Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKDNA eksogen merupakan DNA asing yang diintroduksi ke dalam sel dan sebagai dasar pengembangan vaksin DNA. Ekspresi gen pada DNA eksogen masih rendah dalam antigen presenting cell APC yang merupakan target utama dalam penerapan vaksin DNA, seperti monosit. Salah satu cara dalam meningkatkan ekspresi gen pada DNA eksogen adalah menyisipi sekuen internal inisiasi translasi yaitu IRES HIV-1. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan penambahan sekuen IRES HIV-1 pada hulu gen DNA eksogen yang akan diekspresikan di sel monosit manusia. DNA IRES HIV-1_eGFP diamplifikasi dari pcDNA5FRT/TO dan disubkloning ke pcDNA3.1 . DNA ditransfeksi ke kultur primer monosit dari darah manusia sehat. Sel berfluoresen, persentase sel, dan intensitas fluoresen diamati masing-masing dengan mikroskop fluoresen, Tali cytometer, dan Glomax. Plasmid pcDNA3.1_IRES HIV-1_eGFP berhasil dikonstruksi dan gen egfp berhasil diekspresikan pada sel monosit manusia. Persentase monosit berfluoresen dibandingkan sel kontrol meningkat dari 5 menjadi 11,54 kelompok pcDNA3.1_eGFP dan 12,9 kelompok pcDNA3.1_IRES HIV-1_eGFP p=0,297 . Intensitas fluoresen eGFP pada kelompok dengan IRES HIV-1 dalam total sel monosit 2,33 dan per monosit 0,069 meningkat signifikan dibandingkan kelompok pcDNA3.1_eGFP dalam total sel monosit 0,08 dan per monosit 0,001 p=0,001 . Oleh karena itu, penambahan IRES HIV-1 terbukti mampu meningkatkan ekspresi gen pada sel monosit secara signifikan.

---

ABSTRACTExogenous DNA is an transient DNA that is introduced into cells and as a basis for developing DNA vaccines. Gene expression in exogenous DNA is still low in antigen presenting cells APC , which is a major target in the application of DNA vaccines, such as monocytes. One way to increase the expression of gene in exogenous DNA is to insert the internal sequence of translation initiation such as IRES HIV 1. Therefore, in this research, the addition of IRES HIV 1 sequence in the upstream gene of exogenous DNA to be expressed in human monocytes cells. IRES HIV 1 eGFP amplified from pcDNA5FRT TO and subcloned to pcDNA3.1 .. DNA were transfected into the primary culture of monocytes from healthy human blood. Fluorescent cells, cell percentages, and fluorescent intensity were observed with fluorescent microscope, Tali cytometer, and Glomax respectively. The pcDNA3.1 IRES HIV 1 eGFP successfully constructed and transfected in human monocytes cells. The percentage of fluorescent monocytes compared with control cells increased from 5 to 11.54 pcDNA3.1 eGFP group and 12.9 pcDNA3.1 IRES HIV 1 eGFP p 0.297 . The intensity of fluorescent eGFP in the group with IRES HIV 1 in total monocyte 2.33 and each monocyte 0.069 increased significantly compared to pcDNA3.1 eGFP group in total monocyte cell 0.08 and per monocyte 0.001 p 0.001 . Therefore, the addition of IRES HIV 1 has been shown to increase gene expression in monocyte cells significantly "

"Universitas Indonesia Culture Collection UICC memiliki koleksi Rhizopus spp. yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Tujuan penelitian adalah re-identifikasi lima strain R. oligosporus koleksi UICC UICC 27, UICC 40, UICC 51, UICC 67, dan UICC 116 berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers rDNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA menggunakan pasangan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Data sequence daerah ITS rDNA Rhizopus koleksi UICC dikirim ke database GenBank untuk pencarian homologi BLAST terhadap spesies terdekat dengan pembatasan pencarian hanya pada type material. Pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode neighbor joining dengan model evolusi dua parameter Kimura, serta bootstrapping dilakukan sebanyak 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi makroskopik dan mikroskopik dan fisiologi pertumbuhan pada variasi suhu dilakukan untuk menunjang hasil identifikasi molekuler. Hasil elektroforesis gel produk PCR daerah ITS rDNA menunjukkan kelima strain memiliki ukuran fragmen ITS rDNA pada kisaran 500--700 pb, dan hasil sequencing lengkap daerah ITS rDNA kelima strain menunjukkan panjang berkisar antara 655--658 pb. Hasil BLAST menunjukkan strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 memiliki homologi 99,2 ; sedangkan strain UICC 116 memiliki homologi 99,8 terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Berdasarkan konsep spesies filogenetik, strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 dapat diidentifikasi sebagai R. delemar karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, dengan dukungan nilai bootstrap 90 ; sedangkan strain UICC 116 diidentifikasi sebagai R. oryzae karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T , dengan dukungan nilai bootstrap 82 . Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua spesies tidak dapat dibedakan secara morfologi, kelima strain menunjukkan karakter morfologi yang sesuai dengan R. oryzae. Namun demikian, terdapat perbedaan karakter fisiologi antara R. oryzae dan R. delemar, yaitu pertumbuhan pada variasi suhu.

---

Universitas Indonesia Culture Collection UICC has strains collection of Rhizopus spp. which were isolated from tempeh and identified based on phenotypic characters morphology and physiology . The aim of this study was to re identify five strains of R. oligosporus UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and the UICC 135 , based on internal transcribed spacers region of ribosomal DNA sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank for homology search using basic local alignment search tool BLAST program, restricted only to type materials. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method with Kimura's two parameter evolution model and bootstrapping with 1,000 replicates. Characterization of morphological and physiological growth at variation of temperature data was carried out to support molecular identification results. Gel electrophoresis showed that five strains have fragment length of ITS region of rDNA, about 500 700 bp. Full sequence data of ITS rDNA of five strains showed the length of their ITS rDNA was ranged 655 658 bp. BLAST homology search results showed that UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 strain have similarity 99,2 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T, whilst UICC 116 strain showed a higher similarity 99,8 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T. Based on phylogenetic species concept, four strains UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 were identified as R. delemar. They were clustered with the type strain of R. delemar CBS 120.12T in a monophyletic group, and supported by 90 bootstrap value. Another one strain UICC 116 was identified as R. oryzae. It was clustered with the type strain of R. oryzae CBS 112.07T in a monophyletic group and supported by 82 bootstrap value. Morphological characterization results indicated that the two species are indistinguishable and they showed morphological characters that correspond to R. oryzae. However, the physiological characters i.e. growth at temperature variations differ between of R. delemar and R. oryzae."

"Latar belakang: Sepsis neonatorum awitan lambat SNAL , merupakan penyebab morbiditas dan mortalitas terpenting bayi berat lahir rendah di rumah sakit. Klinisnya tidak spesifik sehingga membutuhkan pemeriksaan penunjang untuk mendiagnosisnya. Baku emas kultur darah memiliki nilai diagnostik yang rendah dan hingga kini belum ada penanda infeksi tunggal yang dapat mendiagnosis sepsis neonatorum. Toll-like receptor TLR berperan dalam mengenali patogen dan memulai respon imun. Ekspresi TLR2 dan TLR4 diharapkan dapat menjadi penanda sepsis neonatorum. Tujuan: Mengetahui ekspresi TLR2 dan TLR4 neutrofil dan monosit serta nilai diagnostiknya pada SNAL. Metode: Studi potong lintang pada Mei-Juni 2017 yang melibatkan 52 neonatus >72 jam dengan klinis sepsis. Pemeriksaan darah perifer lengkap, rasio I/T, CRP, PCT, TLR2 dan TLR4 menggunakan flow cytometry dilakukan dan dibandingkan dengan kultur darah. Hasil: Insidens SNAL penelitian ini sebesar 32,6 . Terdapat penurunan ekspresi TLR2 neutrofil maupun monosit pada kasus SNAL. Peningkatan ekspresi TLR4 neutrofil memiliki sensitivitas 88,2 , spesifisitas 20 , dan AUC 0,541. Ekspresi TLR4 monosit memiliki sensitivitas 92,1 , spesifisitas 11,4 , dan AUC 0,528 jika dibandingkan kultur darah. Nilai AUC CRP meningkat hingga lebih dari 0,75 setelah dikombinasikan dengan TLR4. Simpulan: Pada SNAL, ekspresi TLR4 memiliki sensitivitas yang baik namun kurang spesifik. Pemeriksaan TLR4 dapat menunjang nilai diagnostik CRP.

---

Background Late onset neonatal sepsis LONS , is the major morbidity and mortality in low birth weight. Unspecific clinical manifestation make laboratory examination is needed to establish the diagnosis. Unfortunately, blood culture as a gold standard has low diagnostic value. While, there is no single infection marker to diagnose neonatal sepsis. TLRs are a sensor to recognize the pathogens and trigger the immune response. Expression of TLR2 and TLR4 are promising to be a septic marker. Aim To know the expression of TLR2 and TLR4 neutrophil and monocyte and their diagnostic value in LONS. Methods A cross sectional study was conducted from May June 2017 which involved 52 neonates 72 hours with clinically sepsis. Complete blood count, I T ratio, CRP, PCT, TLR2 and TLR4 by flow cytometry already done and compared to blood culture. Result The incidence of LONS is 32.6 . There is TLR2 down expression in LONS. Expression of TLR4 neutrophil has sensitivity 88.2 , specificity 20 , and AUC 0.541. While TLR4 monocyte has sensitivity 92.1 , specificity 11.4 , and AUC 0.528. AUC of CRP is increased over to 0.75 after combined with TLR4. Conclusion Expression of TLR4 have good sensitivity but less specific. TLR4 expression could increase the diagnostic value of CRP."

"Pada penelitian ini dilakukan studi mengenai pembentukan DNA adduct 8-hidroksi-2'-deoksiguanosin (8-OHdG) dengan mereaksikan 2'-deoksiguanosin dan H₂O₂ dengan senyawa akrilamida dan TBHQ yang diberikan paparan sinar UVA. Uji pembentukan 8-OHdG dilakukan pada variasi waktu inkubasi (5 dan 7 jam) dan variasi pH (7,4 dan 8,4). Hasil dari pembentukan 8-OHdG dianalisis menggunakan instrumen HPLC fasa terbalik dengan menggunakan larutan penyangga natrium fosfat pH 6,7 dan metanol sebagai eluen dengan komposisi 85:15. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa dari adanya pencampuran TBHQ dan Akrilamida mengakibatkan pembentukan kadar 8-OHdG dengan menghasilkan efek sinergis dan efek antagonis pada hasil pembentukannya. Efek dari pencampuran senyawa akrilamida dan TBHQ meningkat signifikan ketika diberikan paparan sinar UVA. Sampel yang diinkubasi dengan paparan sinar UVA memiliki kadar 8-OHdG yang lebih banyak dibandingkan sampel tanpa paparan sinar UVA. Semakin lama waktu inkubasi, dihasilkan pula kadar 8-OHdG yang semakin besar. Pada pH 8,4, sebagian besar sampel menghasilkan pembentukan 8-OHdG yang lebih besar bila dibandingkan pada sampel dengan campuran yang sama pada pH 7.4. Sampel dengan hasil pembentukan 8-OHdG tertinggi terdapat pada sampel yang mengandung 2'-deoksiguanosin, akrilamida, TBHQ, dan H₂O₂  pada pH 8,4 dengan penyinaran sinar UVA selama 7 jam.

---

In this research, a study was conducted on the formation of DNA adduct 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine (8-OHdG) by reacting 2'-deoxyguanosine and H₂O₂ with acrylamide and TBHQ compounds that were exposed to UVA light. The 8-OHdG formation test was carried out at various incubation times (5 and 7 hours) and pH variations (7.4 and 8.4). The results of the formation of 8-OHdG were analyzed using a reverse phase HPLC instrument using a buffer solution of sodium phosphate pH 6.7 and methanol as an eluent with a composition of 85:15. The results showed that the mixing of TBHQ and acrylamide resulted in the formation of 8-OHdG levels by producing a synergistic effect and an antagonistic effect on the formation results. The effect of mixing acrylamide and TBHQ compounds increased significantly when exposed to UVA light. Samples incubated with UVA exposure had higher levels of 8-OHdG than samples without UVA exposure. The longer the incubation time, the greater the 8-OHdG content was produced. At pH 8.4, most of the samples resulted in greater 8-OHdG formation when compared to samples with the same mixture at pH 7.4. Samples with the highest 8-OHdG formation results were found in samples containing 2'-deoxyguanosine, acrylamide, TBHQ, H₂O₂ at pH 8.4 with UVA light irradiation for 7 hours."

"ABSTRAKPenyakit TBC adalah penyakit menular yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberkulosis (Mtb). Sejak tahun 1993, WHO (World Health Organization) menyatakan bahwa penyakit Tuberkulosis (TBC) merupakan kedaruratan global. Indonesia sekarang berada pada ranking kelima negara dengan beban TBC tertinggi di dunia. Model matematis kontrol epidemik TBC dengan Exogenous Reinfection sebagai permasalahan kontrol optimal yang diselesaikan dengan mentransformasikan ke dalam bentuk permasalahan pemrograman tak linear (nonlinier programming). Kontrol dalam penelitian ini adalah pengontrolan yang ditujukan untuk menekan terjadinya Exogenous Reinfection, bertujuan untuk meminimalkan jumlah individu TBC aktif (infectious ) melalui penerapan kontrol optimal. Simulasi pada tesis ini ditinjau dari dua keadaan R0 (Basic Reproduction Ratio) , dengan R0 > 1 untuk kasus terjadinya endemik dan R0 < 1 untuk kasus tidak terjadinya endemik.

---

ABSTRACT

Tuberculosis is an infectious disease caused by the bacterium Mycobacterium tuberculosis (Mtb) . In 1993, World Health Organization (WHO) declared Tuberculosis (TB) is a global emergency. Indonesia now is ranked fifth highest TB burden countries in the word. The mathematical epidemic model of TB control with Exogeneous Reinfectionthe as the optimal control problem is solved by transforming the problem into form nonlinier programming. Control of the research is aimed at controlling the pressure of Exogenous Reinfection, aiming to minimize the number of individuals with active TB through the application of optimal control. Simulation in this thesis are in terms of two states R0 (Basic Reproduction Ratio), with R0 > 1 for case accurrence of endemic and R0 < 1 for case no accurrence of endemic."

"Beberapa tahun terakhir ini, Support Vector Machine (SVM) telah populer digunakan sebagai model machine learning. Hal ini terutama karena SVM dapat dianalisis secara teoritis, dan secara bersamaan dianggap memberikan kinerja yang lebih baik daripada model machine learning yang biasa digunakan sebelumnya. Pada makalah ini dibahas pendekatan matematis model SVM dalam memecahkan masalah pengenalan pola. Selanjutnya dibahas pula penggunaan model tersebut berupa kajian awal penentuan jenis splice site pada suatu barisan DNA terutama dari segi kemampuan generalisasi atau tingkat keakuratannya. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa kemampuan generalisasi SVM sangat baik yaitu sekitar 95.4 %.

---

Study on Generalization Capability of Support Vector Machine in Splice Site Type Recognition of DNA Sequence. Recently, support vector machine has become a popular model as machine learning. A particular advantage of SVM over other machine learning is that it can be analyzed theoretically and at same time can achieve a good performance when applied to real problems. This paper will describe analytically the using of SVM to solve pattern recognition problem with a preliminary case study in determining the type of splice site on the DNA sequence, particularity on the generalization capability. The result obtained show that SVM has a good generalization capability of around 95.4 %."

"A rapid and simple to amplify genomic DNA sequences nanking mini-Tn5 transposon insertion was developed....."

"Latar belakang. Salah satu penentu manifestasi klinis dengue berat adalah kebocoran plasma. Limfosit dan monosit berperan dalam patogenesis kebocoran plasma infeksi dengue sehingga berpotensi sebagai prediktor kebocoran plasma. Tujuan. Menentukan kemampuan hitung jenis limfosit dan monosit demam hari kedua sebagai prediktor kebocoran plasma pada fase kritis infeksi dengue. Metode. Desain kohort retrospektif pasien rawat inap di RSUPN Cipto Mangunkusumo, RSUP Persahabatan dan RSPAD Gatot Soebroto dari tahun 2010 ̶ 2015, memenuhi kriteria inklusi: berusia > 15 tahun; didiagnosis dengue menurut WHO 1997; dikonfirmasi pemeriksaan NS-1/pemeriksaan serologis anti dengue; memiliki data darah perifer lengkap dan hitung jenis mulai demam hari ke-2; USG abdomen, dan/atau albumin pada fase kritis. Dilakukan analisis Reciever Operating Characteristic Curves (ROC curve) dengan interval kepercayaan (IK) 95% dan multivariat regresi logistik untuk memperoleh model prognostik. Hasil. Terdapat 63 subjek dianalisis. Insidens kebocoran plasma 49%. Nilai absolut limfosit dan nilai absolut monosit demam hari ke-2 berpotensi menjadi prediktor kebocoran plasma pada fase kritis dengan AUC 0,65 dan 0,64. Titik potong optimal nilai absolut limfosit dan nilai absolut monosit yang berpotensi sebagai prediktor kebocoran plasma sebesar 1323 dan 770. Nilai absolut limfosit memiliki sensitivitas 90%, spesifisitas 16%. Nilai absolut monosit memiliki sensitivitas 94%, spesifisitas 34%. Model prognostik nilai absolut monosit dan persentase limfosit meningkatkan AUC menjadi 0,723. Simpulan. Kemampuan prediksi kebocoran plasma nilai absolut limfosit dan nilai absolut monosit demam hari kedua lemah. Namun kemampuan tersebut ditingkatkan menjadi sedang oleh model prognostik yang melibatkan persentase limfosit dan nilai absolut monosit.

---

Background. The severity of dengue infection was determined by plasma leakage. Lymphocytes and monocytes played an important role in the pathogenesis of plasma leakage in dengue infection so they potentially used as predictors for plasma leakage in a critical phase of dengue infection.

Aim. Determined the percentage and absolute number of lymphocytes and monocytes measured on the second day of fever as a predictors for plasma leakage in a critical phase of dengue infection.

Method. The research was retrospective cohort study of inpatients at Cipto Mangunkusumo Hospital, Persahabatan General Hospital and Gatot Subroto Military Hospital Jakarta from 2010 ̶ 2015. The inclusion criteria: age > 15 years, suffering from dengue infection according to the diagnostic criteria of WHO in 1997, confirmed by examination of NS-1 or serological anti-dengue, peripheral blood count and differential leucocyte count during treatment from second day of fever, abdominal ultrasound, and / or albumin in the critical phase. Analyses were performed using ROC curve. Multivariate analysis was performed to elicit prognostic models.

Results. We determined 63 subjects. The incidence of plasma leakage was 49%. Absolute number of lymphocytes and monocytes on second day of fever were potentially useful as predictors for plasma leakage. The AUC was 0.65 and 0.644. The optimal cut-off point for absolute number of lymphocytes were 1323, the sensitivity was 90% and the specificity 16%. The cut-off for absolute number of monocytes was 770, the sensitivity was 94%, specificity 34%. We found optimal prognostic model which include percentage of lymphocytes and absolute number of monocytes. It could increase the AUC until 0,723.

Conclusion. The absolute number of lymphocytes and monocytes on second day of fever in dengue infections were potentially useful as predictors for plasma leakage in a critical phase of dengue infection. Predictive capability could be increased by prognostic model which include percentage of lymphocytes and absolute number of monocytes as predictors."

"ABSTRAKSalah satu cara untuk mengekstraksi DNA Brugia malayi adalah menggunakan kit yang lebih sederhana dan lebih cepat dibandingkan dengan teknik ekstraksi fenol,Pada 15 ekor cacing dewasa B.malayi hasil pembiakan dalam gerbil dilakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan kit dan metode ekstraksi fenol yang lebih rumit. Pada teknik ekstraksi dengan kit ternyata tidak diperoleh DNA, sedangkan pada ekstraksi fenol diperoleh DNA sejumlah 100 µg/ml yang terlihat sebagai pita 322 bp pada elektroforesis.Disimpulkan bahwa teknik ekstraksi fenol lebih bailk hasilnya dibandingkan dengan kit karena pemakaian fenol yang lebih sering sehingga lebih banyak DNA yang dapat terekstraksi.

---

ABSTRACT

Comparison Of DNA Extraction Result from Brugia malayi by using Kit and by using Phenol Extraction Method

One of several ways to extract the Brugia malayi DNA is to use a kit which is more simple and take a shorter time compared to the phenol extraction technique.

DNA extraction by using kit and by using phenol extraction method were done on 15 adult worms of B. malayi which had been cultured in gerbil.

No DNA was extracted by using the kit; whereas 100 µg/ml DNA was obtained by using phenol extraction method. The DNA was seen as a 322 bp band on electrophoresis.

It was concluded that the phenol extraction method result was superior to the result of extraction by using kit, because by using phenol more frequently more DNA would be extracted."

"Metil paraben merupakan salah satu bahan kimia yang banyak digunakan sebagai pengawet karena aktivitas antimikrobanya yang tinggi dan efektif dalam melindungi produk terhadap ragi dan jamur. Namun paparan metil paraben yang terus menerus dapat menyebabkan dampak buruk terhadap kesehatan dengan memproduksi spesi oksigen reaktif yang dapat memicu kerusakan oksidatif pada Asam Deoksiribonukleat (AND). Indikator biologis terjadinya kerusakan oksidatif DNA yang diamati pada penelitian ini adalah senyawa 8-Hidroksi-2'-Deoksiguanosin (8-OHdG). Melalui studi in vitro, diuji pengaruh penambahan metil paraben, waktu inkubasi 5 dan 7 jam, dengan dan tanpa radiasi sinar UVA pada kondisi pH 7,4 dan temperatur 37°C. Diperoleh hasil konsentrasi 8-OHdG tertinggi pada sampel 2-deoksiguanosin dengan penambahan metil paraben, waktu inkubasi yang lebih lama (7 jam), serta dengan paparan radiasi UVA. Sedangkan melalui studi in vivo, penambahan metil paraben pada pakan tikus menyebabkan terbentuknya senyawa 8-OHdG yang terdeteksi pada urin.

---

Methylparaben is considered as one of the most infamous material used as a preservative for its high and effective antimicrobe activity against yeast and fungi. Yet despite its advantages, being exposed to methyl paraben continuously can cause damaging effects towards health; which is caused by its contribution towards the production of Reactive Oxygen Species that may lead to Deoxyribonucleic Acid (DNA) damage through oxidative stress. The DNA Adduct 8-Hidroxy-2'-Deoxyguanosine (8-OHdG) is commonly used as a biological indicator for DNA oxidative damage in the body. Through in vitro studies, the amount of 8-OHdG production by methylparaben and Ultraviolet-A rays (UVA) exposure is analysed. In vitro analysis was conducted in physiological pH (7,4), with incubation time varied of 5 and 7 hours, temperature set to 37°C, with and without the exposure of UVA rays. The result was 8-OHdG formation peaked when 2'-deoxyguanosin was exposed to methylparaben and UVA rays for the longest period (7 hour). Meanwhile, through in vivo studies, known that rats exposed to methyl paraben will show an increase of 8-OHdG concentration."