Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Insiden tuberkulosis (TB) di Indonesia merupakan salah satu yang tertinggi di dunia. Penegakan diagnosis secara tepat merupakan salah satu upaya untuk mengendalikan TB. Modalitas uji diagnostik laboratorium TB yang tersedia yaitu pemeriksaan mikroskopis Basil Tahan Asam (BTA) dan pemeriksaan biakan memiliki beberapa keterbatasan. Secara global, terjadi peningkatan dalam penggunaan Tes Cepat Molekuler (TCM) sebagai uji diagnostik laboratorium TB. Salah satu TCM yang telah direkomendasikan oleh World Health Organization (WHO) yaitu loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengevaluasi metode LAMP, sehingga metode tersebut dapat diterapkan secara rutin di Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK-FKUI) terhadap 100 orang pasien terduga TB paru. Setiap pasien menyerahkan dua sputum langsung, yaitu sputum sewaktu dan sputum pagi/sewaktu. Terhadap setiap sputum langsung kemudian dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA. Dua sediaan sputum langsung dari setiap pasien kemudian digabung untuk menghasilkan mixed sputum. Terhadap setiap mixed sputum dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA, biakan Lowenstein-Jensen (LJ) dan pemeriksaan TB-LAMP. Biakan yang tumbuh diidentifikasi menggunakan tes MPT64. Hasil penelitian menunjukkan nilai kapa (κ) pemeriksaan mikroskopis BTA antara sputum langsung dan mixed sputum sebesar 0,88; p < 0,001 (95% CI 0,78-0,97). Persentase hasil LAMP (+) pada sputum langsung dengan hasil BTA (-) sebesar 28,07%, sedangkan persentase hasil LAMP (+) pada mixed sputum dengan hasil BTA (-) sebesar 32,78%. Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas sebesar 100% (95% CI 89,56-100%) dan spesifisitas sebesar 69,64% (95% CI 55,74-80,84%). Nilai duga positif TB-LAMP sebesar 71,19% (95% CI 57,73-81,86%), sedangkan nilai duga negatif TB-LAMP sebesar 100% (95% CI 88,83-100%). Pada hasil mikroskopis BTA yang sesuai (concordant) dengan biakan TB, nilai sensitivitas dan spesifisitas TB-LAMP berturut-turut sebesar 100% (95% CI 89,09-100%) dan 73,58% (95% CI 59,42-84,32). Adapun nilai sensitivitas TB-LAMP pada hasil mikroskopis BTA yang tidak sesuai (discordant) dengan biakan TB, yaitu sebesar 100% (95% CI 19,79-100%). Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas dan nilai duga negatif yang tinggi. Untuk menegakkan diagnosis TB paru secara tepat, metode TB-LAMP harus dikombinasikan dengan gejala dan tanda yang terdapat pada pasien.

---

The incidence of tuberculosis (TB) in Indonesia is one of the highest in the world. Appropriate diagnosis is an effort to control TB. Existing TB laboratory diagnostic test modalities, which are Acid-Fast Bacilli (AFB) smear and culture examination have several limitations. Globally, there has been an increase in the use of the molecular rapid test as a TB laboratory diagnostic test. One of the molecular rapid tests recommended by the World Health Organization (WHO) is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Therefore, research is needed to evaluate the LAMP method, so that the method can be applied routinely in Indonesia. The study was conducted at the Clinical Microbiology Laboratory of the Faculty of Medicine, Universitas Indonesia for 100 patients suspected of pulmonary TB. Each patient handed over two direct sputums, which are the spot sputum and morning/spot sputum. Against each direct sputum, an AFB smear was carried out. Two direct sputum preparations from each patient were then combined to produce mixed sputum. For each mixed sputum, AFB smear, Lowenstein-Jensen (LJ) culture and TB-LAMP examination were carried out. Cultures that were grown were identified using MPT64 tests. The results of the study showed that the kappa (κ) value of AFB smear between direct sputum and mixed sputum was 0.88; p < 0.001 (95% CI 0.78-0.97). The percentage of LAMP (+) in direct sputum with AFB (-) was 28.07%, while the percentage of LAMP (+) in mixed sputum with AFB (-) was 32.78%. The TB-LAMP method had a sensitivity value of 100% (95% CI 89.56-100%) and a specificity of 69.64% (95% CI 55.74-80.84%). Positive predictive value of TB-LAMP was 71.19% (95% CI 57.73-81.86%), while the negative predictive value of TB-LAMP was 100% (95% CI 88.83-100%). In concordant AFB smear results with TB culture, the TB-LAMP sensitivity and specificity values were 100% (95% CI 89.09-100%) and 73.58% (95% CI 59.42-84,32), respectively. The sensitivity value of TB-LAMP on AFB smear results which were discordant with TB culture was 100% (95% CI 19.79-100%). The TB-LAMP method had a high sensitivity value and negative predictive value. To properly diagnose pulmonary TB, the TB-LAMP method must be combined with the symptoms and signs that the patient has."

"Latar belakang: Pasien tuberkulosis (TB) paru rentan mengalami infeksi oportunistik, termasuk oleh Aspergillus (aspergilosis paru). Keberadaan Aspergillus dikonfirmasi dengan uji kultur. Uji kepekaan Aspergillus terhadap obat anti-jamur (OAJ) dilakukan untuk mengetahui pilihan OAJ yang tepat. Itrakonazol merupakan salah satu OAJ pilihan untuk aspergilosis paru. Resistensi OAJ dapat disertai gejala klinis yang luas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik klinis pasien dikaitkan dengan hasil uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol.Metode: Penelitian potong-lintang ini dilakukan pada Juli-November 2021 dan merupakan bagian dari penelitian sebelumnya. Isolasi Aspergillus dari sputum pasien TB paru dilakukan menggunakan medium agar Sabouraud. Karakteristik klinis yang diteliti meliputi usia, jenis kelamin, indeks massa tubuh (IMT), dan gejala. Adapun uji kepekaan jamur dilakukan dengan metode cakram sesuai protokol.Hasil: Penelitian ini menyertakan 28 isolat Aspergillus sp. yang berasal dari sputum 28 pasien TB paru. Jumlah pasien laki-laki lebih dominan (24 orang). Rerata usia 50 ± 15,1 tahun, dengan kelompok usia terbanyak < 60 tahun (21 pasien). Sebanyak 12 pasien (42,9%) memiliki IMT rendah. Gejala klinis yang didapatkan meliputi: batuk (42,9%), batuk darah (35,7%), sesak (39,3%), nyeri dada (14,3%), dan rasa lelah (35,7%). Kultur sputum menunjukkan pertumbuhan 28 isolat Aspergillus, terdiri atas: 14 isolat Aspergillus fumigatus, 6 isolat Aspergillus flavus, dan 8 isolat Aspergillus niger. Uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol menunjukkan 23 isolat sensitif, 3 isolat intermediat, dan 2 isolat resisten. Analisis statistik menunjukkan tidak terdapat hubungan bermakna antara karakteristik klinis pasien dengan hasil uji kepekaan jamur.Kesimpulan: Tidak terdapat hubungan bermakna antara karakteristik klinis pasien dengan hasil uji kepekaan Aspergillus terhadap itrakonazol dalam penelitian ini.

---

Introduction: Pulmonary tuberculosis (TB) patients are susceptible to opportunistic infections, including Aspergillus infections (aspergillosis). The presence of Aspergillus was confirmed by a culture test, followed by its susceptibility study to antifungal. Antifungal resistance is generally accompanied by serious symptoms, so clinical observations are important for better clinical awareness. This study aims to determine the relationship between clinical characteristics and susceptibility study of Aspergillus to itraconazole.

Method: This cross-sectional study was carried out from July-November 2021, as part of the previous study on aspergillosis in TB patients. Aspergillus was isolated from the sputum of pulmonary TB patients using Saboraud's agar dextrose medium. Clinical characteristics obtained through patient’s history including age, gender, body mass index, and symptoms The fungal susceptibility test was carried out by disc diffusion method according to the protocol after treatment.

Result: This study included 28 isolates of Aspergillus from the sputum of 28 pulmonary TB patients. The number of males were dominant (24 from 28 patients) than females. The mean age was 50 ± 15.1 years, with the commonest age group < 60 years (21 patients). Total of 12 patients (42.9%) had a low body mass index. Clinical symptoms included: cough (42.9%), hemoptysis (35.7%), dyspnea (39.3%), chest pain (14.3%), and fatigue (35.7%). %). The sputum culture showed 14 Aspergillus fumigatus isolates, 6 Aspergillus flavus isolates, and 8 Aspergillus niger. The susceptibility test of Aspergillus to itraconazole revealed 23 sensitive isolates, 3 intermediate isolates, and 2 resistant isolates. Statistical analysis showed that there was no relationship between the patient’s clinical characteristics and the antifungal susceptibility test of itraconazole.

Conclusion: There was no significant correlation between the patient’s clinical characteristics and the antifungal susceptibility test to itraconazole in this study"

"ABSTRAKTuberkulosis Multidrug Resistant (TB MDR) merupakan suatu masalah dan menjadi tantangan yang paling besar terhadap program pencegahan dan pemberantasan TB dunia. Angka kesembuhan pada TB MDR relatif lebih rendah dengan terapi yang lebih sulit, mahal, dan lebih banyak efek samping. Konversi kultur sputum M. tuberculosis dalam 2 bulan pengobatan dapat digunakan sebagai indikator luaran terapi dan target pertama dalam terapi TB MDR. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara gabungan derajat positivita sputum basil tahan asam (BTA), adanya kavitas paru, malnutrisi, diabetes mellitus (DM), dan kebiasaan merokok dengan konversi kultur sputum M. tuberculosis dalam 2 bulan pengobatan. Metode penelitian ini adalah penelitian khusus-kontrol dengan mengambil data sekunder dari penderita yang didiagnosis TB MDR di Klinik TB MDR Rumah Sakit Umum Pusat Dokter Hasan Sadikin pada periode April 2012 sampai dengan desember 2014. Kelompok kontrol adalah data pasien TB MDR yang mengalami konversi dalam 2 bulan pengobatan dan kelompok kasus adalah data pasien yang tidak mengalami konversi dalam 2 bulan pengobatan. Data analis dengan analisis univariat diikuti analisis multivariat regresi logistik. Hasilnya subjek penelitian berjumlah 190 orang, terbagi dalam kelompok kasus dan kontrol masing-masing 95 orang. Variabel bermakna pada analisis univariat adalah derajat positivitas sputum BTA, adanya kavitas paru, DM, dan malnutrisi. Analisis dilanjutkan dengan analisis multivariat regresi logistik dasn diperoleh hasil bahwa variabel yang berhubungan paling kuat dengan konversi kultut sputum BTA dalam 2 bulan pengobatan adalah derajat positivitas sputum BTA (Sputum BTA +1 p = 0,000, OR = 5,46; IK 95%:2,510-11, sputum BTA +2 p = 0,045, OR = 2.253; IK 95%: 1,017 - 4,989) dan adanya kavitas (p = 0,000, OR = 3,22; IK 95%: 1,61 - 6,45). Kesimpulannya derajat positivitas sputum BTA dan adanya kavitas memiliki hubungan yang paling kuat dengan konversi kultur sputum M. tuberculosis dalam 2 bulan pengobatan pada pasien TB MDR. "

"Tuberkulosis merupakan salah satu masalah kesehatan global. Terdapat banyak pasien tuberkulosis memiliki status gizi kurang saat awal diagnosis yang berdampak pada penurunan daya tahan tubuh pasien tersebut, sehingga meningkatkan risiko terjadinya kegagala dapn konversi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara status gizi pasien tuberkulosis pada awal diagnosis dengan keberhasilan konversi sputum. Penelitian ini menggunakan desain kohort retrospektif dengan menggunakan data sekunder yang didapat dari Kartu Pasien TB.01 di UPT Puskesmas Sukmajaya, UPF Puskesmas Villa Pertiwi dan UPF Puskesmas Abadi Jaya n=131. Pada penelitian ini didapatkan 93,2 pasien dengan status gizi kurang BMI0,05 antara status gizi pasien tuberkulosis saat awal diagnosis dengan keberhasilan konversi sputum setelah pengobatan fase intensif dilakukan RR 1,016 ,95 CI,0,932-1,108.

---

Tuberculosis is one of global health problem. There is many tuberculosis patients who have low nutritional status in the initial of diagnosis that can lower the immune system of the patients and increase the risk of conversion failure. The aim of this study is to evaluate the correlation between the nutritional status of tuberculosis patient in the initial of diagnosis and the success of sputum conversion after an intensive phase of treatment been performed.

This study used a retrospective cohort design using secondary data which obtained from Kartu Pasien TB.01 in UPT Puskesmas Sukmajaya, UPF Puskemas Villa Pertiwi and UPF Puskesmas Abadi Jaya n 131. In this study, 93,2 patients with low nutritional status BMI 0,05 between the nutritional status of tuberculosis patients in the initial of diagnosis and the success of sputum conversion after an intensive phase of treatment been performed RR 1.016, 95 CI, 0.932 to 1.108."

"Tuberkulosis Paru merupakan penyakit infeksius yang menjadi salah satu penyebab kematian karena infeksi di seluruh dunia. Salah satu indikator yang digunakan untuk memantau dan menilai pengobatan adalah dengan menentukan konversi sputum. Status gizi yang baik akan dapat mempengaruhi perubahan konversi sputum Tuberkulosis Paru dan keberhasilan terapi. Pada penelitian ini dilakukan analisis mengenai hubungan perubahan berat badan dengan konversi sputum pasien Tuberkulosis Paru di RS Persahabatan tahun 2013 - 2015. Desain studi penelitian ini adalah potong lintang dengan sampel penelitian sebanyak 100. Sampel penelitian diambil dari data rekam medis dan dianalisis dengan uji Chi-Square. Hasil penelitian ini adalah secara statistik tidak terdapat hubungan yang signifikan antara perubahan berat badan dengan konversi sputum pasien tuberkulosis paru di RS Persahabatan tahun 2013-2015 p=0,433 Tuberkulosis Paru merupakan penyakit infeksius yang menjadi salah satu penyebab kematian karena infeksi di seluruh dunia. Salah satu indikator yang digunakan untuk memantau dan menilai pengobatan adalah dengan menentukan konversi sputum. Status gizi yang baik akan dapat mempengaruhi perubahan konversi sputum Tuberkulosis Paru dan keberhasilan terapi. Pada penelitian ini dilakukan analisis mengenai hubungan perubahan berat badan dengan konversi sputum pasien Tuberkulosis Paru di RS Persahabatan tahun 2013 - 2015. Desain studi penelitian ini adalah potong lintang dengan sampel penelitian sebanyak 100. Sampel penelitian diambil dari data rekam medis dan dianalisis dengan uji Chi-Square. Hasil penelitian ini adalah secara statistik tidak terdapat hubungan yang signifikan antara perubahan berat badan dengan konversi sputum pasien tuberkulosis paru di RS Persahabatan tahun 2013-2015 p = 0,433 "

"Pendahuluan: Tuberkulosis (TB) adalah masalah kesehatan global dan merupakan penyebab utama morbiditas dan mortalitas di banyak negara berkembang. Indonesia menempati peringkat ke – 2 pasien TB terbanyak di dunia dengan jumlah 969.000 kasus per tahun dan cakupan diagnosis terkonfirmasi pemeriksaan bakteriologis hanya 55% dari seluruh kasus TB ternotifikasi. Penegakan diagnosis TB dengan metode kultur bakteri membutuhkan waktu lama sehingga diperlukan metode baru yang dapat mempersingkat waktu identifikasi TB yaitu dengan tes cepat molekuler. Metode: Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi akurasi diagnostik tes cepat molekuler Prufen Gb101 dalam identifikasi M. tuberculosis pada pasien terduga TB paru menggunakan spesimen sputum dengan kultur Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) sebagai baku emas. Hasil: M. tuberculosis terdeteksi pada 46 dari 81 subjek penelitian berdasarkan pemeriksaan Prufen Gb101 dengan sensitivitas 100% (95% CI, 99,0 – 100), spesifisitas 76,09% (95% CI, 61,2 – 87,4), PPV 76.09% (95% CI, 65,5% – 84,2) dan NPV 100% (95% CI , 90,0 – 100). Sensitivitas yang tinggi menunjukkan tes ini dapat mengidentifikasi dengan baik infeksi TB pada pasien terduga TB paru. Kesimpulan: Prufen Gb101 dapat memberikan tambahan penilaian dalam menegakkan diagnosis pada pasien dan memenuhi kriteria WHO sebagai uji penapis pada diagnosis TB paru.

---

Introduction: Tuberculosis (TB) is a global health problem and a major cause of morbidity and mortality in many developing countries. Indonesia has the second highest number of TB patients in the world with 969,000 cases per year and the coverage of confirmed diagnosis by bacteriological examination is only 55% of all notified TB cases. Confirmation of TB diagnosis by bacterial culture method takes a long time, so a new method that can shorten TB identification time is needed, namely molecular rapid tests.

Methods: This study aimed to evaluate the diagnostic accuracy of the Prufen Gb101 molecular rapid test in identification of M. tuberculosis in patients with suspected pulmonary TB using sputum specimens with Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT) culture as the gold standard.

Results: M. tuberculosis was detected in 46 of 81 study subjects based on the Prufen Gb101 assay with a sensitivity of 100% (95% CI, 99.0 - 100), specificity of 76.09% (95% CI, 61.2 - 87.4), PPV of 76.09% (95% CI, 65.5% - 84.2) and NPV of 100% (95% CI, 90.0 - 100). The high sensitivity indicates that the test can correctly identify TB infection in patients with suspected pulmonary TB.

Conclusion: Prufen Gb101 can provide additional assessment in establishing a diagnosis in patients and meets WHO criteria as a screening test in the diagnosis of pulmonary TB."

"Indonesia termasuk ke dalam kriteria negara 'high-burden' dengan insidensi TB yang masih tinggi. Indonesia masuk kedalam kriteria ini karena tingginya data epidemiologis kasus TB-HIV dan TB-MDR. Spesimen klinis terbanyak yang diolah untuk kultur TB adalah sputum, yang mengandung banyak kontaminan dari flora normal tenggorok. Salah satu metode kultur TB yang ideal adalah dengan mengembangkan larutan yang mudah didapat serta efektif tanpa banyak membunuh basil TB. Bleach adalah larutan yang murah dan diketahui secara luas sebagai disinfektan yang baik sehingga dapat dijadikan alternatif. Penelitian dilaksanakan di laboratorium TB LMK FK UI RSCM menggunakan 35 sampel dengan BTA positif. Setiap sampel dibagi dalam 4 kelompok dengan metode dekontaminasi yang berbeda. Keempat metode tersebut menggunakan 4 NaOH, 2 NALC-NaOH, 5 asam oksalat dan 1 bleach. Larutan 1 bleach disiapkan dari larutan pemutih komersial yang ada di pasaran. Setiap kelompok perlakuan dihitung proprsi kontaminasi dan kultur positif. Kultur positif divalidasi menggunakan MPT 64. Hasil penelitian menunjukkan subyek dengan BTA 1 sebanyak 46, BTA 2 37 dan BTA 3 sebanyak 17. Bleach merupakan kelompok dengan proporsi kontaminasi terbaik sebesar 2.8 dibanding 4 NaOH sebesar 5.7, dengan perbedaan proporsi kontaminasi yang signifikan p=0.000. Terdapat perbedaan signifikan antar kelompok dalam proporsi kultur positif p=0.006, tetapi pada uji post hoc tidak ada perbedaan bermakna antara 1 bleach, 4 NaOH dan 2 NALC-NaOH. Kesimpulan penelitian ini, 1 bleach dapat digunakan untuk dekontaminan pada kultur TB dengan harga yang lebih murah, terutama pada sampel BTA 2 keatas serta terkontaminasi berat.

---

Indonesia remains one of 22 high burden countries with highly tuberculosis TB incidence according to WHO. There are a lot of numbers of TB HIV and TB ndash MDR in Indonesia. As most processed clinical specimen for TB culture, sputum is contaminated by normal flora from oropharyngeal tract.

The best method to establish appropriate culture from sputum is establishing a safe solution for the laboratory worker without kills numerous TB bacilli, preferred economic and easy prepared solution. Bleach is well known as cheap and good disinfectant that could use as an alternative. The research was aimed to compare the capability as bleach as decontaminat solution to other solution.

The study was conducted at TB laboratory of FMUI, by using 35 samples sputum with positive AFS, 3 5 ml. Each sample was divided into 4 groups which was decontaminated by different methods. The methods are 4 NaOH, 2 NALC NaOH, 5 oxalic acid and 1 bleach. 1 Bleach was prepared from commercially bleach. Each group was assessed for contamination and culture positive rate. The positive culture was validated using MPT 64.

The number of positive AFS were 1 46, 2 37 and 3 17. Bleach had the best contamination rate which was 2.8 compared to 4 NaOH 5.7, and significant difference among 4 groups p 0.000. There was also significant difference among 4 groups in positive culture proportion p 0.006, but there wasn rsquo t signficant different between 1 bleach, 4 NaOH and 2 NALC NaOH.

Conclusion of this study is, 1 bleach can be used as an alternative solution for decontamination of TB culture from highly contaminated sputum with AFB higher than 2."

"Tuberkulosis (TBC) masih menjadi penyebab utama kematian akibat penyakit menular oleh adanya infeksi. Rifampisin dan isoniazid adalah obat lini pertama yang paling efektif melawan infeksi Mycobacterium tuberculosis. Deteksi resistansi OAT yang tepat, akurat, dan komprehensif, serta pemilihan sampel diperlukan untuk memastikan diagnosis penyakit tuberkulosis pasien. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan hasil targeted drug sequencing dari hasil dekontaminasi sputum dengan isolat Mycobacterium tuberculosis dan mengetahui kesesuaian DST fenotipik MGIT, genotipik GeneXpert dalam mendeteksi resistansi rifampisin dan isoniazid. Sampel penelitian ini adalah sampel sputum yang sudah ada hasil GeneXpert positif dan isolate kultur dengan hasil DST MGIT. Hasil dekontaminasi sputum langsung dan kultur positif dari sampel yang sama dilakukan targeted drug sequencing dengan Oxford Nanopore technology menggunakan flowcell MinION Mk1B. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada target gen rpoB pada 5 dari 6 sampel isolat kultur memberikan hasil gen resistan rpoB dan 1 undetermined. Pada sebagian besar dekontaminasi sputum yaitu 5 dari 6 sampel juga memberikan hasil resistan terhadap rpoB dan 1 dekontaminasi sputum yang undetermined. Hasil resistansi obat isoniazid didapatkan pada target gen inhA sebanyak 5 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif pada inhA dan 1 isolat undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum 4 dari 6 sampel memberikan hasil sensitif pada inhA dan 2 undetermined. Lalu, pada target gen katG terdapat 3 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif, 2 isolat resistan, dan 1 undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum memberikan 2 hasil sensitif, 2 hasil resistan, dan 2 hasil undetermined. Metode targeted drug sequencing dapat dilakukan dari sampel hasil dekontaminasi sputum dan isolat. Keberhasilan banyak didapatkan dari hasil kultur dibandingkan dekontaminasi sputum. Pemeriksaan dengan targeted drug sequencing memberikan hasil yang sesuai dengan hasil DST MGIT dan GeneXpert untuk deteksi gen resisten Rifampisin (rpoB) dan Isoniazid (inhA dan katG).

---

Tuberculosis (TBC) is still the main cause of death due to infectious diseases. Rifampicin and isoniazid are the most effective first-line drugs against Mycobacterium tuberculosis infection. Precise, accurate and comprehensive detection of OAT resistance, as well as sample selection are needed to confirm the patient's diagnosis of tuberculosis. This study aims to compare the results of targeted drug sequencing from sputum decontamination results with Mycobacterium tuberculosis isolates and determine the suitability of MGIT phenotypic and GeneXpert genotypic DST in detecting rifampicin and isoniazid resistance. The samples for this study were sputum samples that had positive GeneXpert results and culture isolates with DST MGIT results. The results of direct sputum decontamination and positive culture from the same sample were subjected to targeted drug sequencing with Oxford Nanopore technology using a MinION Mk1B flowcell. The results showed that for the rpoB gene target, the majority of culture isolates from 5 of the 6 culture isolate samples gave rpoB resistance gene results and 1 was undetermined. In the majority of sputum decontamination, 5 out of 6 samples also gave resistance to rpoB and 1 sputum decontamination was undetermined. Isoniazid drug resistance results were obtained for the inhA gene target, 5 of the 6 culture isolates gave sensitive results for inhA and 1 isolate was undetermined. Meanwhile, in sputum decontamination, 4 of the 6 samples gave sensitive results for inhA and 2 were undetermined. Then, for the katG gene target, 3 of the 6 culture isolates gave sensitive results, 2 isolates were resistant, and 1 was undetermined. Meanwhile, sputum decontamination gave 2 sensitive results, 2 resistant results, and 2 undetermined results. The targeted drug sequencing method can be carried out from samples resulting from decontamination of sputum and isolates. Much success comes from culture results rather than sputum decontamination. Examination with targeted drug sequencing provided results that were in accordance with the results of DST MGIT and GeneXpert for the detection of Rifampicin (rpoB) and Isoniazid (inhA, and katG) resistance genes."

"Penyakit gastroenterologi masih merupakan masalah kesehatan utama di Indonesia, dengan kolitis menempati urutan kelima dari sepuluh penyakit terbanyak pada pelayanan rawat jalan. Kesamaan gambaran klinis dan hasil pemeriksaan diagnostik kolitis TB dan Inflammatory Bowel Disease (IBD) menyebabkan kesulitan diagnosis. Studi ini bertujuan untuk mengetahui peran diagnostik Interferon-Gamma Release Assay (IGRA) metode Elispot pada pasien terduga kolitis tuberkulosis di Indonesia. Dilakukan studi potong lintang dan acak dengan penyajian data deskriptif analitik. Subjek penelitian merupakan 60 pasien terduga kolitis tuberkulosis yang mengunjungi poliklinik gastroenterologi di RSUPNCM bulan April-Oktober 2018. Sampel yang digunakan adalah darah vena. Hasil uji diagnostik IGRA metode Elispot dengan baku emas pemeriksaan histopatologi adalah sensitivitas 83,3%, spesifisitas 57,4%, NPP 17,3%, dan NPN 96,9%. Hasil uji diagnostik IGRA metode Elispot dengan baku emas pemeriksaan kolonoskopi adalah sensitivitas 53,9%, spesifisitas 55,3%, NPP 25%, dan NPN 81,3%. Hasil uji diagnostik IGRA metode Elispot dengan baku emas pemeriksaan kolonoskopi dan histopatologi adalah sensitivitas 57,1%, spesifisitas 60,5%, NPP 28,6%, dan NPN 81,3%. Hasil uji diagnostik IGRA metode Elispot dengan baku emas pemeriksaan histopatologi, kolonoskopi, dan evaluasi klinis akhir adalah sensitivitas 100%, spesifisitas 59,3%, NPP 21,3%, dan NPN 100%. Tes IGRA Metode Elispot dapat digunakan sebagai pemeriksaan penapisan.

---

Gastroenterology diseases are still a major health problem in Indonesia, with colitis ranks fifth among the top ten diseases in outpatient care. The similarity of clinical features and diagnostic results of TB and Inflammatory Bowel Disease causes difficulties in diagnosis. This study is aimed to determine the diagnostic value of Interferon-Gamma Release Assay (IGRA) with Elispot Method in patients with suspected tuberculous colitis in Indonesia. It is a cross sectional and randomized study, shown as an analytic descriptive report. There were 60 patients with suspected tuberculosis colitis, visiting gastroenterology polyclinic at RSCM from April-October 2018. The sample was venous blood.  Diagnostic results of IGRA with Elispot Method with histopathology test as the gold standard are sensitivity 83,3%, specificity 57,4%, PPV 17,3%, and NPV 96,9%. As with colonoscopy as the gold standard are sensitivity 53,9%, specificity 55,3%, PPV 25%, dan NPV 81,3%. Meanwhile, with colonoscopy and histopathology test as the gold standard are sensitivity 57,1%, specificity 60,5%, PPV 28,6%, dan NPV 81,3%. And, diagnostic results  of IGRA with Elispot Method with colonoscopy, histopathology test, and final clinical judgement as the gold standard are sensitivity 100%, specificity 59,3%, PPV 21,3%, dan NPV 100%. IGRA with Elispot Method can be used as screening test."

"ABSTRAK Latar Belakang: dahak BTA mikroskopik adalah teknik diagnostik cepat yang palingbanyak digunakan untuk mendiagnosis TB paru. Di RSUP Persahabatan, pemeriksaandahak BTA mikroskopik membutuhkan tiga pemeriksaan sampel dahak lebih dari duahari, (sewaktu pertama, pagi, sewaktu kedua). Pengambilan dua sampel dahak akanmengurangi waktu, uang dan beban kerja laboratorium mikrobiologiTujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sensitivitas dan spesifisitaspemeriksaan dahak BTA mikroskopik dari tiga bahan pemeriksaan dahak dan duabahan pemeriksaan dahak.Metode: Kami secara acak mengumpulkan data demografi dan hasil laboratorium (hasildahak BTA dan hasil biakan M.tuberculosis) dari pasien terduga TB kasus baru di RSUPPersahabatan dari data bulan Januari 2012 hingga Desember 2013. Subjek harus berusiaminimal 15 tahun dan bukan pasien TB MDR dan bukan pasien HIVHasil: Dari 360 pasien terduga TB paru, sebanyak 210/360 (58,3%) memiliki hasilbiakan M. tuberculosis positif. Sensitivitas 100% dan spesifisitas 69.2% pada hasilpemeriksaan BTA mikroskopik tiga kali (S1, P, S2) dan hasil pemeriksaan BTAmikroskopik dua kali sensitivitasnya 89.8% dan spesifisitas 94.1%. Kesimpulan: Hasil pemeriksaan dahak BTA mikroskopik 2 kali pemeriksaan memberikan spesifisitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan hasil pemeriksaan3 kali dahak BTA mikroskopik dan memiliki sensitivitas yang masih cukup tinggi.ABSTRACT Background: Sputum smear microscopy is the rapid diagnostic technique that mostwidely used for diagnosing pulmonary tuberculosis. In Persahabatan hospital, sputumsmear microscopy requires three sputum sample examinations over two days, (spot1,morning, spot2). Collection of two sputum samples would reduce time, money andwork load of microbiology laboratory.Objectives: This study aimed to get sensitivity and specificity of sputum smearmicroscopy from three sputum samples collection and two sputum samples collection.Methods: We randomly collected demography and laboratory data (sputum smear andM.tuberculosis culture result) of presumptive TB new cases in Persahabatan hospitalfrom January 2012 to Desember 2013. Subjects must be 15 years old minimum, nonmultidrug-resistant TB presumptive and have non reactive HIV status.Results: Of 360 presumptive TB patients, 58.3% have M.tuberculosis positive cultureresults. Senstivity and specificity of sputum smear microscopy from three sputumsamples collection (S1, M, S2) are 100% and 69.2%. Smear microscopy of two samplescollection Sensitivity and specificity sputum smear microscopy 89.8% and 94.1%. Conclusion: Sputum smear microscopy test result from 2 sputum collections gives increase specificity compared to smear microscopy of 3 samples and have highly sensitivity.;Background: Sputum smear microscopy is the rapid diagnostic technique that mostwidely used for diagnosing pulmonary tuberculosis. In Persahabatan hospital, sputumsmear microscopy requires three sputum sample examinations over two days, (spot1,morning, spot2). Collection of two sputum samples would reduce time, money andwork load of microbiology laboratory.Objectives: This study aimed to get sensitivity and specificity of sputum smearmicroscopy from three sputum samples collection and two sputum samples collection.Methods: We randomly collected demography and laboratory data (sputum smear andM.tuberculosis culture result) of presumptive TB new cases in Persahabatan hospitalfrom January 2012 to Desember 2013. Subjects must be 15 years old minimum, nonmultidrug-resistant TB presumptive and have non reactive HIV status.Results: Of 360 presumptive TB patients, 58.3% have M.tuberculosis positive cultureresults. Senstivity and specificity of sputum smear microscopy from three sputumsamples collection (S1, M, S2) are 100% and 69.2%. Smear microscopy of two samplescollection Sensitivity and specificity sputum smear microscopy 89.8% and 94.1%. Conclusion: Sputum smear microscopy test result from 2 sputum collections gives increase specificity compared to smear microscopy of 3 samples and have highly sensitivity.;Background: Sputum smear microscopy is the rapid diagnostic technique that mostwidely used for diagnosing pulmonary tuberculosis. In Persahabatan hospital, sputumsmear microscopy requires three sputum sample examinations over two days, (spot1,morning, spot2). Collection of two sputum samples would reduce time, money andwork load of microbiology laboratory.Objectives: This study aimed to get sensitivity and specificity of sputum smearmicroscopy from three sputum samples collection and two sputum samples collection.Methods: We randomly collected demography and laboratory data (sputum smear andM.tuberculosis culture result) of presumptive TB new cases in Persahabatan hospitalfrom January 2012 to Desember 2013. Subjects must be 15 years old minimum, nonmultidrug-resistant TB presumptive and have non reactive HIV status.Results: Of 360 presumptive TB patients, 58.3% have M.tuberculosis positive cultureresults. Senstivity and specificity of sputum smear microscopy from three sputumsamples collection (S1, M, S2) are 100% and 69.2%. Smear microscopy of two samplescollection Sensitivity and specificity sputum smear microscopy 89.8% and 94.1%. Conclusion: Sputum smear microscopy test result from 2 sputum collections gives increase specificity compared to smear microscopy of 3 samples and have highly sensitivity."