Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang: Patogenitas Corynebacterium pada infeksi difteri, sangat terkait dengan toksin yang dihasilkannya. Indonesia merupakan negara ke dua di dunia yang memiliki kasus difteri terbanyak dengan 1.665 kasus dan 29 kasus kematian di tahun 2018. Toksin difteri dapat dihasilkan oleh 3 spesies penyebab, yaitu C. diphtheriae, C. ulcerans, dan C. pseudotuberculosis yang sulit dibedakan secara mikroskopik dan kultur, sehingga diperlukan deteksi molekuler untuk membedakanya. Karakterisasi C. diphtheriae sebagai spesies penyebab utama, diperlukan untuk mengetahui hubungan kekerabatanya dengan spesies negara lain untuk mencari kemungkinan sumber infeksi. Metode: Sebanyak 108 sampel klinis digunakan dalam penenlitian ini. Teknik kultur dilakukan untuk mendeteksi 3 Corynebacterium patogenik, sedangkan realtime PCR hanya dirancang untuk mendeteksi C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis. Pengujian inhibitor, sensitifitas, dan spesifisitas dilakukan pada tahap optimasi. Karakterisasi C. diphtheriae dilakukan dengan metode sekuensing menggunakan gen rpoB parsial pada kultur sampel klinis. Hasil: Limit deteksi real-time PCR untuk C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis secara berurutan sebanyak 4,49 dan 1,06 DNA copy number. Uji spesifisitas terhadap 18 mikrorganisme menunjukkan tidak terdapat reaksi silang. Pengujian terhadap 108 sampel klinis memberikan hasil yang sama dengan kultur, tidak ditemukan C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis. Pada kultur sampel klinis ditemukan C. diphtheriae sebanyak 10 sampel (9,26%), yang dapat dikelompokkan menjadi 4 clade yaitu clade I, III, IV dan V dengan similaritas 99,2 % sampai 99,7%. Kesimpulan: Kasus suspek difteri dalam studi ini tidak berkaitan dengan infeksi C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis, dan hanya positif C. diphtheriae . Hasil karakterisasi gen rpoB pada C. diphtheriae, memperlihatkan hubungan kekerabatan dengan beberapa negara.

---

Background: Pathogenicity of Corynebacterium in diphtheria infection is closely related to toxin production. Indonesia is the second highest country in the world that has the most diphtheria cases with 1,665 cases and 29 deaths in 2018. Diphtheria toxin can be produced by 3 species, such as C. diphtheriae, C. ulcerans and C. pseudotuberculosis which are difficult to distinguish microscopically and culture, therefor molecular detection is needed to differentiate them. Characterization of C. diphtheriae as the main causative species, is needed to determine its relationship with other countries to find possible source of infection.

Method: A total of 108 clinical samples were used in this study. Culture techniques were performed to detect 3 pathogenic Corynebacterium and real-time PCR was only designed to detect C. ulcerans and C. pseudotuberculosis. Inhibitor, sensitivity and specificity testing were carried out at the optimization stage. Characterization of C. diphtheriae from culture of clinical samples, was carried out by sequencing method using partial rpoB genes.

Result: The real-time PCR detection limits for C. ulcerans and C. pseudotuberculosis were 4.49 and 1.06 DNA copy number, respectively. Specificity test for 18 microorganism showed no cross reaction. Tested on 108 clinical samples gave the same results as culture, there were not found C. ulcerans and C. pseudotuberculosis. In clinical culture samples found 10 (9.26%) C. diphtheriae, which can be grouped into 4 clades namely clades I, III, IV and V with similarities of 99.2% to 99.7%.

Conclusion: Suspected diphtheria cases in this study were not related to C. ulcerans and C. pseudotuberculosis infections, and were only positive for C. diphtheriae. The results of the rpoB gene characterization test on C. diphtheriae showed a close relationship with several countries.

"

"Latar Belakang : Kasus difteri yang disebabkan oleh C. diphtheriae masih terus terjadi sampai saat ini. Variasi level ekspresi toksin yang dipengaruhi oleh diphtheria toxin repressor dan tox promoter/operator diduga sebagai salah satu penyebabnya. Oleh karena itu, dilakukan karakterisasi genetik untuk mengetahui kemungkinan adanya mutasi pada gen repressor dan promoter/operator tersebut.Metode : Isolasi DNA dilakukan pada sepuluh isolat yang telah terkonfirmasi sebagai penghasil toksin. DNA tersebut diamplifikasi menggunakan primer spesifik untuk gen dtxR (681 bp) dan toxPO (320 bp) untuk mendapatkan fragmen target. Selanjutnya, urutan nukleotida sekuen DNA diperoleh melalui DNA sekuensing dan dianalisis menggunakan analisis bioinformatika.Hasil : Berdasarkan analisis mutasi, sekuen dtxR menunjukkan adanya mutasi DNA namun asam amino tidak berubah. Sementara itu, sekuen toxPO menunjukkan adanya insersi satu nukleotida pada 60% isolat bakteri. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa isolat Indonesia tersebar menjadi 3 clade berdasar dtxR dan 4 clade berdasar sekuen toxPO dengan 2 clade unik Indonesia.Kesimpulan : Promoter toksin yang mengalami insersi diduga berperan penting dalam mekanisme patogenisitas C. diphtheriae dalam menyebabkan penyakit. Namun, perlu dilakukan uji laboratorium untuk melihat pengaruh insersi terhadap toksigenisitas bakteri menggunakan metode kultur sel atau pengukuran level mRNA.

---

Background : Nowadays, The diphtheria cases caused by C. diphtheriae still exist. The variation of toxin expression level influenced by diphtheria toxin repressor (dtxR) and tox promoter/operator (toxPO) was considered as one of the causes for diphtheria existence. Therefore, a genetic characterization was performed to determine a mutation in both sequences.

Methode : DNA isolation was performed to ten isolates that have been confirmed as toxin producers. The DNA was amplified using a specific primer for the dtxR (681 bp) and toxPO (320 bp) genes to obtain the target fragment. Further, nucleotides sequences of DNA sequence was obtained through DNA sequencing to be analyzed using bioinformatics analysis.

Result : Based on the mutation analysis, the dtxR sequence showed the presence of DNA mutations but it did not change the amino acid. Meanwhile, the toxPO sequence showed the insertion in 60% bacterial isolates. The results of phylogenetic analysis showed that Indonesian isolates spread into 3 clade based on dtxR and 4 clade based on toxPO sequence with 2 unique Indonesian clade.

Conclusion : The insertions in the toxin promoter area are indicated taking an important role in the mechanism of C. diphtheriae pathogenicity. However, a laboratory examination is necessary to investigate the influence of the insertion towards bacterial toxigenicity by using cell culture method or mRNA level measurement."

"Corynebacterium diphtheriae penyebab utama penyakit difteri, ditandai dengan peradangan pada saluran pernapasan atas yang menyebabkan kesulitan bernapas, pembengkakan kelenjar getah bening di sekitar leher dan dapat berujung kematian. Faktor virulensi paling utama penyebab infeksi ini adalah toksin. Subunit toksin B (toxB) berperan dalam memfasilitasi perlekatan subunit toksin A ke sel inang. Perubahan struktur pada toxB menyulitkan terjadinya pengenalan terhadap antibodi, ditambah faktor virulensi lain sehingga infeksi difteri tetap terjadi walaupun sudah dilakukan imunisasi. Analisa mutasi sekuen toxB diperoleh melalui DNA sekuensing kemudian dianalisis dengan SeqScape 7.0 dan Bioedit. Selanjutnya untuk analisis level mRNA toksin digunakan Real-time PCR dan analisis toksisitas toksin menggunakan kultur sel vero kemudian hasil dibandingkan dengan isolat standar ATCC 13812. Gen toxB memiliki satu mutasi pada sembilan isolat, tetapi mutasi tersebut tidak mengubah asam amino. Peningkatan level ekspresi dan toksisitas toksin, ditemukan pada pasien yang mengalami gejala klinis berat dan kematian. Silent mutation yang terjadi pada gen toxB tidak berpengaruh terhadap peningkatan kasus difteri. Walaupun efek toksisitas lebih rendah dibandingkan dengan peningkatan level ekspresi toksin, tetapi sinergi keduanya akan memperberat gejala yang dialami pasien dan berpotensi meningkatkan risiko penularan dan kematian pada pasien

---

Corynebacterium diphtheriae was the main cause of diphtheria, indicated with upper respiratory tract inflammation which cause difficulty breathing, swollen lymph nodes around neck, and deadly. The main virulence factor causing infection is toxin. Toxin B subunit (toxB) contributes in facillitating the adhesion between toxin A and the host cell. The structure alteration of toxB complicates antibody recognition, paired with other virulance factors thus diphtearea infection still occurs even after immunization. toxB mutation sequence analysis obtained through DNA sequencing which analyzed with SeqScape 7.0 and Bioedit. Furthermore, Real-time PCR was used to analyze mRNA toxin levels and vero cell culture was used to analyze the toxin toxicity, then the result were compared with standard isolate ATCC 13812. toxB gene had one mutation in nine isolates, but the mutation did not change the amino acid. Increased toxin expression and toxicity levels were found in patients with severe clinical symptoms and death. Silent mutation that occured in toxB gene did not affect diphtheria case increase. Although the toxicity effect is lower than toxin expression level increase, their synergy will exacerbate patient symptoms and potentially increase the risk of transmission and death."

"Untuk memperoleh koleksi kekayaan hayati Nostoc Indonesia dilakukan isolasi mikroflora tanah dari beberapa lahan persawahan di wilayah di Jawa, Bali, dan Sulawesi Selatan. Isolat-isolat yang tumbuh cepat diidentifikasi secara morfologi dan molekuler mengunakan sekuen parsial dari gen 16S rRNA. Walaupun hubungan kekerabatan antar isolat belum sepenuhnya dapat dijelaskan, pohon filogeni yang dihasilkan dari analisis sekuen mendukung identifikasi secara morfologi bahwa isolat-isolat yang diteliti berbeda jenis. Uji coba 6 strain Nostoc , dalam bentuk inokulum tunggal,sebagai sumber nitrogen untuk padi dilakukan. Sebanyak 2 g biomasa basah dari masing-masing strain Nostoc diinokulasi ke dalam pot-pot yang telah berisi 3 tanaman padi. Percobaan dilakukan di rumah kaca selama 115 hari.Secara statistik (ANOVA;α= 0.05) hanya strain GIA13a yang mempengaruhi panjang akar dan jumlah bulir padi bernas.

---

AbstractIn order to collect Indonesian Nostoc, isolation of soil microflora from several paddy fields in West Java, Bali, andSouth Celebes was carried out. Fast-growing isolates ofNostoc were selected to describe and perform molecularidentification using partial sequences of 16S rRNA. The results showed that partial sequences of 16S rRNA could not resolve the phylogeny of the isolates. However, it supported the morphological studies that recognize isolates as different species of Nostoc. Potential use of Nostoc as a nitrogen source for paddy growth was carried out using sixstrains as single inoculums. A total biomass of 2 g (fresh weight) for each strain was inoculated, respectively, into thepot planted with three paddy plants. This experiment was conducted in the green house for 115 days. Statistical analyses(ANOVA;α= 0.05) showed that of six strains tested in this study, only strain GIA13a had influence on the augmentation of root length and the total number of filled grains."

"Latar belakang: Difteri merupakan penyakit infeksi bakteri yang diperantarai olehtoksin. Corynebacterium diphtheriae adalah penyebab tersering difteri. Diagnostiklaboratorium harus dilakukan dengan cepat untuk menunjang diagnosis klinis difteri.Pemeriksaan mikroskopik tidak direkomendasikan karena tidak spesifik, kultur dan ujitoksin yang merupakan uji baku emas cukup memakan waktu, membutuhkanketerampilan dan pengalaman serta hanya dilakukan di laboratorium rujukan. PCRmerupakan metode pemeriksaan yang cepat, sensitif dan spesifik. Duplex real-time PCRdapat mendeteksi bakteri penyebab tersering dan gen pengkode toksin secara simultan.Tujuan penelitian: Melakukan optimasi uji duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigenik dan menerapkannya pada spesimen usap tenggorokpasien tersangka difteri.Metode: Duplex real-time PCR menggunakan dua pasang primer dan probe dengantarget gen rpoB C.diphtheriae dan toksin difteri subunit A Tox. Parameter yangdioptimasi adalah suhu penempelan, konsentrasi masing-masing primer dan probe,inhibitor, reaksi silang dengan patogen lain dan ambang batas deteksi uji. Kemudian ujidiaplikasikan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri yang dirawat diRSPI Sulianti Saroso pada periode 2018-2019. Sebagai perbandingan dilakukan uji Elekuntuk konfirmasi toksigenitas dan analisa data klinis pasien.Hasil: Kondisi optimal uji didapat pada suhu penempelan 55oC, konsentrasi primer Cd0,4 μM, primer Tox 0,6 μM, probe Cd 0,5 μM dan probe Tox 0,625 μM, volume elusiekstraksi DNA 50 μL, volume cetakan DNA 5 μL dan ambang batas deteksi 2 CFU/ml.Uji tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme lain yang dicobakan. Dari 89 sampel,proporsi positif C.diphtheriae potensial toksigenik dengan uji duplex real-time PCRadalah 21,3%, sedangkan proporsi positif C.diphtheriae toksigenik menggunakan ujibaku emas adalah 11,2%.Kesimpulan: Duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigeniktelah dioptimasi dan diaplikasikan pada pasien tersangka difteri. Diharapkan uji inidapat meningkatkan diagnosis laboratorium kasus difteri.

---

Background: Diphtheria is toxin-mediated bacterial infection. The most common

etiology is Corynebacterium diphtheriae. Laboratory diagnostic should be done

immediately to support clinical diagnosis. Microscopic examination is not

recommended, culture followed by toxin test is consider gold standard but timeconsuming,

require experience and only done in referral laboratory. PCR is fast,

sensitive and specific. Duplex real-time PCR can detect bacteria and toxin-encoding

gene simultaneously.

Objective: Optimizing duplex real-time PCR assay for detection of potentially

toxigenic C.diphtheriae and applicate the assay on throat swab of suspected diphtheria

patient.

Method: Two pair of primers and specific probe targeting rpoB gene of C.diphtheriae

and A-subunit of diphtheria toxin gene were used in this study. Parameters including

annealling temperature, concentration of primers and probes, inhibitors, cross reaction

and detection limit were being optimized to receive optimal condition. The optimized

assay was applicated on throat swab of suspected diphtheria patient in Sulianti Saroso

Infectious Disease Hospital at 2018-2019. Elek toxigenity test was used for comparison

and clinical data of the patient were analyzed.

Result: The optimum condition for duplex real-time PCR was received upon the

annealing temperature 60oC, concentration of Cd primer 0,4 μM, Tox primer 0,6 μM,

Cd probe 0,5 μM, Tox probe 0,625 μM, DNA elution volume 50 μL, DNA template

volume 5 μL and detection limit 2 CFU/ml. There was no cross reaction found with

other tested microorganisms. Of 89 samples, proportion of potentially toxigenic

C.diphtheriae was 21,3% and proportion of toxigenic C.diphtheriae confirmed by gold

standard was 11,2%.

Conclusion: Duplex real time PCR has been optimized for detection of potentially

toxigenic C.diphtheriae. This method can be used to detect C.diphtheriae and Tox

simultaneosly and increase supporting diagnosis."

"Kontaminasi makanan terhadap mikroorganisme, terutama bakteri merupakan penyebab terbesar terjadinya keracunan makanan. Agen antibakteri dengan kandungan senyawa alami menarik perhatian, salah satunya mikroalga. Namun, informasi mengenai potensi antibakteri dari mikroalga masih terpaku pada beberapa spesies. Oleh karena itu, skrining aktivitas antibakteri dilakukan untuk menemukan potensi dari spesies baru. Ekstraksi metabolit mikroalga secara bertingkat menggunakan n-heksan, etil asetat, dan etanol. Kemudian, pengujian dilakukan dengan metode resazurin reduction (RR)assay untuk menentukan aktivitas antibakteri dan Gas Chromatography Mass Spectrophotometry (GCMS) Shimadzu GCMS-QP 2010 Ultra dengan fase diam Rtx-5MS untuk analisis senyawa aktif. Hasil menunjukkan isolat Chlorella vulgaris InaCC M205 dapat menghambat pertumbuhan bakteri Escherichia coli InaCC B5 dan Staphylococcus aureus InaCC B4, isolat Tetraselmis subcordiformis InaCC M206 dapat menghambat pertumbuhan bakteri Staphylococcus aureus InaCC B4 dan Bacillus cereus InaCC B9, serta isolat Nannochloropsis oceanica InaCC M207 juga dapat menghambat pertumbuhan bakteri Staphylococcus aureus InaCC B4 dan Bacillus cereus InaCC B9. Kandungan senyawa aktif yang ditemukan berupa methyl palmitate, methyl linoleate, methyl cis-7,10,13,16,19-docosapentaenoate, dan methyl cis-11,14,17-Icosatrienoate.

---

Food contamination of microorganisms, especially bacteria is the biggest cause of food poisoning. Antibacterial agents with the content of natural compounds attract attention, one of which is microalgae. However, information regarding the antibacterial potential of microalgae is still fixated on some species. Therefore, screening of antibacterial activity is carried out in order to discover the potential of new species. Extraction of microalgae metabolites in a serial using n-hexane, ethyl acetate, and ethanol. Then, testing was carried out using resazurin reduction (RR) assay method to determine antibacterial activity and Gas Chromatography Mass Spectrophotometry (GCMS) Shimadzu GCMS-QP 2010 Ultra with a stationary phase of Rtx-5MS for active compound analysis. The results showed that Chlorella vulgaris InaCC M205 inhibit the growth of Escherichia coli InaCC B5 and Staphylococcus aureus InaCC B4, Tetraselmis subcordiformis InaCC M206 inhibit the growth of Staphylococcus aureus InaCC B4 and Bacillus cereus InaCC B9, as well as Nannochloropsis oceanica InaCC M207 also inhibits the growth of Staphylococcus aureus InaCC B4 and Bacillus cereus InaCC B9. The active compounds found are methyl palmitate, methyl linoleate, methyl cis-7,10,13,16,19-docosapentaenoate, and methyl cis-11,14,17-Icosatrienoate."

"ABSTRAKKeamanan pangan saat ini telah menjadi isu penting dalam kesehatan masyarakat.Sekitar 10-20 kejadian luar biasa pada penyakit akibat makanan disebabkan oleh terkontaminasinya makanan dan minuman oleh mikroorganisme pathogen melalui penjamah makanan.Sampai saat ini belum ada penelitian mengenai bakteri patogen pada penjamah makanan di kantin ini.Tujuan penelitian ini adalah mengetahui kejadian infeksi bakteri patogen pada penjamah makanan di kantin sebuah kampus di Depok. Disain penelitian yang digunakan adalah cross sectional. Penelitian dilakukan bulan Mei-Juni 2017 di kantin sebuah kampus di Depok.Populasi penelitian ini seluruh penjamah makanan yang berada di kantin sebuah kampus di Depok.Jumlah sampel 60 orang penjamah makanan.Data yang dikumpulkan merupakan data primer yaitu hasil wawancara dan observasi data karakteristik dan perilaku penjamah, serta data infeksi bakteri patogen melalui pemeriksaan feses di laboratorium.Hasil penelitian diketahui bahwa 60 penjamah makanan termasuk dalam kelompok umur tidak berisiko 30-50 tahun , proporsi penjamah makanan berjenis kelamin laki-laki sedikit lebih banyak dari perempuan 53,3 , mayoritas berpendidikan rendah 58,3 , setengahnya pernah mengikuti pelatihan kesehatan 50 , dan seluruhnya belum pernah melakukan imunisasi tifoid. Hasil pemeriksaan feses diketahui bahwa ada 3 penjamah makanan yang teridentifikasi mengandung bakteri E.coli O157 dalam fesesnya. Selain itu perilaku dan personal hygiene sebagian besar penjamah termasuk dalam kategori kurang baik, faktor lingkungan seperti fasilitas sanitasi kantin sebagian besar sudah memenuhi syarat, dan 83,3 penjamah tidak ada riwayat kontak dengan binatang. Secara statistik tidak ada hubungan yang bermakna antara karakteristik, perilaku, personal hygiene, fasilitas sanitasi dan riwayat kontak dengan binatang terhadap infeksi bakteri patogen.Dengan melihat hasil penelitian ini, disarankan agar pihak kampus terus melakukan edukasi terhadap penjamah makanan terkait perilaku dalam pengelolaan makanan dan pengawasan secara rutin terhadap kualitas kesehatan penjamah, kualitas makanan dan kondisi sanitasi agar kantin dan penjamah tidak menjadi sarana penyebaran penyakit.

---

ABSTRACTCurrent food security has become an important issue in public health. Approximately 10 20 of the extraordinary incidence of foodborne illness is caused by food and drink contamination by pathogenic microorganisms through food handlers. Until now there has been no research on pathogenic bacteria at food handlers in this canteen.The purpose of this study is to know the incidence of pathogenic bacterial infections in food handlers in the cafeteria of a campus in Depok. The research design used was cross sectional. The study was conducted in May June 2017 in the canteen of a campus in Depok. The population of this study is all food handlers located in the cafeteria of a campus in Depok. The sample size is 60 food handlers. The data collected are primary data that is the result of interview and observation of characteristic and behavioral data of the handler, and data of bacterial pathogen infection through stool examination in the laboratory.The results of the study revealed that 60 of food handlers were included in the non risk age group 30 50 years , the proportion of male sex food handlers was slightly higher than women 53.3 , the majority of them were low educated 58.3 , Half have attended health training 50 , and all have never done tifoid immunization. The results of faecal examination revealed that there are 3 food handlers identified contain bacteria E. coli O157 in fesesnya. In addition, the behavior and personal hygiene of most of the handlers are in poor category, environmental factors such as canteen sanitation facilities are largely eligible, and 83.3 of the handlers have no history of contact with animals. There was no statistically significant relationship between characteristics, behavior, personal hygiene, sanitation facilities and contact history with animals against pathogenic bacterial infections.By looking at the results of this study, it is suggested that the campus continue to educate food handlers related to behavior in food management and regular supervision on the quality of health of the handlers, food quality and sanitary conditions for canteen and handlers not be a means of spreading the disease."

"Latar Belakang: Terdapat peningkatan angka kejadian sepsis pada populasi pediatrik. Bakteri batang Gram negatif merupakan mikroorganisme penyebab terbanyak sepsis pada pediatrik. Studi dari berbagai negara melaporkan terdapat peningkatan angka resistansi bakteri batang Gram negatif namun laporan dari negara berpenghasilan rendah seperti Indonesia masih kurang. Penelitian ini melakukan pemeriksaan fenotipik dan genotipik untuk mengetahui prevalensi bakteri batang Gram negatif resistan multiobat pada pasien pediatrik dengan diagnosis sepsis di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo pada tahun 2020.Metode: Studi cross-sectional ini dilakukan Februari hingga Oktober 2020 dengan subjek penelitian pasien pediatrik dengan diagnosis kerja sepsis yang dirawat di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo tahun 2020 yang memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi. Masing-masing subjek dilakukan pengambilan spesimen darah 2 lokasi. Organisme diidentifikasi dan uji kepekaan dengan mesin VITEK-2 dan pemeriksaan molekular dengan Hybridspot-12. Data rekam medis pasien dikumpulkan untuk mencari faktor yang memengaruhi sepsis akibat bakteri batang Gram negatif resistan multiobat.Hasil Penelitian: Didapatkan 94 spesimen darah dari 47 subjek penelitian dengan prevalensi bakteri batang Gram negatif resistan multiobat sebesar 14,9% (7/47). Patogen Gram negatif yang ditemukan adalah Klebsiella pneumonia sebesar 12,8% (6/47) dan Enterobacter cloaceae 2,13% (1/47). Studi ini mendeteksi gen ESBL yang terdiri dari 13 CTX-M dan 8 SHV serta gen karbapenemase yang terdiri dari 12 NDM dan 1 GES. Dari delapan faktor yang dianalisis bivariat didapatkan lama hari rawat sebelum pengambilan spesimen (p= 0,02) dan asal ruang perawatan pasien (p= 0,04) sebagai faktor yang berhubungan dengan infeksi bakteri batang Gram negatif resistan multiobat.Kesimpulan: Pada studi ini, bakteri batang Gram negatif resistan multiobat merupakan patogen penyebab sepsis terbanyak pada pediatrik. Program pengendalian infeksi dan pengendalian resistansi antibiotik perlu digalakkan untuk membatasi transmisi dan kejadian mikroba resistan multiobat.

---

Background: There is an increasing incidence of sepsis in the pediatric population. Gram-negative rods are the most common cause of pediatric sepsis. Studies from various countries report an increase in the resistance rate of Gram-negative rods but reports from low-income countries such as Indonesia are still lacking. This study carried out phenotypic and genotypic examinations to determine the prevalence of multidrug-resistant Gram-negative bacteria in pediatric patients with a diagnosis of sepsis at RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo in 2020.

Method: This cross-sectional study was conducted from February to October 2020. Each subject took blood specimens at 2 locations. Organisms were identified and susceptibility assayed with the VITEK-2 machine and molecular assay with Hybridspot-12. Data from pediatric patients with a working diagnosis of sepsis who met the inclusion and exclusion criteria were assessed for factors that influence sepsis due to multidrug-resistant Gram-negative bacteria.

Results: Among 47 patients, 94 blood specimens were obtained. Prevalence of multidrug-resistant Gram-negative bacteria was 14.9% (7/47). The pathogen found were Klebsiella pneumonia by 12.8% (6/47) and Enterobacter cloacae 2,13% (1/47). This study detected an ESBL genes consisting of 13 CTX-M and 8 SHV and carbapenemase genes consisting of 12 NDM and 1 GES. Of the eight factors analyzed, the length of hospitalization before specimen collection (p = 0.02) and the patient’s ward (p = 0.04) were factors associated with multidrug-resistant Gram-negative bacterial infection.

Conclusion: In this study, multidrug-resistant Gram-negative rods were the most common pathogen causing sepsis in pediatrics. Infection control and antibiotic resistance control programs need to be promoted to limit the transmission and development of multidrug-resistant organisms."

"

Cantigi ungu (Vaccinium varingiifolium) merupakan tumbuhan yang teramati hanya dapat tumbuh di daerah pegunungan dengan ketinggian 1800—3340 mdpl di Indonesia. Cantigi ungu memiliki manfaat sebagai sumber makanan dan memiliki kadar antioksidan yang tinggi. Vaccinium spp. di Amerika telah didomestikasi sehingga memiliki nilai komersial. Proses domestikasi tersebut melibatkan identifikasi morfologi, tetapi identifikasi secara molekuler lebih baik digunakan agar breeding menjadi efisien dan efektif. Identifikasi molekuler dapat menggunakan DNA barcoding dan rekonstruksi filogeni. Consortium for the Barcode of Life (CBOL) telah menetapkan bahwa matK dan rbcL merupakan gen penanda (DNA barcoding) yang ideal dalam identifikasi tumbuhan terestrial. Gen matK dan rbcL merupakan gen yang berada pada kloroplas. Hasil analisis filogenetik Cantigi ungu yang ada hanya menggunakan gen penanda ITS. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis dan mengonfirmasi kekerabatan sekuens Cantigi ungu yang dikoleksi dari Gunung Gede, Gunung Tangkuban Parahu dan Kawah Putih Ciwidey menggunakan gen penanda matK dan rbcL dengan rekonstruksi pohon filogeni. DNA Cantigi Ungu dari tiga tempat berbeda di Jawa Barat diisolasi menggunakan kit ekstraksi DNA tanaman kemudian dilakukan amplifikasi PCR dan optimasi suhu annealing. Suhu annealing optimal Cantigi ungu pada matK adalah 52°C dan rbcL adalah 55°C. Hasil amplifikasi PCR tersebut kemudian disekuensing, dilakukan contig sekuens, di-trimming dan diunggah pada GenBank. Hasil BLAST sekuens ketiga sampel Cantigi ungu pada kedua gen menunjukkan bahwa ketiga sampel Cantigi ungu merupakan spesies yang sama. Hasil analisis alignment menunjukkan bahwa ketiga sampel Cantigi ungu memiliki indeks similaritas 100% pada kedua gen. Hasil Rekonstruksi pohon filogeni dengan Vaccinium spp. dan out-group menunjukkan bahwa ketiga sampel berada pada cabang yang sama, mengindikasikan bahwa ketiga sampel tersebut berasal dari spesies yang sama, Vaccinium varingiifolium.

---

The Purple Cantigi (Vaccinium varingiifolium) is a plant observed to only grow in mountainous areas at altitudes of 1800—3340 meters above sea level in Indonesia. The Purple Cantigi has benefits as a food source and possesses a high level of antioxidants. Vaccinium spp. in America has been domesticated, thus having commercial value. The domestication process involves morphological identification, but molecular identification is preferably used for efficient and effective breeding. Molecular identification can utilize DNA barcoding and phylogenetic reconstruction. The Consortium for the Barcode of Life (CBOL) has established that matK and rbcL are ideal marker genes (DNA barcoding) for identifying terrestrial plants. The matK and rbcL genes are located in the chloroplast. The only available results of the phylogenetic analysis of purple Cantigi use the ITS marker gene. This research aims to analyze and confirm the sequence relationships of the Purple Cantigi collected from Mount Gede, Mount Tangkuban Parahu, and Kawah Putih Ciwidey using the matK and rbcL marker genes with phylogenetic tree reconstruction. DNA of the Purple Cantigi from three different places in West Java was isolated using a plant DNA extraction kit and then subjected to PCR amplification and annealing temperature optimization. The optimal annealing temperature for the Purple Cantigi in matK was 52°C, and in rbcL was 55°C. The PCR amplification results were sequenced; contig sequences were performed, trimmed, and uploaded to GenBank. BLAST results of the sequence of the three Purple Cantigi samples on both genes showed that all three samples are the same species. Alignment analysis showed that all three Purple Cantigi samples have a 100% similarity index on both genes. Phylogenetic tree reconstruction with Vaccinium spp. and out-group showed that all three samples are on the same branch, indicating they belong to the same species, Vaccinium varingiifolium.

"