Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."

"Kanker payudara merupakan salah satu penyebab utama kematian pada wanita di seluruh dunia. Protein HER2 tirosin kinase merupakan salah satu penyebab kanker payudara, yaitu sebesar 30% dari keseluruhan jumlah kasus kanker payudara. Protein HER2 tirosin kinase berperan penting dalam reaksi dimerisasi yang menyebabkan terjadinya autofosforilasi residu tirosin pada domain sitoplasma. Mekanisme ini dapat memicu pertumbuhan sel kanker. Penghambatan aktivitas protein HER2 dapat menjadi alternatif pengobatan kanker payudara. Dalam penelitian ini digunakan senyawa bahan alam flavonoid sebagai basis data dalam perancangan obat kanker payudara secara in silico. Pada perancangan obat secara in silico, dilakukan beberapa tahapan antara lain, preparasi protein, preparasi flavonoid, preparasi standar, simulasi penambatan molekul, pertumbuhan fragmen, serta studi farmakologi kandidat obat. Proses preparasi dan simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MOE 2014.09. Tahapan pertumbuhan fragmen dilakukan dengan perangkat lunak Osiris DataWarrior. Studi farmakologi kandidat obat dilakukan dengan perangkat lunak pkCSM, SwissADME, dan AdmetSar. Penelitian ini diharapkan dapat menemukan kandidat ligan penghambat aktivitas protein HER2.

---

Breast cancer is one of the main women death cause around the world. HER2 tyrosine kinase protein is one of the causes of breast cancer, which is 30% of the total number of breast cancer cases. The HER2 tyrosine kinase protein plays an important role in the dimerization reaction which causes the autophosphorylation of tyrosine residues in the cytoplasmic domain. This mechanism can trigger the growth of cancer cells. The inhibition of HER2 protein activity can be an alternative treatment for breast cancer. In this study, natural flavonoid compounds were used as a database in designing breast cancer drugs. In drug design using in silico method, several steps were carried out, such as protein preparation, flavonoid preparation, standard preparation, molecular docking simulation, fragment growing process, and pharmacological studies of drug candidates. The preparation and molecular docking simulation process were conducted using MOE 2014.09 software. Fragment growing process were conducted with Osiris DataWarrior software. Pharmacological studies of candidate drugs were carried out with pkCSM, SwissADME, and AdmetSar software. This study is expected to find inhibitor candidates to inhibit the HER2 protein activity."

"SARS-CoV-2 merupakan penyebab COVID-19 yang melanda dunia sejak akhir 2019. Virus ini telah menyebar secara luas di dunia akibat infektifitasnya yang tinggi. Salah satu penyebab tingginya infektifitas virus ini adalah spike glycoprotein. Spike glycoprotein merupakan salah satu protein yang terdapat pada SARS-CoV-2. Spike glycoprotein berperan secara langsung alam mekanisme infeksi dengan cara membentuk ikatan dengan reseptor ACE-2 pada sel inang. Inhibisi spike glycoprotein dapat menjadi salah satu cara pengobatan COVID-19. Dalam penelitian ini, antivirus yang sudah dipasarkan sebagai basis data akan di-repurpose menjadi antivirus SARS-CoV-2, kemudian dilakukan modifikasi terhadap senyawa yang terpilih menjadi senyawa organoselen. Penelitian dilakukan dengan cara in silico. Untuk simulasi molecular docking, digunakan software MOE2014.09 untuk mendapatkan informasi tentang interaksi antara spike glycoprotein dengan ligan, baik antivirus maupun antivirus hasil modifikasi. Melalui analisa nilai energi pengikatan dan uji farmakologi, diperoleh 3 ligan terbaik dari antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, dan Ledipasvir) serta antivirus modifikasi (ModL1, ModL2, dan ModL6).

---

SARS-CoV-2 is the cause of COVID-19 that has hit the world since the end of 2019. This virus has spread widely in the world due to its high infection. One of the causes of the high infectivity of this virus is the spike glycoprotein. The spike glycoprotein is a protein found in SARS-CoV-2. The glycoprotein spike directly plays a role in the infection mechanism by forming a bond with the ACE-2 receptor on the host cell. Inhibition of spike glycoprotein can be one way of treating COVID-19. In this study, the antivirals that have been marketed as databases will be repurposed into SARS-CoV-2 antivirals, then the selected compounds will be modified into organoselenium compounds. The research was conducted through in silico. The molecular docking simulation was conducted by using MOE2014.09 to retrieve information about the interaction between the protein-ligand from unmodified antivirus as well as modified antivirus. Through the binding energy value and pharmacological tests, the three best ligands are obtained from the unmodified antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, and Ledipasvir) and the modified antivirus (ModL1, ModL2, and ModL6)."

"Pendahuluan: Dalam pembentukan kanker mulut, ada banyak faktor yang memiliki peran besar, salah satunya protein epidermal growth factor receptor atau EGFR. EGFR merupakan gen yang sangat polimorfik dan rentan terhadap mutasi. Mutasi ini menyebabkan reseptor EGFR yang lebih aktif dan sensitif terhadap ligan EGF (epidermal growth factor) sehingga menyebabkan aktivitas persinyalan EGFR yang terus meningkat, proliferasi sel kanker yang tidak terkendali, resistensi terhadap apoptosis, hingga terjadi proses angiogenesis. Indonesia memiliki keanekaragaman hayati yang melimpah, salah satunya adalah tanaman akar manis atau disebut juga Glycyrrhiza glabra. Pada tanaman ini, terdapat delapan jenis flavonoid yang memiliki potensi antikanker yang besar, yaitu isoliquiritigenin, glyzaglabrin, prunetin, shinpterocarpin, licochalcone A, glabridin, glisoflavone, dan isoangustone A. Kedelapan senyawa flavonoid ini berpotensi untuk berikatan dengan reseptor EGFR serta berkompetisi dengan ligan EGF untuk menghasilkan efek antikanker. Tujuan: Mengingat mayoritas penduduk Indonesia yang tinggal jauh dari perkotaan, tanaman ini dapat menjadi salah satu tanaman yang berpotensi untuk pengobatan kanker mulut. Oleh karena itu, penelitian ini diharapkan bisa menggali potensi yang dimiliki oleh Glycyrrhiza glabra sebagai kandidat obat kanker mulut. Metode: Studi in silico melalui penambatan molekuler dengan program AutoDockTools v.1.5.6 digunakan untuk menguji potensi kedelapan senyawa flavonoid yang terkandung dalam Glycyrrhiza glabra untuk berikatan dengan protein target EGFR. Hasil: Penambatan molekuler kedelapan senyawa flavonoid menunjukkan bahwa seluruh senyawa yang diuji memiliki ikatan yang sangat stabil karena lebih rendah dari -7 kcal/mol. Selain itu, stabilitas dari interaksi ini juga diperkuat oleh keberadaan ikatan Van der Waals, ikatan hidrogen, serta ikatan hidrofobik. Kesimpulan: Dari kedelapan senyawa yang diuji, dapat disimpulkan bahwa senyawa yang memiliki afinitas ikatan terbaik dengan protein EGFR adalah senyawa glabridin, dengan nilai ΔG = -10.53 kcal/mol dan Ki = 19.23 nM.

---

Introduction: In the formation of oral cancer, there are many factors that play a significant role, one of which is the epidermal growth factor receptor protein, or EGFR. EGFR is a highly polymorphic gene and is susceptible to mutations. These mutations lead to a more active EGFR receptor that is sensitive to the EGF (epidermal growth factor) ligand, resulting in increased EGFR signaling activity, uncontrolled proliferation of cancer cells, resistance to apoptosis, and the occurrence of angiogenesis. Indonesia is rich in biodiversity, including the licorice plant, also known as Glycyrrhiza glabra. This plant contains eight types of flavonoids with significant anticancer potential, namely isoliquiritigenin, glyzaglabrin, prunetin, shinpterocarpin, licochalcone A, glabridin, glisoflavone, and isoangustone A. These eight flavonoid compounds have the potential to bind to the EGFR receptor and compete with the EGF ligand to produce anticancer effects. Objective: Given that the majority of Indonesia's population resides far from urban areas, this plant has the potential to be used in the treatment of oral cancer. Therefore, this research aims to explore the potential of Glycyrrhiza glabra as a candidate for oral cancer treatment. Method: In silico studies using molecular docking with AutoDockTools v.1.5.6 were conducted to test the potential of the eight flavonoid compounds found in Glycyrrhiza glabra to bind to the target protein EGFR. Results: Molecular docking of the eight flavonoid compounds showed that all the tested compounds had highly stable bindings, with binding energies lower than -7 kcal/mol. Additionally, the stability of these interactions was reinforced by the presence of van der Waals forces, hydrogen bonds, and hydrophobic interactions. Conclusion: From the eight compounds tested, it can be concluded that the compound with the best binding affinity to the EGFR protein is glabridin, with a ΔG value of -10.53 kcal/mol and a Ki value of 19.23 nM.

"

"Kanker adalah penyakit yang ditandai dengan adanya pertumbuhan sel abnormal yang dan dapat menyebar ke organ lain. Kanker merupakan penyebab utama kematian kedua terbesar di dunia. Ditemukan ekspresi berlebih sirtuin1 pada beberapa kanker. Ekspresi sirtuin1 harus diinhibisi untuk menekan pertumbuhan sel kanker. Penelitian yang dilakukan saat ini untuk menemukan senyawa yang dapat digunakan sebagai inhibitor sirtuin1. Metode in silico merupakan salah satu metode yang dapat digunakan untuk penelitian ini. Dalam penelitian ini, diteliti 31 senyawa derivat 33-Thieno[3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide dan senyawa ex527 sebagai kontrol positif hasil penapisan virtual sebagai inhibitor situin1. Hasil penambatan molekuler didapatkan nilai ?G senyawa ex527 kontrol positif sebesar -9.27 kkal/mol. Senyawa 17, 11a dan 11c memiliki nilai ?G terendah dengan nilai ?G sebesar 12.91, 12.77 dan 12.11 kkal/mol sedangkan senyawa 21 memiliki nilai terbesar dengan nilai ?G sebesar -7.97 kkal/mol. Setelah penambatan molekuler, dilakukan simulasi dinamika molekuler terhadap 31 senyawa derivat 33-Thieno[3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide dan senyawa ex527 sebagai kontrol positif. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan senyawa 11d, 11b dan 11a memiliki aktivitas terbaik. Selain itu, adanya Zn2 dan NAD dapat mempengaruhi hasil dari penambatan molekuler dan simulasi dinamika molekuler.

---

Cancer is a disease that characterized by abnormal cell growth that can spread into other organs. Cancer is the main cause of death in the world. Overexpression of sirtuin1 was found in some cancer. The expression of sirtuin1 should be inhibited to suppress the growth of cancer cells. This study was conducted to find compounds that can be used as inhibitor of sirtuin1. In silico method is one of a method that can be used for this study. In this experiment, 31 compounds of 33 Thieno 3,2 d pyrimidine 6 carboxamide derivatives and ex527 as positive control from the result of virtual screening as inhibitor of sirtuin1. The result of molecular docking obtained with G value of ex527 positive control is 9.27 kcal mol. The 17, 11a and 11c compounds have the lowest G values that are 12.91, 12.77, and 12.11 kcal mol respectively whereas compound 21 has the highest G value that is 7.27 kcal mol. After molecular dynamics were simulated against 31 compounds of 33 Thieno 3,2 d pyrimidine 6 carboxamide derivatives and ex527 compounds as positive control. The result of molecular dynamics simulation shows 11d, 11b and 11a compounds have the best activity. In addition, the presence of Zn2 and NAD may affect the results of molecular docking and molecular dynamics simulations."

"Asam urat dapat dihasilkan melalui proses katalisasi oksidasi dari hipoxantin menjadi xantin dan juga melalui degradasi purin dengan bantuan xantin oksidase. Bila kadar asam urat melebihi batas normal maka dapat menyebabkan hiperurisemia yang merupakan faktor utama gout (pirai). Hal ini dapat dicegah dengan menginhibisi kerja xantin oksidase menggunakan inhibitor xantin oksidase. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor XO dari flavonoid dengan metode penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx. Hasil optimisasi parameter penapisan virtual diperoleh dengan menggunakan grid box 15Åx15Åx15Å dan exhaustiveness 8. Struktur kristalografi target makromolekul diperoleh dari RSCB PDB dengan ID 2E1Q. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh sepuluh senyawa ligan uji dengan energi ikatan terendah, antara lain: 7,4'-dihydroxyflavone, apigenin, geraldone, chrysin, 7,3',4'-trihydroxyflavone, luteolin, baicalein, 6-hydroxyluteolin, pseudobaptigenin, dan scutellarein. Sepuluh senyawa tersebut memiliki energi ikatan antara -9,9 hingga -10,8 kkal/mol dibandingkan dengan kontrol positif allopurinol (-6,9 kkal/mol), oxypurinol (-7,2 kkal/mol), febuxostat (-8,2 kkal/mol), dan topiroxostat (-8,6 kkal/mol). Hasil tersebut mengindikasikan bahwa sepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai inhibitor XO.

---

Uric acid can be produced through the oxidation catalysis process from hypoxanthine to xanthine and also through purine degradation catalyzed by xanthine oxidase. When uric acid levels exceeding normal limits, hyperuricemia, which is a major factor in gout, could be developed. This can be prevented by inhibiting the action of xanthine oxidase using xanthine oxidase inhibitors. The study was conducted to find XO inhibitor candidates from flavonoids by virtual screening methods using Vina AutoDock in PyRx. Optimization results of virtual screening parameters were obtained using a 15Åx15Åx15Å grid box and exhaustiveness 8. The crystallographic structure of the macromolecular target was obtained from RSCB PDB with ID 2E1Q. Ten compounds were obtained from virtual screening result based on their binding energy, including: 7,4'-dihydroxyflavone, apigenin, geraldone, chrysin, 7,3',4'-trihydroxyflavone, luteolin, baicalein, 6-hydroxyluteolin, pseudobaptigenin, and scutellarein. The ten compounds have binding energy of -9,9 to -10,8 kcal / mol compared with positive control of allopurinol (-6,9 kcal/mol), oxypurinol (-7,2 kcal/mol), febuxostat (-8, 2 kcal/mol), and topiroxostat (-8,6 kcal/mol). These results indicate that the ten compounds have potential to be developed as XO inhibitors."

"Kanker adalah penyebab jumlah kematian tertinggi nomor dua di dunia. Kanker disebabkan oleh ketidakseimbangan antara pembelahan sel abnormal yang tumbuh secara invasif daripada proses kematian sel. Oleh karena itu, pada penelitian ini memanfaatkan proses kematian sel secara "terprogram" atau Programmed Cell Death (PCD) untuk menghambat bahkan menghentikan pertumbuhan sel kanker. Sejak tahun 2012, ferroptosis diresmikan sebagai salah satu jenis terbaru PCD yang bergantung oleh jumlah akumulasi zat besi dengan menghilangkan aktivitas phospholipid hydroperoxidase glutathione peroxidase 4 (GPX4). Keberhasilan peptida siklis sebagai obat memiliki afinitas dan selektivitas yang tinggi terhadap target protein sasaran serta memiliki toksisitas yang rendah sangat diminati selama 10 tahun terakhir ini. Maka dari itu, tujuan utama daripada penelitian ini adalah untuk menemukan inovasi terbaru senyawa peptida siklis sebagai potensi inhibitor GPX4 dalam siklus ferroptosis sebagai kandidat obat terapi antikanker. Beberapa metode komputasi yang digunakan adalah molecular docking simulation dan uji farmakologi serta toksisitas secara in silico. Tiga dari senyawa terbaik yang dihasilkan dari simulasi molecular docking, yaitu Appratoxin G, Lugdunin, dan Crocagin A yang terpilih berdasarkan interaksi yang paling baik, nilai ΔGbinding lebih kecil dari standar ML-162, dan RMSD lebih kecil dari 2,0 Å. Selanjutnya, ketiga ligan potensial inhibitor GPX4 tersebut kemudian diuji kelayakan sebagai obat berdasarkan uji farmakologi, prediksi toksisitas, dan mutagenetik agar diperoleh kandidat obat terapi kanker yang paling baik.

---

Cancer is the second leading cause of death in the world. Cancer is caused by an imbalance between abnormal cell division that grows invasively rather than the process of cell death. Therefore, in this study utilizing the "programmed" process of cell death or Programmed Cell Death (PCD) to inhibit or even stop the growth of cancer cells. Since 2012, ferroptosis has been inaugurated as one of the newest types of PCD that depends on the amount of iron accumulation by eliminating the activity of phospholipid hydroperoxides glutathione peroxidase 4 (GPX4). The success of cyclic peptides as a drug has a high affinity and selectivity towards the target protein target and has low toxicity has been very popular over the past 10 years. Therefore, the main objective of this research is to find the latest innovation of cyclic peptide compounds as a potential GPX4 inhibitor in the ferroptosis cycle as a candidate for anticancer therapy drugs. Some computational methods used are molecular docking simulation and pharmacological tests and toxicity in silico. Three of the best compounds produced from molecular docking simulations, namely Appratoxin G, Lugdunin, and Crocagin A were selected based on the best interactions, ΔGbinding values were smaller than the ML-162 standard, and RMSD was smaller than 2.0 Å. Furthermore, the three potential ligand inhibitors of GPX4 were then tested for eligibility as drugs based on pharmacological tests, predictions of toxicity, and mutagenesis to obtain the best candidate for cancer therapy drugs."