Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker payudara merupakan salah satu penyebab utama kematian pada wanita di seluruh dunia. Protein HER2 tirosin kinase merupakan salah satu penyebab kanker payudara, yaitu sebesar 30% dari keseluruhan jumlah kasus kanker payudara. Protein HER2 tirosin kinase berperan penting dalam reaksi dimerisasi yang menyebabkan terjadinya autofosforilasi residu tirosin pada domain sitoplasma. Mekanisme ini dapat memicu pertumbuhan sel kanker. Penghambatan aktivitas protein HER2 dapat menjadi alternatif pengobatan kanker payudara. Dalam penelitian ini digunakan senyawa bahan alam flavonoid sebagai basis data dalam perancangan obat kanker payudara secara in silico. Pada perancangan obat secara in silico, dilakukan beberapa tahapan antara lain, preparasi protein, preparasi flavonoid, preparasi standar, simulasi penambatan molekul, pertumbuhan fragmen, serta studi farmakologi kandidat obat. Proses preparasi dan simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MOE 2014.09. Tahapan pertumbuhan fragmen dilakukan dengan perangkat lunak Osiris DataWarrior. Studi farmakologi kandidat obat dilakukan dengan perangkat lunak pkCSM, SwissADME, dan AdmetSar. Penelitian ini diharapkan dapat menemukan kandidat ligan penghambat aktivitas protein HER2.

---

Breast cancer is one of the main women death cause around the world. HER2 tyrosine kinase protein is one of the causes of breast cancer, which is 30% of the total number of breast cancer cases. The HER2 tyrosine kinase protein plays an important role in the dimerization reaction which causes the autophosphorylation of tyrosine residues in the cytoplasmic domain. This mechanism can trigger the growth of cancer cells. The inhibition of HER2 protein activity can be an alternative treatment for breast cancer. In this study, natural flavonoid compounds were used as a database in designing breast cancer drugs. In drug design using in silico method, several steps were carried out, such as protein preparation, flavonoid preparation, standard preparation, molecular docking simulation, fragment growing process, and pharmacological studies of drug candidates. The preparation and molecular docking simulation process were conducted using MOE 2014.09 software. Fragment growing process were conducted with Osiris DataWarrior software. Pharmacological studies of candidate drugs were carried out with pkCSM, SwissADME, and AdmetSar software. This study is expected to find inhibitor candidates to inhibit the HER2 protein activity."

"Pada akhir tahun 2019, telah muncul suatu tipe virus korona baru yaitu SARS-CoV-2 yang menyebabkan pandemik global dengan tingkat kematian yang relatif sangat tinggi. Dikarenakan oleh belum adanya obat maupun vaksin yang efektif untuk mengobati virus ini maka diperlukan suatu senyawa yang bisa menginhibisi protein yang berperan dalam infeksi virus SARS-CoV-2. Virus SARS-CoV-2 terdiri dari beberapa protein penyusun. Salah satu protein yang berperan penting adalah protein nukleokapsid (NP). Protein ini berperan dalam proses transkripsi maupun replikasi dari RNA virus SARS-CoV-2. Oleh karena itu, protein ini memiliki potensi untuk dijadikan target protein yang akan diinhibisi. Pada penelitian ini akan dilakukan pemanfaatan senyawa bahan alam yang dapat menginhibisi protein target tersebut sehingga dapat mengurangi dampak dari pandemik global ini. Struktur tiga dimensi (3D) dari NP dimodel melalui sekuen yang diunduh melalui basis data GenBank. Struktur protein kemudian dioptimisasi dan dikarakterisasi untuk mengetahui keakurasian struktur hasi homologi model. Kemudian, penapisan dilakukan terhadap basis data senyawa bahan alam yang berasal dari NPASS dengan menggunakan Astex’s Rule of Three (RO3) dan sifat toksisitas untuk mendapatkan senyawa fragmen. Kemudian dilakukan simulasi penambatan molekul senyawa-senyawa fragmen ini terhadap sisi ikat dari NP menggunakan perangkat lunak MOE 2014.09. Kemudian setelah didapatkan delapan ligan terbaik, ligan-ligan tersebut ditumbuhkan dengan menggunakan proses penumbuhan fragmen yang menghasilkan 14.332 senyawa yang nantinya akan dievaluasi melalui simulasi penambatan molekul sekali lagi. Simulasi ini menghasilkan 40 ligan terbaik dengan nilai energi bebas Gibbs terendah terhadap struktur ptorein. Ligan terpilih diprediksi sifat farmakologinya secara komputasi, dan menghasilkan 2 ligan (CFG-17 dan NFG-11) yang memiliki sifat farmakologis yang baik. Kedua ligan ini divalidasi interaksinya dengan menggunakan simulasi dinamika molekul dan menunjukkan stabilitas interaksi yang baik sebagai kandidat obat untuk terapi SARS-CoV-2.

---

The outbreak of COVID-19 caused by the SARS-CoV-2 virus caused a global pandemic that affects the worldwide. Because of the lacking effective prescribed drugs or vaccines as a therapeutic strategy, there is a need to identify a novel inhibitor to inhibit a protein that plays a vital role in the infection of SARS-CoV-2. The Nucleocapsid protein (NP) of the SARS-CoV-2 is a protein that is necessary for viral RNA replication and transcription. Thus, in this study, a three-dimensional (3D) NP structure was modeled using the protein sequences of NP obtained from the GenBank database. After that, the modeled protein structure was characterized and optimized. The natural compound databases obtained from the NPASS database were screened based on Astex’s Rule of Three and toxicity filter to gain lead-like fragments. The filtered fragments were docked into the binding site of the NP utilizing MOE 2014.09 software. Then potential eight potential lead-like fragments were grown to generate 14,332 new ligands by utilizing DataWarrior software. Then molecular docking simulation was performed once again with the same protocol as the first molecular docking simulation. The simulation resulted in 40 best ligands with the lowest value of Gibbs free energy binding to NP. The selected ligands were subjected to the computational pharmacological properties prediction using several tools and resulted in two compounds candidate with favorable interaction and ADME-Tox properties. Then these two compounds were further analyzed with the molecular dynamic simulation."

"Kanker paru-paru merupakan jenis kanker yang paling banyak diderita dan paling mematikan di dunia. Tipe kanker paru-paru paling banyak diderita merupakan kanker paru-paru non-sel-kecil (NSCLC). Senyawa flavonoid digunakan sebagai inhibitor protein reseptor faktor pertumbuhan epidermal (EGFR) dalam penelitian ini karena memiliki kemampuan bioaktivitas dan bioavailabilitas yang berpotensi sebagai obat antikanker. Penelitian ini menggunakan pendekatan in silico untuk menemukan senyawa flavonoid yang dapat menghambat protein reseptor EGFR secara efektif untuk dijadikan kandidat obat melalui desain obat berbasis fragmen. Beberapa metode komputasi yang digunakan adalah metode Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF), penentuan titik farmakofor, simulasi penambatan molekul, serta uji farmakologi dan toksisitas. Setelah dilakukan screening secara virtual melalui penambatan dengan protein EGFR (PDB. 1M17) menggunakan data flavonoid berasal dari basis data pubchem yang berjumlah 25.189 didapat dua fragmen terbaik yang memiliki tiga ikatan hidrogen untuk dilakukan fragment growing dan dari penambatan molekul senyawa hasil fragment growing yang berjumlah 25.600 diperoleh sepuluh senyawa terbaik, dengan parameter ΔGbinding lebih kecil dibanding standar erlotinib yaitu -8,8536 dan nilai RMSD lebih kecil dari 2,0 Å. Ligan tersebut diuji farmakologi dan prediksi toksisitas diperoleh dua senyawa sebagai kandidat inhibitor EGFR yaitu compound 980 dan compound 760 yang memiliki inhibisi CYP yang lebih sedikit dibanding standar dan tidak bersifat toksik untuk organ hati. Berdasarkan hasil tersebut maka compound 980 dan compound 760 dapat menjadi inhibitor EGFR yang potensial.

---

Lung cancer is the most suffered and deadly type of cancer in the world. The most common type of lung cancer is non-small cell lung cancer (NSCLC). Flavonoid compounds are used as epidermal growth factor receptor (EGFR) protein inhibitors in this study because they have the potential for bioactivity and bioavailability as anticancer drugs. This study uses an in silico approach to find flavonoid compounds that can effectively inhibit EGFR receptor proteins to be drug candidates through fragment-based drug design. Some computational methods used are the Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) method, pharmacophore point determination, molecular tethering simulation, and pharmacology and toxicity tests. After a virtual screening with EGFR protein (PDB. 1M17) used flavonoid data from the pubchem database with totat number 25,189 is obtained the two best fragments that have three hydrogen bonds to do fragment growing and from molecular docking simulation of compound molecules from fragment growing totaling 25,600 is obtained the ten best compounds, with the parameter ΔGbinding smaller than the erlotinib standard which is -8.8536 and an RMSD value smaller than 2.0 Å. The ligand was tested pharmacologically and the the toxicity was predicted is obtained two compounds as EGFR inhibitor candidates namely compound 980 and compound 760, which had less CYP inhibition than standard and were not toxic to liver. Based on these results, compound 980 and compound 760 can be potential EGFR inhibitors.

"

"Penyakit kardiovaskular merupakan penyakit tidak menular penyebab kematian paling banyak setiap tahunnya. Salah satu gangguan kardiovaskular adalah sindrom koroner akut. Pasien dengan kondisi ini umumnya diberikan terapi antiplatelet. Bagian penting dalam proses aktivasi platelet adalah interaksi ADP dengan reseptor P2Y₁₂. Inhibitor P2Y₁₂ yang tersedia mempunyai efek samping yang tidak diharapkan, sehingga pengembangan obat dengan tujuan mendapatkan antiplatelet baru yang lebih optimal masih perlu dilakukan. Penemuan obat baru secara in silico berbasis fragmen memiliki banyak keuntungan dan cerita sukses. Pada penelitian ini, metode tersebut diterapkan dengan tujuan memperoleh struktur senyawa rancangan yang berpotensi sebagai inhibitor P2Y₁₂; memprediksi profil farmakokinetika, kemudahan sintesis, dan toksisitasnya; dan mengetahui interaksi yang terjadi antara senyawa rancangan dengan P2Y₁₂. Fragmen diperoleh dari basis data ZINC, ditapiskan terhadap parameter Rule of Three dan heavy atoms, dan ditambatkan terhadap P2Y₁₂. Penggabungan fragmen (metode linking) kemudian dilakukan setelah menganalisis interaksi fragmen dengan residu asam amino pada makromolekul. Senyawa rancangan hasil penggabungan fragmen diprediksi drug-likeness, aksesibilitas sintesis, ADME, dan toksisitasnya, serta dianalisis interaksinya dengan makromolekul. Penelitian ini menghasilkan 7 senyawa yang diprediksi memiliki nilai aksesibilitas sintesis berkisar antara 4,77 – 5,61, memiliki kriteria drug-likeness dan ADME yang baik, dan tidak bersifat toksik. Senyawa rancangan menunjukkan adanya interaksi dengan residu penting pada P2Y₁₂ yaitu residu Tyr105, Asn191, dan Lys280. Dari hasil penelitian ini, dapat disimpulkan bahwa metode in silico berbasis fragmen berhasil dilakukan untuk memperoleh kandidat inhibitor P2Y₁₂ baru.

---

---

Cardiovascular disease is a non-infectious disease causing the highest deaths every year. One of the cardiovascular disorders is acute coronary syndrome. Patients with this condition are generally given antiplatelet therapy. An important part of the platelet activation process is the interaction of ADP with P2Y₁₂ receptors. The commercially available P2Y₁₂ inhibitors have unexpected side effects, so the development of drug with the aim of getting more optimal antiplatelet agents remains to be done. The discovery of new drugs using an in silico fragment-based drug design has many advantages and success stories. In this study the method was applied with the aims of obtaining the new design of compound's structure which has the potential as a P2Y₁₂ inhibitor; predicting their pharmacokinetic profile, synthetic accessibility, toxicity; and knowing the interactions between the compounds and P2Y₁₂. Fragments were obtained from the ZINC database, screened on the Rule of Three and heavy atoms parameters, and docked against P2Y₁₂. Fragment linking was then performed after analyzing the interaction of fragments with amino acid residues of the macromolecule. The newly design compounds were then analyzed for their drug-likeness, accessibility of synthesis, ADME, and toxicity, and their interactions with the macromolecule. This study produced seven newly designed compounds that are predicted to have synthetic accessibility scores ranging from 4.77 to 5.61, have good drug-likeness and ADME criteria, and not toxic. Each compound showed interactions with important residues in P2Y₁₂ which are the Tyr105, Asn191 and Lys280 residues. It can be concluded that the fragment-based drug design was successfully carried out to obtain new P2Y₁₂ inhibitor candidates.

"

"Demam berdarah (DF) merupakan virus yang ditularkan oleh nyamuk yang sudah menyebar hampir ke seluruh dunia dalam beberapa tahun ini, yaitu nyamuk Aedes sp. Penyakit demam berdarah ditandai dengan gejala demam, timbul kemerahan pada wajah, sakit perut, trombositopenia, tekanan nadi sempit, syok, dan pendarahan gastrointestinal. Hingga saat ini belum ditemukan adanya obat atau vaksin yang secara komersial digunakan untuk pengobatan orang yang terinfeksi demam berdarah dan masih menggunakan terapi yang sesuai dengan gejala demam berdarah. DENV membawa RNA sebagai materi genetiknya yang mengkode tiga protein struktural (kapsid, protein membran prM dan envelope) dan memiliki tujuh protein nonstruktural (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, dan NS5. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk menemukan senyawa kandidat obat menggunakan ligan yang berasal dari senyawa bahan alam sebagai inhibitor dari DENV NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database ZINC15 menggunakan metode Fragment Based Drug Discovery (FBDD) secara in silico dengan software Molecular Operating Software (MOE 2014.9). Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced-fit docking terhadap struktur 3-Dimensi protein NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database Protein Data Bank (PDB). Selanjutnya dilakukan proses fragment growing untuk memperoleh ligan dengan nilai RMSD, ∆Gbinding, dan interaksi ligan yang terbaik terhadap protein target. Senyawa kandidat obat yang terpilih dilakukan uji farmakologi (ADMETOX), toksisitas, farmakokinetik menggunakan pkCSM, SwissADME dan Toxtree. Hasil penelitian ini menunjukkan dua ligan terbaik yaitu Compound 293 dan 280 yang mempunyai sifat farmakologi yang baik dan dapat menghinhibisi protein NS5 metiltransferase.

---

Dengue fever (DF) is a mosquito-borne virus that has spread almost all over the world in recent years, namely the Aedes sp. Dengue fever is characterized by fever, facial flushing, abdominal pain, thrombocytopenia, narrow pulse pressure, shock, and gastrointestinal bleeding. Until now there has not been found a drug or vaccine that is commercially used for the treatment of people infected with dengue fever and still using therapy that is in accordance with the symptoms of dengue fever. DENV carries RNA as its genetic material that encodes three structural proteins (capsid, prM membrane protein and envelope) and has seven nonstructural proteins (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, and NS5. The purpose of this study was to find drug candidate compounds using ligands derived from natural compounds as inhibitors of DENV NS5 methyltransferase obtained from the ZINC15 database using the in silico Fragment Based Drug Discovery (FBDD) method with Molecular Operating Software (MOE 2014.9) . Molecular docking simulations were performed using a rigid protocol and induced-fit docking of the 3-Dimensional structure of the NS5 methyltransferase protein obtained from the Protein Data Bank (PDB) database. Next, the fragment growing process was carried out to obtain the best ligands with RMSD, ∆Gbinding, and ligand interactions with the target protein. The selected drug candidate compounds were tested for pharmacological (ADMETOX), toxicity, pharmacokinetics using pkCSM, SwissADME and Toxtree. The results of this study showed that the two best ligands, Compound 293 and 280, had good pharmacological properties and could inhibit NS5 methyltransferase protein."

"ABSTRAKKanker kolorektal tetap menjadi ancaman kesehatan dunia dengan menyumbang sekitar 1-2 juta kasus baru dan 600.000 kasus kematian per tahun. Jalur pensinyalan Hedgehog Hh memiliki peran penting dalam mekanisme dan pembentukan kanker kolorektal. Protein Sonic Hedgehog Shh adalah protein Hh yang paling banyak dipelajari karena diekspresikan oleh beberapa jaringan dan secara umum dapat diaplikasikan pada homolog Hh lainnya. Dalam penelitian ini, sebanyak 56.336 senyawa terpenoid diseleksi melalui berbagai metode komputasi menggunakan metode virtual screening berbasis farmakofor, simulasi molecular docking, dan simulasi molecular dynamic untuk menentukan potensi inhibisi terhadap protein Shh. Dari hasil simulasi molecular docking, sepuluh ligan telah dipilih berdasarkan energi ikat bebas Gibbs Gbinding dan interaksi molekuler yang terbentuk selama pembentukan kompleks terpenoid-Shh. Tiga senyawa terpenoid, yaitu arganine J, asiaticoside A, dan clinoposide A, menunjukkan afinitas pengikatan yang sangat tinggi terhadap protein Shh karena senyawa tersebut memiliki ?Gbinding yang lebih rendah dari ligan standar robotnikinin. Selain itu, hasil ADME-Tox, bioaktivitas, bioavailabilitas, dan hasil uji farmakologi yang diperoleh pada senyawa ini memiliki aktivitas biologis dan farmakologi yang lebih baik daripada senyawa terpenoid lainnya. Kemudian, setelah dilakukan simulasi molecular dynamic, diketahui bahwa senyawa terbaik Clinoposide A bersifat stabil terhadap perubahan pelarut, temperatur, dan interaksi protein-ligan.

---

ABSTRACTColorectal cancer remains as the global health burden, which accounts for roughly 1 2 million new cases and 600,000 deaths per year. Hedgehog Hh signaling pathway has an imperative role in the mechanism and formation of colorectal cancer. Sonic hedgehog Shh protein is the most studied Hh protein because it is expressed by several tissues and experiments with Shh protein are generally applicable to other Hh homologs. In the present study, about 56,336 terpenoid compounds were screened through various computational methods using pharmacophore based virtual screening and molecular docking simulation to determine their inhibitory potency against Shh protein. From molecular docking simulation results, about ten ligands have been selected according to their Gibbs free binding energies Gbinding and the molecular interactions that formed during the formation of the terpenoid compound Shh complex. Three terpenoid compounds, namely arganine J, asiaticoside A, and clinoposide A, shown a very high binding affinity toward Shh protein due to their lower Gbinding than robotnikinin, the standard ligand. Moreover, ADME Tox, bioactivity, bioavailability, and pharmacology test results revealed that these compounds have better biological and pharmacological activity than the other terpenoid compounds. After a molecular dynamic simulation, it is known that the best compound Clinoposide A is stable against changes in solvent, temperature, and protein ligand interaction."

"Demam berdarah dengue adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dari keluarga Flaviviridae yang memiliki tingkat mutasi tinggi dan menyebabkan munculnya variasi serotipe Dengue, yang membuat penemuan obat menjadi sulit. Oleh karena itu, dalam penelitian ini, pencarian kandidat obat baru yang dapat menyembuhkan penyakit untuk semua serotipe dilakukan dengan menggunakan host protein sebagai target protein untuk perannya dalam proses pematangan amplop glikoprotein virus dengue dalam tubuh manusia. Dalam penelitian ini, struktur RE α-Glucosidase I akan diidentifikasi dan berinteraksi dengan kandidat obat dari senyawa bahan alam melalui molecular penambatan molekul dan desain berbasis fragmen. Struktur senyawa ini kemudian akan menjalani pengujian farmakologis untuk menentukan sifat ADME-Tox-nya. Senyawa yang diperoleh diharapkan memiliki interaksi yang baik dengan RE α-Glucosidase I dan memiliki hsil ADME-Tox yang cocok untuk digunakan sebagai kandidat antivirus yang spesifik dan efisien untuk demam berdarah dengue. Setelah melakukan molecular penambatan molekul terhadap lead compounds dan merging fragments, 3 senyawa terbaik diidentifikasi memiliki nilai ikatan hidrogen yang baik, stabilitas, dan sifat farmakologis berdasarkan RMSD, pengikatan dG, dan ADME-Tox. Ligand 34 (1) menunjukkan nilai terkecil ΔG dan RMSD antara lain dengan nilai -9.923 kkal/mol dan 0,8770 Å. Ligand 228 (6) dan Ligand 230 (6) juga menunjukkan nilai ΔG dan RMSD yang kecil yaitu -9.5856 kkal/mol dan -8.7359 kkal/mol dan juga 1.5790 Å dan 1.1164 Å. Ligan-ligan tersebut juga menunjukkan sifat farmakologis yang baik.

---

Dengue hemorrhagic fever is a disease caused by the virus from the family Flaviviridae that have high levels of mutation and cause a variety of dengue serotype, which make drug discovery becomes difficult. Therefore, in this study, the search for new drug candidates that can cure disease for all serotypes was carried out using host proteins as protein target for its role in the maturation process of dengue virus glycoprotein envelopes in humans body. In this study, the structure of ER α-Glucosidase I would be identified as interacting with candidates for drugs based on natural compounds through molecular penambatan molekul and fragment-based design. The structure of this compound would then undergo pharmacological testing to determine its ADME-Tox properties. The compounds obtained were expected to have good interactions with RE α-Glucosidase I and ADME-Tox characters that were suitable to be used as a specific and efficient antiviral candidate for dengue hemorrhagic fever. After performing molecular penambatan molekul of lead compounds and merging fragments, 3 best compounds were identified for having good hydrogen bond value, stability, and pharmacological properties based on RMSD, dG binding, and ADME-Tox. Ligand 34 (1) shows the smallest value of ΔG and RMSD, among others with a value of -9.923 kcal/mol and 0.8770 Å. Ligand 228 (6) and Ligand 230 (6) also show small ΔG and RMSD values of -9.5856 kcal/mol and -8.7359 kcal/mol and also 1.5790 Å and 1.1164 Å. The ligands also exhibit good pharmacological properties."

"Pendahuluan: Dalam pembentukan kanker mulut, ada banyak faktor yang memiliki peran besar, salah satunya protein epidermal growth factor receptor atau EGFR. EGFR merupakan gen yang sangat polimorfik dan rentan terhadap mutasi. Mutasi ini menyebabkan reseptor EGFR yang lebih aktif dan sensitif terhadap ligan EGF (epidermal growth factor) sehingga menyebabkan aktivitas persinyalan EGFR yang terus meningkat, proliferasi sel kanker yang tidak terkendali, resistensi terhadap apoptosis, hingga terjadi proses angiogenesis. Indonesia memiliki keanekaragaman hayati yang melimpah, salah satunya adalah tanaman akar manis atau disebut juga Glycyrrhiza glabra. Pada tanaman ini, terdapat delapan jenis flavonoid yang memiliki potensi antikanker yang besar, yaitu isoliquiritigenin, glyzaglabrin, prunetin, shinpterocarpin, licochalcone A, glabridin, glisoflavone, dan isoangustone A. Kedelapan senyawa flavonoid ini berpotensi untuk berikatan dengan reseptor EGFR serta berkompetisi dengan ligan EGF untuk menghasilkan efek antikanker. Tujuan: Mengingat mayoritas penduduk Indonesia yang tinggal jauh dari perkotaan, tanaman ini dapat menjadi salah satu tanaman yang berpotensi untuk pengobatan kanker mulut. Oleh karena itu, penelitian ini diharapkan bisa menggali potensi yang dimiliki oleh Glycyrrhiza glabra sebagai kandidat obat kanker mulut. Metode: Studi in silico melalui penambatan molekuler dengan program AutoDockTools v.1.5.6 digunakan untuk menguji potensi kedelapan senyawa flavonoid yang terkandung dalam Glycyrrhiza glabra untuk berikatan dengan protein target EGFR. Hasil: Penambatan molekuler kedelapan senyawa flavonoid menunjukkan bahwa seluruh senyawa yang diuji memiliki ikatan yang sangat stabil karena lebih rendah dari -7 kcal/mol. Selain itu, stabilitas dari interaksi ini juga diperkuat oleh keberadaan ikatan Van der Waals, ikatan hidrogen, serta ikatan hidrofobik. Kesimpulan: Dari kedelapan senyawa yang diuji, dapat disimpulkan bahwa senyawa yang memiliki afinitas ikatan terbaik dengan protein EGFR adalah senyawa glabridin, dengan nilai ΔG = -10.53 kcal/mol dan Ki = 19.23 nM.

---

Introduction: In the formation of oral cancer, there are many factors that play a significant role, one of which is the epidermal growth factor receptor protein, or EGFR. EGFR is a highly polymorphic gene and is susceptible to mutations. These mutations lead to a more active EGFR receptor that is sensitive to the EGF (epidermal growth factor) ligand, resulting in increased EGFR signaling activity, uncontrolled proliferation of cancer cells, resistance to apoptosis, and the occurrence of angiogenesis. Indonesia is rich in biodiversity, including the licorice plant, also known as Glycyrrhiza glabra. This plant contains eight types of flavonoids with significant anticancer potential, namely isoliquiritigenin, glyzaglabrin, prunetin, shinpterocarpin, licochalcone A, glabridin, glisoflavone, and isoangustone A. These eight flavonoid compounds have the potential to bind to the EGFR receptor and compete with the EGF ligand to produce anticancer effects. Objective: Given that the majority of Indonesia's population resides far from urban areas, this plant has the potential to be used in the treatment of oral cancer. Therefore, this research aims to explore the potential of Glycyrrhiza glabra as a candidate for oral cancer treatment. Method: In silico studies using molecular docking with AutoDockTools v.1.5.6 were conducted to test the potential of the eight flavonoid compounds found in Glycyrrhiza glabra to bind to the target protein EGFR. Results: Molecular docking of the eight flavonoid compounds showed that all the tested compounds had highly stable bindings, with binding energies lower than -7 kcal/mol. Additionally, the stability of these interactions was reinforced by the presence of van der Waals forces, hydrogen bonds, and hydrophobic interactions. Conclusion: From the eight compounds tested, it can be concluded that the compound with the best binding affinity to the EGFR protein is glabridin, with a ΔG value of -10.53 kcal/mol and a Ki value of 19.23 nM.

"

"SARS-CoV-2 merupakan penyebab COVID-19 yang melanda dunia sejak akhir 2019. Virus ini telah menyebar secara luas di dunia akibat infektifitasnya yang tinggi. Salah satu penyebab tingginya infektifitas virus ini adalah spike glycoprotein. Spike glycoprotein merupakan salah satu protein yang terdapat pada SARS-CoV-2. Spike glycoprotein berperan secara langsung alam mekanisme infeksi dengan cara membentuk ikatan dengan reseptor ACE-2 pada sel inang. Inhibisi spike glycoprotein dapat menjadi salah satu cara pengobatan COVID-19. Dalam penelitian ini, antivirus yang sudah dipasarkan sebagai basis data akan di-repurpose menjadi antivirus SARS-CoV-2, kemudian dilakukan modifikasi terhadap senyawa yang terpilih menjadi senyawa organoselen. Penelitian dilakukan dengan cara in silico. Untuk simulasi molecular docking, digunakan software MOE2014.09 untuk mendapatkan informasi tentang interaksi antara spike glycoprotein dengan ligan, baik antivirus maupun antivirus hasil modifikasi. Melalui analisa nilai energi pengikatan dan uji farmakologi, diperoleh 3 ligan terbaik dari antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, dan Ledipasvir) serta antivirus modifikasi (ModL1, ModL2, dan ModL6).

---

SARS-CoV-2 is the cause of COVID-19 that has hit the world since the end of 2019. This virus has spread widely in the world due to its high infection. One of the causes of the high infectivity of this virus is the spike glycoprotein. The spike glycoprotein is a protein found in SARS-CoV-2. The glycoprotein spike directly plays a role in the infection mechanism by forming a bond with the ACE-2 receptor on the host cell. Inhibition of spike glycoprotein can be one way of treating COVID-19. In this study, the antivirals that have been marketed as databases will be repurposed into SARS-CoV-2 antivirals, then the selected compounds will be modified into organoselenium compounds. The research was conducted through in silico. The molecular docking simulation was conducted by using MOE2014.09 to retrieve information about the interaction between the protein-ligand from unmodified antivirus as well as modified antivirus. Through the binding energy value and pharmacological tests, the three best ligands are obtained from the unmodified antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, and Ledipasvir) and the modified antivirus (ModL1, ModL2, and ModL6)."

"Adenilat siklase 10 merupakan suatu enzim yang berlokasi di sitosol yang berperan dalamkatalisis konversi ATP menjadi cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Sebagai suatusecond messenger, cAMP berperan dalam pengaturan berbagai fungsi sel terutamaproliferasi dan apoptosis, termasuk pada sel kanker dalam kondisi patofisiologis. Enzimini diketahui memperparah kondisi kanker dengan meningkatkan proliferasi danmenghambat apoptosis. Hal ini menjadikan inhibisi adenilat siklase 10 menjadi salah satutarget yang dapat dimanfaatkan untuk menjadi agen terapi antikanker. Studi penelitianmenunjukkan bahwa senyawa flavonoid diketahui memiliki aktivitas pada penekananproliferasi dan induksi apoptosis. Oleh karena itu, dilakukan analisis in silico untukmendapatkan senyawa kandidat inhibitor adenilat siklase 10 dengan afinitas terbaik.Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock 4, selanjutnya dilakukanvisualisasi interaksi hasil penambatan menggunakan LigPlot dan PyMOL. Parameteroptimisasi yang diperoleh untuk penambatan molekuler adenilat siklase 10 adalahmenggunakan grid box 40x40x40 unit dengan energi evaluasi 2.500.000 (medium).Berdasarkan hasil penambatan, flavonoid amentoflavone merupakan kelompok senyawaterbaik dengan afinitas ikatan tertinggi, yang mana tujuh dari delapan senyawanyamemiliki energi ikatan pada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Selain itu,sepuluh senyawa flavonoid yang direkomendasikan adalah yang memiliki energi ikatanpada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Dapat disimpulkan bahwasenyawa-senyawa tersebut adalah senyawa potensial yang dapat dijadikan kandidat obatinhibitor adenilat siklase 10.

---

Adenylyl cyclase 10 is an enzyme located in cytosol that plays a role in catalysis of ATP

to cyclic adenosine monophosphate (cAMP). As a secondary messenger, cAMP

physiologically regulates various cell functions especially proliferation and apoptosis,

including cancer cells in pathophysiological condition. This enzyme is known to worsen

the condition of cancer by increasing the proliferation and inhibiting the apoptosis. Hence,

the inhibition of adenylyl cyclase 10 is one of the targets that can be used to become an

anticancer therapy agent. Research studies show that flavonoid compounds are known to

have an activity on suppression of proliferation and induction of apoptosis. Therefore, an

in silico analysis needs to be done to obtain the candidate compound of adenylyl cyclase

10 inhibitor with the best affinity. Molecular docking was done by using AutoDock 4,

then the interactions of docking results is visualized by using LigPlot and PyMOL.

Optimization parameter obtained for molecular docking of adenylyl cyclase 10 was using

40x40x40 unit grid box with 2.500.000 energy evaluation (medium). Based on the

screening results, amentoflavone is the best group of compounds with the highest affinity

bond, which is seven of its eight compunds had the binding energy in the range of -10,00

kcal/mol to -11,50 kcal/mol. Other than that, the most ten recommended flavonoid

compounds are those with the lowest binding energy in the range of -10,00 kcal/mol to -

11,50 kcal/mol. These compounds are the potential compounds that can be used as

adenylyl cyclase 10 inhibitor drug candidates."