggunakan ech (enoyl coA-hydratase) dan fcs (feruloyl gen coA-synthetase). Analisis in silico dilakukan dengan terlebih dahulu mengumpulkan gen fcs dari basis data DNA pada Genbank untuk merancang ech dan fcs maju dan mundur primer. Bakteri tanah yang dikumpulkan dari perkebunan cengkeh di Jawa Tengah diisolasi menggunakan a media selektif dan DNA genom kemudian diekstraksi. Teknik PCR dilakukan untuk mendeteksi keberadaan gen ech dan fcs yang ditunjukkan oleh band diperkuat dalam isolat. Amplikon yang diperoleh dianalisis menggunakan gel agarosa elektroforesis. Sequencing Sanger DNA dilakukan untuk menentukan spesies bakteri yang ditemukan dalam isolat. Hasil sekuensing DNA kemudian dianalisis menggunakan metode BLAST di NCBI. Berdasarkan hasil penelitian ini, bakteri ditemukan di lahan perkebunan cengkeh di Jawa Tengah diduga positif memiliki gen pemrosesan eugenol, gen fcs. Spesies bakteri yang diidentifikasi terutama Burkholderia sp. Namun lebih banyak pekerjaan yang harus dilakukan dalam upaya untuk mendapatkanamplikon yang lebih spesifik yang mewakili gen ech dan fcs

---

ABSTRACTIndonesia is considered as one of the largest clove producing countries in the world. However, currently most of the products exported are still in raw form, which has a higher selling value. Some regions in Indonesia have started to become clove oil, but of low quality. An effort that can be done to improving the quality of Indonesia's local export potential by bioconversion of eugenol contained in clove oil into aroma constituent products such as vanillin. This The aim of this research is to discuss the bacteria isolated from clove plantation land in Central Java that were developed to be developed as eugenol Bacteria bioconversion using ech (enoyl coA-hydratase) and fcs (feruloyl coA-synthetase gene). Analysis in silico is carried out by first collecting the fcs gene from the DNA database on Genbank for primary and backward ech and primary approval. Soil bacteria collected from clove plantations in Central Java were isolated using selective media and the DNA genome was then extracted. The PCR technique was carried out to replace the ech and fcs genes that were approved by the band supported in isolates. The amplicons obtained were analyzed using agarose electrophoretic gel. Sanger DNA sequencing was carried out to determine the bacterial species found in the isolates. The DNA sequencing results were then analyzed using the BLAST method at NCBI. Based on the results of this study, bacteria found in clove plantations in Central Java tested positive for having a gene that supports eugenol, the fcs gene. The protected bacterial species are mainly Burkholderia sp. More work needs to be done in an effort to get more specific amplicons that represent ech and fcs genes"

"Produk farmasi memiliki standar kualitas mutu tertentu yang harus dipenuhi sebelum dapat diedarkan secara luas, salah satunya yaitu jaminan kehalalan produk sebagaimana yang tertera di dalam UU Nomor 33 Tahun 2014. Namun, salah satu tantangan utama dalam menjamin kehalalan produk farmasi adalah deteksi bahan baku yang berasal dari sumber yang diharamkan, seperti babi (porcine), anjing (canine), dan tikus (murine). Penelitian ini berfokus pada aplikasi serta evaluasi metode quantitative polymerase chain reaction (qPCR) yang sudah dikembangkan untuk mengidentifikasi gen porcine, canine, dan murine yang dilakukan pada berbagai sampel sediaan farmasi, suplemen, dan kosmetik meliputi krim, serum pencerah yang mengandung ekstrak plasenta babi, dan puyer herbal, dan sejumlah sediaan farmasi lainnya. Konfirmasi stok DNA kontrol positif dengan set primer GAPDH menunjukkan bahwa amplikon porcine, canine, dan murine memiliki panjang berturut-turut 72 bp, 90 bp, dan 101 bp yang mengindikasikan bahwa stok DNA kontrol positif dapat digunakan untuk pengujian selanjutnya. Metode multiplex yang sudah dikembangkan memiliki repeatability yang dapat diterima melalui nilai koefisien variasi (CV) Cq yang didapatkan untuk masing-masing kontrol positif porcine, canine dan murine sebesar 0,61; 0,74; 0,66%. Hasil analisis multiplex terhadap DNA template campuran (mix) dilakukan dengan menilai pergeseran nilai Tm untuk masing-masing gen melalui nilai CV yang didapatkan. Adapun nilai CV intra assay yang didapatkan untuk peak murine, porcine, dan canine berturut-turut yaitu 0,0093%; 0,12%; 0,03%. Hasil ekstraksi dengan menggunakan kit Easyfast Extraction Kit for Pharmaceuticals I belum berhasil mengilangkan inhibitor PCR.

---

Pharmaceutical products must meet certain quality standards before being widely distributed such as ensuring the halal status of the products as mandated by Law No. 33 of 2014. However, a major challenge in guaranteeing the halal status of pharmaceutical products lies in detecting raw materials derived from sharia-prohibited sources, such as porcine (pig), canine (dog), and murine (rat). This study focuses on the application and evaluation of the quantitative polymerase chain reaction (qPCR) method that has been developed to identify porcine, canine, and murine genes in various pharmaceutical products, supplements, and cosmetics. The results of positive control confirmation using GAPDH primer sets showed that the amplicons for porcine, canine, and murine genes had lengths of 72 bp, 90 bp, and 101 bp, respectively, indicating that the positive control DNA stock could be used for the next runs. The developed multiplex method demonstrated acceptable repeatability, as shown by the coefficient of variation (CV) values of Cq obtained for the porcine, canine, and murine positive controls, which were 0.61%, 0.74%, and 0.66%, respectively. Multiplex analysis results for mixed DNA templates were assessed by evaluating the shift in Tm values for each gene through the obtained CV values. The intra-assay CV values for murine, porcine, and canine peaks were 0.0093%, 0.12%, and 0.03%, respectively. However, the extraction using the Easyfast Extraction Kit for Pharmaceuticals I was unsuccessful in removing PCR inhibitors."

"Gelatin merupakan bahan utama penyusun cangkang kapsul. Salah satu cara untuk mengetahui adanya kandungan gelatin porsin dalam campuran gelatin adalah dengan deteksi molekuler terhadap sekuens sitokrom b cyt b pada DNA dari gelatin. Penelitian ini dilakukan untuk mengoptimasi kondisi metode PCR-RFLP dalam mendeteksi kandungan porsin dan bovin dari cangkang kapsul dalam campurannya sehingga diperoleh metode yang sensitif dan efisien, karena rendahnya jumlah DNA trace setelah proses pembentukan gelatin dan pengolahannya menjadi kapsul. Optimasi dilakukan pada ekstraksi DNA, kondisi PCR, dan sensitivitas metode PCR-RFLP. Ekstraksi dioptimasi agar diperoleh jumlah DNA yang cukup dan dapat teramati pada gel agarosa. Kondisi optimum untuk PCR DNA reference dan kapsul diperoleh dengan pemilihan DNA polimerase yang memberikan hasil terbaik. Hasil amplifikasi DNA reference campuran bovin-porsin didigesti menggunakan enzim restriksi BsaJI. Enzim restriksi BsaJI memotong gen sitokrom b porsin menjadi dua fragmen, yaitu 228 bp dan 131 bp. Optimasi sensitivitas metode PCR-RFLP menunjukkan metode mampu mendeteksi hingga konsentrasi 0,01 porsin dalam campurannya dengan bovin, dianalisis dengan kuantifikasi berbasis software dan pengamatan visual. Hasil tersebut menunjukkan bahwa metode PCR-RFLP dapat digunakan sebagai metode deteksi awal dan sensitif dalam mendeteksi porsin dengan konsentrasi rendah dalam campuran gelatin.

---

Detection of porcine, as one of gelatin sources, can be done by molecular detection of cytochrome b sequence in DNA. This study was aimed to optimize the PCR RFLP method in detecting porcine in capsule shell and porcine in mixtures with bovine in gelatin to obtain a sensitive and efficient method. Optimization was carried out for DNA extraction, PCR conditions, and the sensitivity of PCR RFLP method. Due to very low DNA trace in gelatin after various manufacturing process, the extraction was optimized to obtain sufficient DNA yield which was visible on the agarose gel. The optimum condition for DNA amplification was obtained by selecting the most suitable DNA polymerase. Amplified various concentrations of porcine bovine DNA mixtures and capsule shell DNA were digested using BsaJI restriction enzyme. BsaJI restriction enzyme was able to cleave porcine cytochrome b gene into two fragments of 228 bp and 131 bp. The optimization of the sensitivity of PCR RFLP method showed that method is able to detect up to 0.01 porcine in mixtures with bovine analyzed using software based quantification and visual observation. Result demonstrated that the PCR RFLP method is sensitive and suitable for early detection of porcine DNA in gelatin mixtures."

"Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan strain Staphylococcus aureus yang resistan antibiotik β-laktam. Penelitian deteksi MRSA dilakukan menggunakan metode PCR dengan amplifikasi gen nuc dan mecA. Sampel diambil dari usapan nasofaring 161 orang dewasa ≥50 tahun. Uji sensitivitas antibiotik juga dilakukan untuk mengetahui resistansi pada isolat MRSA. Fragmen DNA untuk gen nuc dan mecA terdeteksi dengan ukuran 255 bp dan 527 bp. Sebanyak 12 sampel (7,5%) dideteksi sebagai MRSA dan diketahui resistan terhadap antibiotik oxacillin dan cefoxitin dari golongan β-laktam. Variasi resistansi pada isolat MRSA terlihat pada antibiotik erythromycin, tetracycline, gentamicin, chloramphenicol dan trimethophim/sulfametoxazole. Hasil penelitian mengindikasikan kolonisasi MRSA dapat dideteksi dengan amplifikasi gen nuc dan mecA.

---

Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a strain of Staphylococcus aureus that is resistant to β lactame antibiotics. Detection of MRSA was conducted by amplification of nuc and mecA genes using PCR method. Samples were taken from nasopharyngeal swab from 161 adult ≥ 50 years old. Susceptibility test was also done by disc diffusion to determine resistance characteristic in MRSA isolates. DNA fragment for nuc and mecA genes was detected in 255 bp and 527 bp. About 12 MRSA isolates (7,5%) showed resistance toward oxacillin and cefoxitin which belong to β lactame antibiotics. There were variety of resistance in MRSA isolates to other antibiotics, such as erythromycin, tetracycline, gentamicin, chloramphenicol, and trimethophim/sulfametoxazole. The results indicate that amplification of nuc and mecA genes by PCR can be used for MRSA detection from nasopharyngeal swab."