Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Transkriptase balik HIV-1 merupakan salah satu enzim virus HIV yang sangat vital untuk reproduksi virus. Pertumbuhan virus HIV dapat berkurang secara signifikan apabila fungsi enzim tersebut terhambat. Saat ini, pengobatan HIV telah banyak diterapkan, tetapi pengobatan yang lebih efektif selalu dibutuhkan karena kemungkinan resisten yang terjadi dan efek samping dari penggunaan regimen obat dalam jangka panjang. Pencarian dilakukan dari sumber-sumber alam yang memiliki potensi sebagai obat. Berdasarkan penelitian sebelumnya, terdapat beberapa senyawa alam yang memiliki afinitas tinggi terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dan beberapa dari senyawa tersebut merupakan glikosida flavonoid. Oleh karena itu, untuk mempelajari lebih lanjut tentang glikosida flavonoid, khususnya pengaruh gugus glikon dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1, dilakukan analisis in silico senyawa glikosida flavonoid terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dengan metode penambatan menggunakan parameter AutoDock. Dari hasil penambatan, senyawa glikosida flavonoid terbaik yang direkomendasikan ialah yang memiliki energi ikatan bebas dengan nilai rendah, yaitu kaempferol-3-O-rhamnosida, mirisetin-3-O-rhamnosida, dan kuersetin 3-O-rhamnosida. Ketiga senyawa ini memiliki nilai energi ikatan bebas yang baik karena berinteraksi dengan asam amino kunci Tyr181 serta memiliki interaksi atau ikatan dengan asam amino lain yang tersebar pada tiga cincin flavonoid dan juga pada gugus gula. Gugus glikon pada glikosida flavonoid terlihat memberikan pengaruh dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1.

---

HIV 1 reverse transcriptase is one of HIV rsquo s vital enzymes for virus reproduction. The multiplication of the virus can be significantly decreased if this enzyme is inhibited. There are currently a lot of treatments for HIV, but a more effective treatment is always needed because of the possibility of drug resistance and its side effects for a long term use. The search is done from natural sources that have potential as a medicine. Based on previous study, there are some natural compounds with high affinity to the HIV 1 reverse transcriptase enzyme and some of these compounds are flavonoid glycosides. Therefore, to learn more about flavonoid glycosides, especially the effect of the glycone group in its interaction with the HIV 1 reverse transcriptase, an in silico analysis is done by using docking method with AutoDock parameters. The results showed that the most recommended flavonoid glycosides are those with the lowest binding energy, which were kaempferol 3 O rhamnoside, myricetin 3 O rhamnoside, and quercetin 3 O rhamnoside. This is suggested because of their interaction with the key amino acid Tyr181 and also the interaction with other amino acids that spread on all three flavonoid rings and also on sugar group. The glycone groups of flavonoid glycosides appear to have an effect in the interaction with HIV 1 reverse transcriptase enzyme. "

"Human Immunodeficiency Virus (HIV) adalah virus yang menyerang sistem kekebalan tubuh dan sistem pertahanan infeksi seseorang sehingga menyebabkan penyakit AIDS. Berbagai upaya telah diarahkan untuk pengembangan terapi antiretroviral yang berfokus pada enzim-enzim HIV tipe 1 dengan menggunakan transkriptase balik, protease, dan integrase sebagai target yang potensial. Saat ini, penemuan obat mulai dilakukan dengan pencarian sumber-sumber alam dari ekosistem laut, yang telah dilaporkan memiliki aktivitas biologis, untuk mengeksplorasi berbagai senyawa bioaktif dari organisme laut. Namun, waktu dan biaya yang diperlukan untuk proses penemuan obat sangat besar. Hambatan ini dapat diatasi dengan mengurangi jumlah sampel melalui penggunaan penapisan in silico. Pada penelitian ini, dilakukan pembuatan pangkalan data senyawa kimia dari Echinodermata dan penapisan virtual senyawa-senyawa tersebut terhadap transkriptase balik. Pangkalan data dibuat dengan cara mengumpulkan data dari hasil pencarian literatur yang dilakukan oleh penulis. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan 13 peringkat senyawa terbaik sebagai inhibitor transkriptase balik HIV-1, yaitu Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, dan Phrygiasterol.

---

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a virus that targets the immune system and weakens people's surveillance and defence systems against infections and causing AIDS disease. Various researches have been directed to the development of antiretroviral therapy that focuses on enzymes of HIV type 1 using reverse transcriptase, protease, and integrase as a potential target. New trends in drug discovery from natural sources emphasize on investigation of the marine ecosystem which have been reported having biological activities to explore bioactive compounds from marine organisms. However, time and cost required for drug discovery process are immense and at an unacceptable level. These obstacles can be overcome by reducing the number of samples using in silico screening. In this research, database compilation of chemical compounds from Echinoderm and virtual screening of the compounds were done to HIV-1 reverse transcriptase. Database was made by collecting data from any references which were searched by author. HIV-1 reverse transkriptase inhibitors virtual screening was done using AutoDock software. Based on the screening results, top thirteen ranked compound was obtained as hits, they are Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, and Phrygiasterol."

"Kawasan tropis dan subtropis merupakan tempat yang sesuai untuk berkembangnya virus dengue. Virus ini penyebarannya kepada manusia melalui nyamuk aedes aegypti. Dari data WHO sekitar 50-100 juta kasus infeksi dengue terjadi di seluruh dunia setiap tahunnya, tetapi belum terdapat vaksin maupun antivirus yang bisa mencegah dan mengobati penyakit ini. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangat diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim α- glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Tujuan dari penelitian ini adalah memanfaatkan bahan alam flavonoid untuk menghibisi aktivitas enzimatis dari sisi aktif enzim alfa-glukosidase 1 yang berperan dalam mensintesis cap- RNA virus dengue. Metode yang digunakan pada penelitian secara in silico ini adalah metode penapisan virtual (virtual screening). Senyawa inhibitor yang digunakan adalah ligan flavonoid yang diunduh dari pangkalan data PubChem. Penelitian ini akan melakukan penambatan molekul (molecular docking) terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Selanjutnya, pada senyawa inhibitor terbaik dilakukan uji farmakologi untuk mengetahui kesesuaian karakteristik senyawa kandidat dengan karakteristik senyawa obat yang telah beredar di pasaran.

---

The tropical and subtropics area is a suitable place to develop its viral dengue, this virus is a message to mankind through the mosquito Aedes egypti, from the data WHO around 50- 100 million cases of dengue worldwide infections each year. But there is no vaccine or antivirus that can prevent and treat this disease. The antiviral development for DENV infections is often subjected to problems. This is due to DENV having more than one type of serotype. The development of an antiviral that can handle infections of all types of DENV serotypes is indispensable. This antiviral can be developed through the inhibition of host proteins involved in the DENV lifecycle. One of the host proteins that can be targeted is the enzyme α-glucosidase I. This enzyme has an important role in the proeses of maturation of envelope glycoprotein from DENV. The development of fragment-based antiviral in silico can result in renewable drug candidates with good binding affinity the purpose of this study is to utilize natural ingredients of flavonoids to hyddate the enzymatic activity of The active side of the enzyme alpha-glucosidase 1 which plays a role in synthesizes cap-RNA virus with dengue. The method used in silico in this study is a virtual screening method. The inhibitor compounds used are the Flavonod ligands downloaded from the PubChem database. This research will conduct molecular docking against inhibitors on the active side of the target proteins. Furthermore, the best inhibitor compounds will be conducted pharmacological test to be used as a candidate for drug."

"Demam berdarah Ebola adalah penyakit viral yang berasal dari genus Ebolavirus dan sangat mematikan jika masuk ke dalam tubuh primata termasuk manusia. Sampai sekarang, belum ada obat atau vaksin yang terbukti efektif melawan Ebolavirus. Salah satu spesies dari filovirus adalah Sudan Ebolavirus (SEBOV). Penyakit ini memiliki kemungkinan mematikan antara 50-70%. Dalam siklus hidupnya Ebola memilki berbagai komponen yang penting untuk keberlangsungan virus ini, salah satunya glikoprotein. Glikoprotein dalam Ebola memiliki inti dalam struktur GP1-GP2 yang berfungsi dalam replikasi Ebola. Molekul yang dapat menginhibisi glikoprotein ini menjanjikan suatu peluang untuk dijadikan obat terapi bagi para penderita Ebola. Senyawa flavonoid memiliki potensi menjadi obat karena sifat antiviralnya. Dalam penelitian ini, metoda digunakan untuk memahami potensi antiviral senyawa flavonoid dengan menginhibisi GP SEBOV melalui penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul dengan MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09. Lebih lanjut, bioavaibilitas oral dan prediksi toksisitas juga dilakukan untuk mendapatkan senyawa flavonoid terbaik. Hasilnya didapatkan SIanidin-3-(p-kuomaro) dengan afinitas ikatan terbaik kepada GP SEBOV dan sifat toksisitas yang baik.

---

Ebola Hemorrhagic Fever is a viral disease from the Ebolavirus genus and deadly to primates, including humans. Until now, no vaccine nor medicine could combat Ebolavirus effectively. One of the species from ebolavirus genus is Sudan Ebolavirus (SEBOV). SEBOV has a case fatality between 50-70%. In Ebola life cycle, Ebola has a different type of component which is very essential, one of them is glycoprotein (GP). GP has a GP1-GP2 core structure, which is crucial for mediate Ebolavirus and the host cell. Thus, any molecule that could inhibit glycoprotein has a potential to become an ideal therapeutics of Ebola hemorrhagic fever. Flavonoid compounds have potential because of their antiviral property. In this research, in silico method was conducted to understand the antiviral potential of flavonoid compound by inhibiting the SEBOV GP through molecular docking and molecular dynamics simulation using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Moreover, the oral bioavailability and toxicity prediction of the flavonoid compounds were also performed to get the best flavonoid compounds. In the end, we found that Cyanidin-3-(p-cuomaro) with the best binding affinity to SEBOV GP and have low toxicity properties."

"Hipertensi merupakan penyebab utama kematian dini di seluruh dunia. Masalah pada sistem renin-angiotensin-aldosteron (RAAS) merupakan salah satu faktor primer penyebab hipertensi. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) merupakan komponen utama dalam RAAS yang mengubah angiotensin I menjadi vasokonstriktor aktif angiotensin II sehingga menyebabkan peningkatan tekanan darah. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) merupakan salah satu lini pertama pada terapi hipertensi. Penemuan senyawa yang memiliki potensi sebagai ACEI masih terus dilakukan untuk mendapatkan senyawa dengan profil obat yang lebih baik dan efek samping yang lebih rendah. Di alam, senyawa fenolik tersebar luas dan merupakan metabolit sekunder yang paling banyak ditemukan. Pada penelitian ini, dilakukan eksplorasi senyawa fenolik, khususnya polifenol non flavonoid untuk mendapatkan kandidat potensial yang memiliki aktivitas penghambat ACE. Penapisan virtual polifenol non flavonoid dari laman Phenol-Explorer dilakukan menggunakan AutoDock Vina. Metode penapisan virtual dioptimasi dan divalidasi dengan redocking ligan kokristal dan penambatan ligan kontrol dari DUD-E. Metode optimum diperoleh menggunakan makromolekul dengan ion Zn, Cl dan 6 molekul air dan grid box 22,5 x 22,5 x 22,5 A3. Berdasarkan hasil penapisan virtual 341 senyawa, diperoleh peringkat 10 besar senyawa dengan energi ikatan terendah yaitu gallagic acid, pallidol, punicalin, ellagic acid acetyl-arabinoside, 1-sinapoyl-2,2’-diferuloylgentiobiose, 24-methylenecholestanol ferulate, 24-methylcholesterol ferulate, verbascoside, 24-methylcholestanol ferulate, dan ε-viniferin dengan rentang energi ikatan -11,0 hingga -10,1 kkal/mol. Hasil tersebut menunjukkan 10 senyawa memiliki potensi sebagai ACEI. Dari kesepuluh senyawa, ellagic acid acetyl-arabinoside memenuhi seluruh kaidah Lipinski’s Rule of Five.

---

Hypertension is a major cause of premature death worldwide. Problem in renin-angiotensin-aldosterone system (RAAS) is one of the primary factor that contribute to developing hypertension. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) is a main component of RAAS which converts angiotensin I to the active vasoconstrictor angiotensin II resulting in increased blood pressure. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) is one of the first line therapy in hypertension. The discovery of compounds which have potential as ACEI is still carries out to obtain compounds with better drug profiles and fewer side effects. In nature, phenolic compounds are widely distributed and are the most commonly found secondary metabolites. In this study, exploration of phenolic compounds especially non flavonoid polyphenolic is done to discover potential candidates which have ACE inhibitor activity. Virtual screening of non flavonoid polyphenolic compounds from Phenol-Explorer is done using AutoDock Vina. The virtual screening method was optimized and validated by redocking of co-crystal ligand and docking of control ligand from DUD-E. The optimum method is obtained using macromolecules with Zn, Cl ions and 6 water residues and grid box 22.5 x 22.5 x 22.5 A3. Based on virtual screening result of 341 compounds, top ten ranked compounds with lowest binding energy were gallagic acid, pallidol, punicalin, ellagic acid acetyl-arabinoside, 1-sinapoyl-2,2’-diferuloylgentiobiose, 24-methylenecholestanol ferulate, 24-methylcholesterol ferulate, verbascoside, 24-methylcholestanol ferulate, and ε-viniferin with binding energy range from -11,0 to -10.1 kcal/mol. This result indicated that the 10 compounds have potential as ACEI. From the ten compounds, ellagic acid acetyl-arabinoside fully complies Lipinski’s Rule of Five."

"Ebola Hemorrhagic Fever (EHF) merupakan wabah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dari genus Ebolavirus. Zaire ebolavirus (EBOV) merupakan spesies dari genus Ebolavirus yang paling mematikan dengan case fatality rate sebesar 76% (CI 95%). Sampai saat ini belum ada vaksin atau obat yang disetujui oleh U.S. Food and Drug Administration (FDA) untuk terapi EHF. Salah satu target terapi yang belum banyak dikembangkan adalah antiviral berbasis inhibitor N-terminal heptad repeat glycoprotein-2 ectodomain (NHR GP2 ectodomain). GP2 ectodomain adalah glikoprotein yang memiliki peran penting dalam proses masuknya EBOV ke dalam sitoplasma sel melalui mekanisme endositosis. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan terhadap peptida siklis komersial terkonjugasi peptida protein Human Immunodeficiency Virus type 1 Trans-activator of transcription (HIV-1 tat) sebagai inhibitor EBOV NHR GP2 ectodomain melalui analisis in silico. Penapisan dilakukan terhadap peptida siklis yang berasal dari perusahaan kimia yang merupakan produsen peptida tersebut. Konjugasi dengan peptida protein HIV-1 tat bertujuan agar peptida siklis komersial dapat terakumulasi di endosom. Penambatan molekul dan dinamika molekul dilakukan untuk menentukan ligan dengan kemampuan inhibisi terbaik. Prediksi sifat farmakologi ligan juga dilakukan untuk mendapatkan kandidat obat terbaik. Berdasarkan tahapan penapisan tersebut, ligan 023 diketahui memiliki potensi sebagai kandidat obat terbaik. Ligan ini perlu untuk diuji lebih lanjut pada analisis in vitro, in vivo, hingga tahap uji klinis agar ligan dapat menjadi obat untuk terapi infeksi virus Ebola.

---

Ebola Hemorrhagic Fever (EHF) is a disease caused by viruses from genus Ebolavirus. Zaire ebolavirus (EBOV) is the deadliest species from genus Ebolavirus which has 76% (CI 95%) case fatality rate. Up until now, there are no U.S. Food and Drug Administration (FDA) approved vaccines or drugs to treat EHF. Antiviral based on N-terminal heptad repeat glycoprotein-2 ectodomain (NHR GP2 ectodomain) inhibitor is one treatment that has not well developed. GP2 ectodomain is glycoprotein which has important role in the process of EBOV entry into cell through endocytotic mechanism.

In this study, the screening of commercial cyclic peptide conjugated to protein peptide Human Immunodeficiency Virus type 1 Trans-activator of transcription (HIV-1 tat) as inhibitor of EBOV NHR GP2 ectodomain thourgh in silico analysis was done. The screening was done to cyclic peptide from the selected chemical company. Conjugation of cyclic peptide to peptide HIV-1 tat was done in order to accumulate the peptide inside the endosome. Molecular docking and molecular dynamics was done to select the peptides which have the best inhibition propeties.

Prediction of pharmacological properties of the peptides was done to choose the best drug candidate. The result of screening porcesses shows that ligand 023 has highest potency as drug lead. The ligand needs to undergo futher analysis in in vitro, in vivo, and clinical trial to ensure that this ligan can act as drug for Ebola virus infection.

"

"Tuberkulosis (TBC) merupakan salah satu penyakit menular dengan tingkat kematian terbanyak di dunia setelah COVID-19, dengan 10 juta kasus infeksi TBC pada 2020-2021. Penyakit TBC disebabkan oleh bakteri yang disebut Mycobacterium tuberculosis. Salah satu komponen utama dari Mycobacterium tuberculosis adalah protein RpoB. Protein RpoB memiliki gen RpoB yang berfungsi untuk mengkodekan subunit β dari RNA polymserae untuk mensintesis protein bagi sel bakteri. Inhibisi protein RpoB dapat menjadi pengobatan alternatif TBC. Dalam penelitian ini modifikasi senyawa sefalosporin menggunakan fragmen dengan pendekatan QSAR digunakan untuk menemukan senyawa inhibitor RpoB secara in silico. Proses simulasi penambatan molekul ini didukung oleh perangkat lunak MOE 2014.09, sedangkan penapisan sifat obat dan pembuatan fragmen menggunakan OsirisDataWarrior. Studi ADMET untuk ligan terpilih dilakukan menggunakan aplikasi OsirisDataWarrior, pkCSM, and SwissADME. Penelitian ini menghasilkan kandidat inhibitor protein RpoB dalam bentuk ligan modifikasi molecular sequence (mseq) 2,5,10, dan 20, yang memiliki lebih banyak interaksi dengan protein dibandingkan rifampicin dan isoniazid. Ligan modifikasi terbaik dengan mseq 2,5,10, dan 20 dengan energi ikatan -11.6487 kkal/mol, -11.3706 kkal/mol, -10.7246 kkal/mol, -10.4663 kkal/mol, secara berurutan. Hal ini menunjukkan perkembangan signifikan dalam energi ikat, dan interaksi dengan protein dibandingkan rifampicin dan isoniazid dengan energi ikat -11.2261 kkal/mol, dan -5.8633 kkal/mol.

---

Tuberculosis (TBC) is one of the deadliest infectious diseases globally, ranked only second after COVID-19, with 10 million cases of TBC infection globally in 2020-2021. TBC disease is caused by a bacteria called Mycobacterium tuberculosis. One of the main components of Mycobacterium tuberculosis is the rpoB protein, which contains the rpoB gene that encodes the β subunit of RNA polymerase to synthesize protein for bacterial cells. Inhibition of rpoB protein could be an alternative treatment to TBC. In this research, modification of cephalosporin compound with fragment using QSAR approach was used in finding rpoB inhibitor compound in silico. The docking simulation process was carried out using MOE 2014.09, while fragment creation and screening for drug properties of the ligands were carried out using DataWarrior OSIRIS Software. The ADMET study for selected ligands was performed using DataWarrior OSIRIS, pkCSM, and SwissADME. This research has created a rpoB protein inhibitor through cephalosporin ligand modification in the form of molecular sequence (mseq) 2, 5, 10, and 20 compounds with a higher number of interactions with rpoB protein compared to Rifampicin and Isoniazid. The best-modified ligand with mseq 2, 5, 10, and 20 were obtained with binding energy -11.6487 kcal/mol, -11.3706 kcal/mol, -10.7246 kcal/mol, -10.4663 kcal/mol, respectively. This indicates a significant improvement in energy binding and a higher number of interactions compared to rifampicin and isoniazid with energy binding of -11.2261 kcal/mol, and -5.8633 kcal/mol."

"Tanaman dadap ayam (Erythrina variegata L.) mengandung senyawa yang telah diteliti secara in silico mampu menghambat enzim transkiptase balik RT HIV-1 dengan energi pengikatan (∆G) sebesar -10,43 kcal/mol. Selain itu, ekstrak metanol daun dadap ayam menunjukkan adanya aktivitas penghambatan terhadap enzim RT HIV-1 dengan persen penghambatan 97,64% pada konsentrasi 5 mg/ml dibandingkan dengan standar lamivudin. Dengan latar belakang tersebut, dilakukan penelitian untuk mengisolasi senyawa aktif yang terdapat pada ekstrak metanol daun dadap ayam dan dilakukan uji aktivitas terhadap isolat.Uji aktivitas dilakukan secara in vitro menggunakan enzim RT HIV-1 dengan lamivudin sebagai baku pembanding. Uji in vitro menunjukkan fraksi etil asetat sebagai fraksi teraktif dengan nilai IC50 sebesar 429,28 µg/ml. Dari fraksi etil asetat didapatkan senyawa isolat. Senyawa isolat kemudian dielusidasi strukturnya menggunakan spektrofotometer UV, IR, MS, 1H-NMR, 13C-NMR, dan 2D-NMR dan disimpulkan sebagai senyawa apigenin-7-O-β-D-glukopiranosida. Uji in vitro senyawa isolat dengan metode kolorimetri menggunakan kit enzim transkriptase balik menunjukkan nilai IC50 sebesar 100,59 µg/ml sementara lamivudin menunjukkan nilai IC50 sebesar 128,86 µg/ml.

---

Erythrina variegata L. containing compounds that have been studied in silico capable to inhibit the HIV-1 reverse transcriptase enzyme with binding energy of -10,43 kcal/mol. Beside that, Erythrina variegata leaves methanolic extract showed an inhibitory activity against HIV-1 RT enzyme with percent inhibition of 97.64% at concentration of 5 mg/mL compared to lamivudine as standard. Depend on this result, this research was held to isolate the active compound as HIV-1 RT inhibitor which is contained in the Erythrina variegata leaves methanolic extract.Activity assay are conducted in vitro using HIV-1 RT colorimetric assay. This assay showed that an ethyl acetate fraction is the most active fraction with IC50 of 429.28 µg/ml. The isolated compound from ethyl acetate fraction was elucidated by spectroscopic tools including UV, IR spectrophotometry, mass, 1D and 2D NMR spectroscopy. The result concluded that an isolated compund as apigenin-7-O-β-D-glucopyranoside. The isolated compound showed inhibitory activity of HIV-1 RT with an IC50 of 100.59 µg/ml compared to lamivudine which showed an IC50 of 128.86 µg/ml."

"Penyakit demam berdarah dengue masih menjadi permasalahan kesehatan global, dan merupakan penyakit yang endemik di lebih dari 100 negara. Mengetahui efek dari mutasi pada virus sangat penting pada prosesmdesain dan pengembangan obat. Pada penelitian ini, mutasi dan pengaruhnya dianalisis pada NS5 virus dengue dengan menggunakan protein kode 3P8Z sebagai sekuens utama. Berdasarkan hasil analisis mutasi terjadi pada sekuen NS5 virus dengue serotipe 3. Glutamin menjadi metionin pada posisi 10 dan treonin menjadi isoleusin pada posisi 55. Residu yang termutasi merupakan bagian dari domain SAdenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063), adanya mutasi diprediksikan dapat mengganggu fungsi protein.Berdasarkan hasil penambatan molekul, dari 100 senyawa terbaik hanya 17 senyawa antiviral yang terpilih. Pada penelitian ini penentuan ligan terbaik tidak hanya berdasarkan hasil penambatan molekul, tetapi juga melalui tahapan prediksi ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi dan Toksisitas),bioavailabilitas serta efek ligan terhadap kesehatan. Terdapat 3 ligan terbaik yang dapat diusulkan sebagai kandidat antiviral pada virus dengue yaitu UNQ15038, UNQ16938 dan UNQ14727. Studi simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa kompleks protein-ligan stabil pada temperatur 310 K dan 312 K. Kompleks paling stabil terdapat pada kompleks protein 3P8Z dengan ligan UNQ15038.

---

Dengue fever is still a major health problem, which is endemic in more than 100 countries. Information about the effects of the virus mutation is important in drug design and development. In this research, the mutations and their effects were analyzed in NS5 dengue virus by using 3P8Z protein as the main sequence. The result of mutation analysis showed that mutation occurs in NS5 of DENV serotype 3. Glutamine mutates into methionine at position 10 and threonine mutates into isoleucine at position 55. These residues are part of the domain named S-Adenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063). The wildtype and mutant residue have the different properties, which can disturb this domain and abolish its function.Based on the result of molecular docking simulation, from 100 best compounds only 17 compounds werenselected. Determination of the best ligand not only based on molecular docking simulation but also analyze the ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity), bioavailability and health effect of the ligands. There are three best ligands that can be proposed as antiviral candidates, the ligands are UNQ15038, UNQ16948 and UNQ14727. Molecular dynamics simulation study showed that the protein-ligand complexes are stable at temperature 310 K and 312 K. The most stable complex is the protein 3P8Z with ligand UNQ15038."

"Adenilat siklase 10 merupakan suatu enzim yang berlokasi di sitosol yang berperan dalamkatalisis konversi ATP menjadi cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Sebagai suatusecond messenger, cAMP berperan dalam pengaturan berbagai fungsi sel terutamaproliferasi dan apoptosis, termasuk pada sel kanker dalam kondisi patofisiologis. Enzimini diketahui memperparah kondisi kanker dengan meningkatkan proliferasi danmenghambat apoptosis. Hal ini menjadikan inhibisi adenilat siklase 10 menjadi salah satutarget yang dapat dimanfaatkan untuk menjadi agen terapi antikanker. Studi penelitianmenunjukkan bahwa senyawa flavonoid diketahui memiliki aktivitas pada penekananproliferasi dan induksi apoptosis. Oleh karena itu, dilakukan analisis in silico untukmendapatkan senyawa kandidat inhibitor adenilat siklase 10 dengan afinitas terbaik.Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock 4, selanjutnya dilakukanvisualisasi interaksi hasil penambatan menggunakan LigPlot dan PyMOL. Parameteroptimisasi yang diperoleh untuk penambatan molekuler adenilat siklase 10 adalahmenggunakan grid box 40x40x40 unit dengan energi evaluasi 2.500.000 (medium).Berdasarkan hasil penambatan, flavonoid amentoflavone merupakan kelompok senyawaterbaik dengan afinitas ikatan tertinggi, yang mana tujuh dari delapan senyawanyamemiliki energi ikatan pada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Selain itu,sepuluh senyawa flavonoid yang direkomendasikan adalah yang memiliki energi ikatanpada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Dapat disimpulkan bahwasenyawa-senyawa tersebut adalah senyawa potensial yang dapat dijadikan kandidat obatinhibitor adenilat siklase 10.

---

Adenylyl cyclase 10 is an enzyme located in cytosol that plays a role in catalysis of ATP

to cyclic adenosine monophosphate (cAMP). As a secondary messenger, cAMP

physiologically regulates various cell functions especially proliferation and apoptosis,

including cancer cells in pathophysiological condition. This enzyme is known to worsen

the condition of cancer by increasing the proliferation and inhibiting the apoptosis. Hence,

the inhibition of adenylyl cyclase 10 is one of the targets that can be used to become an

anticancer therapy agent. Research studies show that flavonoid compounds are known to

have an activity on suppression of proliferation and induction of apoptosis. Therefore, an

in silico analysis needs to be done to obtain the candidate compound of adenylyl cyclase

10 inhibitor with the best affinity. Molecular docking was done by using AutoDock 4,

then the interactions of docking results is visualized by using LigPlot and PyMOL.

Optimization parameter obtained for molecular docking of adenylyl cyclase 10 was using

40x40x40 unit grid box with 2.500.000 energy evaluation (medium). Based on the

screening results, amentoflavone is the best group of compounds with the highest affinity

bond, which is seven of its eight compunds had the binding energy in the range of -10,00

kcal/mol to -11,50 kcal/mol. Other than that, the most ten recommended flavonoid

compounds are those with the lowest binding energy in the range of -10,00 kcal/mol to -

11,50 kcal/mol. These compounds are the potential compounds that can be used as

adenylyl cyclase 10 inhibitor drug candidates."