Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 189301 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Chindy Dwi Martinah
"Stroke iskemik merupakan salah satu jenis penyakit kardiovaskular yang disebabkan oleh bekuan darah yang menghalangi aliran darah ke otak. Saat iskemia, sel saraf mengalami aktivasi yang menginduksi pelepasan glutamat dalam jumlah besar sehingga terjadi stimulasi reseptor glutamat berlebihan yang akhirnya dapat terjadi eksitotoksisitas. Penghambatan reseptor glutamat ionotropik, yaitu reseptor AMPA, menjadi pendekatan untuk pengobatan iskemia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi kemungkinan senyawa herbal Indonesia sebagai antagonis reseptor AMPA. Dalam penelitian ini, penapisan virtual dilakukan dengan metode penambatan menggunakan AutoDock untuk menemukan kandidat antagonis reseptor AMPA dari basis data tanaman obat Indonesia. Metode penapisan virtual divalidasi oleh area under curve AUC dari kurva ROC dan enrichment factor EF . Lipinski rsquo;s Rule of Five digunakan untuk menyaring hasil skrining. Validasi hasil penapisan virtual menunjukkan bahwa AUC adalah 0,9385 dan EF 1 adalah 23,5550. Hasil skrining dari basis data tanaman obat Indonesia menunjukkan lima senyawa sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, dan boeravinone F -8,51; -8,39; -8,19; -8,17; -8,08 kkal / mol, masing-masing dan memiliki interaksi dengan residu reseptor AMPA TYR61A dan THR91A. Lima senyawa dari database herbal Indonesia sanggenol O, blazeispirol X, progesteron, nimolicinol, dan boeravinone F memiliki potensi sebagai antagonis reseptor AMPA berdasarkan metode penambatan.

Ischemic stroke is one type of cardiovascular disease caused by blood clots that block blood flow to the brain. During ischemia, nerve cells undergo activation that induce large amounts of glutamate release resulting in excessive glutamate receptor stimulation which can eventually lead to excitotoxicity. Inhibition of the ionotropic glutamate receptor, i.e. the AMPA receptor, becomes approach to the treatment of ischemia. The aim of this study is to explore possibility of Indonesian herbal compound as AMPA receptor antagonist. In this study, virtual screening was performed by docking method using AutoDock to find the antagonist candidate of AMPA receptor from Indonesian herbal database. Virtual screening method was validated by area under curve AUC of ROC curve and enrichment factor EF . Lipinski rsquo s Rule of Five was used to filter the screening result. The validation of virtual screening results showed that AUC is 0.9385 and EF 1 is 23.5550. The screening result of Indonesian herbal database show top five compound sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F 8.51 8.39 8.19 8.17 8.08 kcal mol, respectively and have interaction with TYR61A and THR91A residues of AMPA receptor. Five compounds of the Indonesia herbal database sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F have potency as an AMPA receptor antagonist based on the docking method.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Jasmine Tiara Iqbal
"Perancangan obat baru merupakan permasalahan penting dalam industri farmasi. Metode in silico dianggap lebih produktif dalam proses perancangan obat karena keefektifitasannya yang tinggi. Dalam proses perancangan obat secara in silico, dibutuhkan struktur tiga dimensi dari senyawa kimia. Struktur tiga dimensi dapat diperoleh secara eksperimental dan komputasional. Struktur tiga dimensi yang diperoleh secara komputasional seringkali mengalami ketidaksesuaian stuktur sehingga memengaruhi validitas perancangan obat secara in silico. Pada penelitian sebelumnya, dibuat basis data herbal dengan 1405 senyawa. Dalam basis data tersebut, ditemukan ketidaksesuaian struktur tiga dimensi dari senyawa. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan memperbaiki ketidaksesuaian struktur tersebut. Penelitian ini juga bertujuan untuk menemukan metode terbaik dalam pembuatan struktur tiga dimensi. Identifikasi ketidaksesuaian dilakukan pada 1405 struktur tiga dimensi senyawa dari Laboratorium Komputasi Biomedik dan Rancangan Obat Fakultas Farmasi Universitas Indonesia dengan visualisasi menggunakan perangkat lunak PyMOL. Identifikasi menghasilkan 170 senyawa yang diperbaiki dengan beberapa parameter menggunakan perangkat lunak MarvinSketch dan Vega ZZ. Hasil visualisasi perbaikan menunjukan bahwa struktur tiga dimensi senyawa dengan format .mol dan .sdf yang dibuat menggunakan perangkat lunak MarvinSketch dengan force field dreiding memberikan hasil struktur tiga dimensi paling sesuai.

Development of novel drugs is an important issue in the pharmaceutical industry. The in silico method is considered to refine the process of drug design because it lowers the cost. In in silico drug discovery process, a three dimensional structure of the chemical compound is required. Computational three dimensional structures often experience structural mismatch affecting the validity of the in silico drug design process. In the previous study, a herbal database with 1405 compounds were made. In this database, structural mismatches were found in some of the three dimensional structures. This study is aimed to identify and fix the structural mismatch. This study also aims to find the best method in creating three dimensional structure of compounds. Identification of the structural mismatches were done on the herbal database by molecular visualization. The identification process yields 170 compounds with structural mismatch that were fixed with a few different parameters using MarvinSketch and VegaZZ software. The result of the final structure visualization shows that the three dimensional structure of the compound with the .mol and .sdf file format created using Dreiding force fields of MarvinSketch as the best result of three dimensional structures.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Marwan Fikri Arsyad
"Penyakit kardiovaskular adalah salah satu penyebab kematian yang banyak di dunia saat ini. Salah satu penyebab penyakit kardiovaskular adalah trombosis arterial yang bisa disebabkan oleh agregrasi platelet yang menutup arteri. Salah satu faktor penting dalam agregrasi platelet adalah aktivasi platelet oleh ADP dengan reseptor P2Y 12. Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat inhibitor ADP P2Y 12 yang berasal dari tanaman herbal Indonesia menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina. 96 senyawa yang terbukti memiliki aktivitas inhibisi terhadap ADP P2Y12 digunakan sebagai kontrol positif dan digunakan untuk membuat pengecoh pada DUD-E dengan mengunggah kontrol positif ke laman DUD-E. Penapisan yang dilakukan mendapatkan satu senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor P2Y 12 yaitu Roxburghine B yang berikatan pada residu asam amino yang penting Lys280 dan Arg256.

Cardiovascular desease is one of the leading causes of death in the world. One of the causes of cardiovascular disease is artherial thrombosis that can be caused by platelet agregration that is covered in arteries. One of important factor in platelet agregration is platelet activation by ADP receptors, P2Y 12. This research was conducted to find candidate inhibitor of P2Y 12 from Indonesian herbal plants database using AutoDock and AutoDock Vina. Ninety six compounds known for their inhibitory activity against P2Y 12 were used as actives and as reference for generating decoys on DUD E by upload positive control to DUD E website. The virtual screening yields one potential P2Y 12 inhibitor. Roxburghine B binds to important amino acid residues of Lys280 and Arg256.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S69153
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nabilah Nurtika Salamah
"Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual.
Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC.
Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A.

Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method.
In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406.
The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nurrahmah Nawwir Azzahra Masrur
"Human Immunodeficiency Virus (HIV) adalah virus yang menyerang sistem kekebalan tubuh dan sistem pertahanan infeksi seseorang sehingga menyebabkan penyakit AIDS. Berbagai upaya telah diarahkan untuk pengembangan terapi antiretroviral yang berfokus pada enzim-enzim HIV tipe 1 dengan menggunakan transkriptase balik, protease, dan integrase sebagai target yang potensial. Saat ini, penemuan obat mulai dilakukan dengan pencarian sumber-sumber alam dari ekosistem laut, yang telah dilaporkan memiliki aktivitas biologis, untuk mengeksplorasi berbagai senyawa bioaktif dari organisme laut. Namun, waktu dan biaya yang diperlukan untuk proses penemuan obat sangat besar. Hambatan ini dapat diatasi dengan mengurangi jumlah sampel melalui penggunaan penapisan in silico. Pada penelitian ini, dilakukan pembuatan pangkalan data senyawa kimia dari Echinodermata dan penapisan virtual senyawa-senyawa tersebut terhadap transkriptase balik. Pangkalan data dibuat dengan cara mengumpulkan data dari hasil pencarian literatur yang dilakukan oleh penulis. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan 13 peringkat senyawa terbaik sebagai inhibitor transkriptase balik HIV-1, yaitu Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, dan Phrygiasterol.

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a virus that targets the immune system and weakens people's surveillance and defence systems against infections and causing AIDS disease. Various researches have been directed to the development of antiretroviral therapy that focuses on enzymes of HIV type 1 using reverse transcriptase, protease, and integrase as a potential target. New trends in drug discovery from natural sources emphasize on investigation of the marine ecosystem which have been reported having biological activities to explore bioactive compounds from marine organisms. However, time and cost required for drug discovery process are immense and at an unacceptable level. These obstacles can be overcome by reducing the number of samples using in silico screening. In this research, database compilation of chemical compounds from Echinoderm and virtual screening of the compounds were done to HIV-1 reverse transcriptase. Database was made by collecting data from any references which were searched by author. HIV-1 reverse transkriptase inhibitors virtual screening was done using AutoDock software. Based on the screening results, top thirteen ranked compound was obtained as hits, they are Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, and Phrygiasterol."
2015
S60785
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rezi Riadhi Syahdi
"HIV-1 (Human immunodeficiency virus tipe 1) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010.
Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terus dilakukan terutama enzim vital untuk reproduksi virus seperti transkriptase balik, integrase, dan protease. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa library ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor HIV-1.
Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada transkriptase balik, integrase dan protease HIV-1. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak GOLD, AutoDock dan AutoDock Vina.
Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode untuk tiap enzim. Metode penapisan yang relatif lebih akurat adalah AutoDock untuk transkriptase balik; AutoDock Vina dan GOLD untuk protease; serta AutoDock Vina untuk integrase.

HIV-1 (Human immunodeficiency virus type 1) is a member of retrovirus family that could infect human and causing AIDS disease. AIDS epidemic is one of the most destructive diseases in the modern era. There were more than 33 million people infected by HIV until 2010.
Various researches have been done to design drug that targeting HIV enzymes primarily vital reproduction enzymes such as reverse transcriptase, integrase and protease. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as HIV-1 inhibitors.
In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to reverse transcriptase, integrase and HIV-1 protease. Virtual screening was done using GOLD, AutoDock, and AutoDock Vina.
Based on this research, top ten ranked compound was obtained for each methods and enzymes. Virtual screening method which relatively more accurate is AutoDock for reverse transcriptase; AutoDock Vina and GOLD for protease; and AutoDock Vina for integrase.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2012
T30463
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Simanjuntak, Ribka Martina
"ABSTRAK
Kanker adalah suatu kondisi yang ditandai dengan adanya pertumbuhan abnormal dari sel-sel tubuh yang tidak terkontrol dan mampu mempengaruhi sel normal lainnya. Saat ini banyak dilakukan penelitian untuk mencari senyawa-senyawa baru yang berpotensi sebagai antikanker. Salah satu cara yang digunakan untuk mendukung analisis ini adalah dengan metode in silico. Selain itu, metode ini juga mendukung green chemistry yang cukup diminati akhir-akhir ini. Dalam penelitian ini, diteliti sepuluh senyawa dari basis data herbal hasil Virtual Screening yang memiliki aktivitas sebagai inhibitor enzim α-Glukosidase manusia. Model tiga dimensi (3D) enzim dikonstruksi berdasarkan struktur kristal α-glukosidase S. solphataricus (MalA) dan sub-unit N-terminal Maltase Glukoamilase manusia (NtMGAM). Penambatan sepuluh senyawa yang akan diuji; yakni 6-Deoxoteasterone, Diosgenin, Withangulatin A, Withanolide, Lanosterol, Cassiamin C, Asiatic Acid, Isoarborinol, Yamogenin, dan Lantic Acid, ditambatkan menggunakan AutoDock 4.2 dan hasilnya menunjukkan nilai ΔG secara berturut-turut yakni -9,09; -8,76; -8,73; -8,66; -8,65; -8,65; -8,64; -8,59; -8,48; dan -8,45 kkal/mol. Analisis kemudian dilanjutkan dengan melakukan simulasi diamika molekuler selama 2 nanodetik menggunakan Amber 11. Sebagai kontrol positif, digunakan senyawa Castanospermine dan 1,6-Epi-Cyclophellitol. Hasil analisis menunjukkan bahwa secara umum, pada kompleks senyawa ligan dan makromolekul ada interaksi yang kuat dan stabil pada residu Asp587, Asp511, Asp 398, Trp 274, dan Phe 620.

ABSTRACT
Cancer is a condition that characterized by the abnormal growth of cells that are not controlled and capable to affect normal cells. Nowadays, there's a lot of research to find new compounds that have the potential as an anticancer. One of the ways to support this analysis is the in silico. In addition, this method also supports green chemistry that considerable interest lately. This study will investigated ten compounds from Herbal Database that have been researched before through Virtual Screening, that have the activity as an inhibitor of α-glucosidase. Three-dimensional (3D)'s model was constructed by the crystal structure of the enzyme α-glucosidase S. solphataricus (mala) and sub-units of N-terminal human maltase Glucoamylase (NtMGAM). 6-Deoxoteasterone, Diosgenin, Withangulatin A, Withanolide, lanosterol, Cassiamin C, Asiatic Acid, Isoarborinol, Yamogenin, and Lantic Acid was tethered using Autodock 4.2 and the results show the value of ΔG are -9.09; -8.76; -8.73; -8.66; -8.65; -8.65; -8.64; -8.59; -8.48; and -8.45 kcal/mol. The analysis then continued by performing simulation on mollecular dynamics for 2 nanoseconds using Amber 11. Castanospermine and 1,6-Epi-Cyclophellitol was used as the positive control. The analysis showed that in general the complex of ligand and macromolecule, that there is a strong and stable interaction at residues Asp587, Asp511, Asp 398, Trp 274 and Phe 620.
"
2015
S60381
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
I Gusti Ngurah Raka Bhaskara Wilaputraka
"Hipermetilasi DNA adalah sebuah proses epigenetik abnormal yang dikatalis oleh DNA Metiltransferase dan merupakan salah satu faktor penyebab munculnya penyakit tidak menular seperti kanker, diabetes, dan penyakit gangguan metabolisme lainnya. Hipermetilasi DNA dapat dihambat dengan inhibitor DNA Metiltransferase1 (DNMTi). Penelitian ini dilakukan dengan tujuan menemukan kandidat inhibitor DNA Metiltrasnferase yang berasal dari bahan alam. Pencarian senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor dilakukan dengan penapisan virtual terhadap basis data senyawa aktif tanaman herbal Indonesia (HerbalDB) menggunakan peranti lunak Autodock Vina. Dua puluh lima senyawa yang diketahui memiliki efek inhibisi terhadap DNMT1 digunakan sebagai kontrol positif dan sebagai referensi untuk membuat pengecoh menggunakan Directory of Useful Decoys: Enchanced. Penapisan yang dilakukan mendapatkan lima senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor DNA metiltransferase 1 yaitu Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, dan Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.

DNA Hypermethylation is an abnormal epigenetic process catalyzed by DNA Methyltranferase 1 (DNMT1), it is also one of the factor causing non-communicable disease such as cancer, diabetes, and other metabolic disease. DNA hypermethylation can be surpressed by DNA Methyltransferase inhibitor (DNMTi). This study was conducted to obtain inhibitor candidate from natural products. The search for potential inhibitors was done by conducting a virtual screening against Indonesian Herbal Compound Database (Herbal DB) utilizing Autodock Vina as docking software. Twenty-five compunds known for their inhibitory activity against DNMT1 were used as actives and as reference for generating decoys, facilitated by Directory of Useful Decoys: Enhanced. The virtual screening yields five potential DNMT1 inhibitor, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, and Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2016
S64278
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Mega Watty
"Kanker paru-paru merupakan salah satu jenis kanker yang paling banyak diderita, terutama di negara dengan jumlah perokok dan tingkat polusi yang tinggi seperti Indonesia. Dalam beberapa tahun belakangan, perkembangan obat kanker paru jenis karsinoma bukan sel kecil diarahkan pada pengobatan multitarget karena pada pengobatan target tunggal sering kali proliferasi sel tumor dapat diaktifkan kembali melalui jalur yang lain seperti angiogenesis. Eksplorasi senyawa bioaktif dari bahan laut, termasuk fungi laut, telah mendapat perhatian khusus akhir-akhir ini sebagai pengobatan antikanker. Pada penelitian ini dilakukan pembuatan pangkalan data dan penapisan secara in silico untuk memperoleh senyawa aktif fungi laut yang berpotensi sebagai inhibitor EGFR-TK dan VEGFR2 kinase, yang masing-masing berperan sebagai agen antiproliferatif dan antiangiogenesis, menggunakan AutoDock dan Vina. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan tiga senyawa aktif sebagai inhibitor EGFR-TK (FU0015, FU0051, dan FU0202), satu senyawa aktif sebagai inhibitor VEGFR-2 kinase (FU0033), serta 17 senyawa potensi inhibitor multitarget (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). Seluruh senyawa aktif tersebut berasal dari filum Ascomycota sehingga diharapkan dapat dilakukan eksplorasi lebih lanjut fungi laut dari filum Ascomycota.

Lung cancer is one of the most common type of cancer, especially in countries with high numbers of smokers and high levels of pollution such as Indonesia. In the past few years, drug development of non-small cell lung cancer has been directed to a multitarget treatment as oftentimes on a single-targeted treatment proliferation of tumor cells can be reactivated via other pathways such as angiogenesis. Exploration of bioactive compounds from marine materials, including marine fungi, for anticancer treatment has become a major concern lately. In this research, database was created and in silico screening was conducted to obtain potential marine fungi active compounds as EGFR-TK and VEGFR2 kinase inhibitor, for each act as antiproliferative and antiangiogenesis agents, by using AutoDock and Vina. Based on these screening results have been identified three active compounds as the inhibitor of EGFR-TK (FU0015, FU0051, and FU0202), one active compound as the inhibitor of VEGFR-2 kinase (FU0033), and 17 compounds that potentially become a multitarget inhibitor (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). All of these active compounds are from Ascomycota phylum so that further marine fungi exploration can be conducted from Ascomycota phylum.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2016
S63516
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ayu Annissa
"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S69137
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>